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BIOCHIMICA

24/09/2013
In un articolo del 2004: si basa su due approcci, o quella di prendere il materiale in bulk(blocco di
materia che pu essere lavorato per produrre delle strutture inferiori dell'ordine dei micrometri
attraverso tecniche appropriate come pu essere la fotolitografia (?) (in questo caso parliamo di un
approccio top down) oppure al contrario quello che pi probabile quando si lavora nell'ordine dei
nano sfruttare il fatto che le molecole si assemblano e quindi a formare delle strutture organizzate
partendo dalla configurazione molecolare o addirittura configurazione atomica. In questo caso
parliamo dell'approccio fotom up (?) il quale descriveremo fra poco delle strutture delle membrane,
dei doppi strati lipidici che di fatto sono il risultato della auto-capacit di auto-assemblarsi di
molecole semplici come i glicerofosfolipidi che danno origine a strutture molto pi estese rispetto
alla singola molecola. Dunque come vi dicevo il lavoro in ambito inorganico ha preceduto la
capacit in maniera particolare una materia che assegniamo al mondo bio per ragioni legate alla
resistenza minima (delicatezza) che la materia biologica possiede. L'universit di Bologna,
precisamente un gruppo guidato da prof. Balzani, i quali hanno fatto delle cose egregge, valutando
certi dispositivi biologici con lo scopo di ricerca e non industriale. In particolare uno di questi che
questo piccolo attrezzo che si chiama nanospaider, cio un nanoragno, che per la struttura che
possiede viene definito un ascensore molecolare, nel senso che vedete c' questo piano
rappresentato da tre anelli che scorrono dentro le tre zampe del ragno e si possono spostare verso un
estremo della struttura, sostanzialmente salire in questo caso oppure scendere, e per questo motivo
viene definito come ascensore molecolare, a seconda delle condizioni ambientali. Inoltre l'avere un
ambiente acido o un ambiente basico determina il cambio della configurazione strutturale delle
molecole. Infatti lo vedremmo continuamente parlando di proteine e delle loro strutture che
generando delle cascate di segnale in un circuito molecolare, spesso intracellulare. E quindi, questo
caso abbiamo l'effetto di una macchina che potrebbe diventare della componentistica per una
struttura pi ampia. Ripeto qual' la differenza tra una nanotecnologia e una bionanotecnologia,
magari per sintetizzare queste molecole si pu agire all'interno di una struttura industriale nella
quale si raggiungono temperature e pressioni che invece il materiale biologico non in grado di
sopportare e quindi di fatto bisogna agire in una maniera biomimetica in quel materiale biologico,
cio imparare come funzionano un po' le cose e poi far si che accadano sulla base delle regole
naturali. Ci sono anche altre applicazioni (dispositivi biomolecolari, componentistiche) che sono
state sviluppate di seguito seguendo la stessa idea che sono in grado di far svolgere determinate
funzioni in scala molecolare. Tra l'altro un'altra bella differenza tra bionanotecnologia e
nanotecnologia che qui noi vediamo una singola molecola per noi qui dobbiamo pensare che il
processo reattivo nel quale stata ottenuta ha previsto la formazione di un numero enorme di queste
molecole all'interno del quale nell'impianto stato realizzato. Cio non stata ottenuta prendendo
una nanopinzeta che ha permesso mettere un componente al suo posto nel singolo dispositivo, che
una cosa che invece pu essere di interesse quando parliamo di bionanotecnologia perch si vuole
discretizzare in un intervento specialmente se lo si fa a scopo terapeutico, cio non si vuole fare una
cosa solo a tappetto dapertuttuto ma si vuole anche fare in un posto specifico dove si vuole che
abbia un senso e ovviamente per quello serve una complessit in pi di manipolazione locale in una
singola coppia e non in localizzazione totale di elementi paralleli. La nanobiotecnologia abbiamo
quindi visto che integra su quella scala li e magari insieme a materiale inorganico componenti di
base della vita, naturalmente utilizzabili sono gli acidi nucleici e le proteine, ed il rapporto che
esiste tra biologia e nanotecnologia e biunivoco, nel senso che da una parte la biologia i insegna a
sfruttare nella costruzione dei processi che sono tipici delle molecole viventi, ma dal'altro canti
siccome noi non abbiamo la pienezza della conoscenza di quello che accade nei fenomeni
molecolari biologici, avere la nanotecnologia a disposizione ci permette anche di avere un anello di
ingrandimento pi spinta per andare a esplorare l'ambito del biologico. Infatti non solamente il
biologo ha funzione progettuale, ma anche la funzione del tecnologo e importante nella biologia
dandogli strumenti
necessari per accrescere informazioni che sono importanti nella

bionanotecnologia. E questi sono ambiti nei quali sono necessari finanziamenti importanti, non
necessariamente a fondo perduto, nel senso che sono anche da considerare degli investimenti.
Chiaramente sono anche investimenti che non necessariamente sono fatti per avanzare la ricerca,
ma industriale. E comunque trovare delle soluzioni che generino semplicemente i costi con i quali
bisogna a che fare, ma possono semplicemente dei costi con i quali si puo poi fare dell'impresa.
Ora un grande investitore sul quale possiamo contare, dal punti di vista della ricerca spesso la
Comunit europea che ha una piattaforma che si chiama Nanomedicina che spinge per sviluppare
nuovi approcci che vengono poi memorizzati in ambiti come appunto utilizzati nella medicina
rigenerativa , biotecnologie, lo sviluppo di nuovi farmaci che possano creare questo transito tra
l'idea, come funziona adesso e cio che tutti abbiano accesso alla stessa scatola e viceversa che
chiunque possa avere un farmaco fatto ad hoc perch si riesce a manipolare la biomolecola in
maniera tale che soddisfi le specifiche del singolo soggetto. Questa piattaforma nanomedicina
sposnsorizza molti progetti ai quali farebbe gola accedere. Uno degli altri personaggi che hanno
operato all'inizio della nanomedicina (altro biodispositivo del 2005) ha fatto una lista delle
applicazioni che sono attualmente gia disponibile. C' ne sono gia come le nanoparticelle o la
sensoristica utilizzata la quale classe appartiene a quella legata alla struttura delle membrane.
Questo dispositivo nato all'interno di questo progetto finanziato dalla omunit europea e gi
largamente in uso, perch stato un progetto triennale del 2005 e del 2007 il quale l'idea stata
quella di produrre un sensore ibrido che creasse una integrazione fra una circuiteria elettronica che
rappresenta la fase di elaborazione del segnale e un front end biologico e che quindi deve creare
delle condizioni funzionali, nelle quali e possibile che quando viene acquisito una struttura
molecolare che sostanzialmente formata una delle membrane delle cellule e un circuito sottostante
che ha le caratteristiche di un circuito tradizionale. Infatti l'idea quella di integrare su un circuito
elettronico del quale noi qui vediamo nella parte sottostante, nel quale ci sono gli elementi che
acquistano e filtrano il segnale elettrico, il quale poi viene acquistato sull'altro versante da un
sensore che sostanzialmente un canale ionico che posto all'interno di una membrana che viene
ricostruita su foro che mette in comunicazione queste due vaschettine. Questa roba qua stata
miniaturizzata (dimensionata) come una carta di credito e adesso invece stata introdotta in un
sistema che ottiene un analisi del dato che in elettronica permetta di lavorarci con il dato acquisito.
Infatti il tutto stato integrato in una penna o chiave usb. Quindi tutto il sistema viene quindi
semplicemente infilato in una porta usb di un computer e permette di analizzare il transito ionico
attraverso i canali. chiaro che questo pu avere una doppia valenza e ritorna sul discorso che
facevo prima perch un sistema del genere pu essere utilizzato per studiare le propriet di un
canale non ben conosciuto, e in questo caso questo diventa uno strumento per avanzare la
conoscenza sulle caratteristiche di quel determinato canale (una cosa: badate bene che un buon
traguardo rispetto anche alla tecnologia attuale, perch gli studi di singolo canale si fanno con una
tecnica che si chiama petch time che utilizza degli nanoanelli che vengono appoggiati sulla
membrana e che isolano una parte della membrana attraverso una soluzione elettrolita e un elettrodo
che si trova all'interno dell'ago e che poi permettono di catturare un segnale che ovviamente ha
un'ampiezza di corrente che dell'ordine dei picosimens(?) e degli amplificatori efficaci che viene
realizzata e adoperata nei laboratori di biologia e nanotecnologia, sostanzialmente come unica
apparecchiatura con un amplificatore di una azienda che si chiama AXON , che vende una scatola
grande quanto un amplificatore hi-fi per 20 mila euro, quindi immaginate i costi di realizzazione di
una macchina come questa. Dal punto di vista delle potenzialit la capacit che non permette di
certo di ottenere lo stesso risultato con una penna usb, tenete conto che la tecnologia utilizzata per
realizzare il petch non cos facilmente reperire dietro l'angolo). Tutto questo nato attraverso la
conoscenza del quadro della situazione e la capacit di agire su questa (situazione). Quindi
sostanzialmente l'idea di avere una configurazione (questa una configurazione precedente in
realt l'interfaccia tra i due compartimenti tra i quali c' transito ionico con la realizzazione finale di
un forellino che si trova nella parete che separa, inizialmente era stata pensata come una goccia
(doppia goccia) a cavallo di una superficie nella quale era inizialmente realizzato un nanoforo che
poi veniva utilizzato come supporto per l'autoassemblaggio dei microdispositivi del quale stiamo

per parlare e l'inserzione successiva di una proteina che potesse funzionate come filtrante della
specie ionica per la quale ha la sua specificit. Vi dicevo poco fa che per un verso questo aiuta un
biologo alla caratterizzazione della specie proteica che viene utilizzata. Dall'altro canto visto che ne
abbiamo gli strumenti, quindi se la specie proteica non in discussione, ma un elemento che
praticamente caratterizzato ed eventalmente anche ingegnerizzato in biologia molecolare che sono
disponibili in maniera tale da regolare il transito in condizioni specifiche, cio solo quando
presente il ligando che permette l'apertura del canale, in questo caso tutto il dispositivo pu
funzionare come un sensore. Perch il transito ionico avviene solamente quando nel campione il
liquido che viene posto in contato con il dispositivo presente la molecola in questione. Quindi in
prima istanza se questa molecola c' oppure no e per esempio immaginate la diagnostica di
laboratorio oppure il monitoraggio ambientale in fase liquida di molecole di interesse. In pi
aggiungiamo che esiste una proporzionalit tra le correnti che passano e le concentrazioni che le
hanno attivate. Infatti il numero di canali che pu essere attivato cresce in funzione del numero
delle molecole di quella specie che sono disponibili. Quindi complessivamente cresce la corrente e
si pu misurare. Si pu misurare una proporzionalit fra il segnale di corrente e la concentrazione
della specie che si ricerca. Quindi si pu fare della diagnostica non solamente in ambito medico ma
anche in ambito ambientale. In questo caso quindi si crea un dispositivo nel quale la conoscenza
biologica utilizzata per una applicazione che industrializzata. Di fatto quindi la ricostruzione di
questa membrana artificiale a cavallo del nanoporo che presente nella configurazione del tipo di
dispositivo che si scelto di implementare una esatta riproduzione sintetica (artificiale) della
configurazione che ha la membrana di una cellula all'interno della quale abbiamo dei fosfolipidi e
assieme a questi anche delle proteine immerse, che hanno la funzione di canale, come prima
stavamo descrivendo oppure funzionano anche come elemento di integrazione di segnali di altra
natura tra l'ambiente cellulare e il mondo esterno. Queste membrane vengono ottenute con varie
tecniche. Ad esempio una quella di spennellare sulla superficie del poro, immerso all'interno di un
ambiente acquoso e formato da un materiale che idrofobico, una miscela di glicerofosfolipidi con
una punta. Le condizioni ambientali sono tali che i rapporti che si creano con le singole molecole e
tra le molecole e l'ambiente (sono molecole anfipatiche, cio hanno una polarit tale che
un'estremit sia idrofilica e l'altra idrofobica). Quando vengono messe in un ambiente liquido
tendono a distribuirsi, rispetto a se stesse e rispetto all'ambiente, in modo tale da minimizzare
l'energia che necessaria per...e di conseguenza quindi le porzioni che sono a contato tra di loro e
quelle che sono a contato con il supporto idrofobico saranno le porzioni idrofobiche, quelle che
invece sono a contato con l'ambiente acquoso che si trovano su entrambi i versanti sono quelle
idrofiliche che sono quelle rappresentate dal trattino rosa. Queste membrane in gergo vengono
chiamte blm. Una maniera per osservarne la formazione il fatto che nel momento del quale
acquistano la forma bimolecolare, che la situazione in cui abbiamo un doppio strato lipidico visto
che lo spessore solo di 20 nanometri, la superficie perde la capacit di riflettere la luce e di
conseguenza se questo doppio stato lipidico viene illuminato da una luce incidente non riflettente,
quindi se nella fase di spennellamento si crea prima una strutture( un lume per intenderci) nel quale
non c' la bimolecolarit e a questo punta la luce torna indietro. In realt poi tenete presente
adesso e anche nel seguito del discorso che faremo. Infatti se consideriamo una membrana priva di
proteina avr delle propriet molto differenti da una membrana con le proteine canale. La
membrana priva di proteine ha una permeabilit praticamente nulla e le specie idrofiliche in parte
unicamente omogenee rispetto alla struttura dell'acqua e fondamentalmente hanno delle
caratteristiche di carica elettrica, infatti sono elettricamente neutre per intenderci. Quindi una
membrana plasmatica priva di proteine repellente nei confronti di specie che invece sono cariche.
Come tale non permette il transito di queste specie ioniche attraverso la continuit dei fosfolipidi e
queste specie ioniche tendono ad accumularsi quindi sulla superficie. Dunque la formazione della
membrana pu essere anche certificata, senza doverla necessariamente vedere, nei termini che vi
dicevo prima con un approccio usuale, ma pu anche essere certifita dalla capacit di allocare le
cariche elettriche che ci si incollano e che non passano, e quindi viene misurata come segnale

