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Versione 1.

4- 04 Aprile 2006
Avviso di Copyright

Copyright 2006
c by Flavio Pendolino “penflav@yahoo.it”
Questo documento è distribuito sotto CreativeCommons Attribution- NonCommercial-
ShareAlike 2.5 che può essere consultata all’indirizzo web
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/. Potete riprodurre, tra-
durre in altre lingue e modificare il documento secondo i termini della licenza.
Le imagini sono licenziate sotto la licenza sopra indicata.
Feedback
Il progetto Bist ha ormai raggiunto una stabilità che permette di lavorare in
ambienti professionali, come le università e i centri di ricerca. Bist è stato
compilato da sorgenti nelle architetture intel e powerpc in cui è installata una
distro Debian ma per poter garantire la migliore efficenza e funzionalità con
altre architetture e distribuzioni è necessario che la comunità di utilizzatori
invii dei feedback. La vostra opinione è importante per conoscere i bug e
aggiungere nuove funzioni a Bist.
Bist è scritto da Valerio Benfante e le collaborazioni software e i bugs
vanno inoltrati mandando una email a cage@katamail.com. Potete visitare
l’homepage di Bist all’indirizzo web:

http://www.autistici.org/interzona/index.php?mod=03 Bist
http://freshmeat.net/projects/bist/

Il manuale è scritto da Flavio Pendolino le collaborazioni per le traduzioni


vanno inoltrate mandando una email a penflav@yahoo.it.

3
Indice

1 Presentazione di Bist. 3

2 Presentazione della finestra di Bist. 4


2.1 MenuBar. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.2 Toolbar. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2.3 Menu Disegno. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.3.1 Bottombar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.3.2 Leftbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8

3 Funzioni di Bist. 9
3.1 Descrizione funzionamento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
3.2 Active Function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.3 Funzione Selezione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.4 Funzione Copia & Incolla . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.5 Funzione Elimina . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.6 Funzioni Trasformazione. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.6.1 Traslazione. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.6.2 Rotazione. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.6.3 Riflessione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.6.4 Colore . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.7 Funzione legame. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.7.1 Tipi di Legame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3.8 Proprietà dell’atomo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
3.9 Funzione Testo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
3.10 Funzione Stringa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.11 Funzione Frecce . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.12 Funzione Cerchio-Ellisse. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.13 Funzione Orbitali p. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.14 Funzione Salva . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.15 Funzione Esportazione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

1
4 Impostazioni. 23
4.1 Impostazioni di lavoro. Menu Configurazione. . . . . . . . . . 23
4.1.1 Tab-UI. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.1.2 Tab-Tipo di legame. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.2 Aggiunta moduli. Menu Plug-in. . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.2.1 align horizzontal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.2.2 insert template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.2.3 join ring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.2.4 fetch nist database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
4.2.5 global charge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
4.3 Biblioteca di Bist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26

A Installazione 27

2
Capitolo 1

Presentazione di Bist.

Bist significa bidimensional structures (in italiano il suono è simile all’ingle-


se beast, ”bestiola” vedi il logo) e permette di disegnare strutture chimiche
focalizzate per la chimica organica. Bist supporta molti formalismi usati
per descrivere le strutture delle molecole come legami singoli, doppi, stereo-
specifici, cariche, frecce per risonanze, coppia di elettroni spaiati etc.. Bist
permette di scrivere anche meccanismi di reazione in un unico figlio. Questa
versione di Bist può essere integrata con la API openbabel. Questo manuale
descrive la versione beta-0.4.1 di Bist.

3
Capitolo 2

Presentazione della finestra di


Bist.

L’interfaccia di Bist è composta da una finesta dove troviamo i menu e un


buffer. Il buffer è la parte di spazio dove poter disegnare le formule. I menu
si trovano ai lati del buffer e li distinguiamo in:

• MenuBar;

• ToolBar;

• Menu Disegno.

Figura 2.1: Bist nel suo splendore!!!

4
2.1 MenuBar.

Figura 2.2: Menubar

Il MenuBar è formato dai menu:

• File;

• Modifica;

• Configurazione;

• Plug-in;

• Aiuto.

