Protenas

Mara de la Luz Velzquez Monroy & Miguel ngel Ordorica Vargas

Introduccin
El nombre Protena fue propuesto en 1838 por el qumico sueco Jons Jakob Berzelius (Figura 1)
para designar a las substancias complejas y ricas en Nitrgeno que se encuentran en las clulas
de todas las plantas y animales.
La palabra deriva del griego proteios que significa "de primera importancia", lo cual es indicativo de la importancia biolgica que desde entonces se reconoca para estas substancias.
Por definicin, las protenas se consideran como:
Macromolculas formadas por cadenas lineales de aminocidos,
unidos por enlaces peptdicos, sin orden aparente.

Figura 1. Jons Jakob

Berzelius

En este caso, preferimos usar cadena, en lugar del trmino polmero, porque los polmeros reales estn formados por unidades
iguales, mientras que las protenas pueden tener 20 o ms aminocidos diferentes.

Funciones
Esta definicin deja mucho que desear en cuanto a la comprensin de la versatilidad de las protenas, que se refleja en la variedad de sus funciones, como se enlista a continuacin.
Estructurales. Dan forma y constituyen el soporte de las estructuras de clulas y tejidos. Entre las
ms importantes de este grupo se encuentran el Colgeno, que es la protena ms abundante del
organismo (30% de la protena total, 15% del peso seco), Elastina, Queratina, Tubulina, etc.
Transporte y Almacenamiento. Gran cantidad de sustancias se transportan a travs del organismo,
y/o se almacenan, unidas a protenas como Hemoglobina y Mioglobina (O2), Transferrina, Ferritina y Siderofilina (Fe), Lipoprotenas (lpidos), Albmina (c. grasos y frmacos).
Catlisis. Es el grupo con ms variedad; incluye todas las enzimas que se estudian en el curso,
como la Anhidrasa Carbnica que participa en el transporte de CO2, Renina que participa en la
regulacin de la presin sangunea, y Glutaminasa que participa en la regulacin del pH en el
Rin.
Movimiento. Las principales protenas contrctiles son Actina y Miosina del msculo y la Tubulina del citoesqueleto.
Proteccin y Defensa. Los Anticuerpos son las protenas ms conocidas de este grupo que tambin incluye los Interferones, el Sistema del Complemento y la Fibrina del sistema de coagulacin de la sangre.
Hormonas. Las hormonas peptdicas son muy abundantes e incluyen sustancias como Insulina,
Glucagon, Oxitocina, ADH (Vasopresina), Factores de Crecimiento y Liberacin, etc.
maov/mlvm/febrero de 2012

Protenas

Identificacin. Las propiedades antignicas de las protenas, como las de grupo sanguneo o de
histocompatibilidad, sirven para que el organismo pueda reconocer las estructuras propias, distinguirlas de las extraas y actuar en correspondencia.
Regulacin. La diferenciacin y el control de las funciones celulares, dependen de la regulacin
de la expresin de la informacin gentica que llevan a cabo los factores nucleares de naturaleza
proteica.
Comunicacin. La generacin de impulsos y la traduccin de los mismos dependen de protenas
de membrana, denominadas Receptores, que transducen las seales fsicas o qumicas que reciben, en cambios bioqumicos dentro de las clulas. Podemos mencionar los receptores de hormonas, neurotransmisores, presin, tonicidad y luz, como la Rodopsina.
Esta lista de categoras podra hacerse ms extensa ya que todas las actividades celulares dependen en forma directa o indirecta, de la accin de una o ms protenas.
Clasificacin
Las protenas se pueden clasificar usando varios criterios:
Segn la funcin. Las protenas se pueden clasificar con base en la funcin que realizan, como
en la lista anterior. En la clasificacin funcional una misma protena puede pertenecer a ms de
un grupo por ejemplo la Albmina es un componente estructural de la sangre, pero tambin
cumple funciones de transporte. Algo similar sucede con la Miosina que junto con su funcin de
contraccin, tambin forma parte de la estructura del msculo y adems presenta actividad enzimtica.
Composicin qumica. Las protenas que estn constituidas nicamente por aminocidos, se denominan simples, como ejemplo tenemos la Albmina y la enzima Ribonucleasa.
Las protenas que en su estructura adems de aminocidos, tienen otros grupos no proteicos, se
conocen como complejas o conjugadas, como la Hemoglobina, los Citocromos de la cadena
respiratoria, y casi todas las enzimas que estudiaremos. La parte proteica de las protenas conjugadas se conoce como apoprotena y la parte no proteica se conoce como grupo conjugado. A su
vez, las protenas conjugadas se pueden clasificar segn la naturaleza del grupo conjugado como
se describe en la Tabla 1.
Tabla 1. Clasificacin de protenas segn su composicin qumica
PROTENA
GRUPO CONJUGADO
Nucleoprotenas
cido nucleico, en cromosomas y ribosomas.
Glicoprotenas o mucoCarbohidratos y derivados de carbohidratos, incluyen a los anticuerprotenas
pos y varias protenas de membrana..
Lipoprotenas
Lpidos
Fosfoprotenas
Esteres de fosfato en residuos de serina o Treonina
Cromoprotenas:
Grupos pigmentados, Flavinas, Hemoglobina, Citocomos
Flavoprotenas
Dinucletido de flavina-adenina, cono la succinato deshidrogenasa
Hemoprotenas
Grupos de porfirina-hierro (hemo), como hemoglobina, citocromos,
catalasa y mioglobina.
Metaloprotenas
Iones metlicos, como el zinc de la anhidrasa carbnica
mlvm/maov/2

Protenas

Forma. Segn su forma las protenas pueden ser fibrosas como Queratina, Colgeno y Fibrina
que son largas en proporcin a su dimetro, o globulares como la Albmina, Enzimas, Hemoglobina, Anticuerpos y Protenas de Membrana, que son ms simtricas.
Estas categoras representan los extremos de la clasificacin, pueden existir protenas que tengan
partes globulares y partes fibrosas, como la Miosina.
Solubilidad. Est clasificacin es til durante la purificacin, porque divide a las protenas segn
los solventes con los que se pueden extraer, como se describe en la Tabla 2.
PROTENA
Albminas
Globulinas
Escleroprotenas
Prolaminas
Glutelinas
Histonas
Protaminas

Queratinas

Tabla 2. Clasificacin de protenas segn su solubilidad

SOLUBILIDAD
Solubles en agua y soluciones salinas diluidas; precipitan por saturacin completa con sulfato de amonio, coagulan con calor. Albmina srica
Solubles en solucin salina diluida, insolubles en agua y en soluciones salinas
concentradas, coagulan con calor. Anticuerpos
Insolubles en soluciones acuosas neutras y en cidos o bases diluidos. Colgeno, Gelatina. Tambin se conocen como albuminoides.
Solubles en agua:etanol al 70%, pero insolubles en agua o en etanol absoluto,
y solventes neutros. Protenas vegetales, Zeina del maz
Insolubles en agua, etanol y sus mezclas; solubles en cidos o lcalis diluidos,
coagulan con calor. Protenas vegetales, Glutelina del trigo
Solubles en agua, forman soluciones alcalinas dbiles, tambin en cidos diluidos, coagulan con calor. Generalmente conjugadas, como nucleoprotenas
(Histonas del ncleo) y cromoprotenas en estado nativo
Solubles en agua formando soluciones alcalinas; contienen proporciones elevadas de Arginina. Son de peso molecular pequeo; no coagulan por el calor.
De los espermatozoides de peces; conjugadas con cido nucleico en estado
nativo
Insolubles

Tamao. En base el tamao de las cadenas, las protenas se dividen en: (1) oligopptidos, que tiene de 2 a 10 aminocidos en la cadena; por ejemplo Oxitocina, Angiotensinas, Encefalinas, Vasopresina; (2) polipptidos, con 11 a 100 aminocidos, Glucgon e Insulina, y (3) protenas,
con mas de 100 aminocidos.
En esta clasificacin, algunos autores consideran polipptido a cualquier cadena sencilla de aminocidos sin importar su tamao, y protena slo a la molcula formada por dos o ms cadenas de
aminocidos.
Estructura. Las protenas son monomricas cuando estn formadas por una sola cadena de aminocidos como Albmina, Mioglobina, Ribonucleasa; oligomricas cuando tienen mas de una
de cadena, como Hemoglobina, Lactato Deshidrogenasa, Anticuerpos y la mayora de las enzimas de clulas eucariticas; y complejos, cuando estn formadas por varias cadenas que realizan distintas actividades como los complejos de la Cadena Respiratoria y el de la Piruvato
Deshidrogenasa.
Sin importar el tipo de clasificacin aplicada o el grupo al que pertenece una protena, sus propiedades y funciones se originan en la composicin de aminocidos que la constituyen, de ah
mlvm/maov/3

Protenas

que para comprender cabalmente las protenas, sea necesario estudiar primero los aminocidos.
Aminocidos
Los aminocidos son molculas que contienen un grupo amino y un cido. Los aminocidos de
las clulas se dividen en dos grupos, los proteicos o protenicos, que se encuentran en la estructura de las protenas, y los no proteicos o no protenicos que no lo estn, pero cumplen otras funciones.
En los aminocidos protenicos el grupo cido es siempre un carboxilo y en todos ellos los grupos
amino y carboxilo, estn unidos al mismo carbono, el llamado carbono alfa (C), por esta razn
se dice que los aminocidos protenicos son -aminocidos.
Considerando por separado la fuerza que como cido y base tiene los grupos carboxilo y amino
respectivamente, la estructura general de estos aminocidos deba ser como la que se presenta en
el Esquema 1.A.

