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Aspetti diversi dello studio

dellereditarieta

Le propriet del materiale gene0co possono


essere studiate a tre livelli:
Individuale:presenza o assenza di un certo cara3ere;

Famiglia:dominanza o recessivit; autosomico o legato al


sesso;indipenden9 o associa9.
Popolazione:gruppo di individui della stessa specie che vivono
in un certo luogo si incrociano e danno prole fer9le. In questo
caso si vede la frequenza di un certo allele. Se esso portato da
pochi o da mol9 individui e vedere se esiste correlazione tra la
sua frequenza e lambiente dove la popolazione vive.

La genetica di popolazione
La gene0ca di popolazione studia lereditarieta di cara8eri determina0 da
uno o pochi geni in gruppi di individui: in una popolazione mendeliana

Popolazione mendeliana: gruppo di individui interfer0li che condividono


un insieme di alleli il pool genico.
TuE gli individui di una specie condividono
gli stessi loci.
I loci possono presentare piu alleli: gruppi di individui
possono presentare assor9men9 allelici dieren9: geno9pi
dieren9, aplo9pi dieren9

Domande

Quanta variabilita esiste in una popolazione naturale


da cosa e originata, come viene mantenuta ?
Quali processi evolu0vi modellano la stu8ura gene0ca
delle popolazioni ?
Da cosa sono provocate le dierenze nella stru8ura
gene0ca delle diverse popolazioni ?
Come variano nelle generazioni le frequenze geniche e/o
geno0piche?

Legge di Hardy-Weinberg

In una popolazione innitamente grande, in cui gli


incroci avvengono casualmente , in cui non vi siano mutazioni,
ne migrazioni, ne selezione le frequenze alleliche in un locus
autosomico con 2 alleli non cambiano nel tempo, e le frequenze
geno0piche si stabilizzano secondo le proporzioni:
p2 + 2pq + q2, che il quadrato del binomio (p + q).
La somma sara sempre =1

S0amo parlando di un singolo locus: la legge di

Hardy-Weinberg si applica ad un locus alla volta.

Va sempre tenuto presente che H-W e un modello

matema0co che ci fornisce unipotesi zero cioe un punto di


partenza per saggiare gli eeW che possono modicare le
frequenze alleliche: ci perme8e di individuare le forze che
fanno evolvere una popolazione naturale

Frequenze genotipiche
Quanta variabilita esiste in una popolazione naturale
da cosa e originata, come viene mantenuta ? Deniamo
la stru3ura gene9ca di una popolazione

La stru3ura gene9ca di una popolazione


pu essere espressa sia in termini di frequenze
geno9piche che alleliche

Per calcolare la frequenza geno0pica basta contare gli


individui con un certo geno0po e dividere per il totale degli
individui. La somma dei diversi geno0pi deve essere = 1

Frequenze genotipiche

In una popolazione naturale sono presen0 3 geno0pi


facilmente dis0nguibili dovu0 a 2 alleli del locus A:
A1A1 452, A1A2 43, A2A2 2 tot= 497
Frequenze geno0piche: f(A1A1)= 452/497 =0.909
f(A1A2)= 43/497 =0.087
f(A2A2)= 2/497 =0.004
La somma e 1 e le singole percentuali descrivono
quan0ta0vamente il pool genico per quel locus allinterno
del gruppo di individui che sto considerando
Le frequenze in un altro gruppo di individui della stessa
specie potrebbero essere diverse o essere presente un terzo
allele e quindi essere presen0 6 geno0pi la cui somma sara
sempre 1

Frequenze alleliche:

come si calcolano

Per calcolare la frequenza degli alleli di un


certo locus possiamo u0lizzare
i numeri assolu0 dei diversi geno0pi e calcolare
quan0 alleli sono presen0 nei diversi geno0pi
in rapporto al numero totale degli alleli

Frequenze alleliche

E vantaggioso descrivere il pool genico in termini


di frequenza degli alleli.

I vari geno9pi presen9 in una popoalzione derivano da


game9 che portano un certo allele: la probabilita che si
origini un certo geno9po dipende dalla frequenza, nel
pool game9co, degli alleli che lo compongono.

