BIOINFORMTICA EN COSTA RICA

Allan Orozco Solano

CAPTULO

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

n el siglo XXI, las ciencias de la vida sern

las disciplinas cientficas de mayor generacin
de datos y entre sus mayores retos est la
convergencia e integracin de los datos e informacin
biolgica transformados en complejas relaciones
funcionales. Definitivamente, el salto cientfico desde
la sociedad de los datos e informacin hacia la sociedad
avanzada del conocimiento biolgico integral ser posible
exclusivamente a travs de los desarrollos de mtodos,
algoritmos, tcnicas y sistemas sofisticados provenientes
de la Bioinformtica, Biologa Computacional y
Biocomputacin Molecular. Actualmente, una de las
principales tecnologas que estn impulsando esta
gran transformacin, lo constituyen lo equipos de
secuenciacin masiva. Estos procesos de secuenciacin
genmica masiva de distintos organismos estn abriendo
una gran puerta dirigida hacia un universo completamente
desconocido en complejidad de datos estructurados y
conjugados en distintas escalas moleculares.

valioso recurso humano muy creativo, innovador y de alta

calidad profesional en informtica, medicina y biologa.
As mismo, disponer a nivel nacional de una extraordinaria
biodiversidad que puede actuar como un excepcional
laboratorio natural de soporte experimental. Adems,
sumado al hecho de su prestigio y efectividad de sus
desarrollos informticos, le han permitido ganar al pas,
importantes indicadores tecnolgicos en produccin
de software e investigacin cientfica en toda la Regin
Centroamericana y Caribe. Actualmente, el grado
de avance y desarrollo de la bioinformtica nacional
se encuentra en un estado emergente, evolutivo y en
proceso de maduracin, que pronto estar en disposicin
ptima para atencin de los sectores biomdicos,
agroindustriales, farmacuticos y biotecnolgicos del
medio. Definitivamente, estas vertientes y su relacin
dinmica, desarrollarn condiciones apropiadas para
el surgimiento y emprendimiento de empresas de corte
bioinformtico. Por tanto, se debe esperar el proceso de
incubacin interpuesto por distintos actores e instituciones
El siguiente captulo muestra como actualmente, la con el fin de alcanzar resultados de mayor impacto, y as
Bioinformtica es considerada una ciencia, con carreras considerar una nueva opcin cientfica y empresarial en
universitarias a nivel de pre-grado y post-grado que beneficio de las prximas generaciones del pas.
buscan la formacin de un profesional con un perfil
multidisciplinario que gestione y solucione las nuevas
necesidades tecnolgicas emergentes de la informacin 7.1 DEFINICIN
y comunicacin procedentes de las ciencias micas
modernas. Adems, realiza una revisin general de La Bioinformtica es una ciencia que adquiere,
conceptos desde la Bioinformtica tradicional hasta la almacena, organiza, procesa, gestiona y distribuye
Bioinformtica traslacional con aplicaciones y recursos ingentes cantidades de datos e informacin de carcter
dirigidos hacia la investigacin cientfica y empresarial biolgico. Esto se logra mediante el empleo de equipos
y programas muy sofisticados de computacin e
del pas.
informtica. La bioinformtica como disciplina cientfica
Una de las justificaciones encontradas para aportar gestiona ms datos e informacin que cualquier otra
elementos importantes para el desarrollo de la disciplina conocida hasta el momento. Como parte de su
Bioinformtica en Costa Rica ha sido disponer de un composicin integral est constituida por una dinmica
229

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

muy compleja de conocimientos provenientes de reas

y sub-reas cientficas como la Biologa, Informtica,
Fsica, Qumica, Farmacia, Electrnica, Bioestadstica,
Matemtica, Agronoma y Medicina. De acuerdo al
NCBI (National Center for Biotechnology Information,
EEUU) el concepto de bioinformtica tiene la siguiente
definicin:
La bioinformtica es el campo de la ciencia en donde la
biologa, la ciencia de la computacin, y la tecnologa
de informacin se funden en una disciplina. El objetivo
principal es el descubrimiento de nuevos indicios
biolgicos, como tambin crear una perspectiva global
de la cual poder unificar principios de la biologa.
Dentro de las reas de atencin de la Bioinformtica
estn las biociencias moleculares (Biotecnologa,
Biomedicina, Bioqumica, Biologa molecular) y
sus derivadas denominadas Omics (derivado del
latn oma- que significa conjunto o masa) y en
donde como ejemplo podemos citar: Genmica,
Protemica, Metabolmica, Transcriptmica, Epigenmica,
Metagenmica, Nutrigenmica. Estas ciencias micas
fundamentalmente se encargan del estudio, relacin
y generacin de datos y anotaciones relacionadas con
genes, protenas, biomolculas y redes metablicas
con el fin de comprender mejor el funcionamiento y
estabilidad de los distintos organismos vivientes. Por
tanto, la Bioinformtica como disciplina cientfica, y con
el fin de comprender y estudiar de una mejor forma sus
procesos y actividades inherentes, hace uso de distintas
herramientas informticas, algoritmos, mtodos,
procedimientos y bases de datos especializadas que
faciliten el procesamiento de datos provenientes de los
resultados obtenidos va experimental.
Por ejemplo, el estudio de la expresin del cncer en
trminos clnicos es posible a travs del empleo de
tecnologas de microarrays (placas donde en su superficie
tienen una coleccin de microagujeros dispuestos en
forma de matriz para estudiar la expresin de los genes
en forma individual) donde los datos entregados por
los equipos son analizados con sistemas automatizados
de orden bioinformtico. Por consiguiente, un
bioinformtico en trminos globales es un tipo de
profesional que combina conocimientos hbridos
(biolgicos e informticos) y con amplia capacidad para
230

proporcionar solucin mediante tecnologas integrales

bio-informticas de alto rendimiento a los problemas
que provengan del campo de las ciencias moleculares.
Potencialmente, la cantidad de posibles aplicaciones
de la Bioinformtica se podran contar como granos
de arena debido fundamentalmente a la complejidad
biolgica, estabilidad y ambiente de los seres vivos que
albergan la naturaleza del planeta.

7.1.1 Bioinformtica e investigacin

La Bioinformtica fundamentalmente procesa informacin
hereditaria que est codificada en la molcula del ADN
(en su mayora localizada (caso eucariota) dentro de unas
estructuras llamadas cromosomas, localizadas en el mismo
ncleo celular). La molcula del ADN est constituida por
diferentes tipos de subunidades, denominados nucletidos,
fundamentalmente compuestos a su vez por cuatro tipos de
bases nitrogenadas, cuyos nombres, son representados y
abreviados mediante los siguientes caracteres: A (Adenina),
G (Guanina), C (Citosina), T (Timina). La Bioinformtica
como disciplina cientfica, se puede dividir en cuatro grandes
grupos de investigacin.
Bioinformtica: Es la categora de Bioinformtica
pura que se encarga de la investigacin y desarrollo de
herramientas, software, sistemas, web services, redes,
apps para el procesamiento, anlisis y representacin de
datos biolgicos provenientes de las Ciencias micas
(Genmica, Protemica, Transcriptmica, etc).
Bioinformtica traslacional: Procede con el ensamblaje,
procesamiento, anotaciones y anlisis de secuencias
biolgicas (nucletidos y aminocidos), anlisis de
protenas, expresin gnica etc., aplicados al sector clnico.
Bioinformtica estructural: Atiende principalmente
anlisis de estructuras y plegamientos de protenas mediante
sistemas bioinformticos en complemento con tcnicas
biofsicas experimentales (Cromatografas de rayos X ,
RMN, etc).
*Biologa Computacional: Centraliza esfuerzos en
modelacin,algoritmos,procesamientoysimulacindedatos
biolgicos complejos por herramientas computacionales
de alto nivel (HPC, clster, supercomputadoras, etc). Por
ejemplo, modelacin tridimensional de estructuras de

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

protenas y prediccin de funcin, datos de expresin de

Microarrays, desarrollo de algoritmos y mtodos para
proyectos poblacionales de GWAS (anlisis de asociacin
en SNPs y CNVs a nivel poblacional), Control de calidad
de datos de secuencias, empalmes RNA-seq, etc.
*Biologa Gentica Computacional: Se encarga de la
investigacin y desarrollo de secuencias biolgicas a partir
de fundamentos de la biologa, bioqumica, estadstica y
gentica mediante el uso de tcnicas de las ciencias de la
computacin e informtica. Por ejemplo, minera de datos
en secuencias genticas y computacin paralela.
*Biologa Molecular Computacional: Realiza
investigacin y desarrollo en la biologa y bioqumica
molecular, dinmica molecular, interaccin de
estructuras y ligandos, anlisis de funciones metablicas
y regulacin en general, mediante el empleo de
tcnicas computacionales. Por ejemplo, representacin,
virtualizacin y dinmica artificial de molculas 3D, para
diseo de nuevos frmacos.
*Biocomputacin: Concentra sus esfuerzos en el
diseo y desarrollo de dispositivos electrnicos y
sistemas bioinformticos a partir de modelos biolgicos
& biomdicos (Ciencias biomdicas aplicadas a la
informtica). Por ejemplo, biosensores integrales e
indicadores de parmetros mediante marcadores, biochips,
computadoras con componentes biolgicos, etc.
*Biologa de Sistemas: Es una sub-rea encargada de
estudiar los procesos e interacciones de redes biolgicas
y bioqumicas mediante modelaciones y simulaciones
matemticas computacionales.
*Biologa Sinttica: Deriva de la Biologa de Sistemas
aplicando principios de la ingeniera para el desarrollo
de nuevos organismos sintticos no existentes en la
naturaleza con propiedades dirigidas hacia la aplicacin
industrial y salud.
Es conocido que la gran librera del ADN nos ha ordenado
la informacin en libros y captulos estratgicos, donde
su contenido nos muestra el funcionamiento del lenguaje de
la vida. Por otra parte, es primordial entender los diferentes
tipos de datos y tecnologas bioinformticas asociadas
para su integracin. Por ejemplo, las principales fuentes
de datos bioinformticas, provienen de procesamientos en:

secuencias biolgicas (nucletidos ADN y aminocidos) y

variaciones genmicas, estructuras y seales codificantes
y no codificantes del ADN, traduccin y transcripcin
gnica, huellas en motivos y dominios (provenientes de
alineamientos mltiples), datos de modelos atmicos
y moleculares de estructuras de protenas, datos e
informacin clnica, acciones y eventos celulares en redes
bioqumicas y metablicas, datos de expresin gnica
(cDNA, mRNA, etc), datos de expresin de protenas,
datos provenientes de microscopa y espectrometra
de masas, minera de textos biomdicos, equipos de
nanotecnologa como AFM, STM y SEM (todos equipos
especiales para estudios a nivel atmico y molecular de
la materia) y bio-sensores. As mismo, en el campo de las
tecnologas y mtodos empleados, se pueden citar entre
otros: empleo de redes neuronales, biochips y microarrays
de expresin, metilacin y de SNPs-CGH para estudios
poblaciones en asociacin fenotpica, secuenciadores de
nueva generacin (NGS), tcnicas de machine learning
(aprendizaje automtico), procesamiento digital de
imgenes, sistemas expertos, supercomputacin de alto
rendimiento (redes y clusters), desarrollo de web services
y workflows (pipelines de flujo crtico), ontologas y
web semntica (vocabularios controlados para relacionar
objetos y eventos biolgicos), bases de datos y gestores
relacionados e ingeniera de sistemas bioinformticos.
El objetivo de la bioinformtica y sus distintas lneas de
investigacin es comprender completamente el cdigo de la
vida (ADN), su semntica y las reglas sintcticas asociadas
con el propsito de complementar el entendimiento del
funcionamiento biolgico de los seres vivos desde una
perspectiva celular, molecular y sistemtica.