H2N

OH
H

H3N

R
A

O
H

R
B
Esquema 1

Si fuera as, los aminocidos de las protenas seran lquidos, voltiles, solubles en solventes no
polares y poco solubles en agua. Sin embargo, resulta que en realidad son slidos cristalinos, con
puntos de fusin elevados, solubles en agua, insolubles en solventes no polares, y producen soluciones electrolticas. Todas estas propiedades corresponden a compuestos inicos.
En los aminocidos protenicos, carboxilo y amino se encuentran ionizados porque al estar
prximos, actan como cidos y bases ms fuertes que en forma individual. Como resultado de
este efecto, los aminocidos protenicos existen como iones dobles o zwitteriones, con la
frmula general que se muestra en el Esquema 1.B.
En los esquemas anteriores, la R representa la cadena lateral del aminocido, tambin conocida
como Resto, Residuo o Radical del aminocido, que al ser la parte variable, confiere a cada
aminocido sus propiedades caractersticas.
Cuando R es diferente de H, las cuatro valencias del carbono estn ocupadas por sustituyentes
diferentes y se dice que es quiral (del griego keiros = mano) Los sustituyentes unidos a los carbonos quirales se pueden ordenar en dos formas diferentes alrededor del carbono central; el orden
que tienen los sustituyentes alrededor de un carbono quiral se llama configuracin. Las dos configuraciones que puede tener el carbono quiral guardan entre s la misma relacin que nuestras
manos derecha e izquierda, esto es, la de un objeto y su imagen en el espejo, por eso se dice que
son enantimeros (del griego enantios = espejo). Existen dos formas de designar las configuraciones de los compuestos quirales. La ms usada en Bioqumica es la configuracin relativa en la
cual se toma como patrn la molcula de Gliceraldehdo que puede existir en las dos formas que
se muestran en el Esquema 2, porque el carbono 2 es quiral.
mlvm/maov/4

Protenas

O
HC
H C OH
H2C OH

D-Gliceraldehdo

HC

HO C H

O
+

H C NH3
H2C OH
R
L-Gliceraldehdo
D-Aminocido
Esquema 2

H3N C H
R
L-Aminocido

Estas estructuras fueron designadas como D y L por Emil Fischer (Figura 2) basndose en su actividad ptica, como se describe ms adelante en las propiedades de los aminocidos.
Todos los aminocidos quirales de las protenas tiene la configuracin relativa L, con excepcin
de la Glicina que no tiene carbono quiral.
La otra forma de designar la configuracin de los carbonos quirales es aplicando la Regla de la
Secuencia para determinar la configuracin absoluta. En forma breve, la regla de la secuencia
consiste en asignar un grado de importancia o precedencia de los radicales unidos al carbono quiral, aplicando una serie de criterios que podemos resumir en los puntos siguientes.
1. La importancia de los tomos aumenta con el nmero atmico.
2. Cuando los nmeros atmicos son iguales, se usa como criterio de
importancia la masa atmica, los istopos ms pesados son ms importantes.
3. S los tomos son iguales en nmero y masa atmicas, se aplican los
mismos criterios a los tomos unidos a ellos, el tomo con mayor
precedencia es el que tiene unido tomos de ms importancia.
Figura 2. Emil Fischer

4. La importancia de los radicales se determina tomando en cuenta los

tomos uno a la vez, comenzando con el que est unido directamente
al carbono quiral y alejndose un enlace cada vez.

5. Los enlaces dobles o triples se cuentan como dos o tres enlaces sencillos a tomos del mismo
tipo, y el tomo con ms precedencia es el que est unido a un mayor nmero de tomos importantes.
Una vez asignada la precedencia de los sustituyentes, se dibuja la molcula de forma que los tres
ms importantes queden hacia el observador y el de menor importancia hacia atrs, alejndose del
observador. La configuracin absoluta es R (del latn rectus = derecho), si la precedencia de los
grupos disminuye en la direccin de las manecillas del reloj, y es S (del latn sinister = izquierdo), cuando disminuye en sentido contrario (Esquema 3).
La configuracin relativa L/D se aplica una vez a toda una estructura, sin importar que la molcula tenga ms de un centro quiral, basta especificar que carbono se usa para determinar la semejanza con el Gliceraldehdo. Por su parte, la configuracin absoluta R/S se debe especificar para
cada tomo quiral presente en la estructura de una molcula. La configuracin relativa L del carbono alfa de los aminocidos de las protenas equivale a la configuracin absoluta S, excepto en
la Cisterna, en la que el Azufre de la cadena lateral tiene mayor importancia que los Oxgenos del
Carbono carboxlico, por lo que el carbono alfa de este aminocido tiene configuracin absoluta
mlvm/maov/5

Protenas

S. De lo anterior resulta que los aminocidos protenicos se pueden designar como L-aminocidos, o 2-S-aminocidos.

H
1

HO

C
H
H2C3

H
2

OH

H
CH
2
3

OH
HO
R-Gliceraldehdo
S-Gliceraldehdo
Esquema 3
Estructura y nomenclatura de los aminocidos protenicos codificables
Los aminocidos protenicos se dividen en dos grupos, los que se incluyen en la estructura de las
protenas al momento de la sntesis que se llaman codificables, porque su posicin est determinada por la informacin gentica que codifica para la protena en cuestin, y los no codificables,
que se derivan de los codificables, mediante reacciones catalizadas por enzimas especficas, que
se llevan a cabo despus de la sntesis.
Las estructuras, nombres aceptados y smbolos internacionales de los 20 aminocidos protenicos
codificables se presentan, en orden alfabtico en la Tabla 3; y en la Tabla de propiedades fisicoqumicas de aminocidos, se presentan los nombres sistemticos y algunas propiedades fisicoqumicas importantes.
Clasificacin de los aminocidos protenicos codificables
En la clasificacin de los aminocidos protenicos codificables se pueden aplicar varios criterios:
Estructura qumica de las cadenas laterales. Segn este criterio los aminocidos pueden clasificarse como:
Alifticos. Son aquellos cuyas cadenas estn formadas slo por Carbono e Hidrgeno, unidos por
enlaces sencillos: Glicina, Alanina, Valina, Leucina, Isoleucina y Prolina.
Aromticos. Los restos de estos aminocidos tienen anillos aromticos, tipo Benceno: Triptofano,
Fenilalanina y Tirosina.
Hidroxilados. Las cadenas laterales de estos aminocidos tienen grupos OH: Serina, Treonina.
Azufrados. Cadenas con Azufre, ya sea en forma de mercapto (-SH) o tioeter (-S-): Cistena y
Metionina.
cidos. Las cadenas de estos aminocidos tienen radicales carboxilo: Aspartato y Glutamato.
Amidas. Son las amidas de los aminocidos del grupo anterior: Asparagina y Glutamina
Bsicos. Estos aminocidos tienen radicales que aceptan protones: Arginina, Lisina e Histidina.
Existen variantes de esta forma de clasificar los aminocidos. Algunos autores prefieren colocar a
mlvm/maov/6

Protenas

la Tirosina como aminocido hidroxilado, en nuestra opinin las propiedades aromticas del anillo fenlico son ms importantes. Otros autores aaden un grupo de cadenas con heterocclos,
formado por Triptofano, Prolina e Histidina, pero las propiedades de estas cadenas son muy distintas como para considerarlas en un mismo grupo. Por ltimo la muy extendida separacin de la
Prolina como un iminocido no es correcta y obedece a una nomenclatura obsoleta, que ya no se
aplica a las aminas secundarias.
Tabla 3. Estructura y Nomenclatura de los Aminocidos protenicos codificables
O
H

C R
+

NH 3

Nombre
Alanina

Smbolo
Nombre
Ala A Arginina

CH3

Smbolo
R
NH2 Arg
+

CH2 CH2 CH2 NH C

NH2

Asparagina

Asn

Aspartato

CH2 C

Asp

Phe

Glu

His

Leu

Met

CH2 C

Cistena

NH2
CH2 SH

Glicina

Cys

Fenilalanina

Gly

Glutamato

CH2

O
CH2 CH2 C
O

Glutamina

Gln

CH2

Histidina

CH2 CH2 C

HN

NH

NH2

Isoleucina

CH3

Ile

Leucina

CH3

CH CH2 CH3

CH2 CH
CH3

Lisina

CH2 CH2 CH2 CH2 NH3

O

Prolina
O

Metionina

CH2 CH2 S

Pro

Serina

CH2 OH

Ser

Tyr

Treonina

CH CH3

Thr

Val

CH3

CH2
CH2
+
H2N CH
2
HC

Tirosina
OH

CH2

Triptofano

Lys

Trp

CH2

Valina

OH

CH3
CH

N
H

CH3
mlvm/maov/7

Protenas

Comportamiento a pH fisiolgico. Segn este criterio, los aminocidos se dividen en:

