Universidad

Zacatecas

Politcnica

de

Curso: Gentica molecular

Grupo: 5.1

Plan del Pardillo S/N, Parque Industrial,

Fresnillo, Zac.

OBJETIVO
C (Pierce, 2010)omprender ms acerca de la organizacin gentica de clulas
procariotas, mapa gentico, utilizando en este reporte como base de investigacin la
bacteria Escherichia coli, y con ello aprender ms del genoma.
INTRODUCCIN
Escherichia coli es la clula de vida libre, es decir ser viviente autnomo, de la que tal
vez sepamos ms al momento. Como dice Fred Neidhardt, reconocido microbilogo, todo
bilogo conoce al menos dos clulas, aunque no est consciente, la que trabaja y E. coli.
Esta frase anecdtica, refleja en mucho la forma de trabajo y anotacin de los proyectos
genmicos. El primer paso fundamental en un proyecto genmico es por supuesto
secuenciar un genoma. El paso siguiente es hacer su anotacin, que consiste en hacer la
asignacin de algo que un humano entiende a un fragmento de una secuencia aburrida
de 4 nucletidos que nadie puede leer en directo- de todo genoma terminado. La tarea de
anotacin tiene dos componentes. El de localizar o mapear en la secuencia el
conocimiento previo. Esto es, localizar en el genoma secuencias obtenidas con
anterioridad en las que se han realizado experimentos y por lo tanto se tiene
conocimiento sobre sus elementos biolgicos (genes, seales reguladoras, operones,
etc.). El segundo componente es tarea de biologa computacional y consiste en hacer
predicciones sobre funciones biolgicas, con base esencialmente en la comparacin de la
secuencia del genoma desconocido contra toda secuencia reportada con anterioridad
-depositada en GenBank. El resultado de la anotacin consiste en identificar elementos
biolgicamente interpretables en la secuencia de ADN (desde genes, operones,
secuencias de insercin (ISs), promotores, etc.
GENERALIDADES E. COLI
E. coli es una de las especies bacterianas ms
minuciosamente estudiadas, y no solamente por sus
capacidades patognicas, sino tambin como sustrato
y modelo de investigaciones metablicas, genticas,
poblacionales y de diversa ndole (Neidhardt, 1999).
Forma parte de la familia Enterobacteriaceae (Ewing,
1985). Ella est integrada por bacilos Gram negativos
no esporulados, mviles con flagelos peritricos o
inmviles, aerobios-anaerobios facultativos, capaces
de crecer en agar MacConkey y en medios simples
con o sin agregado de NaCl, fermentadores y
oxidativos en medios con glucosa u otros
carbohidratos, catalasa positivos, oxidasa negativos,
reductores de nitratos a nitritos, y poseedores de una
proporcin G+C de 39 a 59% en su DNA. Se trata de
bacterias de rpido crecimiento y amplia distribucin
en el suelo, el agua, vegetales y gran variedad de animales.

E. coli es la especie tipo del gnero Escherichia. Incluye grmenes generalmente

mviles, que producen cido y gas a partir de la glucosa, la arabinosa, y habitualmente
de la lactosa y otros azcares.
E. coli coloniza el tracto gastrointestinal a las pocas horas de vida del nio, y establece
con el husped una relacin estable de mutuo beneficio (Drasar y Hill, 1974). Como
integrante de la flora normal del hombre y de muchos animales, se lo considera un
germen indicador de contaminacin fecal cuando est presente en el ambiente, agua y
alimentos, junto con otros similares agrupados bajo la denominacin de "bacterias
coliformes".
EL GENOMA
El genoma completo de Escherichia coli se termin de secuenciar y anotar en febrero de
1997 (Blattner et al., 1997). La tarea de anotacin fue particularmente intensa en E. coli
dada la cantidad de conocimiento previo. La anotacin involucra por un lado localizar
informacin ya reportada y por el otro hacer predicciones computacionales. Se conoce o
tiene idea de la funcin para cerca de la mitad de los genes en E. coli. Asimismo se tiene
al momento, del orden de 600 promotores -sitios de inicio de la transcripcin- mapeados
en el genoma y del orden de 300 operones o unidades de transcripcin definidas.
Pinsese que la identificacin experimental de cada promotor ha involucrado muchas
veces su secuenciacin y una serie de experimentos para conocer su posicin y su
posible regulacin. Fcilmente podemos subestimar la cantidad de trabajo y la
informacin adicional detallada alrededor esta bacteria. Las bases de datos disponibles,
si bien dan una idea estimada, en realidad no logran capturar ms que "la punta del
iceberg" del conocimiento acumulado. Se puede tener una idea ms completa leyendo
los dos volmenes sobre E. coli y Salmonella en su primera y segunda edicin (Neidhardt
et al., 1996). Comprese este grado de conocimiento con microorganismos, bacterias y
arqueobacterias cuyo genoma completo est ya disponible y sin embargo el nmero de
experimentos en algunas de ellas se pueden contar con los dedos de una mano. Para
algunas incluso no hay medios de cultivo en laboratorio an. Y del mismo mundo
microbiano, hay ya 6 7 genomas terminados de arqueobacterias, as como varias otras
bacterias en las que el nmero de experimentos realizados se cuenta con una mano.
GENOMA DE E. COLI.
El genoma de E. coli est en un solo cromosoma y, en comparacin con el de los seres
humanos, los ratones, las plantas y otros organismos multicelulares, es relativamente
pequeo y consta de 4 638 858 pares de bases. Si se lo estira, la molcula de DNA en el
cromosoma tendra 1,6 mm de largo, casi mil veces el largo de la clula de E. coli dentro
de la cual reside. Para acomodar esta cantidad grande de DNA dentro de los confines de
una sola clula el cromosoma de E. coli est muy enrollado y condensado. La informacin
dentro del cromosoma de E. coli tambin est compactada, con poco DNA no codificante
entre los genes y dentro de ellos y con pocas secuencias para las cuales haya ms de
una copia. Se estima que el genoma de E. coli contiene 4.300 genes, de los cuales ms
de la mitad no tiene ninguna funcin conocida. Estos genes hurfanos pueden
desempear papeles importantes en la adaptacin a entornos no habituales, la

