Diseno Molecular de Nuevos Farmacos Ayudado Por

DISEO MOLECULAR DE NUEVOS FRMACOS AYUDADO POR COMPUTADORA
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DISEO MOLECULAR DE
NUEVOS FRMACOS AYUDADO POR COMPUTADORA

Mecnica Molecular

En mecnica molecular, las ecuaciones son usadas para seguir las leyes de fsica clsica y
aplicarlas al ncleo molecular considerando a los electrones fuera. En esencia, la molcula es
tratada como una serie de esferas (los tomos) conectados por los enlaces. Las ecuaciones
derivadas de la mecnica clsica son usadas para calcular las diferentes interacciones y
energas (campo de fuerzas), resultando en alargamientos de enlaces, ngulos curvos,
energas de torsin e interacciones sin enlaces. Estos clculos requieren datos o parmetros
que son almacenados en tablas dentro de programas y que describen interacciones entre
diferentes arreglos de tomos. Las energas calculadas por la mecnica molecular no
representa una cantidad absoluta porque es utilizada cuando se compara diferentes
conformaciones de la misma molcula. La mecnica molecular en computadoras es rpida y
menos extensa que la mecnica cuntica.

Mecnica Cuntica

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La mecnica cuntica usa la fsica cuntica para calcular las propiedades de una molcula por
las interacciones consideradas entre los electrones y ncleos de las molculas. Para hacer los
clculos posibles, se deben hacer varias aproximaciones.

Primero, el ncleo es observado inmvil. Es razonable despus del movimiento de los
electrones, es ms fcil comparar. Despus se considera los electrones movindose alrededor
del ncleo fijo, es posible describir la energa electrnica separada de la energa nuclear.
Segundo, se asume que los electrones se mueven independientemente de otro y as la
influencia de otros electrones y ncleos se toma como un promedio.

Los mtodos de mecnica cuntica pueden ser subdivididos en dos amplios mtodos: ab-initio
o
Semi-emprico
. Este es ms riguroso y no hace necesario algn almacenamiento de parmetros o
informacin. Sin embargo, debido al tiempo, es costoso en computadoras y es restringidos a
molculas pequeas. El mtodo semi-emprico es rpido aunque menos preciso, y puede llevar
fuera una larga molcula.

Estas son varias formas de programas semi-empricos (tal como MINDO/3, MNDO, MNDO-d,
AM1 y PM3). Estos mtodos son rpidos despus de usar aproximaciones y hacer uso de los
parmetros almacenados.

Eleccin del mtodo

El mtodo de eleccin depende de que clculos necesite hacer, tambin del tamao de la
molcula. Si el tamao de la molcula es importante, los clculos ab-initio son limitados a
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molculas que contengan 10 tomos, los clculos semi-empricos en molculas que contengan
100 tomos, y la mecnica molecular en aquellas que contengan 1000 tomos.

La mecnica molecular es usada en las siguientes operaciones o clculos:

energa de minimizacin

identificacin de conformaciones estables

calcular la energa para conformaciones especficas

generar diferentes conformaciones

estudiar el movimiento molecular

El mtodo de mecnica cuntica es apropiado para calcular lo siguiente:

la energa de la rbita molecular y coeficientes

calor de formacin para conformaciones especficas
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cargas parciales atmicas calculadas de los coeficientes de la rbita molecular

potenciales electrostticos

momento dipolar

estado de transicin geomtrica y energas

energa de disiciacin de enlaces

Dibujando Estructuras Qumicas

Los paquetes de dibujos qumicos no requieren los clculos descritos anteriormente, ellos a
menudo son integrados en programas de modelos moleculares. En un pasado no muy distante,
los dibujos de estructuras qumicas para reportes cientficos en papel, fue antes un tedioso
oficio que envolvi trazos del esqueleto de la molcula con plantillas, ellos usaban mquinas de
escribir para agregar elementos y substituyentes. Posicionando el papel en la mquina de
escribir para obtener los substituyentes en la posicin correcta, fue todo un arte.

Varios paquetes de software, tal como: ChemDraw, ChemWindow e IsisDraw, son ahora
disponibles para ser usados en la construccin de disgramas rpidamente y con resultados
profesionales. Por ejemplo, los diagramas mostrados fueron preparados usando los software
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descritos anteriormente.

Algunos paqutes de dibujos estn vinculados a otros tems de software que permiten calcular
rpido, varias de sus propiedades moleculares. Por ejemplo una vez la estructura de la
adrenalina fue creada en ChemDraw Ultra, el nombre qumico de la estructura correcta, segn
la IUPAC fue fcilmente obtenida, tambin su frmula molecular, peso molecular, masa exacta
y anlisis terico elemental. Con esto tambin fue posible obtener predicciones calculadas de
componentes de H Y C NMR cambios qumicos, punto de fusin, punto de congelacin, punto
de congelacin, estimaciones de log de P, refractividad molar y calor de formacin.

Estructuras 3D

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Los software de modelos moleculares permiten al qumico construir estructuras moleculares 3D
en la computadora. Hay varios paquetes de software disponibles tal como Chem3D, Alchemy,
Sybyl, Hyperchem, ChemX y CAChe. El modelo 3D puede estar hecho por construccin de la
molcula tomo por tomo, y enlace por enlace. Sin embargo, es posible convertir un dibujo 2D
automticamente en una estructura 3D. Por ejemplo, la estructura 2D de adrenalina se dibuja
en ChemDraw, entonces se copia y pega en Chem3D, resultando en la construccin
automtica del modelo en 3D.

Energa de minimizacin

Cualquier programa de software es usado para crear estructuras 3D, lleva a cabo fuera un
proceso llamado energa de minimizacin. Esto es porque el proceso de construccin puede
tener resultados desfavorables en el largo de enlace, ngulos de enlace o ngulos de torcin.