In questi menu troviamo le classiche voci che sono di seguito elencate:

File

• Nuovo apre una finestra vuota;


• Apri apre un progetto esistente;
• Salva salva il progetto aperto;
• Salva con nome salva il progetto in un path arbritrario;
• Esporta esporta i dati in formato *.ps o *.png,
• Esci esce dal programma chiudendo la finestra.

Modifica

• Incolla;
• Annulla;
• Cancella(elimina).

Configurazione

• Imposta Valori configura i valori di lavoro;


• Reimposta come predefiniti imposta i valori di default.

5
Plug-in

• align horizontal.so;
• insert templat.so;
• join ring.so;
• fetch nist database.so;
• global charge.so.

Aiuto

• sul programma;
• Nessuna garanzia.

2.2 Toolbar.

Figura 2.3: Toolbar

Nel menu Toolbar troviamo le funzioni (seguendo l’ordine della figura): Crea
una nuova finestra, Apri un proggetto esistente, Salva, Salva con nome,
Esporta in postscript, Esporta in png, Annulla.

6
2.3 Menu Disegno.
2.3.1 Bottombar

Figura 2.4: Bottombar

Nell’ordine della figura le funzioni sono:

• disegna una catena di atomi;

• disegna una catena di Carbonio;

• ruota di un angolo l’elemento selezionato;

• incolla;

• riflessione verticale;

• riflessione orizzontale;

• rotazione in 3D;

• selezione colore;

• elimina selezionati;

• zoom in;

• zoom out;

• zomm 1:1.

7
2.3.2 Leftbar
Le funzioni del menu Leftbar sono elencate:

• trasla gli elementi selezionati;

• ruota gli elementi selezionati;

• ridimensiona gli elementi selezionati;

• seleziona elemento;

• seleziona una molecola;

• selezione box;

• elimina;

• disegna un legame singolo;

• disegna un legame doppio;

• disegna un legame triplo;

• disegna frecce;

• disegna una curva di Bezier;

• disegna cerchio o ellisse;

• disegna stringa;

• disegna orbitale p;

• inserisce oggetto da biblioteca.

Figura 2.5:
Laleftbar

8
Capitolo 3

Funzioni di Bist.

L’interfaccia di Bist è abbastanza intuitiva da poter iniziare a lavorare imme-


diatamente senza bisogno di aiuto particolare o lettura di manuali complicati
e spesso incomprensibili. Darò comunque una descrizione di quale sia il fun-
zionamento generale del programma mostrando alcuni esempi per esplicare
il meccanismo.

3.1 Descrizione funzionamento.


Apriamo una finestra di Bist: possiamo lavorare.
La leftbar ci dà le funzioni per costruire le molecole, mentre la bottombar ci
permette di modificare(ruotare, rilfettere,colorare, ecc) la molecola.
Di seguito saranno riportate delle regole generali per capire il funzionamento
di Bist.

La prima regola generale da seguire sempre è: selezionare la molecola


(o parte di essa) prima di effettuare qualsiasi operaizone.

La seconda regola generale è: usare il tasto destro per poter ottenere le
opzioni sulla funzione usata.

La terza regola generale: si distinguono tre livelli, il primo indica una


parte di un oggetto, il secondo indica una intera molecola, mentre il
terzo livello riguarda più oggetti raggruppati.

Bisogna ricordare che tutti gli angoli sono misurati in radianti (rad) mentre
tutte le lunghezze in pixel (px).

9
3.2 Active Function
Bisogna ricordare che quando una opzione è attiva il colore dell’active func-
tion è grigio chiaro.

Figura 3.1: Active Function

3.3 Funzione Selezione


La selezione con Bist può avvenire in tre modi a secondo se selezioniamo un
oggetto della molecola, la molecola intera o più molecole insieme. Le funzioni
sono rispettivamente Selezione elemento, Selezione molecola, Selezione a box.
Il primo tipo di selezione permette di selezionare un legame, un atomo o un
oggetto che compone la molecola. Il secondo tipo permette di selezionare
tutti gli oggetti che compongono la molecola in modo simultaneo selezio-
nando tutta la molecola. Il terzo tipo permette di selezionare più oggetti
contemporaneamente descrivendo attorno ad essi un “box”.

