Agosto 28, 2014.

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Evaluacin del sistema inmunitario humano a travs

del transcriptma de la sangre.
La sangre es el medio por el cual el sistema inmune se desplaza a los
diferentes sitios de nuestro organismo, por lo tanto se considera un
tejido fundamental para la vida.
El sistema inmune juega un papel central no slo en el mantenimiento
del estado de salud, sino tambin en la patognesis: el exceso de la
inmunidad es asociado, por ejemplo, con las enfermedades autoinmunes
como la esclerosis mltiple, la diabetes tipo 1, el lupus, artritis
reumatoide, entre muchas ms, as como en el rechazo de rganos, por
otra parte, tambin se puede encontrar una relacin estrecha entre el
sistema inmune y todo lo relacionado a la susceptibilidad a las
infecciones, a esto se le considera deficiencia inmunolgica.
Cuando se investigan las enfermedades autoinmunes,
en algunas
ocasiones sucede que el investigador no tiene el acceso a los tejidos u
rganos que son relevantes para la toma de muestras, uno de los
ejemplos es el cerebro, para el caso de la esclerosis mltiple o las
articulaciones para la artritis reumatoide,
esto constituye una
importante limitacin.
Sin embargo se tienen como herramientas a las clulas del sistema
inmune, estas se encuentran en recirculacin entre rganos linfoides
centrales y perifricos, tambin se encuentran migrando hacia y desde
los sitios de lesin, todo esto, a travs de la sangre.
Estas clulas inmunes estn, expuestos a los factores que se liberan de
forma sistmica. El citmetros de flujo policromtico, es una de las
herramientas que se utilizan para analizar clulas en suspensin. Este
tipo de tecnologas tienen impacto en el campo de la genmica y la
protemica, de tal modo que se ha creado una oportunidad para el
estudio del estado de salud y enfermedad de los seres humanos.
El genoma humano se puede investigar desde dos diferentes ngulos. La
variacin de secuencia puede ser detectado mediante, polimorfismos de
un solo nucletido conocidos como (chips SNP), los cuales permiten la
identificacin de polimorfismos comunes o mutaciones raras asociadas
con enfermedades. En particular, estos estudios han sido tiles para
identificar los genes y las vas que pueden estar implicados en la

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patognesis de las enfermedades autoinmunes. Es importante sealar

que los parmetros medidos se determinan por la herencia por lo que a
lo largo de la vida de un individuo no van a cambiar.
La actividad transcripcional es dependiente en gran medida de entorno,
por ejemplo los factores mentales y, como resultado, se tiene una
abundancia de ARN. Por ejemplo, los conjuntos de transcriptos pueden
ser inducidos en respuesta a una infeccin. Los cambios dinmicos en la
composicin celular de un tejido tambin efectuar cambios en la
abundancia de transcripcin que se medir en un genoma de gran
escala.
Los diversos perfiles de transcripcin se han obtenido a partir de muchos
tejidos humanos por ejemplo, de la piel, tejido muscular, hgado, rin e
incluso del cerebro, sin embargo para los fines del artculo es mejor
monitorear la sangre.
Para este anlisis el volumen de datos generados a partir de este tipo de
estudios puede ser abrumador, y es necesario integrar la informacin a
partir de una multitud de fuentes (diseo del estudio, el control de
calidad datos, informacin de la muestra, e informacin clnica) con el fin
de que los resultados sean interpretables, tambin debe de considerarse
que los cambios en la abundancia de transcripcin observados en la
sangre puede ser causada no slo por la regulacin de la actividad
transcripcional de genes, sino tambin por cambios relativos en la
abundancia de las poblaciones de clulas, por ltimo, existen factores
que pueden estar afectando la transcripcin, por lo tanto se puede
tender a confundir el anlisis.
Los medicamentos y las comorbilidades son otros dos factores que
menudo suelen restringir la seleccin del paciente y complicar la
interpretacin de los datos.
PCR en tiempo real se considera actualmente el estndar de oro para el
anlisis de la expresin gnica. Sin embargo, puede ser usado para
medir la abundancia de un nmero limitado de transcripciones. Por otro
lado existen los microarreglos de DNA, los cuales ahora son de uso
rutinario y pueden medir la abundancia de transcripcin en un genoma
de gran escala. Esta tecnologa se basa en matrices densas de sondas
con
oligonucletido que capturarn secuencias complementarias
presentes en muestras biolgicas a diversas concentraciones. Las

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sondas pueden ser depositadas sobre una superficie slida, sintetizados

in situ, o unidas a perlas de vidrio presentadas en pozos grabados en la
superficie de un portaobjetos de vidrio.
La sensibilidad de los microarreglos es baja comparada con otros como
PCR en tiempo real, y aunque un microarreglo no es un mtodo del todo
cuantitativo, tiene la ventaja de que puede analizar un genoma de gran
escala, los cambios en la abundancia
de transcripcin deben de
medirse en referencia a las muestras de control que deben ser incluidos
en cada estudio.