Frequenze alleliche: esempio

a par0re dai numeri assolu0 dei diversi geno0pi(quan0 individui con i diversi
geno0pi sono sta0 osserva0)

Popolazione di 1000 individui:


A1A1 353, A1A2 494, A2A2 153
Frequenza allelica = numero di copie di un allele
totale degli alleli
Se considero il pool genico di questo locus come un
sacche8o contenente tuW gli alleli:
quan0 sono gli alleli A1 e quan0 A2 ?

Frequenze alleliche esempio

Gli alleli A1 sono: 353x2 (gli omozigo0 introducono

nel sacche8o 2 alleli) + 494 (gli eterozigo0 introducono


solo 1 allele A1)

Gli alleli A2 sono: 153x2 (gli omozigo0 introducono

nel sacche8o 2 alleli) + 494 (gli eterozigo0 introducono


solo 1 allele A2)

ANCHE IL TOTALE DEVE ESSERE MOLTIPLICATO

X 2: GLI ORGANISMI DIPLOIDI INTRODUCONO NEL


POOL 2 ALLELI, INDIPENDENTEMENTE DA QUALE ALLELE

Frequenze alleliche

p=f(A1) = (353x2) + 494 = 1200 = 0.60


2000 2000

q = f(A2) = (153x2) + 494 = 800 = 0.40


2000 2000

p+q = 1
da cui si puo dedurre che una volta calcolato uno dei due:

1-p = q
e viceversa

LEGGE di HARDY-WEINBERG
Quando una popolazione e allequilibrio, per un certo locus A
con 2 alleli codominan0 presen0 nella popolazione con frequenza p e q,
le frequenze geno0piche saranno uquali a p2+2pq +q2, ovvero il

quadrato del binomio (p + q)

Da dove viene questa formula?


A

A A

A a

A a

a a

Dalla I legge di Mendel:


p

p2

pq

pq

q2

VERIFICA DELLEQUILIBRIO DI HW

2) Costruiamo una popolazione delle stesse dimensioni


della nostra, con le stesse frequenze alleliche, che sia
allequilibrio di HW

Il metodo del chi quadrato consente di


determinare qual la probabilit che la
discrepanza tra i risultati ottenuti in un
esperimento ed i risultati attesi sia dovuta al caso

Se questa probabilit alta (rispetto ad una soglia


di accettazione) allora lipotesi di partenza
corretta, se la probabilit piccola lipotesi va
scartata

Test del 2
Confronto le frequenze attese ed osservate col test del chiquadrato, che dato da
= [(a o)2/a]
Allora:
(360-353)2/360 = 0.14
(480-494)2/480 = 0.41
(160-153)2/ 160 = 0.31

2 = 0.86 1gdl < 3.84


N.S

Conclusioni: le differenze osservate non risultano


significative. La popolazione allequilibrio di HW

Gradi di libert (gl)


Numero dei parametri che possono
variare in maniera indipendente
nellesperimento.
(Numero delle classi fenotipiche- il
numero degli alleli )

Soglia di
accettazione/rifiuto

Procedura per effettuare il test del chi quadrato


1) Formulare unipotesi semplice su cui costruire
unattesa precisa
(Es Ipotesi zero: la popolazione in equilibrio)
2) Calcolare il chi quadrato
3) Stimare p(2)
4) Rifiutare o accettare lipotesi zero

Cosa vuol dire equilibrio di Hardy-Weineberg


In una popolazione infinitamente grande, in cui gli
incroci avvengono casualmente , in cui non vi siano mutazioni,
ne migrazioni, ne selezione le frequenze alleliche in locus
con 2 alleli non cambiano nel tempo, e le frequenze
genotipiche si stabilizzano secondo le proporzioni:
p2 + 2pq + q2, che il quadrato del binomio (p + q).
La somma sara sempre =1
Stiamo parlando di un singolo locus: la legge di
Hardy-Weinberg si applica ad un locus alla volta.
Va sempre tenuto presente che H-W e un modello
matematico che ci fornisce unipotesi zero cioe un punto di
partenza per saggiare gli effetti che possono modificare le
frequenze alleliche: ci permette di individuare le forze che
fanno evolvere una popolazione naturale

Deriva genetica I
Cosa vuol dire infinitamente grande?
Le popolazioni non sono infinite, ma di solito sono
sufficientemente grandi da vanificare la casualit nelle
variazioni alleliche, cioe di annullare la deriva genetica.
Esempio tipico sono le catastrofi naturali che non
uccidono gli individui sulla base del loro patrimonio genetico.
Oppure il numero ridotto di progenie che non permette a
tutte le possibili combinazioni di verificarsi
Oppure il piccolo numero di individui che fonda una nuova
popolazione

