1.

MODELO DE DINAMICA MOLECULAR del inhibidor de la

tripsina pancretica bovina (BPTI). Esta rata de laboratorio de los
qumicos computacionales, adoptada por su relativa simplicidad, se
ilustra rodeada de molculas de agua (esferas verdes y blancas). Aun-
que el agua complica los clculos necesarios para generar modelos
de protenas, su inclusin es obligada, si queremos conocer cmo
funcionan las biomolculas en el medio celular, acuoso.
El agua y las mo lculas de la vida
E
l agua es barata, cuando no
gratuita, en buena parte del
mundo. Pero durante el verano
de 1986, uno de los autores (Levitt)
pag medio milln de dlares por una
gota que caba en la punta de un
alfiler. No es que ese mnimo valiera
semejante precio. Con el dinero se
pagaron dos semanas de trabajo de
un superordenador especial, sin el
cual no se habra podido elaborar
un modelo capaz de explicar de qu
modo el agua condiciona la estructura
y el movimiento de una protena
particular.
La protena en cuestin era el inhi-
bidor de la tripsina pancretica bovina
(BPTI, del ingls bovine pancreatic
trypsin inhibitor), que se encuentra
en el pncreas del ganado. El BPTI
es una de las molculas favoritas
de los modelizadores por ordenador
por su menguado tamao, lo que
facilita su investigacin frente a las
dems protenas. El equipo de Mar-
tin Karplus, de la Universidad de
Harvard, haba obtenido un modelo
en 1977, pero slo en el vaco, es
decir, sin que ninguna otra molcula
interaccionara con el inhibidor. Na-
die haba representado el BPTI tal
y como se encuentra en el interior
celular, rodeado de miles de mol-
culas de agua.
Estuvo muy bien empleada la for-
tuna gastada. No slo sirvi para que
Levitt y Ruth Sharon, colaboradora
suya, comprobaran que el modelo
anterior del BPTI en el vaco no
predeca adecuadamente el aspecto
de la protena ni su comportamiento
en el mundo real, sino que tal des-
cubrimiento contribuy a preparar
el camino para que otros qumicos
simularan las estructuras de nuevas
molculas biolgicas en el medio
acuoso natural.
Merced al progreso de la tcnica
informtica, con un ordenador de
sobremesa podemos ahora crear mo-
delos del BPTI y protenas similares
en un par de das y 100 pesetas en
gastos de energa elctrica. Se han
creado representaciones en entorno
acuoso de ms de cincuenta protenas
y cidos nucleicos.
Por qu es tan importante conocer
los efectos ejercidos por el agua sobre
la forma de las biomolculas? Por una
razn poderosa: la estructura de una
molcula anuncia su funcin, lo que
ayuda a descifrar las interacciones
bioqumicas que subyacen bajo los
fenmenos vitales. En una vertiente
aplicada, la comprensin de la es-
tructura de las biomolculas en el
entorno acuoso allana el camino para
la fabricacin de nuevas medicinas
que acten mediante el bloqueo de
una ruta bioqumica o a travs de la
potenciacin de sta.
P
ara adentrarnos en el modo en
que el agua condiciona la estru-
ctura de las biomolculas, hemos de
empezar por describir las propiedades
distintivas del agua. Dichas notas
caractersticas surgen de su propia
estructura y de la forma en que
esta estructura le permite adminis-
trar las cargas elctricas de otras
molculas.
