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HISTORIAL DE EPIDAT
PROGRAMA PARA ANLISIS
EPIDEMIOLGICO DE DATOS
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NDICE
Introduccin .......................................................................................................................................... 3
Epidat 1.0 (Diciembre 1994) ................................................................................................................ 4
Grupo de trabajo v1.0 ..................................................................................................................... 4
Caractersticas v1.0.......................................................................................................................... 4
Contenido v1.0 ................................................................................................................................ 4
Epidat 2.0 (Junio 1997) ......................................................................................................................... 5
Grupo de trabajo v2.0 ..................................................................................................................... 5
Caractersticas v2.0.......................................................................................................................... 6
Contenido v2.0 ................................................................................................................................ 6
Novedades v2.0 ............................................................................................................................... 7
Epidat 2.1 (Junio 1998) ......................................................................................................................... 7
Novedades v2.1 ............................................................................................................................... 8
Epidat 3.0 (Marzo 2004) ....................................................................................................................... 8
Grupo de trabajo v3.0 ..................................................................................................................... 8
Caractersticas v3.0.......................................................................................................................... 9
Contenido v3.0 ................................................................................................................................ 9
Novedades v3.0 ............................................................................................................................. 11
Epidat 3.1 (Enero 2006) ...................................................................................................................... 12
Grupo de trabajo v3.1 ................................................................................................................... 12
Novedades v3.1 ............................................................................................................................. 13
Errores v3.1 .................................................................................................................................... 15
Epidat 4.0 (Abril 2011) ....................................................................................................................... 17
Grupo de trabajo v4.0 ................................................................................................................... 17
Caractersticas v4.0........................................................................................................................ 17
Contenido v4.0 .............................................................................................................................. 18
Novedades v4.0 ............................................................................................................................. 20
Epidat 4.0.1 (Junio 2012) .................................................................................................................... 23
Grupo de trabajo v4.0.1 ................................................................................................................ 23
Caractersticas v4.0.1..................................................................................................................... 23
Contenido v4.0.1 ........................................................................................................................... 24
Novedades v4.0.1 .......................................................................................................................... 24
Epidat 4.1 (Octubre 2014) .................................................................................................................. 25
Grupo de trabajo v4.1 ................................................................................................................... 25
Caractersticas v4.1........................................................................................................................ 26
Contenido v4.1 .............................................................................................................................. 26
Novedades v4.1 ............................................................................................................................. 27
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Introduccin
Epidat es un programa de libre distribucin desarrollado por instituciones pblicas y
dirigido a epidemilogos y otros profesionales de la salud para el anlisis de datos.
A lo largo de sus cuatro versiones, desarrolladas durante veinte aos, Epidat ha ido
evolucionando en cuanto al lenguaje de programacin, sistema operativo, contenido,
prestaciones y enfoque de la ayuda. En la Tabla 1 se resumen las principales caractersticas
de las sucesivas versiones de Epidat.
Desde sus inicios, Epidat ha sido un programa orientado al anlisis de datos tabulados, y
esta filosofa se ha mantenido en el desarrollo de todas las versiones, aunque en la ltima se
incluyen algunos procedimientos que trabajan con datos no agregados. Para las dos primeras
versiones se confeccion e imprimi un manual pero, dada la extensin de la ayuda en las
versiones posteriores, para estas solo se dispone de acceso a archivos en formato pdf que
explican los procedimientos contenidos en el programa, adems de ofrecer la posibilidad de
acceder a las ayudas dentro del propio programa. Actualmente se distribuyen las versiones
3.1 y 4.1.
Tabla 1.- Caractersticas de las sucesivas versiones de Epidat.
Versin Lanzamiento
Rasgos fundamentales
1.0
Diciembre 1994
2.0
Junio 1997
2.1
Junio 1998
3.0
Marzo 2004
3.1
Enero 2006
4.0
Abril 2011
4.0.1
Junio 2012
4.1
Octubre 2014
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Caractersticas v1.0
- Lenguaje de programacin: FoxPro.
- Sistema operativo: MS-DOS.
- Contenido: 5 mdulos y una calculadora; 23 ventanas.
- Distribucin: disquetes con manual de ayuda.
Contenido v1.0
1. Ajustes.
-
Clculo de tasas.
Poblacin estndar.
