Universit di Napoli Federico II

Dottoranda: Claudia Vicari

Tutori: Prof. Vincenzo Pavone
Prof. Flavia Nastri

Corso di dottorato in Scienze Chimiche
XXVI Ciclo

MODELLI SINTETICI DI METALLO PROTEINE

Molti dei pi importanti processi che caratterizzano un sistema biologico coinvolgono
metalloproteine, che svolgono un ruolo essenziale nella biochimica degli organismi viventi.

Esse
hanno elevate efficienza e selettivit, sia quando agiscono da catalizzatori, sia nei fenomeni di
riconoscimento molecolare. La composizione proteica e lorganizzazione strutturale della catena
peptidica dettano le propriet della prima e della seconda sfere di coordinazione (geometria di
coordinazione del metallo, numero, tipo, e propriet dei ligandi assiali, costante dielettrica locale,
idrofobicit, formazione di legame idrogeno in prossimit del sito attivo). Lo stesso ione metallico
riesce cos a svolgere funzioni molto diverse a seconda della matrice peptidica che lo contiene. Una
strategia innovativa per esplorare le interazioni specifiche che regolano la reattivit del centro
metallico costituita dallo sviluppo di composti modello di metalloproteine di natura peptidica.
Essi offrono due vantaggi rispetto allo studio sia di grandi proteine che dei tradizionali composti
modello:
sono sufficientemente piccoli, da evitare le ambiguit di interpretazione talvolta associate
allo studio di grandi proteine;
hanno dimensioni sufficienti, da consentire la costruzione di particolari siti di legame e
riprodurre la specificit delle metallo proteine naturali.

Lo sviluppo di composti modello dotati di elevate efficienza e stabilit, e di funzioni che non si
riscontrano negli enzimi naturali, ha importanti applicazioni in ambito biotecnologico,
farmaceutico, alimentare.
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Nel corso del mio progetto, questapproccio sar applicato ad una importante classe di metallo
proteine: le eme-proteine. In queste proteine, un singolo gruppo prostetico, costituito da un
macrociclo tetra-pirrolico, svolge numerose funzioni: quali accumulo e trasporto dellossigeno
(nella mioglobina e nell emogobina), trasferimento elettronico (nei citocromi), ossidazione di
substrati organici (nel citocromo P450), dismutazione del perossido di idrogeno (nelle perossidasi).
Le perossidasi sono enzimi capaci di catalizzare lossidazione di una vasta variet di substrati
organici e inorganici sfruttando come accettore di elettroni il perossido didrogeno.
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Il loro sito
attivo caratterizzato da uno ione Fe(III) penta-coordinato, in cui un residuo di istidina funge da
legante assiale. Un altro residuo di istidina, non coordinato allo ione metallico, situato dal lato
opposto del piano delleme (istidina distale). Un complesso set di interazioni, sia dal lato prossimale
che da quello distale, detta la specificit del sito attivo.
Lelevata attivit delle perossidasi nei confronti di numerosissimi substrati, suscita interesse in
numerose applicazioni in ambito analitico ed industriale: dal biosensing, alla degradazione di
inquinanti ambientali nelle acque, alla catalisi in chimica fine. Tuttavia, lalto costo di produzione e
la degradazione durante i processi catalitici limitano fortemente le potenziali applicazioni. I
composti modelli di natura peptidica, caratterizzati da costi di produzione minori e maggiore
resistenza in condizioni spinte, appaiono ottimi sostituti. Lobiettivo di questo lavoro di tesi lo
sviluppo di modelli di eme-proteine di dimensioni ridotte, stabili e poco costosi, capaci di svolgere
diverse funzioni con elevate efficienza e selettivit, per possibili applicazioni in ambito chimico,
biologico, farmaceutico. Sar intrapresa unanalisi dettagliata dellintrono del gruppo eme, e sar
condotto un attento desing della la seconda sfera di coordinazione, per modulare le propriet del
gruppo eme ed ottimizzare le propriet catalitiche dei modelli. In particolare, con lobiettivo di
ottenere modelli catalitici, sar indagato il ruolo dell istidina distale. La posizione di questo residuo
sar variata per ottenere modelli esa o penta -coordinati.
Ad oggi, sono stati sviluppati diversi modelli di eme-proteine. Tuttavia, essi presentano
generalmente lo ione ferro esa-coordinato, e sono cos utili nellambito del trasferimento
elettronico, ma non in quello della catalisi organica.
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Si trovano rari esempi di eme-proteine
sintetiche con intorno di coordinazione asimmetrico, che sono per caratterizzati da attivit
generalmente basse, decomposizione da parte dell ossigeno molecolare e del perossido di idrogeno,
tendenza a formare aggregati in soluzione acquosa.
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La strategia di design che verr seguita nel corso del mio progetto prevede inizialmente lo sviluppo
di modelli quanto pi semplici possibile. Saranno poi effettuate successive modifiche, per introdurre
nuove interazioni e costruire siti attivi pi complessi. Modulando la carica e laccessibilit del sito
di binding sar anche possibile volgere lattivit della molecola nei confronti di nuovi substrati, per
i quali le perossidasi naturali non presentano elevata attivit. Attraverso un processo iterativo, in cui
saranno alternate fasi di design, sintesi e caratterizzazione, questi studi offriranno unimportante
opportunit per esplorare le relazioni tra struttura e funzione nelle eme-proteine naturali, correlare le
propriet delleme con la struttura della matrice proteica, raggiungere una comprensione globale
delle interazioni coinvolte nel controllo della reattivit dei centri metallici da parte della
componente peptidica nelle metallo proteine.

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