7.2 LAS TIC Y LAS CIENCIAS MICAS

Hoy en da, la Biologa ha evolucionado hacia una ciencia
de informacin y comunicacin, donde su principal objeto
de estudio es la molcula del ADN (molcula del cido
desoxirribonucleico). Un ejemplo asociado, ha sido el
inters masivo de obtener la informacin de los genomas
(totalidad de la informacin gentica de los organismos)
de las especies mediante secuenciadores automticos
NGS (mquinas de lectura ultrarrpidas de nucletidos
del ADN) de nueva generacin (Next Generation
Sequencing) con el fin de conocer el orden, organizacin
y estructura del cdigo de vida de las especies.
231

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

7.2.1 Genmica, secuenciacin masiva y

biologa computacional
La genmica es una ciencia que fundamentalmente
estudia la informacin gentica total de los organismos
y constituye una de las divisiones de mayor atencin
e inversin en el mundo cientfico actual. La razn
principal es porque existe un difundido inters de
conocer los distintos mapas genticos globales de los
organismos a travs del conocimiento de sus genomas y
su funcionamiento integral. Es decir, fundamentalmente
buscar los genes en los genomas y predecir su funcin a
partir del anlisis comparativo proporcionado por medio
de sistemas bioinformticos (La gentica clsica
realiza un proceso ms reduccionista). Por esa situacin,
es muy comn escuchar proyectos consorciados de
secuenciacin masiva del genoma humano, arroz, banano,
caf, pia, palma, tomate, olivo etc., con el inters de
mejorar o variar alguna caracterstica fsica de propsito
industrial. Por ejemplo, los genomas agrcolas son
investigados principalmente con el fin de asociar calidad,
produccin, caracterizacin y mejoramiento gentico
en las plantas de consumo o uso comercial. Para lograr
este fin, los cientficos utilizan principalmente equipos
especiales de secuenciacin masiva (denominados ultrasecuenciadores o secuenciadores de nueva generacin,
en ingls NGS) capaces de secuenciar por ejemplo un
genoma completo de un ser humano en menos de 24
horas y a un costo aproximado actual de 1000 dlares
(sumando el costo de los reactivos qumicos que
requiere cada corrida de secuenciacin). Estos procesos
lgicamente requieren extraccin directa del ADN del
organismo en estudio (mediante el cumplimiento previo
de un protocolo experimental), procesar el material
base y luego realizar una colocacin cuidadosa de las
muestras para establecer la primera etapa del proceso
y lectura a partir de los dispositivos de entrada de los
ultrasecuenciadores (placas denominadas flow cells).
Los equipos bsicamente leen el orden e informacin de
las bases extradas (lectura ultrarrpidas de nucletidos
que componen el ADN: Adenina, Timina, Citosina
y Guanina) a una velocidad vertiginosa nunca vista
antes de acuerdo al fabricante. Su producto final es una
coleccin de archivos digitales en formatos Fasta, Fastaq,
BAM o SAM. Una vez secuenciado masivamente un
organismo (incluyendo ensamblaje de partes como los

232

exomas -partes codificantes-), se deben disear y ejecutar

procesamientos de biologa computacional sobre la
informacin capturada (a partir de los archivos planos)
para encontrar partes de estructuras, interacciones,
patrones, huellas, genes y marcadores moleculares de
inters. Por ejemplo, una etapa fundamental del proceso
lo constituye el procedimiento de anotacin (funcional y
estructural) automtica de toda la informacin genmica
extrada (guiado con genomas de referencia y anotaciones
homlogas de alta similaridad y correspondencia). Pero
existe una pregunta fundamental con toda esta ingente
cantidad de datos proporcionados por los secuenciadores
genmicos: Como ordenar apropiadamente toda esa
informacin y como se almacena de una forma prctica
y til para uso posterior a nivel experimental y prctico?

7.2.2 Supercomputacin y Bioinformtica

El gran problema, es que los ultra-secuenciadores por s
mismos no pueden almacenar todos los datos e informacin
obtenida ya que son registros de gran magnitud y poseen
una dinmica relacional altamente compleja y difcil de
armar y co-relacionar. Por consiguiente son necesarias
infraestructuras de computacin (redes, servidores,
bases de datos y gestores de acceso) o conglomerados
de supercomputadoras especializadas para gestionar los
modelos de datos en una forma ordenada. Lgicamente cada
caso es distinto y requiere el diseo y arreglo optimizado
de un hardware particular, un sistema operativo, sistemas
bioinformticos adjuntos y un software de paralelizacin
(coordinar tareas compartidas) para cumplir con los
requerimientos y especificaciones de cada tarea programada
del proyecto genmico. Por tanto, es esencialmente
determinante establecer un diseo con carcter
ingenieril (cantidad de registros, cargas de procesamiento,
tarjetas graficas especializadas, tipos de procesadores,
consumo elctrico, costos asociados, etc.) en el momento
de iniciar proyectos de investigaciones en genmica
clnica comparativa, metagenmica, farmacogenmica,
nutrigenmica,y/o cualquier otra disciplina confinada para
gestionar metadatos complejos con supercomputacin de
prestaciones y con soporte de las TIC para su distribucin
y empleo compartido.
Por consiguiente, la secuenciacin masiva sin usar la
biologa computacional de alto rendimiento (configuracin
nube o servers) sera prcticamente imposible. No

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

se podran georeferenciar en detalle las complejas

relaciones existentes entre sus componentes genmicos a
nivel molecular ni funcional. Por consiguiente, el propsito
de los estudios genmicos mediante secuenciacin
masiva es convertir los datos e informacin biolgica en
conocimiento con el fin de encontrar soluciones y aportes
cientficos de inters.

7.2.3 Bioinformtica para biologa de

sistemas y sinttica: Nueva tendencia de
investigacin en biotecnologa
Como se mencion anteriormente, la Bioinformtica es una
ciencia multidisciplinaria que gestiona tecnolgicamente
datos biolgicos mediante sofisticadas herramientas de
computacin. Con los avances de la Bioinformtica,
esta disciplina est dando impulso a dos campos
cientficos derivados y traslacionales, denominados:
Biologa de Sistemas y otra sub-derivada de esta
ltima denominada: Biologa Sinttica. La Biologa de
Sistemas es una disciplina que tiene como fin estudiar
componentes moleculares y su dinmica en los circuitos
metablicos de los organismos. Esto se logra mediante
modelaciones y simulaciones computacionales con el
propsito de comprender, validar y predecir mejor el
comportamiento del sistema biolgico real investigado.
Una vez comprendida la funcionalidad general del sistema
vivo descrito, se est en la capacidad de experimentar
nuevas modificaciones biotecnolgicas del organismo pero
con apoyo tecnolgico enfocado hacia un contexto, efecto
y produccin artificial. Ah es precisamente donde la
Biologa Sinttica mediante empleo de la Bioinformtica y
Biologa de Sistemas con soporte de la Ingeniera gentica
proporciona los fundamentos elementales para disear y
ejecutar procesos, tareas y respuestas virtualizadas de un
sistema biolgico representativo de manera in silico.
Por tanto, estas acciones sintticas se realizan al mejor
estilo de la ingeniera de legos para la construccin
de una bioestructura funcional y/o molculas de inters
industrial, prcticamente no existentes en la naturaleza.
Por tanto, hoy en da tenemos las suficientes herramientas
bioinformticas para crear microorganismos a la carta
genmicamente con propiedades y funcionalidades
dirigidas y simulados mediante un computador que luego
se pueden replicar artificialmente en los laboratorios
experimentales. Todas estas creaciones artificiales son una

especie de computadora re-programable, generalmente con

un propsito mdico de modificacin de sub-productos
derivados de la industria para efectos de reduccin de la
contaminacin o de produccin de energa derivada (p.e
caso de las bacterias que producen bio-etanol).

Investigaciones en biologa de sistemas y sinttica

La Biologa de sistemas est evolucionando
constantemente y ahora se establecen simulaciones
sintticas sobre la activacin o pagado de genes,
expresin y regulacin, mediante operadores de estado
y formas lgicas semejantes como cuando se construye
un diagrama elctrico o electrnico (un equivalente a la
ingeniera de control pero a nivel celular), estableciendo
redes metablicas con funciones y respuestas especficas
en un sistema molecular programtico. Por tanto,
estos circuitos genticos lgicos permiten disear
microorganismos artificiales (armados con la explosin
del uso de los inventarios -biobricks- fragmentos de genes
intercambiables-) pre-programados para un objetivo
particular. Por tanto, esto permite programar una sntesis y
caracterizacin dirigida del material gentico combinado,
con el propsito de obtener una funcionalidad con diversas
respuestas sintticas particulares con el propsito de
obtener posibles aplicaciones industriales muy especficas.
Como ejemplo, en el pasado, las investigaciones
de Hodgkin y Huxley (fallecido en mayo 2012) les
permitieron ganar el Premio Nobel de Medicina 1963
a travs de la modelacin de los mecanismos inicos
de los potenciales de accin de una membrana celular.
Para ello, utilizaron en parte analogas correspondientes
con las Leyes de Kirchhoff (Circuitos elctricos) para
estudiar matemticamente el comportamiento biolgico
simulado. Hace poco ms de 2 aos (2010), investigadores
del Instituto Craig Venter (EEUU), lograron disear una
biocomputadora con fragmentos de ADN, donde obtuvieron
su sntesis y unin, con el objetivo meta de ensamblar un
genoma completo, y luego transferirlo completamente a
una clula viviente. Esta clula integr el nuevo genoma
(descartndose el original) que luego codificaba protenas
procedentes de la expresin del genoma artificial. Ahora,
los pasados ganadores del Premio Nobel de Medicina 2012
han obtenido su reconocimiento por los estudios pioneros
en la reprogramacin funcional de clulas madre mediante
empleo de procesos sintticos en la biologa del sistema
celular madre abstrado.
233

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

7.2.4 Servicios web en Bioinformtica

Un servicio web en bioinformtica permite integrar
diversas aplicaciones distribuidas en Internet. Es
ampliamente conocido en el campo de la Bioinformtica
que las bases de datos biolgicas distribuidas son de origen
heterogneo. Una manera de resolver esta situacin ha
sido la confeccin de servicios web. Por ejemplo, una de
las colecciones de web services ms grande que existen a
nivel internacional corresponde al catlogo de servicios
web creado por el Instituto Nacional de Bioinformtica
(INB) de Espaa. Solamente desde el 2006 hasta el 2010
se han ejecutado (forma acumulada) ms de 2 millones
de veces (incluyendo accesos reiterados de una misma
IP) los distintos tipos de servicios (ver Grfico 7.1).
Esta coleccin de servicios incluye mtodos de anlisis
en secuencias biolgicas, anotaciones, ensamblaje de
genomas (parciales y completos) y anlisis de expresin de
genes (ver Grfico7.2). La mayora de los servicios estn
agrupados en la categora de ensamblaje de secuencias
genmicas, y provienen de una plataforma BioMoby.

Grfico 7.1
Grfica de web services desde el 02/2006 al 02/2010
a travs de acceso mltiple a los servidores del
Instituto Nacional de Bioinformtica de Espaa
(INB)
Service Executions
Accumulated Executions
2,500,000

2,370,612
2,376,066
2,320,444
2,100,584

2,000,000
1,752,428
1,610,522

1,500,000

1,828,307
1,780,266

1,451,331
1,286,197
1,143,978
1,088,662
983,309
810,303

1,000,000

622,908

500,000

424,106
331,105
198,495
187,395
260,568
65,205
122,042

0
02/06

08/06

02/07

08/07

02/08

08/08

02/09

Fuente: Informe de actividades cientficas del INB 2010.

234

08/09

02/10

Grfico 7.2
Tipos de servicios web ejecutados desde
el servidor MOBY DEV (INB- Madrid)
(402 Servicios)
Statistics and Accounting 5
Parsing
Converting
Displaying 7
Low Complexity
Masking 3
Sequence
Filtering 2
Alignment
Gene Expression 7
Annotations
Sequence Assembly 2
Translating 4
Biochemistry 3

26

Distances
Clustering 2
Repeat Tasking 2
14

27
97

Structural
Studies

67
37
17

71

Sequence
Analysis

Base Calling 2
Data Base

Fuente: Informe de actividades cientficas del INB 2010.

BioMoby es un proyecto de software libre empleado

como un registro de servicios web en bioinformtica.
El proyecto Moby define tres clases de ontologas
(tipos de datos, formatos de datos y tipos de servicios).
Muchos de los servicios web del INB son replicaciones
exactas de los servicios del catlogo central de BioMoby (http://www.biomoby.org/). Solo en el servidor
de procesamientos bioinformticos MOBY DEV del
INB (fsicamente localizado en Madrid) existen ms de
400 tipos diferentes de servicios (ver Grfico 7.2) que
emplean protocolos de comunicacin como REST, XML
y Soap. As mismo, segn este grfico el ensamblaje de
secuencias es uno de los procesos ms comunes en los
servicios de bioinformtica del INB. Bio-Moby es capaz
de proporcionar una manera sencilla de crear servicios
web, as como la disposicin de un registro central
que contiene informacin sobre todos los servicios
disponibles. Puede utilizarse para crear programas que
proporcionan datos o algoritmos a mltiples usuarios
a travs de Internet. Un servicio web tiene una URL
asociada, y cualquiera que conozca dicha direccin
puede acceder directamente al mismo. Los datos y
algoritmos se encuentran disponibles a travs de Internet,

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

pero no es necesario la creacin de un sitio web para

su acceso. Las implementaciones de los servicios estn
realizadas en Java y Perl y existen diferentes libreras y
APIs implementadas y documentadas, as como algunas
iniciativas para la integracin de BioMoby con Taverna
(sistema bioinformtico para desarrollar flujos de
trabajo) mediante plugins.