No polares. Con restos que no son solubles en agua y por ello, tratan de colocarse en el interior
de las protenas, ellos son: Alanina, Valina, Leucina, Isoleucina, Prolina, Fenilalanina, Triptofano
y Metionina.
Polares sin carga. Sus cadenas pueden interactuar con el agua por lo que es posible encontrarlos
en la superficie de las protenas, pero tambin se pueden colocar en el interior si encuentran otra
cadena polar para formar puentes de hidrgeno, los aminocidos de este grupo son Serina, Treonina, Tirosina, Cistena, Asparagina y Glutamina.
Inicos. Cadenas con radicales cargados a pH fisiolgico que por ello deben colocarse casi exclusivamente en la superficie de la protena, incluyen los cidos Asprtico y Glutmico, de carga negativa, y las bases Lisina, Arginina e Histidina, con carga positiva. En esta clasificacin tambin
se acostumbra separar los aminocidos inicos en Catinicos (Lys, His y Arg) y Aninicos (Glu y
Asp).
En esta clasificacin la Glicina no se puede asignar a un grupo especial ya que su comportamiento depende de los aminocidos que la rodean.
Sntesis biolgica. Este criterio toma en cuenta la necesidad de cada aminocido que tiene el organismo
Existe un grupo de aminocidos cuya ausencia en la dieta provoca que el balance de nitrgeno se
vuelva negativo, porque no se pueden sintetizar las protenas y por lo tanto, se elimina ms nitrgeno del que se ingiere. La razn de esta condicin es que dichos aminocidos no se pueden sintetizar en el organismo y por ello se denominan esenciales, en el hombre son ocho: Valina, Leucina, Isoleucina y Treonina que son aminocidos alifticos ramificados; Triptofano y Fenilalanina, aromticos; Lisina de cadena larga, y Metionina que tiene un tomo de azufre a mitad de la
cadena.
Otros aminocidos aunque no son esenciales segn el criterio antes mencionado, representan casos especiales. La falta de Histidina no provoca que el balance de nitrgeno se vuelva negativo en
el corto plazo, sin embargo se requiere en la dieta de los individuos en desarrollo, probablemente
porque la velocidad de su sntesis no basta para llenar las necesidades durante el crecimiento. Por
otro lado, la sntesis de Cistena y Tirosina, depende de que la dieta contenga una cantidad suficiente de los aminocidos esenciales Metionina y Fenilalanina respectivamente, por eso cuando
faltan estos, los primeros no se pueden sintetizar y es necesario ingerirlos en la dieta.
Por ltimo, la Tirosina es esencial para quienes padecen de Fenilcetonuria.
Destino metablico. Tomando en cuenta las vas de degradacin que siguen sus esqueletos de
carbono, los aminocidos se dividen en:
Glucognicos puros. Siguen un metabolismo de tipo glcido o pueden servir como precursores de
Glucosa, son la mayora Glicina, Valina, Prolina, Metionina, Serina, Treonina, Cistena, Asparagina, Glutamina, Arginina, Histidina, Aspartato y Glutamato.

mlvm/maov/8

Protenas

Cetognicos puros. El metabolismo es de tipo lipdico o no pueden producir glucosa, como Leucina y Lisina.
Mixtos. Una parte de la molcula sigue un tipo de metabolismo y el resto el otro, como sucede
con Isoleucina, Triptofano, Fenilalanina y Tirosina.
Las diversas formas de clasificacin se resumen en la Tabla 4, marcando con X las categoras a
que pertenece cada aminocido.
Tabla 4. Esquemas de clasificacin de los aminocidos protenicos codificables
A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
Aminocido Ala Cys Asp Glu Phe Gly His Ile Lys Leu Met Asn Pro Gln Arg Ser Thr Val Trp Tyr
Clasificacin segn su estructura qumica
Alifticos

Aromticos

Heterocclicos

Azufrados

Acidos

Amidas

Bsicos

Hidroxilados

Clasificacin segn su comportamiento a pH = 7

No Polares

Polares sin
Carga
Aninicos
Catinicos
Esenciales
No esenciales

Clasificacin segn su requerimiento

Clasificacin segn su destino metablico

Glucognicos
Cetognicos
() Pueden ser indispensables para los individuos en desarrollo o durante el embarazo.

() La sntesis de Cistena y Tirosina dependen de la presencia de Metionina y Fenilalanina respectivamente, por lo

tanto en ausencia de estos, aquellos se vuelven indispensables. En los fenilcetonricos la Tirosina es esencial.

Aminocidos protenicos no codificables

Como son derivados de los protenicos, los aminocidos protenicos no codificables son todos L-aminocidos. La mayora de ellos son especficos de las protenas en que se encuentran y normalmente slo se forman en pequeas cantidades. El aminocido no codificable ms abundante
es la 4-Hidroxiprolina que se encuentra exclusivamente en el Colgeno; se forma despus de la
sntesis por accin de la enzima Prolina Hidroxilasa que requiere cido ascrbico (vitamina C)
para efectuar la reaccin. La deficiencia de vitamina C provoca la enfermedad llamada Escorbuto, que se caracteriza por la fragilidad de los tejidos, provocada por la inestabilidad de las molmlvm/maov/9

Protenas

culas de colgeno debido a la falta de Hidroxiprolina.

Otros aminocidos que tambin se encuentran en el colgeno, pero en menor proporcin que la
Hidroxiprolina, son la 5-Hidroxilisina y la Alisina, derivados de Lisina.
De los aminocidos protenicos no codificables la Cistna es el que est ms ampliamente distribuido en las protenas. Se forma por la condensacin de dos molculas de Cistena a travs de los
grupos tiol. La oxidacin de los grupos tiol forma la estructura conocida como el Puente Disulfuro.
Los puentes disulfuro participan en forma importante en la estabilizacin de la estructura tridimensional de las protenas, cuando se forman entre dos regiones de una misma protena, y en la
asociacin cuando se forman entre dos cadenas distintas. En general, las protenas son ms estables cuando tienen ms puentes disulfuro, las protenas de las bacterias termfilas, que viven en
los manantiales de aguas termales tiene muchos puentes disulfuro.
En la Tiroglobulina de la glndula tiroides se encuentra el aminocido Tiroxina (3,5,3,5Tetrayodotironina) derivada de Tirosina. Este aminocido se forma cuando la tiroides capta el
Yodo, y se libera por hidrlisis de la protena. En el organismo acta como una de las hormonas
de la glndula tiroides, responsables del mantenimiento del metabolismo basal de las clulas.
Las estructuras y algunas propiedades de estos aminocidos, se presentan en la Tabla 5.
Tabla 5. Restos de aminocidos protenicos no codificables
pKa2 pKa3
pKa1
Nombre y Smbolo
R
PM
R
COOH NH2
OH

4-Hidroxiprolina. Hyp

O
C

5- Hidroxilisina
Alisina

N
OH
+

CH2 CH2 CH CH2 NH3

O
CH2CH2CH2C
H

131.13

1.92

9.73

163.20

2.13

8.62

1.65
2.26

7.85
9.85

9.67

145.16

NH3

Cistina

CH2 S

S CH2 C H
O

O
I

Tiroxina T4

240.30

OH

CH2
I

776.88

L--Aminocidos no protenicos
Los aminocidos no protenicos pueden ser L--aminocidos o no, porque no se encuentran en
las protenas, sino cumpliendo diversas funciones.
mlvm/maov/10

Protenas

Tres L--aminocidos no protenicos son necesarios para la conversin del amoniaco en urea,
Ornitina, Citrulina, y Arginosuccinato, son intermediarios de la va metablica conocida como
Ciclo de la Urea. Adems, la Ornitina tambin es precursor de las poliaminas, compuestos que
participan en la regulacin del ciclo celular.
Otro aminocido de este tipo que tambin es intermediario metablico es la Homocistena, que
se forma cuando se usa la Metionina como donador de grupos metilo.
En el metabolismo de la Cistena se forma el Cisteinilsulfinato, un aminocido con un grupo
sulfnico en su cadena lateral. La Homoserina es intermediario del metabolismo de Treonina,
Aspartato y Metionina. La Penicilamina forma parte de la estructura de la Penicilina.
Otro aminocido importante es la L-3,4-Dihidroxifenilalanina o L-DOPA, que es precursor de
las catecolaminas neurotransmisoras Dopamina, Norepinefrina y Epinefrina, y tambin del pigmento cutneo Melanina.
Un ltimo aminocido de tipo L- que no es protenico es la hormona 3,5,3 - Triyodotironina o
T3. Esta es la forma ms activa de las hormonas tiroideas, se forma en los tejidos por eliminacin
del tomo de yodo en 5 de la Tiroxina liberada por la glndula tiroides. En la Tabla 6 se presentan las estructuras de estos aminocidos.
Tabla 6. Restos de algunos L--aminocidos no protenicos
R
O
CH2 CH2 SH

CH2 CH2 OH

CH2 S

Homoserina

Homocistena

Cistensulfinato
OH

SH
C

CH3

OH

CH2

CH3

Penicilamina

CH2 CH2 CH2 NH3

Ornitina

L-3,4-Dihidroxifenilalanina (L-DOPA)
+

NH2

CH2 CH2 CH2 NH C

NH

O
C

Arginosuccinato

OH

CH2 CH2 CH2 NH C

NH2

CH2 CH C

CH2
I

Citrulina

3,5,3-Triyodotironina (T3)

Aminocidos no protenicos de otro tipo

Este es el grupo ms numeroso de aminocidos, en l se encuentran muchos aminocidos con
funciones importantes, en la Figura 3, se presentan las estructuras de algunos de estos aminocidos.
La Taurina es un -aminocido con cido sulfnico, se forma por descarboxilacin y oxidacin
de la Cistena. La taurina se conjuga con los cidos biliares para formar las sales biliares que sirmlvm/maov/11

Protenas

ven para la emulsificacin las grasas durante la digestin.