elettrico di una capacit senza dover necessariamente andar a visualizzare lo stato di rifletenza o
meno della membrana.
Questo l'alternativa, lo stato dell'arte della misura della corrente partendo da una cellula a scopi
scientifici, utilizzando quel capillare di vetro che all'interno contiene l'elettrolita e l'elettrodo che
trasmette la corrente che viene integrato all'interno della strumentazione tipo quella AXON di cui si
parlava precedentemente. Questa tecnica si chiama petch clam perch effettivamente quello che
viene indagato semplicemente una piccola porzione di membrana. Allora le membrane che stiamo
andando a considerare all'interno della cellula sono variamente distribuite. Sapete che abbiamo
membrane localizzate alla periferia della cellula, ma non esclusivamente li. Infatti le membrane le
troviamo intorno al nucleo, intorno ai compartimenti intracellulari (reticolo endoplasmatico o
apparato di golgi) e rappresentano anche un sistema di cargo perch permettono la comunicazione
tra i vari compartimenti cellulari. La struttura generale di tutte le membrane quella che stiamo
vedendo anche se a livello molecolare rispetto a questa struttura generale che sempre del foglietto
lipidico a doppio strato con due estremit che sono elettrodensi (che sono le teste polari) e da uno
strato intermedio che invece quello che effettivamente fa l'effetto barriera rappresentati dalle code
che sono isolati da un ambiente acquoso che si trova su un versante e su un'altro. Questa la
membrana plasmatica, abbiamo qui abbiamo uno spazio extracellulare e qui invece intracellulare e
questa la barriera rappresentata dai fosfolipidi organizzati come abbiamo visto prima. In questo
impacchettamento questa struttura, che prende il nome di doppio strato, vede impacchettate le
singole molecole che sono ripetute n volte pur avendo la sua caratteristica di distribuzione
molecolare. una struttura molto fluida, ha le caratteristiche di una bolla di sapone per intenderci, e
nella migliore delle ipotesi questi singoli elementi stanno fortemente impachettati fra di loro ma
sono estremamente mobili fra di loro. Infatti scorrono sul piano orizzontale della membrana,
scorrono in maniera rapida e ruotando su se stessi e ruotando su questa coordinata ed eventualmente
anche se non molto frequente potendosi anche scambiare di posto nei due foglietti. Esistono un
paio di esperimenti abbastanza classici che dimostrano la fluidit della membrana, tramite la
funzionalizzazione dello strato lipidico con una molecola fluorescente si visto che se si punta un
raggio laser sulla superficie della cellula e si esaurisce l'energia dei fluorocromi nella regione della
quale il laser collimato possibile avere un recupero del segnale di fluoroescenza e a distanza di
tempo durante l'esperimento possibile vedere che la fluidit delle molecole fa si che quella
coordinata nella quale presente la molecola fluorescente venga occupata da altre molecole che non
sono state irradiate dal laser. Per cui sostanzialmente abbiamo complessivamente una riduzione del
segnale di fluoroescenza del segnale della cellula, ma abbiamo un recupero del segnale nella
regione di determinate molecole nella quale l'energia era stata funzionalizzata con il fluorocromo.
abbastanza intuitivo immaginare al contrario quello che succede se l'irraggiamento viene
mantenuto in continuo. In questo caso dobbiamo aspettarci, nella zona nella quale il laser puntato
abbiamo un passaggio nel tempo di tutte le molecole che sono presenti all'interno della membrana,
un tempo sufficientemente lungo da questa regione passeranno tutti gli elementi presenti nella
membrana e di conseguenza l'osservazione viene svolta in una regione indipendente anche qui si
osserver uno sbiancamento e quindi saranno trasferiti gli elementi che verranno scaricati da questa
posizione . Quindi vediamo sostanzialmente una prova sperimentale del carattere di fluidit della
membrana. Dunque quale la zona per la quale queste molecole hanno questo determinato
comportamento? Sostanzialmente la natura chimica delle molecole, che abbiamo fino adesso
schematizzate con la testa idrofilica e la coda idrofobica. Una cosa sulla quale non ritorno questa
serie di diapositive nella quale vengono presentati i gruppi funzionale della chimica del carbonio.
Sostanzialmente tutte le molecole che incontreremo in questo corso sono molecole basate sul
carbonio e sostanzialmente i quattro atomi sono fondamentali sono il carbonio, l'ossigeno, l'azoto, e
l'idrogeno. Non necessariamente nella stessa maniera in tutte le macromolecole biologiche che sono
anch'esse quattro: lipidi, carboidrati, acidi nucleici e 1.45. questi sono anche i meno rappresentati
per possiamo descrivere in maniera specifica quando se ne parler. In questa fase stiamo parlando
in maniera molto generale. Allora quello che dobbiamo sempre tener presente legato alle
propriet di interazione di questi quattro atomi del quale vi avevo fatto l'elenco: C, H, O, N. nelle

varie combinazioni questi costituiscono i gruppi funzionali che caratterizzeranno la molecola e ne


determineranno anche il loro nome. Infatti se io vi dicco il gruppo carbonile immagino
automaticamente di comunicarvi quali sono le propriet chimico- fisiche di quella parte di
molecola. Si distribuiscono in funzione delle propriet atomiche, che adesso senza entrare nel
dettaglio eccessivo che di fatto questi atomi sono distribuiti su due classi separate di
elettronegativit. Quindi la coppia carbonio e idrogeno ha sostanzialmente la stessa forza di
attrazione verso gli elettroni che condivide quando forma un legame covalente con altri atomi, cos
come vale per l'ossigeno e l'azoto. Questi ultimi sono pi elettronegativi di quanto non lo siano il
carbonio e l'idrogeno. Quindi avremmo una zona in cui ci sar una maggiore elettronegativit
rispetto ad un'altra. Questo significa che nel momento in cui noi formiamo un legame con l'idrogeno
la coppia di elettroni, parlo sempre di un legame covalente e quindi quegli elettroni che vengono
condivisi per formare tale legame (covalente), che il carbonio pu sviluppare altri legami, mentre
l'idrogeno solo uno. Bene in questo caso la condivisione della coppia equidistribuita e di fatto su
queste posizioni non esiste una delocalizzazione parziale della carica. Quindi dal punto di vista
elettrico questo oggetto neutro. Viceversa se il carbonio si lega ad un ossigeno, ed chiaro che il
carbonio mantiene sempre prevalenze verso l'altro (cio maggiori legami il carbonio riesce ad
instaurare altri atomi rispetto all'ossigeno), la coppia che viene condivisa per formare il legame
covalente viene pi spesso a transitare dalla parte dell'ossigeno che quello pi elettronegativo e di
conseguenza questo blocco forma un dipolo nel quale abbiamo una carica negativa sul versate
dell'ossigeno e una carica positiva su quella del carbonio. Nota bene che queste cariche non sono
nette, ma sono parziali formando cos una nube elettronica che circola sulla coordinata del legame e
se volessimo quantificarne il tempo di permanenza sulle due posizioni dovremmo prendere atto che
questi elettroni stanno pi spesso qua che qui. E questo fa si che questa struttura abbia la
caratteristica elettrica che sembra un dipolo appunto, e questo vale anche per carbonio e azoto
oppure quando invece del carbonio qui avessimo un idrogeno perch siamo sempre nelle condizioni
nelle quali abbiamo una classe in relazione con un'altra. chiaro che queste cose le ritroviamo nei
gruppi funzionali e nelle strutture molecolari che le integrano. Quindi se abbiamo una molecola che
formata sempre da carbonio, o meglio precisamente una catena di carbonio e vediamo che ciascun
carbonio sempre legato o ad un altro carbonio o ad un idrogeno si viene a formare una struttura
che non ha carica da nessuna parte e quindi una struttura che apolare, diversamente invece dal
fotto che questa stessa catena possa ,oviamente qui ci sono valenze che non ho messo, invece sia
parzialmente ossidata. In questo caso dal punto di vista chimico, tutto in equilibrio, questa struttura
rispetto a questa ha una propriet fisica differente. Infatti qui in realt abbiamo introdotto una
polarit parziale, e queste non sono cariche nette ma sono cariche parziali per la presenza
dell'ossigeno. Allora dal punto di vista convenzionale una catena come questa viene anche indicata
semplicemente cos. D' altro canto canto su alcuni libri vedete che questo zig zag sta a significare la
catena di carboni che ha sui vertici gli atomi di idrogeno. Infatti ognuno degli atomi di carbonio ha
tutte le valenze libere che sono legate all'idrogeno. Quando si verifica una situazione del genere noi
diciamo di avere una catena alifatica o una catena satura, dove la saturazione sta appunto nel fatto
che tutte le quattro valenze del carbonio sono impiegate dall'idrogeno. Le codine del
glicerofosfolipide sono nel doppio strato lipidico, esattamente delle cose come questa, che tendono
a nascondersi all'interno dello spessore, all'interno del doppio strato lipidico, perch sostanzialmente
quando sono immerse nell'acqua queste molecole si trovano in contato con un reticolo quasi
cristallino delle molecole d'acqua nel quale reticolo c' una particolare localizzazione delle cariche,
perch esiste una particolare differenza di elettronegativit tra l'ossigeno e idrogeno differente, e
quindi tra le molecole che lo costituiscono (sta parlando del legame idrogeno), per cui ogni carica
negativa dell'ossigeno di una molecola si trova vicino ad una carica positiva dell'idrogeno di un'altra
molecola, che via di fatto tende a stabilizzarsi all'interno del reticolo. Tra l'altro poi questa
particolare configurazione lo troviamo allo stato liquido che sono legami deboli, elettrostatici che si
chiamano legami a idrogeno o ponti idrogeno (stabilizzandosi tra il negativo dell'ossigeno e quello
positivo dell'idrogeno). Dunque quando voi immergete una roba (struttura di glicerofosfolipidi)
come questa in un ambiente come questo, cio questa cosa distrugge l'equilibrio che si crea nel

reticolo dell'acqua. Di fatto l'operazione di disordine che si crea nel reticolo dell'acqua una
condizione temodinamicamente sfavorevole, perch in realt per tenere quell'affare immerso qui
dentro ci vuole una configurazione energicamente elevata. E quindi di fatto quella condizione che
tende a non verificarsi. Certamente se ci fosse solo quella non andremmo da nessuna parte, pero
francamente se poi immaginate di averne pi di uno di questi come il caso che si verifica proprio
nello stato liquido ovviamente fa una bella differenza ad avere questi paletti infilati
(glicerofosfolipidi) a distanza nell'acqua, quindi a rompere l'idratazione creando un disturbo su tutti
i versanti di ognuno dei singoli elementi di disturbo (glicerofosfolipidi). Se li impacchettiamo tutti
quanti e questi li abbiamo in questa posizione alla fine la condizione di disturbo tendiamo a farla
solamente sui versanti pi esterni. Lo faremmo anche qui se non ci fosse dall'altra parte
l'impacchettamento delle altre code. Alla fine questa una configurazione energicamente la pi
favorita di tutte perch di fatto nasconde tutti questi elementi (code dei glicerofosfolipidi). Diversa
la posizione della testa perche la testa apolare, cio contiene....L'acido grasso abbiamo stabilito
che costituisce la coda del glicerofosfolipide (estremamente deturpante per l'ambiente acquoso). Da
questa parte il carbonio sappiamo che strutturato in questa maniera. L'acido grasso deve essere un
acido cio deve avere una funzione acida la quale il gruppo carbossilico (il carbossile) in questo
caso che cosa succede? Quello che succede che ho nell'esempio che ho appena cancellato, ma
anche quello che ho nell'acqua. Quindi abbiamo una zona nella quale esiste una distribuzione di
carica sempre parziale legata alla elettronegativit, e questo se fosse esclusivamente un acido
grasso. In realt la struttura del glicerofosfolipide pi complessa, cio la testa apolare del
glicerofosfolipide non esclusivamente questa, ma quella di un acido grasso che legato ad un
fosfato, il quale legato ad un alcol in aggiunta. Qui abbiamo la coda dell'acido grasso che legata
ad un gruppo fosfolico, il quale a sua volta legato ad un gruppo polare che un alcol azotato. E
come fa ad esserci legata ? Attraverso un elemento di raccordo che il glicerolo (il prof. Ha finito la
lezione). Ricordate che noi stavamo parlando del discorso sulla sensoristica, adesso il problema e
trovare il significato dell'elettronegativit delle molecole che lo costituiscono. Tutto il discorso sulla
polarit delle molecole ci permette di supporre che quelle determinate molecole si comportino in
una maniera particolare come quello del doppio strato lipidico, che ovviamente basata su certe
propriet delle molecole polari.

BIOCHIMICA
26/09/2013
Eravamo partiti in un certo modo: nel caso pi generale di come la bioingegneria affronta i
problemi biochimici. Nel caso pi specifico avevamo visto un particolare sensore che poi vi verr
presentato l'otto di ottobre un seminario sulla tecnologia applicate sulle misure delle correnti
ioniche, che possono essere uno strumento per la valutazione della funzionalit cellulare, ma
potrebbe essere anche un utilizzo per la valutazione della struttura chimica della funzione della
membrana cellulare e soprattutto per poter fare del detecting della sensoristica basata
sull'interazione all'interfaccia tra le molecole biologiche e circuiteria elettronica. Avevamo gi
incominciato gi l'altra volta a introdurre il suddetto dispositivo. In natura l'assemblaggio spontaneo
dei lipidi per formare una membrana automatico seguendo cos la natura chimica delle molecole
in questione (relativamente ai glicerofosfolipidi). Una cosa molto chiara che la struttura di un
qualsiasi configurazione molecolare in una cellula legata contemporaneamente della caratteristica
della molecola della quale discutiamo e delle caratteristiche dell'ambiente dove si trova questa
molecola stessa. Quindi la cosa sempre sotto traccia e che quello che vediamo si realizza
esclusivamente quasi perch avviene in un ambiente acquoso. Infatti l'acqua che determina la
posizione delle molecole e il comportamento delle stesse. Infatti le stesse molecole quando sono
leofilizzate, quindi allo stato di polvere che dal punto di vista della composizione esattamente lo
stesso, mentre per le molecole che invece si trovano in soluzione non hanno le propriet che invece
acquistano quando sono in acqua. Questo in qualche misura lo abbiamo gi visto relativamente alla
struttura fisica dell'acqua, cio al fatto che l'acqua si forma un reticolo tra le molecole, le quali in
relazione alla loro distribuzione di carica parziale tendono a formare dei dipoli che si associano tra
di loro. Poi in questo reticolo poi si devono organizzare perch in presenza delle altre molecole.
Quindi abbiamo delle qualit che si chiamano polarit o apolarit che sono l'equivalente solubilit
in acqua oppure non solubilit in acqua. Dunque quando noi diciamo un'altra cosa pur senza
nominarle, quando diciamo una sola di queste qualit ci tiriamo indietro tutte le altre e tutte queste
derivano dalla configurazione della relazione che esiste tra le molecole. Quindi il prototipo del
lipide, complesso come glicerofosfolipide che effettivamente la componente della membrana
l'acido grasso. L'acido grasso appunto quella catena alifatica della quale abbiamo un certo numero
di atomi di carbonio che sono sostanzialmente tutti legati ad atomi di idrogeno rispetto ai quali non
distribuiscono diversamente la nube elettronica del doppietto condiviso per la formazione del
legame covalente e di conseguenza non hanno delle delocalizzazione di carica. Questa parte della
molecola che comunque la parte rappresentativa della molecola di un acido grasso
sostanzialmente apolare, idrofoba e quindi insolubile nell'acqua. Un discorso a parte vale per questa
porzione pero ci ritorno fra un momento. Quindi la presenza dell'ossigeno assieme all'azoto, come
dicevamo l'altra volta appartiene ad una classe di elettronegativ superiore rispetto al carbonio e
all'idrogeno, introducendo cos una delocalizzazione della carica e stabilendo cos dei dipoli parziali
che in qualche modo favoriscono l'interazione di questa regione. Qui ancora stiamo parlando di
dipoli parziali, quindi non sono cariche nette, ma sono delle configurazioni che temporalmente
hanno una probabilit rilevante e di fatto non rappresentano la carica netta. Adesso spingendoci di
pi in certe propriet pi specifiche delle code alifatiche di un acido grasso, che diventano
comunque della qualit poi risultante a livello di membrana parliamo oltre quando poi avr
terminato questa spiegazione sugli aspetti. Dunque abbiamo detto che il glicerofosfolipide e cio il
componete singolo della membrana plasmatica, che risulta una struttura pi complessa di quella
dell'acido grasso. L'acido grasso esclusivamente questo pezzo. Questa maggiore compatibilit
con l'ambiente acquoso nel quale i glicerofosfolipidi si strutturano come si deve non sarebbe
sufficiente perch appunto sono le cariche parziali a determinare la strutturazione sovramolecolare.
Quindi per la formazione della membrana abbiamo bisogno di cariche nette che derivano dalla
ionizzazione e queste strutture che effettivamente non riescono a ionizzare per la semplice ragione
che questa porzione della molecola dovr in realt essere impegnata nella formazione del legame
per creare una struttura un po' pi robusta, compatta. Quindi la carica deve essere presente e lo fa

