UNIVERSIDAD AUTNOMA DE NUEVO LEN

FACULTAD DE CIENCIAS FSICO MATEMTICAS

NOMBRE DE LA UNIDAD DE APRENDIZAJE: Bioinformtica
MODALIDAD: Presencial.
SEMESTRE: 4
OBLIGATORIA/OPTATIVA: Obligatoria
CREDITOS: 4
HORAS PRESENCIALES: 3 / Semana
HORAS DE TRABAJO EXTRA-AULA: 3 Horas / Semana
FECHA DE ELABORACION: 27/Feb/2009
FECHA DE LA LTIMA ACTUALIZACIN: 27/Feb/2009
RESPONSABLES DEL DISEO: Dra. Martha Guerrero Olazarn
Dr. Jos Mara Viader Salvado
M.C. Eddy Luz Cab Barrera
C.P.A. Sofa Herminia de la Paz Ziga
M.T. Jorge Hernndez Bez

PROPSITO:
Utilizar el lenguaje de programacin PERL o alguno similar, que permitan obtener las
habilidades necesarias para analizar, disear y programas software enfocado a ambientes
de biotecnologa.

COMPETENCIAS GENERALES:
- Capacidad para un aprendizaje autnomo y continuo.
- Capacidad para la resolucin de problemas y la adecuada toma de decisiones.
- Habilidades para la generacin y la aplicacin de conocimientos.

COMPETENCIAS ESPECFICAS:
- Analizar procesos de negocio para determinar reas de oportunidad y disear
esquemas que permitan a las organizaciones ser ms eficientes en dichos
procesos utilizando herramientas de tecnologa de informacin
- Aplicar modelos matemticos para investigar, innovar, desarrollar y patentar
nuevas tecnologas computacionales en las ciencias y en el mbito empresarial.
- Producir alternativas tecnolgicas que permitan a las organizaciones estar a la
vanguardia y tener ventajas competitivas que sean econmicamente justificables.

COMPETENCIAS PARTICULARES:
- Utilizar las estructuras bsicas de programacin de PERL o similar
- Comprobar validaciones de datos de entrada en los programas, almacenar
y obtener datos del sistema
- Evaluar las estructuras selectivas y repetitivas utilizadas para resolver un
problema


UNIVERSIDAD AUTNOMA DE NUEVO LEN
FACULTAD DE CIENCIAS FSICO MATEMTICAS



- Disear programas sencillos utilizando las estructuras bsicas del lenguaje
PERL o similar, funciones y archivos

CONTENIDO TEMTICO:
A. Introduccin al lenguaje
B. Variables y tipos
C. Operadores
D. Estructuras de control
E. Expresiones regulares
F. Biblioteca de funciones
G. Operaciones con archivos y directorios
H. Subrutina y paso de parmetros
I. Estructura de datos mas complicadas
J. Objetos
K. Paquetes y mdulos
L. Otras aplicaciones en bioinformtica

PRODUCTO INTEGRADOR:
Entregar un proyecto de anlisis y desarrollo de una aplicacin en el lenguaje utilizado en
clase haciendo la manipulacin de las bases de datos biolgicas, con las caractersticas
definidas por el maestro

BIBLIOGRAFIA:
Tisdall James, (2001). Beginning Perl for Bioinformatics 1
st
Edition. Editorial O Reilly.
ISBN: 0-596-00080-4
ISBN-13: 978-0596000806

Bessant Conrad, Shadforth Ian, Oakley Darren (2009). Building Bioinformatics Solutions:
with Perl, R and MySQL 1
st
Edition. Oxford University Press, USA
ISBN-10: 0199230234
ISBN-13: 978-0199230235

Moorhouse Michael, Barry Paul (2004). Bioinformatics Biocomputing and Perl: An
introduction to Bioinformatics Computing Skills and Practice , 1
st
Edition. John Wiley &
Sons Ltd
ISBN-10: 047085331X
ISBN-13: 978-0470853313

Dwyer Rex A. (2003). Genomic Perl: From Bioinformatics Basics to Working Code 1
st

Edition. Cambridge University Press
ISBN-10: 052180177X
ISBN-13: 978-0521801775