7.3 ACTORES Y DINMICA DEL

CONOCIMIENTO BIOINFORMTICO
La Bioinformtica es una ciencia multidisciplinaria
que requiere de la intervencin de muchas ciencias
convergentes (ver Figura 7.1). La necesidad y boom
de la bioinformtica surgi desde los mismos requisitos
de profesionales experimentales orientados a procesar
ingentes cantidades de informacin y datos biolgicos
procedentes principalmente de la complejidad de la
secuenciacin. En el pasado, las tecnologas de la
informacin en las ciencias biolgicas, tenan nicamente
el papel de ofrecer un soporte tcnico a la investigacin
biolgica. En la actualidad la Bioinformtica ha dejado
de ser nicamente una herramienta de soporte y se ha
convertido en una autntica disciplina cientfica capaz
de realizar sus propias investigaciones aplicando
rigurosamente la metodologa cientfica convencional.
La nueva biologa in silico est fundamentada en la
bioinformtica y en el desarrollo de experimentos y
simulaciones en computadoras, tomando sus resultados
preliminares como aproximaciones del trabajo real
efectuado mediante experimentacin analtica in vivo.
A partir, del proyecto del genoma humano emprendido
por un consorcio internacional (trabajo que secuenci
el mapa completo de nuestro lenguaje biolgico)
se procedi a establecer una carrera industrial postgenmica para encontrar unidades genticas que
expresaran instrucciones especficas para la creacin
de protenas fundamentales para el funcionamiento,
estabilidad y desarrollo del ser humano y organismos
de procedencia agropecuaria para mantener y garantizar
su supervivencia. Por tanto, dominar aspectos como los
flujos interactivos de informacin gentica, prediccin
de funciones a partir de las estructurales proteicas,
problemas orgnicos del metabolismo, y establecimiento
de controles biolgicos mediante biochips (interfaces

Figura 7.1
Dinmica multidisciplinaria en Bioinformtica

Genmica
de las
frutas
Genmica
enfermedades
y plagas

Genmica y
protmica
celular

Enfermedades

Virus y
bacterias

Frmacogenmica

Humana

Agrcola
Bio
diversidad

Administracin
de bioproyectos

Bioinformtica
Integral
Biofsica y
QuimioInformtica

Genmica
poblacional y
Bio-estadstica
Marina
Genmica
Microorganismos
y bacterias
Genmica
vegetal

Genmica
organismos
Bio-tecnologa

Artpodos e
insectos

Interaccin
molecula
Modelacin
y simulacin
molecular
Bioqumica
computacional

Fuente: Elaboracin propia (versin revista CRISOL-UCR, N26,

2012). Prosic, 2012.

electrnicas-humanas), ser de una inmensa importancia

para el campo biomdico con el propsito de disear,
proporcionar y controlar dosis de medicinas desde un
punto de personalizado y as poder curar enfermedades
en relacin con el conocimiento gentico-digitalizado
de cada individuo; situacin que adems, se constituir
en el nuevo campo de batalla de competidores con el fin
de lograr registrar patentes comerciales de gran valor.
235

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Actualmente, se pierden muchas iniciativas de corte y

perfil bioinformtico (no slo en Costa Rica sino a nivel
internacional) precisamente por la falta de profesionales
capacitados para lograr que establezcan un puente
entre los diferentes profesionales relacionados con
informtica, ciencias biomdicas y biologa (en todas
sus divisiones, incluyendo biologa molecular y celular,
de importancia en nuestro sector salud) y que puedan
no solo dirigir grupos multidisciplinarios sino tambin
desarrollar e innovar proyectos vinculados con las TIC.
Adems, es fundamental crear un cultura para aplicar,
desarrollar e implementar normas estandarizadas de
modelacin (UML: Lenguaje de Modelo Unificado)
adaptados a los protocolos experimentales empleados en
las ciencias biomoleculares con el fin de cumplir con los
requisitos en la ingeniera de software (ver Figura 7.2).
Esto puede establecer un ordenamiento en todos los
procesos asociados al desarrollo de software mediante
modelacin en bioinformtica (desde las etapas de casos
de uso, hasta los entregables recibidos por el ingeniero
de componentes en las pruebas de validacin).

Figura 7.2
Ingeniera de requisitos y modelacin UML

Fuente: Elaboracin propia a partir del modelado. Jacobson

et al. 2000.

236

7.3.1 Formacin de Bioinformtica en Costa

Rica
Costa Rica presenta una diversidad de programas
de formacin profesional en Ciencias Biolgicas
e Informtica. Desde el 2009 hasta el 2012, las
universidades privadas locales graduaron 4573
estudiantes entre carreras de pregrado y postgrado
relacionadas con ingeniera de computacin, sistemas,
informtica, software, ciencias biolgicas y educacin
en tecnologas de la informacin. Por otra parte, se
graduaron 579 estudiantes en carreras relacionadas
con ciencias biolgicas, educacin de ciencias con
nfasis en biologa, etc. Por otro lado, desde hace
aproximadamente unos 12 aos, a nivel de pre-grado
existen formalmente cursos de grado (en su mayora con
carcter introductorio y clasificados con una categora
de electiva) de Bioinformtica en Costa Rica en las
carreras de Biotecnologa, Biologa, Computacin,
Medicina, Odontologa, Farmacia y Agronoma. Todas
estas carreras pertenecen a programas de universidades
pblicas (UCR, TEC, UNA). En otro pases de la regin
como Honduras (Universidad Autnoma de Honduras) y
Guatemala (Universidad del Valle) se han llevado a cabo
cursos y talleres de bioinformtica a nivel de pregrado.

Cursos de postgrado y programa de maestra

A nivel de postgrado, el programa de maestra en
computacin del Instituto Tecnolgico de Costa Rica
(TEC) comenz a impartir los primeros cursos electivos
de postgrado en Biologa computacional desde el
segundo semestre del 2000. A partir del 2012, se inici
formalmente el primer programa profesional de Mster
cientfico en Bioinformtica y Biologa de Sistemas
adjunto al Postgrado de Ciencias Biomdicas de la
Escuela de Medicina de la Universidad de Costa Rica
(Diseado por los investigadores de la UCR: Allan
Orozco y Cecilia Daz). En el ao 2012 inici el programa
con 12 estudiantes y para el 2013 tendr una poblacin de
29 estudiantes matriculados (En la admisin del 2013, el
65 % de los estudiantes admitidos provienen del rea de
informtica y el 35% de reas relacionadas con medicina,
biologa y farmacia). Esta maestra es pionera en toda la
regin centroamericana. Sus profesores son graduados
en universidades extranjeras como Harvard, TexasHouston, Karolinska, Heidelberg, Glasgow, Freiburg,

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

University College of London y Universidad Autnoma

de Madrid (UAM). En la propuesta inicial (2006) se
tom como modelo referente el programa de maestra
en Bioinformtica de la Universidad de Oxford, UK.
Para el 2013, tambin se ha diseado un curso de postgrado en Bioinformtica en la Maestra Internacional en
Gestin de los Recursos Naturales para el Desarrollo
Sostenible en un programa conjunto entre las siguientes
universidades de Costa Rica: Instituto Tecnolgico de
Costa Rica (TEC), Universidad Nacional (UNA) y la
Universidad Estatal a distancia (UNED). Por tanto, se
ha pasado de impartir cursos de pregrado y posgrado a
un programa profesional en Bioinformtica.

Figura 7.3
Diagrama de aplicacin de la
Bioinformtica traslacional
en la medicina genmica
Investigacin Bsica
Genoma
Transcriptoma
Proteoma
Metaboloma

Variabilidad Humana

7.4 FORMACION Y APLICACIONES DE LA

BIOINFORMTICA
7.4.1 Medicina Molecular
En la medicina genmica, las herramientas bioinformticas
se emplean con frecuencia en la investigacin bsica pero
muy poco en el sector clnico aplicado sobre riesgos en
patologas como obesidad, cncer y diabetes. Es conocido
que el genoma de los pacientes clnicos constituye una
fuente primaria de informacin muy importante que
puede permitir a los mdicos tomar mejores decisiones
en la prevencin, diagnstico y pronstico de las
enfermedades de origen gentico en medicina molecular.
Sin embargo, hasta ahora no existe un consenso claro
sobre la utilizacin de las herramientas bioinformticas
en la prctica clnica hospitalaria. Una de las principales
causas ha sido la falta de una formacin en bioinformtica
que sea continua y estable, y que permita a los diferentes
profesionales efectuar diversos anlisis integrales
de informacin biolgica en las pruebas efectuadas
in situ. A pesar de que se realizan diversos estudios
de caracterizacin de genes, marcadores moleculares y
mutaciones asociadas con la predisposicin para desarrollar
diferentes enfermedades, estas investigaciones y su
conocimiento asociado, difcilmente llega de una forma
prctica a los pacientes que as lo requieran.
Desde 2004, con el propsito de que especialistas clnicos
en Centroamrica adquirieran una formacin actualizada
de tecnologas, mtodos y estrategias de bioinformtica
para enfrentar estudios genmicos en reas como son las
enfermedades monognicas y complejas, se confeccion

Genotipado
Haplotyping

Genmica
Individualizada
(SNPs y
mutaciones)

Diagnstico
Molecular
Farmacogentica

Bioinformtica en Medicina
DNAs Microarrays
aCGH
chip on ChIP
Met Arrays
MS, 2D

Genmica
Funcional

Nueva Clasificacin
de Enfermedades

Protemica

Farmacogenmica

Bases Moleculares de las Enfermedades

Aplicaciones Clnicas

Ensayos
Clnicos

Medicina Personalizada
- Terapias Personalizadas
- Medicina Preventiva

Fuente: Elaboracin propia (versin revista CRISOL-UCR, N26,

2012). Prosic, 2013.

en la Escuela de Medicina de la Universidad de Costas

Rica (Programa de Bioinformtica), un bloque de
formacin traslacional, bsicamente con un entorno
integral de herramientas bioinformticas y de biologa
computacional. Esto ha logrado en el entorno nacional
una mejor preparacin y una intencin ordenada para
acercar eficientemente a los estudiantes, profesionales
bsicos y clnicos hospitalarios a las actividades de orden
prctico en bio-computacin y que tengan resultados
directos en la medicina personalizada.
237

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Las temticas docentes de las capacitaciones incluan:

Microarrays, Variaciones Genmicas, Farmacogenmica,
Anlisis biocomputacional de enfermedades monognicas
y complejas, Bioinformtica a gran escala (Web Services
y Workflows) y Redes de interaccin. Cada una de las
temticas del programa present una oferta tecnolgica
de solucin ejemplificada en casos de estudio aplicados
dentro del sector hospitalario del istmo. Esta formacin
estuvo dividida en una participacin dentro de un marco
presencial y otro virtual. Los estudiantes en su periodo
de formacin virtual tuvieron que desarrollar casos
reales prcticos de perfil clnico aplicando un catlogo
de tecnologas selectivas en bioinformtica. Las tutoras
acadmicas evacuaron dudas de acuerdo a los requisitos
del modelo solicitado y justificado en base a los perfiles
profesionales de los participantes.

Bioinformtica. Por ello, ha venido organizando junto

Unu-Biolac (United Nations University, ONU) talleres
formativos en bioinformtica aplicada en Microbiologa y
Metagenmica. Uno de ellos se organiz en 2010, con un
taller denominado: Bioinformtica microbiana aplicada
con apoyo de instructores de la Universidad del Oeste de
Illinois y Wisconsin University.

La evaluacin final de la formacin bioinformtica en

biomedicina, determin una traslacionalidad funcional
en diversos mbitos clnicos (especialmente en
oncologa molecular). La integracin de las temticas
implicadas canaliz opciones para que investigadores
del sector mdico tuvieran la oportunidad de aplicar
tecnologas bioinformticas en sus diversos campos de
especializacin. Uno de los ltimos ejemplos formativos
emprendidos fue el Taller de Bioinformtica y Ciencias
de la Salud organizado por el Instituto Nacional de
Investigaciones en Salud (Inisa) de Costa Rica en 2010.
El nombre del taller se denomin Bioinformtica y
Biocomputacin molecular aplicado a las Ciencias de
la Salud, donde participaron principalmente expertos
del sector de investigacin oncolgica del medio.
Estas acciones descritas han permitido ayudar a reducir
brechas y bandas diferenciadas de actuacin entre la
medicina molecular y bioinformtica en el pas.

En junio 2012, se organiz nuevamente un taller

universitario denominado: Bioinformtica y Biologa
computacional con nfasis en farmacogenmica en alianza
con la Facultad de Farmacia de la Universidad de Costa
Rica, Escuela de Medicina, Programa Iberoamericano de
Ciencia y Tecnologa (Cyted), Sociedad Iberoamericana de
Bioinformtica (Soibio) y Red Mundial de Bioinformtica
(Embnet). Participaron 12 estudiantes principalmente de
la carrera de farmacia de la misma universidad. Entre
sus temticas de estudio: Web Services en sistemas
moleculares, programacin en XML, microarrays y
expresin gnica en metabolizacin de CYP2D6 y
CYP2D9 y docking molecular.