Otro aminocido que se obtiene por descarboxilacin es la -Alanina derivada del cido asprtico. Es componente de la vitamina Pantotenato que se encuentra en la Coenzima A, cofactor necesario en el metabolismo de Glcidos, Lpidos y aminocidos.
O
H3N

CH2 CH2 S

H3N

CH2 CH2 C
O

-Alanina

Taurina
O
H3 N

OH
+

CH2 CH2 CH2 C

-Aminobutirato (GABA)
H3C
H3N

CH2

Carnitina
+

H2N

NH2

O
CH C

CH3 N CH2 CH CH2 C

N
CH3

CH2 C
O

-Aminoisobutirato
Creatina
Figura 3. Aminocidos no protenicos, que no son -amino.
El cido -Aminobutrico o GABA, es un neurotransmisor inhibidor, derivado por descarboxilacin del cido Glutmico. La deficiencia de GABA se asocia con los problemas epilpticos de
tipo convulsivo.
El aminocido Creatina sirve como almacn de energa en msculo. En reposo, aceptar un fosfato del ATP y se transforma en Fosfocreatina, que es un compuesto de alta energa de hidrlisis.
Cuando el msculo entra en actividad, la fosfocreatina, dona el fosfato para regenerar el ATP.
Por ltimo, la Carnitina es un aminocido que sirve para transportar los cidos grasos, a travs
de la membrana mitocondrial interna, a la matriz mitocondrial para su oxidacin.
Propiedades de los aminocidos
Como se mencion antes, los aminocidos protenicos son compuestos quirales, que pueden existir en dos configuraciones diferentes, las propiedades fsicas de ambas configuraciones son
prcticamente idnticas, con excepcin de la forma de sus cristales y la actividad ptica. La actividad ptica es la capacidad que tienen las soluciones de substancias quirales, de desviar el plano
de vibracin de la luz polarizada, cuando esta pasa a travs de ellas. La luz polarizada es la luz
cuyas ondas vibran todas en planos paralelos. La desviacin se mide en grados usando un polarmetro (Figura 4) y la direccin se representa con un signo.
Las substancias que desvan el plano en el sentido de las manecillas del reloj se dice que son
dextrgiras (del latn dexter = derecha) y a su rotacin se le da signo positivo; las que lo desvan
en sentido contrario, son levgiras (del latn laevus = izquierda) y su rotacin tiene signo negativo. Las substancias con la misma frmula desarrollada pero diferente actividad ptica se llaman
ismeros pticos. Los enantimeros son ismeros pticos cuya actividad tiene el mismo valor absoluto pero signo contrario. La designacin D y L que se da a los enantimeros del gliceraldehido
mlvm/maov/12

Protenas

usados como patrn para asignar la configuracin relativa, originalmente se baso en su actividad
ptica, el ismero D es dextrgiro y el L es levgiro (ver Esquema 3). Esta equivalencia se abandon porque la relacin entre la configuracin y la actividad ptica no es simple; existen compuestos que se clasifican como D y son levgiros y otros dextrgiros que son semejantes al Lgliceralehdo. Por ello adems de describir la configuracin del compuesto, tambin se debe incluir en el nombre, el signo de la actividad ptica.

Figura 4. Medicin de la actividad ptica

En Farmacologa, es comn el empleo de la simbologa antigua para representar la rotacin ptica, la cual consiste en usar las letras minsculas cursivas d y l, para indicar la actividad ptica de
los ismeros dextrgiros y levgiros respectivamente. Tambin es costumbre usar los prefijos levo- o dextro- en los nombres de los frmacos, cuando se sabe cual de los enantimeros es el que
se administra por ejemplo, la Levodopa.
Todos los aminocidos protenicos quirales son L--aminocidos, pero a pesar de que todos tienen la misma configuracin, algunos son levgiros y otros dextrgiros, como puede verse en la
tabla de propiedades fisicoqumicas de los aminocidos. En la Treonina y la Isoleucina adems
del carbono tambin el carbono es quiral, de modo que existen ismeros -R y -S de estos
aminocidos, de los cuales slo uno se encuentra en las protenas. Para la Isoleucina es el 3S, y
para la Treonina es el 3R
Propiedades cido - bsicas
Ya sabemos que todos los aminocidos protenicos tienen en su molcula un radical -carboxilo
y otro -amino, y por ello son anfteros.
Estos radicales son cidos y bases dbiles y su ionizacin cambia con el pH del medio, como se
muestra en el Esquema 4 para la Valina.
O

OH
C
+
H3N C H
CH
H3C
CH3
+1

+OH+H+

O
C
H3N C H
CH
H3C
CH3
+

+OH+H+

O
C
H2N C H
CH
H3C
CH3
-1

Esquema 4
La fuerza de los grupos est determinada por el pKa de los radicales, que es caracterstico de cada
aminocido, como puede verse en la tabla de propiedades fisicoqumicas de los aminocidos. Al
variar la ionizacin de los radicales con el pH, la carga total de los aminocidos tambin cambia.
mlvm/maov/13

Protenas

Para todos los aminocidos existen formas catinicas, con carga neta positiva; aninicas, con carga neta negativa, y una forma isoelctrica, en la cual la cantidad de carga positiva es igual a la
negativa, y la carga neta es cero. El pH al cual predomina la forma isoelctrica de un aminocido
se conoce como pH isoelctrico o Punto Isoelctrico (pI) del aminocido. El pI se puede calcular
como el promedio de los dos pKa que limitan la forma isoelctrica. Tomando como ejemplo la
Valina, que slo tiene dos grupos ionizables, y con los valores de la tabla de propiedades fisicoqumicas de los aminocidos, tenemos que:
pKa1 pKa 2
2.32 9.60

5.96
2
2

pI

donde el pKa1 corresponde al grupo -carboxilo y el pKa2 al -amino, esta forma de nomenclatura es la usada en Bioqumica. La situacin es un poco ms compleja cuando la cadena lateral tiene un grupo ionizable como los casos del cido Asprtico y la Lisina que se presentan en los Esquemas 5 y 6 respectivamente.
O

OH
C
+
H3N C H
CH2
C
O
OH

+OH+H+

O
C
H3N C H
CH2
C
O
OH

+1

O
C
H3N C H
CH2
C
O
O

+OH-

+H+

+OH+H+

O
C
H2N C H
CH2
C
O
O

-1

-2

Esquema 5
En el caso del aspartato, la forma isoelctrica est determinada por la ionizacin de los dos grupos carboxilo y el punto isoelctrico se calculara como:
pI

pKa1 pKa
2.09 3.86
3

2.97
2
2

mientras que, para la lisina las formas de ionizacin son:

O

OH
C
+
H3N C H
CH2
CH2
CH2
CH2
+
NH3

+OH+H+

O
C
H3N C H
CH2
CH2
CH2
CH2
+
NH3

+2

O
C
H2N C H
CH2
CH2
CH2
CH2
+
NH3

+OH-

+H+

+1

+OH+H+

O
C
H2N C H
CH2
CH2
CH2
CH2
NH2
-1

Esquema 6
Ahora la forma isoelctrica se encuentra limitada por la ionizacin de los dos grupos amino y su
valor se calcula como:
pKa
pI

pKa
2

9.04 12.48
2

10.76
mlvm/maov/14

Protenas

En los dos casos anteriores, y para todos los aminocidos, el pKa3, corresponde al radical cido o
bsico de la cadena lateral, en estos casos, el -carboxilo del aspartato y el -amino de lisina.
A partir de los tres casos presentados, es posible elaborar algunas generalizaciones tiles:
1. A pH bajo los aminocidos presentan carga positiva mientras que a pH alto tiene carga negativa.
2. Los aminocidos con grupos cidos en su cadena lateral adquieren su forma isoelctrica del lado cido, y su pI se calcula usando los dos pKa menores.
3. La forma isoelctrica de los aminocidos bsicos est del lado alcalino y su pI se calculan con
los dos pKa mayores.
4. En solucin, los aminocidos no pueden existir sin tener al menos un radical disociado.
5. Para los aminocidos no polares, o polares sin carga, la forma isoelctrica es la misma que la
del in dipolar y es neutra.
6. En los aminocidos bsicos la forma de in dipolar es positiva y para los aminocidos cidos
es neutra o negativa.
Otras propiedades fsicas importantes de los aminocidos como el tamao y la solubilidad se enlistan en la tabla de propiedades fisicoqumicas que ya debes tener.
Propiedades Qumicas de los Aminocidos
La forma ms sencilla de sistematizar el estudio de las propiedades qumicas de los aminocidos
es analizando cada radical por separado, -carboxilo, -amino y cadena lateral.
1. Propiedades del carboxilo . Este grupo puede esterificarse, clorarse, reducirse o participar en
cualquiera de las reacciones qumicas comunes del grupo carboxilo, pero dos son las reacciones
de importancia en la Bioqumica de protenas.
1.1.Formacin del enlace peptdico. Un enlace peptdico se forma cuando el grupo -carboxilo de
un aminocido reacciona con el grupo -amino de otro (Esquema 7).
R1 O
+

