Aplicaciones del paquete estadstico R en el rea de la gentica clnica

David de Ua Iglesias
23 y 24 de octubre de 2014

 Quin y qu hace Health in Code

Gentica clnica en cardiologa
Paquete Bioconductor
CNVs - Copy number variations
Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops
Caso clnico 2. Anlisis con exomeDepth

APLICACIONES DEL PAQUETE ESTADSTICO R EN EL REA DE LA GENTICA CLNICA

VI JORNADAS DE USUARIOS DE R SANTIAGO DE COMPOSTELA

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Quin y qu hace Health in Code

Spinoff de la Universidad de A Corua que nace en 2006

Especializada en el diagnstico gentico en enfermedades
cardiovasculares
Enfermedades familiares de causa gentica que afectan al miocardio
Suelen tener una presentacin clnica muy heterognea con una
evolucin difcil de predecir
Diagnstico gentico y medicina individualizada
Causa importantes de muerte sbita, especialmente en individuos
jvenes

Equipo multidisciplinar formado por mdicos, bilogos,

bioinformticos e informticos.
Clientes en prcticamente toda Espaa, y a nivel internacional en
UK, Irlanda, Dinamarca, Italia, Israel, Grecia, Alemania, Argentina,
Qatar, etc
23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Gentica clnica en cardiologa (1 de 2)

Los test genticos son tiles

Revolucin en la prctica mdica

Muchos problemas limitan su aplicacin
Conocimiento y entorno muy complejo
En continua evolucin tecnolgica y del knowhow

Diagnstico complejo: Clnica heterognea, fenotipos solapantes,

Imprescindible conocer las variantes y mutaciones genticas
Difcil prognosis
Posibilidad de proponer terapias adecuadas
Son enfermedades familiares! Consejo al caso ndice y a los
familiares.
En Guas y Recomendaciones de la Sociedad Europea de Cardiologa

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Gentica clnica en cardiologa (2 de 2)

La NGS gran salto tecnolgico. De pocos genes al Genoma

Volumen masivo de informacin

Genes
Transcriptos

GENOMA
23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

Dominios
pathways

PROTEOMA

FAMILIA

POBLACIN
5

BIOCONDUCTOR (1 de 2)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

BIOCONDUCTOR (2 de 2)

Coleccin de paquetes de R para el

anlisis y la comprensin de datos
genmicos masivos

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

CNVs Copy Number Variations (1 de 3)

Lecturas del genoma y coberturas

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

CNVs Copy Number Variations (2 de 3)

Variantes estructurales donde un locus ve alterado su estatus

de ploida aumentando su nmero de copias o disminuyendo.
Complemento al estudio convencional de variantes
Papel importante en los estudios genticos. Por ejemplo en el
Sndrome de Marfan.

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

CNVs Copy Number Variations (3 de 3)

Imprescindible normalizar

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

10

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (1 de 7)

Mujer 22 aos.
A los 18 meses: Ectopia lentis/ Subluxacin del cristalino.
Escoliosis
Pectus Excavatum asimtrico
Ecocardiograma alterado. Cardiopata.
Posible Sndrome de Marfan (del 70 al 85% de causa gentica)
Estudio gentico NGS negativo (30 genes relacionados con
enfermedad artica)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

11

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (2 de 7)

Copy Number estimation by a Mixture Of PoissonS

Un modelo para cada locus explica la cobertura a travs de las
muestras.
Enfoque bayesiano. Descomposicin en copy numbers
enteros y ruido.
Disponible libremente en bioconductor.

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

12

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (3 de 7)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

13

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (4 de 7)

Rsamtools::countBam

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

14

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (5 de 7)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

15

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (6 de 7)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

16

Caso clnico 1. Anlisis con cn.mops (7 de 7)

Resultado Positivo. Detectada deleccin en FBN1

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

17

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (1 de 8)

2 pacientes no relacionados
Fenotipo Displasia Arritmognica de Ventrculo Derecho
Estudio gentico NGS negativo (230 genes analizados)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

18

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (2 de 8)

Modelo beta-bionomial para explicar la cobertura

Seleccin de conjunto de referencia para maximizar la
potencia de deteccin
Emplea libreras de bioconductor . Disponible en CRAN

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

19

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (3 de 8)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

20

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (4 de 8)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

21

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (5 de 8)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

22

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (6 de 8)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

23

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (7 de 8)

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

24

Caso clnico 2. Anlisis con ExomeDepth (7 de 8)

Confirmada deleccin del Exn 8 de PKP2

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

25

Aplicaciones del paquete estadstico R en el rea de la gentica clnica

Muchas Gracias
Preguntas?

23/10/2014 - VI Jornadas de Usuarios de R

26