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Dinmica de las Protenas

Tema 3
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Esquema del Tema

Dinmica y Funcionalidad
Flexibilidad
Cambios conformacionales
Interacciones
Interaccin Protena/Ligando
Generalidades
Fraccin de saturacin
Cooperatividad
Alosterismo
Protenas transportadoras de
oxgeno
Mioglobina y Hemoglobina
Curvas de saturacin de O
2
Origen molecular de la
cooperatividad
Efectores alostricos de la
hemoglobina. Origen
molecular del alosterismo
2,3-BPG
Efecto Bohr
CO
2
Variantes naturales y
patologa molecular de la
hemoglobina
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Dinmica y Funcionalidad
La funcionalidad de las Protenas depende de
sus propiedades dinmicas
Flexibilidad
Las protenas no son estructuras rgidas
Su flexibilidad depende de un gran nmero de enlaces
dbiles
Cambios conformacionales
Son pequeas variaciones de la estructura terciaria
Sirven para regular la actividad de las protenas
Interacciones
Unin reversible de ligandos
Interacciones reversibles protena-protena
Se estabilizan mediante enlaces dbiles
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Interaccin Protena (P) / Ligando (L)

Muchas funciones dependen
de la unin reversible de
ligandos
Tipos de ligandos
En catlisis
P = enzima
L = sustrato, activador,
inhibidor
En sealizacin
P = receptor
L = hormona
En transporte
P = transportador
L = O
2
, lpido, azcar, etc.
En sistema inmunolgico
P = anticuerpo
L = antgeno
L
P
L
Sitio de
unin
Sitio de unin
Especfico y definido
Interacciones P-L
Enlaces dbiles:
Hidrofbicos
Inicos
Enlaces de H
van der Waals
Otros
Complejo PL
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Fraccin de Saturacin
Para un solo sitio:
P + L PL
Constante de
disociacin
Definimos
Fraccin de
Saturacin Y :
De las expresiones
anteriores
Ecuacin de
una hiprbola
1
0,5
0
Y
K
d
[L]
K
d

K
d

Unin dbil
Unin
fuerte
Definicin
de K
d
Concentracin de ligando para la
cual se alcanza la mitad de la
saturacin mxima (L

)
Representacin de Y frente a [L]
K
d
= L

Afinidad K
d

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Cooperatividad
Para varios sitios
Sitios equivalentes e
independientes
K
1
= K
2
= K
n
= L

c = 1
Sitios equivalentes y
dependientes
Supercooperatividad +
Todos simultneamente
c = n
Cooperatividad +
K
1
> K
2
> K
n
1 < c < n
Cooperatividad
K
1
< K
2
< K
n
0 < c < 1
P + L PL
K
1
PL + L PL
2
K
2
PL
2
+ L PL
3
K
2
PL
n-1
+ L PL
n
K
n

c coeficiente de Hill
P + nL PL
n
K
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Curvas de Cooperatividad Positiva

La afinidad aumenta a
medida que se van ocupando
los sitios
Resultado:
Curva sigmoidea
Superposicin de distintas
curvas hiperblicas tericas
Efecto homotrpico
Mismo ligando en los
distintos sitios (equivalentes)
La unin en un sitio afecta a
la afinidad en otros
(dependientes)
Si facilita: cooperatividad
positiva
Generalmente, cada sitio en
una subunidad proteica
(protenas multimricas)
1
0,5
0
Y
L

[L]
K
d

K
d

U
n
i

n

d

b
i
l

(
p
r
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r

s
i
t
i
o
)
Unin fuerte
(ltimo sitio)
Curva sigmoidea
U
n
i

n
cooperativa
L

representa la afinidad del conjunto

Para el conjunto No cabe hablar de K
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Modelos de Cooperatividad
Dos estados conformacionales de afinidad
T (tenso), baja afinidad,
R (relajado), alta afinidad,
La unin de L induce una transicin conformacional T->R
Dos modelos:
L L L L L
L
L L
L L
Modelo concertado (Monod, Wyman, Changeux; 1965)
Modelo Secuencial (Koshland, Nmethy, Filmer; 1966)
L L L L
L L
L L
L L
L
L L L
L L L L
tetrmero
tetrmero
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Alosterismo
Mecanismo de regulacin
Se debe a cambios
conformacionales inducidos
por la unin de un ligando
efector
Efecto heterotrpico
Entre sitios no equivalentes
Distintos ligandos
Cada uno su sitio especfico
Positivo activacin
En protenas multimricas
favorece estado R
Negativo inhibicin
En protenas multimricas
favorece estado T
I
Efector negativo (inhibidor)
Efector positivo (activador)
A
Activador
S
P
Sustrato
S
P
Sustrato
Inhibidor
A
P
I
P
S
P
A
P
S
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Curvas de Alosterismo
Solo heterotrpico
Activacin o inhibicin
sin cooperatividad
Activador
Aumenta la afinidad
Inhibidor
Disminuye la afinidad
Homo y heterotrpico
Cooperatividad + activacin o
inhibicin
Activador
Afinidad, cooperatividad
Inhibidor
Afinidad, cooperatividad
1
0,5
0
Y
L

[L]
L

+ Activador
1
0,5
0
Y
[L]
+ Inhibidor
+ Activador
L

Slo
cooperatividad
+ Inhibidor
K
d
K
d

K
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Ejemplo de Sistemas Alostricos: Protenas Transportadoras de O