(a) Se- (b) Se- (c) Selezio-


lezione lezione ne Box
Elemento Molecola

Figura 3.2: Funzioni Selezione

3.4 Funzione Copia & Incolla


Per copiare un oggetto basta semplicemente selezionarlo e poi usare la fun-
zione Incolla.

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Figura 3.3: Icona Incolla

3.5 Funzione Elimina


Esistono due modi per eliminare oggetti in Bist e vengono usati in modo
differente secondo ció che si elimina. Il pimo modo di eliminare oggetti usa
la funzione “Elimina”

Figura 3.4: Icona Elimina

che agisce su un singolo oggetto componente la molecola per esempio un


legame, un atomo, una freccia, una stringa. Questa funzione agisce diretta-
mente senza dover selezionare nulla. Il secondo modo consiste nel selezionare
un oggetto con la funzione “seleziona un elemento”, “seleziona una moleco-
la”, “seleziona box” e usare l’icona cestino, funzione “Elimina selezionati”

Figura 3.5: Icona Elimina selezionati o Cestino

per eliminare l’oggetto selezionato.

3.6 Funzioni Trasformazione.


Le funzioni di trasformazione permettono di modificare l’oggetto (una mo-
lecola o parte di essa) muovendolo sul buffer, ruotandolo o riflettendolo.
Descriverò adesso questi strumenti che sono fondamentali per la costruzione
delle nostre molecole.

11
3.6.1 Traslazione.
Per traslare un oggetto basta selezionarlo e attivare la funzione trasla elementi
selezionati quindi muovere l’oggetto con il mouse.

Figura 3.6: Icona Trasla elementi selezionati.

3.6.2 Rotazione.
La funzione rotazione si effettua in tre modi differenti. Cosi come avveniva
per la selezione 3.3 anche qui possiamo avere esigenze diverse tali da dover
utilizare metodi differenti per la stessa operazione. La funzione ruota ele-
menti selezionati permette di ruotare solo gli elementi di un oggetto che sono
stati precedentemente selezionati. Potete spostare il pivot (con il terzo stato
del momuse) su di un atomo o dove reputate opportuno e ruotare la molecola.

Figura 3.7: Icona Ruota elementi selezionati.

La funzione ruota ad angolo fisso permette di ruotare l’oggetto di un


angolo fisso e di costruire con precisione molecole più complesse. Ad ogni
click la molecola selezionata ruota dell’angolo che abbiamo impostato.

Figura 3.8: Icona Ruota ad angolo fisso.

Infine la funzione ruota 3D permette di ruotare tridimensionalmente gli


elementi selezionati.

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Figura 3.9: Icona Ruota 3D.

3.6.3 Riflessione
La funzione riflessione permette di ottenere la molecola riflessa su di uno
specchio. La riflessione può avvenire con uno specchio verticale o con uno
specchio orizzontale.

(a) Ril- (b) Ri-


fessione flessione
Verticale. Orizzontale

Figura 3.10: Funzioni Riflessione.

3.6.4 Colore
La funzione colore ci permette di modificare il colore degli oggetti selezionati.
Per prima selezionare l’oggetto, poi clickare sull’icona colore

Figura 3.11: Icona Colore

che aprirà una finestra: la tavolozza dei colori.

13
Figura 3.12: Tavolozza colore.

Nella tavolozza dei colori e possibile scegliere il colore da una mappa di


colori oppure digitare il codice per ottenere lo stesso colore voluto. I formati
dei codici che Bist accetta sono:rgb, byte, hex, hsv.

3.7 Funzione legame.


La funzione legame permette di costruire le molecole disegnando i legami
tra gli atomi. I legami possono essere singoli, doppi e tripli e corrisspondolo
alle seguenti finzioni disegna legame singolo, disegna legame doppio, disegna
legame triplo .

