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Clase 17 bioq; Biosntesis de protenacontinuacin

Resumen;
Vimos que hay 64 posibles tripletes. Vimos que el cdigo
gentico es degenerado.
Como se aparea el
mRNA con el tRNA.
Hablamos de Wobble; hay posiciones donde se observan
mas variaciones de nucletidos en los codones, que es en
la posicin 3, y eso coincide porque hay a q tienen
muchos ms codones que codifican para el mismo a.
Despus hablamos de que el cdigo, a pesar de ser
degenerado, no es ambiguo: Un triplete define exactamente un a.


Marcos de lectura
El cdigo gentico no tiene coma, si se
introduce por una mutacin un nucletido,
el cdigo va a seguir leyndose en
tripletes, si falta un nucletido o sobra
uno, va a ver un cambio en el marco de lectura pero siempre va a leer de 3 en 3.
Dependiendo de donde se inicia la lectura del cdigo se va a seguir en ese marco, siempre triplete
con triplete.
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Por hebra de DNA tenemos 3 marcos de
lectura (3 espacios de tripletes por los
cuales iniciar).
Hay tambin codones STOP, en el cdigo
gentico hay 3, que son como puntos en
el cdigo y, por tanto, de los 64 son 61
codificantes. Eso es para rescatar los 6
marcos de lectura.
Siempre leemos en una direccin, no da lo mismo, porque es distinto el mensaje.
Entonces mis hebras son complementarias, leer esa hebra es otro mensaje que leer esta hebra,
porque la lectura tiene direccin, los ARNm leen de 5a 3, por tanto los marcos de lectura de ac
para ac van a empezar otro mensaje.
Denominamos a los marcos de lectura de un RNA
+1,+2,+3, dependiendo el triplete en que comienza, en la
otra hebra se denominan -1,-2,-3 dependiendo el triplete
en q comienza. Todos los 6 marcos de lectura se leen de
5a 3.
No importa si empezamos a leer en el codn +2 o en el -
1, cualquiera de los marcos de lectura se leen de a 3 y de
5a 3.
Cmo decide la clula cual de los 6 marcos de lectura va a usar?
Son 6 posibles marcos de
lectura, pero uno solo el que
se va usar.
El criterio utilizado es que de
cualquier marco de lectura
que se utilice va a ocurrir de
repente un codn STOP, la
mayora de las zonas es muy
interrumpida con codones
STOP pero hay zonas que son
mas extensas y uno podra
inferir que es la zona que
realmente se traduce.
Esta secuencia la podemos enviar al banco de datos para comparar y encontrar un gen que se le
parezca.
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Otra manera puede ser alrededor de esa secuencia buscamos otras regiones que sabemos se
asocian con genes, por ejemplo regiones que son promotores, como el sitio de unin de factores
de transcripcin (secuencias de consenso que estn en todos las genes ms o menos parecidos).
Si esto es as podemos pensar que ah hay un gen q codifica para una protena y de esa manera
interpretamos los datos de los genomas completos (se conocen como 100 genomas de distintas
especies)
Como dijimos anteriormente la mayor parte del ADN ecuariotico no es codificante, por eso para
los bioinformaticos es un gran desafo encontrar los genes.
Esto es muy importante en farmacia cuando se busca crear frmacos contra patgenos como por
ejemplo residuos virales, los cuales se mueven de DNA a RNA, y si uno entendiera como funcionan
se podra crear una estrategia para un tratamiento.
Este ejercicio (lo anterior) es muy importante y se llama .., que es; teniendo una secuencia que
sale de un computador luego de un experimento, esto lo hace una maquina, pero ahora hay que
interpretar la funcin de esta secuencia.
Primero uno analiza que podra ser, una secuencia codificante, un gen.
La comparacin de secuencias en distintas especies, por ejemplo con e. coli (donde tenemos
muchos genes que funcionan igual), permite secuenciar a muchas especies por analoga, lo cual
nos entrega mucha informacin a nosotros, acerca de la evolucin y que partes se han conservado
y cuales han aparecido.
Y la conclusin ms poderosa de toda la biologa molecular, es que todo, cada clula, cada cosa
viva que se encontr, funcionan de la misma manera. De ADN a ARN a protena y, el cdigo es el
mismo.
Por ello el cdigo gentico es universal, si nosotros
mezclamos distintos DNA en un tubo de ensayo y los
unimos mediante algunas protenas y tampones,
entonces ellos empezaran a producir protenas nunca
antes vistas, y esa es toda la tecnologa del ADN
recombinante.