Una molcula solitaria de agua
(H
2
O) presenta geometra tetradrica,
con un tomo de oxgeno en el centro
del tetraedro, dos tomos de hidr-
geno en dos de los cuatro vrtices y
nubes de carga negativa en los otros
dos. Las nubes de carga negativa
son el resultado de la unin de las
El agua y las mo lculas de la vida
La modelizacin mediante ordenador
pone al descubierto la forma en que el agua
condiciona la estructura y dinmica
de las protenas y otras biomolculas
Mark Gerstein y Michael Levitt
59
60 INVESTIGACIN Y CIENCIA, enero, 1999
estructuras atmicas de oxgeno e
hidrgeno. De un modo muy sim-
plificado, digamos que el oxgeno
tiene ocho electrones, dotados de
carga negativa, que giran en torno
al ncleo, portador de carga posi-
tiva: dos electrones en una corteza
interior y los seis restantes en la
corteza exterior. La corteza interior
admite slo dos electrones; est,
pues, completa. Pero la corteza
exterior puede albergar hasta ocho.
El hidrgeno posee un electrn.
Cuando el oxgeno se combina
con dos hidrgenos, atrae a sus
electrones para completar la corteza
exterior. Puesto que cada electrn
del hidrgeno pasa ms tiempo al-
rededor del tomo de oxgeno que
en torno a su propio ncleo cargado
positivamente, la molcula de agua
es polar: tiene dos nubes con una
ligera carga negativa alrededor del
tomo de oxgeno, mientras que sus
dos tomos de hidrgeno soportan
cargas ligeramente positivas. Sin
embargo, estos dos tipos de cargas
se compensan entre s y, en con-
secuencia, las molculas de agua
son elctricamente neutras.
Los qumicos no suelen representar
las nubes de carga negativa alrededor
del tomo de oxgeno de una mol-
cula de agua; antes bien, acostum-
bran optar por figurar la molcula
de agua en forma de V. Cada brazo
de la V corresponde a un enlace
oxgeno-hidrgeno con una longitud
aproximada de 10
8
cm. El ngulo
que generan las dos ramas de la
V vale unos 105 grados, algo por
debajo del ngulo de 109,5 grados
que forman cualquier par de lados
de un tetraedro perfecto.
Por mor de la polaridad de las
molculas de agua, se privilegian
las interacciones entre un hidrgeno,
dotado de carga positiva, de una
molcula de agua y el oxgeno de
otra, portador de carga negativa. Es-
tas interacciones reciben el nombre
de enlaces o puentes de hidrgeno.
Reflejando la geometra tetradrica del
agua, cada molcula de agua lquida
establece cuatro enlaces de hidrgeno:
dos entre sus hidrgenos y los tomos
de oxgeno de otras dos molculas
de agua, y dos entre su tomo de
oxgeno y los hidrgenos de otras
dos molculas de agua. Mas, a
diferencia de lo que ocurre en el
agua helada, constituida por una
red de molculas dispuestas en una
geometra tetradrica perfecta, la
estructura del agua lquida puede
mostrarse catica e irregular. El
nmero real de enlaces de hidr-
geno por molcula de agua lquida
oscila entre tres y seis, con una
media aproximada de 4,5. La ne-
cesidad de mantener una estructura
tetradrica sobre la base de enlaces
de hidrgeno confiere al agua una
estructura abierta y apenas com-
pactada, si la comparamos con la
estructura de la mayora de otros
lquidos, como los aceites o el
nitrgeno licuado.
Para construir un modelo inform-
tico del agua, se requiere introducir
dos tipos de fuerzas, las intermole-
culares y las intramoleculares. Las
interacciones que acontecen dentro
de una molcula de agua se mode-
lizan en trminos de corto alcance,
fuerzas a modo de muelle creadas
por los enlaces qumicos entre los
hidrgenos y el oxgeno de cada
molcula. Las interacciones entre las
molculas de agua se modelizan en
trminos de fuerzas elctricas, de largo
alcance. Las fuerzas intramoleculares
acotan dentro de ciertos valores las
longitudes de los enlaces entre el
oxgeno de cada molcula de agua
2. LOS PUENTES DE HIDROGENO dan
al agua sus propiedades singulares. En este
modelo de agua lquida, la molcula central
(una esfera roja y dos blancas) ha tendido
puentes de hidrgeno (lneas verdes) con otras
cinco molculas de agua (en forma de V de
color rosa). Sus tomos de hidrgeno (de co-
lor blanco) estn enlazados con los oxgenos
de otras dos molculas de agua; su tomo
de oxgeno (de color rojo) est enlazado con
un hidrgeno de cada una de otras tres
molculas de agua. Cada molcula de agua
lquida suele establecer cuatro o cinco enlaces
de hidrgeno.