tramite un'altra porzione della stessa. D'altronde la stessa per avere un certo ingombro fisico, anche
la stazza della formazione della struttura ha il suo ruolo. Quindi di fatto il glicerofosfolipide ha
bisogno di essere strutturato in modo tale da contenere pi punti di esterificazione della membrana e
della regine che contiene la carica netta. Questa strutturazione gli e la da il fatto di essere legato ad
una staffa. La staffa il glicerolo. Ed ecco perch si chiama glicerofosfolipide. Il glicerolo un
alcol a tre atomi di carbonio. I tre atomi di carbonio sono basati sull'alcano di riferimento.
L'idrocarburo alifatico di riferimento il propano (per intenderci il GPL). Ogni valenza possibile,
in questo caso occupata dall'idrogeno. Una forma ossidata del propano il glicerolo. Infatti il
glicerolo un triossidopropano. Ossidata significa che c' dell'ossigeno e con la presenza
dell'ossigeno il propano diventato glicerolo. Tenete presente che questa struttura molto vicina a
quella dei carboidrati, di fatto un classico carboidrato che la forma ulteriormente ossidata del
propano nella quale abbiamo un aldeide. E questa la gliceraldeide che uno zucchero a tre atomi
di carbonio. Se andiamo a considerare la struttura di questa molecola un C3H6O3 che pu essere
scritta anche C3(H20)3. Quindi un idrato di carbonio, per ogni carbonio abbiamo 1 molecole
d'acqua. Abbiamo detto che il raccordo delle due zampine di acido grasso rappresentato dal
glicerolo che viene legato, naturalmente in una fase di sintesi precedente alla formazione della
membrana, negli organelli cellulari nel reticolo endoplasmatico liscio, nel quale avvengono queste
reazioni dagli acidi grassi per formare per esterificazione (ricordate che l'estere il prodotto tra l'
interazione tra un acido ed un alcol, quindi sono tutte condensazioni, quindi l'acido qui sarebbe
COOH, quindi in questo caso abbiamo delle condensazioni che rappresentano l'eliminazione di una
molecola d'acqua. Sono tutte reazioni che hanno bisogno di enzimi che li catalizzino formando una
molecola composta da glicerolo e acidi grassi. Ci vuole una catalisi enzimatica che abbassi l'energia
di attivazione per ottenere la reazione) quindi di fatto quello che accade che si forma una struttura
di questo tipo e quindi le nostre code si attaccano ottenendo cos questo tipo di interazione. La
stazza pi rilevante della componente , ma non l'introduzione della carica netta che dicevamo che
necessaria per spingere in maniera pi efficiente l'assemblaggio di questi corpuscoli. Infatti in
questa posizione abbiamo bisogno di una carica maggiore, perch questa effettivamente abbia
abbastanza forza nell'ambiente acquoso per direzionare la struttura in maniera tale che poi queste
porzioni vengano poi annegate nello spazio interno della struttura. Quindi qui ci serve qualcosa.
Questo qualcosa rappresentata dalla esterificazione di un altro tipo di molecola fosfato, che
vedremmo spessisimo non solamente come elemento strutturale ma anche funzionale perch
indispensabile per la possibilit di studiare e manipolare le molecole (questo anche la componente
dello zucchero fosfato degli acidi nucleici e le sue caratteristiche di acquisizione di carica sono
quelle che ci permettono di poter separare gli acidi nucleici attraverso delle tecniche che utilizzano
per distinguere le varie molecole discrete che sono tanto pi cariche quanto sono pi lunghe e si
chiama elettroforesi, basata esattamente sul fatto che all'interno di una sequenza di nucleotidi,
quindi di un frammento di acido nucleico ci sono tanti di questi residue quanti sono i nucleotidi,
quindi tanti pi ne abbiamo tante pi cariche abbiamo pi sar facile separare questi frammenti
utilizzando un campo elettrico nel quale possiamo attrarre verso i poli opposti le componenti). Con
la componente fosfato possiamo introdurre una ulteriore carica nella molecola che risulta essere una
carica libera. Questa componente per un verso esterifica con l' altro pezzo disponibile del glicerolo,
che di fatto forma in questo modo la struttura glicerofosfolipide, e per un altro verso, in realt
poich si trova in acqua, ed un acido, l'acido tende a cedere dei protoni, ionizza. Quindi ecco che
qui abbiamo una vera ionizzazione, cio l'acquisizione di cariche reali. Adesso abbiamo introdotto
questa idea della ionizzazione dicendo che la ionizzazione determina l'acquisizione di propriet
indispensabili per una certa struttura e dunque una certa funzione e questo vero sia negli acidi
grassi, sia nelle proteine e sia negli acidi nucleici ed inoltre la ionizzazione permette l'applicazione
di moltissime delle tecniche strumentali che in seguito vedremmo. Adesso facciamo una delle
descrizioni delle propriet dell'acqua che permettono la ionizzazione, fermandoci prima sul grado di
dissociabilit delle singole molecole in questione ed il ruolo che questa dissocciabilit ha nel
controllare la forza ionica dell'ambiente nel quale queste molecole si trovano. Adesso parliamo delle
propriet ioniche dell'acqua e fermarmi nel punto nel quale si acquisisce l'evidenza che sostanze

come queste nell'acqua ionizzano. Poi tutte quante le caratteristiche di questa loro ionizzazione le
vedremmo in un altro momento. Terminato il discorso sul fatto che queste ionizzano poi torniamo ai
nostri glicerofosfolipidi . Quindi perch queste molecole ionizzano? Perch l'ambiente, cio una
soluzione di acqua pura gi di per se parzialmente ionizzata. Sostanzialmente all'interno di un
volume dell'acqua non abbiamo esclusivamente la molecola di acqua nella forma vista fino ad ora,
ma abbiamo con bassissimo grado forme dissociate, in realt ci sono poche unit molecolari e
queste sono lo ione ossidrile OH- e lo ione idrogeno ( cio il protone) che viene scritto pi che altro
in questa forma H3O+ ione idronio. Quindi abbiamo un equilibrio tra questa specie ione idronio e
l'altra specie ione ossidrile. Adesso ricorderete dalla chimica, esistono al di la della descrizione
qualitativa che stiamo facendo esistono dei rapporti che spesso sono rappresentati da valori costanti
per gli equilibri che coinvolgono queste varie specie. Quindi abbiamo delle costanti di equilibrio
che si riferisce ai rapporti di concentrazione che esistono tra questo, questo e questo. La costante di
equilibrio solitamente impone l'equilibrio tra le tre diverse specie che sono l'acqua, lo ione idronio
(o detto anche idrogeno) e lo ione ossidrile. La concentrazione si esprime con una grandezza che
la molarit. La molarit rappresenta il numero di particelle di una specie che sono disciolte in un
litro di acqua e corrisponde ad un valore che ( questo il modo in cui lavoriamo in laboratorio,
cio quando noi dobbiamo mettere in reazione dei composti chimici e quantificare il numero di
molecole di una specie rispetto all'altra, infatti noi non possiamo contare il numero di molecole, ma
sappiamo che una mole contiene il numero di Avogadro 1*10^23 molecole e siccome i singoli
componenti hanno delle concentrazioni diverse ed il numero in grammi del peso molecolare della
specie in questione. Quindi una mole di acqua corrisponde a 18 grammi di acqua perch 18 il peso
molecolare (1+1+16-->pesi atomici dell'idrogeno e dell'ossigeno) che corrisponde ad una mole di
acqua. Il che ci porta ragionando per astratto, voi potreste pensare che un litro d'acqua e una
soluzione di acqua in acqua, un po' strano come concetto, ma di fatto all'interno di un litro d'acqua
che di fatto una soluzione dell'acqua di se stessa, in realt un indice di solubilit abbiamo mille
diviso 18 cio 55,5 moli di acqua. La molarit di un litro di acqua nel quale non sciolto niente
55,5 moli di acqua nel contenuto di acqua ed una grandezza che rientra nel ragionamento che
stiamo facendo perch effettivamente quel 55,5 molare la grandezza che corrisponde a questo
termine dell'equazione). Quindi qui nella definizione della costante c' 55,5 molare. Questa costante
pu essere misurata in termini di conducibilit elettrica ed effettivamente stata misurata
sperimentalmente mettendo un elettrodo nell'acqua e valutare la conducibilit trovando che questo
valore di conducibilit 1,8 10^.....quindi questo il valore numerico corrispondente alla costante
di equilibrio che rappresenta il rapporto tra queste grandezze delle quali ne abbiamo gi parlato.
Dunque dicevamo che l'acqua se bene in misura ridotta 1-2 molecole su un miliardo di molecole
ionizza e l'entit di questa ionizzazione rappresenta un valore costante che viene definito il prodotto
ionico dell'acqua che possiamo indicare come Kw. Il prodotto ionico dell'acqua corrisponde a
questo valore che moltiplica questo ed uguale a questo. Quindi di fatto questo affare qui (prodotto
ionico dell'acqua) uguale a 1*10... ed equivale a queste due specie che sono uguali a questo valore
in termini di molarit. Adesso dal punto di vista qualitativo stiamo dicendo che il prodotto ionico
dell'acqua uguale al prodotto delle concentrazioni delle due specie che sono ionizzate. Fatto
questo lo dividiamo per la concentrazione di protoni. Che cosa questa? La concentrazione di
protoni che abbiamo in una soluzione di acqua che entra in una soluzione, nella quale non
disciolto niente. L'acqua ha questa concentrazione di protoni 10^-.7molare. ovvio che avr la
stessa concentrazione anche di ossidrili (10^-7)--->quindi ci sono tanti protoni (H+) quanti
ossidrili(OH-). Adesso il valore del logaritmo negativo di questa concentrazione uguale
all'esponente che rappresenta il 7 di una scala del pH che va da 1 a 14 dove verso 1 abbiamo
prevalenza di specie protoniche e verso il 14 abbiamo prevalenza di specie basiche. Da tutto questo
poi deriva tutto un discorso che quello che non intendo fare in questo momento che a che fare che
quello che chiamiamo un acido e quello che chiamiamo una base, che sono specie le quali disciolte
nell'acqua possono comportarsi rilasciando ioni H+ (e quindi acidi) o ioni ossidrili OH- (e quindi
basi). Altro dato sperimentale ottenuto tramite questo fenomeno (che esiste e che quindi reale e
quantitativamente molto limitato) le specie ioniche liberate in un litro di acqua pura sono molto

