CINVESTAV-Tamaulipas 21 de mayo del 2013 Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 1 / 28 1 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Protenas Tarea Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 2 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin 1 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Protenas Tarea Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 3 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Introduccin En la naturaleza encontramos dos tipos de materia, la viviente y la no viviente Ambos tipos de materia estn formados por tomos y obedecen las mismas leyes fsicas y qumicas Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 4 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Introduccin La materia viviente: Puede moverse, reproducirse, crecer, comer, etc. Interacta activamente con su ambiente Los seres vivos actan de esta forma debido a un complejo conjunto de reacciones qumicas que ocurren en su interior Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 5 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Introduccin Estas reacciones nunca se detienen En muchas ocasiones los productos de una reaccin son constantemente consumidos por otra reaccin, manteniendo el sistema en funcionamiento Imagen tomada de Wikipedia Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 6 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Introduccin Los organismos vivos estn tambin constantemente intercambiando materia y energa con su ambiente Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 7 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Introduccin En contraste cualquier cosa que est en equilibrio con su ambiente puede generalmente ser considerada como muerta Aunque hay algunas excepciones notables en formas vegetales como semillas y los virus, los cuales pueden estar inactivos por largos perodos de tiempo y no estn muertos Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 8 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Introduccin La ciencia moderna ha logrado establecer que la vida en la tierra comenz hace aproximadamente 3500 millones de aos, poco despus de que sta se form Las primeras formas de vida fueron muy bsicas Millones de aos de evolucin y diversicacin han permitido que hoy en da existan organismos simples y otros extremadamente complejos Ambos tienen una qumica molecular, o bioqumica, muy similar Los principales actores de la qumica de la vida son las molculas conocidas como protenas y cidos nucleicos Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 9 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Introduccin Hablando en trminos simples, las protenas son responsables de lo que es un ser vivo y lo que puede hacer en un sentido fsico Un cientco renombrado llamado Russell F. Doolittle alguna vez dijo Nosotros somos nuestras protenas Por otra parte, los cidos nucleicos codican la informacin necesaria para producir protenas y son responsables de transmitir esta receta a generaciones subsecuentes Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 10 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Introduccin La biologa molecular bsicamente est dedicada a entender la estructura y funcin de las protenas y los cidos nucleicos Estas molculas son por lo tanto esenciales en el estudio de la Bioinformtica A continuacin daremos una breve descripcin de cada una de ellas Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 11 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas 1 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Protenas Tarea Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 12 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas La mayora de las substancias en nuestros cuerpos son protenas, de las cuales hay diferentes tipos Las protenas estructurales actan como bloques de construccin de tejidos (colgeno y queratina) Las protenas enzimticas actan como catalizadoras de reacciones qumicas Un catalizador es una substancia que acelera una reaccin qumica Sin las protenas enzimticas muchas reacciones bioqumicas no se llevaran a cabo o tardaran mucho en completarse por lo que no seran tiles para la vida Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 13 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas Una enzima es capaz de acelerar estos procesos hasta millones de veces haciendo posible la vida Las enzimas son muy especcas, usualmente una enzima slo puede acelerar un tipo especial de reaccin bioqumica Considerando el gran nmero de reacciones que deben ocurrir para sostener la vida, podemos ver que se requieren muchas enzimas Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 14 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas Otros ejemplos de tipos de protenas son: Reguladoras (insulina, hormona del crecimiento) Transportadoras (hemoglobina) Defensivas (anticuerpos) Pero qu son exactamente las protenas, cmo estn formadas y cmo desarrollan sus funciones Responderemos estas preguntas a continuacin Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 15 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas Una protena es una cadena de molculas ms simples llamadas aminocidos La siguiente gura presenta la estructura bsica de un aminocido Un Carbono alfa (C