2. Muestras.
- Situacin con una muestra. Proporcin.
-
Estudios casos-controles.
Estudios de cohortes.
Tabla 22.
Tablas NN.
Hiptesis de igualdad.
4. Tablas.
-
Tablas 22.
Tablas MN.
Prueba diagnstica.
5. Contrastes.
-
6. Calculadora.
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Caractersticas v2.0
- Lenguaje de programacin: FoxPro.
- Sistema operativo: Windows.
- Contenido: 7 mdulos; 37 ventanas.
- Distribucin: disquetes con manual de ayuda, y web.
Contenido v2.0
1. Ajustes.
-
Mtodo directo.
Mtodo indirecto.
2. Muestras.
-
Estudios casos-controles.
Estudios de cohortes.
3. Concordancia.
-
Dos observadores.
Mltiples observadores.
4. Tablas.
-
Anlisis de tablas.
Tablas 22.
Tablas MN.
Vigilancia epidemiolgica.
5. Pruebas diagnsticas.
-
Curvas ROC.
6. Inferencias.
-
7. Priorizacin.
-
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Novedades v2.0
Entorno general:
- Est desarrollado para Windows.
Contenido:
Ajuste de tasas:
- Se da la opcin de introducir los datos manualmente o importarlos en formato .dbf.
- Es posible ajustar simultneamente tantas tasas como desee el usuario.
Concordancia:
- Se incorpora el anlisis de concordancia entre mltiples observadores, tanto para dos
categoras como para mltiples categoras de clasificacin.
Tablas:
- Analiza tablas 22 que provengan de estudios transversales, caso-control o cohortes, en
tablas simples o estratificadas.
- En los estudios caso-control pareados se admiten hasta 4 controles por caso.
- Se incorpora el mtodo Bootstrap para el clculo de intervalos de confianza.
- En tablas MN se realizan clculos especficos si las categoras son ordenadas.
- Se incorpora un nuevo submdulo de vigilancia epidemiolgica con dos opciones: el
mtodo de captura-recaptura de Chandra-Demeny y el de deteccin de clusters de Knox.
Pruebas diagnsticas:
- Mdulo nuevo, que en la versin 1.0 era un submdulo de Tablas.
- Se calcula la sensibilidad, especificidad y valores predictivos de pruebas diagnsticas
simples, en serie y en paralelo.
- En las pruebas combinadas se realizan los clculos tanto a partir de los valores de las
celdas como de valores de sensibilidad y especificidad de cada prueba.
- Es posible dibujar curvas ROC calculando el rea bajo la curva y el punto ptimo de
corte si se dispone de la prevalencia y de la relacin de costes.
Priorizacin:
- Mdulo nuevo.
- Propone un mtodo sencillo (Paltex/OPS) de determinacin de prioridades en salud a
partir de indicadores y reas definidos por el usuario.
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Novedades v2.1
La versin 2.1 presenta las siguientes novedades con respecto a la versin anterior 2.0:
Entorno general:
- Esta versin se presenta en espaol, ingls, portugus, cataln y gallego. El idioma se
selecciona desde el men del sistema, quedando establecido por defecto.
Contenido:
Se corrigen los errores detectados en la versin 2.0 en los siguientes mtodos:
- Ajustes, mtodo directo: intervalo de confianza de las tasas ajustadas.
- Tablas, anlisis de tablas: intervalo de confianza de la OR en estudios caso-control
pareado con 2 controles por caso.
- Concordancia, dos observadores: clculo de kappa y p-valor en el caso de mltiples
categoras de clasificacin ponderadas con pesos discordantes. Adems, como novedad
de esta opcin, es posible introducir los datos manualmente o importarlos en formato
.dbf.
Caractersticas v3.0
- Lenguaje de programacin: Delphi.
- Sistema operativo: Windows.
- Contenido: 12 mdulos; 93 ventanas.
- Distribucin: CD y web.
Contenido v3.0
1. Ajuste de tasas.
-
Mtodo directo.
Mtodo indirecto.
2. Demografa.
-
APVP.
3. Muestreo.
-
Seleccin muestral.
Asignacin de sujetos a tratamientos.
4. Distribuciones de probabilidad.
-
Clculo de probabilidades.
Generacin de distribuciones.
5. Concordancia y consistencia.
Concordancia:
-
Dos observadores.
Tres o ms observadores.