(a) Legame (b) Legame (c) Legame


Singolo Doppio Triplo

Figura 3.13: Funzioni Legame

Per disegnare una molecola attivare il tipo di legame desiderato e clickare


sul buffer in modo che la fine di un legame corrisponda con l’inizio dell’altro.
Automaticamente Bist legherà i legami formando una struttura continua.
In alcuni casi può essere comodo disegnare una catena di atomi di Car-
bonio evitando di costruirla legame dopo legame cosı̀ Bist ci dà la funzione
disegna catena

14
Figura 3.14: Icona Disegna catena

che costruisce una catena lunga a piacere con l’angolo che vogliamo

Figura 3.15: Finestra Disegna catena

3.7.1 Tipi di Legame


Portando il puntatore del mouse sopra il legame e clickando con il tasto
destro comparirà una finestra di opzioni di legame (Proprietà di legame). In
questa finestra sono elencati i diversi tipi di legame che possono essere scelti
per costruire una molecola. I differenti tipi di legame sono molto utili in
stereochimica perché ci permettono di disegnare molecole tridimensionali su
di un piano.

Figura 3.16: Priprietà di legame

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Spesso è conveniente scrivere una molecola con legami semplici e poi
sostituire i legami con altri più adatti usando questo menu e spostando la
scelta sul tipo di legame scelto. Di seguito vi è l’elenco dei possibili tipi di
legame:

• Legame singolo;

• Legame doppio;

• Legame triplo;

• Legame doppio tratteggiato;

• Legame stereospecifico “verso di noi”;

• Legame stereospecifico “verso di noi” opposto;

• Legame stereospecifico “all’interno”;

• Legame stereospecifico “all’interno” opposto;

• Legame trattegggiato;

• Legame inspessito;

• Legame a stereochimica sconosciuta.

3.8 Proprietà dell’atomo.


Quando posizioniamo il puntatore del mouse su di un vertice tra i due legami,
cioè prendiamo in considerazione un atomo e clickiamo con il tasto destro si
apre un menu con le proprietà dell’atomo.

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Figura 3.17: Menu Proprietà dell’atomo

In questo menu vi quanto di necessario vi sia per poter modificare l’a-


spetto di un atomo.

Stringa Tutti gli atomi inseriti per default sono degli atomi di Carbonio
cosı̀ per poter inserire altri elementi della tavola periodica basta aprire la
finestra proprietà dell’atomo e scrivere il simbolo. Questo potrá essere tra-
sformato in un passo successivo. Possiamo cambiare il font dalla sezione font
(per default vi è helvetica ma vi sono numerosi altri font), le dimensioni del
carattere, il colore e la posizione. Possiamo posizionare il testo in “apice”
in “pedice” o una lettere dopo l’altra. In alcuni casi è necessario spostare
il testo (soprattutto se è portato da più di due lettere) clickando sull’icona
“abc”. Questa funzione sposta il testo a destra, al centro e a sinistra sequen-
zialmente. In fine vi è l’“allineamento verticale” che permette di allineare
verticalmente un atomo, per esempio di azoto N, quando vengono inserite
delle cariche o frecce.

Elettroni e simili Nella costruzione delle molecole è spesso necessario in-


serire cariche o elettroni. Possiamo inserire cariche positive e cariche negative
in numero qualunque cosi come pure elettroni spaiati e doppietti di elettroni.

3.9 Funzione Testo


Nel buffer di Bist è possibile inserire delle stringhe di testo con la funzione
disegna stringa

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Figura 3.18: Icona Testo o Disegna stringa.

clickando si apre la finestra “Proprietà del testo”:

Figura 3.19: Finestra Proprietà testo.

che ci permette di cambiare il “font”, le “dimensioni”,la “posizione” ed


il “colore” del carattere. Clickando su “OK” vengono applicate le modifiche
mentre per chiudere la finestra bisogna clickare su annulla.

3.10 Funzione Stringa


Questa funzione permette di scrivere delle stringhe, interpretarle e dare come
risultato l’imagine della molecola. Disegnate almeno un legame e cliccate su
di un atomo per fare comparire il menu “proprietà dell’atomo”, quindi scrive-
re la formula bruta con caratteri maiuscoli. Cliccate su OK e poi su annulla e
vedrete comparire la molecola. Non dimenticate di scrivere maiuscolo perché
altrimenti Bist và inn crash. Se volete solo scrivere la formula bruta legata
ad una molecola basta deselezionare l’opzione interpreta stringa nel menu
“proprietà dell’atomo”.

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Figura 3.20: Funzione Interpreta Stringa .

3.11 Funzione Frecce


Bist permette di poter disegnare due tipi di frecce: freccia standard e freccia
bezier .