poche. Dunque l'acqua pura non conduce. In effetti la conducibilit, e quindi la sua valutazione la
misura che facciamo in laboratorio per accertarci che essa stessa sia pura e quindi non contenga
altre specie. Perch ci interessa questo? Perch in realt in laboratorio se devo produrre delle
soluzioni di una specie chimica, che poi ha una qualche rilevanza per l'esperimento che devo fare ed
un esperimento biologico di quella soluzione e poi la somministro, devo essere certo che poi in
quella soluzione ci sia solamente la specie chimica che mi interessa e che questa sia in soluzione.
Questo perch abbiamo detto non ha le propriet giuste per svolgere una funzione biologica. Quindi
perch non ci siano dei contaminati io devo avere dell'acqua ultra pura, cio dell'acqua che contenga
esclusivamente acqua, non posso avere dentro per esempio dei bicarbonati o dell'altro materiale
contaminante. E la verifica di purezza la si fa attraverso la conducibilit. Quindi in laboratorio noi
siamo sicuri che quella acqua ultra pura quando la resistenza della nostra soluzione di 18, 2
Mohm, cio la corrente non passa proprio per niente. Da questa considerazione possiamo fare un
saltello verso l'esistenza degli acidi e delle basi. La presenza di una specie acida o basica che
modifica la concentrazione delle specie ioniche all'interno della soluzione altera la conducibilit
dell'acqua. Di fatto quindi originariamente, il fatto che acidi e basi dissociassero venne realizzato
perch l'acqua nella quale erano presenti determinate concentrazioni di ioni conduceva
diversamente. Quindi queste sono le condizioni fondamentali alla fine che ci permettono di
misurare la concentrazione dei protoni come per esempio per acido fosfolico.
Per ritornare al nostro discorso della membrana la struttura molecolare costituito dal
glicerofosfolipide ed ulteriormente stabilizzata da ulteriori legami che il gruppo fosfolico pu
realizzare con altre componenti a loro volta polari e sono componenti come ad esempio serina,
catacolamina, la colina che fanno si che in questa porzione della testa si aggiungano altre cariche ed
alcune sono costituite da una molecola voluminosa con una particolare distribuzione con un polo
idrofobo e l'altro polo idrofilo. Ed ecco qua questa la struttura complessiva della fosfatidilcolina,
uno dei glicerofosfolipidi, chiamata cosi proprio perch oltre al classico glicerofosfolipide a
questo attaccato anche la colina, come possiamo notare c' sempre il punto di raccordo tra il
gruppo fosfato e l'acido grasso rappresentato dal glicerolo. A sua volta, possiamo vedere che il
gruppo fosfato esterificato con la colina. La fosfotidilcolina dal punto di vista pratico del
dispositivo acquistabile in forma di liquido che pu essere utilizzato come monocomponente per
spennellare un forellino che fabbricato su un setto che separa due compartimenti e che creer
quella membrana la flat minde membrein la quale vi parlavo l'altra volta. Sostanzialmente
succede che se io prendo una bacchetta di vetro e la immergo all'interno di un contenitore di
fosfatidilcolina per poi utilizzarla e poi la striscio alla superficie in un doppio compartimento tipo
questo, quello che si viene a formare questo buchino che si viene a formare all'interno del setto.
un buchino che deve avere delle dimensioni di diametro estremamente limitato perch ovviamente
questa cosa dal punto di vista fisico debolissimo quindi in realt il movimento elettrostatico
supera la resistenza di una struttura bimolecolare e ovviamente questo strato si rompe. Come vi
dicevo questo esattamente lo strato che se viene guardato in maniera ortogonale per via delle sue
caratteristiche di rifrangenza della luce nelle condizioni bimolecolari assorbe tutta la luce, un buco
nero praticamente, trattenendola completamente e da origine a questa leghin ...membrain.
Alternativamente anche una superficie e se esistono delle cariche (dei reservoir) funziona da
capacit. Quindi le distribuisce tutte sulla sua superficie e quindi di fatto non c' neanche bisogno di
dover necessariamente vedere la formazione della blak..membrain. Misurando la capacit della
struttura se effettivamente interviene sulla conduzione (misura) elettrica si sono create le condizioni
che testimoniano la formazione della membrana. Insomma la di la di questa applicazione particolare
di fatto poi in natura quello che accade che queste membrane tendono a formarsi per il rapporto
che assumono con l'acqua e il doppio strato lipidico conseguenza del fatto che i glicerofosfolipidi
abbiano due zampette , se invece ne avessero una formerebbero anzich una bylayer una monolayer.
I doppi strati lipidici al di la di questa applicazione particolare sono largamente utilizzati
nell'industria farmaceutica che si possono gestire per la formazione di queste cose. Questa una
microfotografia di una sezione di una serie di strutture come queste (liposomi)incluse in una resina
e poi tagliate (una superficie di sezione). Questi sono i contorni di una di queste strutture chiamate

appunto liposomi, i quali possono essere formati spontaneamente, semplicemente introducendo dei
fosfolipidi in una soluzione che contiene farmaco, e quindi che ritrover contenuto all'interno del
volume che verr racchiuso dalla membrana che si formata spontaneamente. Poi questi contenitori
posso essere lavati quindi la soluzione con il farmaco viene eliminata e risospesi con il loro
contenuto molecolare attivo che potr essere assorbito e che tra l'altro queste sono strutture che sono
compatibili con la struttura delle membrane delle cellule reali. Per cui quando vengono
somministrate, dato quello che pu succedere, che il liposoma nei pressi della membrana della
cellula tenda a diffondere e poi tenda ad aprirsi sulla membrana e a rilasciare il contenuto
all'interno. Quindi questa una applicazione con l'elettronica integrata che qualcosa di originale e
questo un approccio ormai sperimentato standardizzato, e anche redditizio. Qui vediamo una
tabella molto densa che non ci interessa in maniera estensiva, ma qualche informazione c' la da.
Dunque tutti gli acidi grassi che compongono le code dei glicerofosfolipidi, le quali sono delle
molecole con nome e cognome nel senso che hanno una diversa lunghezza alla quale corrisponde
oltre che la loro definizione, con la loro tecnologia classica sistematica chimica e un nome pi
popolare che deriva dalla sorgente vegetale dalla quale sono stati isolati. Quindi l'acido l'aulico,
l'acido palmitico, l'acido arachidico richiamano le rispettive specie vegetali da cui sono stati
prelevati. Quello che vedremo nella diapositiva con il modello a riempimento di spazio era
sostanzialmente che nello spazio specifico. Una fosfatidilcolina come quella che abbiamo visto
prima pu essere ulteriormente definita nello spazio specifico dalla specie di code di acidi grassi.
Quindi possiamo avere differenti tipi di fosfatidilcolina che contengono code di acidi grassi diversi.
In che cosa il fatto che contengano code di acidi diversi pu avere una differenza? Noi abbiamo
detto che vogliamo fare un dispositivo che sia in grado di funzionare come un biosensore, nella
quale passa della corrente attraverso la membrana e abbiamo anche detto che una membrana per
come l'abbiamo definita fino adesso una membrana che non ha permeabilit. Infatti ha la capacit
di accumulare le cariche sulla superficie senza farle passare. Di conseguenza ci manca un elemento
affinch il dispositivo possa funzionare che un canale che percorre la membrana in modo tale le
cariche possano attraversarla ed entravi quindi entrare all'interno. Questo tramite (canale) lo
vediamo la prossima settimana in maniera abbastanza estesa. In questo dispositivo questo tramite
un canale costituito da una molecola proteica. Vedremo come poi come i canali si sistemano
all'interno di una membrana e in che modo all'interno di una membrana funzionano in una maniera
pi o meno regolare (precisa). Qui ritorniamo a quel concetto generale che ha aperto la nostra
chiacherata di oggi cio una molecola funziona per come strutturata e funziona per l'ambiente nel
quale si trova. Un canale si ritrova in condizioni diverse a seconda della fluidit della membrana
cio che sia pi o meno ghiacciata o liquida. L'equivalente che possiamo fare tra lo stato dell'acqua
e lo stato di consistenza della membrana esattamente questo: abbiamo membrane che sono pi
fluide e membrane che sono invece pi bloccate nella mobilit che abbiamo visto l'altra volta delle
singole molecole che possono muoversi sul singolo piano orizzontale in funzione dell'ingombro
degli acidi grassi e quindi dei glicerofosfolipidi che le compongono. Pertanto chiaro che se queste
due membrane quella di sinistra contiene cinque molecole ed impacchettate in un certo volume che
molto pi compresso di quello che contiene queste altre cinque molecole. Di fatto perch queste
molecole non sono rettilinee e quindi nell'unit di volume se ne impacchettano meno per via dello
spazio maggiore che hanno a disposizione per il loro movimento. Questo deriva dallo stato di
saturazione degli acidi grassi che compongono le code dei glicerofosfolipidi e la saturazione si
riferisce al fatto che una catena come questa. Questa risulta satura perch tutti gli atomi di carbonio
hanno tutte le valenze saturate da un atomo di idrogeno, invece una catena come questa insatura
perch ci sono delle valenze che non sono saturate dall'idrogeno, ma sono utilizzate per creare un
occasionale doppio legame con l'altro carbonio vicino, il quale doppio legame ha un angolo
differente da quello del singolo legame e di fatto introduce quel ginocchio che abbiamo visto nella
catena delle specie insature. Questo in che cosa si traduce? In una minore fluidit delle membrane
che sono formate con le specie sature. E come sempre succede, siamo in una situazione nella quale
o il primo caso o il secondo caso, per esistono delle situazioni intermedie che fanno parte della
regolazione possibile ed un certo grado di fluidit garantito. Poca fluidit significa una costrizione

e quindi un imprigionamento dell'elemento galleggiante che deve svolgere la funzione canale.


Quindi di fatto una sua incapacit di transizione verso una forma da chiusa ad una forma aperta e
quindi una sua compromissione della sua funzione dell'elemento per il transito ionico. Mentre una
fluidit eccessiva determina la poca stabilit dell'elemento che immerso nella membrana e anche
la poca stabilit della membrana stessa. Quindi bisogna trovare una condizione intermedia,
adeguata. Nel nostro organismo questa condizione inadeguata deriva dalla alimentazione. Noi
introduciamo le componenti che poi vengono assemblate e indirizzate per formare i
glicerofosfolipidi della membrana attraverso l'alimentazione. Introduciamo in componente che
magari avete visto nella lista delle anali del sangue che si chiama trigliceride. I trigliceridi sono
componete della nostra alimentazione che sono la forma base di assorbimento. E i trigliceridi come
i glicerofosfolipidi hanno una natura che derivano dalla sorgente dalla quale l'introduciamo. Quindi
di fatto abbiamo le specie come lo stearico..., sono forme sature che noi introduciamo quando
consumiamo del grasso animale, mentre le forme insature che sono contenute soprattutto negli oli, e
quindi non nel burro o nel lardo. Dal punto di vista fisico di un differente stato macroscopico di
lipidi con il quale abbiamo a che fare famigliarmente. Di fatto a temperatura ambiente l'olio
liquido perch ricco di code insature e di conseguenza alla stessa temperatura ambiente il burro e
il lardo sono solidi perch a quella temperatura essendo costituiti soprattutto da forme sature
tendono a essere strettamente impacchettate e cambia cos immediatamente la consistenza. Se
pensate alla corrispondente fluidit di una membrana nella quale sono prevalenti acidi grassi saturi
o insaturi. una variante sulla quale possibile interdire in funzione del risultato desiderato. Tanto
vero che per poterla controllare la natura utilizza un ulteriore meccanismo che pu essere sfruttato
a valle della costruzione della membrana, cio previsto che membrana debba avere una certa
quantit di acidi grassi e che quindi abbia una qualche fluidit possibile modificarla questa fluidit
inserendo all'interno della membrana componenti planari come questa che una molecola di
colesterolo. Nelle membrane naturali il colesterolo un elemento che pu essere introdotto e
sottratto per modificarne il grado di fluidit e d abbastanza reperibile in natura. Ragionevole che
questo avvenga perch il colesterolo una molecola planare, cio una specie di trave che viene
inserito all'interno delle strutture rappresentate dalle code degli acidi grassi e come tale tende a
ridurre la fluidit sul piano orizzontale. Anche qui possibile vedere che alti livelli di colesterolo
determinano membrane poche fluide, anche se non una considerazione che ha valore assoluto, nel
senso che come al solito la concentrazione adeguata di colesterolo sono addirittura appropriate per
garantire una funzione corretta. Per non parlare poi del fatto che il colesterolo che al di la del suo
ruolo come componente della membrana il precursore in maniera molto generale della struttura
della molecola di altri molti elementi importanti per la biologia come l'acido biliarico e per la
formazione di altri steroidi di altro tipo per esempio surrenale, che presiedono all'equilibrio
idrosalino, per formare quegli ormoni che determinano il carattere sessuale primario maschile e
femminile e infine anche tante altre vitamine. Quindi riassumendo una membrana risulta essere pi
fluida dove ci sono meno molecole per volume. Quindi un acido insaturo determina pi spazio e
quindi una maggiore fluidit della membrana stessa. Nonostante apparentemente le molecole
insature sembrano che formino un reticolo e quindi una maggiore stabilit, in realt quelle code
degli acidi grassi essendo apolari non sono stabili tra loro e quindi danno una minore stabilit alla
struttura e quindi meno densa la struttura stessa rispetto ad una costituita da acidi grassi saturi, il che
si traduce in una maggiore fluidit della membrana. Ripeto che queste sono grandezze che vengono
controllate. In questa altra diapositiva vediamo che le differenti membrane, e parliamo
generalmente di membrana considerando quella cellulare esterna, ma abbiamo detto l'altra volta che
ci sono numerosi compartimenti nella cellula che sono separati da una membrana: nucleo,
mitocondri, reticoli endoplasmici, l'apparato di Golgi. E vedete la loro composizione non
standard. Infatti ci sono componenti che sono diversamente utilizzate, perch diversa deve essere la
propriet fisica in relazione alla funzione che deve svolgere. Addirittura esistono delle distribuzioni
alternative nei due foglietti dello strato lipidico (membrana cellulare). Cio i glicerofosfolipidi che
sono in versante del bylayer in natura sono mediamente differenti qualitativamente da quelli si
trovano sul versante opposto perch questo serve per veicolare anche un contenuto informativo che

va oltre la struttura fisica. Normalmente una specie di glicerofosfolipide che si chiama


fosfatidilserina, questa verde con carica negativa, viene sempre tenuta nello strato interno della
membrana e quando viene inglobata sul versante esterno e un segnale particolare perch nell'intorno
percepiscono la carica negativa di questo glicerofosfolipide e significa che quella cellula li si sta
suicidando, che pu essere un fatto positivo o negativo per il soggetto. Ad esempio nello sviluppo di
un feto quando le dita si separano, ovviamente le cellule lo fanno perch quando le cellule
saldavano le dita tra loro ed arrivato il momento che si stacchino fra di loro, questa morte cellulare
controllata, attivando un programma suicida che viene testimoniato a quelle che sono vicine per
esempio anche da questo tipo di traslocazione di una certa specie di glicerofosfolipide da un
versante all'altro. Quindi i gradi di complessivit di questo discorso sono estendibili fino a qualcosa
che passa estremamente dall'aspetto fisico anche alla capacit di replicare un certo segnale. La
prossima settimana proseguiremmo prendendo in considerazione quali sono le propriet di transito
attraverso una membrana nelle condizioni nelle quali l'abbiamo descritta fino ad ora, cio nel
doppio strato lipidico sostanzialmente impermeabile a tutto quello che non lipide anche se in
realt ha un coefficiente di diffusione che omogeneo dal punto di vista fisico, e quali invece sono
le propriet di controllo del traffico sui due cappi della membrana quando invece all'interno
abbiamo inserito dei canali (macromolecole proteiche) provviste di determinate cariche e
specialmente la sua applicazione. Questi canali hanno infatti la possibilit di interrompere la
impermeabilit dello strato lipidico, creando dei tunnel idrofili per il transito di determinati ioni tra i
due versanti. Per poterlo fare al di la delle caratteristiche del trasporto del quale parleremo ci serve
dire anche quali sono le propriet di autoassemblaggio delle strutture proteiche che formano i canali
e quindi attraverso la membrana. Quindi nelle prossime occasioni parler delle proteine e della
realizzazione del canale ionico regolato, ritorneremo su quella parte relativa alla ionizzazione di cui
ho parlato oggi, che quella che gestisce l'acquisizione della struttura terziaria, l'ingombro tre di di
una proteina (quindi rappresentazione di questa nello spazio), che nasce come una stringa di
amminoacidi uno dietro l'altro.

