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4- 04 Aprile 2006
Avviso di Copyright
Copyright
2006
c by Flavio Pendolino “penflav@yahoo.it”
Questo documento è distribuito sotto CreativeCommons Attribution- NonCommercial-
ShareAlike 2.5 che può essere consultata all’indirizzo web
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/2.5/. Potete riprodurre, tra-
durre in altre lingue e modificare il documento secondo i termini della licenza.
Le imagini sono licenziate sotto la licenza sopra indicata.
Feedback
Il progetto Bist ha ormai raggiunto una stabilità che permette di lavorare in
ambienti professionali, come le università e i centri di ricerca. Bist è stato
compilato da sorgenti nelle architetture intel e powerpc in cui è installata una
distro Debian ma per poter garantire la migliore efficenza e funzionalità con
altre architetture e distribuzioni è necessario che la comunità di utilizzatori
invii dei feedback. La vostra opinione è importante per conoscere i bug e
aggiungere nuove funzioni a Bist.
Bist è scritto da Valerio Benfante e le collaborazioni software e i bugs
vanno inoltrati mandando una email a cage@katamail.com. Potete visitare
l’homepage di Bist all’indirizzo web:
http://www.autistici.org/interzona/index.php?mod=03 Bist
http://freshmeat.net/projects/bist/
3
Indice
1 Presentazione di Bist. 3
3 Funzioni di Bist. 9
3.1 Descrizione funzionamento. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 9
3.2 Active Function . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.3 Funzione Selezione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.4 Funzione Copia & Incolla . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 10
3.5 Funzione Elimina . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.6 Funzioni Trasformazione. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 11
3.6.1 Traslazione. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.6.2 Rotazione. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 12
3.6.3 Riflessione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.6.4 Colore . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 13
3.7 Funzione legame. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
3.7.1 Tipi di Legame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
3.8 Proprietà dell’atomo. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
3.9 Funzione Testo . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 17
3.10 Funzione Stringa . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 18
3.11 Funzione Frecce . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 19
3.12 Funzione Cerchio-Ellisse. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
3.13 Funzione Orbitali p. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.14 Funzione Salva . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21
3.15 Funzione Esportazione . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22
1
4 Impostazioni. 23
4.1 Impostazioni di lavoro. Menu Configurazione. . . . . . . . . . 23
4.1.1 Tab-UI. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.1.2 Tab-Tipo di legame. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.2 Aggiunta moduli. Menu Plug-in. . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.2.1 align horizzontal . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.2.2 insert template . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.2.3 join ring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.2.4 fetch nist database . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
4.2.5 global charge . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
4.3 Biblioteca di Bist . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
A Installazione 27
2
Capitolo 1
Presentazione di Bist.
3
Capitolo 2
• MenuBar;
• ToolBar;
• Menu Disegno.
4
2.1 MenuBar.
• File;
• Modifica;
• Configurazione;
• Plug-in;
• Aiuto.
File
Modifica
• Incolla;
• Annulla;
• Cancella(elimina).
Configurazione
5
Plug-in
• align horizontal.so;
• insert templat.so;
• join ring.so;
• fetch nist database.so;
• global charge.so.
Aiuto
• sul programma;
• Nessuna garanzia.
2.2 Toolbar.
Nel menu Toolbar troviamo le funzioni (seguendo l’ordine della figura): Crea
una nuova finestra, Apri un proggetto esistente, Salva, Salva con nome,
Esporta in postscript, Esporta in png, Annulla.
6
2.3 Menu Disegno.
2.3.1 Bottombar
• incolla;
• riflessione verticale;
• riflessione orizzontale;
• rotazione in 3D;
• selezione colore;
• elimina selezionati;
• zoom in;
• zoom out;
• zomm 1:1.
7
2.3.2 Leftbar
Le funzioni del menu Leftbar sono elencate:
• seleziona elemento;
• selezione box;
• elimina;
• disegna frecce;
• disegna stringa;
• disegna orbitale p;
Figura 2.5:
Laleftbar
8
Capitolo 3
Funzioni di Bist.
La seconda regola generale è: usare il tasto destro per poter ottenere le
opzioni sulla funzione usata.
Bisogna ricordare che tutti gli angoli sono misurati in radianti (rad) mentre
tutte le lunghezze in pixel (px).
9
3.2 Active Function
Bisogna ricordare che quando una opzione è attiva il colore dell’active func-
tion è grigio chiaro.
10
Figura 3.3: Icona Incolla
11
3.6.1 Traslazione.
Per traslare un oggetto basta selezionarlo e attivare la funzione trasla elementi
selezionati quindi muovere l’oggetto con il mouse.
3.6.2 Rotazione.
La funzione rotazione si effettua in tre modi differenti. Cosi come avveniva
per la selezione 3.3 anche qui possiamo avere esigenze diverse tali da dover
utilizare metodi differenti per la stessa operazione. La funzione ruota ele-
menti selezionati permette di ruotare solo gli elementi di un oggetto che sono
stati precedentemente selezionati. Potete spostare il pivot (con il terzo stato
del momuse) su di un atomo o dove reputate opportuno e ruotare la molecola.
