Metagenmica

Revelacin de comunidades
microbianas
Adriana Gonzlez, Martha Crdenas y Silvia Restrepo

Los microorganismos juegan un papel esencial en

la vida sobre la Tierra. Ellos facilitan de formas muy
variadas nuestra vida. Gracias a ellos se pueden
llevar a cabo los ciclos del carbono, del nitrgeno
y del azufre, entre otros. Durante aos, los seres
humanos nos hemos aprovechado de sus capacidades metablicas para producir alimentos, antibiticos y recuperar ambientes contaminados.
Las interacciones de los microorganismos con su
entorno y con otros seres vivos han sido el objeto
de innumerables investigaciones, no solamente
con el fin de entenderlas sino tambin de revelar
el potencial biotecnolgico que se esconde tras
ellas. La metagenmica es una estrategia entre
muchas para estudiar los microorganismos. El
trmino metagenmica hace referencia al estudio
de genomas de una comunidad microbiana. Meta
viene del griego ms all de entendindolo como
ir ms all del genoma [1], y as es, ya que permite
analizar la estructura y funcin en conjunto de un
gran nmero de genes presentes en un ambiente
determinado.
Tradicionalmente el estudio de los microorganismos presentes en un nicho se ha realizado haciendo uso de las tcnicas tradicionales de microbiologa y su caracterizacin en el mbito gentico
se ha efectuado mediante tcnicas de clonacin
y secuenciacin. De esta forma, el estudio de la
diversidad microbiana se haba restringido a aquellos microorganismos cultivables y se haban excluido aquellos que no eran fcilmente cultivables
en laboratorio, y por lo tanto el estudio de las co-

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munidades microbianas en su ambiente natural no

haba sido posible [2]. Sin embargo, en los ltimos
aos se tom conciencia de esta enorme falla y se
comenzaron a adoptar estrategias que permitieran
abordar las comunidades microbianas como un
todo y no de forma individualizada como se estaba
llevando a cabo. Los primeros estudios realizados
en comunidades microbianas se concentraron en
el empleo de la secuencia ribosomal 16S del ARN
ribosomal de bacterias para distinguir una especie
de otra [3]. Aunque fue muy til para identificar
grandes comunidades bacterianas, se tena el inconveniente de obtener secuencias que no correspondan con ninguna especie cultivada reportada,
lo que indic que mediante esta tcnica no se lograba identificar todos los organismos presentes
en determinado nicho. Posteriormente, se utiliz
la extraccin de ADN directamente de la muestra
ambiental y la subsiguiente amplificacin de la regin de 16S. En el caso de los hongos tambin se
emplearon los genes ribosomales y en especial las
regiones espaciadoras internas transcritas (ITS),
para caracterizar las comunidades asociadas a diferentes ambientes y en particular al suelo [4]. Sin
embargo estas primeras aproximaciones tenan la
desventaja de que tambin se requera de un paso
de clonacin para poder llevar a cabo la secuenciacin de las regiones nucleares amplificadas.
El objetivo de la metagenmica es hacer uso de las
tcnicas modernas de secuenciacin para el estudio de microorganismos directamente en su ambiente natural sin la necesidad de pasar por tcnicas

de aislamiento y cultivo en laboratorio [5]. La aproximacin consiste en emplear marcadores que permitan determinar la diversidad de microorganismos y genes presentes en una muestra
ambiental. Hoy en da con la combinacin de dos tecnologas de
secuenciacin de segunda generacin como son 454-pirosecuenciacin e Illumina-Solexa, ha sido posible secuenciar todo
un metagenoma ambiental, as como tambin reorganizar genomas completos a partir de pequeos fragmentos de secuencia
[1]. No obstante, con estas aproximaciones se genera un volumen enorme de datos para ser analizados y as poder responder
a preguntas como: a quin pertenece esta secuencia? o cal
es la funcin de esta secuencia? Con las tcnicas convencionales de secuenciacin, en las que se hacan los anlisis de un
nmero no tan grande de pares de bases (entre 10 mil millones
a 20 mil millones) exista la tendencia a promediar las pequeas
variaciones encontradas, las cuales eran atribuidas a un mismo
genoma o pan-genoma, el cual hace referencia al contenido gentico compartido entre los aislamientos de una misma especie.
Con las nuevas tcnicas de secuenciacin utilizadas en metagenmica, el nmero de pares de bases es mucho mayor (>100
mil millones), lo que permite resolver un nmero diferente de
genomas y potencialmente relacionar diferentes cepas con diferentes genomas, permitiendo un mejor entendimiento del papel
de la variacin gentica en una poblacin [1].

