Genoma Humano 2014

El genoma se define como toda la informacin gentica de un individuo o una especie.

Este se divide en las cientos de molculas de DNA que tenemos en cada una de
nuestras clulas, incluyendo el DNA presente en el ncleo (46 molculas) y aqul que
se encuentra en las mitocondrias.
Su estudio se puede organizar de dos maneras: A nivel cromosmico y a nivel de
secuencia de pares de bases.
Nivel Cromosmico
Lo que se ve en la siguiente imagen representa un preparado microscpico donde se
pueden ver los cromosomas que se presentan en una clula en metafase, esto se
conoce como placa metafsica. La imagen de la derecha se denomina cariograma, es
una representacin ordenada de los cromosomas metafsicos segn una convencin,
en la cual se decidi separar a los cromosomas en grupos desde la A a la G, siguiendo
ciertas caractersticas de estos.

Algunas caractersticas son el tamao y la posicin del telmero. En relacin a esto

ltimo obtenemos la siguiente definicin.
Metacntricos: centrmero casi equidistante de ambos telmeros.
Submetacntrico: se puede identificar un brazo ms corto y uno ms largo.
Acrocntrico: Presentan un brazo corto poco diferenciable.
Telocntrico: Presenta solo un brazo largo, no existe en la especie humana.
Mtodo de preparacin de placa metafsica:
En un cultivo sanguneo se estimula a que los linfocitos
proliferen, se espera 72 horas para tener suficiente clulas
en ciclo celular y se le agrega colcinina, el cual inhibe la
formacin del huso mittico, por lo que las clulas quedan
detenidas en metafase. Luego se agrega una solucin
hipotnica, por lo que las clulas se hinchan, y despus de
eso se fijan estos linfocitos. Finalmente se sueltan gotas de
esta solucin sobre el portaobjetos y los linfocitos
hinchados revientan, liberando los cromosomas, los cuales
despus de teirse se ven como en la foto.

Mtodo de bandeo G:
En este mtodo, se toman los cromosomas obtenidos en la placa metafsica y se los
hace pasar por un medio cido y en presencia de tripsina, la cual digiere protenas, por
lo que va a degradar las protenas asociadas al DNA.Luego de esta digestin proteica
se teir la muestra, por lo que se ver esto:
Como podemos observar, existen bandas ms
oscuras (Bandas G+) y bandas ms claras
(Bandas G-) dentro de cada cromosoma. Esto
ocurre ya que la tripsina digiere selectivamente
las protenas que forman parte de la estructura
del DNA. Aquellas zonas ms oscuras son menos
sensibles a la digestin, ya que estas representan
zonas de cromatina ms compacta, por lo cual la
tripsina no podr entrar y digerir la protena
presente en su interior, en cambio, las zonas
claras son ms sensibles, ya que son ms laxas.
Dependiendo de la fase en la que se encuentre la clula, los cromosomas estarn ms
o menos compactados, compactndose ms y ms a medida que se acerquen a la
profase.Este bandeo es sumamente til para identificar a los cromosomas y su
composicin, como si fuera un cdigo de barra. Cabe destacar que este patrn
representado por bandeo G es nico para cada par cromosmico, por lo que se
pueden diferenciar del resto usando este criterio.

Como podemos ver, se identifican unos nmeros a la izquierda de las bandas. Esto
nos sirve para identificar la posicin de un gen dentro del cariotipo. Los nmeros de
abajo indican el nmero del cromosoma, las letras p y q indican brazo largo o brazo
corto (p de petit, q porque es la letra que viene despus de la p) y los nmeros a la
izquierda se refieren a las bandas. Si nos dieran una nomenclatura 7p11, significa
que se estn refiriendo al cromosoma 7, brazo corto y banda 11 1. Existen
cromosomas (13, 14, 15, 21 y 22) que presentan una constriccin secundaria (la
primaria es el centrmero) la cual est compuesta por genes rRNA, es decir, que
codifica rRNA.
1

No significa que sea la banda N 11, sino que es la banda 1, sub-banda 1.

Organizacin secuencial
Genoma Mitocondrial
Como mencionamos anteriormente, el genoma humano se compone de DNA nuclear y
mitocondrial. Lo ms importante que deben saber sobre estos dos se encuentra en las
siguientes tablas de resumen:

El siguiente es una esquema del genoma mitocondrial, en el centro est una hebra, y
hacia exterior est la otra hebra. Adems, como son antiparalelas, existen genes que
estn solo afuera o genes que estn solo adentro. La mitocondria no codifica ninguna
protena o RNA que cumpla funciones extramitocondriales, pero si existen protenas o
RNA que ingresan a la mitocondria para cumplir su funcin.