Comparacin de kappas.
Consistencia:
-
Alfa de Cronbach.
6. Pruebas diagnsticas.
-
Pruebas simples.
Pruebas mltiples.
Curvas ROC.
Curva de Lorenz.
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Tablas 22.
Tablas 2N.
Tablas generales:
-
Tablas MN.
Regresin logstica.
Una poblacin.
Dos poblaciones.
9. Anlisis bayesiano.
-
Proporcin.
Media.
Tablas de contingencia.
Captura-Recaptura.
Deteccin de clusters.
Grficos.
Ondas epidmicas.
Efectividad vacunal.
11. Meta-anlisis.
-
Odds Ratios.
Riesgos relativos.
Diferencia de riesgos.
12. Jerarquizacin.
-
ndice de disimilitud.
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Novedades v3.0
Entorno general y ayuda:
- Se adopta el entorno habitual de Microsoft Office, incorporando al marco de trabajo las
barras de mens y herramientas.
- Se incorpora una ventana general de resultados, que se puede editar y guardar en
formato rtf.
- Se incorpora en casi todos los mdulos la posibilidad de importar los datos de forma
automtica a partir de archivos con tablas en formato Dbase, Access o Excel.
- El programa dispone de ayuda en hipertexto con un enfoque ms didctico y crtico,
incluyendo fundamentos estadsticos y epidemiolgicos.
Contenido:
- Se incrementa sustancialmente el contenido del programa con la incorporacin de cinco
nuevos mdulos y opciones adicionales dentro de aquellos mdulos que ya figuraban en
la versin previa.
- Los mdulos nuevos son:
-
Anlisis bayesiano: mdulo de gran inters por el creciente auge que tienen estas
tcnicas y la prctica inexistencia de software para aplicarlas a problemas bsicos,
como son la estimacin y comparacin de medias y proporciones.
Vigilancia en salud pblica: incluye dos opciones de la versin anterior, capturarecaptura y deteccin de clusters, anteriormente incluidas en el mdulo de Tablas.
Como novedades, contiene un submdulo de mtodos grficos que permite detectar
la aparicin de casos de una enfermedad por encima de los esperados, y una opcin
para estimar la efectividad vacunal.
Meta-anlisis: proporciona los mtodos estadsticos necesarios para hacer una sntesis
de un conjunto de estudios, con resultados en texto y grficos. Permite calcular una
medida de efecto para cada estudio (OR, riesgo relativo, diferencia de riesgos o
diferencia estandarizada de medias) y una medida global ponderada. Incluye
pruebas de hiptesis complementadas con grficos para contrastar la homogeneidad
de los estudios y el sesgo de publicacin.
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Novedades v3.1
La versin 3.1 tiene las siguientes novedades con respecto a la versin anterior 3.0:
Entorno general y ayuda:
- Se incorpora la opcin de elegir el idioma entre espaol, gallego, ingls y portugus. La
traduccin afecta a la aplicacin y a la ayuda general, pero no a las ayudas de los
mdulos.
- Se revisaron y mejoraron puntualmente todas las ayudas del programa. Adems, se
aade la ayuda correspondiente al submdulo de Deteccin de clusters dentro del
mdulo de Vigilancia en salud pblica.
Contenido:
- En el mdulo de Pruebas Diagnsticas, submdulo de Prueba de referencia imperfecta
con sensibilidad y especificidad conocidas, se implementa el clculo de los intervalos de
confianza, mediante el mtodo bootstrap, para los indicadores que evalan la prueba
diagnstica.
- Se corrigen los siguientes errores detectados en la versin 3.0:
Ajuste de tasas:
Mtodo directo: es incorrecto el clculo de la tasa bruta cuando se trabaja con tasas
especficas por intervalo, en lugar de casos.
Demografa:
Muestreo:
Distribuciones de probabilidad:
Clculo de probabilidades, distribuciones discretas: es incorrecto el clculo de la
varianza de una distribucin uniforme discreta.
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Tablas de contingencia:
Anlisis bayesiano:
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Todas las opciones: falla la entrada automtica de datos cuando no se conocen todos
los aos de publicacin de los estudios; si se dejan en blanco las celdas
correspondientes en el archivo, el programa carga mal el nmero de estudios.