ganismos y sus ambientes. Es un trabajo de investigacin que

se est desarrollando en conjunto con diversos centros y universidades del mundo, los que estn desarrollando una base
de datos global con el fin de catalogar todas las muestras y los
datos asociados encontrados en cada estudio, para que de esta
forma, una vez la informacin se encuentre organizada y disponible, se pueda proceder a la secuenciacin y al consolidado de
la diversidad microbiana y por ende a la diversidad a nivel de
genes y de protenas en el planeta [1]. Los microorganismos y
las comunidades microbianas encontradas durante este trabajo
sern organizados de acuerdo con una amplia gama de ambientes o biomas, definidos con un nico parmetro ambiental que
permita establecer la estructura microbiana de la comunidad
presente bajo esas determinadas condiciones.
En cuanto a lo ambiental, el uso de metagenmica ha permitido
monitorear el efecto de contaminantes en ecosistemas, as como
tambin estudiar las comunidades microbianas que le hacen frente a esos compuestos [7]. De igual forma, la metagenmica ha
permitido el descubrimiento de nuevos genes que codifican para
enzimas, metabolitos y productos naturales antes no descritos y
que son producidos por microorganismos no cultivables [8]. Tambin ha permitido caracterizar las comunidades microbianas en
las interacciones hospedero patgeno tanto en el mbito humano
como en plantas, estudiando en conjunto todos los microorganismos presentes en el hospedero y no uno a uno [9, 10].

Qu se ha hecho?
El primer gran proyecto de metagenmica fue denominado
GOS (Global Ocean Sampling Expedition), este consisti en la
exploracin del genoma del ocano con el objetivo de evaluar la
diversidad gentica en comunidades microbianas marinas para
entender su papel en los procesos fundamentales de la naturaleza [6]. Este proyecto comenz en el 2003 en el mar de los
Sargazos, en el cual se encontr ADN de alrededor de 2000 diferentes especies, comprendiendo 148 tipos de bacterias nunca
antes identificadas. El lder del proyecto, Craig Venter, continu
su periplo por el globo y en el ao 2009 explor la costa oeste
de los Estados Unidos, y actualmente se encuentra en medio de
una expedicin de dos aos para explorar el mar Bltico, el mar
Mediterrneo y el mar Negro.
En la actualidad, se est desarrollando el Proyecto del Metagenoma de la Tierra (Earth Microbiome Project) cuyo principal
objetivo es el de entender las interacciones entre los microor-

Para los ecosistemas tropicales, los estudios de diversidad se han

concentrado desde el punto de vista ecolgico en la parte macrobiolgica en las regiones del Amazonas y de los Andes suramericanos. Hasta el momento no se conocen estudios enfocados
en diversidad microbiolgica que comprendan caracterizacin a
gran escala de las comunidades presentes en estos ecosistemas
utilizando tcnicas de metagenmica. Estas comunidades han
sido estudiadas solamente utilizando mtodos convencionales
basados en cultivos o mediante el uso de tcnicas de biologa
molecular como clonacin, PCR, DGGE o PLFA [11, 12, 13].
Y en Colombia?
Colombia es uno de los pases con mayores recursos hdricos
del planeta, cuenta con una gran cantidad de grupos taxonmicos en fauna y flora tpica de la zona ecuatorial, lo que indica
que posee una gran variedad de ambientes en los que habita una comunidad diversa de microorganismos. Sin embargo,