7.4.2 Microbiologa
El Centro de Investigacin de Biotecnologa (CIB) es
una unidad de investigacin de la escuela de Biologa del
Instituto Tecnolgico de Costa Rica. Dentro de sus lneas
de trabajo en investigacin se encuentran: Biomedicina,
Cultivo de tejidos vegetales, Energas renovables, Produccin
investigacin en biocontroladores, Caracterizacin gentica
y la Microbiologa. Esta ltima rea ha puesto un especial
nfasis para apoyar investigaciones aplicadas en

238

7.4.3 Farmacia
En 2010, se organiz el primer taller de Bioinformtica
en la Facultad de Farmacia de la Universidad de Costa
Rica. Con la participacin de 10 estudiantes de la carrera
de Farmacia y Biotecnologa y en donde se profundiz
en temas como la modelacin y simulacin molecular
con docking y diseo de frmacos.

7.4.4 Agricultura
En 2008, a partir de una propuesta presentada por el
Departamento de Horticultura de la Universidad de
Wisconsin- Madison ante el departamento de Agronoma
del Instituto Tecnolgico de Costa Rica, se realiz en Costa
Rica el primer Taller Nacional de Genechip: Genmica,
Identificacin de genes y Bioinformtica con apoyo del
Ministerio de Ciencia y Tecnologa y del Ministerio de
Educacin de Costa Rica. El curso tuvo como propsito
principal el empleo de un microarray rudimentario
(creado a partir de un porta objetos) tomando como
modelo genmico la planta Arabidopsis thaliana y
su expresin gnica en el proceso convencional de la
fotosntesis y fotobiologa de la planta (gen Rubisco). En

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

el taller participaron 20 personas cuya mayora fueron taxonmico de dos millones de especmenes (animales,
profesores de biologa provenientes de la educacin plantas y hongos) a travs de registros con cdigos de
barras junto con un complemento de georeferenciacin.
secundaria local.
La mayor parte de los especmenes registrados se
Por otra parte, entre 2008 y 2011 se han implementado mantiene en las colecciones biolgicas dentro del
tres talleres de Bioinformtica y Agricultura en la Instituto y su informacin registrada en el sistema
Universidad Earth. Estos talleres como promedio han informtico ATTA. Es importante mencionar que el pas
tenido cerca de 25 estudiantes cada uno. La idea principal dispone de 169 reas protegidas (un 26,3% del territorio
fue adaptar cursos de Bioinformtica aplicados al campo nacional). Esto lo convierte realmente en un conjunto de
agropecuario. Uno de ellos fue realizado en 2010, con laboratorios experimentales (terrestre y marino) de gran
un taller internacional denominado: Fundamentos de importancia para la investigacin en Bioprospeccin
Bioinformtica y Biologa Computacional empleando junto con tecnologa bioinformtica para la industria
Software libre, con apoyo econmico del Cyted y con farmacutica. Dentro de sus funciones, tambin est la
la participacin de 25 personas entre estudiantes y formacin y educacin sostenible de la biodiversidad.
profesionales en Biotecnologa, Biologa, Farmacia, Por tanto, ha organizado cursos de Informtica aplicada
Microbiologa, Ciencias Biomdicas y Agronoma a la Biodiversidad con componentes vinculados a la
procedentes de Guatemala, Panam, Colombia y Costa Bioinformtica. Por ejemplo, en 2011, se organiz el
Rica. Los temas acadmicos de la capacitacin impartida segundo taller internacional de Bioinformtica del Inbio:
fueron bsicamente: Anlisis de secuencias, Bases de Propagacin del conocimiento en Bioinformtica: una
datos biolgicas, Estructuras moleculares, Microarrays, herramienta para el desarrollo de conocimiento con
Diseo de Workflows y Modelacin y dinmica molecular valor agregado. En dicho seminario participaron 50
cuntica. Estas temticas se envolvieron dentro de casos personas entre estudiantes y profesionales diversos.
de estudio aplicados del sector agropecuario.
En 2011, se imparti un taller internacional denominado:
Fundamentos de Bioinformtica y Biologa
Computacional de Sistemas Moleculares con apoyo
de Embnet(Red Mundial de Bioinformtica), Soibio
(Sociedad Iberoamericana de Bioinformtica) y Cyted.
En el mismo participaron 24 personas entre estudiantes
y profesionales procedentes no slo de Centroamrica
(Costa Rica, Guatemala, Belice y Panam) sino tambin
de otros pases como Hait, Ecuador, Colombia y
Kenia. Se establecieron presentaciones magistrales con
prcticas en laboratorios acondicionados (software libre en
bioinformtica) especialmente adaptadas para la formacin
profesional en curso.

Veneno de serpientes

El Instituto Clodomiro Picado (ICP) de la Universidad

de Costa Rica es un centro de investigacin dirigido
al estudio del veneno de las serpientes y antdotos
antivenenos. Costa Rica tiene 137 especies de serpientes
de las cuales el 16% (22) son altamente venenosas.
Actualmente, el Instituto desarrolla profundamente un
programa de investigacin en protemica para estudiar
las protenas bioactivas txicas con apoyo de tecnologa
en Biologa Computacional. Para completar la formacin
en bioinformtica traslacional (anlisis de secuencias y
uso de equipos para el anlisis de protenas de serpientes)
educativa ha desarrollado un convenio con el Instituto
Biomdico de Valencia de Espaa. Esto representa un
claro ejemplo de cmo el anlisis de la toxicologa de las
7.4.5 Bioprospeccin y Biodiversidad
protenas de serpientes e investigacin conjunta con la
El Instituto Nacional de Biodiversidad (Inbio) es una farmacogenmica conlleva una nueva perspectiva para
institucin establecida desde 1989, y est localizada en el diseo de nuevas drogas con asistencia y conocimiento
Heredia, Costa Rica. Su principal propsito es registrar aplicado de la bioinformtica.
y obtener conocimiento de la diversidad biolgica
de Costa Rica. Para transmitir este conocimiento ha En 2012, el Instituto Interamericano de Agricultura
desarrollado un sistema de informacin biolgica (IICA), un organismo que estimula y promueve el
denominado ATTA. Este sistema mantiene un registro desarrollo agrcola y bienestar rural de las poblaciones
239

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

iberoamericanas, realiz el primer foro tcnico

formativo nacional relacionado con Bioinformtica y
Nanobiotecnologa vinculando posibles convergencias
de tecnologa e innovacin en la Agricultura. En la
actividad se dieron resultados importantes relacionados
con la Bioinformtica para la identificacin de genes de
bacterias y hongos que comnmente atacan diferentes
cultivos. Esto con el fin de establecer estrategias dirigidas
para despus poder combatirlos. Por otra parte, de
acuerdo a los resultados del foro, la nano-biotecnologa
integrada est permitiendo la creacin de fertilizantes y
herbicidas, el monitoreo in situ de factores ambientales
y crecimiento de plantas, as como la prolongacin de la
vida til de los alimentos, entre otras aplicaciones.

alineamiento de secuencias consenso de orden biolgico.

Por otra parte, ya desde el 2006, la Escuela de Medicina de
la Universidad de Costa Rica se convirti en un precursor
nacional de los estudios bioinformticos aplicados a las
ciencias mdicas y biotecnolgicas del entorno, as como
de iniciativas de formacin a nivel centroamericano.
Prueba de ello, fue la integracin y vinculacin del primer
nodo nacional Embnet (Red Mundial de Bioinformtica
en Biomedicina Molecular) y representante nico en todo
el Istmo y Caribe. Estos esfuerzos han conllevado a la
reciente solicitud de Oxford Journal (Factor de impacto
= 5,3) de Inglaterra en 2013, para publicar un artculo (A
review of Bioinformatics training applied to research in
Molecular, Agriculture and Biodiversity in Costa Rica
and Central Amrica) en su prestigiosa revista mundial
Briefings Bioinformatics sobre el modelo de formacin y
7.5 LA BIOINFORMTICA EN
desarrollo de tecnologas Bioinformticas tanto en Costa
COSTA RICA
Rica como en Centroamrica a partir de la propuesta
acadmica de la Escuela de Medicina de la Universidad
En Costa Rica, la Bioinformtica surgi fundamentalmente de Costa Rica.
desde el mbito acadmico e investigativo del pas.
Instituciones y centros de investigacin como la Podra mencionarse de forma escalada y exacta, ms
Universidad de Costa Rica (Escuela de Medicina, diversidad de importantes ejemplos e iniciativas en
Computacin y Biologa), Universidad Nacional (Escuela Bioinformtica (tanto formativas como en proyectos),
de Biologa y Veterinaria), Instituto Tecnolgico de pero el hecho concluyente en todos los casos, es que
Costa Rica, (Escuela de Agronoma, Biotecnologa existe un gran inters en el rea proveniente de muchos
y Computacin), Cenat (Centro Nacional de Alta investigadores nacionales (especialmente del rea
tecnologa), Inbio, ICP y Universidad Earth comenzaron gentica, computacin y biotecnolgica), y esto por
a impartir sus primeros cursos (a nivel de grado y post- supuesto trae un beneficio absoluto a toda la comunidad de
grado) as como talleres de bioinformtica y biologa investigadores. Evidentemente, esto conlleva a un nuevo
computacional con mucho xito desde comienzos orden alternativo que estimula la integracin de las ciencias
y mediados del ao 2000 hasta la fecha actual. En multidisciplinarias en una oferta alternativa profesional con
dicho periodo, a nivel investigativo el Inbio a travs efecto sobre las nuevas generaciones de jvenes cientficos
de sus programas de informtica para la biodiversidad del medio. Ahora, el futuro reto es colocar la ltima pieza
proporcion un interesante y valioso esfuerzo para angular, proveniente de la estimulacin, emprendimiento y
el tratamiento de datos biolgicos con relacin a la creacin de empresas bioinformticas con ayuda de agentes
organizacin y anotacin de las especies nacionales privados, internacionales y de gobierno, con el fin de brindar
mediante tcnicas informticas (con contribuciones al oportunidades laborales a los futuros bioinformticos
proyecto Barcode of life: identificacin de la especies de Costa Rica, y en general para el mejoramiento de la
con el ADN como cdigo de barras). Posteriormente, industria y desarrollo de la ciencia y tecnologa nacional.
profundiz en actividades relacionadas con la
metagenmica y dinmica gentica de las especies a
travs de la interaccin y flujo de los ecosistemas naturales. 7.5.1 Acciones relevantes desde Costa Rica
As mismo, de forma paralela, el Cenat (Centro Nacional
de Alta tecnologa) y el Instituto Clodomiro Picado (en Como se coment anteriormente, a partir de las acciones
el campo de la protemica del veneno de serpientes), determinantes para impulsar la bioinformtica en
efectuaban ya sus primeras acciones informticas en el nuestro pas a nivel de generacin de profesionales, el
240

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Programa de Ciencias Biomdicas de la Universidad de

Costa Rica (UCR), abri en 2012, el primer mster de
Bioinformtica y Biologa de sistemas de toda la regin
centroamericana. Adems, para finales del 2011, la
Escuela de Medicina de la UCR, inaugur un importante
clster de supercomputacin (Nelly) en Bioinformtica
para soporte y uso de la comunidad cientfica nacional.
Actualmente, dicha escuela cuenta con la representacin
del nodo nacional de Bioinformtica de Embnet Global
(Red mundial de Bioinformtica) y es el ente coordinador
de las gestiones de la Red Centroamericana de
Bioinformtica y Biocomputacin Molecular (Biocanet),
cuyo propsito principal es la integracin de proyectos y
servicios biocomputacionales en toda la regin.
El trabajo conjunto desde Costa Rica tambin ha sido un
instrumento integrador sobre la participacin en Redes
de Software y Tecnologas Convergentes del Cyted
tales como Freebit (Software libre en Biomedicina)
Ibero-Nbic (red de integracin de la bioinformtica
y nanotecnologa). As mismo, en marzo del 2012,
se celebr el primer Congreso Centroamericano de
Bioinformtica y Biologa de Sistemas de toda la regin,
con apoyo de organizaciones e instituciones como la
Escuela de Medicina-UCR (coordinador cientfico),
Earth, Cyted, Micit, Conicit (Consejo Nacional de
Investigaciones Cientficas y Tecnolgicas), Comex
(Ministerio de Comercio Exterior), Fundacin para la
Biomedicina del Mediterrneo de Espaa (Fundacin
Imabis), Instituto Nacional de Bioinformtica (INB)
de Espaa (Plataforma tecnolgica del Instituto de
Salud Carlos III) y la Fundacin de Supercomputacin
de Castilla y Len de Espaa (FSCL). Tuvo la
participacin general de expertos en bioinformtica
provenientes de ms de 26 pases. El objetivo principal
fue impulsar e intercambiar experiencias y proyectos
entre los participantes en el campo de la Bioinformtica
y Biologa Computacional regional. Es fundamental
mencionar que como parte de estas iniciativas relevantes,
Costa Rica fue Co- Fundadora de Soibio (Sociedad
Iberoamericana de Bioinformtica), en Cancn Mxico
en el 2009 con apoyo de la ISCB (International Society
of Computational Biology), que es la organizacin ms
importante del mundo en Bioinformtica y cuya sede
est localizada en California, EEUU.