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Esto en farmacia se usa mucho, por ejemplo la insulina, antes se aislaba del cerdo pero hoy en da
se usa la insulina recombinante; Se clona el gen que codifica para la insulina humana y se coloca
en un tubo de ensayo junto con el ADN plasmidial aislado de una bacteria, se unen y son colocados
en una bacteria, que como usa el mismo cdigo empieza a para producir la protena recombinante
que es igual a la humana.
Esto es un ejemplo de un virus que utiliza distintos marcos de lectura.
Otro fenmeno que ocurres y que todava no est claro es que, aunque solo existe un mensaje no
existe solo una protena, o sea es as, el ADN no es ambiguo, sin embargo en cada paso que existe
es posible arreglar, manipular, regular, sumado a los distintos marcos de lectura, y a que en
eucariotes tenemos intrones y exones (de manera de combinar distintos ARNs).
En plantas existe un fenmeno
que se llama Editing, que es la
edicin de un ARNm mientras
esta en el citoplasma, se
cambian los nucletidos
originales por otros y cambia la
secuencia de aa. Esta
secuencia no deriva del
genoma sino q ocurre de forma
posterior.




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Sntesis de las protenas
Ya vimos como se une el a al
tRNA; el tRNA es una cadena
nucleotidica con un lado 3y 5 y el
a se une al lado 3 H (unir cosas
siempre es en el 3) o 3 OH, pero
nosotros sabemos que todos los
tRNA maduros del citoplasma tiene
la secuencia CCA en su brazo
aceptor y, se une por la adenina q
no tiene OH.
Como est unido el a?, Como el a crece de amino a carboxilo, su amino tiene q salir y eso va a
ser la cabeza de la cadena y en el carboxilo se une el prximo a, as q activamos este enlace para
su unin al tRNA.

Esta formacin del enlace peptdico ocurre en el
ribosoma cuando esta todo junto, la subunidad
pequea con la subunidad grande.
Quien cataliza esta reaccin es uno de los RNA
de la subunidad grande.
Todos los tRNA tienen la secuencia CCA, y este
es el que se une al carboxilo de la a, y as con
todos los a.
Entonces entra un a, queda con su enlace
carboxilo activado, entra el siguiente y ah se hace el enlace peptdico.
De esa manera en el ribosoma necesitamos espacio mnimo para que en un momento dado para
formar el enlace se necesitan dos tRNA uno que tiene la cadena que crece y otro q entra con el
nuevo a.
Estos dos sitios son llamados sitios A y sitio P, el lado P es por donde crece el Pptido y, en el
lado A entra el Aminocido.
El mensajero se une al ribosoma y es ledo de 5a 3 (sentido).
Este esquema es como la mitad del proceso, ahora vamos a ver en ms detalle como ocurre el
inicio del proceso, elongacin y trmino, tiene 3 fases porque es un polmero de a.

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1.- Activacin del precursor:
Estos trabajos de polimerizacin, en
general, en vas biosintticas donde hay
que formar enlaces, necesitamos un
precursor activado, en este caso un ATP
completo para unir tRNA y un a.
Adems es importante que sea correcto, no
halla fallas con el codn.
2.- Iniciacin;
Que necesitamos para la iniciacin en procariontes; un
tRNA que tienen el codn que codifica para metionina.
Quizs las protenas maduras no tienen el met, porque lo
perdieron en el camino, pero todas las protenas inician con met. No necesariamente debe
finalizar con met. El f significa que es una met un poco modificada, tiene un grupo formil para que
la enzima que carga ese a se d cuenta que es de inicio, los otros met son normales.
Despus tenemos ayudantes, los iniciation factor IF1, 2 y 3, ellos se usan como para formar un
complejo que unen protenas, las arreglan y cambian formas, eso es movimiento, es energa, pero
en esta fase usamos GTP.
Y si todo est listo, recin entra la subunidad grande y eso induce que los chiquititos puedan salir
porque ya cumplieron su funcin.
Como encuentran los ribosomas un gen? Como saben dnde ir, las secuencias se unen por
complementariedad. Un ribosoma busca un mensajero que es un RNA, y el ribosoma tiene RNA,
as que para acercarse al mRNA el ribosoma se debe de aparear con el mensajero de alguna
manera.






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Si uno analiza muchos mensajeros que
codifican para distintas protenas y
ordenamos una secuencia debajo de la
otra, para que siempre el codn de inicio
de la traduccin queden en paralelo.
Y encontramos zonas pintadas en celeste
que tienen cierto parecido, que son
secuencias de consenso y que son las
zonas de unin al ribosoma. Estas
secuencias son llamadas tambin
secuencias Shine-Dalgamo.
Eso en procariotes, en nosotros funciona parecido.
Esta es la metionina que se utiliza para iniciar, el a
metionina que tiene un sulfihidrilo.



