Unidad de Epidemiologia Molecular

IMTAvH

X Curso y Taller de Adiestramiento en Tcnicas de Biologa Molecular

Aplicadas a Enfermedades Infecciosas y Tropicales (PCR, Real-time
PCR y Secuenciamiento)

Gua de Prctica de:

"Introduccin en el anlisis de gentica de
poblaciones"
I.

Caracterizacin molecular de las muestras analizadas con MS

(programa Excel)
1. Determinar los alelos (pb) para cada MS.
2. Codificar los alelos para cada MS.
3. Identificar muestras con ms de una clona (+ de un alelo
encontrado, organismo haploide)
4. Determinar las combinaciones nicas (Haplotipos)

II.

Evaluacin de los microsatlites

Abrir en Excel el archivo MS database curso 2013.xls (hoja all infxs)
A. Deteccin de infecciones policlonales (%) de cada MS
(%)= # infecciones policlonales/#total de infecciones
Comparar Porcentage de deteccin de infxs policlonales/MS (%)
entre los MS usados.
Cul es el MS que detect un mayor nmero de infecciones
policlonales? Por qu un MS detectara infecciones policlonales
ms frecuentemente que otros MS?
B. Variabilidad gentica de los microsatlites (ndice de Heterozigocidad
esperada, He)
Abrir en el block de notas el archivo analisis2013.txt.
Convertir el archivo en un formato compatible con el programa
FSTAT.
1. Copiar analisis2013.txt a la carpeta GenepopV4.
2. Abrir programa Genepop.
3. Tipear: analisis2013.txt y hacer ENTER.
4. Observar resultados preliminares.
5. Hacer ENTER.
6. Seleccionar Ecumenicism: file conversin tipeando 7 y
hacer ENTER.
7. Seleccionar la opcin Genepop ->Fstat tipeando 1 y luego
hacer ENTER.
8. Notar que el archivo analisis2013.txt.DAT se ha creado en la
carpeta Genepop.
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9. Cerrar la ventana del Genepop.

10. Buscar el archivo en la carpeta Genepop y copiarlo a una
nueva carpeta en el escritorio.

III.

Fstat for Windows v2.9.3.2

1. Abrir el programa FSTAT.
2. En el cuadro de opciones Gene diversities and sample
statistics seleccionar Allele frequencies, Number of
alleles y Gene diversity.
3. Abrir el archivo generado por Genepop haciendo click en
File>Open>seleccionar el archivo analisis2013.txt.DAT y
hacer ENTER.
4. Hacer click en el botn RUN. Aparecer un aviso de que el
archivo analisis2013.txt.DAT fue procesado.
5. Ir a la carpeta que crearon en el escritorio, renombrar el
archivo analisis2013.txt.out por resultados1.txt
6. Abrir el archivo resultados1.txt.
7. Observar los resultados y discutir (Nmero de alelos,
frecuencias allicas, He).
Eliminara Ud algn microsatlite de su anlisis? Y de
otros estudios?
Cul es el microsatelite ms variable (ms
polimrfico)?
Cul es el microsatlite ms informativo?

Estudio de la estructura gentica de poblaciones parasitarias

Anlisis del desequilibrio de ligacin (Linkage Dissequilibrium, LD)
1. Abrir el programa FSTAT.
2. En el cuadro de opciones Genotypic disequilibrium >
Overall or for each sample marcar Test between all pairs of
loci.
3. En el cuadro de opciones Genotypic disequilibrium >
Nominal level for multiple tests marcar 5/100 (grado de
confiabilidad, 1/1000 es ms confiable pero demora ms en
procesar).
4. Ir a la carpeta que crearon en el escritorio, renombrar el
archivo analisis2013.txt.out por resultadosLD.txt
5. Determinar el Pvalue al 5% (los valores menores al Pvalue
obtenido indican que existe LD)
Existe LD en esta poblacin???
Posibles causas?
posibles efectos?
Idenficando haplotipos
1. Abrir el programa GenClone.
2. Usando GenClone abrir el archivo genclone2013.txt
3. Automticamente al abrir el archivo se va a generar el
archivo genclone2013.outgenclone. Abrirlo con Excel.

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4. Identificar los haplotipos (Distinct MLG designation). Con

esta informacin ya se puede asignar el haplotipo
especfica a cada muestra.
Identificando clusters de haplotipos
Abrir en Excel el archivo MS database curso 2013.xls (hoja
monoclonales). Identificar los haplotipos (combinaciones nicas de
alelos encontrados).
5. Entrar a la web de eBURST http://eburst.mlst.net/
6. Seleccionar la opcin Single Dataset.
7. Seleccionar el nmero de loci =15
8. Copiar los datos de la hoja monoclonales.|
9. Hacer click en SUBMIT.
10. Click to launch eBurst.
11. Hacer click en ventana anlisis, luego en COMPUTE.
12. Discutir los resultados.
Links
Genepop
http://genepop.curtin.edu.au/
Fstat
http://www2.unil.ch/popgen/softwares/fstat.htm
eBURST
http://eburst.mlst.net/
GeneClone
http://www.ccmar.ualg.pt/maree/software.php?soft=genclon