Infraestructura nacional en Bioinformtica

La primera infraestructura de Bioinformtica de la
regin centroamericana fue construida en el Centro de
Informtica de la Universidad de Costa Rica mediante
iniciativa de la Escuela de Medicina de la Universidad de
Costa Rica, Fundacin de Supercomputacin de Castilla
y Len (Espaa), Instituto Nacional de Bioinformtica
de Espaa y apoyo privado de la empresa Microsoft
(MSF) de EEUU y Centroamrica. Est compuesta por
60 servidores Rackable System (SGI) ensamblados en
una arquitectura y conformacin en red paralela con una
capacidad de almacenamiento de 100 TB distribuidos en 4
racks independientes (ver Figura 7.4). El sistema funciona
con el sistema operativo Rock Mamba Server 6,2 (versin
estable de RED HOT Linux para servidores) y es el motor
tcnico de la Red Bioinformtica de Centroamrica,
coordinada y fundada por investigadores costarricenses.
Su funcionamiento est basado en el trabajo de tareas en
cuatro reas fundamentales: 1. Dinmica y Simulacin
Molecular, 2. Alineamiento de Secuencias NGS y
Genotipados, 3. Anlisis de imgenes biomdicas (2 y
3D), 4. Anlisis de genomas a gran escala, 5. Anlisis de
datos de expresin gnica (microarrays). Adems, dispone
de una suite de servicios basada fundamentalmente en
Galaxy (plataforma web abierta para el anlisis de datos
biomdicos, www.bioinformatica.ucr.ac.cr:8080). Este es
el primer servicio validado por la Universidad de Penn
con servidores localizados en la Universidad de Costa
Rica), un proyecto bioinformtico de la Universidad
de Pennsylvania y la Universidad de Emory. Entre su
catalogo de servicios se encuentran Encode y Emboss
(suite de anlisis bioinformtico), as como un ToolBox
en NGS.
La Red Centroamericana de Bioinformtica (Biocanet)
est conformada por un grupo de investigadores y
profesionales de alto prestigio provenientes de diferentes
pases de Amrica Central, quienes trabajan en diversas
Universidades, Institutos, Fundaciones y Centros
de investigacin de la zona. Actualmente, es una
organizacin basada en siete nodos interconectados
(uno por cada pas), con un nodo central ubicado en
Costa Rica, y liderado por el Laboratorio BREL de
la Escuela de Medicina de la Universidad de Costa
(Director general: Prof. Allan Orozco). Un laboratorio

241

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Figura 7.4
Capas de formacin, investigacin y desarrollo en
Bioinformtica en Costa Rica (clster Nelly UCR)

genmica, protemica y Omics. Esta red est articulada

mediante tres pilares fundamentales en: Biodiversidad,
Ambiente y Biociencias Moleculares. Estas tres grandes
reas albergan dentro de su lmite cada una de las
temticas procedentes de la Bioinformtica y Biologa
Computacional.
La primera reunin de la Red Centroamericana de
Bioinformtica (coincidiendo con el primer congreso de
bioinformtica en Centro Amrica en San Jos, Costa
Rica) consider como primer objetivo recortar las
brechas de conocimiento en la disciplina por medio de la
formacin y capacitacin especializada. En esta reunin
participaron expertos provenientes de Guatemala
(Universidad del Valle), Honduras (Universidad
Autnoma de Honduras), Costa Rica (Universidad
de Costa Rica) y Panam (Instituto Smithsoniano de
Panam, STRI). Dentro de su principal acuerdo fue el
desarrollo de una plataforma virtual en Bioinformtica
para cursos de formacin y educacin en general para
Centroamrica y el Caribe. Esta plataforma integrar el
actual clster de Bioinformtica HPC localizado en la
sede Rodrigo Facio de la Universidad de Costa Rica.
Adems, de esta red general ha surgido otra sub-red
en Guatemala llamada RedBioNaGual (Apoyada por
Senacyt, Secretaria Nacional de Ciencia y Tecnologa),
la cual ser la Red Nacional de Bioinformtica de
Guatemala en 2013.

Fuente: Elaboracin propia. Prosic, 2012.

Sobre el impulso de formacin de Bioinformtica en

Guatemala a partir de RedBioNaGual, entre 2013 y 2014
se tienen programados catorce talleres de formacin
dedicado a la investigacin en bioinformtica en como parte de las actividades de apoyo de la Red
Costa Rica. Entre sus proyectos de investigacin Centroamericana de Bioinformtica en la regin (ver
asociados en trminos de procesamiento de datos Cuadro 7.1).
bioinformticos estn: I) Caracterizacin molecular de
Estas acciones han sido posible por la aprobacin
genes, CFTR, SPINK 1, PRSS1, ATP7b. II) Desarrollo
del proyecto por Senacyt en junio 2012 denominado:
de catlogos de web services en medicina molecular
Fortalecimiento de la utilizacin de la bioinformtica
y biodiversidad y III) Aumento de la competitividad
aplicada en la gentica que contribuye a aumentar
agrcola en la regin mediante uso de la Bioinformtica.
la competividad agrcola de Guatemala, con el fin
El principal objetivo de la red Biocanet ha sido desarrollar de fortalecer la enseanza de la Bioinformtica en
una red de cooperacin de servicios bio-computacional Guatemala con ayuda y soporte del Laboratorio de
en investigacin, desarrollo de tecnologa y formacin investigacin en Bioinformtica (BREL) de la Escuela de
en Bioinformtica asociados al desarrollo de proyectos Medicina de la Universidad de Costa Rica (fundado por
en biodiversidad, biotecnologa, medicina molecular, los profesores: Ricardo Boza, Allan Orozco y Nien Weng).

242

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Cuadro 7.1
Cursos de Formacin en Guatemala con ayuda de BREL (UCR)
Nombre del Taller
Conceptos generales en gentica y bioestadstica aplicados a la
bioinformtica
Tcnicas para la validacin de funcin de secuencias de inters:
estudios de casos exitosos en aplicacin de la bioinformtica

Instituciones Implicadas
Universidad EARTH, Costa Rica

Instituto Nacional de Bioinformtica, Madrid

Escuela de Medicina, Universidad de Costa Rica

Nuevas tcnicas de secuenciacin y anlisis de datos de

expresin gnica

Universidad de Wisconsin

Diseo de Wikis y diseo de pginas de Internet de la red

UVG, Guatemala

Genmica Corporativa - EST

National Institute of Health, Bethesda, MD. USA

Recopilacin integrativa de Promotores Microbianos

Creacin y funcionamiento de nodos y redes internacionales
de bioinformtica
Generacin de marcadores moleculares

UNAM, Mxico

Identificacin gentica (criterios seleccin de marcadores,

anlisis de resultados, mtodos de desarrollo de marcadores i.e.
microsatlites, SNPs)

CENGICAA, Guatemala

Tcnicas de mapeo gentico

Universidad Industrial de Santander de Colombia

Generacin de mapas genticos/Anlisis de QTLs,

Transcriptmica

USDA, UW Madison

Transcriptmica

NIH, USA

Formacin de redes de servidores/servidores virtuales (IT

e investigadores)

UVG, Guatemala

Biodiversidad y bases de datos taxonmicos

Washington DC, USA

Fuente: Proyecto Senacyt (Red Nacional de Bioinformtica) de Guatemala, Junio 2012

Participaciones internacionales relevantes en computacional. Como por ejemplo, la representacin

de Costa Rica en la ISCB (International Society
Bioinformtica de Costa Rica
Desde 2009 hasta 2012, la Escuela de Medicina de
la Universidad de Costa Rica ha sido una de las
instituciones nacionales que han participado en eventos
de importancia internacional en bioinformtica en
representacin de toda la regin centroamericana.
Algunas de ellas se han destacado por impulsar nuevas
alternativas de formacin en el campo de la Biologa

of Computational Biology) frica ASBCB Joint

Conference: Bioinformatics of Infectious Disease
2009, en la categora de Bioinformtica: Educacin
y Desarrollo Curricular: Cambios y Oportunidades
en Bamako, Mali. Adems, de presentaciones de
resmenes en la categoras de poster en: ISCB 2012
California, EEUU: Biocanet: Central American
Bioinformatics Network, ISCB Latin America, 2012
243

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

en Chile: Bioinformatics software development in

Central America: A growth alternative in education and
computer technology on the molecular modeling of
protein and DNA virtual structures field y finalmente
en ECCB (European Conference of Computational
Biology) en Basel, Suiza: Biocanet: A platform applied
in clinical genomic medicine in Central Amrica. Estas
han sido las primeras representaciones de Costa Rica
y de toda Centroamrica en Bioinformtica en eventos
participativos del ISCB en el campo de la Bioinformtica
(Congreso ms importante del mundo en Bioinformtica
y Biologa Computacional).

Bioinformtica. Empresas de esta categora buscan una

oportunidad dentro del potencial del mercado (local e
internacional), y ante la gran cantidad de posibilidades
que se presentan hay que identificar los nichos
adecuados que proporcionen una balanceada estabilidad
y rentabilidad. Adems, se deben identificar los canales
de distribucin ms eficientes los cuales varan de
mercado a mercado.

Los mercados internacionales en torno a la

Bioinformtica no son homogneos, ms bien se
caracterizan por una gran segmentacin, lo cual requiere
estrategias bien estructuradas para su aprovechamiento.
En Costa Rica, no existe mercado en bioinformtica con
excepcin de algunas tareas indirectas tipo outsorcing
solicitadas por empresas extranjeras (principalmente
farmacuticas del Oeste de los Estados Unidos) a
empresas informticas nacionales. As mismo, el
sector digital representa el 14.8% del PIB y dentro de
ste, el sector de servicios digitales representa el 5.8%
del PIB. El sector digital corresponde al 33% de las
exportaciones totales de Costa Rica (hay unas 1300
empresas en el sector digital). Por consiguiente, Costa
Rica es el primer exportador per cpita de Amrica Latina
por la proporcin que representan las exportaciones de
alta tecnologa en relacin con las exportaciones totales
y el quinto a nivel mundial.

Respecto a la posible generacin de productos y servicios

costarricenses en bioinformtica, preocupa la poca
oferta de esta rama en los mercados internacionales.
Parece imposible competir en los mercados de los pases
desarrollados. Sin embargo, debido a la segmentacin
que predomina en los mismos, tambin se pueden
encontrar demandantes para todo tipo de producto que
cumpla con las exigencias de los clientes. Se tom como
ejemplo el modelo de negocio bioinformtico de los test
genmicos, donde hay que tener en cuenta parmetros
estratgicos como la ubicacin geogrfica del cliente,
transporte y la distancia de recepcin del KIT (equipo
que contiene la saliva del cliente para extraccin del
ADN) para considerar la incidencia de costos indirectos,
recursos humano especializado, leyes nacionales en
bioseguridad, relaciones sanitarias de cada pas, etc.
Todos los resultados finales de los test genmicos
son agrupados en una web comn. Para invertir con
soporte econmico, se debe disponer de financiamiento
oportuno con tasas de inters razonables y con plazos
suficientes. El acceso permanente a informes de mercado
y BD biolgicas es fundamental durante el proceso
de inversin. Adems, la posibilidad de incrementar
la solicitud de servicios de test genmicos depende
de muchos factores, incluyendo la importancia de su
comprensin (ancestral y predictiva), disponibilidad de
productos alternativos, nivel de ingresos, regiones con
incidencias de enfermedades, regulaciones, calidad y
variedad de oferta disponible a travs de aplicaciones
on line.