La energa de minimizacin es un proceso llevado fuera por un programa de mecnica
molecular, luego varios de los largos de enlaces, ngulos de enlaces y ngulos de torsin
crean una nueva estructura. La energa de la nueva estructura, es calculada observando si es
energticamente ms estable o no. Si la estructura inicial es inestable, una pequea alteracin
en el ngulo de enlace o largo de enlace, tendr un efecto grande en la energa total de la
molcula, resultando en una diferencia grande de energa (E). El programa reconocer esto y
llevar fuera ms cambios reconocindolos como gua de estabilizacin o no. Eventualmente la
estructura se establecer donde la variacin estructural resulte en un solo pequeo cambio de
energa-la energa mnima. El programa interpretar esto como la estructura ms estable y se
detendr en esta fase.

Por ejemplo la estructura 2D de aporina fue convertida en una estructura 3D usando Chem3D.
Sin embargo, el anillo catecol se estableci en un anillo no planar que se diferencia por el largo
de los enlaces C-C. La energa minimizacin corregida del anillo aromtico deformado, resulta
en la planaridad y el largo corregido de los enlaces.
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Las tcnicas de High-throughput screening (HTS) se convierten, desde la dcada de los 90, en
la principal fuente de obtencin de nuevos leads
(lderes). El HTS requiere una quimioteca de cientos de miles de compuestos, la introduccin
de la qumica combinatoria ha permitido que el tamao de estas quimiotecas se incremente al
orden de millones de compuestos lo cual
conduce a que frente a las rutas tradicionales empleadas en qumica mdica para el diseo de
frmacos, aparezca la posibilidad de optar por la estrategia de testar experimentalmente todos
los posibles candidatos frente a todas las posibles dianas.

Sin embargo, la realidad es que a pesar del uso de estas tcnicas a gran escala, la tasa de
descubrimiento de leads ha decado y pocos son los frmacos procedentes directamente de
los resultados de HTS o en un experimento de HTS, Los compuestos que resultan positivos
(HTS hits) son nuevamente testados para confirmar actividad y
estructura (debido a los problemas de pureza inherentes al uso de qumica combinatoria). Esta
etapa de identificacin de HTS hits tiene un xito inferior al
0.1%. De cada 2000 HTS
hits
, aproximadamente 1200 se confirman como activos reales (HTS
actives
), ya que existe un gran nmero de falsos positivos que interfieren con los ensayos biolgicos,
de agregantes promiscuos y de interferencias causadas por los tintes y compuestos
fluorescentes utilizados.

Cuando se identifica un gran nmero de HTS activos pertenecientes a una misma familia
qumica, se considera que se ha identificado una serie de
leads
. Cuando es posible optimizar estos
leads
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, se habla de
drug candidate
o droga candidata. Tpicamente, 1 de cada 10.000 HTS
activos
alcanza este nivel y nicamente 1 de cada 10
drogas candidatas
supera las pruebas clnicas convirtindose en
frmaco.

Esta baja tasa de xito, junto con el costo de estas tcnicas, ha hecho que se replantee la
aportacin del HTS, perdiendo parte del protagonismo de la dcada pasada a la vez que las
tcnicas de diseo de frmacos asistido por ordenador cobran importancia.

Hansch y Leo desarrollan, durante la dcada de los 60, los primeros estudios de QSAR (Relaci
n cuantitativa estructura actividad)
, aunque es durante los aos 80 cuando se introduce el diseo racional en el proceso de
diseo de frmacos. Esto coincide con el desarrollo terico de tcnicas de modelizacin
molecular y la aparicin de ordenadores personales. La contribucin computacional en esta
poca se basa principalmente en optimizar y refinar los compuestos a partir de la informacin
extrada de la estructura de complejos cristalinos con la estructura del receptor diana.

Posteriormente, la introduccin del HTS hace que tambin en qumica computacional se
comience a trabajar a nivel de quimiotecas. Aparecen as, en 1997, las tcnicas de cribado
virtual o Virtual Screening (VS) con la finalidad de seleccionar/identificar aquellas molculas
biolgicamente activas frente a dianas particulares o dianas pertenecientes a una misma
familia. Ests tcnicas requieren inevitablemente que se conozca la actividad de algunos
compuestos o bien la estructura de la diana biolgica. En los ltimos cinco aos, se ha
incrementado el empleo de Virtual Screening y, aunque sigue
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siendo menos usado que HTS durante el proceso de
lead discovery
, se afirma que llegar a reemplazarlo eventualmente.

Ms que una alternativa, el VS supone un complemento al HTS y un criterio para la priorizacin
de la sntesis y la adquisicin de quimiotecas. Los posibles hits determinados por HTS son
reales, aunque por s solos, sin recurrir a biologa molecular, no contribuyen a ampliar el
conocimiento acerca del modo de interaccin con su diana farmacolgica, sin embargo, aporta
informacin acerca del modo de interaccin frmaco-diana.

La aplicacin secuencial de cada una de las tcnicas se basa en el nivel de requerimientos
computacionales que utiliza cada uno de los pasos y en la complejidad de la informacin
aportada.

Bsqueda del lead o cabeza de serie: Las tcnicas de seleccin de compuestos derivadas
de cribado virtual se clasifican tradicionalmente en dos grandes grupos, dependiendo de cmo
extraen la informacin que requieren. Aquellas que se
basan en la estructura de inhibidores ya determinados se las denomina mtodos indirectos o
basados en la estructura del ligando (
Ligand-Based Virtual
Screening
), mientras que los mtodos que utilizan la estructura del receptor se denominan directos o
basados en la estructura del receptor (
Structure-Based

Receptor-Based Virtual
Screening
).
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Mtodo Indirecto:

- Se desconoce: diana biolgica (estructura 3D)
- Se conoce: efecto consecuencia interaccin ligando- diana biolgica
- Se realiza: estudio 3D del ligando (en conformacin biolgicamente activa).

Finalidad: Deducir que elementos estructurales son necesarios para la actividad biolgica

Mtodo Directo:

- Se conoce: diana biolgica (estructura 3D)

efecto consecuencia interaccin ligando-diana biolgica.

- Se realiza: estudio 3D interaccin ligando (en conformacin biolgicamente activa)
y diana.

