Gentica

Factores de
estabilidad del ADN.
Experimentos

Factores de estabilidad del ADN

El polimorfismo estructural del DNA de doble hebra depende de la composicin en
bases y de las condiciones fsicas. La estructura local del DNA es suficientemente
flexible para permitir cambios de conformacin que maximicen el apilamiento y a la
vez minimicen las interacciones estricas desfavorables. La variedad de formas y
propiedades electrnicas en las bases provoca cambios de apilamiento dependientes
de secuencia. Las interacciones estricas repulsivas entre dos bases o entre las bases y
los azucares de la cadena principal tambin pueden producir cambios en la geometra
de los pares de bases que originen cambios de conformacin. Las diferentes
conformaciones del DNA pueden agruparse en tres familias: DNA A, DNA B y DNA Z.
La conformacin predominante del DNA in vivo es la B. esta conformacin, a diferencia
de las formas A y Z, es muy flexible.
El ADN-B
Es una estructura estable gracias a los enlaces de hidrgeno que se forman en los
pares de bases: contribuyen a la estabilidad termodinmica de la doble hlice.
El apilamiento de las bases nitrogenadas: stas exhiben la tendencia a apilarse unas
sobre otras con una orientacin ms o menos perpendicular al eje de la hlice, de
forma que las interacciones de nubes electrnicas de los orbitales entre las bases
apiladas contribuye a la estabilidad de la doble hlice. La hidratacin de los grupos
polares del esqueleto azcar-fosfato con el entorno acuoso.
ADN-Z
La forma Z es una forma de doble hlice levgira (con giro hacia la izquierda) con una
conformacin del esqueleto en zig-zag (menos lisa que la forma ADN-B). La
conformacin Z est favorecida por un elevado contenido en G-C. La metilacin de
citosinas, y molculas que pueden encontrase presentes in vivo como la espermina y
espermidina pueden estabilizar la conformacin Z. Las secuencias de ADN pueden
pasar de la forma B hacia la forma Z y viceversa: el ADN-Z es una forma transitoria in
vivo.
La formacin de ADN-Z se produce durante la transcripcin de genes, en los puntos de
inicio de la transcripcin cerca de los promotores de genes que se transcriben de
manera activa. Durante la transcripcin, el movimiento de la ARN polimerasa induce
una superhelicoidizacin negativa en la parte anterior o corriente arriba y una
superhelicoidizacin en la parte posterior o corriente debajo de la transcripcin. La
superhelicoidizacin negativa corriente arriba favorece la formacin de ADN-Z; una
funcin posible del ADN-Z podra ser absorber esta superhelicoidizacin negativa. Al

final de la transcripcin, la topoisomerasa relaja la estructura del ADN volviendo a la

conformacin B.
Ciertas protenas se unen al ADN-Z, particularmente la adenosina desaminasa de ARN
de doble cadena (ADAR1), una enzima de edicin de ARN; esta enzima transforma de
adenina en inopina en el pre-ARNm. Posteriormente, los ribosomas interpretarn la
inosina como guanina, por lo que la protena codificada por esta modificacin
epigentica ser distinta.
ADN cruciforme y ADN horquilla
Las estructuras de Holliday (formadas durante la recombinacin) son estructuras
cruciformes. Las repeticiones (palndromos) invertidas (o especulares) de segmentos
de polipurinas/polipirimidinas tambin pueden formas estructuras cruciformes o en
horquilla mediante la formacin de emparejamientos intracatenarios. Se han
encontrado repeticiones palindrmicas ricas en AT en los puntos de rotura de la
t(11;22)(q23;q11), la nica translocacin recproca constitucional conocida.
Las nucleadas se unen y rompen las estructuras de Holliday tras la recombinacin.
Otras protenas conocidas capaces de unirse a ADN cruciforme son HMG y MLL.
ADN-H o ADN trplex
Las repeticiones invertidas (palndromos) de fragmentos de ADN de
polipurinas/polipirimidinas pueden formar estructuras trplex (hlices triples). De
esta manera se forma una hlice triple junto a una cadena monocatenaria de ADN.
El ADN-H puede tener un papel funcional en la regulacin de la expresin gnica y
sobre los ARNs (por ejemplo, en la represin de la transcripcin).
ADN-G4
El ADN-G4 o ADN cudruplex: se forma una estructura altamente estable por el
plegamiento de una secuencia bicatenaria rica en GC consigo mismo a travs de
emparejamientos de Hoogsteen entre 4 guaninas ("G4"). Este tipo de ADN se
encuentra a menudo cerca de promotores de genes y en los telmeros.
Desnaturalizacin del ADN
El fenmeno de desnaturalizacin o fusin se observa al calentar una disolucin de
ADN a 80C o someterla a un pH cido o alcalino, sufre una repentina perdida de
viscosidad, acompaada de un aumento de la absorbancia a 260 nm. Esto se produce a
causa de la rotura de los enlaces de hidrogeno que mantienen apareadas a las bases
nitrogenadas, y de la alteracin de las interacciones hidrofbicas entre ellas. Lo que

conduce a una separacin total o parcial de los filamentos de ADN, obtenindose

hebras separadas en toda su extensin (desnaturalizacin total) o en parte
(desnaturalizacin parcial), sin que se vea alterado el esqueleto covalente formado
por los enlaces entre el cido fosfrico y desoxirribosa.
No todas las molculas de ADN experimentan el fenmeno de la desnaturalizacin de
igual manera, por el contrario, depende de la composicin de bases. Las cadenas con
una alta proporcin de pares G-C muestran una temperatura de fusin ms elevada
que las que poseen proporciones inferiores. La temperatura de fusin del ADN, en la
mayora de las especies, varia linealmente entre 70-100, cuando la proporcin de GC sobre el total de nucletidos aumenta entre 20%-80%. La explicacin a este
comportamiento se encuentra en la mayor estabilidad de las uniones G-C con tres
puentes de hidrogeno, frente a las de A-T que poseen dos.
Experimento de Griffith
F. Griffith. Investig una enfermedad infecciosa mortal, la neumona, estudi las
diferencias entre una cepa de la bacteria Streptococcus pneumoniae que produca la
enfermedad y otra que no la causaba.
La cepa que causaba la enfermedad estaba rodeada de una cpsula (tambin se la
conoce como cepa S, del ingls smooth, o sea lisa, que es el aspecto de la colonia en las
placas de Petri). La otra cepa (la R, de rugosa, que es el aspecto de la colonia en la
placa de Petri) no tiene cpsula y no causa neumona.
Griffith inyect las diferentes cepas de la bacteria en ratones. La cepa S mataba a los
ratones mientras que la cepa R no lo haca. Luego comprob que la cepa S, muerta por
calentamiento, no causaba neumona cuando se la inyectaba. Sin embargo cuando
combinaba la cepa S muerta por calentamiento, con la cepa R viva, es decir con
componentes individuales que no mata a los ratones e inyectaba la mezcla a los
ratones, los ratones contraan la neumona y moran; en la sangre de estos ratones
muertos Griffith encontr neumococos vivos de la cepa S. Es decir que en las bacterias
S muertas haba algo capaz de transformar a las bacterias R, antes inocuas, en
patgenas y este cambio era permanente y heredable. Este "algo" fue aislado; luego se
encontr que era ADN.
Las bacterias que se aislaban de los ratones muertos posean cpsula y, cuando se las
inyectaba, mataban otros ratones. Frederick Griffith fue capaz de inducir la
transformacin de una cepa no patgena Streptococcus pneumoniae en patgena.
Griffith postul la existencia de un factor de transformacin como responsable de este
fenmeno.