Nos manejamos entre los cientos de mitocondrias por clula, y las mitocondrias
tienden a presentar mutaciones en su DNA. Sin embargo existe un concepto que se
llama heteroplasmia, que refiere que en una clula puede existir una fraccin de
mitocondrias con mutaciones. Un individuo sano muestra aproximadamente 10% de
mitocondrias con mutaciones, lo que al ser tan bajo, diluye entre las mitocondrias
buenas y no se muestran sntomas, pero a partir de 70% de mutaciones ya pasa a ser
una enfermedad mitocondrial y puede tener desenlaces graves. Al segregar
aleatoriamente los organelos al dividirse la clula, se pueden heredar un porcentaje
grande de mitocondrias afectadas, an si la madre posee en s un porcentaje bajo al
segregar especficamente las que estn mutadas.

Genoma Nuclear
El proyecto Genoma Humano fue una iniciativa surgida en EEUU en 1990, y que en
el ao 1999 entreg por primera vez la secuencia de un cromosoma humano
(cromosoma 22). A partir de ah se fueron secuenciando los dems cromosomas, para
finalmente en el ao 2003 entregar el primer borrador de genoma humano, terminando
ah este proyecto. Tom 13 aos ya que la tecnologa de esa poca permita leer 500
bases por vez, y considerando que el genoma humano contiene 3 mil millones de
bases, tuvieron que dividir el trabajo entre varios laboratorios alrededor del mundo
para poder llegar al resultado final. Cabe destacar la diferencia entre cdigo gentico y
secuencia del genoma; el cdigo gentico se refiere a los tripletes de bases y al
aminocido al que se traducen, lo que fue descubierto por los aos 60, en cambio la
secuencia del genoma humano se refiere a la secuencia de las bases en los distintos
cromosomas que conforman el cariotipo humano.
Estos descubrimientos permitieron comprender un poco ms la funcionalidad de
nuestro DNA, entregando el siguiente grfico, que muestra el porcentaje del DNA que
tiene cada funcin.

Podemos apreciar como el genoma mitocondrial est compuesto principalmente por

DNA codificante de protenas y RNA, como el DNA bacteriano. Sin embargo, nuestro
genoma nuclear est representado en un 44% por secuencias no codificantes, siendo
solo un 4% lo que se traduce a RNA funcional y un 1% lo que finalmente se traducir a
protenas. Llama la atencin tambin la enorme cantidad de secuencias repetitivas,
llegando a ser un 45% del genoma nuclear humano.
Hay que recordar que como el DNA es una doble hebra antiparalelo, que se lee de 5 a
3, por lo que pueden existir genes diferentes en cada hebra, como se ve en la
siguiente figura.

Los genes pueden variar ampliamente entre ellos, presentan diferentes tamaos
(cantidad de pares de bases), por ejemplo el gen SRY (responsable de la
diferenciacin masculino/femenino en el humano) posee 900 pares de bases, mientras
el gen de la distrofina posee 2400000 pares de bases. Adems pueden variar en
cuanto al nmero de exones, teniendo en promedio entre 10 y 40 exones, por ejemplo.
Pseudogenes
Son genes que se encuentran en el genoma, pero provienen por duplicacin de un gen
preexistente, pero no son funcionales, es decir, no se expresa.
Esto puede ocurrir por dos maneras:
1- Pseudogen clsico: Cuando el DNA se duplica, puede que se cree una copia
de este2 y a la vez esta copia sea silenciada, ya sea por una mutacin o
porque le falta un pedazo funcional. Esto da como producto una copia de un
gen preexistente, es decir, una secuencia que se parece mucho a un gen, pero
que debido a este cambio, no es funciona, no se expresa.
2- Pseudogen procesado: En algn momento de la historia evolutiva del genoma
humano, ingres por retrotransposicin (o sea, hizo retrotranscripcin o
transcripcin inversa RNAmcDNA) una secuencia de RNAm, quedando en
forma de DNA. Es bsicamente como el mecanismo de los retrovirus, pero con
un RNAm de un gen existente. Al pasar de RNAm de vuelta a DNA, pierda los
promotores, ya que estos no se traducen al RNA, por lo que este cDNA no
puede ser traducido.

El profe menciona que el mecanismo por el cual esto sucede no importa.