coordinacin de las vas metablicas, la organizacin del cromosoma y la comunicacin

con otras clulas bacterianas. El genoma haploide de E. coli facilita el aislamiento de
mutaciones porque no hay genes dominantes en el mismo locus para suprimir y
enmascarar las mutaciones recesivas.
CROMOSOMA

Cromosomas: 1 cromosoma circular

Cantidad de DNA: 4, 6 4 millones de pares de bases
Nmero de genes: 4 0 0 0
Porcentaje de genes en comn con los seres humanos: 8 %
Tamao promedio del gen: 1 0 0 0 p a r e s d e b a s e s
Genoma secuenciado en 1 9 9 7

MAPA GENETICO DE ESCHERICHIA COLI

SECUENCIA COMPLETA DEL GENOMA DE LA ESCHERICHIA COLI

El genoma de E. coli, se esquematiza en la Figura 1, se compone de 4.639.221 pb de
dplex circular ADN. Ambos pares de bases y minutos escalas se muestran; el par de
bases 1 fue asignado en una regin aparentemente sin rasgos entre genes pasado y thrL.
Genes codificadores de protenas cuenta el 87,8% del genoma, 0,8% codifica ARN
estables, y 0,7% consiste en no codificante repeticiones, dejando; 11% para
reglamentario y otras funciones. Un grfico radial muestra una similitud local del E. coli a
secuenciado genes de bacterifagos. La coordenada polar parcela de CAI est diseado
para resaltar las regiones del genoma con el uso de codones inusual, lo que puede
significar la inmigracin reciente transferencia horizontal. Algunos grupos de genes con
valores bajos corresponden a CAI conocido crptico profagos y otros apuntan a una
posible ubicaciones de adicional horizontalmente adquiridos elementos.

Figura 1. La estructura general del genoma de E. coli.

El origen y la terminal de la replicacin se muestran como lneas verdes, con flechas
azules indicando replichores 1 y 2. Una escala indica las coordenadas tanto en pares de
bases y en cuestin de minutos (En realidad centisomes, o 100 intervalos iguales de
ADN). La distribucin de genes se representa en dos anillos exteriores: Las cajas de color
naranja son genes localizados en la hebra presentado, y las cajas amarillas son los genes
en la cadena opuesta.
Las flechas rojas muestran la ubicacin y la direccin de la transcripcin de los genes
rRNA, y los genes tRNA se muestran como flechas verdes. El siguiente crculo ilustra la
posiciones de secuencias REP todo el genoma como marcas de graduacin radiales. El
naranja solar central es un histograma de inversa CAI (1 CAI), en la que a largo rayos
amarillos representan racimos de baja (0,25) CAI. La parcela est rodeada por CAI un

anillo que indica similitudes entre las protenas de bacterifagos descritas anteriormente
y las protenas codificadas por el genoma de E. coli completa.
MAPA DE LA SECUENCIA COMPLETA E. COLI