12
Figura 3.9: Icona Ruota 3D.
3.6.3 Riflessione
La funzione riflessione permette di ottenere la molecola riflessa su di uno
specchio. La riflessione può avvenire con uno specchio verticale o con uno
specchio orizzontale.
3.6.4 Colore
La funzione colore ci permette di modificare il colore degli oggetti selezionati.
Per prima selezionare l’oggetto, poi clickare sull’icona colore
13
Figura 3.12: Tavolozza colore.
14
Figura 3.14: Icona Disegna catena
che costruisce una catena lunga a piacere con l’angolo che vogliamo
15
Spesso è conveniente scrivere una molecola con legami semplici e poi
sostituire i legami con altri più adatti usando questo menu e spostando la
scelta sul tipo di legame scelto. Di seguito vi è l’elenco dei possibili tipi di
legame:
• Legame singolo;
• Legame doppio;
• Legame triplo;
• Legame trattegggiato;
• Legame inspessito;
16
Figura 3.17: Menu Proprietà dell’atomo
Stringa Tutti gli atomi inseriti per default sono degli atomi di Carbonio
cosı̀ per poter inserire altri elementi della tavola periodica basta aprire la
finestra proprietà dell’atomo e scrivere il simbolo. Questo potrá essere tra-
sformato in un passo successivo. Possiamo cambiare il font dalla sezione font
(per default vi è helvetica ma vi sono numerosi altri font), le dimensioni del
carattere, il colore e la posizione. Possiamo posizionare il testo in “apice”
in “pedice” o una lettere dopo l’altra. In alcuni casi è necessario spostare
il testo (soprattutto se è portato da più di due lettere) clickando sull’icona
“abc”. Questa funzione sposta il testo a destra, al centro e a sinistra sequen-
zialmente. In fine vi è l’“allineamento verticale” che permette di allineare
verticalmente un atomo, per esempio di azoto N, quando vengono inserite
delle cariche o frecce.
17
Figura 3.18: Icona Testo o Disegna stringa.
18
Figura 3.20: Funzione Interpreta Stringa .
In realtà queste funzioni disegnano per default delle rette o delle curve
bezier e da queste ottenere delle frecce. In ambedue le funzioni (standard e
bezier) si possono ottenere differenti tipi di frecce cambiandole dalla finestra
che compare clickando con il tasto destro sulla freccia.
19
Questo menu permette di creare una freccia tratteggiata tramite l’opzione
“Passo”, di indicare la lareghezza, decidere il tipo e colore. L’opzione “tipo”
ci dà in sequenza i differenti tipi di freccia che sono:
• freccia ad amo +;
• freccia cancellata;
• freccia equilibrio *
);
20
Figura 3.24: Finestra Cerchio-Ellisse.
21
Figura 3.26: Finestra Salva con nome.
22
Capitolo 4
Impostazioni.
23
4.1.1 Tab-UI.
In questo menu è possibile mostrare una griglia nel buffer con l’opzione “Mo-
stra griglia” ed è anche possibile stabilere quanto fitta deve essere la trama
della griglia variando il valore nell’opzione “Passo della griglia”. Per lavora-
re meglio si può impostare la tolleranza del click nel menu “Tolleranza del
click” e anche le dimensioni della finestra altezza e larghezza. Infine attivare
le opzioni clickando su OK. Infine possiamo scegliere se non far comparire
l’immagine iniziale deattivando l’opzione “Mostra splaspage”.
24
In questo menu si possono impostare i valori della lunghezza e dell’angolo
di legame, come pure le frecce (larghezza,altezza,ecc) (frecce che indicano il
movimento degli elettroni) e perfino lo spazio tra i doppi legami. Clickando
su OK le modifiche sono attive.
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4.2.4 fetch nist database
E’ la funzione che permette di ottenere la molecola inserendo il nome in una
finestra che si collegherà ad un server database.
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Appendice A
Installazione
• libplot;
• openbabel;
• libcurl.
# ./configure;
# make;
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# make install.
questa ultima operazione creerà il pacchetto .deb( bist 0.4.1 arch.deb) otti-
mizzato per la vostra macchina. Per installare il pacchetto bist:
# apt-get update
Adesso potete aprire il vostro packages menager preferito per installare bist.
Bug-Install
Può capitare che la compilazione con make dia un errore sui “tags”. Per
poter ottenere i binare prima di laciare il comando make modificare il file
Makefile e nella sezione “all” cancellare la scritta tags, salvare e compilare.
28
Elenco delle figure
29
4.1 Il menu-tab UI . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.2 Il menu-tab Tipo di legame . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 24
4.3 Esempio plugin join ring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
4.4 Finestra Inserisci oggetto. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
4.5 Biblioteca di Bist. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
30
Indice analitico
31
riflessione, 13
rotazione, 12
ruota 3D, 12
ruota ad angolo fisso, 12
ruota elementi selezionati, 12
salva, 21
selezione, 10
stringa, prorpietd̀ell’atomo, 17
TAB-Tipo di legame, 24
TAB-UI, 24
testo, 17
tipi di legame, 15
Toolbar, 4, 6
Trasformazione funzioni, 11
traslazione, 12
32