19/8/2014 ANOVA y prueba de Tukey en R | (noticias y tutoriales R)

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Prueba de ANOVA y Tukey en R
13 de junio 2013
Por Flavio Barros
(Este artculo fue publicado por primera vez en Flavio Barros r-bloggers , y amablemente
contribuy a R-bloggers)
OBS: Esta es una traduccin completa de una versin en portugus .
En muchos tipos diferentes de experimentos, con uno o ms tratamientos,
uno de los mtodos estadsticos ms utilizados es el anlisis de la varianza o
simplemente ANOVA . El ANOVA simple puede ser llamado "one way" o
"-nica clasificacin" y consiste en el anlisis de los datos incluidos en la
muestra de ms de una poblacin o datos de experimentos con ms de dos
tratamientos.
No es mi intencin de estudiar en profundidad el ANOVA, sino para
mostrar cmo aplicar el procedimiento en R y aplicar una prueba "post-
hoc" se llama la prueba de Tukey . Cuando llevamos a cabo un anlisis de
la varianza, la hiptesis nula es que considera que no hay diferencia en los
tratamientos decir, lo que una vez rechazada la hiptesis nula, la pregunta es
qu tipo de tratamiento son diferentes.
Para ilustrar el procedimiento consideramos una situacin experimental
donde una empresa est aplicando una prueba sensorial para un conjunto
de 15 panelistas en tres marcas diferentes de chocolate. Tres marcas se
comparan, uno que es el de referencia, y el objetivo es verificar la diferencia
de las marcas con el control. En este experimento, tenemos dos factores, la
marca y los catadores, y esperamos que no hay un efecto significativo de
los catadores. En cada evaluacin, el evaluador debe determinar la
diferencia en una escala de 0-7.
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La nota media de los tipos A, B y C fueron respectivamente 5,33 5,27 y
1,53. Claramente C, el control, no era diferente de la mayora de los
catadores, como se esperaba. Una manera de obtener fcilmente estos
promedios por grupo est utilizando tapply .
Finalmente corremos ANOVA y evaluar si existen diferencias entre marcas
y catadores.
qu resultados:
Anlisis de varianza Tabla
Respuesta: el chocolate $ Sabor
Df Suma cuadrados Mean Square F Valor Pr (> F)
$ 2 Tipo de chocolate 141.911 70.956 19,21 5.598e-06 ***
canoa Provador $ 14 32.578 2.327 0,63 0.8175
Residuos 28 103,422 3,694
---
Signif. cdigos: 0 '***' 0.001 '**' 0.01 '*' 0.05 '.' 0.1 '' 1
Desde la salida, vemos que el p-valor es 0.8175 para catadores que
indican que los asesores no tienen ningn efecto significativo sobre la
respuesta. Esto es deseable ya que se espera que los probadores pueden
discernir correctamente las marcas de chocolate. Tambin en la tabla
vemos que el valor de p ANOVA para el tipo de chocolate es muy
significativa, lo que indica la diferencia entre las marcas. As que de ahora
en adelante podemos hacer la prueba de Tukey para ver dnde estn las
diferencias.
que los resultados:
Comparaciones mltiples de medias de Tukey
95% de nivel de confianza familia de sabios
Fit: aov (frmula = ~ Chocolate Chocolate Flavor $ $ $ Tipo + Catador Chocolate)
$ `De chocolate $ Tipo`
lwr diff UPR p adj
BA -0,06666667 -1.803101 1.669768 0.9950379
CA -3,80000000 -5.536435 -2.063565 0.0000260
CB -3,73333333 -5.469768 -1.996899 0.0000337
Esta salida indica que las diferencias Ca y Cb son significativos, mientras
que BA no es significativa. Una forma ms "fcil" de interpretar esta salida
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data.frame (
Sabor =
c (5, 7, 3,
4, 2, 6,
5, 3, 6,
5, 6, 0,
7, 4, 0,
7, 7, 0,
6, 6, 0,
4, 6, 1,
6, 4, 0,
7, 7, 0,
2, 4, 0,
5, 7, 4,
7, 5, 0,
4, 5, 0,
6, 6, 3
),
Tipo = factor de ( representante ( c ( "A" ,
Demostrador = factor de ( representante (1:15,
1 tapply (chocolate $ Sabor, chocolate $ Tipo, media)
1
2
3
encajar <- lm (Chocolate ~ chocolate Sabor $ $ $ Tipo + Catador Chocolate)
Resumen (fit)
anova (fit)
1
2
a1 <- aov (Chocolate ~ chocolate Sabor $ $ $ Tipo + Catador Chocolate)
posthoc <- TukeyHSD (x = a1, "chocolate $ Tipo '
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es visualizar los intervalos de confianza para las diferencias de medias.
Se puede observar que slo el intervalo de confianza para BA contiene 0
Por lo tanto, parece que las marcas A y B no difieren entre s, pero son
diferentes de control de la marca.
Finalmente una forma alternativa para evaluar las diferencias de una manera
ms similar a la SAS est utilizando el paquete agricolae . Con l vamos a
aplicar el mismo procedimiento, pero la salida es un poco diferente.
Estudio:
Prueba HSD para el chocolate $ Sabor
Mean Square Error: 3.693651
chocolate $ Tipo, medios
chocolate.Sabor std.err r Min. Max.
Un 5.333333 0.3737413 15 2 7
B 5.266667 0.4078593 15 2 7
C 1.533333 0.5844547 15 0 6
alfa: 0,05; Df Error: 28
Valor crtico de Rango estudentizado: 3,49926
Diferencia honestamente significativa: 1.736435
Medias con la misma letra no son significativamente diferentes.
Grupos, Tratamientos y medios
una A 5.333
un B 5.267
b C 1.533
donde la salida final indica que ambos A y B pertenecen al mismo grupo, la
'a', y C es diferente de los otros dos, pertenece al grupo "b".
El puesto de ANOVA y prueba de Tukey en I aparecieron por primera vez
en Flavio Barros .
Para dejar un comentario para el autor, por favor siga el enlace y comentar en su
blog: Flavio Barros r-bloggers .
1 parcela (a1)
1
2
biblioteca (agricolae)
HSD.test (fit, "chocolate $ Tipo ' )
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