3. CENTRO ACTIVO de la lisozima. Es
sta una enzima que mata las bacterias al
degradar los azcares de las paredes celu-
lares. El centro activo se halla en el surco
principal de la protena (arriba, izquierda).
La forma del surco se adapta a la morfolo-
ga de las molculas que rompe (esferas de
color prpura, arriba, derecha). La modeli-
zacin de la interaccin entre agua y surco
(abajo, izquierda) facilita la elaboracin de
un mapa del centro activo (abajo, derecha;
el sombreado verde indica las molculas de
agua fcilmente desplazadas). Este tipo de
mapas puede ser clave para el diseo de
nuevos frmacos que bloqueen o potencien
la actividad de una enzima.
y sus hidrgenos, as como el ngulo
formado entre cada uno de estos enla-
ces. Las fuerzas en cuestin recuerdan
a los resortes; cuanto ms distorsiona
los enlaces una fuerza externa, tanto
mayor resistencia oponen a esa fuerza
los enlaces.
Las fuerzas intermoleculares de
largo alcance ejercidas entre mol-
culas de agua desarrollan un com-
portamiento distinto del mostrado por
las fuerzas intramoleculares; mengua
su intensidad al crecer la distancia.
Las fuerzas de largo alcance surgen,
fundamentalmente, de la atraccin
entre cargas de signo opuesto y de
la repulsin entre cargas del mismo
signo. Estas fuerzas dan lugar a
enlaces de hidrgeno y tambin a
atracciones ms dbiles, las fuerzas
de van der Waals.
L
os primeros escarceos sobre si-
mulacin informtica de molcu-
las de agua se remontan a las postri-
meras de los aos sesenta. Aneesur
Rahman y Frank H. Stillinger, de
los Laboratorios Bell, simularon el
movimiento de 216 molculas de agua
en una caja rectangular. (Eligieron ese
guarismo para su modelo porque es
el nmero que encaja en un recep-
tculo de 6 6 6 molculas.) Dur
su simulacin cinco picosegundos, el
mximo alcanzable por la tcnica en-
tonces disponible. Rahman y Stillinger
observaron que el comportamiento del
agua era una consecuencia directa de
las relaciones entre las molculas de
agua. Esta simulacin reprodujo, en
expresin cuantitativa, muchas de las
propiedades del agua, a saber, su es-
tructura media, velocidad de difusin
y calor de vaporizacin.
La importancia del agua en los
procesos vitales deriva no slo de
su capacidad para establecer enlaces
de hidrgeno con otras molculas de
agua, sino tambin de su capacidad
para interaccionar con una amplia di-
versidad de biomolculas. Por su natu-
raleza polar, el agua interacciona con
otras molculas polares (cidos, sales,
azcares y las distintas regiones de
protenas y ADN). En razn de tales
interacciones el agua puede disolver
molculas polares, por cuyo motivo
se les aplica a stas el calificativo
de hidrfilas. No interacciona bien,
por contra, con molculas apolares
como las grasas; cualquiera puede ver
que no hay modo de mezclar agua
y aceite. De las molculas apolares
se dice que son hidrfobas.
Las protenas y el ADN compren-
den zonas hidrfilas e hidrfobas
distribuidas en largas cadenas. La
respectiva estructura tridimensional
de estas molculas viene dictada por
el plegamiento de las cadenas en
configuraciones ms compactas de
suerte tal que los grupos hidrfilos
aparezcan en la superficie, donde pue-
INVESTIGACIN Y CIENCIA, enero, 1999 61
MARK GERSTEIN y MICHAEL LE-
VITT vienen colaborando activamente
desde hace aos. Levitt ensea biolo-
ga estructural en Stanford; Gerstein,
en Yale.