BIOCHIMICA
13/10/15
Fino ad ora abbiamo parlato di membrane, di soluzioni legate alle membrane e vorrei continuare
brevemente su questa tematica spostandomi per pi verso un discorso mirato ad altre funzioni
delle proteine, che abbiamo visto essere inserite nelle membrane, e metodologie per studiarle. In
laboratorio vedremmo il dosaggio delle proteine, la maniera di separarle attraverso approcci
classici. Allora per tenere un po' la traccia della rotta, che stiamo seguendo, ricapitolo brevemente.
Noi abbiamo visto le differenze centrate sulle propriet delle membrane, per il fatto che questa
possegga dei sistemi specializzati, i canali ionici, che lasciano transitare le correnti ioniche, che
possono essere analizzati per scopi che poi ritornano sulla attivit di ricerca in termini di
approfondimento dei meccanismi attraverso i quali queste molecole funzionano oppure posso
centrare proprio niente con il mondo della biologia e servire come applicazione in un ambito di
specifico interesse dove la proteina una parte dello strumento che ci interessa che funzioni in una
maniera ripetibile, ma non approfondire il modo nel quale lo fa.
Io, per adesso ritorno sulla descrizione del contesto molecolare per il quale in futuro gli aspetti di
ordine tecnologico saranno, invece, pi centrati sulla strumentazione che occorre per gli studi che
si fanno in laboratorio. Quindi vorrei completare il discorso, che stavamo facendo l'altra volta con
alcuni aspetti addizionali, sul funzionamento delle proteine che veicolano ai due capi della
membrana plasmatica. Prendendo poi un esempio di attivit coordinata, con il quale pi molecole
collaborano tra di loro per determinare una funzione superiore, che nel caso specifico la contrazione
di una cellula muscolare cardiaca e andando poi oltre nel vedere il modo nel quale la regolazione
della contrazione cardiaca anche conseguenza dell'attivit di molecole, le quali fisicamente non
trasportano nulla da un capo all'altro della membrana, ma di fatto trasducono un segnale, cio una
informazione che proviene dall'ambiente esterno e che in qualche modo viene trasformato in una
serie di informazioni sul versante interno della membrana, senza che ci sia stato un transito fisico di
materiale.
La volta scorsa noi abbiamo visto, solamente esempi nei termini di tasportatore o nei termini di
canali ionici, le proteine che veicolano una singola specie verso una direzione, che determinata
dalle concentrazioni, e quindi dal gradiente elettrochimico. Ovviamente non possiamo aspettarci
che una cellula riesca a sopravvivere, se questa l'unica cosa che sa fare. Infatti bisogna che abbia
una maggiore specificit nel comportamento, nei termini dei dispositivi che permettono questo tipo
di funzione. Allora qui vediamo, accanto all'esempio che abbiamo visto fino ad ora del passaggio
singolo di una specie, che pu essere ionica oppure complessa, verso una sola direzione a favore
del gradiente, qualcosa di un po' pi complesso, cio l'utilizzo di un tramite che possa permettere il
passaggio di pi di una cosa allo stesso tempo. Direi che questo si comunica in una maniera molto
semplice e possiamo saltare direttamente alla situazione pi articolata, che quella nella quale
attraverso una struttura, che attraversa la membrana, passano due cose in due direzioni opposte,
facendo un esempio particolare, che dovrebbe essere abbastanza semplice da comprendere. Siamo
alla periferia del sistema circolatorio e siamo in prossimit delle aree, nelle quali il nostro
metabolismo produce materiale di rifiuto, rappresentato sostanzialmente da anidride carbonica.
Infatti riusciamo ad ottene energia attraverso la scomposizione di catene carboniose, come pu
essere una struttura di un idrato di carbonio, che uno zucchero, che viene....mediamente il
materiale di partenza uno zucchero a sei atomi di carbonio, che viene smantellato in componenti
elementari, che sostanzialmente sono nCO2 e H2O, e quindi quanti ne occorrono, in realt per
costruire la struttura carboniosa originaria. Questo discorso vale anche per i lipidi. Quindi di fatto
noi abbiamo come elementi terminali del nostro metabolismo due prodotti, dei quali uno
sostanzialmente inerte (l'acqua) e l'altra la scoria, che dobbiamo eliminare(CO2). Delle volte non
c' abbastanza ossigeno per produrre abbastanza di questi elementi terminali. Queste in due parole
la ragione per il quale noi abbiamo bisogno di respirare. Specialmente quando il materiale deve
essere ossidato, che il classico lipide che abbiamo visto, che completamente saturato con
idrogeno. Quindi ci sono delle situazioni, nelle quali per arrivare ad una conseguenza di questo tipo

non abbiamo abbastanza ossigeno, come vedete internamente alla molecola che vogliamo
scomporre, smantellandola a pezzi per estrarre l'energia dai legami che tengono insieme gli atomi.
Quindi questa la ragione per la quale noi respiriamo, cio per introdurre ossigeno, che in periferia
serve alle cellule, alle quali non si pu dare le molecole complesse. Semplicemente questo un
esempio parziale perch l'ossigeno serve anche per altre cose, questa sostanzialmente quella
fondamentale. Quindi, di fatto attraverso la respirazione nelle cellule periferiche riusciamo ad
ottenere energia scomponendo zuccheri e lipidi e producendo elementi fondamentali come questi,
nei quali l'acqua pressoch ininfluente dal punto di vista della reattivit e la CO2 invece occorre
smaltirla. La CO2, quindi, fuori esce dalle cellule, nelle quali stata prodotta sulla base di questa
attivit metabolica, semplicemente per diffusione. Infatti abbiamo detto, che una piccola molecola
, che non ha polarit sostanziale, quindi passa libera attraverso la membrana e passando dalla
membrana l'anidride carbonica trova il fluido extracellulare e poco distante una venula, un capillare,
nel cui plasma sanguigno si discioglier. La solubilit della CO2 piuttosto limitata, cio
sostanzialmente se dovesse casualmente sciogliersi allora la CO2 non riuscirebbe in concentrazioni
efficaci per poter andar via dalla cellula, resterebbe a basse concentrazioni, quindi il suo effetto di
scoria sarebbe pi rilevante. Quindi nel nostro organismo in particolare i globuli rossi, che circolano
nel sangue, hanno la capacit di produrre, partendo dalla CO2, che viene coniugata all'acqua, che
sempre disponibile,che diffonde anche attraverso la membrana dell'eritrocita, attraverso l'attivit di
un enzima, che si chiama nitrasi carbonica e dell'acido cloridrico, e quindi produce una specie che si
chiama bicarbonato, che effettivamente molto pi solubile di quanto non lo sia l'anidride
carbonica. Quindi, attraverso questo shatle, i grossi quantitativi di CO2 che vengono prodotti in
periferia, vengono trasformati in bicarbonato e vanno fuori dalla cellula dell'eritrocita(globulo
rosso) per sciogliersi in quantitativi rilevanti nel plasma, per poi essere trasportati fino alla sede
nella quale vengono espulsi attraverso la respirazione. Il punto qual ? che, abbiamo detto che il
bicarbonato una specie ionizzata. Quindi siccome stechiometricamente quello che abbiamo
prodotto acido carbonico, se noi espelliamo il bicarbonato dopo la dissociazione avremmo in
mancanza in un sistema pi articolato un sovracarico di protoni, che ovviamente acidifica, ma che
in questo caso ci interessa esclusivamente in quanto molecola carica positivamente, che tende ad
accumularsi se questo meccanismo si ferma a li dove ve l'ho descritto. Quindi a questo punto si
vede comprensibile la ragione per la quale stata progettata una molecola da traspotatore del
bicarbonato, contemporaneamente importando a favore di gradiente, semplicemente una
combinazione di configurazione fisica molecolare che rende possibile la specificit del trasporto del
cloro all'interno della cellula, in modo tale che per ogni carica positiva che si accumula, in seguito
alla dissociazione del bicarbonato, abbiamo una carica negativa che viene fornita al sistema per
mantenerne la neutralit dal punto di vista elettrico. Quindi in questo caso il sistema dell'antiporto
funziona attraverso un trasporto contemporaneo di variazioni opposte, sempre a favore di gradiente
di due molecole che hanno una carica alternativa, in maniera tale che tutto il fenomeno poi alla fine
si mantenga elettricamente neutro. E questo va in periferia dell'organismo, la dove la CO2 viene
prodotta, cosi come a livello polmonare dove invece la CO2 viene smaltita. un gioco di
concentrazioni quello che determina l'attivazione del trasporto, e in questo caso la stesso enzima che
favorisce la liberazione di CO2 in acqua, come ovviamente le attivit degli enzimi hanno due
costanti di equilibrio che possono ovviamente andare dal substrato al prodotto o viceversa in
funzione delle concentrazioni di ciascuna specie, come abbiamo gi visto fuori, guardando quali
sono le cinetiche di equilibrio dei fenomeni gi visti, determina poi la ricostituzione di CO2 e in
quella situazione trova all'esterno concentrazioni molto pi ridotte e di fatto quindi tende a
diffondere facilmente nel sacco polmonare e poi lascia l'organismo. Noi all'interno della cellula
abbiamo un sistema tamponante, che basato sia sull'equilibrio che c' tra la CO2, carbonato e
acido carbonico ci sono anche le coppie centrate sui fosfati. Quindi di fatto la situazione del
bilancio sotto il profilo dell'acidit viene gestita dai sistemi tampone, che sono in grado di far fronte
alle concentrazioni di protoni liberi e quindi mantenere il pH in un valore, estremamente controllato
, che centrato su 7,4. il problema che ci sono altri sistemi che si prendono carico all'interno della
cellula. Lo scopo dell'operazione gestita dal trasportatore ed quello di definire una operazione a

funzionamento neutro perch altrimenti ottengo una polarizzazione con carica positiva all'interno
della membrana dopo poco tempo. La carica all'interno della membrana transitoria, nel senso che
reversibile nel momento in cui torniamo al compartimento polmonare. Per siccome abbiamo
visto che ci sono molti canali che sono sensibili al potenziale della membrana. Quindi avremmo un
potenziale con un certo valore, il che significa determinare uno stato di tutti gli altri canali, e
quindi uno stato alterato rispetto a quello preferito. Quindi ovviamente noi ci infiliamo in un certo
discorso chiudendo con un para occhi, mentre l'aspetto sul quale cerco di attirare la vostra
attenzione e questo non esclude che questo succeda una quantit di altre cose. Il discorso su cui
siamo pi focalizzati per quello dell'antiporto. Quindi abbiamo visto in questo caso un antiporto
la cui funzione quello di trasportare una molecola nelle due direzioni, che trasporta due specie con
lo scopo di mantenere la neutralit del sistema. In realt molto spesso questo tipo di operazione,
cio il trasporto di specie carche nelle due direzioni ha l'obbiettivo di raggiungere lo scopo
contrario, cio quello di creare una differenza di potenziale. Ricorderete che esistono molti tessuti,
che sono elettricamente capaci di polarizzare proprio per il fatto che sono polarizzabili nelle
condizioni di riposo. Cio per il fatto che esiste una distribuzione alternativa di carica, e questo lo si
ottiene, attraverso sistemi di trasporto coniugato che creano, in realt in questo caso per il quale sto
per fare l'esempio, la simmetria dal punto di vista della carica sui due capi della membrana. Salvo
che in essere questo della necessit di produrre il potenziale ai capi della membrana, questo non lo
si pu ottenere a favore di gradiente perch il gradiente tende a creare una situazione di equilibrio a
fine corsa, quindi in realt ci vuole un sistema che capace di funzionare, in realt non se aprendosi
e lasciando fluire l'energia potenziale che a monte, ma ci vuole un sistema che fisicamente spinga
del materiale, concentrandolo dalla parte c' ne gi una quantit significativa. Quindi l'altra
considerazione, che stiamo facendo oggi rispetto ai sistemi che abbiamo visto fino ad ora, che sono
sistemi di trasporto passivo, riguarda l'esistenza di meccanismi di trasporto attivo. Fortunatamente
nel trasporto attivo significa di avere la capacit di ammucchiare materiale in compartimenti nei
quali gi un quantitativo rilevante e questo serve in moltissimi casi alla cellula e per poterlo
realizzare occorre dell'energia. La forma di energia che la cellula possiede L'ATP. Questa una
molecola, nucleotide e si chiama adenosinatrifosfato, ed uno dei quattro che viene utilizzato per
formare di DNA o RNA, ma in questo caso la sua funzione (in termini di energia) quella di
rappresentare poi il deposito di energia ed costituita da dei gruppi fosforici assieme ad uno
zucchero pentoso con attaccata una base azotata, che in realt se questa qui una adenina e contiene
un solo gruppo fosforico si chiamer adeninamonofosfato, se invece contiene due gruppi fosforici
avremmo una adeninadifosfato, se invece sono tre i gruppi fosforici sar una adeninatrifosfato, il
quale ultimo caso (quello contenete tre gruppi fosfato) la nostra ATP. In questo legame o anche in
questo localizzato il quanto di energia che viene recuperata attraverso la rottura di questi materiali,
che viene appunto smantellato durante il metabolismo. Questo quanto di energia pu essere
facilmente spendibile. Notate bene che c' un continuo processo di accumulo di energia nei legami
di ATP, che viene continuamente sintetizzato e speso in maniera tale che la rottura di questo legame,
di questo trasportatore di energia, in grado di sostenere i costi energetici di operazione che non si
svolgono a favore del gradiente (quindi questa molecola viene spesa nella cellula per poter portare
contro gradiente determinate sostanze o al di fuori o dentro di durante il trasporto attivo esempio
pompa sodio potassio). Quindi nel momento nel quale io devo compiere un'operazione, che
significa farcire di sodio un ambiente extracellulare che ne contiene gi un quantitativo enorme
bisogner che compi all'operazione di spinta del sodio al di fuori con la contemporanea
associazione di una reazione che invece essendo opposto e che abbia un valore superiore a quello
dell'energia che devo spendere per l'operazione che mi interessa svolgere. Dunque di fatto il
trasporto attivo, cio la spinta di una molecola da un versante, dove meno concentrata, a un
versante, dove pi concentrata avviene con la contemporanea idrosili, la scissione quindi dei
gruppi fosfato di una molecola di adenosinatrifosfato, che diventa adenosinadifosfato pi
naturalmente il fosfato inorganico il quale viene eliminato. Questo discorso pu essere visto cos
oppure anche un po' pi articolato, nel senso che la cellula pu sfruttare nell'intenzione questa volta
di trasportare la molecola s e non la x, pu spendere l'energia per creare un gradiente su una