) unido a un grupo carboxilo (COOH), a un
grupo amino (NH 2 ), a un hidrgeno y a una cadena lateral (usualmente denominada R) Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 16 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas La cadena R es de estructura variable, y determina la identidad y las propiedades de los diferentes aminocidos La cadena R puede ser tan simple como un tomo de Hidrgeno (Glicina) o tan complicado como dos anillos de Carbono (Triptfano) Existen cientos de cadenas R por lo que se conocen cientos de aminocidos diferentes, pero slo 20 de entre ellos forman parte de las protenas A continuacin se presenta una tabla con sus nombres y cdigos Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 17 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas No. Aminocido Cdigos No. Aminocido Cdigos 1 Alanina Ala A 11 Leucina Leu L 2 Arginina Arg R 12 Lisina Lys K 3 Asparagina Asn N 13 Metionina Met M 4 cido asprtico Asp D 14 Fenilalanina Phe F 5 Cistena Cys C 15 Prolina Pro P 6 Glutamina Gln Q 16 Serina Ser S 7 cido glutmico Glu E 17 Treonina Thr T 8 Glicina Gly G 18 Triptfano Trp W 9 Histidina His H 19 Tirosina Tyr Y 10 Isoleucina Ile I 20 Valina Val V Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 18 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas En una protena los aminocidos estn unidos por enlaces peptdicos Por esta razn las protenas son cadenas polipeptdicas Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 19 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas En un enlace peptdico, el tomo de Carbono que pertenece al grupo carboxilo (COOH) del aminocido (1) se enlaza al tomo de Nitrgeno del grupo amino (NH 2 ) del aminocido (2), desprendiendo una molcula de agua (H 2 O) Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 20 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas Observemos que lo que encontramos realmente dentro de una cadena polipeptdica es residuos de los aminocidos originales Por lo tanto, generalmente se habla de protenas que tienen 100 residuos, en vez de 100 aminocidos Las protenas contienen en promedio 300 residuos, pero las hay con entre 100 y 5000 residuos Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 21 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas Los enlaces peptdicos hacen que cada protena tenga un esqueleto formado por repeticiones del bloque bsico N C
(CO) A cada C
corresponde una cadena lateral
Debido a que hay un grupo amino en un extremo del esqueleto y un grupo carboxilo en el otro, entonces es posible distinguir ambos extremos de una cadena polipeptdica Y por lo tanto tambin darle una direccin Por convencin, para nombrar el pptido se empieza por el amino terminal Si el primer aminocido de nuestro pptido fuera Alanina y el segundo Serina tendramos el pptido Alanil-Serina Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 22 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas Las protenas no son slo una secuencia lineal de residuos Esta secuencia es conocida como su estructura primaria Las protenas realmente se pliegan en tres dimensiones, presentando estructuras secundarias, terciarias y cuaternarias La estructura secundaria de una protena est formada slo por las interacciones entre los tomos del esqueleto y resulta en estructuras locales en forma de hlices Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 23 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas Trnsito de la estructura primaria a la estructura secundaria de una protena, i.e. plegamiento de protenas (protein folding) Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 24 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas Las estructuras terciarias son el resultado de empacar estructuras secundarias en un nivel ms global Las estructuras cuaternarias son un grupo de diferentes protenas empacadas juntas Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 25 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Protenas Protenas Cmo se obtienen las protenas? Estas se producen en una estructura de la clula llamada Ribosoma En un ribosoma los aminocidos componentes de una protena son ensamblados uno a uno gracias a la informacin contenida en una molcula importante llamada cido ribonucleico mensajero (ARNm) Para explicar cmo sucede esto es necesario primero explicar qu son los cidos nucleicos Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 26 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Tarea 1 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Introduccin Protenas Tarea Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 27 / 28 Conceptos bsicos de biologa molecular, I Tarea Tarea Tarea 1: Leer el siguiente artculo, elegir dos temas de los abordados e investigar un artculo relacionado con cada tema para preparar una sntesis (en Latex). Jacques Cohen, Bioinformatics: An introduction for computer scientists. ACM Computing Surveys, Volume 36, Issue 2, pages 122-158 (June 2004). Fecha de entrega: 28 de mayo antes de las 12h00 Dr. Eduardo RODRGUEZ T. (CINVESTAV) Conceptos bsicos de biologa molecular 21 de mayo del 2013 28 / 28