4. MOLECULAS de morfologa casi idntica. Interaccionan de manera diferente
con molculas de agua segn sean polares, tengan cargas parciales en algunos de
sus tomos, o carezcan de carga y sean, por tanto, apolares. La urea, una molcula
polar presente en la orina, establece enlaces o puentes de hidrgeno con molcu-
las de agua (esferas de color prpura, arriba). Por contra, el isobuteno apolar no
engendra este tipo de enlaces; antes bien, las molculas de agua tienden puentes
de hidrgeno entre s alrededor del isobuteno, desarrollando una estructura en
forma de jaula (esferas verdes, abajo).
den interaccionar con el agua, y los
grupos hidrfobos quedan encerrados
en el interior, alejados del agua. En
1959, Walter Kauzmann propuso que
ese efecto hidrfobo era crucial para
el plegamiento de las protenas. Y
hoy sigue siendo tema de enorme
inters el papel que desempee la
hidrofobia en el plegamiento de las
protenas.
E
xisten tres tipos de agua que de-
ben entrar en consideracin al
construir un modelo informtico de
una molcula en disolucin acuosa:
el agua ordenada, que rodea e
interacciona intensamente con la mo-
lcula, el agua a granel, situada
en zonas alejadas, y otra que queda
escondida en el seno de la molcula.
Hay en la clula miles de millones
de molculas de agua. Las clu-
las humanas son agua en su mayor
parte. Aproximadamente el 60 por
ciento del peso del cuerpo humano
corresponde al agua.
Cmo construimos el modelo de
estas molculas de agua en asociacin
con los tomos de una biomolcula?
Primero se describen las interaccio-
nes bsicas entre todos los tomos;
dejamos despus que de ah surja un
sistema segn las leyes de la fsica
newtoniana. Una simulacin de este
tipo requiere dos ingredientes prin-
cipales, a saber, un camino que nos
permita describir las interacciones
intramoleculares e intermoleculares
entre el agua y las biomolculas
y un procedimiento para carto-
grafiar la dinmica molecular,
sus movimientos a lo largo del
tiempo.
La dinmica molecular genera
una secuencia de configuraciones
que recuerda a los fotogramas
de una pelcula. Cada tomo
se mueve a lo largo del tiempo
en una serie de pasos discretos, o
saltos temporales. Si ninguna fuerza
acta sobre el tomo, la distancia
que recorra ser una funcin de la
velocidad que llevaba en su posicin
anterior, pues la distancia es igual
a la velocidad multiplicada por el
tiempo. Ahora bien, durante un salto
temporal, las fuerzas ejercidas por
otros tomos provocan la aceleracin
del tomo, su cambio de velocidad.
Pero si las fuerzas persisten cons-
tantes durante el salto temporal, las
leyes de Newton establecen que el
cambio de velocidad sea proporcional
a la fuerza, de modo que podamos
obtener un clculo de la velocidad
actualizada. Con esa velocidad actua-
lizada calcularemos la nueva posicin
del tomo. Los tomos de un lquido
sometidos a intensas interacciones no
pueden recorrer grandes distancias;
es necesario usar un salto tempo-
ral corto: un femtosegundo (10
15

segundos). Durante dicho intervalo,
la molcula apenas se desplaza un
1
/
500
de su dimetro.
En una simulacin prolongada, el
clculo de cada salto temporal de
todos los tomos de una biomol-
cula con su agua ordenada genera
una enorme cantidad de datos. Una
protena pequea baada en agua, por
ejemplo, produce medio milln de
conjuntos de coordenadas cartesianas
en un nanosegundo; cada uno de esos
conjuntos describe las posiciones de
unos 10.000 tomos. La pelcula que se
obtiene con este tipo de simulaciones
registra con suma nitidez numerosos
detalles. En la serie de millones de
fotogramas contemplamos el giro, la
vibracin y el desplazamiento de cada
molcula de agua.