Este es el complejo de
iniciacin. Primero el mRNA
se aparea la subunidad
pequea (que en
procariotes es la 30S), y
que es la que aporta los
factores de iniciacin IF1 y
3 que se unen en el sitio P.
En el principio el sitio P
tiene que sentar sobre un
gen porque ah es donde
entra el primer tRNA con el
primer a.
Una vez que esta eso listo
los factores de iniciacin
van a salir, entra el tRNA cargado y ese induce el resto de los factores de iniciacin y gasta E para
que la forma de esa pequea unidad permita el reclutamiento de una subunidad grande, hasta ah
gastamos GTP.
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Hace varios aos atrs se rebel la
estructura de la protena en 3
dimensiones.
Pero trabajamos ms con el
esquema. En muchos esquemas,
adems del sitio P y A van a
encontrar un sitio que se llama E, E
de Exit, que es el sitio por el que
sale el tRNA que ya entrego su a

3.- Elongacin:
Aqu ocurre la verdadera unin de los a, la
formacin de la protena.
Ya no necesitamos factores de iniciacin
pero si factores de elongacin; en
procariotes es EF-Tu, EF-Ts y EF-G. (la
diferencia est en que unos factores son
resistentes a la temperatura y los otros no)
Aqu tambin como E tenemos a GTP, para
mover al ribosoma a lo largo del mensajero.
Entra el tRNA al ribosoma por
apareamiento anticodon en el sitio A.
El RNA de la subunidad grande cataliza
esta reaccin.
Despus tenemos la translocacin, en la
que se mueve un poco el ribosoma y se
suelta el tRNA, y eso induce tambin que
se suelten esos factores que apoyan la
elongacin.
Para unir cada a a la cadena se gastan 2
GTP.

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Enlace peptdico;
Se une el amino y el carboxilo y se
forma un enlace entre una C y una
N, muy complicado el enlace.


En esta imagen vemos el avance, adems podemos observar el
movimiento del ribosoma grande.
4.-Terminacion:
Por el cdigo gentico sabemos que derrepente va a ocurrir un codn STOP, que es un tRNA sin un
a, porque ese codn no codifica para un a, por tanto los siguientes no van a calzar y eso va a dar
tiempo a que se una factores de terminacin; RF-1 y 2 (reconocen distintos codones STOP)
Aqu se suelta el pptido y los ribosomas se separan y luego pueden volver a usarse para otro
mensajero.
Todo esto es como ocurre en procariotes, las partes ms importantes en nosotros es parecido
pero algunas partes son diferentes.




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Si vemos el sistema en total,
tenemos una fase de iniciacin
(con la subunidad pequea),
elongacin (una vez que esta
todo junto, empieza a crecer la
cadena aminoacidica) y
terminacin (que acaba con el
codn STOP).
Como vemos bien ac, como
son molculas que se
componen de a, en el
momento que crece la cadena
igual dirigen? Fuerzas
hidrofobicas, hidrofilicas, de carga y no carga, todos no covalente que van a doblar la protena.
Vamos a ver ahora que opcin tiene la protena en el momento que se sintetiza, porque en la
clula ecucariotica puede quedarse en el citoplasma o puede dirigirse directamente al RE para salir
al medio extracelular.

En esta imagen vemos la microscopia
electrnica y su interpretacin (de la sntesis de
protenas).
La lnea verde es el mensajero, las bolitas grises
el ribosoma y las cintas rojas las protenas que
se estn sintetizando.
De esta imagen podemos concluir que de un
mensajero, en un momento pueden traducir
varios ribosomas. (A medida que el 16S avanza
el siguiente puede continuar)

Aqu vemos poliribosomas en eucoriotas, las
ribosomas no son organelos, son como puntitos
que estn muy juntitos.

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Entonces en procariotes destacamos que
la transcripcin y traduccin estn
plenamente acopladas, pues en
procariontes no hay diferencia entre
ncleo y citoplasma.
El momento en que la ARN polimerasa
produce el mensajero, se unen
directamente las ribosoma y se produce
la cadena de la protena.

Estas son las mismas imgenes que antes pero en una sola hoja pueden usarla para practicar [LOL]



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Aqu hay inhibidores de la transcripcin;
Rifampicina; inhibe la RNA pol y bloquea la
sntesis de todos los RNAs.
-Amanitina; nos permite inhibir
diferencialmente los 3 tipos de RNA pol.
Actinomicina D; bloquea transcripcin
porque se une entre pares G-C.

Y todos estos son inhibidores de la
biosntesis de protenas, algunos son
solo para procariotas, otros solo para
eucariotas, algunas inhiben en ambos.

Aqu tenemos de ejemplo la Streptomicina, la forma en
que inhibe, es que interfiere en la unin entre el tRNA
cargado con el a y los codones.

Eritromicina: se une a un lugar
especfico en el rRNA 23S y bloquea la
elongacin al interferir la
translocacin del ribosoma.





