Parametrizacin con utilizacin

simultanea de datos experimentales y de

datos de mecnica cuntica

Per-Ola Norrby, Tommy Liljefors

Durante las ltimas dcadas el anlisis de la estructura molecular y las energas moleculares
mediante mtodos de campos de fuerza (mecnica molecular y dinmica molecular) se
desarroll desde ser una herramienta de especialistas a una metodologa general que puede
ser utilizada en muchos campos con solo conocimientos bsicos de las tcnicas implicadas.
Una variedad de problemas que anteriormente eran inaccesibles pueden ahora ser resueltos
por anlisis energticos y de estructura.
No obstante, el uso generalizado resulta tambin en abuso de la metodologa. Es
precisamente la facilidad de utilizacin de los paquetes actuales lo que lleva a su frecuente
utilizacin a problemas en los que los mtodos de campo de fuerza estn mal definidos, o
indefinidos. Una parte esencial de la dudosa o errnea aplicacin de la metodologa del
campo de fuerza reside en la confusin de los varios tipos de energa (v.g. la energa libre
vs entalpa vs calor de formacin vs energa estrica, o el uso de fase clculos de fase en
sistemas fuertemente solvatados), aunque un serio abuso lo constituye tambin la
utilizacin de parmetros de baja calidad.

El conjunto de parmetros y las formas funcionales son definidas por cada desarrollador del
campo de fuerza para que sea auto-consistente. Debido a que las formas funcionales de los
trminos potenciales varan considerablemente entre cada campo de fuerza (o entre
versiones sucesivas del mismo), los parmetros de un campo nunca deben ser utilizados en
conjuncin con el potencial de otro campo.

Los parmetros de los programas de MM se refieren a los valores que toman las constantes
de fuerzas y los valores geomtricos al equilibrio. La calidad del campo de fuerza o la
precisin de sus predicciones depende de las funciones que describen tanto la energa como
los parmetros. Esta parametrizacin se realiza en etapas. Primero se determinan los valores
ideales y la penalizacin energtica por la desviacin respecto a estos valores, mediante el
uso de la informacin experimental o clculos ab initio. Posteriormente este conjunto de
parmetros iniciales -conjunto de prueba- sirve para minimizar las desviaciones de las
propiedades moleculares predichas por los clculos de MM, comparndola con los datos
experimentales hasta que la diferencia sea pequea (Funcin merito). Las propiedades
usadas en la parametrizacin del campo de fuerza incluyen: estructuras moleculares,
diferencia de energas conformacionales, frecuencias vibracionales, barreras de rotacin
interna, momentos dipolares e interacciones intermoleculares.


Una de los mayores obstculos para la introduccin de la metodologa de mecnica
molecular para los no especialistas es la falta de pametrros de calidad para muchos
sistemas. En la prctica, casi cualquier nuevo sistema requerir de parmetros que no hayan
sido determinados con precisin anteriormente. La solucin en muchos campos de fuerza
ha sido introducir parmetros generales o automticos. Estos parmetros pueden ser
muy tiles gracias a que permiten una rpida evaluacin de sistemas ampliamente
diferentes, pero debe tenerse en cuenta que si se desean resultados de alta calidad se
necesitan parmetros de alta calidad.

En general el artculo de Per-Ola Norrby, Tommy Liljefors trata la determinacin de un
nuevo conjunto de parmetros de un campo de fuerza mediante la siguiente secuencia:
-Recoleccin de datos de referencia y definicin de la Funcin mrito*.
Usualmente, la funcin mrito es la suma ponderada del cuadrado de las
desviaciones entre los puntos de referencia y los correspondientes estados
calculados.
-Definicin de forma funcional. Incluso en el contexto de un campo de fuerza
existente, la parametrizacin de nuevos grupos funcionales comnmente requiere la
definicin del tipo de tomos y tipos de enlaces a usar.
-Eleccin de los valores iniciales de los parmetros.
-Refinacin de los parmetros, optimizacin con la funcin de mrito.
-Prueba y validacin del conjunto final de parmetros.