H3N C C O
H

R2 O

H3N C C O

R1 O

R2 O

H3N C C N C C O

H H

Esquema 7
Desde el punto de vista qumico, el enlace peptdico es
un enlace amida, con varias caractersticas importantes.
El Oxgeno tiene electronegatividad alta y atrae el par
de electrones del doble enlace, provocando un desbalance de cargas que es revertido por el Nitrgeno, que
tambin es muy electronegativo. Como resultado de estos corrimientos de electrones, el enlace peptdico presenta las dos formas de resonancia que se muestran en

C
O

C
H

C
60%

C
40%
Esquema 8
mlvm/maov/15

Protenas

el Esquema 8.
Los tres tomos involucrados en la resonancia, C carboxlico, O carbonlico y N amnico, tienen
hibridacin sp2 y el enlace CN es parcialmente doble, como se puede ver por la geometra del
enlace descrita en la Figura 5.A.

(A)
(B)
Figura 5. (A) ngulos y distancias del enlace peptdico en grados y ngstrom (). (B) Definicin de los ngulos de rotacin
El carcter doble del enlace CN hace que sea plano y rgido, los seis tomos que se presentan
en el esquema 8, estn en un slo plano y nicamente hay rotacin en los enlaces CC (ngulo
psi, ) y NC (ngulo fi, ); el enlace CN (ngulo omega, ) generalmente tiene conformacin anti, como se describe en la Figura 5.B.
Esta propiedad tiene implicaciones importantes para la estructura de las protenas. Como se estudia ms adelante, los valores de rotacin de estos ngulos definen la forma en que se pliegan las
cadenas de aminocidos de las protenas.
La misma deslocalizacin de electrones, crea cargas parciales negativa (-) en el Oxgeno y positiva (+) en el Nitrgeno, lo cual aunado a su electronegatividad, favorece la participacin de
ambos tomos en la formacin de puentes de Hidrgeno, que tambin son importantes en la estructura de las protenas.
La molcula que resulta de la formacin del enlace peptdico, se llama pptido y tiene dos extremos diferentes; en un lado se encuentra el grupo -amino que no reaccion, este es el llamado
extremo amino terminal; del otro lado est el extremo carboxilo terminal donde se encuentra el
grupo -carboxilo sin reaccionar. Por convencin, la estructura de los pptidos se escribe de izquierda a derecha comenzando en el extremo amino terminal, ya sea que se usen frmulas o
smbolos.
1.2.Descarboxilacin. Esta reaccin consiste en la prdida del carboxilo- de los aminocidos
(Esquema 9). Es catalizada por las enzimas Aminocido Descarboxilasas que dependen de la coenzima Fosfato de Piridoxal.

R
+

H3N C COOH
Aminocido

R CH2 NH3 + CO2

Amina Bigena
Esquema 9

Los productos de descarboxilacin de los aminocidos son llamados Aminas Bigenas, compuestos que poseen actividades biolgicas importantes. La descarboxilacin del cido glutmico promlvm/maov/16

Protenas

duce el neurotransmisor inhibidor GABA. Del cido asprtico se forma la -alanina que se encuentra en la estructura de la Coenzima A. La descarboxilacin de L-DOPA produce Dopamina,
neurotransmisor y a la vez precursor de las catecolaminas Norepinefrina y Epinefrina, que tienen
funciones como hormonas y neurotransmisores. El autacoide Histamina se produce por descarboxilacin de la Histidina. En la sntesis de Serotonina a partir de Triptofano, tambin hay una
reaccin de descarboxilacin.
Algunas de estas aminas bigenas se muestran en la Figura 3, el resto de las mencionadas se encuentran en la Figura 6.
HO

HO
+

HO

CH2CH2NH 3

HO
+

HO

CH CH2NH3

CH3

HO

CH CH2NH2

OH

Dopamina
NH
HN

Epinefrina

HO

CH2CH2NH3

OH

Norepinefrina

CH2CH2NH3

N
H

Histamina
Serotonina
Figura 6. Algunas Aminas Bigenas derivadas por descarboxilacin de aminocidos.
2. Propiedades del amino . Adems de la formacin del enlace peptdico, el grupo -amino de
los aminocidos participa en cuatro reacciones de inters en Bioqumica.
2.1.Formacin de bases de Schiff (Esquema 10). Desde el punto de vista metablico, esta es la
reaccin ms importante del grupo -amino. Las bases de Schiff son iminas que se forman cuando los aldehdos reaccionan con aminas. En la Bioqumica de los aminocidos, el aldehdo ms
importante es el Piridoxal, que en forma de fosfato de Piridoxal (PLP) es coenzima de muchas
enzimas del metabolismo de aminocidos.
Las bases de Schiff formadas entre los aminocidos y el PLP, son intermediarios en muchas reacciones como Transmaminacin, Racemizacin, Deshidratacin, y Descarboxilacin.
H O

R C C O
+

NH3

R C C O

HC

H O

HO CH2

OH
N

CH3

CH
HO CH2

OH
N

Aminocido

Piridoxal

CH3

Base de Schiff

Esquema 10
2.2.Reaccin de Sanger (Esquema 11). Esta es una reaccin importante desde el punto de vista
histrico ya que fue utilizada por Frederick Sanger para determinar, por primera vez en la historia, la secuencia de aminocidos de una protena, la Insulina bovina. Por este trabajo, recibi el
premio Nobel de Qumica en 1960.
mlvm/maov/17

Protenas

La reaccin consiste en combinar los aminocidos con el 2,4 - dinitrofluorobenceno o reactivo de

Sanger; los dinitrofenil derivados de aminocidos son compuestos de intenso color amarillo, fciles de detectar e identificar.

H O
R C C O

F
H O

NO2

R C C O

NH
NO2

NH3

NO2
Aminocido

NO2
Dinitrofenilaminocido

2,4-dinitrofluorobenceno
Esquema 11

2.3. Reaccin de Edman (Esquema 12). En esta reaccin se condensa el grupo amino con el Fenilisotiocianato o Reactivo de Edman, formando un feniltiocarbamil - aminocido, que ciclisa en
medio cido y forma una fenilhidantona distinta para cada aminocido.
N C

R1 O

S + N C C N C
H

Fenilisotiocianato

R1 O

N C N C

R2

Pptido(n)

H
N

C N C

R2

Peptidil-feniltiocambanida

C N

R1

H
+

+ N C
R2

S
Aminocil- Feniltioidantona Pptido(n-1)

Esquema 12
Cuando el aminocido forma parte de una cadena peptdica, la ciclisacin provoca el rompimiento del enlace peptdico, con lo que se libera un nuevo grupo amino.
Repitiendo la reaccin varias veces seguidas, es posible degradar pptidos, aminocido por aminocido a partir del extremo aminoterminal, y determinar as su secuencia.
2.4. Reaccin de la Ninhidrina. La Ninhidrina (Hidrato de Tricetohidrindeno) es el reactivo ms
empleado en la deteccin y cuantificacin de aminocidos. Durante la reaccin, se consumen dos
equivalentes de Ninhidrina por cada aminocido. En el primer paso de la reaccin (Esquema 13)
el aminocido se oxida, descarboxilndose y liberando amoniaco, mientras que uno de los equivalentes de Ninhidrina se reduce a Hidrindantina.
+

N C COOH
Aminocido

HO

+ HO

HO
O
Ninhidrina

O
Hidrindantina

O
+ CH + NH3 + CO2
R

Esquema 13
En el segundo paso (Esquema 14) la Hidrindantina formada y otro equivalente de Ninhidrina, reaccionan con el amoniaco formando un complejo de color prpura (Prpura de Ruhemann). La
mlvm/maov/18

Protenas

Prolina produce un compuesto color amarillo.