Finalidad: Disear otros ligandos de forma tal que se mejore la interaccin (mayor
complementariedad) para as aumentar la potencia y efectividad por tanto lograr la optimizacin
del lder.
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Interacciones frmaco-diana. Bases para el diseo de nuevos frmacos

Dianas de los frmacos

Los avances que han tenido lugar en los ltimos aos en el campo de la biologa molecular han
permitido identificar numerosas macromolculas que desempean funciones vitales en el
funcionamiento de la clula y cuya alteracin est relacionada con ciertas enfermedades. Estas
macromolculas son las dianas potenciales de los frmacos. La formulacin de una hiptesis
de cmo modular su funcin relacionada con la enfermedad especfica, puede dar pie al
desarrollo de un nuevo frmaco; la confirmacin de la hiptesis propuesta se conoce como
validacin de la diana.

Las dianas de los frmacos comprenden una amplia variedad de componentes celulares que
pueden estar presentes tanto en el hospedador como en el husped, en el caso de
enfermedades ocasionadas por un patgeno. Incluyen protenas, cidos nucleicos, lpidos o
carbohidratos. Puesto que las protenas son los componentes macromoleculares ms
abundantes, no resulta sorprendente que stas sean las dianas de los frmacos ms
frecuentes, como por ejemplo enzimas, receptores unidos a membrana, canales inicos,
protenas transportadoras o estructurales. El nmero de macromolculas de las que se conoce
su estructura 3D es escaso en comparacin con aqullas de las que slo se conoce su
secuencia.

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Mtodos de obtencin de informacin estructural

La difraccin de rayos-X es el mtodo ms frecuentemente utilizado para obtener informacin
estructural de macromolculas. Presenta la ventaja de no ser limitante en cuanto al tamao o la
complejidad, aunque slo proporciona informacin esttica de la macromolcula empaquetada
dentro de un cristal. Un aspecto importante a tener en cuenta es la resolucin, que se define
como la habilidad para resolver 2 puntos separados a cierta distancia. En pequeas molculas,
se alcanzan resoluciones de 1, mientras que en macromolculas se suelen alcanzar
resoluciones de 2-3, lo que no permite una resolucin atmica verdadera. Para el diseo de
frmacos se aconseja partir de estructuras con resoluciones de 2,5 o inferiores. Este es el
nivel mnimo requerido para describir las molculas del agua estructural que desempean un
papel importante en la estructura de las dianas y en sus interacciones con los ligandos; por
encima de los 3 la resolucin es baja y no permite localizar las molculas de agua. Las
tcnicas utilizadas en la cristalizacin y resolucin estructural de las macromolculas han
evolucionado sustancialmente, lo que ha conducido a la resolucin de estructuras cada vez
ms complejas. Si en los aos setenta se podan resolver nicamente protenas sencillas como
mioglobina, hemoglobina o lisocima, en los ochenta, el avance de las metodologas ha
permitido resolver estructuras como anticuerpos e incluso virus enteros. En la dcada de los
noventa se han resuelto, entre otras, las estructuras de la actina, del nucleosoma, de las
subunidades ribosomales y, recientemente, de la bomba de calcio.

Las estructuras obtenidas mediante espectroscopia de RMN son tambin una fuente vlida
de informacin estructural5 y, al estudiar a la diana en disolucin, es posible interpretar sus
propiedades dinmicas6. Este mtodo tiene limitaciones en cuanto al tamao, puesto que no
es vlido para protenas superiores a 30kDa. A diferencia de los mtodos de difraccin de
rayos-X, la espectroscopa de RMN proporciona conjuntos de confrmeros que satisfacen las
restricciones de distancias derivadas de los datos experimentales. La precisin de estas
estructuras depender tanto de la cantidad como de la calidad de los nOes observados. Las
partes de la estructura que presentan una mayor flexibilidad proporcionan un nmero menor de
nOes lo que implica menos restricciones espaciales. Por esta razn, un
nmero mayor de conformaciones pueden ajustarse a esas restricciones. Dada la dificultad de
obtener medidas precisas en las intensidades de los nOes no es posible utilizar factores de
fiabilidad anlogos a los manejados en cristalografa. Mientras que el nmero disponible de
estructuras 3D de protenas solubles es considerable y se incrementa de forma continua, la
informacin estructural de otras dianas como los receptores acoplados a la protena G o a los
canales inicos, embebidas en las biomembranas --y, por tanto, difciles de cristalizar-- es muy
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escasa. Una alternativa para resolver este tipo de estructuras es la
difraccin electrnica
. Este mtodo ha sido aplicado a protenas incapaces de cristalizar y que slo son capaces de
formar pseudocristales. Este es el caso de la entrada 1BRD en PDB, que corresponde a
bacteriorhodopsina y que ha servido de modelo para el modelado de distintos receptores de
membrana.

La experiencia acumulada en el plegamiento de las protenas junto con los avances en otras
reas cientficas han mejorado los mtodos predictivos basados en el modelado de homologa
de protenas. Cuando no se dispone de un modelo 3D de una protena, pero se conoce su
secuencia primaria, se puede tomar como molde la estructura tridimensional de otra protena
homloga y generar un modelo 3D de la diana en estudio. Este procedimiento es ms fiable si
la identidad de la secuencia de la diana es superior al 40% con respecto al patrn y si, adems,
se puede obtener un buen alineamiento de secuencias. No obstante, porcentajes bastante
menores de homologa han conducido a buenos resultados.

Fuentes de informacin

El banco de datos de protenas de Brookhaven (PDB), la fuente ms importante de informacin
tridimensional de macromolculas, es de acceso libre en Internet. PDB fue fundada en 1971
por el Brookhaven National Laboratory como un archivo de estructuras cristalinas de
macromolculas. Actualmente es mantenida por el RCSB (Research Collaboratory for
Structural Bioinformatics), un consorcio no lucrativo de

investigadores y expertos procedentes de tres instituciones, Rutgers University; National
Institute of Standards and Technology (NIST); y San Diego Supercomputer Center (SDSC) de
University of California, San Diego (UCSD).