Sin embargo, algunas de estas limitaciones pueden ser contrarrestadas

por mtodos que dependen de secuenciacin de alto rendimiento. SAGE
(serial anlisis de la expresin gnica), la secuenciacin del ARN (ARNss) utiliza ya sea ARN total o fraccionado, por ejemplo la cola de poli (A),
como punto de partida. Este material es convertido en una biblioteca de
fragmentos de ADNc. Cuanto ms alto sea el nivel de la expresin de un
gen dado, mayor ser el nmero de lecturas que se alinearn contra
ella. Por lo tanto, este enfoque proporciona varios tipos de informacin,
incluyendo la abundancia de transcripcin y la estructura del
transcriptma, y los perfiles de ARN no codificante. ARN-Seq, se espera
que esto pueda convertirse en lo suficientemente rentable y prctico
para finalmente sustituir tecnologas de microarreglos. Tecnologa
Nanostring, es otro tipo de tecnologa que puede, por ejemplo, detectar
la abundancia de hasta 500 transcripciones con alta sensibilidad.
La autoinmunidad ha demostrado ser un terreno frtil para estudios
transcripcionales de la sangre. Las alteraciones en la abundancia de la
transcripcin en la sangre de pacientes reflejan la respuesta contra
antgenos propios y, en general, desempleo procesos inflamatorios
controlados. Por ejemplo encontraron que el tratamiento con esteroides
de pacientes con LES (lupus eritematoso sistmico), resulta en el
silenciamiento especifico del IFN-I.
La artritis juvenil de inicio sistmico (AIJiS) es otra enfermedad con
afectacin sistmica que se benefici en gran medida a partir del
estudio de los perfiles de transcripcin de sangre con la desarrollo de
ambas modalidades teraputicas y de diagnstico lazos. Las
enfermedades con afectacin de rganos especficos tambin han sido

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objeto de considerable, dada la falta de acceso al cerebro, la sangre

constituye una fuente particularmente atractiva de marcadores
moleculares sustitutos para esta enfermedad.
Los perfiles de transcripcin de la sangre, han permitido el estudio de
una importante gama de enfermedades autoinmunes que abarca por
ejemplo: LES, artritis juvenil idioptica, esclerosis mltiple, la artritis
reumatoide, sndrome de Sjogren, la diabetes, la enfermedad
inflamatoria intestinal, miopatas inflamatorias, la vasculitis
y el
sndrome antifosfolipdico, entre otras.
En pacientes con enfermedades infecciosas, las alteraciones de la
transcripcin de la sangre son un reflejo de la respuesta inmunolgica
montada por el propio husped contra los patgenos. Esta respuesta se
inicia por receptores especializados expresados en la superficie de las
clulas husped los cuales reconocen patrones moleculares asociados a
patgenos. Del mismo modo, los patrones de la abundancia de
transcripcin de la sangre de pacientes con infecciones causadas por
diferentes patgenos se ven modificados. En estos casos los perfiles de
transcripcin pueden resultar tiles para obtener un diagnstico, incluso
en situaciones donde el agente patgeno causante no est presente en
la muestra de ensayo. Es importante destacar que tambin puede
ayudar a determinar la gravedad de la infeccin y monitorear su curso.
Las infecciones a menudo se presentan como eventos clnicos agudos;
Por lo tanto, es importante capturar los cambios dinmicos en la
abundancia de la transcripcin que se producen durante el curso de la
infeccin desde el momento de la exposicin inicial.
En el artculo se menciona que mltiples enfermedades pueden
compartir componentes del perfil transcripcional de la sangre, por
ejemplo, el caso de la inflamacin o interfern especficamente. Tambin
hacen la mencin de que ningn elemento del perfil puede ser
especfico para cualquier enfermedad, y por ultimo remarcan la
importancia de llevar a cabo este tipo de anlisis con el objetivo de
comparar directamente los perfiles de transcripcin de las diferentes
enfermedades.
Para este tipo de anlisis es muy importante capturar y organizar la
informacin que es esencial para la interpretacin de los resultados. Esto
incluye informacin de la muestra, informacin clnica recogida en el

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momento de muestreo, los detalles sobre el diseo experimental, y los

materiales y mtodos. La idea es que los resultados generados por otras
plataformas de perfiles moleculares y celulares sean integrados con el
fin de poder consultarlas.
Estos son los pasos bsicos de anlisis y consideraciones importantes
para el anlisis de datos de microarreglos:

Normalizacin por chip

Filtrado de datos
Sin anlisis
La agrupacin
Comparacin de Clase
Mltiples pruebas de correccin

1. Correccin de Bonferroni
2. Benjamini y Hochberg falso descubrimiento tasa
Clase de prediccin
Tamao de la muestra