(a) Freccia (b) Freccia


Standard Bezier

Figura 3.21: Icone Freccia.

In realtà queste funzioni disegnano per default delle rette o delle curve
bezier e da queste ottenere delle frecce. In ambedue le funzioni (standard e
bezier) si possono ottenere differenti tipi di frecce cambiandole dalla finestra
che compare clickando con il tasto destro sulla freccia.

Figura 3.22: Finestra Freccia.

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Questo menu permette di creare una freccia tratteggiata tramite l’opzione
“Passo”, di indicare la lareghezza, decidere il tipo e colore. L’opzione “tipo”
ci dà in sequenza i differenti tipi di freccia che sono:

• freccia ad amo +;

• freccia a una punte −→;

• freccia risonanza ←→;

• freccia cancellata;

• freccia equilibrio *
);

Costruzione della freccia standard Si attivi la funzione “freccia stan-


dard” e sul buffer clickare tenendo premuto il tasto per la lunghezza deside-
rata e rilasciare.

Costruzione della freccia bezier Attivare la funzione “freccia bezier”


clickare sul buffer dove comparirà un punto rilasciare e segnare almeno altri
tre punti. Bist automaticamente comporrà la curva.

3.12 Funzione Cerchio-Ellisse.


Questa funzione permette di inserire un cerchio o un’ellisse.

Figura 3.23: Icona Cerchio-Ellisse.

Come sempre è possibile modificare l’aspetto dell’oggetto dalla finestra


che compare clickando sull’area della figura:

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Figura 3.24: Finestra Cerchio-Ellisse.

da questo menu possiamo modificare il colore, lo spessore e il passo della


linea (questa funzione serve per poter ottenere una linea tratteggiata).

3.13 Funzione Orbitali p.


Questa funzione inserisce degli orbitali p sul disegno della nostra molecola.

Figura 3.25: Icona Orbitali p.

3.14 Funzione Salva


Bist salva i vostri progetti in formato *.bist che deve essere specificato espres-
samente nel nome del progetto perchè non è in grado di salvare automati-
camente. La finestra Salva con nome permette di mostrare solo i file .bist
o tutti i file tramite un filtro, ma è anche possibile personalizzare il filtro
con l’opzione “custom filter” specificando il tipo di file (non dimenticate l’a-
sterisco prima del formato) da vedere. Da questa finestra possiamo anche
aggingere una cartella e avere il “preview” dell’immagine. Un menu a tendi-
na permette di vedere i Favoriti (Favorites) e aggiungerli e modificarli nonché
eplorare il File systems.

21
Figura 3.26: Finestra Salva con nome.

3.15 Funzione Esportazione


è possibile esportare il progetto in formati più comuni e gli unici supportati
in questo momento sono .ps e .png anche se, in teoria, si può esportare anche
in .svg ma non funizona quasi mai.

22
Capitolo 4

Impostazioni.

Prima di iniziare a lavorare possiamo impostare alcuni parametri che varran-


no per la nostra sessione di lavoro e poterli impostare come default velociz-
zando il lavoro con Bist.

4.1 Impostazioni di lavoro. Menu Configura-


zione.
Aprire il menu Configurazione → Imposta valori (Alt+Shift+v). Si aprirà
una finestra con due menu-tab (UI,tipo di legame). Descriverò le opzioni di
ciascun TAB nelle due sezioni seguenti. La finestra contiene oltre ai due TAB
i pulsanti “Predefiniti”, “Annulla”, “OK”. La prima funzione reimposta i
valori di default, mentre la seconda e terza funzione rispettivamente chiudono
la finestra senza modificare nulla e attivano le modifiche.
Per impostare i valori di default scegliere il menu Configure → Reimposta
come predefiniti (Alt+Shift+d)

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4.1.1 Tab-UI.

Figura 4.1: Il menu-tab UI

In questo menu è possibile mostrare una griglia nel buffer con l’opzione “Mo-
stra griglia” ed è anche possibile stabilere quanto fitta deve essere la trama
della griglia variando il valore nell’opzione “Passo della griglia”. Per lavora-
re meglio si può impostare la tolleranza del click nel menu “Tolleranza del
click” e anche le dimensioni della finestra altezza e larghezza. Infine attivare
le opzioni clickando su OK. Infine possiamo scegliere se non far comparire
l’immagine iniziale deattivando l’opzione “Mostra splaspage”.