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Esta es la forma de la puromicina, es muy
parecido a un tRNA y engaa al ribosoma y
se une en vez de un tRNA lo que bloquea e
impide la traduccin.
La tetraciclina, impide la unin de a en el
ribosoma.

Con el dogma de la biologa molecular, ya vimos
esa parte, y esa parte (:S), y ahora vimos esta parte
(XD).
Debemos destacar que para que una protena sea
funcional, es fundamental que su forma este en 3
dimensiones, sino no sirve.
Entonces no termina ac, aqu comienzan todos los
procesos post-traduccionales.
Lo mismo ocurre con los RNAs (donde hay varios)
En una clula eucariotica las protenas tienen
muchas rutas, pues la clula tiene muchos
compartimentos que tienen enzimas especficas.
Como saben las protenas a donde ir?, los
ribosomas siempre se encuentran en el citosol. Por
tanto la biosntesis de protenas ocurre siempre en
el citoplasma.
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Ac va a ser primero la met, y aqu va a depender, esta parte de la secuencia tiene como
caracterstica de que define si el ribosoma queda flotando en el citoplasma, o esa secuencia tiene
una caracterstica que lo dirige hacia el RE.
Por ende para mis protenas tengo las mismas opciones o se sintetizan en el citoplasma y quedarse
ah, o puede ir al RE; para as llegar a otros organelos o al ncleo [como los factores de
transcripcin, que se sintetizan en el citosol pero tienen su funcin en el ncleo] por medio de
vesculas.
Si es una protena que tiene que salir de la clula para cumplir su funcin (insulina, hormonas,
etc.), bueno una protena que ha sido sintetizada y liberada por completo en el citosol es
fsicamente imposible que salga por la membrana, as q si o si tiene que pasar por el RE y asi va
pasando por medio de vesculas del RE al golgi, otra vescula al citoplasma y sale por exocitosis.
Siempre rodeado en por lo menos una membrana, porque eso le permite unirse a las otras
membranas y pasar de pieza a pieza.
Para esas molculas que cumplen funciones en la membrana o afuera, la mayora de ellas necesita
una modificacin post-traduccional que es llevada a cabo principalmente por el golgi (tb hay
cambios en el RE), por ejemplo las glicosilan, como una forma de mantener su estructura o
ayudarla a cumplir su funcin.
La informacin para saber adnde ir, est en la misma protena. Parte de la secuencia de la
protena es la estampilla que dice adonde tiene que ir. Esta secuencia por ende debe estar en el
lado amino (porque es lo primero que sale).







Aqu tenemos una ARNm saliendo del ncleo con su cadena de poliA, llega al citoplasma se
encuentra con los factores de iniciacin y de elongacin (los mismos nombres pero con una
pequea e adelante, de eucariotes). Se une a los ribosomas y ocurre la transduccin.


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Aqu vemos todo lo que vimos anteriormente pero esquematizado y resumido en como es en
eucariotas XD
Esta es una imagen ms
espectacular de los polirribosomas.
Los polirribosomas fueron un
enigma por mucho tiempo, porque
la vean en las clulas por los
microscopios, pero no saban que
era.




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Y esto era de lo que hablamos
acerca de que los ribosomas
del RER se encuentran en el
lado del citoplasma.














Se postula que la mitocondria (manchita roja) habra ingresado como procariota a la clula
eucariota y, como era tan eficiente produciendo energa se habra quedado formando parte de la
estructura. Por eso la mitocondria conservara su propio ADN y, tendra sus dos membranas (una
sera la propia y la otra de la membrana celular cuando entro).


EXTRAAA; la profe se ha emocionado y a comenzado con la siguiente diapo XDD


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Asortamiento de las protenas:
Todo el movimiento de las protenas, desde su
biosntesis hasta adonde van al final, se llama
asortamiento de las protenas o traficking.
Como salen las seales intrnsecas (que dicen a donde ir)
entonces: todo depende de las secuencias y de los
grupos funcionales como todo lo dems :S
Y una vez que tengo mi forma tengo que
interactuar con alguien que reconoce mi forma
(ya sea la misma membrana) para poder cumplir
mi funcin.
Y para todo esto necesitamos E.

Y este es el seor que se gano el premio nobel por
la hiptesis de seal:
Y este es un experimento de cmo confirmaron
esa hiptesis.
Entonces hay una protena X que se conoce la
secuencia, y ellos (con muchos trabajos
anteriores) sospechaban que esa secuencia era
necesaria para que la protena se ubique en el ncleo.
Entonces ellos cambian un a (no cambian la protena,
cambian la informacin) de esa secuencia, y ahora la
protena se encuentra en cualquier lado menos en el
ncleo.
Los que van a la mitocondria no pasan por el RE, y esa
seal puede ir en otra parte q no sea en el amino
termino.
Pero todo lo que debe pasar por el RE si necesita esa primera seal en el amino termino para
dirigirla.