Bioinformtica / Biologia Computacional

Introduo a Cadeias de Markov

Representao grfica de uma cadeia de Markov
para uma sequncia de ADN
Matriz de transio

0 .2
0 .4
P=
0 .4

0 .2

0 .1
0 .1
0 .1
0 .5

0.5
0 .2
0 .2
0 .2

0 .2
0.3
0 .3

0.1

Probabilidades de transio
Ex:

P[ X t +1 = A | X t = G ] = 0.4
P[ X t +1 = C | X t = G ] = 0.1
P[ X t +1 = G | X t = G ] = 0.2
P[ X t +1 = T | X t = G ] = 0.3

Bioinformtica / Biologia Computacional

Cadeias de Markov
Sendo o vector de distribuio de probabilidade inicial

i = P( X 0 = i ), i S
Para calcular as probabilidades do estado da sequncia na posio 1,2,...

(j1) = P ( X 1 = j ) = i pij , j S
i

(j 2) = P ( X 2 = j ) = i ( P 2 ) ij , j S
i

Temos que ter em conta o teorema da probabilidade total e as propriedades

da cadeia de MarKov
Tem-se ento as matrizes de transio
a um passo, dois passos...

P (1) = P

P ( 2) = P 2 ...

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Cadeias de Markov
Se uma cadeia de MarKov for finita, aperidica e irredutvel

j = lim pij( n ) quando n

A distribuio da cadeia ao fim de um n. elevado(?) de transies sempre a
mesma, isto significa que uma distribuio estacionria.
Tem-se ento

j = i pij , j S

= P

notao matricial

sendo

j = P( X 0 = j ), j S

= Pt

P( X t = j ) j

A propriedade acima estabelece que

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Cadeias de Markov
Exerccio 1.
Considere a seguinte matriz que apresenta as frequncias relativas observadas
de dinucletidos de M. genitalium
A

A 0.146 0.052 0.058

C 0.063 0.029 0.01

G 0.05 0.03 0.028

T 0.087 0.047 0.063

T
0.089
0.056

0.051

0.140

Determine estimativas dos parmetros do modelo de Markov associado a esta

sequncia, i.e., estimativas de:
1- a matriz de transio
2- a distribuio inicial

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Cadeias de Markov
Exerccio 2. Resoluo com o R
Utilizando o R para obter matrizes de transio a vrios passos

> gen<matrix(c(0.423,0.399,0.314,0.258,0.151,0.184,0.189,0.138,0.168,0.063,0.176,0.187,0.258,0.
354,0.321,0.415),nrow=4,ncol=4)
>gen
>sum(gen[1,])
>gen2<-gen%*%gen
>gen2
gen4<-gen2%*%gen2
gen4

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Cadeias de Markov
Exerccio 2 - continuao
#Vamos tentar simular uma cadeia com as caractersticas do exemplo
>markov1<-function(x,pi,P,n){
mg<-rep(0,n)
mg[1]<-sample(x,1,replace=T,pi)
for(k in 1:(n-1)){
mg[k+1]<-sample(x,1,replace=T,P[mg[k],])
}
return(mg)
}
>x<-c(1:4)
>pi<-c(0.342,0.158,0.158,0.342)
>P<-matrix(c(.423, .151, .168, .258,.399, .184, .063, .354,.314, .189, .176,
.321,.258, .138, .187, .415),ncol=4,nrow=4,byrow=T)

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Cadeias de Markov
>P
>
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 0.423 0.151 0.168 0.258
[2,] 0.399 0.184 0.063 0.354
[3,] 0.314 0.189 0.176 0.321
[4,] 0.258 0.138 0.187 0.415

Resultado do R
>tmp<-markov1(x,pi,P,5000)
>length(tmp[tmp[ ]==1])
#OU
>sum(tmp[]==1)
veremos que resulta uma frequncia
prxima da que foi dada como modelo

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Modelos de Markov Escondidos

(HMM)
Um HMM semelhante a uma cadeia de Markov mas possuindo propriedades
que o tornam mais flexvel e portanto permitindo modelar fenmenos mais
complexos.
Principal caracterstica quando um estado visitado pela cadeia de
Markov emite um sinal uma letra que independente do tempo mas
dependente do estado.

Agora ao correr um modelo HMM temos

-Uma sequncia de estados

Q={q1,q2,q3,...}

-E uma sequncia de sinais

O={o1,o2,o3,... }

O que acontece que na maioria dos casos conhece-se a sequncia O, mas

no se conhece Q hidden

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Modelos de Markov Escondidos

(HMM)
Exemplo

Inicial
q1

Emisso
o1

Transio
q2

Questes de interesse num HMM

A estimao da sequncia de estados escondidos feita do seguinte
modo:
-- escolhe-se a sequncia que apresenta maior probabilidade de ocorrer
dada a sequncia observada

arg max Prob ( Q | O )

Pretende-se Q tal que

Existem algoritmos para

tratar esta abordagem

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Modelos de Markov Escondidos

(HMM)
Um HMM fica definido por 5 componentes:
- Um conjunto de N estados
- um alfabeto de M smbolos
- a matriz de probabilidade de transio
- as probabilidades de emisso . Para cada estado
i e smbolo a

bi (a ) = Prob(estadoi emitir o smbolo a)

- um vector de distribuio inicial

= [ i ] com i = Prob(estado inicial = i )