Ilustremos con dos molculas or-
gnicas sencillas las posibilidades
que encierra la simulacin infor-
mtica para filmar la manera en
que el agua condiciona la dinmica
molecular. Sern el isobuteno y la
urea, de morfologa similar aunque
propiedades muy diferentes. El is-
obuteno, un hidrocarburo producido
en las refineras de petrleo, tiene
forma de Y, es una molcula apolar
(hidrfoba, por tanto) y consta de
cuatro tomos de carbono, dos de
ellos unidos por un doble enlace. La
urea es un producto del metabolismo
de protenas que se segrega con la
orina. Tambin tiene forma de Y: un
grupo carbonilo (C=O) unido a dos
grupos amino (NH
2
). A diferencia del
isobuteno, la urea es una molcula
muy polar, muy hidrfila.
62 INVESTIGACIN Y CIENCIA, enero, 1999
5. LA DOBLE HELICE DE ADN (arriba) tiene
dos columnas vertebrales (esferas rojas y amari-
llas), envolviendo una retahla de pares de bases
(esferas grises, azules, rojas y blancas). Si opera-
mos un corte a travs de una de las imgenes
de los fotogramas de la simulacin del ADN en
un medio acuoso (abajo), observaremos que las
molculas de agua (en forma de V de color verde
y blanco) se adentran en las profundidades de
la doble hlice del ADN y la estabilizan. Las
esferas de color prpura representan iones de
sodio en el medio.
Cuando se simula la
dinmica molecular de
isobuteno y urea, se advierte
que el agua se comporta de
modo distinto en torno a uno u
otra. Las molculas de agua inte-
raccionan directamente con la urea,
estableciendo puentes de hidrgeno
con los tomos de hidrgeno y ox-
geno de la urea, as como entre s
mismos. Por contra, las molculas de
agua se alejan del isobuteno hidrfobo
y establecen puentes de hidrgeno
slo entre ellas, tejiendo una jaula
de molculas de agua ordenada que
rodean al isobuteno.
Merced a la representacin de la
interaccin entre molculas de agua y
molculas sencillas entendemos mejor
el comportamiento que mantiene el
agua con las protenas y los cidos nu-
cleicos, biomolculas ms complejas.
El agua se integra en la estructura del
ADN. Los primeros intentos de idear
modelos de la dinmica molecular del
ADN en el vaco fracasaron; debise
a que las fuerzas de repulsin entre
los grupos fosfato, dotados de carga
negativa, que constituyen la columna
vertebral de la doble hlice del ADN
arruinaban la estructura al cabo de
slo 50 picosegundos. A finales de
los aos ochenta, Levitt y Miriam
Hirshberg, del Instituto Nacional de
Investigaciones Mdicas de Londres,
consiguieron un modelo que perduraba
500 picosegundos y en el que, junto
al ADN, se haban incluido mol-
culas de agua que estabilizaban la
estructura en doble hlice, al formar
puentes de hidrgeno con los grupos
fosfato. Otras simulaciones poste-
riores de ADN en agua han puesto
de manifiesto la capacidad de las
molculas de agua para interaccionar
con cualquier zona casi de la doble
hlice, incluidos los pares de bases
que constituyen la clave gentica.
Pero el agua no puede adentrarse
en las profundidades de la estructura
de las protenas, cuyas regiones hidr-
fobas estn encerradas en el interior
de un ncleo bastante ajustado. Ese
es el motivo de que las simulaciones
protena-agua se centren en la super-
ficie de las protenas, que est mucho
menos comprimida que su interior.