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Esta entidad acepta depositar informacin concerniente a la estructura tridimensional de
macromolculas en forma de coordenadas cartesianas. Adems de informacin acerca de
protenas, contiene tambin datos sobre ADN, ARN, virus y carbohidratos. Las macromolculas
pueden encontrarse aisladas o bien en forma de complejos: protena-protena, protena- cido
nucleico y macromolcula-ligandos. Hasta el ao 2002 este banco de datos inclua modelos
tericos. En la actualidad los modelos

depositados provienen fundamentalmente de difraccin de rayos-X y en menor mediada de
espectroscopia de RMN. PDB contiene tambin algn modelo obtenido mediante difraccin
electrnica. La informacin estructural de las macromolculas depositada en este banco de
datos es esencial para el diseo de frmacos, la biotecnologa, la bioqumica o la biologa
molecular. Todas las revistas prestigiosas de investigacin exigen depositar las coordenadas
de la macromolcula en formato PDB como un prerrequisito para la aceptacin de la
publicacin. Los contenidos de esta base de datos son de calidades muy dispares; a veces la
informacin puede ser redundante (aparecen muchas estructuras mutantes, como por ejemplo
las de lisozima), o incompleta (faltan residuos o informacin acerca de las cadenas laterales o
con diferentes factores de resolucin). Por esto, se debera desarrollar programas informticos
apropiados para sistematizar toda la informacin depositada en esta base de datos que en la
actualidad comprende cerca de 30.000 entradas y presenta un progresivo crecimiento (en la
actualidad se aaden entre
50-100 nuevas estructuras cada semana). A cada una de las entradas se les asigna un cdigo
de identificacin formado por 4 caracteres
denominado PDB ID.

Cada una de las macromolculas es definida mediante un archivo de texto que puede ser
modificado por cualquier editor de texto y que se identifica mediante su cdigo. Estos archivos
definen la posicin de cada uno de los tomos de las molculas y contienen, adems, otras
informaciones como pueden ser la secuencia primaria, la estructura secundaria, los datos
acerca de la cristalizacin, las citas bibliogrficas, as como los factores de la calidad de la
estructura. El formato de estos archivos es interpretado por todos los paquetes de software de
modelado molecular.

Bancos de datos de secuencias

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Muchas veces no se dispone de informacin tridimensional de una macromolcula, pero se
conoce su secuencia primaria. A sta se puede acceder libremente a travs de la web de
distintas entidades no lucrativas como son NCBI11 (The National Center for Biotechnology
Information) en USA, EBI12 (The European Bioinformatics Institute) en Cambridge o ExPASy13
(Expert Protein Analysis System) en Suiza. Estas organizaciones mantienen bases de datos
con informacin masiva que actualizan constantemente; disponen de un conjunto de
herramientas muy potentes que facilitan enormemente la tarea investigadora en el campo de la
genmica y protemica.

Interaccin ligando-diana

La interpretacin de las interacciones entre ligandos y dianas resulta fundamental para el
desarrollo de nuevos frmacos. Con muy pocas excepciones, la mayora de los frmacos
actan unindose a determinadas macromolculas, de forma especfica, en el sitio de unin.
En la actualidad el nmero de frmacos diseados a partir de la estructura de la diana es
escaso debido a un nivel todava insuficiente de conocimiento de las interacciones
protena-ligando.

A diferencia de las asociaciones entre protenas que interaccionan a travs de superficies
planas, las molculas de pequeo tamao, como es el caso de los frmacos, tienden a
incrustarse completamente dentro de la macromolcula y sus interacciones suelen ser ms
especficas: se establece una mayor proporcin de enlaces de hidrgeno y las superficies de
contacto son ms complementarias.

Un problema aadido al estudio de estas interacciones es el grado de flexibilidad de las
protenas. Se han descrito algunos ejemplos de una misma protena aislada y complejada que
proporciona informacin muy valiosa acerca de su comportamiento conformacional cuando se
une al ligando. En algunos casos, este cambio es casi insignificante, pero en otros, se aprecia
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una alteracin importante. Por esta razn, para el diseo de novo se recomienda tomar como
punto de partida una protena complejada con un ligando. A veces es posible apreciar cambios
en el tamao y la forma del sitio de unin de una misma protena cuando se ha cristalizado con
distintos ligandos. Uno de los retos ms importantes en el estudio de interaccin
ligando-protena consiste en el conocimiento de los efectos de los ajustes inducidos durante la
interaccin de un ligando con una protena.

Las interacciones que se establecen entre ligandos y protenas comparten muchas
caractersticas en comn con las fuerzas responsables del plegamiento de estas ltimas, cuya
estructura tridimensional es, en gran medida, consecuencia del efecto hidrofbico. De este
modo, al plegarse, envuelven hacia dentro los restos hidrofbicos, y exponen hacia el exterior
los restos hidroflicos que establecen contactos con el agua. No obstante, si algn grupo
hidroflico permanece en el interior, invariablemente estar apareado con otro residuo
hidroflico complementario mediante la formacin de enlaces de hidrgeno, que compensan la
desolvatacin de ambas agrupaciones polares.

Las hendiduras que constituyen los sitios de unin representan imperfecciones durante el
plegamiento de la protena, pues contienen grupos funcionales no apareados desde el punto de
vista energtico. La interaccin de ligandos en estos sitios est favorecida energticamente
dado que se establecen contactos electrostticamente favorables con grupos hidroflicos no
apareados y parcialmente desolvatados de la protena. Estas agrupaciones se encuentran en el
interior de una hendidura donde el acceso al agua puede estar parcialmente impedido. Por ello,
la unin de un ligando en el sitio puede considerarse como el ltimo paso en el plegamiento de
las protenas. Consistente con este punto de vista, la unin de ligandos a las protenas
incrementa la resistencia trmica a su desnaturalizacin. Como conclusin de estos hechos, se
puede decir que las protenas, al crear sitios de unin, sacrifican su estabilidad; pero sta se ve
compensada o incrementada cuando se une un ligando apropiado.