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Figura 1. Cultivo de papa

muchos de estos ecosistemas tan diversos y variados, han sido

intervenidos por el hombre. Por ejemplo, la gran mayora de sus
tierras ha sido utilizada para la agricultura por muchos aos y el
uso indiscriminado de agroqumicos para el control de plagas y
enfermedades ha ocasionado cambios en las propiedades fisicoqumicas de estos [14, 15], afectando a su vez la dinmica de
las comunidades microbianas presentes [16, 17, 18]. Una comparacin entre suelos agrcolas intervenidos y no intervenidos
por la actividad humana mostr que los cambios ocasionados
por los tratamientos tradicionalmente utilizados en estos suelos
han favorecido la dominancia de ciertas especies, originando
comunidades microbianas menos complejas [19]. Sin embargo
la metagenmica no ha sido utilizada para confirmar estos cambios en nuestra microbiodiversidad.
Entre los cultivos sembrados en una gran parte de los suelos colombianos se encuentra la papa amarilla, Solanum phureja, conocida tambin como papa criolla, que representa uno de los

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alimentos de importancia social y econmica en Amrica Latina.

Este cultivo se encuentra en terrenos a una altura entre 1800 y
3200 metros sobre el nivel del mar a una temperatura que puede oscilar entre los 0 C y 20 C en suelos expuestos a niveles
intensos de radiacin solar. Por su amplia adaptacin a las condiciones mencionadas anteriormente, hay regiones en las cuales
este cultivo es tratado con compuestos biolgicos mientras que
en otras mediante compuestos qumicos. Estas caractersticas
del cultivo de papa criolla, adems de la importancia de que
sean cultivados en suelos de gran biodiversidad, hacen que este
cultivo sea un ecosistema interesante para el estudio de su diversidad microbiana.
Con el apoyo del Ministerio de Agricultura y Desarrollo Rural y
la Federacin de Cafeteros de Colombia, varias universidades e
institutos se unieron para el estudio de la diversidad microbiana
y la metagenmica en suelos de cultivos orgnicos y tradicionales de papa criolla. Hacen parte de este consorcio, la Universidad

Nacional de Colombia con los profesores Daniel Uribe, Emiliano

Barreto y Fabio Aristizbal; Corpogen con su directora Patricia
Del Portillo; la Corporacin para Investigaciones Biolgicas (CIB)
con el investigador Antoni Rueda y la Universidad de los Andes
con la profesora Silvia Restrepo. El objetivo principal del proyecto es la construccin de un microarreglo para la evaluacin
de la calidad de suelos. Sin embargo, para la fabricacin del
microarreglo, se realiz un estudio metagenmico completo de
los diferentes tipos de suelo, estudio de diversidad de bacterias,
arqueas y hongos y secuenciacin del ADN total. Los resultados preliminares muestran que, a) para un promedio de 10.000
lecturas (de pirosecuenciacin) por finca, no se ha llegado a
la saturacin de la diversidad de bacterias pero s de hongos;
b) el 40 % de las secuencias 16S y el 70 % de las secuencias ITS
no se pudieron identificar, mostrando que an desconocemos la
microbiota de nuestros suelos; c) el tipo de prctica agrcola no
afecta la diversidad bacteriana pero s influye en la diversidad de
hongos, cambiando la composicin de los principales rdenes
de hongos en los dos tipos de suelos. Por su lado, el anlisis de
ADN total ha permitido identificar las principales enzimas de varios ciclos biogeoqumicos y as guiar el diseo del microarreglo.
Perspectivas
En el futuro las mayores aplicaciones de la metagenmica sern el
descubrimiento de nuevas enzimas, el descubrimiento de metabolitos tiles para el control de patgenos y la caracterizacin de las
reacciones patognicas entre microorganismos y plantas o animales. El anlisis de estas interacciones permitir el descubrimiento de
factores de patogenicidad que podrn ser empleados posteriormente como blanco en el diseo de estrategias eficientes de control.

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Juan Sebastin Ramrez Leal

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REsea de las autoras

Silvia Restrepo Restrepo
Biloga, M.Sc., PhD.
Profesora asociada
Directora del Departamento de Ciencias Biolgicas
Directora del Laboratorio de Micologa y Fitopatologa,
LAMFU
Universidad de los Andes
Adriana Gonzlez
Microbiloga, M.Sc., PhD.
Investigadora - rea de Biologa Molecular
Laboratorio Nacional de Diagnstico Fitosanitario
Instituto Colombiano Agropecuario, ICA
Martha Crdenas
Microbiloga, M.Sc., PhD.
Profesora de ctedra
Departamento de Ciencias Biolgicas
Universidad de los Andes