En virtud de la interaccin entre
molculas de agua y superficie de las
protenas se desarrolla una geometra
interesantsima, sobre todo en los
surcos profundos de la superficie de
las enzimas. Son stas protenas que
catalizan las reacciones qumicas de
las clulas. Las molculas de agua
enlazadas por puentes de hidrgeno
difcilmente encajan en los surcos y
saltan a la primera para dejar el sitio
a los ligandos, las molculas con
las que se pretende que la enzima
interaccione; ese fenmeno podra
explicar por qu los centros activos
de las enzimas suelen hallarse en
dichos surcos. La disposicin de las
molculas de agua en un centro activo
vaco imita la geometra y estructura
propia del ligando, una informacin
importante para los creadores de nue-
vos frmacos.
Qu parecido guardan las biomol-
culas simuladas en su entorno acuoso
con las que existen en la clula
real? Carecemos de una respuesta
concluyente. No existe ninguna tc-
nica experimental que nos proporcione
una informacin tan pormenorizada
de las molculas individuales y sus
interacciones como la que nos ofrecen
los modelos. S podemos integrar y
promediar los valores de las diver-
sas simulaciones con los resultados
experimentales.
Para verificar la realidad de las
estructuras de las biomolculas simu-
ladas recurrimos a la difraccin de
neutrones y de rayos X. En un ex-
perimento de difraccin de neutrones,
dirigimos un haz de neutrones sobre
una muestra pequea y registramos
la difraccin por las molculas que
constituyen la muestra. Cada espacio
entre las molculas acta como una
ranura diminuta, lo que crea un patrn
de difraccin caracterstico. Al ana-
lizar estos patrones, se determina el
intervalo entre las distintas molculas.
Cuando comparamos los resultados
de la difraccin de neutrones con
las simulaciones por ordenador, en
promedio las distancias mencionadas
coinciden.
Para confirmar la dinmica
de una simulacin molecular,
comparamos el comportamiento
de la biomolcula simulada con
las propiedades de la misma
observadas en el laboratorio. La ma-
yora de las protenas contiene al
menos una hlice alfa, zona donde
los aminocidos componentes se en-
rollan y crean una especie de muelle.
Por experiencia sabemos que el calor
deshace el arrollamiento de hlices
alfa; sin embargo, en los primeros
intentos de simulacin de una hlice
alfa sencilla en el vaco a tempera-
turas elevadas, la hlice permaneca
intacta. Slo despus de aadir agua
en la simulacin lograron Levitt y
Valerie Daggett, de la Universidad de
Washington, imitar el comportamiento
de una hlice alfa real.
L
as simulaciones por ordenador
aportan una informacin cada
vez ms rica sobre la estructura y
funcin orgnica de las biomolculas.
Ello supone, sin embargo, mantener
una permanente batalla con las limi-
taciones tcnicas de la computacin
y el coste del tiempo de los superor-
denadores en el empeo por simular
biomolculas cada vez ms complejas
en su ambiente acuoso.
BIBLIOGRAFIA COMPLEMENTARIA
WATER: NOW YOU SEE IT, NOW YOU
DONT. Michael Levitt y Britt H.
Park en Structure, vol.1, n.
o
4,
pgs. 223-226; 15 de diciembre
de 1993.
PACKING AT THE PROTEIN-WATER IN-
TERFACE. Mark Gerstein y Cyrus
Chothia en Proceedings of the Na-
tional Academy of Sciences USA,
vol. 93, n.
o
19, pgs. 10167-10172;
17 de septiembre de 1996.
Para la consulta de los archivos elec-
trnicos de estructuras moleculares,
visite bioinfo.mbb.yale.edu y hyper.
stanford.edu en Internet.
INVESTIGACIN Y CIENCIA, enero, 1999 63
6. LA HELICE ALFA, que se encuentra en la mayora de las protenas,
puede desenroscarse fcilmente en el agua porque las molculas de sta
reemplazan los enlaces de hidrgeno (lneas verdes) que normalmente man-
tienen la cohesin de la hlice. Se muestra una molcula de agua (verde)
que establece un puente entre un oxgeno y un grupo NH (azul).