A modo general, la gran mayora, sino todos, de los pseudogenes presentes en el

genoma humano se encuentran inactivos, es decir durante la vida de cada organismo
no se activa la transcripcin de este gen.
Tambin hay genes codificantes de RNA no traducible o funcional (en ingls
ncRNA, non-coding RNA) distinto a los tpicos RNA que se conocen que se traducen
o estn asociados a los ribosomas.
Es importante recordar que los ribosomas estn conformados por distintos tipos de
RNAr, por coeficientes de sedimentacin. Estos RNAr no aparecen de la nada como
la mayora piensa, sino que tambin vienen de genes
Las zonas electrodensas de esta imagen, los arbolitos de pascua, nos dijeron en
biologa celular que eran ribosomas en formacin, pero en gentica debemos
considerarlos como genes que codifican a RNA funcionales llamados RNAr.

Los tRNA tampoco vienen de la nada, vienen de los genes que codifican tRNA, que se
ubican en todos los cromosomas sin ningn orden particular (que no significa
azaroso).
Otros tipos de RNA funcionales:
-RNA pequeos nucleares (snRNA), que participan en el splicing (lo lleva a cabo el
spliceosoma, conformado por ribonucleoproteinas).
-RNA pequeos nucleonares (snoRNA), que participan en el procesamiento general
de los ribosomas
-Micro RNA (miRNA), que regulan la expresin gnica. Tras ser trascritos y salir del
ncleo, los pre-miRNA se unen en una de sus dos hebras a protenas que los dirigen a
un RNAm blanco que lo va a reconocer por complementaridad de bases, y el miRNA
silenciar la traduccin de este RNAm (puede bloquear el ribosoma o incluso degradar
el mensajero), regulando as la expresin gnica a nivel traduccional. Pero no silencia
a cualquiera, sino a aquel que tenga los 20 nucletidos del miRNA (hace de
seleccionador). Son importantes porque al parecer sus mutaciones son causantes de
enfermedades. Hay 3.055 genes codificantes de ellos ya contados.
-RNA pequeos de transferencia (siRNA), no se sabe mucho de ellos, solo
aparecen.
-piRNA, que bloquean la expresin de pseudogenes.

-RNA no codificantes largos (lncRNA), tienen ms de 200 bases, regulan la

expresin gnica de diferentes maneras, en la epigentica, en el desarrollo. Un
ejemplo es el XIST, que participa en el silenciamiento de un cromosoma X en la mujer.
DNA Repetido
Como vimos anteriormente, gran parte del genoma corresponde a DNA repetitivo, este
se subclasifica en dos tipos: agrupado (6,5%) y disperso (40%). De los agrupados
hay algunos importantes para esta clase:
-DNA satlite centromrico, es un DNA que contiene 171 nucletidos que se repiten
en bloques de manera agrupada (o en tndem). Y es la secuencia de DNA repetido en
los centrmeros, que por su caracterstica de repetitividad agrupada, al momento de
formar nucleosomas, histonas modificadas que compactan altamente la cromatina y
sirven de anclaje para que se forme el cinetocro. Sin esta secuencia, no habra
centrmero.
-Minisatlite de telmero, son 7 nucletidos que se repiten uno tras otro y que
determinan la funcin asignada al telmero.
-Microsatlites, son secuencia de 2 a 5 o 6 nucletidos repetidos. Estn en muchos
cromosomas, hay cientos de ellos, y sirven como marcador polimrfico (es decir, si
hay 7 repeticiones en un cromosoma de un gameto y lo fecunda un gameto con 8
repeticiones, el individuo que se forme tendr 7 en un cromosoma y 8 en el otro, son
casi como alelos). La funcin de estos microsatlites es que parece que participan en
el crossingover como puntos de reconocimiento de homologa (para los ndulos de
recombinacin) y mantener el complejo sinaptonmico a lo largo.
El DNA repetido disperso se refiere a secuencias repetidas pero no juntas, sino incluso
en otro cromosoma, que vienen de elementos mviles del DNA (los transposones)
que estuvieron activos en la evolucin. Los transposones no estn activados
comnmente, pero algunos tienen la posibilidad de encenderse y moverse en el
genoma.
*Dato extra: En el proyecto genoma humano,
se estima que el costo para secuenciar fue
de 1 dlar por base, es decir, el proyecto en
total tuvo un costo de 3 mil millones de
dlares. El costo de secuenciar un genoma
ha bajado considerablemente tras el
proyecto genoma humano, existen empresas
de estudios genticos a personas comunes y
corrientes por casi 500 mil pesos.

Profesor: Patricio Gonzlez Hormzabal

Trascrito por: Francisca Pizarro
Lucas Prato