molecola che poi funziona come cootraspertatore di una seconda molecola, facendo da leva, che
relazionata dalla speda diretta dell'energia dell'ATP, che in grado poi di spingere l'altra
componente che vogliamo accumulare, in questo caso all'interno della cellula. Per di fatto senza
arrivare necessariamente qui, l'idea che noi abbiamo bisogno di energia per poter spingere contro
il gradiente. Il nostro metabolismo basale sono circa 2000 kcal per un individuo standard e di queste
un terzo servono semplicemente per creare il gradiente elettrico ai capi delle membrane delle nostre
cellule depolarizzate, appunto l'ATP, che noi consumiamo per fare una attivit che questa che vi
sto per introdurre. Cio far andare tre molecole di sodio fuori dalla cellula, dove maggiomente
concentrato il sodio, e due molecole di potassio all'interno della cellula, dove maggiormente
concentrato il potassio. Tutto questo in maniera tale che quando questo viene reiterato si crei un
accumulo di cariche positive verso l'esterno e un accumulo di cariche negative verso l'interno.
Naturalmente questo passaggio di molecole da un versante viene a a sfavore di gradiente di
concentrazione per il tipo della singola molecola e quindi necessario accompagnare questo fatto
con l'idrolisi dell'ATP (quindi impiego di energia, ecco perch viene chiamato trasporto attivo
proprio perch spendo energia-->ATP) e di fatto realizziamo questa differenza di carche tra
l'esterno e l'interno della cellula , rappresentando la depolarizzazione standard della membrana, che
in una cellula eccitabile acquista il valore di circa -70 mV(naturalmente ai capi della membrana),
con il negativo verso l'interno, in maniera tale poi da servire se vogliamo una specie di trasporto
passivo secondario perch poi questa depolarizzazione funzione come forza motrice per il flusso
questa volta di gradiente di ioni, che se nono carichi e ovviamente se si apre la porta giusta
tenderanno ad entrare dentro cariche positive, mentre invece se sono carchi meno, ancora una volta
se si apre la porta giusta andranno verso l'esterno. Il modo nel quale questo viene a che fare con un
meccanismo, che impatta sulla struttura 3D del trasportatore, che nelle condizioni, nelle quali
questo potenziale di membrana viene perturbato, cambia configurazione e quindi permetta il
passaggio ionico attraverso lo specifico trasportatore. Questi trasportatori della membrana, che
utilizzano l'ATP o comunque che utilizzano l'energia, di fatto non sono dei canali, non sono dei
trasportatori cos in maniera generica, ma sono delle vere proprie porte presenti nella membrana
perch funzionano fondamentalmente aspirando e spingendo nella direzione a sfavore del gradiente.
Le pompe, che consumano l'ATP, vengono chiamate in maniera breve atpasi presente nella
membrana. Questa in particolare scambia il sodio per il potassio e viene chiamata sodio-potassio
atpasi. Le condizioni di concentrazione di sodio extracellulare o intracellulare vigenti nello stato
standard della cellula. Quindi la variazione di queste concentrazioni ed il funzionamento di questo
sistema(pompa sodio-potassio) determina lo sviluppo di questo potenziale. Noi trasformiamo
l'energia chimica in energia elettrica in questo caso., la quale poi viene utilizzate per la trasmissione
dell'impulso nervoso o per la depolarizzazione di una cellula contrattile e anche per altre attivit pi
grezze come per esempio l'aumento della concentrazione dei protoni all'interno dello stomaco per
creare le condizioni del pH, che determinano la funzionalit degli enzimi che ci permettono di
digerire. Infatti abbiamo in questo caso un sistema che continuare a pompare protoni ed il ph
vigente nel succo gastrico circa 2, le quali sono condizioni di acidit spinta, e l'operazione viene
svolta da una proteina complessa che prende il nome di atpasi. Questo poi un esempio pi
complesso, ottenuto attraverso la compartecipazione di una serie di pompe e di canali che agisco in
maniera coordinata, essendo distribuiti sia sulla superficie della cellula sia su altri compartimenti
intracellulari sulla quale ci fermeremo un po' di pi per vedere in che modo si svolge.
In questa slaid viene mostrato schematicamente come avviene il processo, cio quali sono i
meccanismi molecolari che permettono il funzionamento di una atpasi, che in questo caso
particolare la sodio-potassio atpasi. Sostanzialmente abbiamo dei cambiamenti conformazionali,
che sono, invece, che indotti dal legame della proteina con l'elemento che trasporta, per esempio il
trasportatore di glucosio nel quale era il legame di glucosio con siti affini e presenti sul suo
trasportatore che determinava una modifica di condizioni locali che cambiavano la struttura proteica
e facevano si che aprisse sul versante opposto, dove poi il glucosio veniva rilasciato perch li c'era
molto meno concentrazione della specie in questione. Qui, invece, al di la della affinit che permane
per il sodio, nel caso dell'inizio di importazione, quindi tre ioni sodio sono localizzati in porzioni

della pompa, per le quali conformazionalmente hanno una specifica attivit fino a quando le
condizioni di concentrazioni siano a favore di questo. Ovviamente aperto su questo versante l'unica
concentrazione di sodio che la proteina sente quella intracellulare, per cui questo un valore che
sufficiente per il legame con la proteina, fino a quando la fosforilazione. Sostanzialmente qui
sarebbe necessario dire che determina fisicamente l'effetto di cambiamento di stato della proteina,
perch attraverso l'energia che viene liberata dall'idrolisi per nucleotide. Infatti abbiamo un gruppo
fosfolico, che pu essere legato in una posizione della proteina, introducendo in quella posizione
una carica negativa, che determina una costretta modifica locale della distribuzione di carica che,
come abbiamo visto, responsabile della struttura terziaria della proteina. E come tale la porta da
questo stato a questo altro, nel quale su questo altro versante in funzione della resa disponibile dei
siti per l'interazione con potassio. Il potassio, che si trova fuori dalla cellula, cambiano le
condizioni di affinit per il sodio e, quindi viene rilasciato. Il ciclo di fosforilazione, in realt un
ciclo temporizzato, nel senso che la fosforilazione un meccanismo a termine al quale segue il
ritorno allo stato iniziale, per via del fatto che all'interno della cellula esistono pattuglie di enzimi
che si chiamano fosfatasi, che con una certa specificit diventa sempre pi evidente man mano che
la ricerca avanza, a cui in linea generale vanno a cercare elementi fosforilati per portar via il gruppo
fosfolico, un po' come una attivit di mantenimento costante. Nell'eliminare il gruppo fosfolico
riportano il sistema alla condizione di partenza con la perdita di attivit di potassio per i siti, ai quali
era legata una proteina e l'acquisizione nuovamente per l'affinit del sodio. Quindi tutto un gioco
basato su concentrazioni, ovviamente delle specie da qui e da un capo della membrana, affinit che
sono legate alla configurazione della proteina e cambiamenti della configurazione della proteina che
sono dovuti al fatto che gli vengano introdotte o sottratte cariche, rappresentate da quel gruppo
fosfato, che un insieme di cariche negative, che pu essere agganciato attraverso la spesa di
energia, che deriva dalla rottura del legame ed lo stesso veicolo che lo trasporta. Attraverso la
ripetizione di questo ciclo abbiamo appunto la esportazione di tre cariche e la introduzione di due
con uno sbilancio di una che determina quindi il gradiente negativo con una conseguenza di -70
millivolt rispetto all'ambiente extracellulare.
Abbiamo visto quindi il trasporto passivo di singole molecole, il trasporto passivo non elettrogenico
pi di una specie molecolare, in questo caso quindi per mantenere un bilancio elettricamente
neutro-->una situazione nella quale abbiamo un trasporto accoppiato tra quelle di un verso con
quello esattamente contrario, nel quale appunto vogliamo realizzare una differenza di potenziale ai
capi della membrana. Poi nel trasporto passivo abbiamo visto l'esempio delle specie non cariche e
relativamente voluminose per il glucosio e il trasporto attraverso i canali ionici di specie cariche.
Adesso tutto questo cerchiamo di impacchettarlo all'interno di una funzione pi complessa, nella
quale tutti questi elementi lavorano in maniera organizzata per determinare una funzione, che nel
caso specifico la contrazione della cellula cardiaca muscolare.
Noi stiamo per vedere come varie specie di proteine di membrana interagiscono tra di loro per
determinare la contrazione di una specie di tessuto muscolare , che dal punto di vista strutturale ha
delle caratteristiche che sono rappresentate in questo schema. Cio una rete di miociti che sono tra
di loro elettricamente connesse in maniera tale da potersi depolarizzare e contrarre in maniera
sincrona in occasione di un impulso elettrico che viene determinato da cellule specializzate
dell'organo del cuore. Si tratta di cellule, la cui contrazione la conseguenza dell'accorciamento
dell'unit fondamentale, che provvede a questa operazione, che il sarcomero. Questa ripetizione in
serie dei sarcomeri determina la tipica striatura delle cellule, che sono spesso anche multi-nucleate.
Formano in realt una struttura che tecnicamente prende nome di sincizio, cio una serie di cellule
unite (fuse) fra di loro che mantengono tutti i nuclei inerenti in una determinata zona(?) (guardare
bene la definizione di sincizio che non si capisce bene cosa dica il prof). In una slaid possibile
vere bene una visualizzazione in fluorescenza, determinata da una affinit chimica alle componenti
fluoroescenti per le molecole, alle quali si fissano all'interno della cellula. Questo colorante un
intercalente, cio stostanzialmente cio una molecola che ha affinit per i legami delle basi che si
trovano nei filamenti che formano la struttura del DNA, quindi si concentra all'interno dei nuclei
disegnandone il profilo. Stiamo per addentrarci in quella parte di corso in cui parleremo di

metodologie di laboratorio per l'analisi delle cellule. Di fatti una cosa che forse non chiara e che la
presentazione non ci permette di di dire, e che noi in realt spesso riferiamo ad una determinata
componente subcellulare o ad una molecola un segnale che semplicemente un riferimento rispetto
all'oggetto di nostro interesse, ma non esattamente l'oggetto in questione. Quindi noi qui diciamo,
qui vediamo i due nuclei della cellula, in realt vediamo il segnale fluorescente, che viene emesso
da una sostanza chimica che ha affinit per una molecola che altamente concentrata all'interno di
quel compartimento, che ovviamente il DNA (l'acido desossiribonucleico). Quindi in questo caso
noi facciamo una sovrapposizione delle due cose e quindi assumiamo che quello sia il nucleo, ma di
fatto noi vediamo semplicemente la sovrapposizione sul nucleo della molecola in questione. Tutto
questo ha una sua rilevanza come vedremmo di sottolinearlo perfettamente tutte le volte che
parleremo di cose del genere perch noi trattiamo un segnale, che ha un carattere macroscopico in
certe situazioni (dinamiche, di saturazione) con una strumentazione, che il pi possibile adeguata
per poter fare le valutazioni, per poter poi riferire quel segnale ad un fenomeno molecolare che non
esattamente la stessa cosa. Quindi dobbiamo sempre tener presente i due piani sui quali stiamo
lavorando, soprattutto quando stiamo facendo delle valutazioni che oltre che essere solo qualitative,
come in questo caso, debbono servirci per una quantificazione del fenomeno. Quindi esiste un
qualche scollegamento con un indice di proporzionalit tra il segnale che valutiamo ed il fenomeno
che effettivamente la cosa che ci interessa. In questa tecnica, che una fluorescenza, vediamo i
nuclei e poi la cosa dalla quale ero partito era la striatura, che rappresentata dal fatto che in questo
caso la molecola che emette la fluorescenza verde ha affinit per l'actina che forma i sarcomeri, e
quindi si sovrappone nelle zone dove l'actina pi concentrata e di fatto ci da questa periodicit
della struttura sarcomerica. Di fatto un veleno, un fungo-->l'amanita falloide, la falloidina che
attraverso lo stesso meccanismo, che quello che induce la patologia cio la paralisi da
avvelenamento, per blocco dell'attivit sarcomerica e in questo caso viene usata in laboratorio per
fissarsi all'actina, dopo essersi coniugato con una molecola fluorescente , che si chiama
fluorosceina. Spesso la troverete indicata con questa sigla ITC, che sta per isotiocianato, cio
stabilizzazione chimica della molecola parentale. La fluorosceina il classico elemento, dalla
quale poi sono stati derivati degli altri, emettente una fluorescenza di segnale verde, si eccita a 485
ed emette a 585, quindi ha due bande abbastanza distinte tra di loro. Questa tecnica viene
largamente usata per misure che hanno a che fare sia con una caratterizzazione se vogliamo
geografica della regione, che stiamo osservando, che possiamo, appunto, associare alle striature in
questo caso, oppure misure che ci servono semplicemente per acquisire un segnale che cerchiamo
piuttosto quantificare.
Quindi questa struttura emergente, da questo tipo di approccio, la conseguenza della struttura della
cellula, la quale contiene con periodicit queste organizzazioni. Questo uno schema che vediamo
in sezione longitudinale della fibra. Ci significa che potremmo avere una sezione trasversa, e
vedremmo invece la stessa struttura in un altro modo perch la sezione sarebbe differente, cio
quella trasversale. Nel sarcomero abbiamo dei filamenti sottili, formati da actina, che si
interdigitano con delle strutture che sono, invece, costituiti da dei filamenti di miosina. Adesso lo
scorrere l'actina sulla miosina determina temporaneamente l'accorciamento. Ora il fenomeno si
realizza in questi termini: noi abbiamo delle strutture di miosina, che si trovano sull'asse. Queste
strutture sono dei cilindri proiteici, dei calici, fra i quali emerge una serie di teste, ovviamente qui
vediamo in termini bidemensionale, ma se vedessimo l'altra dimensione avrei il tralicio di miosina
nella quale spuntano in maniera elicoidale sulle corde di miosina. Le teste della miosina sono capaci
di interagire con i filamenti di actina, e riescono a farlo solamente nei punti nei quali le subunit di
actina, con le quali sono in grado di interagire, non sono occupate da un complesso multiproteico,
che formato da queste altre proteine, che normalmente in condizioni di riposo (quindi quando il
sarcomero rilassato) mascherano i siti dove la testa di miosina in grado di agganciarsi. Quando
un complesso delle troponine e della tropomiosina viene dissociato dal solco, nel quale la miosina
pu complessare l'actina, l'aggancio tra la testa della miosina e l'actina che si resa disponibile
attiva la capacit della testa della miosina di idrolizzare ATP e di sfruttare quell'energia per fare un
movimento in questa direzione e quindi trasportare l'actina ad una certa distanza verso l'interno.