4.1.2 Tab-Tipo di legame.

Figura 4.2: Il menu-tab Tipo di legame

24
In questo menu si possono impostare i valori della lunghezza e dell’angolo
di legame, come pure le frecce (larghezza,altezza,ecc) (frecce che indicano il
movimento degli elettroni) e perfino lo spazio tra i doppi legami. Clickando
su OK le modifiche sono attive.

4.2 Aggiunta moduli. Menu Plug-in.


Il menu plug-in permette di visualizzare moduli aggiuntivi. Il modo più
semplice per aggingere dei plugin consiste nell’ aggiungere i moduli nella
directory /usr/share/bist/plugin o /home/.bist/plugin quindi riavviare. I
plugin devono essere scritti in C++.

4.2.1 align horizzontal


Questo plugin permette di mettere di allineare orizzontalmente molecole con
non lo sono. Selezionate le molecole da allineare e clickate sul plugin align
horizzontal.

4.2.2 insert template


In questo menu potete richiamare delle molecole gia costruite e inserite nel-
la biblioteca di Bist 4.3. I file salvati con Bist devono essere inseriti nella
directory /usr/share/bist/rings o /home/.bist/rings se volete che compaiano
nella biblioteca.

4.2.3 join ring


Questo plugin permette di unire due legami appartenenti a molecole differenti
in un unico legame. Attivare la funzione “join ring” e clickare su OK nella
finestra che compare (vi è una breve descrizione del comando), selezionare i
4 atomi che formano i legami da unire con la funzione “seleziona elemento”:

Figura 4.3: Esempio plugin join ring

25
4.2.4 fetch nist database
E’ la funzione che permette di ottenere la molecola inserendo il nome in una
finestra che si collegherà ad un server database.

4.2.5 global charge


In meccanismi di reazione capita spesso di dover inserire un valore di carica
globale, bene questo plugin fa proprio questo, ma ricordate di selezionare
prima la molecola e poi usate la funzione global charge.

4.3 Biblioteca di Bist


La biblioteca di Bist è un “posto” dove poter trovare delle molecole già
costruite. Per usarla clickare sulla icona inserisci oggetto

Figura 4.4: Finestra Inserisci oggetto.

dove comparirà una finestra

Figura 4.5: Biblioteca di Bist.

In questa finestra si distinguono due parti: a sinistra troviamo l’elenco


delle molecole divise in sezioni, mentre a destra troviamo un riquadro di
preview. Per usare le molecole contenute nella biblioteca bisogna clickare sul
nome voluto e la molecola comparirà nel buffer.

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Appendice A

Installazione

Prima di installare Bist il vostro sistema necessita di soddisfare alcune di-


pendenze. Dovete installare i seguenti pacchetti:

• fltk=1.1.5 < 2.0;

• libplot;

• expat XML parsing library;

• openbabel;

• libcurl.

Il pacchetto Bist compilaca con gcc-3.3. Se usate il compilatore gcc-3.4 proba-


bilmente l’istallazione fallisce. Il nuovo gcc-4.0 non è stato rovato (se riuscite
a compilare fateci sapere). Scaricare il pacchetto di Bist bist-beta.0.4.1.tar.gz
e scompattare:
$ tar -xvzf bist-beta.0.4.1.tar.gz
La cartella di default dove installare Bist è /usr/local/src(per poter modifica-
re questa cartella necessiatano i privileggi di root), ma naturalmente potete
installare il software dovunque desiderate. Esistono due modi per installare
Bist.

Installazione dai sorgenti. Entrare nella cartella di Bist:


$ cd /usr/local/src/bist
digitare i comandi standard per la compilazione:

# ./configure;

# make;

27
# make install.

Ricordate di leggere il file INSTALL per essere sicuri di ulteriori aggiorna-


menti.

Installazione con pacchetto debian. Per chi possiede un sistema Linux


debian-like o può usare i pacchetti .deb è possibile creane dai sorgenti in
modo semplice.