Deriva genetica II
Il numero ridotto di progenie e una delle cause principali
della deriva genetica: e come lanciare una moneta un numero
limitato di volte. Si verifica un errore di campionamento

La deriva genetica porta nel tempo


alla fissazione di un allele a scapito
dellaltro. Tende percio a diminuire
la variabilit genetica
Due esempi
di deriva
genetica

Effetto del
fondatore

Effetto del collo di


bottiglia

Incroci casuali
In una popolazione infinitamente grande, in cui gli incroci avvengono
casualmente , in cui non vi siano mutazioni, ne migrazioni, ne selezione

Cosa vuol dire incroci casuali ?


Che i fenotipi originati dagli alleli del locus che sto
considerando non condizionano la possibilita di riprodursi
del portatore: cioe tutti i genotipi hanno la stessa possibilita
di fornire alleli al pool della generazione successiva.
Es. Gruppi sanguigni ma non il colore delle pelle!
BISOGNA SCEGLIERE CON ATTENZIONE IL LOCUS
DA STUDIARE

Incroci casuali II
In una popolazione infinitamente grande, in cui gli incroci avvengono
casualmente , in cui non vi siano mutazioni, ne migrazioni, ne selezione
le frequenze genotipiche sono allequilibrio e non mutano nelle diverse
generazioni

Linincrocio e un classico esempio di incrocio non casuale


e ha come conseguenza di ridurre gli eterozigoti e aumentare
gli omozigoti.
Nelle patologie recessive, ad es. la fenilchetonuria, la
galattosemia, se andiamo ad osservare la frequenza di
consanguinei tra i genitori dei malati, vedremo che pi
elevata che nella popolazione generale.
Geni deleteri in eterozigosi vengono svelati dallinincrocio!

Mutazioni-Migrazione-Selezione
In una popolazione infinitamente grande, in cui gli incroci avvengono
casualmente , in cui non vi siano mutazioni, ne migrazioni, ne selezione
Le mutazioni sono allorigine dellinsorgenza degli alleli. In una popolazione
dove ce un solo allele ovviamente non ha senso parlare di equilibrio. Se per
mutazione, da un allele a se ne produce uno A per molte generazioni,
ovviamente le frequenze alleliche varieranno e A tender a sostituire a. In
genere la sola mutazione non basta per cambiare significativamente le
frequenze alleliche.
La migrazione ottiene lo stesso effetto: se individui provenienti da una
popolazione migrano nellhabitat di unaltra porteraano nella seconda i loro
alleli che potrebbero essere diversi. La frequenza cambia e se i flussi
genici continuano nel tempo non si raggiungera mai lequilibrio
La selezione naturale agisce selezionando nel pool genico di una popolazione
i genotipi piu adatti ad un certo ambiente: un certo genotipo ha piu possibilita
dellaltro di contribuire alla generazione successiva: HA FITNESS MAGGIORE
(Es talassemia, falcemia etc)

HARDY- WEINBERG
In una popolazione infinitamente grande, in cui gli incroci avvengono
casualmente , in cui non vi siano mutazioni, ne migrazioni, ne selezione le
frequenze alleliche in locus autosomico con 2 alleli codominanti non cambiano
nel tempo, e le frequenze genotipiche si stabilizzano secondo le proporzioni:
p2 + 2pq + q2.

Va sempre tenuto presente che H-W e un modello matematico che ci


fornisce unipotesi zero cioe un punto di partenza per saggiare gli effetti che
possono modificare le frequenze alleliche: ci permette di individuare le forze
che fanno evolvere una popolazione naturale

Quando esaminando una popolazione trovo che le frequenze


genotipiche si discostano significativamente dallatteso vuol
dire che una delle condizioni e venuta meno

Uso di H-W in Genetica


Umana
Come si puo utilizzare H-W quando uno o
piu alleli sono
recessivi?

Albinismo da mancanza di attivita tirosinochinasica


1/40.000 = (0.000025)
se aa = q2 a=radice quadrata di q2, cio della frequenza dei
malati, allora a = q = 0.005
A = p= 1-0.005= 0.995 Aa = 2pq = 0.00995 (~1%)
quando lallele patologico raro la frequenza dei portatori
allincirca il doppio della frequenza dellallele stesso