Jerarquizacin:
ndice de inequidades en salud: en la entrada de datos manual no se permiten
decimales para el primer indicador.
Errores v3.1
La versin 3.1 que actualmente se distribuye en la web de la Direccin Xeral de Innovacin e
Xestin da Sade Pblica tiene los siguientes errores:
Distribuciones de probabilidad:
- Generacin de distribuciones: el programa no permite generar una muestra de tamao
n=1.
- Generacin de distribuciones: el programa no permite guardar los archivos con los
valores generados de las distribuciones, excepto para la distribucin multinomial y para
la distribucin normal bivariante. En los restantes casos, se muestra el mensaje de error:
Archivo no guardado, verifique que el disco no est protegido contra escritura o lleno.
Concordancia y consistencia:
- Concordancia, 3 o ms observadores, 2 categoras: el mtodo para el clculo del valor p
en la prueba de significacin no da el valor correcto, sino un valor aproximado a ste.
Pruebas diagnsticas:
- Prueba de referencia imperfecta: computa resultados errneos, que no coinciden con los
que salen en la ayuda. Los de la ayuda son los correctos.
Tablas de contingencia:
- Tablas 2x2 simples, todas las opciones: el programa no permite introducir valores nulos
en las celdas correspondientes a la diagonal secundaria de las tablas.
- Tablas 2x2 simples, estudios caso-control emparejados: es incorrecto el clculo del
intervalo de confianza aproximado para el OR en estudios caso-control emparejados,
opcin 1 control por caso.
Anlisis bayesiano:
- Dos poblaciones, estimacin de una diferencia de proporciones: si los datos muestrales
tienen valores elevados, el programa no realiza la simulacin.
- Dos poblaciones, estimacin de una diferencia de proporciones: en la opcin de calcular
los parmetros de las distribuciones beta a priori, sale mal el mensaje de la desviacin.
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Caractersticas v4.0
- Lenguaje de programacin: Java.
- Sistema operativo: flexible.
- Contenido: 8 mdulos, 78 ventanas.
- Distribucin: web.
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Contenido v4.0
1. Anlisis descriptivo.
-
Tablas de frecuencias.
Tablas de contingencia.
Estadsticos descriptivos.
Correlacin.
Grficos.
-
Barras.
Sectores.
Lneas.
Dispersin.
Histograma.
Diagrama de cajas.
Intervalos de confianza.
3. Muestreo.
-
Intervalos de confianza.
Contrastes de hiptesis.
Seleccin de muestras.
-
Muestreo sistemtico.
6. Concordancia y consistencia.
-
Concordancia:
-
Dos observadores.
Tres o ms observadores.
Comparacin de kappas.
Consistencia:
-
Alfa de Cronbach.
8. Ajuste de tasas.
-
Mtodo directo.
Mtodo indirecto.
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Pirmides e indicadores.
-
Pirmides de poblacin.
Indicadores de estructura.
Indicadores de fecundidad.
Tablas de mortalidad.
Expectativas de salud.
Un perodo.
Al consumo de tabaco.
Mtodo dependiente de prevalencia.
-
Clculo de probabilidades.
-
Distribuciones discretas.
Distribuciones continuas.
Generacin de distribuciones.
-
Distribuciones discretas.
Distribuciones continuas.
ndice de efecto.
ndices de desigualdad.
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Novedades v4.0
Entre las novedades de Epidat 4.0 con respecto a la versin 3 destacan dos de especial
relevancia:
- Se utiliza Java como lenguaje de programacin, lo que permite el funcionamiento de la
aplicacin en distintos sistemas operativos, tales como Windows, Linux y Macintosh.
- El programa presenta una estructura modular, de forma que a partir de un entorno
general se pueden aadir o modificar, de forma independiente, los distintos mdulos de
la aplicacin.
Las restantes novedades de Epidat 4.0 se concentran en los tres elementos distintivos del
programa, que son el entorno, el contenido y la ayuda.
Entorno general y ayuda:
- La pantalla principal y la de resultados se unifican en una sola.
- Se elimina el icono de la calculadora de la barra de herramientas y se incluye un botn
de calcular en cada ventana.
- En casi todos los mdulos se incorpora la posibilidad de importar los datos de forma
automtica a partir de archivos en formato de Excel (xls, xlsx) o de OpenOffice (ods)
mediante un asistente para la obtencin de datos.