O

O
OH

OH + NH3 + HO
O
Ninhidrina

O
O
Prpura de Ruhemann

O
Hidrindantina

Esquema 14
3. Propiedades del Grupo R. Los grupos funcionales de la cadena lateral, mantienen sus propiedades qumicas normales y por lo tanto se pueden usar para identificar aminocidos especficos.
Aunque los analizadores automticos han reducido la aplicacin de estas pruebas, varias de ellas
an se utilizan en casos especficos, las ms importantes se presentan a continuacin.
3.1. Xantoprotica. Algunos aminocidos como Fenilalanina, Tirosina y Triptofano, tienen anillo
aromticos derivados de benceno y por ello tiene las propiedades qumicas del benceno y sus derivados. Una de estas propiedades es la reaccin de nitracin del anillo bencnico con cido
Ntrico concentrado. Los anillos Benceno de Tirosina y Triptofano estn activados y reaccionan
fcilmente, mientras que el benceno de la Fenilalanina no tiene sustituyentes que lo activan y reacciona con ms dificultad.
OH

OH

NO2
+ HNO3
CH2 O
H3N CH C
O
+

NO2

OH
CH2 O
H3N C C
H
OH
+

CH2 O
H2N C C
H
O

El nombre de la reaccin se deriva del griego xantos, que significa amarillo, que es el color caracterstico de la reaccin positiva. El color amarillo se intensifica en medio alcalino. Esta reaccin
es la que provoca el color amarillo cuando se salpica la piel con cido Ntrico concentrado, las
protenas de la piel tienen Tirosina y Triptfano, los cuales al nitrarse, le dan a la piel un color
amarillo caracterstico.
3.2. Millon. Es especfica para el grupo fenlico por lo tanto, la dan positiva todas las sustancias
que poseen esta funcin, como la Tirosina y todas las protenas que contengan Tirosina. El primer
paso de la reaccin de Millon consiste en la nitracin del anillo fenlico de la Tirosina, por el
cido Ntrico del reactivo. La Tirosina nitrada forma complejos con los iones Mercurioso Hg(I) y
Mercrico Hg(II) del reactivo produciendo un precipitado rojo o una solucin roja, ambos resultados positivos.

mlvm/maov/19

Protenas

OH

OH
NO2
+

CH2 O
H3N C C
H
O
+

HgNO3
Hg(NO3)2
HNO3

OH
NO2

NO2

NO2

CH2 O
H3N C C
H
O

CH2 O
H3N C C
H
O

Algunas protenas pueden formar el precipitado rojo desde el inicio, mientras que otras primero
forman un precipitado blanco, que se debe calentar para dar el color rojo indicativo de la presencia de Tirosina. Cualquier sustancia con un grupo fenlico dar positiva la reaccin de Millon y
puede interferir con la deteccin de Tirosina.
3.3. Hopkins Cole. Es especfica del grupo indol caracterstico del Triptfano. El anillo del indol
se hace reaccionar con cido Glioxlico en presencia de cido Sulfrico concentrado para formar
un compuesto violeta que se forma en la interfase entre la solucin de protena y el cido sulfrico. La estructura exacta del compuesto violeta no se conoce, pero parece estar relacionado con el
producto de condensacin del aldehdo del cido Glioxlico con los nitrgenos de dos anillos
indlicos, como se muestra en la reaccin, ya que tambin se pueden formar complejos con otros
aldehdos.

OH
O C
NH
CH2 O
+
H3N C C
H
OH

C C
H

OH

H2SO4

HN C N

CH2 O
H3N C C
H
OH
+

CH2 O
H3N C C
H
OH
+

La reaccin de Hopkins Cole es positiva slo para las protenas que contienen Triptfano. Se supone que el cido concentrado hidroliza las protenas en la interfase liberando el Triptfano para
dar el producto violeta. Sin embargo, el Triptfano puro en solucin no da positiva la reaccin, a
menos que se agreguen agentes oxidantes, por lo que es de suponer que el Triptfano de las protenas no se libera como tal, por lo cual la reaccin presentada es slo parcialmente correcta.
3.4. Aminocidos Azufrados. Esta reaccin detecta la Cisterna y protenas que la contengan. En
medio fuertemente alcalino el radical mercapto de la Cisterna se desprenden como cido sulfhdrico que se pone en evidencia aadiendo sales de plomo para que se forme de un precipitado negro de sulfuro de plomo.

mlvm/maov/20

Protenas

O
HS CH2 CH C

O
H2S + HO CH2 CH C

+ NaOH

NH3 O

NH3 O

(CH3COO)2Pb + H2S

2 CH3COOH + PbS

El cido sulfhdrico se puede reconocer por su olor desagradable caracterstico.

En la Tabla 7, se enlistan otras de las reacciones empleadas en identificacin de aminocidos especficos.
Nombre
Ehrlich
Sakaguchi
Nitroprusido
Sullivan
Pauli
Folin Cioclateu

Tabla 7. Reacciones de las cadenas laterales de aminocidos

Reactivos
Aminocido(s)
p-Dimetilaminobenzaldehido en HCl concentrado Trp
Arg
-Naftol en hipoclorito de sodio
Nitrato de sodio en NH3 diluido
Cys
Sodio-1,2-naftoquinona-4-sulfonato e hidrosulfiCys
to de sodio
cido sulfanilico diazotizado en solucin alcalina His, Tyr
cido fosfomolibdotngstico
Tyr

Color
Azul
Rojo
Rojo
Rojo
Rojo
Azul

Oligopptidos
Los oligopptidos son cadenas de aminocidos con 10 o menos residuos (algunos autores consideran hasta 25). A pesar del tamao pequeo, son importantes porque existe muchos oligopptidos naturales que tienen funciones biolgicas importantes.
Para formar el nombre qumico de un oligopptido, se empieza en el extremo amino terminal, que
por convencin se escribe y dibuja del lado izquierdo. La terminacin del nombre de los aminocidos que forman la cadena se cambia por -il, porque cada aminocido se considera radical sustituyente del grupo amino del aminocido que le sigue a la derecha, el nombre del aminocido del
extremo derecho no se cambia. Por ejemplo, el pptido de la Figura 7 tendra como nombre qumico: Tirosil-glicil-glicil-fenilalanil-leucina.
OH

H3C H CH3
C
C O
+

C O

CH2O

H3N CH C NH C C NH CH2C NH CH C NH CH C O
H2

Figura 7. Estructura de la Leucina-encefalina

Nombres como estos se vuelven imposibles de usar, por ello para los oligopptidos, es costumbre
emplear nombres comunes, el del pptido de la Figura 7 es Leucina-encefalina. En la Tabla 8 se
presentan nombre, secuencia y actividades de algunos oligopptidos de inters mdico.
mlvm/maov/21

Protenas

Nombre

Tabla 8. Algunos oligopptidos de inters

Secuencia
Caractersticas
-Glu-Cys-Gly

Glutation
(G-SH)
Met- y LeuEncefalinas
Angiotensina I

Tyr-Gly-Gly-Phe-Met
Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu
Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe-His-Leu

Angiotensina II

Asp-Arg-Val-Tyr-Ile-His-Pro-Phe

Bradicinina

Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg

Calidina

Lys-Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg

Vasopresina

Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly(NH2)
SS

Oxitocina

Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly(NH2)
SS

Substancia P

Arg-Pro-Lys-Pro-Gln-Phe-Phe-Gly-Leu-Met(NH2)

Gramicidina S

(-L-Val-L-Orn-L-Leu-D-Phe-L-Pro-)2

Tirocidina

L-Val-L-Orn-L-Leu-D-Phe-L-Pro

L-Tyr-L-Gln-L-Asn-D-Phe-L-Phe
(-L-Lactato-L-Val-D-OH-Val-D-Val-)3

Valinomicina

Mantiene la integridad estructural de las

protenas
Neurotransmisores con accin analgsica
de tipo morfina, inhiben el dolor.
Sustancia presora producida por accin de
la enzima Renina sobre el precursor
plasmtico Angiotensingeno, en respuesta
a la baja de presin en la arteria eferente
del rin. Precursor de la Angiotensina II
Sustancia con alta potencia presora. Producida a partir de la Angiotensina I por accin
de la Enzima Convertidora de Angiotensina
(ECA)
Pptido vasodilatador producido por hidrlisis de protenas especficas del plasma con
la enzima Tripsina.
Pptido vasodilatador producido por hidrlisis de protenas especficas del plasma
(Calidingeno)
Hormona antidiurtica (ADH) secretada
por la neurohipfisis. Provoca la retencin
renal de agua y es ligeramente vasopresora.
Hormona que provoca la contraccin del
msculo liso del tero durante el parto y en
la glndula mamaria durante la lactancia.
Secretada por la neurohipfisis
Neurotransmisor involucrado en las vas de
dolor
Antibitico con estructura cclica aislado de
la bacteria Bacillus brevis
Antibitico aislado de la bacteria Bacillus
brevis
Antibitico de estructura cclica con actividad ionofrica para Potasio.

Algunas de estas molculas merecen atencin especial. Las Encefalinas tienen actividad semejante a la Morfina y se cree que son los agentes analgsicos endgenos, bloqueando la transmisin
de los impulsos nerviosos provenientes de los receptores de dolor.
La Oxitocina y la Vasopresina son hormonas producidas por la glndula pituitaria. La Oxitocina
estimula la contraccin del msculo liso del tero durante el trabajo de parto, y de los msculos
de la glndula mamaria durante la lactancia.
La Vasopresina u Hormona Antidiurtica (ADH) estimula la retencin de agua en el rin e incrementa la presin sangunea para facilitar el flujo sanguneo en el rin.
Aunque la secuencia de ambas hormonas es casi idntica, su estructura secundaria es muy diferente y esto explica la diferencia en actividad.
En la Oxcitocina el resto de Tyr2 forma un puente de Hidrgeno con Asn4, y la hormona adquiere
una forma tridimensional compacta. En cambio, la Vasopresina tiene una forma alargada porque
mlvm/maov/22

Protenas

la Phe3, impide la formacin del puente de Hidrgeno entre Tirosina y Asparagina.