$ fakeroot debian/rules binary.

questa ultima operazione creerà il pacchetto .deb( bist 0.4.1 arch.deb) otti-
mizzato per la vostra macchina. Per installare il pacchetto bist:

# dpkg -i bist 0.4.1 powerpc.deb


Se volete essere perfezionisti potere aggiungere bist al vostro reposity locale
ed installare bist da dselect, aptitude o synaptic.

Istruzioni per creare un reposity locale. Si crea una cartella sul


disco in una posizione a vostro piacere:
$ mkdir debian/binary
inserire il pacchetto debian nella cartella binary e digitare il comado:

$ dpkg-scanpackages binary /dev/null — gzip -9c > binary/Packages.gz

Aggiungere al file /etc/apt/sources.list la seguente riga:

deb file:///home/utente/debian binary/

quidi fare un update con:

# apt-get update

Adesso potete aprire il vostro packages menager preferito per installare bist.
Bug-Install
Può capitare che la compilazione con make dia un errore sui “tags”. Per
poter ottenere i binare prima di laciare il comando make modificare il file
Makefile e nella sezione “all” cancellare la scritta tags, salvare e compilare.

28
Elenco delle figure

2.1 Bist nel suo splendore!!! . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 4


2.2 Menubar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 5
2.3 Toolbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 6
2.4 Bottombar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 7
2.5 Laleftbar . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8

3.1 Active Function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10


3.2 Funzioni Selezione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.3 Icona Incolla . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.4 Icona Elimina . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.5 Icona Elimina selezionati o Cestino . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.6 Icona Trasla elementi selezionati. . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.7 Icona Ruota elementi selezionati. . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.8 Icona Ruota ad angolo fisso. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.9 Icona Ruota 3D. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.10 Funzioni Riflessione. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.11 Icona Colore . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.12 Tavolozza colore. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.13 Funzioni Legame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.14 Icona Disegna catena . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3.15 Finestra Disegna catena . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3.16 Priprietà di legame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3.17 Menu Proprietà dell’atomo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
3.18 Icona Testo o Disegna stringa. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.19 Finestra Proprietà testo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.20 Funzione Interpreta Stringa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.21 Icone Freccia. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.22 Finestra Freccia. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.23 Icona Cerchio-Ellisse. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.24 Finestra Cerchio-Ellisse. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.25 Icona Orbitali p. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.26 Finestra Salva con nome. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22

29
4.1 Il menu-tab UI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.2 Il menu-tab Tipo di legame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.3 Esempio plugin join ring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.4 Finestra Inserisci oggetto. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
4.5 Biblioteca di Bist. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26

30
Indice analitico

orbitali p, 21 font atomo, 17


freccia bezier, 19
abc icona, 17 freccia disegna, 19
Aiuto, 5, 6 freccia standard, 19
angoli, misura, 9
apice atomo, 17 hex, 14
hsv, 14
biblioteca, 26
bottombar, 7 impostazioni, 23
buffer, 4 incolla, 10
byte, 14 insert template, 25
installazione, 27
cariche elettriche, 17 interpreta stringa, 18
cerchio disegna, 20
cestino, 11 join ring, 25
colore, 13
Leftbar, 8
colore funzione, 13
legame doppio disegna, 14
Configura, 5
legame funzione, 14
Configurazione, 5
legame singolo disegna, 14
configurazione, 23
legame triplo disegna, 14
copia, 10
lunghezza, misura, 9
disegna catena, 14
Menu Disegno, 4, 7
doppietti di elettroni, 17
MenuBar, 5
elettroni, 17 Menubar, 4
elettroni e simili, 17 Modifica, 5
elettroni spaiati, 17
pedice atomo, 17
elimina, 11
pivot, 12
Elimina funzione, 11
Plug-in, 5, 6
Elimina selezionati funzione, 11
plug-in, 25
ellisse disegna, 20
Presentazione di Bist, 3
esportazione, 22
proprietà dell’atomo, 16
File, 5
rgb, 14

31
riflessione, 13
rotazione, 12
ruota 3D, 12
ruota ad angolo fisso, 12
ruota elementi selezionati, 12

salva, 21
selezione, 10
stringa, prorpietd̀ell’atomo, 17

TAB-Tipo di legame, 24
TAB-UI, 24
testo, 17
tipi di legame, 15
Toolbar, 4, 6
Trasformazione funzioni, 11
traslazione, 12

32