Al igual que en el caso del plegamiento de las protenas, las principales fuerzas implicadas en
la unin con los ligandos son las interacciones hidrofbicas y electrostticas que incluyen los
enlaces de hidrgeno. Las primeras, que no son direccionales, contribuyen fundamentalmente
a la afinidad, mientras que los enlaces de hidrgeno, de naturaleza altamente direccional,
contribuyen principalmente a la especificidad.

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Diseo basado en al estructura

En la actualidad se puede utilizar un gran nmero de estructuras 3D de macromolculas como
moldes para el diseo de nuevos frmacos. De hecho, algunos frmacos ya comercializados
han sido diseados a partir de la estructura de la diana. El diseo de frmacos basado en la
estructura consiste en el uso de la informacin estructural de macromolculas obtenida
mediante difraccin de rayos-X o espectroscopia de RMN principalmente. Comienza con la
observacin grfica del complejo y la determinacin del tipo de interacciones que se producen
entre el ligando y la diana.

Este proceso debe continuar con la exploracin de nuevos ligandos diseados con la finalidad
de optimizar sus interacciones con la diana. El alto costo econmico, tanto de los experimentos
de unin diana-ligando como de los chequeos farmacolgicos, ha conducido a la utilizacin de
aproximaciones virtuales. La disponibilidad de estructuras 3D de dianas junto a quimiotecas de
compuestos permiten llevar a cabo ensayos virtuales alternativos a los ensayos in vivo e in
vitro. A este tipo de ensayos se les conoce como ensayos in silico.

La eleccin de la diana

La eleccin de la diana debe de hacerse en funcin de consideraciones biolgicas. Para llevar
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a cabo diseo de frmacos basado en la estructura, la diana ideal estar involucrada en una
enfermedad y deber unirse a pequeos ligandos para cumplir su funcin biolgica. Deber
poseer un sitio de unin perfectamente definido. Si la enfermedad est causada por una
disfuncin de una protena (receptores acoplados a protena G, canales inicos, enzimas, etc)
la finalidad del diseo consistir en el desarrollo de sustancias que modulen la funcin de esa
protena. Si la enfermedad est causada por un organismo patgeno, entonces el frmaco
diseado deber provocar la inhibicin total. La diana deber ser esencial en algn punto del
ciclo de vida del patgeno, de manera que su inhibicin cause su muerte. Adems, deber ser
nica, lo que supone la inexistencia de otra ruta metablica capaz de superar la presencia del
inhibidor. Por ltimo, la diana podr ser inhibida mediante la unin de pequeas molculas.
Una vez que la diana haya sido definida y seleccionada es necesario identificar el sitio de
unin.

El sitio de unin

En el diseo de frmacos basado en la estructura la localizacin del sitio de unin de la diana
constituye un factor primordial. Esta informacin topolgica puede derivarse de estudios
experimentales o de mtodos tericos. Una vez establecida la localizacin del sitio de unin, se
puede recurrir a distintas tcnicas computacionales, como el docking flexible, el diseo de novo
o el cribado virtual de alta eficacia con el fin de optimizar posibles candidatos a frmacos. Estas
aproximaciones racionales se basan en el concepto de llave-cerradura formulado por Emil
Fischer hace ms de un siglo. Idealmente el sitio de unin debe ser un bolsillo o hueco ms o
menos profundo con una serie de grupos funcionales en las cadenas de los residuos capaces
de establecer enlaces de hidrgeno, bien como dadores o aceptores, con ciertas propiedades
hidrofbicas y de un volumen apropiado para acoger a los ligandos. Las protenas son
biomolculas que experimentan cambios conformacionales ms o menos profundos cuando se
complejan. Dada su flexibilidad, la aproximacin al diseo de frmacos ms fiable ha de tomar
en consideracin la estructura 3D de un complejo diana-ligando obtenido mediante
cristalizacin o por espectroscopia de RMN. Si no se dispone del complejo, el sitio de unin se
puede determinar mediante homologa a partir otras protenas similares o bien a travs de
datos bioqumicos disponibles. Sin embargo, a veces es preciso recurrir a las herramientas de
modelado molecular. Criterios como el tamao del hueco apropiado para acoger a un ligando o
la flexibilidad e hidrofobicidad de estos huecos, son de gran importancia para determinar el sitio
activo, puesto que ste suele ser ms hidrofbico y flexible que otros huecos presentes en la
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diana. Otra alternativa, en ausencia de la estructura de un complejo, consiste en llevar a cabo
un anlisis comparativo de unin de ligandos mediante estudios de mutagnesis dirigida. Este
tipo de estudios puede dar una idea de la importancia de determinados residuos en el sitio
activo. Una vez definida la diana y determinado el sitio activo, las tcnicas computacionales a
aplicar pueden ser diversas. Una posibilidad consiste en el clculo de la interaccin de
molculas conocidas que se unen en el sitio y de su posterior modificacin estructural para
maximizar su afinidad. Otra posibilidad es el screening virtual que consiste en evaluar,
mediante tcnicas computacionales, compuestos procedentes de quimiotecas frente a la diana
considerada. El ordenador proporciona un ndice de complementariedad en funcin de las
interacciones favorables en el sitio. Finalmente, el diseo de novo consiste en la insercin
progresiva de pequeos fragmentos complementarios en el sitio de unin hasta llenar el hueco.
La posterior unin de estos fragmentos genera una molcula que se ajusta al sitio de la diana.
Tanto la espectroscopia de RMN como los mtodos de difraccin de rayos-X se pueden utilizar
tambin para los estudios de interaccin de pequeos fragmentos con la diana. Esta
metodologa permite identificar fragmentos moleculares que pueden ser utilizados para el
diseo de un inhibidor. El estudio de interaccin de pequeos fragmentos puede dar
informacin ms especfica y fiable que la proporcionada por ligandos enteros. Por ejemplo, un