A raz de este vaco empresarial en torno a la

Bioinformtica en el pas, se fund por el grupo
empresarial nacional Tecapro (grupo dedicado
exclusivamente a TIC), la primera empresa
bioinformtica en Costa Rica y Centroamrica.
Su nombre es Indromics (www.indromics.com)
especializada en servicios, asesora y formacin en

Algunas regiones de la zona europea (Espaa, Italia,

Finlandia, Inglaterra y Portugal), EEUU y Canad
pueden en conjunto constituir un mercado importante
para este tipo de servicios especializados. As mismo,
es indudable que la cercana relativa de pases con alto
poder de consumo sea primordial como ventana de
mercado. Por otra parte, los tamaos de segmentos de la

7.6 MERCADO INTERNACIONAL:

NICHOS DE OPORTUNIDAD
7.6.1 Caso de estudio: Bioinformtica y test
genmicos

244

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

bioinformtica han estado en constante crecimiento. Por

ejemplo, en procesos de datos farmacogenmicos (ver
Cuadro 7.2) el tamao del mercado en el 2002 era de
3.5 a 4 billones de dlares y ha estado incrementndose
en especial por el decremento del costo total de
secuenciacin de organismos superiores del ser humano
(menos de $1000 dlares por un genoma completo).
Por tanto, desde hace 10 aos ha sido un mercado en
constante cambio y ebullicin.

Particularmente en el caso de los test genmicos, debemos

recordar que los tipos de servicios ofrecidos por los
mercados no secuenciaran todo el genoma completo sino
solamente una fraccin (parte codificante) de acuerdo al
tipo de anlisis y tipo de bio-chip empleado en el servicio.
Se proyecta que la secuenciacin de un genoma completo
puede costar menos de $400 dlares para el 2015. Para
2020 se espera que su costo sea mucho menor a $100
dlares propiciando entonces la creacin de nichos de
mercado alternativos a los test genmicos.

Cuadro 7.2
Tamao del mercado de la Bioinformtica en 1998 con proyecciones para 2002
Segmento del Mercado

Tamao (1998) Tamao (2002)

Mercado Empresarial de E-Negocios

Recoleccin de Datos y Alianzas de Anlisis Farmacogenmicas
Recoleccin de Datos y Alianzas de Anlisis de Biochip
Mercado Empresarial de Informacin Biomdica

$800 millones $100 billones

$1.0 billones
$3.5 billones
$500 millones $4.0 billones
$300 millones $1.0 billones

Fuente: Nature Biotechnology N 18, 2000.

Grfico 7.3

Grfico 7.4

Proyeccin de atencin de los segmentos

de mercado de la Bioinformtica en 2002

Costo total de la secuenciacin de un

genoma humano con proyeccin hacia 2015
(Costo Individual del Sequenciamiento Genmico, $)

36%
21%
2%
6%

12%
11%

Others
Enviromental
Chemicals

7%

Diagnostics
Biologicals

5%

10bn
1bn
100mn
10mn
1mn
100,000
10,000
1,000
100
10
1

$1bn, Sanger(HGP Consortium)

$300mn, Sanger(Selera)
$1mn, 454(Watson)
$0.05mn, Illumina GA
$0.01mn, HI-SEQ 2000

Costo Estimado en el 2015

1990

1995

2000

2005

2010

2015

Fuente: Bioinformatics Market Outlook to 2015. Rncos, 2012

Fuente: Nature Biotechnology N 18, 2000.

245

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Con respecto a la produccin de servicios en test genticos

existen unas 30 compaas (a nivel mundial) que ofrecen
este tipo de servicio (con distinto valor agregado) en
Europa y EEUU. Algunas de estas empresas marcan
un liderazgo mundial (ver Figura 7.5) como 23andMe
de Google (EEUU) y deCODEme de origen finlands.
Varios mercados pueden estar regulados por organismos
como FDA y EMEA como procedimientos similares a las
drogas. Canad y Sudamrica pueden ser mercados poco
explorados y potencialmente mostrar ventanas de mercado
interesantes. Por otra parte, en Asia han surgido algunas
compaas bioinformticas (spin- off) y/o divisiones
procedentes de trasnacionales como Samsung Electronics.

en aquel momento los 100 millones de dlares-. Por otra

parte, el mercado global de la bioinformtica se estima en
9.5 billones de dlares para el 2015 (ver Grafico 7.5), pero
desde hace ms de 5 aos atrs su mercado global ha estado
en constante crecimiento y diversificando en divisiones
especializadas, lo cual abre oportunidades para empresas
que brindan productos o servicios con valor sumado en
biologa computacional. Esto significa que de acuerdo
a las proyecciones de un artculo que hace referencia al
mercado de la bioinformtica a principios del 2000- Nature
Biotechnology (ver Cuadro 7.1 y 7.3) y los recientes
estudios de mercado de Rncos 2012, el mercado de la
Bioinformtica ha crecido en aproximadamente ms de
400 billones de dlares en 10 aos (2002-2012), con una
proyeccin de casi 10 billones de dlares para 2015.

Figura 7.5
Competidores lderes en test genmicos
en EEUU y Europa

Grfico 7.5
Mercado Global de la Bioinformtica
(Billions US$), 2010- 2015

3,1

2010

Fuente: Elaboracin propia. Prosic, 2013.

La compaa koreana Samsung Bioinformatics (Divisin

de servicios en Bioinformtica), no comercializa
directamente test genmicos pero brinda servicios de
secuenciacin y deteccin de SNPs y CNVs. Por tanto,
iniciativas costarricenses puede proporcionar iniciativas
de formateo de datos en servicios agregados para sectores
como la telefona mvil. Samsung fund su divisin de
bioinformtica apenas a finales del 2011. Su inversin rond
246

2011

3,8

2012

4,9

2013

6,1

2014

7,5

9,5

2015

Fuente: United Health Center for Health Reform & Modernization,

2012. Rncos, 2012

Se proyecta que el mercado de los test genticos en general

se proyecta hacia los $15 billones- $25 billones de dlares
para el 2021 (ver Grfico 7.6). Aqu entran mucho tipos de
pruebas biomdicas y escenarios distintos, pero proporciona
una idea del mercado potencial en las pruebas genmicas
de SNPs (determinacin de variantes polimrficas) para
modelos de predisposicin en enfermedades basadas en
anlisis de exomas de cada cliente.

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Grfico 7.6
Crecimiento para el gasto general en
pruebas de diagnstico molecular y genticas, 2010 - 2021
$30

Baja

Millones de Dlares

$25

Mediana

Alta

$20
$15
$10
$5
$0
2010

2011

2012

2012

2014

2015

2016

2017

2018

2019

2020

2021

Fuente: Bioinformatics Market Outlook to 2015. United Health Center for Health Reform & Modernization, 2012. Rncos, 2012

7.6.2 Ventajas competitivas en Costa Rica

y Biotecnologa; y que representa localmente un gran

impulso en la disciplina cientfica. Por tanto, el pas
Conocimiento especializado y alta creatividad
puede disponer de sus primeros profesionales en
bioinformtica requeridos por el mercado local
Costa Rica, se perfila como uno de los lderes de posiblemente antes del 2015.
desarrollo de tecnologas de informacin en Amrica
Latina. El xito es debido principalmente a la calidad de Innovacin Tecnolgica
mano de obra existente en nuestro medio (ingenieras e
informtica). As mismo, es conocida su alta capacidad La innovacin (I+D) es un concepto determinante
para la innovacin y creatividad. Este conocimiento en el desarrollo un producto/servicio, pues los
tecnolgico acompaado de alta creatividad puede generar derechos y registros intelectuales sobre los productos
productos muy innovadores en diferentes campos. As, lo bioinformticos reciben al menos una proteccin
demuestran hoy en da muchas compaas costarricenses suficiente para surgir comercialmente. La cultura de
y/o de capital extranjero de software y electrnica que han las patentes debe ser un mecanismo fundamental para
creado aplicaciones nicas (caso del Centro de Desarrollo mejorar y proteger el desarrollo tecnolgico nacional, y
de Ingeniera de INTEL-CR) a nivel mundial. Por otra para ayudar a los innovadores a conseguir el suficiente
parte, en trminos de formacin del recurso humano, el capital para convertir estratgicamente sus ideas en
proyecto educativo de Bioinformtica de la Universidad productos exitosos.
de Costa Rica integra una visin de conocimiento en
mltiples reas cientficas y tecnolgicas, proveniente Costa Rica puede establecer perfectamente una industria
de las necesidades propias de la Biologa, Medicina integrada del bio-conocimiento por medio de la
bioinformtica y competir diferencialmente con sus
247

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

productos y servicios en los mercados internacionales.

Y en torno a la generacin especfica de un producto
bioinformtico similar por parte de la competencia,
no debe ser preocupacin si se disea un producto
altamente diferenciado e innovador (como el caso
de test genmicos), bajo en nivel de costos, con alta
calidad, proteccin intelectual, y con un plan estratgico
adecuado de comercializacin y distribucin. Este efecto
permite entonces la evolucin y crecimiento sobre la
diversificacin de empresas bioinformticas que tengan
un perfil sostenible en torno al medio local e internacional.

Barreras de entrada
Las barreras de entrada son de perfil bajo en campos
emergentes como la bioinformtica. La legislacin
informtica es protectora en los desarrollos creados
por empresas tecnolgicas. El retraso inercial para que
otras empresas sean alertadas para competir mediante un
producto/servicio, es una oportunidad para desarrollar
un producto innovador similar para mejorar un servicio;
proporcionando al emprendedor bioinformtico recursos
y tiempo suficientes para enfrentar la competencia dentro
de un contexto legal.

utilizacin de bioinformtica por ejemplo en compaas

petroleras. Actualmente, las empresas petroleras
requieren servicios en bioinformtica para el control
ambiental de derrames mediante organismo centinela.
En ecosistemas naturales y sobre la instalacin cercana
de plantas de procesamiento del petrleo, como el
caso de estudio del proyecto del Chelon Labrosus de
la Universidad del Pas Vasco en Espaa (ver Figura
7.6). Este estudio corresponde a un proyecto piloto en
toxicogenmica ambiental para la monitorizacin de
los niveles de contaminacin en la costa vasca mediante
muestreo activo del transcriptoma del muble (anguila) y
chelon (pez) mediante estudios de perfiles de expresin
gnica mediante microarrays o microchips de ADN.
Estos organismos son lo suficientemente sensibles para
mostrar un comportamiento errtico en su expresin
gnica mediante contaminadores qumicos en su medio
ambiente.

Figura 7.6
Proyecto bioinformtico mediante expresin
de bio-indicadores ambientales
(Universidad del Pas Vasco, Espaa)

En Costa Rica, la mayora de empresas desarrollan

aplicaciones dirigidas principalmente al e-Commerce,
e-Publicidad, nube, comunicaciones y redes, y financiero/
contable. Con excepcin encontramos empresas que
desarrollan TI que marquen la diferencia en campos
de la biologa y medicina aplicada (fuera del desarrollo
de sistemas) y que dirijan esfuerzos para competir
en el mbito mundial. Otros sectores ni siquiera son
considerados por su pequeo segmento de mercado y
la problemtica bio-legal envuelta (Clonacin o trabajo
en clulas madre). La respuesta probablemente sea
simple: no representan mercados masivos a sus intereses
y fundamentalmente no conocen sobre sus modelos de
negocios, ni tienen recurso humano con conocimiento
especializado y experiencia suficientemente comprobada
a nivel internacional. Un segmento similar es el
referente a la contaminacin ambiental y su control
mediante la bioinformtica. A nivel internacional se
observan casos atpicos pero muy futuristas sobre la Fuente: Elaboracin propia. Prosic, 2013.

248

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

7.6.3 Anlisis Foda de la Bioinformtica

Nacional
Fortalezas y beneficios de la Bioinformtica
Costa Rica cuenta con divesas fortalezas y beneficios
para el desarrollo adecuado de la bionformtica. Entre
sus mejores fortalezas: Posee excelentes condiciones
acadmicas e investigativas para su consolidacin. Dispone
de una muy buena posicin geogrfica respecto al
mercado de los EEUU, siendo sta una ventana
importante para proporcionar produtos y servicios
bioinformticos de manufactura costarricense. Tiene
mano de obra de muy alta calidad en informtica,
biologa y medicina y muy pronto con profesionales en
bioinformtica.
La creatividad, innovacin e ingenio del costarricense
forman parte de los beneficios de la Bioinformtica,
as como: -Facilidad para crear alianzas estratgicas y
servicios asociados con centros, institutos y laboratorios
de calibre mundial. -Ventajosas condiciones para buscar
una apropiada proteccin intelectual en sus desarrollos
mediante esquemas legales y patentes adecuadas en
bio-informtica. Valiosa organizacin cooperativa
entre las empresas de tecnologas de informacin y
comunicacin nacionales, etc. -Creciente inters de
investigacin en los problemas clnicos y mtodos de
diagnstico ms precisos y de avanzada para efectos
de aplicacin en regmenes teraputicos. -Adecuadas
opciones de inversin y capital de riesgo. -Liderazgo
y conveniente posicin de indicadores de tecnologa
asociados al desarrollo de aplicaciones informticas
en Amrica Latina, dando una ventaja estratgica
de penetracin hacia los mercados emergentes y de
constante crecimiento. -Creciente necesidad para el
desarrollo de servicios y tecnologa digitales asociadas
en las reas Omics y Biotecnologa. -Un mercado
de la bioinformtica creciendo, especialmente
cuando secuenciar un genoma humano actualmente
cuesta aproximdamente $1000 dlares y su costo
probablemente bajar a menos de 50 dlares hacia
2025. Buen catlogo de opciones para el desarrollo
de herramientas para el mapeo y control Omics
de enfermedades, con ayuda combinada de la
bioinformtica, biomatemtica y bio- estadstica, etc.