L'azione coordinata del sarcomero, quindi di fatto passiamo da una situazione, nella quale in uno
stato di rilassamento, la larghezza del sarcomero questa ad una situazione nella quale, in caso di
contrazione la struttura si accorcia. Ecco perch la miosina stata trascinata. Questa operazione
viene, come dicevamo, sostenuta dal punto di vista energetico dall'idrolisi dell'ATP, ma resa
possibile dal fatto che il complesso delle troponine sia stato spostato dal sito nel quale la miosina
in grado di condensare l'actina. Affinch questo avvenga necessario che all'interno della cellula
muscolare cardiaca fluisca un quantitativo di calcio notevole, in modo tale che ciascuno dei siti ,
che funzionano normalmente come inibitore dell'interazione tra actina e miosina venga spostato
perch ha legato un certo numero di atomi di calcio. Quindi a livello molecolare necessaria una
quantit enorme di calcio all'interno della cellula per compensare il complesso delle troponine e far
si che queste in qualche modo abbiano una traslazione e rendere cos l'interazione tra miosina e
actina. Tuto ci si completa con un ritorno allo stato di partenza, che viene determinato dal fatto che
all'interno dello stesso ciclo, cos come le concentrazioni di calcio sono state fatte crescere
enormemente in pochi millisecondi, abbiamo luogo fenomeni opposti che determinano una caduta
della concentrazione del calcio e quindi il ritorno da questo stato a questo altro, nel quale non c'
pi spazio con l'interazione con la miosina. A un certo punto il sarcomero, che ha un suo ritorno
elastico tende a ritornare alle posizioni di partenza, subisce quindi un rilassamento e a livello
superiore il tessuto muscolare si rilassa, e quindi nel caso specifico del cuore la cavit si ampia ed il
cuore ritorna in una fase di riempimento (diastole), mentre ovviamente quando si era contratto
aveva spremuto all'esterno il suo contenuto eravamo in fase di sistole. Ora nei pressi di quasi ogni
sarcomero esiste una complessa organizzazione, sia della membrana esterna della cellula, sia di un
insieme di cisterne intracellulari, che prendono rispettivamente il nome di tubulo T, per quanto
riguarda questo sprofondamento della membrana plasmatica verso l'interno della cellula muscolare
pur lasciando che l'extracellulare non abbia contatto con l'intracellulare (citoplasma), mentre questa
altra una ragione che prende il nome di reticolo sarcoplasmatico (sarcos significa carne). Il
reticolo sarcoplasmatico di una cellula muscolare striata ha la struttura del corrispondente reticolo
endoplasmatico. Cos come la membrana plasmatica, che si chiama alternativamente plasmalema
nelle cellule non cos specializzate e in questo caso viene chiamata sarcolema. Quindi di fatto
abbiamo una struttura che oltre alla complessit del sarcomero aggiunge anche la complessit di
rapporto spaziale tra l'ambiente extracellulare e questa cisterna intracellulare, che appartiene al
reticolo sarcoplasmatico. Questa una ricostruzione di una indagine di una AFM, di una superficie
di una membrana di una cellula muscolare cardiaca e vedete che tanto esiste una periodicit
superficiale, che rappresentata dai punti dove sono ancorate le strutture, che tengono insieme 'i
pettini' formati da miosina e actina e, al di la di questa sottolineatura, vedete che periodicamente ci
sono queste invaginazioni, come dei pozzi se vogliamo, che in realt non sono dei buchi che
attraversano la membrana, mettendo in comunicazione l'interno con l'esterno, ma sono invece delle
regioni che corrispondono a questi tubuli T e che permettono dunque un avvicinamento, se
vogliamo, dell'ambiente extacellulare alle strutture interne della cellula ed in particolare al reticolo
sarcoplasmatico. Questa organizzazione complessa permette poi una gestione interattiva ed efficace
dei transienti ionici, che determinano la possibilit che avvenga il ciclo di contrazione e
rilassamento in un tempo che di circa 0.8 secondi. Questa un'alta immagine, che vi mostra lo
scorrere delle componenti di tropomiosina(in azzurro) e delle troponine(in verde), per poter, in
funzione con il legame con il calcio, mantenere nascosta, in questo caso, oppure libera quella
porzione dell'actina, che sar suscettibile dell'interazione con la miosina. Questo invece la
transizione tra il rilassamento e la contrazione e il nocciolo del discorso nel quale arriviamo adesso
che per passare da questo stato rilassato a questo altro abbiamo bisogno di una variazione della
concentrazione del calcio intracellulare, che di due ordini di grandezza. Cio passiamo da un 10^7 molare in fase di rilassamento ad un un 10^-5 in fase di contrazione (anche 10-^4). questa
operazione deve essere gestita con grandissima rapidit, quindi immaginate quanto debbano essere
vorticosi i flussi ionici che si realizzano attraverso tutta una serie di elementi che appartengono ad
una specie di proteine transmembrana, come le abbiamo descritte in maniera generica fino ad ora.

Nell'immagine, che vediamo, la distanza che abbiamo tra la membrana e questa unit di sarcomero
viene considerata percorribile in un tempo piccolo. In realt potete immaginare che quello che
accade all'interno della membrana plasmatica distante notevolmente da quello che accade nella
profondit del citoplasma della cellula. Quindi dobbiamo scollare da un punto di vista concettuale i
fenomeni che riguardano il transito del calcio all'interno della cellula, che vedremmo ancora in
seguito della depolarizzazione della membrana dalle quantit di calcio, che occorrono per saturare i
siti, che sono alla superficie di actina, che sono enormi perch servono per poter posizionare su
ognuno di quei siti, in particolare sui siti delle troponine, un numero sufficiente di atomi di calcio
che permettano di spaziarli perch poi la miosina interagisca. Adesso facevo poco fa un esempio,
che privo di una proporzionalit reale, per voglio dire che il fenomeno del transito degli ioni
sulla superficie della membrana come il passaggio di ioni attraverso quella porta per giustificare
un fenomeno, che si svolge in centro a Cesena. Quindi ci deve essere un sistema di accoppiamento
tra un segnale, che arriva a questo livello e una funzione che poi si svolge ben pi distante, dove
sono chiamati in causa gli elementi che hanno una loro quantit una loro grandezza ben pi
significativa di quanto non sia il passaggio attraverso la membrana. Adesso vedremmo un po'
meglio a che cosa si riferisce questo discorso pi generale. Quindi noi siamo in questa cellula
muscolare, nella quale abbiamo le condizioni di partenza rappresentate dalla differenza di
concentrazioni ioniche tra fuori e dentro e quindi dall'esistenza di un potenziale di membrana. Il
potenziale di membrana, anche questo un fenomeno che riguarda esclusivamente la membrana.
Cio quando qui sto parlando di uno sbilancio ionico che esiste ai due capi, visto che abbiamo tre
cariche che vanno fuori e due che vanno dentro che uguale a -1 (lo sbilanciamento di carica),
questo non significa che noi abbiamo un fenomeno che riguarda l'intero volume della cellula, un
fenomeno confinato solo sulla membrana per gestire esclusivamente quelle funzioni che sono
indipendenti dalla propriet elettrica, come appunto la gestione della conformazioni di canali, che
siano voltaggio dipendenti. Il discorso si arresta li e , ovviamente , per la conseguenza del transito
attraverso i canali voltaggio dipendenti poi avr una sua amplificazione che vedremmo nel dettaglio
adesso. Quindi noi siamo in una situazione, nella quale la cellula depolarizzata. Infatti all'inizio
del fenomeno contrattile rappresentato dalla cellula depolarizzata. La cellula polarizzata con il
segno meno dentro e l'inizio del fenomeno contrattile la perdita di questa polarizzazione. Quindi
l'annullamento di questa distribuzione alternativa di carica. L'annullamento un fenomeno elettrico,
cio una onda di depolarizzazione, che in questo caso deriva dal sistema pacemaker del cuore e dal
sistema di conduzione cardiaco che, ovviamente, un sistema nel quale la gestione dei flussi ionici
attraverso la membrana tarata per funzionare come un oscillatore, che matematicamente pu
essere trattata tramite dei modelli, costituiti da equazione differenziali. La depolarizzazione del
sarcolema un fenomeno legato al potenziale d' azione, appunto a questo fenomeno elettrico viene
innescato dal pacemaker cardiaco e dal sistema di conduzione, che come potete vedere da queste tre
tacce, questo fenomeno anticipa l'aumento del calcio intracellulare e a sua volta anticipa la
contrazione del sarcomero per poi tornare con la stessa dinamica di sequenzialit, uno, due e tre le
condizioni di riposo tutte e tre le grandezze che sono in gioco. Dunque la depolarizzazione svolge
sui canali del sodio, presenti sulla membrana plasmatica, quell'effetto che abbiamo descritto a
livello molecolare. Cio di fatto fa si che i sensori del voltaggio, perdendosi la depolarizzazione,
vengano spinti verso l'esterno perch, se vi ricordate la figura di prima costituita da cilindri in
arancione non venivano pi attratti dal negativo formati dagli aminoacidi delle catene collaterali
positive, non avevano pi l'attrazione verso molecole negative, quindi rimbalzavano verso l'esterno
e di fatto lasciavano la possibilit al gate (al cancello) del canale il calibro necessario per il transito
del sodio. Quindi di fatto questo che la depolarizzazione della cellula. Cio la misura del
transiente del voltaggio sulla membrana la conseguenza di una serie di correnti, che possono
anche essere misurate con un approccio del pech clamp, come contributi delle singole correnti di
ogni specie di canale. Quindi vedete che abbiamo una corrente entrante, per convenzioni quando
vengono indicate come deflessioni verso il basso sono correnti che vanno dentro la cellula e
abbiamo una corrente di sodio, che sono ovviamente molto compresse fra di loro, e anche qui
abbiamo sodio che entra prima del calcio, che subito dopo incomincia a essere espulso e ad entrare

verso uno scambio con il sodio. Voglio sottolineare in questo punto che questo fenomeno globale di
depolarizzazione la conseguenza del contributo individuale di una serie di correnti specifiche, che
sono in sequenza, quella del sodio e poi quella del calcio. Il quale calcio , una volta entrato non fa in
tempo a finire il fenomeno del calcio poich la velocit con la quale deve aver luogo la contrazione,
gi si attivano i meccanismi che lo buttano fuori per ritornale nelle condizioni di partenza. Quindi
la prima cosa che succede l'attivazione del sistema voltaggio dipendente che permette l'ingresso di
calcio a favore del gradiente, la cui conseguenza e una maggiore depolarizzazione di quella che era
stata originata dall'iniziale depolarizzazione di membrana che aveva attivato l'apertura del canale
( tanto questo quel meccanismo costante con il quale di fatto la cellula provvede a mantenere
globalmente la depolarizzazione su tutta la membrana). Quindi di fatto siamo a meno 70 dentro, la
depolarizzazione determina un passaggio a meno 50, che incrociano la soglia che corrisponde allo
stato che la porta del sodio si pu aprire. Quest'ultima, aprendosi, fa precipitare all'interno della
cellula tonnellate (in maniera figurata) di cariche positive e di conseguenza quindi il potenziale
tende ad andare verso 0. a questo punto succede, che in questo suo transito verso 0, il potenziale
raggiunge una soglia che quella tipica di una canale per il calcio. Il canale per il calcio, che
posizionato, sul sarcolema e in particolare posizionato sulla superficie di questo tubulo T (nella
membrana sarcoplasmatica) che entra in profondit all'interno della cellula per poter essere in un
rapporto stretto con una struttura intracellulare. Per quale ragione ci serve il reticolo
sarcoplasmatico? Perch il calcio che entra dall'esterno sia sufficiente, aprendo la porta li, ad
arrivare al sarcomero che sta li, deve effettivamente complessare i siti della troponina che bloccano
contemporaneamente l'actina. Questo calcio non un quantitativo sufficiente per poter gestire la
configurazione del sarcomero, ma un quantitativo sufficiente per gestire l'attivazione di una
proteina che infilata, questa volta non nella superficie della membrana cellulare, ma nello spessore
della membrana del reticolo sarcoplasmatico. Come vedremmo, andando avanti nel corso, nelle
varie componenti di una struttura molecolare, come quella della quale parliamo, richiedono una
specie di allenamento ad uno sleng specifico. Ad esempio questo particolare elemento infilato nella
membrana del reticolo sarcoplasmatico viene indicato come RwayR e sta per recettore della
ianodina (o ianonina (?)).In realt dipende un po dai percorsi diagonali, che la ricerca affronta
quando..., in modo un po', c' una qualit in inglese ?serendibiti' (in inglese) e significa la capacit
che avvenga una cosa e che si trovi una cosa quando non la si andava a cercare. Quindi la
casualit di una trovata, e se volete anche la scoperta della penicillina questa, nel senso che si
erano dimenticate delle piastre di batteri sul tavolo, si sono sporcate, hanno incominciato a crescere
delle muffe e i batteri morivo. Allora che cosa producevano le muffe? Chi si interessato poi
andato a cercarlo e a scoperto che producevano una specie di 'penicillum..'(il pro non ricorda'), e da
questo poi nata la penicillina, che tutto sommato per certi versi una scoperta guidata a questa
casualit con il quale avvengono certi fenomeni in laboratorio. In questo caso la serendibiti verifica
se c' un insetticida, che si chiama ianodina e che in grado di attivare, indipendentemente dal
meccanismo che stiamo per descrivere, questo tipo di canale della membrana del reticolo
sarcoplasmatico, il quale una volta che stato attivato dal calcio, che arriva dall'esterno, si apre e fa
inondare il citoplasma dal calcio che vi immagazzinato. Quindi di fatto il calcio che determina
stechiometricamente l'occupazione dei siti delle troponine, le quali bisogna bloccare per ch si
possa poi creare l'interazione tra miosina e actina, viene dal reticolo (riferito al calcio-->cio il
calcio arriva dal reticolo). Quest'ultimo un compartimento, pur essendo contenuto all'interno della
cellula, viene rilasciato nel citoplasma. E qui che butta il richiamo alla abilit della separazione di
compartimenti intracellulari, attraverso una membrana, per poter determinare al loro interno delle
condizioni estremamente diverse da quelle che invece si hanno in un ambiente cellulare il quale
funzionamento della cellula differente. L'apertura di questo canale determina un flusso di carica di
calcio a favore di gradiente. Quindi questo un canale che viene attivato dalla depolarizzazione e
grazie al fatto che l'ingresso di sodio, a sua volta attivato dal potenziale di azione, abbia ridotto
ancora di pi la differenza di potenziale (notate bene questo canale si chiama canale lento del
calcio) e la membrana produce una corrente di calcio, il quale in questo caso funziona come un
antagonista recettoriale. Cio ha una affinit per questa proteina e nel legarsi a questa proteina ne