2
Mioglobina
Hemoprotena
monomrica
Funcin:
Almacenamiento de O
2
en el msculo
Hemoglobina
Hemoprotena
tetramrica
Cada cadena es muy
similar a la mioglobina
Funcin:
Transporte de O
2
y CO
2
entre los pulmones y los
tejidos
Mioglobina
Hemoglobina
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El Sitio de Unin del Oxgeno

Fe
2+
Desoxi-Hb Oxi-Hb
O
2
Fe
2+
hemo
His
proximal
Fe
2+
Grupo hemo
Fe
2+
-protoporfirina IX
O
2
Histidina
distal
Histidina
proximal
Cavidad
hidrofbica
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Cmo Funciona el Transporte de O

2
?
Y Y
Y
Y
pO
2
Eficiencia del
transporte
Eficiencia
del
transporte
(Hemoglobina)
El transporte
es eficaz si la
saturacin en
los tejidos es
mucho menor
que en los
pulmones
mala
buena
(R)
(T)
La mayor eficacia se
consigue con un
comportamiento
cooperativo
(sigmoideo)
regular
Muy afn
Poco afn
Muy afn
Cooperatividad
pO
2
pO
2
pO
2
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Origen Molecular de la Cooperatividad

La hemoglobina es un
dmero de dmeros
Interfase

-
2

2
Interacciones inicas en
forma desoxi (T)
Grupos hemo muy
separados
La unin de O
2
en una
subunidad provoca:
Desplazamiento del Fe
2+
en
el plano del grupo hemo
Cambio conformacional
transmitido a las
subunidades vecinas
(Transicin T R)
Desoxihemoglobina
Oxihemoglobina
Interfase
1

1
-
2

2

2

1
Transmi-
sin del
cambio a
otras
subunida-
des
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Transicin T R en la Hemoglobina
1. Unin de O
2
a una
subunidad
Cambia sta de T a R
2. Reordenamiento de la
interfase
1

1
-
2

2
3. Cambio conformacional
transmitido a las
subunidades vecinas
Giro de 15 de
1

1
con
respecto a
2

2
Disminucin de cavidad
entre
1
y
2
4. Transicin T R en
subunidades vecinas
Aumento de afinidad por
el O
2
Cooperatividad
Forma T
(desoxi)
Forma R
(oxi)

1

2

1

2

1

1

1

1

2
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Efectores Alostricos de la Hemoglobina

In H
+
, CO
2
y 2,3-bisfosfoglicerato (2,3-BPG)
Efectores heterotrpicos
Actan como inhibidores
Estabilizan forma desoxi (T)
Disminuyen afinidad por el O
2
Facilitan liberacin en los tejidos
Acentan cooperatividad
Mejoran la efectividad del transporte
Permiten la regulacin fisiolgica de la hemoglobina
Modulan su afinidad por el O
2
Transporte de H
+
y CO
2
en sentido inverso al O
2
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Papel del 2,3-BPG

Compuesto inico
Carga negativa
Se une slo a las
formas T
Sitio de unin slo en las
formas T
2,3-BPG dificulta la
transicin T R
Estabiliza forma desoxi
Inhibe la unin de O
2
Sin 2,3-BPG
Mucha afinidad por O
2
Poca cooperatividad
Baja eficiencia del
transporte de O
2
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
p
50
O
2
P
50
O
2

1
0,5
0
Y
pO
2
(torr)
sin 2,3-BPG
con 2,3-BPG
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Papel del H
+
(Efecto Bohr)
Un pH ms bajo facilita la
liberacin de O
2
en los
tejidos
pH 7,4 (pulmones)
Mayor afinidad
pH 7,2 (msculo activo)
Menor afinidad
Origen molecular del efecto
Bohr
Grupos ionizables protonados
(dos His y N-terminal)
En estado protonado forman
puente salino
Estabilizan forma T (desoxi)
Disminuyen la afinidad por el
O
2
Se libera O
2
en los tejidos
pH 7,2 (en
los tejidos)
Protn
aadido
Puente salino
que estabiliza la
forma T (desoxi)
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Papel del CO
2
Una mayor presin parcial de
CO
2
facilita la liberacin de
O
2
en los tejidos
En los tejidos, pCO
2
alta
Menor afinidad por O
2
En los pulmones pCO
2
baja
Mayor afinidad por O
2
Origen molecular
CO
2
en los tejidos reacciona
con grupos N-terminal de la
Hb
Forma grupos carbamato con
carga
Participan en puentes salinos
de las formas T
Estabiliza forma desoxi
Facilita liberacin de O
2
Tejidos Pulmones
Y
carbamato
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Variantes Moleculares de la Hemoglobina

Hemoglobina fetal
Cadenas en lugar
de
His143 sustituida por
Ser (sin carga +)
Menor afinidad por el
2,3-BPG
Mayor afinidad por
O
2
Transferencia de O
2
desde la
hemoglobina
materna
+
+
+
+
+
+
+
+
-
-
-
-
-
Sustituido por Ser
(sin carga +)
Hemoglobina
2

2
Eritrocitos
maternos
(
2

2
)
Eritrocitos
del feto
(
2

2
)
El O
2
fluye desde la
oxihemoglobina materna a la
desoxihemoglobina del feto
Y