estudio de la interaccin de distintos anillos aromticos heterocclicos en el sitio de unin
evidencia el papel desempeado por los heterotomos. En ligandos de mayor tamao, estos
efectos pueden quedar enmascarados por otras interacciones. De los compuestos ensayados
in silico, aquellos que mejor ajusten se sintetizarn posteriormente en el laboratorio. Con el fin
de reducir el nmero de compuestos a preparar, se aplica la regla de los 5 de Lipinski que
permite filtrar los compuestos con mxima probabilidad de resultar absorbibles por va oral.
Adicionalmente, se podrn considerar otros factores como la estabilidad qumica y metablica y
la asequibilidad

sinttica de los compuestos seleccionados. Finalmente, estos compuestos debern ser
evaluados biolgicamente. Si los resultados biolgicos se corresponden con las perspectivas
tericas, se llevarn a cabo estudios experimentales de determinacin estructural del
complejos. Estos procesos se pueden repetir de forma cclica. La vieja idea de sintetizar una
gran cantidad de compuestos mediante la qumica combinatoria para su posterior ensayo
biolgico ha resultado una estrategia ineficiente debido a que, incluso por esta va, la
variabilidad estructural conseguida resulta infinitesimal en comparacin con las posibilidades
estructurales. La qumica combinatoria actual, en lugar de generar molculas al azar, tiene en
cuenta la estructura del sitio de unin de la diana como gua para generar compuestos. De esta
manera, los compuestos sintetizados tienen ms posibilidades de resultar atractivos y dan lugar
a las denominas quimiotecas focalizadas. Estas colecciones de compuestos pueden ser
consideradas como un abstract del diseo de frmacos basado en la estructura. As, dos
metodologas consideradas a priori antagnicas, utilizadas de forma conjunta, han demostrado
su eficacia para el diseo de frmacos.
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Debido a su alto grado de selectividad, las quimiotecas focalizadas resultan mucho ms tiles
que las grandes colecciones de compuestos.

Por ejemplo, una quimioteca focalizada frente a trisina, generada mediante qumica
combinatoria, contiene fragmentos derivados debenzamidina, 4-aminopiridina y
ciclohexilamina, junto a otros fragmentoscomo 2-aminoimidazol y 4-aminoimidazol29.

En consecuencia, los mtodos virtuales utilizados en el diseo de frmacos representan una
alternativa al cribado de alta eficacia utiliza dopor los farmaclogos. Permiten evaluar
cantidades inmensas decompuestos de una forma ms econmica y proporcionan lderes con
propiedades fisico-qumicas mejoradas. Por otra parte, las limitaciones del clculo
computacional se han resuelto mediante la puesta en marcha de proyectos de redes
globalizadas. Estos proyectos intentana provechar la capacidad no utilizada de clculo de los
ordenadores personales conectados a la red. Un ejemplo de este tipo de proyectos esla
iniciativa World Community Grid patrocinada por IBM y otras ONGs30.

Frmacos Diseados Con Ayuda De Ordenadores

Cuando se realiza la investigacin de nuevos frmacos, nuevos o modificados a partir de
molculas existentes, primero se recopila toda la informacin posible sobre los procesos
biolgicos asociados a la enfermedad bajo estudio.

En diversas ocasiones se logra identificar a un blanco molecular especfico sobre el cual puede
actuar un frmaco. Posteriormente se trata de determinar la estructura tridimensional de ese
blanco para conocer con detalle el sitio de unin sobre el cual se pretende que interacte el
frmaco, tal cual como cuando se quiere fabricar una llave que entre en una cerradura
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determinada, esto ser ms sencillo si se conoce la forma de la cerradura.

Los grupos de investigacin alrededor del mundo que determinan la estructura tridimensional
de macromolculas almacenan sus resultados en la base de datos pblica llamada Protein
Data Bank (
Banco de Datos de Protenas). Actualmente, esta base de datos contiene informacin de
aproximadamente cuarenta y un mil estructuras, y se actualiza constantemente. Dentro de esta
base de datos cada estructura tridimensional tiene asociado un cdigo de cuatro caracteres
(llamado cdigo PDB) que la identifica en forma nica. Para la visualizacin en tercera
dimensin de estas macromolculas hay diversas herramientas en internet a las que se puede
acceder desde la misma pgina del
Protein Data Bank
, tambin hay diversos programas computacionales.

Los programas computacionales permiten no solamente visualizar las estructuras de
macromolculas sino tambin hacer clculos tericos y predicciones de la afinidad que tendr
una molcula hipoteticamente, con el sitio de unin. Esta capacidad de prediccin ayuda a
proponer hiptesis y planear experimentos para hacerlos ms enfocados y sistemticos.

A partir del resultado se puede trabajar con molculas hipotticas
que no se tienen en el laboratorio, o que an no han sido
preparadas

Aplicaciones exitosas del diseo de frmacos asistido por
computadora

Para muchas enfermedades se conocen estructuras
tridimensionales de potenciales sitios de accin de frmacos. En
diversas ocasiones los clculos computacionales han tenido un
papel muy importante en la investigacin de molculas que se
unen a estos blancos y que actualmente se encuentran en uso
clnico. Por ejemplo, el diseo de frmacos asistido por
computadora ya ha tenido contribuciones notables en el
tratamiento del sndrome de la inmunodeficiencia adquirida, en
infecciones por el virus de la influenza y en el tratamiento del
glaucoma y otros, algunos ejemplos de estos son:

Tratamiento de la Hipertensin:

-Captopril: primer diseo basado en el receptor.
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La enzima convertidora de angiotensina participa en dos
procesos que son importantes en la regulacin presin arterial.
Por una parte, acelera la conversin de la angiotensina I en
angiotensina II (vasoconstrictor). Por otra parte inactiva a la
bradiquinina (vasodilatador). Por tanto, la enzima convertidora de
angiotensina es un blanco molecular adecuado para el tratamiento
de pacientes con hipertensin.

La investigacin de inhibidores de la enzima convertidora de angiotensina surgi a partir de una
sustancia natural obtenida de una vbora venenosa del Brasil. Al momento de iniciarse los
estudios, en la dcada de los setenta, no se conoca la estructura tridimensional de esta
enzima. Sin embargo, s se conoca la estructura de una enzima parecida, la carboxipeptidasa
A de bovino.