- Aunque se mantiene la filosofa de estar orientado preferentemente al manejo de datos
tabulados, en algunos procedimientos es posible operar con bases de datos individuales.
- Los resultados que genera el programa se pueden guardar en formato rtf, odf (extensin
de OpenOffice), pdf o con extensin propia de Epidat, epi.
- Es posible editar todos los grficos que genera el programa en los distintos mdulos.
Adems, el editor de grficos permite guardarlos en formato imagen.
- Es posible tener varios mdulos abiertos simultneamente.
- El cambio de lenguaje de programacin supuso que los algoritmos de la versin anterior
fueran reprogramados. Esto permiti realizar una meticulosa revisin de los mtodos
existentes en la literatura para seleccionar el ms adecuado en cada caso.
- La ayuda incluye un anexo con los algoritmos implementados en cada mdulo y la
bibliografa utilizada.
Contenido:
Epidat 4.0 incluye 5 mdulos de la versin 3 y agrega 3 mdulos nuevos; estos ltimos son:
- Anlisis descriptivo: permite ordenar, resumir y analizar un conjunto de datos por medio
de tablas, clculo de medidas caractersticas y representaciones grficas.
- Estimacin de la mortalidad atribuida: incluye mtodos para estimar el nmero de
defunciones atribuidas a un factor de riesgo.
- Medicin de desigualdades en salud: ofrece un men de opciones para cuantificar la
magnitud, el efecto y el impacto de las desigualdades socioeconmicas en salud, a partir
de medidas basadas en rangos, en el concepto de disparidad, en el de
desproporcionalidad, en el modelo de regresin y en la nocin de entropa. Este mdulo
incluye algunas opciones del mdulo de Jerarquizacin de Epidat 3.
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22
Caractersticas v4.0.1
- Lenguaje de programacin: Java.
- Sistema operativo: flexible.
- Contenido: 9 mdulos, 89 ventanas.
- Distribucin: web.
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Contenido v4.0.1
Epidat 4.0.1 mantiene los 8 mdulos de Epidat 4.0 y agrega un mdulo nuevo (Anlisis
bayesiano). Se detalla solo el contenido del mdulo nuevo:
1. Anlisis descriptivo.
4. Muestreo.
6. Concordancia y consistencia.
8. Ajuste de tasas.
9. Demografa.
10. Estimacin de la mortalidad atribuida.
13. Distribuciones de probabilidad.
14. Anlisis bayesiano.
-
Teorema de Bayes.
Odds ratio.
Proporcin.
Una poblacin.
Dos poblaciones.
Media.
-
Una poblacin.
Dos poblaciones.
Novedades v4.0.1
La versin 4.0.1 tiene las siguientes novedades con respecto a la versin anterior 4.0:
Contenido:
- Se incorpora el mdulo de Anlisis bayesiano, con las siguientes novedades respecto a la
versin 3:
Teorema de Bayes: submdulo nuevo que permite aplicar la frmula clsica del
teorema para el caso discreto (k clases).
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Concordancia y consistencia:
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Caractersticas v4.1
- Lenguaje de programacin: Java.
- Sistema operativo: Flexible.
- Contenido: 11 mdulos, 105 ventanas.
- Distribucin: web.
Contenido v4.1
Epidat 4.1 mantiene los 9 mdulos de Epidat 4.0.1 y agrega 2 mdulos nuevos (Inferencia
sobre parmetros y Regresin logstica); adems, se modifica la estructura del mdulo de
Medicin de desigualdades en salud. Se detalla solo el contenido de los mdulos nuevos o
modificados, cuyos ttulos figuran subrayados en la lista siguiente:
1. Anlisis descriptivo.
3. Muestreo.
4. Inferencia sobre parmetros.
-
Una poblacin.
-
Media.
Proporcin.
Percentiles.
Correlacin.
Tasa de incidencia.
ndice de posicin.
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Dos poblaciones.
-
Medias independientes.
Medias emparejadas.
Proporciones independientes.
Proporciones emparejadas.
Tasas de incidencia.
Comparacin no paramtrica.
-
Medias independientes.
Medias emparejadas.
Contraste de normalidad.