El Glutatin cumple una funcin vital al evitar la oxidacin permanente de la Hemoglobina y
otras protenas celulares. El grupo tiol (-SH) del Glutatin provee el poder reductor para mantener las protenas en el estado de oxidacin correcto. Dos molculas de G-SH forman un dmero
unido por un puente disulfuro (Esquema 16) y liberan equivalentes reductores en forma de
Hidrgenos.
En las clulas humanas la relacin entre el Glutatin reducido y el oxidado es de 500:1, gracias a
la accin de la enzima Gluatin peroxidasa (Esquema 15).
G-S-S-G + H2O
G-SH + G-SH + 1/2O2
Glutatin
Glutatin
reducido
oxidado
Esquema 15

El Glutatin tambin participa en la prevencin del efecto oxidante de frmacos y sustancias

qumicas contaminantes. La exposicin prolongada a sobredosis de agentes oxidantes provoca
una disminucin en la concentracin de Glutatin reducido y puede constituir un peligro porque
muchas protenas pueden oxidarse en forma irreversible y perder su actividad.
Propiedades Qumicas de Oligopptidos
Adems de las propiedades qumicas de los aminocidos que los forman, la reaccin del Biuret
permite detectar los oligopptidos de tres y ms aminocidos. La prueba consiste en la formacin
de un complejo entre al menos dos enlaces peptdicos consecutivos con un in cprico Cu(II) en
medio alcalino. El complejo es de color violeta y la intensidad depende del nmero de enlaces
presentes.

CH C
NH
NH
R

C C
N H
N
H
H

+ Cu2+

NaOH

Cu
HN

2+

H NH
C C
O

El Cobre(II) se aade en forma de Sulfato de Cobre. Dado que las soluciones de Sulfato de Cobre
tiene color azul, la cantidad de reactivo aadida debe ser controlada para evitar positivos falsos.
El nombre se proviene del compuesto Biurea (NH2-CO-NH-CO-NH2) el cual da positiva la prueba. Mediante esta reaccin es posible seguir el proceso de hidrlisis proteica, la reaccin ser negativa cuando la hidrlisis sea completa.
Estructura de Protenas
Como resultado de la formacin de los enlaces peptdicos las cadenas de aminocidos estn formadas por dos secciones distintas una constante llamada esqueleto, que est formada por los Carmlvm/maov/23

Protenas

bonos y los grupos amino y carboxilo que participan en el enlace peptdico; y la otra variable
constituida por los restos de los aminocidos.
Tabla 9. Niveles estructurales de protenas
Nivel de
Nivel
Tipos de
Definicin
Organizacin Estructural
Estructura
Secuencia
Primaria
Secuencia de amiCasi ilimitados
nocidos en la cadena polipeptdica, incluidos los aminocidos no codificables.
Conformacin Secundaria Estructura local de -Hlice
los segmentos de la Cadena--plegada
cadena polipetdica, Vuelta
sin importar la con- Al azar
formacin de las ca- (Colgeno)
denas laterales.
SuperAsociacin de es, , , etc.
secundaria tructuras secundarias mediante interacciones de las cadenas laterales.
Dominios Unidades estructura- Diversos agrupamienles locales formadas tos de niveles inferiopor fragmentos de
res
una cadena polipeptdica que se doblan para asociarse.
Terciaria
Forma tridimensio- Fibrosas, Globulares
nal de una sola cadena polipeptdica.
Asociacin

Cuaternaria Asociacin de varias Homo-oligmeros

cadenas en una pro- Hetero-oligmeros
tena oligomrica
Quinaria
Asociacin entre
Variadas
protenas y otras
molculas no proteicas

Enlaces
Implicados
Peptdicos (Covalentes)

Puentes de Hidrgeno
entre Oxgenos y
Nitrgenos del enlace
peptdico.
Puentes Disulfuro, Interacciones Electrostticas, Interacciones Hidrfobas, Puentes de Hidrgeno.
Puentes Disulfuro, Interacciones Electrostticas, Interacciones Hidrfobas, Puentes de Hidrgeno.
Puentes Disulfuro, Interacciones Electrostticas, Interacciones Hidrfobas, Puentes de Hidrgeno.
Puentes Disulfuro y
Enlaces no Covalentes.
Enlaces no Covalentes.

Como se explic en la clasificacin de aminocidos, las cadenas laterales tienen propiedades distintas, algunos pueden estar en contacto con el agua pero otras no, de manera que para lograr que
cada resto tenga un ambiente favorable, la cadena se dobla y pliega hasta adquirir una forma tridimensional caracterstica llamada Estructura Nativa de la protena. Las protenas cumplen con
su funcin biolgica cuando se encuentran en su estructura nativa. La estructura nativa de las promlvm/maov/24

Protenas

tenas tambin depende de las limitaciones en rotacin que se mencionaron al hablar del enlace
peptdico.
Para abordar la complejidad de la estructura nativa de las protenas, su estudio se sistematiza en
una serie de niveles de organizacin denominados estructuras Primaria, Secundaria, Terciaria y
Cuaternaria, que van desde lo ms simple hasta lo ms complejo. Este esquema de sistematizacin se presenta en la Tabla 9.
1.Estructura Primaria. La estructura primaria de una protena es la secuencia de aminocidos en
la cadena polipeptdica, incluidos los aminocidos no codificables. Se denomina secuencia de
aminocidos a la descripcin de: (a) la cantidad de aminocidos que forman la cadena, (b) el tipo
de cada uno de ellos y, (c) el orden en que se encuentran. La estructura primaria de las protenas
est determinada en la informacin gentica y los enlaces que mantienen su estabilidad son enlaces peptdicos entre el grupo -amino de un aminocido y -carboxilo de otro. Debido a que estos enlaces son covalentes, la estructura primaria tambin se conoce como la estructura covalente de las protenas.
Con 20 aminocidos protenicos codificables, es posible formar un nmero enorme de estructuras
primarias an para las cadenas de aminocidos ms cortas; existen 1.024 x 1013 estructuras primarias tan slo para un decapptido. Tal variabilidad hizo que la determinacin de la estructura
primaria de las protenas fuera un problema durante mucho tiempo.
La estrategia clsica consiste en hidrolizar la molcula de protena usando enzimas o reactivos
qumicos, que rompen los enlaces peptdicos en sitios especficos de la secuencia de aminocidos
(Tabla 10). Cada tratamiento, produce un conjunto caracterstico de pptidos que se secuencian
usando aparatos automticos. Comparando las secuencias de los conjuntos de pptidos obtenidos
por hidrlisis con diferentes tratamientos, es posible definir la secuencia de la protena completa.
Tabla 10. Agentes para hidrlisis de protenas
R1 O

R2 O

N C C N C C
H H
H H
E

Enzima
Tripsina
Quimotripsina
Pepsina
Termolisina
Bromuro de ciangeno

Rompe E cuando:
R1 es Lys o Arg
R1 es Phe, Tyr o Trp
R1 es Leu, Ile o Val
R2 es Leu, Ile o Val
R1 es Met

Para poder aplicar este mtodo, es necesario contar con la protena pura, y la purificacin de las
protenas es, en s misma un problema de difcil solucin.
Hoy en da la Biologa Molecular permite la determinacin rpida de la estructura primaria.
Con las tcnicas actuales, los mtodos de aislamiento, purificacin y secuenciacin de cidos nucleicos son ms rpidos, sencillos y baratos, que los de protenas. Despus de obtener la secuencia de los cidos nucleicos que codifican para una protena, se puede deducir su secuencia usando
el cdigo gentico.
mlvm/maov/25

Protenas

La estructura primaria de las protenas es lineal, y se convierte en tridimensional al plegarse. El

primer paso en el plegamiento de las protenas es formacin de la estructura secundaria.
Estructura Secundaria. La estructura secundaria de las protenas es la organizacin regular que
adquieren diferentes secciones del esqueleto constante de una cadena polipeptdica. La forma de
dicha organizacin, est determinada por la rigidez del enlace peptdico, la cadena slo se puede
plegar por giro sobre los enlaces sencillos (ver Figura 5.B). Adems, los grupos amino y carboxilo de los enlaces peptdicos tienen la tendencia a formar puentes de Hidrgeno con otros grupos
de la misma molcula, estas limitantes, junto con las propiedades de los restos de aminocidos,
producen tres tipos bsicos de estructuras secundarias llamadas hlice-, cadena- y hlice de
colgeno. Adems, con base en resultados del anlisis de las protenas de estructura conocida, actualmente se incluye en la estructura secundaria los cambios de direccin, o dobleces, el que se
ha descrito en forma ms completa es el doblez . Por ltimo, existen zonas de las cadenas polipeptdicas cuya estructura no sigue reglas simples, entonces se dice que tienen estructura al azar.
La estructura secundaria se estabiliza por puentes de Hidrgeno que se forman entre amino y carbonilo del enlace peptdico.
Hlice . En la estructura secundaria en forma de hlice , el esqueleto peptdico se encuentra
enrollado de forma espiral compacta alrededor de un eje longitudinal, con las cadenas laterales de
los aminocidos hacia el exterior de la espiral (Figura 8.A).