Carboxipeptidasa

Utilizando a esta estructura como modelo y siguiendo una metodologa que actualmente se
denomina diseo de anlogo activo, investigadores de la compaa Squibb desarrollaron el
captopril, aprobado en Estados Unidos para su uso clnico en 1981.

Aunque el captopril no se desarroll utilizando clculos computacionales se puede considerar
como el primer ejemplo de un frmaco diseado basado en la estructura del receptor.
Recientemente se dio a conocer la estructura del captopril unido a la enzima convertidora de
angiotensina confirmando la hiptesis bajo la cual fue diseado:

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-Dorzolamida (Trusopt
):

La anhidrasa carbnica II humana es una enzima
que facilita la hidratacin del dixido de carbono
para formar bicarbonato, aunque diversas
anhidrasas carbnicas se localizan en varios
rganos, tejidos y clulas del cuerpo, la anhidrasa
carbnica II es de especial inters porque su
actividad est asociada a un incremento en la
presin intraocular, produciendo de esta manera el
glaucoma, por lo tanto, los inhibidores de la
anhidrasa carbnica son atractivos para el
tratamiento de esta enfermedad, actuando as la
dorzolamida inhibiendo la anhidrasa carbnica II en
los procesos ciliares del ojo resultando en una
disminucin de la secrecin del humor acuoso,

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Desde hace muchos aos se ha utilizado a la
metazolamida para el tratamiento del glaucoma. Sin
embargo, debido a que este frmaco se administra
en forma oral, causa efectos secundarios al inhibir la
anhidrasa carbnica que se encuentra en otras
partes del cuerpo. Por esta razn, era deseable
contar un frmaco que pudiese administrarse en
forma tpica (local y externa).

A mediados de la dcada de los ochenta la compaa Merck obtuvo por
cristalografa de rayos X la estructura de la anhidrasa carbnica unida a
una molcula que denominaron MK-927. A partir de esta estructura, de
clculos de la energa de diversas molculas similares a la MK-927 y
de estudios cristalogrficos, se dise a la dorzolamida, un inhibidor
potente de la anhidrasa carbnica.

Su uso clnico se aprob en 1994, con el nombre de Trusopt
y fue el
primer inhibidor de la anhidrasa carbnica que se logr formular como
solucin oftlmica y, por tanto, administrarse en forma tpica.

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-Brinzolamida (Azopt
):

Fue aprobada cuatro aos despus de la aprobacin de la dorzolamida
que tiene una estructura qumica muy parecida y tambin se administra
en forma tpica.

Tratamiento de la Influenza:

-Relenza (Zanamivir
):

Frmaco empleado para el tratamiento de la infeccin causada por el
virus de la influenza. Utilizando la estructura tridimensional de la
enzima sialidasa (llamada tambin neuraminidasa, un blanco molecular
para atacar al virus), y mtodos computacionales, se propuso la
estructura de inhibidores potentes de esta enzima (Von Itzstein y
colaboradores, 1993).

La estrategia computacional consisti principalmente en el anlisis
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grfico de la estructura de la sialidasa y el uso del programa GRID.
Este programa, muy utilizado en el diseo
de novo
de frmacos, es especialmente valioso para encontrar posibles sitios
de unin en una macromolcula.

Uno de los compuestos diseados en la compaa hoy llamada
GlaxoSmithKline, fue el relenza que se aprob para su uso clnico en
1999 con el nombre de Zanamivir
.

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-Oseltamivir (Tamiflu
):

Tambin aprobado en 1999 y hoy comercializado por la compaa
Roche. La investigacin de este frmaco, que est relacionado con el
relenza, tambin se hizo apoyndose en la estructura tridimensional de
la sialidasa.

Tratamiento contra el SIDA:

El mayor nmero de aplicaciones exitosas del diseo basado en la
estructura del receptor con la ayuda de mtodos computacionales ha
ocurrido hasta ahora en el campo del tratamiento del sndrome de la
inmunodeficiencia adquirida (SIDA). Poco despus de que se
detectaran los primeros casos a principios de la dcada de los ochenta,
se encontr que el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) es el
causante de esta enfermedad.

Hay diversos blancos moleculares sobre los cuales pueden interactuar
frmacos para detener la infeccin causada por este virus. Uno de ellos
es la enzima proteasa del VIH, que interviene en la maduracin de las
partculas virales.

La estructura tridimensional de esta enzima se dio a conocer a finales
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de la dcada de los ochenta.

-Saquinavir:

Hacia 1990 se report una de las primeras aplicaciones del diseo
basado en la estructura de esta enzima con el desarrollo del
compuesto entonces llamado Ro 31-8959. Este diseo culmin cinco
aos despus con la aprobacin del Saquinavir como el primer
inhibidor de la proteasa del VIH utilizado en el tratamiento del SIDA. A
partir de la estructura tridimensional de esta enzima se han diseado y
aprobado para su uso clnico ocho inhibidores de la proteasa de VIH.

-Tipranavir (Aptivus
):

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Es el inhibidor de ms reciente aprobacin, cuyo uso clnico se autoriz
en Estados Unidos el 22 de junio de 2005.

El uso de mtodos computacionales, aunado al anlisis estructural y
sntesis qumica, ha participado en forma muy importante en la
investigacin que produjo estos frmacos. Los estudios
computacionales han involucrado, generalmente, anlisis grficos de
las estructuras tridimensionales y clculos de energa. Resulta muy
interesante el desarrollo del indinavir (Figura 4, referido originalmente
por la compaa Merck con el cdigo L-735,524), que involucr la
prediccin correcta de la actividad biolgica de diversas molculas
utilizando clculos tericos (Holloway y colaboradores, 1995).

Ejemplos de frmacos empleados en el tratamiento del sida que
inhiben a la proteasa del VIH.