determina il cambio conformazionale, producendo di conseguenza la sua apertura. Quindi il flusso a


favore di gradiente di calcio contenuto nel reticolo sarcoplasmatico. Questa quantit di calcio, che
viene buttata fuori dal reticolo non poi fisicamente in grado di tamponare i siti di legame che sono
necessari dislocare per l'interazione. Quindi questi canali calcio sono diversi dai primi canali calcio
che abbiamo visto. Infatti sono dei canali calcio, che come funzione hanno un filtro di selettivit,
lasciando passare solamente diffusamente del calcio. Questi si attivano in seguito alla
depolarizzazione, mentre questi altri si attivano attraverso legami chimici con il calcio che entra. Il
verso del transito dipende esclusivamente dal gradiente. Quindi quando c' pi calcio fuori rispetto
a quanto non ce ne sia dentro allora la porta si apre e il calcio potr andare verso dove meno
concentrato, se fosse contrario per ipotesi e cio se questo fosse aperto quando le concentrazioni di
calcio sono pari a 10-4 il calci diffonderebbe invece da quest'altro canale. Lo stesso qui il calcio
pi concentrato all'interno del reticolo sarcoplasmatico e allora il calcio esce fuori andando nel
citoplasma. L'apertura, in questo caso, una apertura differente. Infatti, in realt, i canali possano
stare in due stati... (non si capisce quali siano gli stati, quando parla), hanno una specificit, si
aprono in risposta a stimoli specifici a seconda della tipologia di canale in questione. Infatti alcuni
si aprono in conseguenza alla depolarizzazione, altri invece, che si aprono in seguito al legame di
uno specifico agonista, che pu avere il sito di interazione fisicamente sul versante della membrana
oppure sull'altro. proprio una specifica costruttiva di fatto. Inoltre ci sono anche quelli che sono
regolati meccanicamente, per esempio quelli che sentono sulla superficie delle cellule endoteliali le
forze di taglio e quindi il flusso di plasma, che striscia sulla superficie e come tale fa da stimolo per
l'apertura per alcune specie di canali. Quindi, di fatto i canali del calcio, dei quali stiamo parlando,
sono canali specifici per lo stesso ione, ma attivati uno da questo meccanismo e uno da questo altro.
In questo caso il recettore per la iadolina identifica, come pallino rosso, che ne determina l'apertura,
il calcio che entrato attraverso in quest'altro canale che sta sulla membrana. E siamo arrivati a
parlare del canale lento del calcio, che un fenomeno di membrana che consiste nel fatto che qui
abbiamo la depolarizzazione della membrana per il sodio,che fa entrare sodio, e quando il sodio
entrato si raggiunge la soglia di depolarizzazione per il canale lento del calcio che sta anch'esso
sulla membrana. Non stiamo vedendo transiti di calcio attraverso il reticolo perch queste misure
che sono state fatte in pech clamp. Il pech clamp si realizza posizionando l'elettrodo sulla superficie
della cellula. Ora per andare a misurare un transito di canali su una membrana che sta all'interno
della cellula, io devo sfasciare la membrana esterna per entrarci dentro e dopo che l'ho fatto ho
alterato il mio sistema, quindi sono misure che teoricamente non si fanno. Cio si possono anche
fare, ma la configurazione diventa diversa da quella che abbiamo visto fino ad ora. Quindi
localmente, nei pressi della porta di ingresso e cio presso il canale situato sulla membrana,
l'aumento della concentrazione di calcio determina l'attivazione del recettore della iadolina. Ci
troviamo gi in una fase , nella quale i sistemi sono supportati da un contributo al regime
stazionario del calcio. Vedete che qui non abbiamo uno spaik di corrente e quindi non abbiamo una
cosa che va su e torna immediatamente gi, ma abbiamo soprattutto un qualcosa abbastanza
variabile a seconda della specie di canale. Infatti il potenziale di azione di una cellula umana
abbiamo una sorta di plateau che si mantiene per un po' e questo plateau dato dal fatto che le
concentrazioni di calcio intracellulare vengono mantenute elevate per una parte significativa del
ciclo cardiaco. A questo mantenimento della concentrazione partecipa anche questo scambiatore,
che attraverso dei legami coniuga una fusione di tre molecole di sodio all'importazione di una
molecola di calcio per mantenere elevata la concentrazione di calcio intracitoplasmatico, che
determina la contrazione. Dopo di ch , mentre siamo in una fase nella quale si completa ,il regime
di concentrazione di calcio, che determina la contrazione, gi si sono raggiunte le concentrazioni
che ne attivano l'espulsione. La dinamica del ciclo contrattile molto breve e immaginate quando
la frequenza massima cardiaca raggiungibile 255 battiti al minuto, che naturalmente varia anche in
base all'et. Quindi la frequenza standard dell'ordine di 70 battiti al minuto e ovviamente in
funzione della necessit della che abbiamo, possiamo raggiungere 180, 220 battiti al minuto e il che
significa che ogni ciclo viene proporzionalmente ridotto. Questa riduzione significa che si agisce su
dei sistemi di smaltimento di calcio nel citoplasma dopo che si avuta la contrazione del

sarcomero. In realt tutto quello che abbiamo visto fino adesso un fenomeno, che come avete visto
dal piccolo potenziale di azione, sostanzialmente istantaneo. Quindi si realizza in un tempo sul
quale non c' molto margine di movimento, infatti non esiste che si possa rendere pi veloce il
ciclo, velocizzando questa parte del fenomeno, quindi pi veloce di cos l'ingresso del calcio non
pu andare. la parte di recupero del calcio dal citoplasma che si pu aumentare. In questo caso
l'aspirazione del del calcio da qui per infilarlo a forza nuovamente da dove veniva, cio all'interno
del reticolo sarcoplasmatico il fenomeno che pu essere variato di durata e sul quale dobbiamo
immaginare di avere un fattore due, tre di velocit di velocizzazione quando il ciclo si riduce.
Questa la ragione per la quale, quindi il fenomeno di recupero del calcio quasi contestuale alla
fase terminale del ciclo del suo aumento. Per questo motivo, gi come vi anticipavo, essendo la
massa del calcio proveniente dal reticolo dentro il reticolo che deve essere ributtata (la massa di
calcio, con il recupero dello stesso). Questo lo fa una calcioatpasi, questo il nome che le possiamo
dare anche sulla base di quello che dicevamo in apertura della lezione, la quale consuma ATP e
importa il cacio plasmatico dentro il reticolo a sfavore di gradiente. Tutti gli equilibri cinetici sono
bilanciati tra di loro per cui se il calcio diminuisce in ambiente citoplasmatico, ovviamente l'affinit
per queste molecole, e quindi la capacit di legare i siti di actina tendono a diminuire
proporzionalmente, quindi il calcio si stacca dalla tropomiosina, finisce nel citoplasma, il quale
(calcio) viene reclutato dalla calcioatpiasi per essere buttata dentro il reticolo sarcoplamatico.
Tenete a mente ora questa piccola pastiglia verde dove c' scritto DPLP. In maniera accessoria, cos
come abbiamo visto i fenomeni che riguardano la membrana anche l'espulsione del calcio avviene
anche ad altri livelli. Quindi abbiamo una pompa che lo espelle, lavorando in maniera inversa
rispetto a questa. Potremmo considerarla addirittura la stessa molecola che ha invertito la sua
funzionalit, semplicemente perch sono cambiati i regimi di concentrazione ai due capi della
membrana. Quindi da un certo contributo in funzione di quantitativi meno rilevanti di calcio e in
qualche misura qui vediamo la partecipazione della pompa alla espulsione del calcio, come
mostrato dal fatto che lo spaik sia questa volta verso l'alto. Infatti significa, che questa una
corrente che esce ed assegnata a questa pompa. Come lo si faccia ad assegnare, in realt un
discorso complicato che forse bene non affrontare. Infatti esistono delle strategie farmacologiche,
attraverso le quali si riesce nel corso di una indagine in pech clamp, che bloccano una serie di canali
che non ci interessa far funzionare, in modo tale da isolare la corrente in un singolo tipo di canale,
che poi in questo caso viene poi indicato all'operatore in funzione del protocollo che ha utilizzato la
realizzazione dell'esperimento. Ora questi discorsi, che vi facevo, era per dirvi che il contributo
delle varie molecole che gestiscono i flussi ionici, varia a seconda anche a seconda della specie
della quale si sta indagando. Per esempio questo un paragone del contributo che proporzionale
rispetto al totale del flusso di calcio che viene mobilizzato all'interno di un ciclo di reticolo
sarcoplasmatico e trasportatore della membrana in una cellula di coniglio oppure di ratto. Infatti
vedete che per una qualche ragione queste due specie, che appartengono ad un livello evolutivo
superiore di un mammifero e quindi due specie che adoperiamo spesso come modello di riferimento
di studi in vitro, in realt hanno dei comportamenti che sono abbastanza divergenti tra di loro
perch nel coniglio il reticolo mobilizza solamente due terzi del calcio che serve per la contrazione,
mentre il ratto quasi la totalit che viene gestita attraverso il reticolo. Ad esempio quello che ho
schematizzato prima pi riferibile a questo (cio al topo). Quindi qui anche forse un piccolo
allarme relativo alla trattabilit dei dati che ci vengono propinati dalla biologia e che derivano da
una specie piuttosto che un'altra. Oggi giorno questi esperimenti, che vengono fatti sugli animali,
vengono fatti tramite metodiche non invasive e i dati se li volessimo trasportare nell'uomo non
rispecchierebbero perfettamente (fedelmente) il fenomeno che avviene nelle cellule umane, quindi
questi dati bisogna saperli trattare e saperli discutere. Nonostante ci sono state delle valutazioni
utili per la schematizzazione generale del fenomeno del quale stiamo parlando. E questo il ciclo
completato, quindi adesso ci troviamo in una fase di rilassamento. La prossima volta vedremo
qualche dettaglio sulla gestione della velocit con la quale il calcio viene reintrodotto all'interno del
reticolo in funzione della necessit di abbreviare il ciclo cardiaco. Viene effettivamente realizzata
questa operazione, attraverso una gestione della portata della calcioatpiasi nel reticolo

sarcoplasmatico, quindi indicata come sarcoplasmaticum .., e attraverso questa atpiasi della
quale diamo un nome alternativo, che viene realizzata attraverso l'interazione che questa ha con
quella pastiglia verde, che prima vi ho fatto notare, che prende il nome di fosfolambano. Il
fosfolambano una sorta di freno tirato in maniera costitutiva sulla portata del flusso di calcio che
viene spinto all'interno del reticolo al termine del ciclo. Quindi l'aumento di questa portata, visto
che il fosfolambano funziona come freno, viene realizzato attraverso il rilascio di questo freno
stesso. Questo freno viene rilasciato attraverso una serie di eventi, quindi abbiamo l'inibizione di un
inibitore, che vengono attivati da una cascata di segnale che a sua volta richiede l'interazione di
proteine, che questa volta svolgono funzioni recettoriali, quindi non lasciano passare niente
all'interno della cellula attraverso la membrana in seguito alla occupazione da parte di un agonista,
ma attivano una serie di eventi e quindi se vogliamo fanno passare esclusivamente informazione, la
quale in questo caso aumentare la portata, attraverso la pompa che recupera calcio all'interno del
reticolo sarcoplasmatico. Tutto ci viene fatto attraverso una serie di elementi, che poi avranno un
nome pi chiaro, questa ad esempio una adenilatociclasi, questa una proteinchinasiA, questo il
fosfolambano e questo un recettore che viene occupato sicuramente dall'adrenalina. abbastanza
noto, che nel momento abbiamo bisogno di una riserva e di fare accesso a questa, con consumo di
ATP. Il sistema neurovegetativo, che entra in gioco in questo caso, quello simpatico che come
mediatore utilizza un trasmettitore che appartiene alla famiglia delle catecolamine, che nello
specifico l'adrenalina. L'adrenalina funziona occupando un recettore superficiale, che quando
viene occupato subisce delle modifiche della sua struttura tridimensionale, che a loro volta
determinano l'attivazione di una cascata di eventi chimici, che poi arrivano sul versante, che in
questo caso la nostra pompa del calcio. Quindi questa una diapositiva che vuol fare un po da
transizione tra quello che abbiamo visto oggi e l'argomento del quale parleremo la prossima volta,
che dimostra come le proteine organizzate in prossimit della cellula trasducono segnali senza
fisicamente mobilizzare nulla ai due capi della membrana, ma semplicemente attraverso una serie di
modifiche in cascata della configurazione tridimensionale, che convergono su una attivazione o
disattivazione di un bersaglio terminale. Quindi rimaniamo nell'ambito della gestione del traffico
attraverso la membrana, se facciamo riferimento ad una delle diapositive iniziali, nelle quali avevo
sostanzialmente sottolineato, che attraverso la membrana possiamo avere il passaggio di materiale
voluminoso come in tutti casi che abbiamo visto ora, di piccole molecole come il caso che
abbiamo descritto abbastanza nei trasportatori e nei canali ionici e di informazione esclusivamente,
cio indicazioni a un determinato comportamento da parte della cellula. Questo comportamento pu
essere realizzato attraverso la modifica dello stato funzionale di un prodotto, del quale la cellula
gi dotata come nel caso della pompa nella membrana del reticolo, oppure e lo vedremmo anche
nella transizione come nel caso della gestione del nostro genoma, attraverso l'attivazione di
realizzazione di un progetto o dispositivo, che significa la realizzazione dal genoma del piano
progettuale a sintetizzare una proteina, che in quel momento nella cellula non c' e che, in presenza
di uno stimolo, la cellula si rende conto di dover produrre. Quindi la prossima volta parleremo di
come l'occupazione di un recettore, in particolare quello beta-adrenergico, appartenete alla famiglia
delle catacolamine dell'adrenalina, e vedremo come determina l'attivazione della portata del calcio
all'interno della cellula muscolare.