(A)
(B)
Figura 8. (A) Vista longitudinal de la Hlice mostrando las cadenas laterales de los aminocidos. (B) Vista lateral mostrando los enlaces por Puente de Hidrgeno.
La hlice est estabilizada por puentes de hidrgeno entre los nitrgenos y los oxgenos de los enlaces peptdicos (Figura 8.B). Los puentes se establecen entre el tomo de oxgeno carbonlico de
un residuo (n) y el nitrgeno del residuo situado en posicin n+4. Cada residuo rota 100 y se
desplaza 0.15 nm con respecto al residuo anterior, por lo que son necesarios 3.6 residuos y 0.54
nm para que la hlice d una vuelta completa. Adems, la hlice es derecha porque avanza en el
sentido de las manecillas del reloj. La estructura en hlice es muy comn en las protenas globulares. El tamao de las hlices es muy variable, desde 4 hasta 40 residuos.
Las propiedades de la hlice y las otras estructuras secundarias se resumen en la Tabla 11.
Algunos aminocidos como Ala, Glu, Leu y Met, se encuentran con mucha frecuencia en hlices
; en cambio otros como Gly, Tyr y Ser, casi nunca lo estn. De especial inters es la Prolina,
mlvm/maov/26

Protenas

que debido a su estructura no puede formar la hlice y cuando se encuentra en ella, le cambia la
direccin.
Tabla 11. Caractersticas de los tipos de estructura secundaria de protenas
Translacin

Residuos por
Conformacin
por residuo
fi
psi omega periodo
-48 -57 180
3.6
1.5
Hlice
2.0
3.4
Cadena antiparalela -139 +135 -178
-119 +113 180
2.0
3.2
Cadena paralela
Poliprolina I
-83 +158
0
3.33
1.9
Poliprolina II
-78 +149 180
3.0
3.12
Poliprolina III
-80 +150 180
3.0
3.1
Pro de Colgeno
-51 +153
Gly de Colgeno
-76 +127
3.0
3.1
Cadena . En la conformacin de cadena o en hoja plegada, el esqueleto peptdico se encuentra
extendido en "zig-zag", como en un acorden. Cada hoja del acorden est formada por un enlace
peptdico rgido que se une con el siguiente en un carbono , para formar un plano con las cadenas laterales dispuestos hacia ambos lados del plano (Figura 9.A). Cada resto de aminocido ocupa 0.35 nm. Las cadenas promedio pueden tener hasta 40 nm de longitud

(A)
(B)
Figura 9. (A) Cadena mostrando Esqueleto en Acorden y las cadenas laterales de los aminocidos. (B) Pared formada por cadenas antiparalelas.
Cuando existen dos o ms cadenas adyacentes, pueden unirse por puentes de hidrgeno entre
los nitrgenos de un enlace peptdico y el tomo de oxgeno carbonlico de los enlaces peptdicos
de la cadena de aminocidos adyacente formando una pared (Figura 9.B).
Estructura del colgeno. La unidad bsica de una fibra de colgeno es la molcula de tropocolgeno, una triple hlice de cadenas polipeptdicas, cada una de ellas con aproximadamente 1000
residuos (Figura 10.A).

mlvm/maov/27

Protenas

(A)
Figura 10. Triple hlice del Colgeno

(B)

En cada cadena se repite de forma caracterstica la secuencia Gly-X-Y Ala-X-Y, donde X e Y

suele ser Pro o Hidroxiprolina (Hyp) (Figura 10.B).
La hidroxiprolina se forma postraduccionalmente al hidroxilarse la Prolina. En la reaccin de
hidroxilacin interviene la vitamina C. Un sntoma del escorbuto, producido por dficit de dicha
vitamina, es el debilitamiento de las fibras de colgeno.
La cadena lateral de la Glicina que es pequea, se dispone hacia el interior, permitiendo que las
cadenas polipeptdicas formen una triple hlice compacta.

Figura 11. Vista longitudinal de la triple hli- Figura 12. Doblez estabilizado por puente
ce del Colgeno mostrando las cadenas latera- de Hidrgeno 1-4
les de Pro (claro) e Hyp (oscuro)
Las cadenas laterales de los residuos de prolina e hidroxiprolina se disponen hacia el exterior de
la triple hlice (Figura 11) interaccionando con el disolvente y las otras cadenas de colgeno.
Doblez . Esta estructura se forma en sitios en que las cadenas beta cambian de direccin formando puentes de hidrgeno entre un aminocido en la posicin n y otro situado en la posicin
n + 4, como Ser y Phe en la Figura 12.
Los elementos de la estructura secundaria a menudo presentan acomodos repetitivos llamados
motivos o estructuras super secundarias, algunos frecuentes se enlistan en la Tabla 12.

mlvm/maov/28

Protenas

Tabla 12. Algunos motivos de estructura super secundaria frecuentes

hlice-vuelta-hlice
beta-vuelta-beta

Est formado por dos segmentos de hlice alfa Dos segmentos de estructura beta separados por
separados por una vuelta. Es un motivo muy una vuelta beta de 180, permitiendo que los
comn en las protenas ricas en hlice alfa.
segmentos beta queden antiparalelos.
beta-alfa-beta
llave griega

Dos segmentos de cadena beta separados por Est formada por dos motivos beta-vuelta-beta
una hlice alfa. Con esta disposicin las cade- que se asocian en forma paralela, como si una
nas beta quedan paralelas.
orquilla se doblara a la mitad.
3. Estructura terciaria. Se denomina estructura terciaria de las
protenas a la forma tridimensional que adquiere una cadena
individual de aminocidos. La estructura tridimensional de
una protena est relacionada con su funcin. Con frecuencia,
protenas con funciones semejantes, tienen estructuras tridimensionales similares, aunque su estructura primaria sea diferente.

Figura 13. Estructura terciaria

de la cadena ligera de una IgG
mostrando los dominios variable (Lv) y constante (Lc)

La estructura terciaria se puede estudiar como el acomodo de

elementos de estructura secundaria. Las estructuras super secundarias con frecuencia se organizan en grupos reconocibles
que se denominan dominios (Figura 13).

El concepto de dominio es muy til al explicar la relacin entre la estructura y la funcin de las protenas pues dominios
particulares tienen funciones propias dentro de una protenas,
o contribuyen de maneras especficas. Un buen ejemplo de este comportamiento lo constituyen
las inmunoglobulinas y algunas protenas de regulacin de la informacin gentica.
Actualmente se considera que la principal fuerza responsable de la estructura tridimensional de
una protena es la tendencia de las cadenas laterales hidrfobas de los aminocidos, a mantenerse
en el interior de la protena, alejadas del agua; de modo que la estructura terciaria de una protena
frecuentemente, pero no siempre, est prxima a la forma tridimensional termodinmicamente
ms estable, en un ambiente determinado. Estudios tericos de prediccin de la estructura terciaria de las protenas apoyan este principio pero debido a la complejidad del problema, es imposible afirmarlo con 100% de certeza.
mlvm/maov/29

Protenas

La estructura terciaria de las protenas puede ser fibrosa, cuando una de sus dimensiones es mucho mayor que las otras dos, o globular, cuando tiene forma esferoidal (Figura 14).

Figura 14. Fibra de colgeno (izquierda) y Glbulo de Mioglobina (derecha)

En realidad, estas son formas extremas, existen molculas con una parte globular y otra fibrosa,
como la Miosina, que no se pueden clasificar en uno u otro grupo en forma absoluta.
Adems de las interacciones hidrfobas, la estructura terciaria tambin se estabiliza mediante interacciones electrostticas, puentes de Hidrgeno entre cadenas laterales y enlaces disulfuro.
4. Estructura cuaternaria. La estructura cuaternaria es la asociacin entre dos o ms cadenas de
aminocidos para formar una protena funcional. La asociacin entre varias cadenas protena da
origen a nuevas propiedades como la alostera.

(A)
(B)
Figura 15. Estructura cuaternaria (A) Hemoglobina, una protena alostrica. (B) IgG1.
Las protenas formadas por ms de una cadena de aminocidos, se denominan oligmeros y cada
cadena individual es un monmero o subunidad de la protena. S las subunidades son diferentes,
se dice que la protena es un hetermero y si son iguales es un hommero.
La estructura cuaternaria de las protenas es mantenida por el mismo tipo de interacciones que estabilizan la estructura terciaria, aunque las interacciones hidrfobas no son tan importantes. Almlvm/maov/30

Protenas

gunos autores afirman que la estructura cuaternaria se mantiene nicamente mediante interacciones no covalentes, como en la hemoglobina, de ser as, se excluira al enlace disulfuro que es de
particular importancia en la estructura cuaternaria de las inmunoglobulinas.
Por ltimo, algunos autores incluyen un nivel quinario de la estructura de protenas, que estudia
la asociacin entre protenas y molculas no protenicas como glcidos, lpidos y cidos nucleicos. Este nivel de estructura incluir entonces a todas las protenas conjugadas y a muchos complejos macromoleculares como los cromosomas, los ribosomas y las lipoprotenas que son estudiados por la Biologa Molecular.

mlvm/maov/31