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Actualmente en Mxico se est trabajando, mediante tcnicas
computacionales, en el diseo basado en la estructura del receptor de
inhibidores de la enzima transcriptasa inversa, que convierte el cido
ribonucleico (ARN) que forma los genes del VIH en cido
desoxirribonucleico (ADN). Utilizando acoplamiento molecular
automatizado se han estudiado las interacciones que puede haber
entre diversas molculas y la transcriptasa inversa del VIH
(Medina-Franco y colaboradores, 2004) adems de otros estudios de
molculas que son inhibidores prometedores de este blanco molecular.

El futuro del diseo de frmacos mediante tcnicas
computacionales

Adems de los frmacos diseados con la ayuda de
mtodos computacionales se ha determinado la
estructura tridimensional de diversos frmacos en
uso clnico, obtenidos o diseados por otros
mtodos, y de sus respectivos blancos moleculares.
Algunos ejemplos son:

- La aspirina unida a la enzima ciclooxigenasa I: Aunque se sabe
que tambin se une a la ciclooxigenasa II; de ah sus efectos
secundarios de irritacin del estmago, gastritis y dao renal.

- El imatinib (Gleevec
):

Empleado en el tratamiento de ciertos tipos de enfermedades malignas
(especficamente la leucemia mieloide crnica y los tumores del
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estroma gastrointestinal).

- La atorvastatina (Lipitor
):

Usada en el tratamiento de la hiperlipidemia. Esta informacin est
siendo de gran utilidad para el diseo de nuevos frmacos.

Hoy el uso de la informacin estructural de los blancos moleculares y
mtodos computacionales es una prctica comn en la industria
farmacutica, en instituciones acadmicas y de gobierno de todo el
mundo. Esto ha sido favorecido por el fcil acceso a muchos
programas que son potentes y tienen un costo muy bajo o incluso son
gratuitos. Asimismo, la capacidad de los equipos de cmputo va en un
aumento vertiginoso, y los costos de estos equipos son cada vez ms
accesibles. Como consecuencia, adems de los ejemplos mostrados
de diseo exitoso de frmacos con mtodos computacionales, hay
muchos casos en que estas metodologas estn aportando informacin
muy importante a la investigacin. En Mxico, adems de los estudios
mencionados con la transcriptasa inversa, se ha realizado
acoplamiento molecular automatizado con la isomerasa de
triosasfosfato (Espinoza-Fonseca y Trujillo-Ferrara, 2004) y con la
3-hidroxi-3-metilglutaril-coenzima A reductasa (Medina-Franco y
colaboradores, 2005) para contribuir en el diseo de compuestos
antiparasitarios para combatir el colesterol en la sangre,
respectivamente. Otras aplicaciones se extienden a diversas
enfermedades incluyendo el cncer, el SIDA, la enfermedad de
Alzheimer, la hipertensin y la artritis, entre muchas otras.
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Se puede decir que los avances en bioinformtica aplicada al estudio
del VIH estn propiciando nuevos proyectos integradores como el
proyecto europeo de laboratorio virtual Virolab, que se basa en
tecnologa de computacin distribuida GRID el cual sirve para resolver
problemas de computacin masiva utilizando un gran nmero de comp
utadoras
, de tal modo que se podr proporcionar herramientas de comparticin,
procesamiento y anlisis de datos virolgicos, inmunolgicos, clnicos y
experimentales. Integrando datos de virus, pacientes y bibliogrficos
que podrn ser analizados mediante tcnicas estadsticas, de
visualizacin y simulacin molecular permitiendo la prediccin de la
respuesta vrica e inmunolgica con patrones complejos de
mutaciones.

Otro de los grandes hitos logrados por las computadoras en el avance
de la lucha contra el sida es el lanzamiento en el ao 2004 del primer
proyecto de computacin distribuida GRID aplicada a la biomedicina:
FightAIDS@Home. Hasta el momento se han realizado 4 experimentos
en los que utilizando programas de Diseo de Frmacos Asistido por
Ordenador se han rastreado casi 1.000.000 de molculas como
posibles frmacos inhibidores de distintas variantes de la proteasa del
VIH.

Videojuegos y computacin GRID (curar jugando):

Hoy da ya se est trabajando proyectos que explotan el potencial del
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procesador 'Cell' (Sony-Toshiba-IBM) de la videoconsola PlayStation 3
(PS3). En este mismo campo, es de resaltar tambin un proyecto de un
grupo de investigacin de la Universidad Pompeu Fabra de Barcelona
que ha desarrollado un programa que permite desarrollar computacin
GRID en el playstation 3 con el fin de acelerar los estudios sobre
dinmica molecular de protenas, un paso previo al desarrollo de
nuevos frmacos. Utilizando todo el potencial de clculo del procesador
Cell que puede equivaler a 100 procesadores de ordenadores
personales estndar. El proyecto se lanzar en Espaa bajo la
denominacin www.ps3grid.net y pretende conformar una red de 500 o
1000 PS3.

Estas aplicaciones, as como los avances en el desarrollo de mtodos y
programas computacionales para el diseo de frmacos, pueden
encontrarse en artculos publicados en revistas como Journal of
Medicinal Chemistry, Journal of Computer-Aided Molecular Design,
Journal of Chemical Information and Modeling, Bioorganic and
Medicinal Chemistry, Current Computer-Aided Drug Design, Nature
Reviews Drug Discovery y Science,
entre otras.

CONCLUSIN

Las computadoras se han convertido en una poderosa herramienta
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para generar modelos de frmacos interactuando con biomolculas.
Estos modelos ayudan a entender el mecanismo de accin de los
frmacos, proponer modificaciones para mejorar su efecto teraputico y
disear nuevas molculas. Hoy en da, ya hay diversos frmacos en
uso clnico que fueron diseados con la ayuda de mtodos
computacionales, muchos de ellos para el tratamiento del SIDA.

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BIBLIOGRAFA

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Protein Data Bank, banco de datos de blancos moleculares y otras
estructuras tridimensionales: http://pdbbeta.rcsb.or
g

Chimera: http: www.cgl.ucsf.edu/chimera/ ;
Molscript: http://www.avatar.se/molscript/ ;
Pymol: http://pymol.sourceforge.net/ ;
Raster 3D: http://www.bmsc.washington.edu/raster3d/ .

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