La lnea superior muestra cada gen o hipottico gen codificado por colores para
representar su funcin conocida o predicha que le sean asignadas en la base de datos
bioqumicos y genticos. Los genes estn desplazados verticalmente para indicar su
direccin de transcripcin.
El espacio lo permite, los nombres de los descritos anteriormente genes de E. coli se
indican encima de la lnea. La segunda lnea contiene flechas que indican documentado
predichos (negro) operones (rojo) y. Documentado operones que codifican ARN estables

son azules. Lnea 3, por debajo de los operones, contiene marcas de graduacin que
muestran la posicin documentada (rojo), predijo (negro), y ARN estable (azul)
secuencias promotoras. Lnea 4 consta de marcas de graduacin que muestran la
posicin de documentado (rojo) y predicho (negro) protena de unin sitios. Lneas 5 a 9
son histogramas que muestran los resultados de las alineaciones entre las protenas y la
E. coli productos codificados por otros cinco genomas completos. La altura de cada barra
es un simple ndice de similitud: el producto del porcentaje de cada protena en el
alineamiento por pares y de la identidad de aminocidos ciento a travs de la regin
alineada. La lnea 10 indica la similitud entre las protenas en E. coli de la misma manera.
Lnea 11 histogramas muestran el logaritmo del nmero de protenas en el genoma de E.
coli que coincidan con una determinada protena. Lnea 12 en cada nivel es un
histograma que indica el CAI de cada ORF. Los genes con intermedio CAI valores se
muestran en naranja, los genes con altos valores de CAI (>90th percentil) son un tono
ms oscuro de naranja, los genes con valores CAI bajos (< percentil 10) son de color
marrn claro, y grupos de cuatro o ms genes con bajos valores de CAI (<0.25) son de
color amarillo. La lnea final en cada nivel es una posicin que muestra la escala (en la
basepares).
E. COLI COMO ORGANISMO MODELO
E. coli es uno de los caballitos de batalla de la gentica; su ventaja doble es la
multiplicacin rpida y el tamao pequeo. En condiciones ptimas este microorganismo
puede reproducirse cada 20 minutos y en apenas 7 horas, una clula bacteriana sola
puede dar origen a ms de 2 millones de descendientes. Uno de los valores de la rpida
reproduccin es la enorme cantidad de clulas que pueden crecer con rapidez, de modo
que incluso mutaciones muy raras podrn aparecer en un perodo corto de tiempo. Por
consiguiente, se han aislado y caracterizaron numerosas mutaciones en E. coli que
afectan todo, desde el aspecto de la colonia hasta la resistencia a los frmacos.
Escherichia coli es fcil de cultivar en el laboratorio, en medios lquidos (vase fig. 8-2a) o
en medios slidos en placas de Petri. En cultivos lquidos las clulas de E. coli crecen con
una concentracin de mil millones de clulas por mililitro y billones de clulas bacterianas
pueden crecer con facilidad en un simple tubo de ensayo. Cuando las clulas de E. coli se
diluyen y siembran en medio slido en placas de Petri, las bacterias individuales se
reproducen en forma asexual y dan origen a un grupo de 10 a 100 millones de clulas
genticamente idnticas, denominado colonia. Esta formacin de colonias facilita el
aislamiento de cepas de bacterias genticamente puras.
VENTAJAS DE E. COLI

Pequeo tamao
Reproduccin rpida; en condiciones ptimas se divide cada 20 minutos
Fcil de cultivar en medios lquidos o en placas de Petri
Genoma pequeo
Muchos mutantes disponibles
Numerosos mtodos disponibles de ingeniera gentica

APORTACIONES

Regulacin gnica
Biologa y bioqumica molecular de los procesos genticos, como replicacin,
transcripcin, traduccin y recombinacin
Estructura gnica y organizacin en las bacterias
DNA recombinante de caballos de carga
Mutaciones gnicas

CONCLUSIN
Aunque la determinacin completa de la Secuencia de E. coli ha requerido casi 6 aos,
esto representa slo el principio de nuestra comprensin. La investigacin adicional ser
requerida para determinar las funciones precisas para todos los genes mediante anlisis
transcripcional global, el anlisis fenotpico de mutantes, y anlisis de bioqumica y
propiedades catalticas de las protenas expresadas. Otra va fructfera para la
exploracin recaer en toda comparaciones genoma ambos con patgenos relacionados
con identificar aquellos genes que confieren nico propiedades perjudiciales o
beneficiosos, y con otros genomas microbianos para determinar las relaciones evolutivas.
Por otro lado el conocer el genoma de una especie bacteriana trae beneficios porque nos
ayuda a la investigacin, es el ejemplo de la E. coli que al conocer su genoma se puede
modificar para traer nuevos productos, como es el caso de la insulina, adems si se
conoce el genoma se puede cambiar las caractersticas del organismo. Es por eso que el
conocer el genoma completo muy viable aunque cueste mucho, pero las recompensas
son grandes.
BIBLIOGRAFA
Frederick R. Blattner, *. G. (1997). The Complete Genome Sequence of Escherichia coli K12. SCIENCE, 1453-1461.
Pierce, B. A. (2010). Genetics: A Conceptual Approach. New York: W.H. Freeman &
Company.
http://www.biblioweb.tic.unam.mx/libros/microbios/index.html