Dentro de este contexto, en forma de resumen, a

continuacin se ha confeccionado una citacin puntual
dentro de un esquema clsico FODA por cada rea
estratgica asociada: Fortaleza, Debilidad, Amenaza
y Oportunidad.
Fortalezas
Mano de obra de alta calidad y bajo costo en
electrnica, informtica, biologa y medicina.
Alta sensibilidad de inters en torno al tema de la
Bioinformtica (una de las reas de apoyo estratgica
del Ministerio de Ciencia y Tecnologa en 2013 y en
la misma iniciativa del Siglo XXI de la Academia
Nacional de Ciencias de Costa Rica).
Ventaja comparativa de orden geogrfico hacia
grandes mercados y entornos de gran desarrollo en
Bioinformtica como EEUU.
Prestigio del pas en aplicaciones informticas de
orden mundial.
Maestra en Bioinformtica para suplir recurso
humano a nivel nacional.
Clster HPC (High Perfomance Computing) para
soporte de actividades cientficas y empresariales
nacionales.
Creatividad e ingenio en modificaciones a equipos y
sistemas en biocomputacin.
Facilidades para crear alianzas estratgicas y
servicios asociados con laboratorios de enseanza e
investigacin bioinformtica internacional.
Fuente de gran biodiversidad a nivel mundial para
desarrollos integrales a travs de la bioinformtica
(servicios de procesamiento de datos en bioprospeccin para empresas farmacuticas).
Coordina la Red Centroamericana de Bioinformtica y
es el nico nodo centroamericano de la Red Mundial
de Bioinformtica (Embnet). As mismo cofundador
de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformticay
representante del nodo GEF (Global Environmental
Facility) sobre informtica para la biodiversidad.
Liderazgo de Costa Rica en la regin en desarrollo
de aplicaciones e-Sciences en informtica y redes
cientficas iberoamericanas (Red Clara) lo cual es una
ventaja estratgica en investigaciones emergentes.
Gran impulso nacional en tecnologas asociadas
como la Nanotecnologa en el TEC y Lanotec
(Laboratorio Nacional de Nanotecnologa).
249

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Debilidades
Baja oferta y posible aumento de la demanda del
recurso humano en bioinformtica.
Mercado local en Bioinformtica muy reducido.
Polticas econmicas cambiantes para empresas de
importacin/exportacin.
Inflacin y tasas de inters desfavorables para el
crecimiento y expansin de empresas de origen
bioinformtico.
Falta de inversin y capital de riesgo especialmente
asociado a la medicina molecular y biotecnologa.
Poco conocimiento profesional en Bioinformtica
por parte de la mayora de los cientficos que
trabajan en biologa molecular, agricultura y
gentica.
No existe la secuenciacin de alto nivel (NGS).
No existen Biobancos de ADN en red.
Amenazas
Eliminacin de los recursos naturales y
contaminacin ambiental de nuestro medio.
Cultura muy dbil en la proteccin intelectual
sobre los resultados de nuestras investigaciones
(desarrollo de patentes).
Regulacin legal de pruebas genticas (Comisin
de salud de UK) del Gobierno ingls y por FDA
de EEUU.
Oportunidades
Creciente modificacin gentica de organismos
contaminantes y transmisores de enfermedades en
los cuales su deteccin temprana es un problema
a resolver.
Creciente inters sobre la investigacin en los
problemas clnicos y mtodos de diagnstico de
mayor precisin para evitar fallas en la aplicacin
de regmenes teraputicos.
Variaciones en tcnicas de expresin para anlisis
de organismos y contaminantes presentes en
fluidos naturales y biolgicos.

250

Sensibilidad y facilidades en el trabajo

multidisciplinario en bioingeniera, nanoinformtica de partculas, gentica y bioinformtica.
Creciente inters en el desarrollo de aplicaciones
en bioinformtica en todas las areas genmicas.
Mercado centroamericano en crecimiento en torno
al tema de las biociencias moleculares y empleo
de equipo analtico (PCRs, AFM, etc.).
Potencial para la creacin de organismos sintticos
con biologa computacional para la produccin
de bio-disel y etanol. Por ejemplo, a partir del
procesamiento del suero de la leche (Ganadera de
leche).

7.6.4 Aplicaciones de la Bioinformtica

y gua de proyectos

Los proyectos en bioinformtica existen debido a las

necesidades existentes desde la comunidad cientfica
investigadora. A travs de la experiencia de institutos y
centros de investigacin bioinformticos con relacin a la
atencin de servicios en proyectos micos (Genmicos,
Protemicos, Transcriptmicos, Metagenmicos,
etc.); es extrable un comportamiento y tendencia
requerida sobre tipos de necesidades especficas en
bioinformtica. Por ejemplo, durante el 2010 (ver
Grfico 7.7), el Instituto Nacional de Bioinformtica
(INB) de Espaa dirigi esfuerzos (medido en
dedicacin en horas laborales) a distintos tipos de
proyectos, Aquagenomics (Desarrollo de herramientas
bioinformticas en acuicultura), Espsol (Proyecto
internacional del genoma del tomate), Imid-Kit
(Desarrollo de kit bioinformtico para enfermedades
inflamatorias), Oleagen (Desarrollo de bases de datos
y herramientas de gestin en el genoma del Olivo en
Espaa), Encode (Proyecto mundial para estudiar la
parte no codificante del genoma humano), etc. Muchos
de esos proyectos estaban relacionados directamente
con los sectores empresariales y productivos asociados
como fueron el proyecto del Genoma del tomate,
acucola y olivo en Espaa.
En Costa Rica, los proyectos bioinformticos deben
tener fortalezas estratgicas en funcin del medio,
oportunidades y a los entregables diferenciados mediante
uso de tecnologas informacin y comunicacin. Por

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Grfico 7.7
Tipos de servicios ms empleados
(medido por horas dedicadas)por el INB
de Espaa a travs de sus proyectos asociados
en Bioinformtica durante 2010

Beneficios y ejemplos del uso aplicado de la

bioinformtica en Costa Rica
Una de las grandes preguntas sobre la bioinformtica
empresarial: Realmente es rentable en el caso de
proyectos comerciales y servicios sociales? Para
responder a esta cuestin, podemos citar algunos casos
concretos que dan respuesta clara.
Se puede asegurar que es bastante rentable el ahorro
econmico en los sistemas de salud para dirigir frmacos
apropiados y en dosis controladas de acuerdo a perfiles de
expresin gnica de enfermedades utilizando tecnologa
de punta (p.e casos en cncer), as como el empleo
de Sistemas Informacin Bioinformticos asociados
con informacin clnica y Biobancos de ADN para el
diagnstico, prevencin y mejoramiento en los tratamientos
en la futura medicina personalizada. Tambin el auge
de aplicaciones en la biodiversidad para desarrollos en
bioinformtica integral y traslacional (de amplio inters
para las industrias farmacuticas y biotecnolgicas).

Fuente: Informe de actividades cientficas del INB 2010.

ejemplo, sera fundamental hacer estudios genmicos

mediante tecnologas bioinformticas en caf, pia,
banano y palma aceitera con el propsito de mejorar las
propiedades agronmicas (genotpicas-fenotpicas) de
cultivos nacionales. Estas acciones pueden representar
mejoramientos y variaciones de producto con respecto
al valor agregado con el fin de competir en los mercados
internacionales. Por otra parte, una de las acciones ms
importantes en el trabajo de un proyecto bioinformtico es
saber que hacer y de que forma hacerlo de acuerdo a los
recursos disponibles (humanos y econmicos).
Aprovechando esta citacin de proyectos aplicados,
a continuacin se detallan algunos ejemplos de
acciones tpicas en las tareas clsicas de un proyecto
bioinformtico, las cuales pueden ser utilizados de forma
genrica a distintos organimos como virus, bacterias,
plantas y animales o cualquier forma viviente que tenga
material genetico (ADN) funcional. Esta descripcin
permitir disponer de una gua de referencia importante
para el desarrollo de algunos proyectos bioinformticos
nacionales, la cual se describen en el Recuadro 7.3

Otros beneficios son: -incremento de sistemas

bioinformticos en organismos centinelas (asociados a
biomarcadores) y relacionados con la contaminacin
ambiental (sello verde e inteligente del pas), servicios
de mucha demanda internacional y requeridos en
otros pases para el control y toxicologa de ambientes
ecosistemas protejidos. -Progreso de Biologa de Sistemas
y Bioestabilizadores ambientales con aplicacin y amplio
inters en las industrias biomdicas. -Anlisis de expresin
gnica y bases de datos en respuesta reactiva de las plantas
por acciones de virus, bacterias y otras enfermedades,
siendo un rea de atencin e instrumento de alta necesidad
del sector agro-industrial para competir con las exigencias
y controles fitosanitarios en los mercados internacionales.
-Tecnologa bioinformtica para el mejoramiento de
calidad y caractersticas de diversos cultivares con el
fin de proporcionar productos con ventanas de mercado
especfcas. -MetaGenmica y Bioinformtica para
estudios y mejoramiento de las especies marinas y
mdulos de alto valor agregado para la industria acucola.
-Desarrollo de sistemas expertos bioinformticos para
la toma de decisiones y automatizacin de estudios
epidemiolgicos (GWAS con tecnologas bioinformticas).
-Anlisis y estudio de las reacciones adversas causadas
por alrgenos y frmacos con apoyo de web services
251

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Cuadro 7.3
Gua de referencia para el desarrollo de tareas bioinformticas comunes en proyectos genmicos
Proyecto

Descripcin

Bioinformtica y Genmica

Ensamblaje y anotacin de genomas bacteriales. Desarrollo de tareas

de ensamblaje de contigs y anotacin genmica. Caracterizacin y
estudio de redes de interaccin molecular. Desarrollo de servicios web
y workflows para buscar y agrupar genes.Anlisis transcripcionales
de genes. Reconstruccin de RNA-seq empleando tecnologas NGS.
Anlisis de mapas chip on chip.

Bioinformtica y Protemica

Desarrollo de sistemas bioinformticos para la representacin

de mapas de metilacin. Anotaciones genmicas mediante DAS
(Distributed Annotation System). Desarrollo de bases de datos
(lenguaje de formato XML) para servidores de prediccin/valoracin.
Bsqueda de genes de riesgo en distintos tipos de cncer.Anlisis de
asociacin mediante marcadores SNPs.

Bioinformtica y Genmica Funcional

Priorizacin de genes candidato mediante genotipados en alta escala.

Anlisis de expresin gnica (microarrays) en respuesta a infecciones
por virus en plantas. Anlisis de expresin gnica (microarrays) en
respuesta a infecciones por virus en humanos.Anlisis y anotacin
funcional de ESTs. Diseo de procesos de anotacin automtica en
genmica funcional.

Modelacin molecular y Estructuras de Protenas

Construccin de libreras en dinmica molecular. Construccin de

workflows en tareas asociadas a dinmica molecular. Desarrollo
de servicios web para el procesamiento de clculos y visualizacin
de propiedades fsicas del ADN. Mtodos para la determinacin de
contribuciones fraccionales en la solvatacin de protenas. Anlisis
del comportamiento dinmico en las protenas. Modelos moleculares
para el estudio evolutivo en los genomas. Estudios de homlogos y
splicing alternativo a nivel de protenas.

Bioinformtica Integral

Desarrollo de bases de datos biolgicas (Plantas, Virus, Bacterias,

Humanos): Integracin de datos cualitativos y cuantitativos
morfolgicos con datos moleculares y genticos (p.e filogenia).
Desarrollo de herramientas genmicas para anlisis de calidad en
frutas (organolpticas) para la asociacin de valores de inters en la
produccin. Desarrollo de tcnicas de deteccin material y viral con
equipos AFM en isoformas con soporte genmico.

Bioinformtica Computacional

Anlisis metagenmicos en ecosistemas y biodiversidad. Workflows

y pipelines para la identificacin y prediccin de genes por
homologa. Tareas de Supercomputacin de alto rendimiento y
Biologa computacional (HPC y Supercomputadoras).

Genmica y Protemica Visual

Programacin y procesamiento digital de imgenes moleculares.

Bioinformtica y Genmica Poblacional

Asociacin del genoma completo mediante microarrays de SNPs.