6. Concordancia y consistencia.
8. Ajuste de tasas.
9. Demografa.
10. Estimacin de la mortalidad atribuida.
11. Regresin logstica.
13. Distribuciones de probabilidad.
14. Anlisis bayesiano.
18. Medicin de desigualdades en salud.
-
ndices de dispersin.
ndice de efecto.
Novedades v4.1
La versin 4.1 tiene las siguientes novedades con respecto a la versin anterior 4.0.1:
Entorno general:
- Es una versin multilinge. En el men de herramientas se incorpora una opcin de
idioma que permite seleccionar entre gallego y portugus, adems del espaol.
- En el men de herramientas se incorpora una opcin para personalizar el
funcionamiento del editor de grficos; esta opcin permite seleccionar entre dos
alternativas excluyentes: Pasar por el editor antes de mostrar los resultados (por defecto) o
Mostrar directamente los resultados sin pasar por el editor.
- Se modifica la ventana Acerca de del men Ayuda para que tenga un formato ms
estndar. Ahora incluye la versin del programa, los crditos, el historial de Epidat, una
sugerencia de cita y una licencia Creative Commons.
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Una poblacin y dos poblaciones: en todas las opciones, salvo en percentiles e ndice
de posicin, el clculo del intervalo de confianza es opcional, ya no se presenta por
defecto en los resultados; en esas dos opciones no es posible realizar contraste de
hiptesis y solo se estiman intervalos de confianza.
Una poblacin y dos poblaciones: en las frmulas que incorporaban correccin por
continuidad deja de aplicarse dicha correccin.
Una poblacin y dos poblaciones: cuando sea posible realizar los clculos por el
mtodo exacto o por el mtodo aproximado, el programa permite seleccionar uno de
ellos o mostrar simultneamente los resultados para ambos mtodos.
Una poblacin y dos poblaciones: en todas las opciones es posible introducir los datos
ya resumidos de forma manual, como en la versin 3, y tambin cargar los datos
individuales de forma automtica a partir de un archivo. Cuando la entrada de datos
es automtica, es posible establecer filtros por medio de condiciones lgicas, definidas
a partir de las variables del archivo.
Una poblacin, proporcin: la eleccin del mtodo para realizar los clculos, entre
exacto o aproximado, la hace el usuario; en la versin 3 se aplicaba solo uno de los
mtodos en funcin de un criterio establecido.
Una poblacin, coeficiente de correlacin: se aade el mtodo exacto para realizar los
clculos; la versin 3 solo inclua el mtodo basado en la aproximacin normal.
Una poblacin, tasas de incidencia: en la entrada manual se permiten datos con
decimales en el campo de Personas-tiempo; antes solo se podan introducir
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Una poblacin, tasas de incidencia: se aade el mtodo exacto para realizar los
clculos; la versin 3 solo inclua el mtodo basado en la aproximacin normal.
Dos poblaciones, proporciones emparejadas: la eleccin del mtodo para realizar los
clculos, entre exacto o aproximado, la hace el usuario; en la versin 3 se aplicaba solo
uno de los mtodos en funcin de un criterio establecido.
Dos poblaciones, tasas de incidencia: se aade el mtodo exacto para realizar los
clculos; la versin 3 solo inclua el mtodo basado en la aproximacin normal.
Contraste de normalidad.
Regresin logstica:
La entrada de datos solo se puede realizar de forma automtica, y pueden cargarse
datos resumidos, como en la versin previa, y tambin datos individuales.
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Se incluye una opcin para estimar las probabilidades predichas por el modelo para
un conjunto de perfiles que se leen de un archivo diferente al utilizado para la
estimacin. Los resultados de la prediccin se guardan en un archivo con intervalos
de confianza obtenidos por el mtodo bootstrap.
Versin 4.1
ndices para categoras ordenadas (excepto para el ndice de Gini y curva de Lorenz):
se da la posibilidad de asumir que los datos ya se proporcionan al programa
ordenados. Por este motivo, las unidades geodemogrficas pasan a denominarse
clases (de forma general en todo el mdulo), ya que, cuando se habla de unidades
geodemogrficas estas no suelen estar ordenadas y, por tanto, es necesario disponer
de una variable que permita su ordenacin.
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30
ndices basados en comparaciones dos a dos (tanto para categoras ordenadas como
no ordenadas): se aaden los ndices Coeficiente ponderado de tasas extremas y
Diferencia ponderada de tasas extremas.
31
Concordancia y consistencia:
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