* Funcin mrito; En un proceso de regresin, los parmetros son ajustados basados en el valor de la funcin
de mrito, hasta que se obtiene el valor ms pequeo, en consecuencia los parmetros de mejor ajuste son con
los que se obtiene el mejor ajuste y el valor ms pequeo de la funcin mrito.

Definicin del objetivo de parametrizacin

En el procedimiento de parametrizacin automtica el rendimiento del campo de fuerza esta
definido por la funcin de mrito,

, la suma de los cuadrados de todas las desviaciones de

los valores calculados,

, de los valores de referencia

El mejor conjunto de parmetros es el que minimiza

. La desviacin de la ecuacin
anterior es escalada por factores de ponderacin,

, para hacer la expresin adimensional.

La eleccin de los factores de ponderacin es un importante paso para la parametrizacin, y
depende del futuro uso del modelo. Por ejemplo, el campo de fuerza puede ser truncado
para la precisa reproduccin de las estructuras, o alternativamente, dando mayor peso a las
segundas derivadas para poder reproducir espectros vibracionales.
Los factores de ponderacin deben depender tambin de la cantidad relativa de diferentes
tipos de datos para ser usados en la parametrizacin.

Tambin es posible variar la ponderacin usando datos de referencia de calidad. En el
artculo los factores de ponderacin fueron diferenciados nicamente al tipo de dato. Los
valores de la tabla son los

usados en todo el trabajo.

Tipo de dato

Longitud de enlace 100
-1
Angulo de enlace 2 grados
-1
ngulo dihdrico 1 grado
-1
Energa relativa 100 kJ
-1
mol
Segunda derivada de la
energa ponderada a la masa
0.01 kJ
-1
mol
2
amu
-1


Optimizacin de parmetros

Dos tipos de tcnicas de optimizacin se describen a continuacin, basados en una tcnica
Newton-Raphson multidimensional y optimizacin simplex, respectivamente.

Optimizacin Newton-Raphson

El refinamiento iterativo con la tcnica de Newton-Raphson multidimensional requiere la
determinacin de la primera y segunda derivada de la funcin mrito

, con respecto de
cada parmetro .

En la primera ecuacin el trmino de la derivada de

con respecto al parmetro puede ser

despreciada. Se calcula ahora el refinamiento iterativo de p resolviendo las ecuaciones
lineares siguientes:

Se puede reescribir en forma matricial usando la matriz Jacobiano ponderado, el vector
residual y el vector de incrementos




Los refinamientos de parmetro pueden ser calculados despus de la matriz de inversin:


Optimizacin de parmetros por el mtodo simplex

Un mtodo de optimizacin que ahorra clculos de derivadas numricas es el bien conocido
mtodo simplex. Este mtodo consiste en generar, un objeto geomtrico convexo en el
espacio de parmetros con un vrtice ms que el nmero total de parmetros a ser
refinados. El vrtice corresponde a los conjuntos de parmetros independientes. El simplex
es movido a travs del espacio de parmetros por sucesivas reflexiones del peor punto de
datos a travs del promedio de los datos restantes. Dependiendo del valor de la funcin en
el nuevo punto, el simplex puede ser expandido o contrado. El mtodo simplex estndar
presenta dificultades para sistemas de ms de 10 parmetros, debido al nmero de
reorientaciones requeridos cuando el nmero de vrtices crece. Las aplicaciones reales
implican refinamiento simultaneo de un nmero substancialmente ms grande que el
nmero de parmetros. La implementacin incluye un desarrollo de modificacin local, un
simplex ponderado que incluye un sesgo del punto de reflexin del mejor punto. El mtodo
modificado presenta una convergencia ms rpida que el mtodo de Newton-Raphson que
utiliza derivadas numricas. El mtodo ha resultado particularmente til para casos de
conjuntos donde la diferenciacin central identifica parmetros para los que la segunda
derivada de la funcin mrito,

, es pequea o negativa.