Regiones no codificantes e importancia biomdica. Dinmica y
recombinacin en el genoma humano. Ligamen de variantes genticas
y enfermedades neurodegenerativas. Estudios de GWAS (Genome
Wide Association Study) y asociacin de rasgos fenotpicos. Resecuenciacin y meta-genmica bacterial y viral (piel y tracto
intestinal).

Biologa de Sistemas y Sinttica

Produccin de biodiesel y etanol mediante fermentacin de material

orgnico. Diseo computacional sinttico para las bacterias del
proceso (vectores clonales).

Fuente: Elaboracin propia. Prosic, 2012.

252

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

en bioinformtica, para promover la complementariedad

de actuaciones y dirigir una identificacin de los factores
determinantes para evaluar las intervenciones de polticas
pblicas o de prcticas sobre la prevencin, solucin
y seguridad de los problemas asociados. -Surgimiento
de nuevos servicios convergentes en el sector de la
nanobiotecnologa y Bioinformtica biomtrica en
la agroindustrial nacional. -Nuevas aplicaciones en la
ingeniera de bioprocesos en la industria de los subproductos industriales (caa, pina, caf, banano, naranja,
etc.). -Mejoramiento y registro genmico de productos no
tradicionales (helechos, caa india y flores). -Control de la
seguridad en transgnesis de los alimentos de importancia
nacional (maz, trigo, frijoles y arroz).

Secuenciacin de amplicones (pieza de ADN o RNA).

Sus capacidades estn entre 600-800 nucletidos (pb) con
tiempos de procesos entre 1:00-1:30 horas hasta 4000 pb
(pares de bases) en 2 horas para los equipos ms rpidos.

Un proceso de secuenciacin de un genoma humano o

de cualquier otro organismo de similar complejidad
con la tecnologa local disponible sera prcticamente
impensable (ni siquiera sumando la capacidad global en
red). La tecnologa de los secuenciadores que existen en el
pas con mucha dificultad pueden secuenciar un genoma
bacterial de un tamao aproximado a los 5 MB. Esto
definitivamente debe cambiar si requerimos adentrarnos
a nivel nacional en la revolucin de las ciencias micas
modernas. Por ejemplo, el Instituto de Genmica de
China (BGI)- Instituto lder mundial en secuenciacin- en
7.7 ACCIONES CLAVE PARA
2010 adquiri 167 equipos NGS capaces de secuenciar
DESARROLLAR LA
2000 genomas completos por da. Solamente un equipo
BIOINFORMTICA EN COSTA RICA
HiSeq 2500 de Illumina (compaia norteamerica lder
en construccin de secuenciadores NGS con un 60%
del mercado mundial) puede secuenciar el genoma
7.7.1 Secuenciacin genmica (NGS) en
humano en menos de 24 horas (el genoma humano
Costa Rica
tiene aproximadamente unos 3 GB de pb). Por tanto, un
Una de las grandes limitaciones en Costa Rica es que no genoma humano puede almacenarse satisfactoriamente
existen a la fecha, secuenciadores genmicos de nueva en cualquier pen drive (conocida popularmente con
generacin (NGS) ni equipos de procesamiento en diseo el nombre de llave maya en Costa Rica) convencional
de microarrays. Una gran limitacin, si se sabe que una entre 4 y 8 GB de capacidad.
buena parte del trabajo de la bioinformtica moderna
se apoya radicalmente en los datos e informacin que Adems, el asunto no es exclusivo de Costa Rica. De
entregan este tipo de equipos analticos especializados. acuerdo al World Map of High-throughput Sequencer:
La secuenciacin NGS arroja tambien ms precisin 2013 (http://Omicsmaps.com/) NGS del Cancer
en la lectura del ADN. Estos equipos varan en precio Research de UK a enero 2013 (ver Figura 7.7), en la
desde los 100,000 dlares hasta los 400,000 mil dlares zona centroamericana y caribe no hay secuenciadores
NGS en funcionamiento (los puntos en el mapa
dependiendo del fabricante.
significan el nmero de secuenciadores con distinto
Los tipos de equipos de secuenciacion que hay en Costa fabricante abarcando superficie terrestre) activos. Esta
Rica solamente pueden secuenciar organismos como virus, situacin explica la falta de participacin de los pases
bacterias y trazas genticas humanas de longitud corta, de la regin centroamericana y caribe en proyectos
agregando tiempos prolongados de cada corrida y altos de secuenciacin masiva (local e internacional) y
costos en empleo de reactivos capilares por toda la carrera por consiguiente la falta de desarrollos tcnicos
de secuenciacin. El 87 % de los equipos se encuentran bioinformticos asociados al procesamiento de datos
en uso frecuente dentro del sector pblico y el 13% en e informacin a procedentes de tecnologa Highlas empresas privadas. Se emplea fundamentalmente para Throughput en NGS. Esto es fundamental si se entiende
secuenciacin y anlisis de fragmentos de ADN (genmico que la mayora de los procesamientos de datos estn
y mitocondrial), Anlisis de marcadores moleculares: asociados a tecnologas avanzadas de secuenciacin y
SNPs, AFLP y SSR, Genotipado convencional (virus expresin genmica. Por ejemplo, Mxico dispone ya
HIV), Consanguinidad, Identificacin osea y crimenes, de 6 secuenciadores NGS a la fecha.
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Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

Figura 7.7
Distribucin de secuenciadores NGS en Centroamrica, Caribe y EEUU

Fuente: World Map of High-throughput Sequencer (http://Omicsmaps.com/)

7.8 CONSIDERACIONES FINALES

Los resultados del presente estudio demuestran que
la Bioinformtica en Costa Rica ha incursionado de
una forma determinante. Las acciones inmediatas han
estado centralizadas en la formacin y en la creacin
de una infraestructura bio-computacional al servicio
nacional. Los primeros profesionales bioinformticos
a nivel nacional se esperan graduados antes del 2015.
Para gravitar en rdenes universales con investigacin
de calidad en Bioinformtica, debe ser necesario
la integracin y colaboracin de diversos actores
profesionales. Debemos recordar que la Bioinformtica
al ser un rea multidisciplinaria, deber contar con las
contribuciones estratgicas de otras areas cientficas
como la Agronoma, Biologa, Biotecnologa, Medicina,
Veterinaria, Estadstica, Matemticas, Fsica, Qumica e
Ingeniera.
254

El crecimiento avanzado de la Bioinformtica, traer

al mundo un patrn tecnolgico y econmico ni
siquiera imaginado en nuestra sociedad informatizada,
desarrollando un universo de oportunidades para los
empresarios del futuro. As mismo, si hablamos de
factores diferenciales, en nuestro pas, tenemos una gran
ventaja comparativa frente a otras naciones: su propia
biodiversidad, fuente nica de innumerable variedad
molecular, misma presta a replicacin, aplicacin y
creacin registral de patentes de gran valor monetario en
los procesos de bioprospeccin. Una de las conclusiones
tcnicas del estudio es que existen las condiciones
nacionales para desarrollar los elementos necesarios para
armar e impulsar los clusters estratgicos requeridos de
gran apoyo de la Bioinformtica moderna y crear nuevas
relaciones conceptuales tipo: feedback entre todas la
disciplinas conocidas de las Ciencias de la Vida y las
Tecnologas de la Informacin y Comunicacin (TIC),

Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

con el propsito de establecer un nuevo modelo de capacitado que graduar la Universidad de Costa Rica
conocimiento empresarial en beneficio del crecimiento en Bioinformtica, posiblemente antes del 2015.
econmico nacional.
En trminos polticos, el proyecto de ley de investigaciones
De acuerdo a la presente investigacin de Prosic, la cientficas en seres humanos (expediente N 17.777) que
Bioinformtica es una ciencia que est en un periodo de actualmente est pendiente de votacin en la Asamblea
gestacin y con grandes oportunidades y proyecciones Legislativa (a la fecha: 17 de Febrero 2013) es recomendable
hacia el futuro en el pas. Por ejemplo, la oportunidad de enmendarlo (y/o proponer un distinto proyecto de ley
dar un gran salto cientfico en la secuenciacin de nueva relacionado con proteccin de datos genmicos y su
generacin (NGS) para desarrollar servicios bioinformticos empleo) para definir claramente la terminologa relacionada
de alto nivel. Esto representa una ventana de oportunidad en ciencias micas (genoma, proteoma, metaboloma, etc)
para impulsar proyectos de investigacin nacional en y tecnologa bioinformtica, procedimientos, mtodos
las ciencias micas. Una consideracin puede estar en en biologa computacional, proteccin, y sus posibles
la tendencia a la baja del precio de la secuenciacin del alcances en terminos distintos de datos personales
genoma humano. Aspecto que favorecer la medicina y sensibles. Claramente una de las enmiendas est
molecular para el diagnstico, pronstico y tratamiento relacionada con el procesamiento y seguridad de datos
de enfermedades de origen gentico. Esto conllevar genmicos y tecnologa bioinformtica vinculada
estudios de implementacin y rentabilidad para comparar para desarrollar un marco apropiado de proteccin en
resultados clnicos y costo de inversin en relacin a los derecho genmico de los datos gestionados a nivel
procesos tradicionales en salud.
investigativo y clnico. El proyecto si es aprobado de
una forma correcta, traer una legislacin clara en salud,
Una formacin adecuada en Bioinformtica, equipos justicia y un adecuado modelo cientfico-tecnolgico
de alta tecnologa de secuenciacin y perifricos, y para tambin impulsar la bioinformtica traslacional a
una identificacin adecuada de las oportunidades y nivel nacional en genmica humana experimental sin
necesidades locales del mercado en Biotecnologa. necesidad de posteriores modificaciones iniciales y/o
Esto s es acompaado de un buen esquema de posteriores correcciones en la propuesta original.
financiamiento y estimulo innovador, puede proponer
los primeros cimientos para el desarrollo de pequeas El reto futuro es colocar la ltima pieza angular,
empresas de servicios out sourcing en el pas. Por proveniente de la estimulacin, inversin y creacin de
ejemplo, la Universidad de Costa Rica a travs de la empresas bioinformticas costarricenses con ayuda de
Vicerrectora de Investigacin aprob la creacin de la inversionistas nacionales e internacionales, entidades
iniciativa AUGE (Aceleradora Universitaria de Gestin de gobierno, representantes de la industria digital
del Emprendimiento). Su principal propsito es la local como la Cmara de Tecnologas de Informacin
incubacin de empresas procedentes de iniciativas de y Comunicacin (Camtic) y dems, todo con el fin
estudiantes, graduados y profesores de la universidad. de poder brindar oportunidades de trabajo a futuros
A partir de esta marco, varios profesores procedentes bioinformticos y profesionales asociados en Costa
de Medicina, Economa y Computacin junto con Rica y en general para mejorar la ciencia, industria y
empresarios del grupo Tecapro fundaron Indromics tecnologa nacional. Adems, una gran oportunidad se
Bioinformatics (www.indromics.com), una empresa presenta si logramos integrar esfuerzos conjuntos para el
spin-off de servicios y formacin en Bioinformtica. desarrollo de reas prometedoras como la bioinformtica
Su modelo de negocios est alrededor de los servicios y traslacional clnica, nanobiotecnologa mdica y
formacin en Bioinformtica y es la primera empresa de nanoinformtica molecular en combinacin con reas
esta naturaleza en toda la regin centroamericana. Este como la biologa molecular de sistemas y biologa
es un claro ejemplo de la coordinacin entre academia, molecular sinttica con soporte de la informtica e
empresa y gobierno para crear empresas de alta ingeniera biomdica. El accionar de este proceso puede
tecnologa desde el sector acadmico y as dinamizar la conllevar tambin a comprender mejor a en trminos
creacin de empleo dirigido al mismo recurso humano de costo, las enfermedades complejas en el sistema
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Hacia la Sociedad de la Informacin y el Conocimiento, 2012

hospitalario costarricense a travs del empleo de altas

tecnologas convergentes. Finalmente, falta mucho por
hacer, y todo depender de la voluntad y esfuerzos de
todos los actores y participantes colectivos que integren
su espritu colaborador hacia el logro absoluto de este
gran reto. Es importante concentrar energas desde
ahora y de una forma positiva para lograr el desarrollo

cientfico y tecnolgico requierido en nuestro pas. Se

espera que los resultados del estudio, contribuyan con un
grano de arena al fortalecimiento de la Bioinformtica
en Costa Rica en la nueva era post- genmica de
nuestra contempornea Sociedad de la Informacin y
el Conocimiento.

Allan Orozco Solano

Ingeniero en Bioinformtica. Director del proyecto de Bionformtica (BREL). Escuela de Medicina- UCR.
Director de Red Centroamericana de Bioinformtica. Director de Indromics Bioinformatics/Grupo Empresarial
Tecapro.
allanorozco@gmail.com

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