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Mtodos y tcnicas para identificar

microorganismos.
RESUMEN
Los microorganismos juegan un rol muy importante para el humano dado que son
benficos para su salud o economa (Probiticos, fijadores de nitrgeno etc) o bien
patgenos para el humano, o bien de los animales y plantas econmicamente
importantes. Dado lo anterior se han desarrollado una serie de metodologas para poder
diferenciar un microorganismo de otro, y para poderlos identificar. Estas metodologas se
ha basado tradicionalmente en la observacin de los sntomas que presentan los
hospederos, en la observacin macro o microscpica del microorganismo o bien de las
estructuras reproductivas de los microorganismos, del desarrollo del patgeno en un
medio de cultivo especifico, de la tincin producida al aplicar algunos colorantes sobre el
tejido infectado, o bien sobre el patgeno y la reaccin de un anticuerpo a la presencia
de un patgeno. Estas metodologas son buenas en algunos casos pero deficientes en
otros casos por lo que en las ltimas tres dcadas se han desarrollado tcnicas
moleculares de deteccin e identificacin de microorganismos las cuales se basan en el
anlisis de los cidos nucleicos extrados de los microorganismos en forma directa o bien
de una muestra conteniendo el microorganismo en cuestin. Dentro de las ventajas de las
tcnicas moleculares de deteccin se encuentran: Especificidad (pueden detectar solo la
molcula o microorganismo de inters), 2.- Sensibilidad (son capaces de detectar la
presencia de un solo microorganismo), 3.-Rapidez (se puede identificar un
microorganismo en menos de 24 horas) y 4.- Pueden ser automatizadas (permiten tener
un diagnstico en un menor tiempo y reducir los costos). El objetivo del presente trabajo
es describir las principales tcnicas moleculares en la deteccin e identificacin de
microorganismos as como sus ventajas y desventajas.


INTRODUCCIN
Los microorganismos juegan un papel muy importante en la vida del ser humano dado
que no solo son patgenos a los animales, plantas o seres humanos sino que muchos de
ellos son benficos ya que pueden ser utilizados para controlar otros microorganismos,
insectos, animales o plantas dainas para el hombre o su economa. Tambin los
microorganismos pueden tambin ayudar a mejor el nivel de vida de los seres humanos
como en el caso de los prebiticos y bacterias utilizadas en el yogurt. Por otra parte
pueden ser utilizados para la produccin de alimentos para humanos o animales, como el
caso de los hongos comestibles (championes, setas, huitlacoche, etc.) o en la
fermentacin de alimentos como el queso, vino, pan etc. Adems pueden ser utilizados
para rehabilitacin del medio ambiente (bacterias degradadoras de hidrocarburos,
tratamientos de aguas residuales etc.). Los microorganismos pueden ser utilizados para la
produccin de metabolitos de importancia econmica (antibiticos, pigmentos,
aminocidos, hormonas etc.). En la Agricultura, los microorganismos son utilizados por
ayudar en el buen desarrollo de los cultivos (Bacterias fijadoras de nitrgeno, micorrizas,
etc).
En epidemiologa es muy importante la identificacin no solo del microorganismo en
cuestin sino que muchas veces la identificacin a nivel de cepas o razas ayuda a: 1.-
Determinar el causante del brote infeccioso, 2.- Detectar la transmisin cruzada de
patgenos, 3.- Determinar la fuente de infeccin, 4.-Reconocer cepas particularmente
virulentas de organismos y 5.- Monitorear los programas de vacunacin (Olive y Bean,
1999). En el rea clnica y en la agricultura, la base para un tratamiento efectivo y cura de
un paciente, animal o planta es el diagnstico rpido de la enfermedad y su agente causal
(Reischl, 1996). Esto es especialmente importante cuando se pretende diagnosticar
microorganismos difciles de tratar o con crecimiento muy lento tales como Clamidia,
micobacterias, micoplasmas, virus del Herpes y enterovirus (Louie y col. 2000). En
investigaciones ecolgicas una identificacin rpida y correcta de los microorganismos
ayuda a la cuantificacin de organismos y a la caracterizacin de su actividad en diferentes
hbitats (Jan y LeBorgne, 2001). El objetivo del presente escrito es recalcar la importancia
de las tcnicas moleculares en la identificacin de microorganismos, describir algunas de
las tcnicas moleculares ms utilizadas, as como algunas tcnicas con mayor potencial
para aplicarse en el diagnstico molecular de microorganismos a corto plazo y
relacionar lo anterior con algunos logros obtenidos en nuestro laboratorio.
MTODOS DE IDENTIFICACIN DE MICROORGANISMOS
Dado la gran importancia de los microorganismos para el ser humano, se han desarrollado
una serie de metodologas para poder diferenciar un microorganismo de otro. Las cuales
se ha basado tradicionalmente en la observacin de los sntomas que presentan los
hospederos, en la observacin macro o microscpica del microorganismo o bien de las
estructuras reproductivas de los microorganismos, del desarrollo del patgeno en un
medio de cultivo especifico, de la tincin producida al aplicar algunos colorantes sobre el
tejido infectado, o bien sobre el patgeno y la reaccin de un anticuerpo a la presencia
de un patgeno.
La identificacin de un microorganismo (patgeno) basada en los sintomatologa
presenta varias desventajas como por ejemplo, los sntomas son muy variados y
numerosos; dependen del hospedero del patgeno, e incluso de los factores del medio
ambiente en el que se desarrolla el proceso patolgico. Debido a lo anterior la
identificacin de patgenos basada solo en los sntomas puede dar origen a errores
graves en el diagnstico de una enfermedad dado que dos diferentes patgenos pueden
producir los mismos sntomas en el mismo hospedero, el mismo patgeno puede
producir diferentes sntomas en diferentes hospederos y aun los sntomas pueden variar
dependiendo del medio ambiente donde se desarrolla el proceso patolgico.

La deteccin de un microorganismo basada en la observacin macro o microscpica es
ms eficiente que la identificacin basada solo en los sntomas. La observacin a nivel
macro o microscpico es un procedimiento simple, es una deteccin directa de patgenos
y puede diferenciar organismos distintos morfolgicamente. Presenta las siguientes
desventajas: 1.- Es un procedimiento lento, 2.- Laborioso y 3.-Tedioso dado que se tiene
que aislar el microorganismo (lo cual no en todos los casos es posible) y poner a crecerlo
en un medio de cultivo hasta que se alcance un tamao o una etapa de crecimiento
adecuada para su identificacin. La identificacin en forma microscpica solo es posible
en casos muy especficos. Es de baja sensibilidad. Se requiere contar con equipo muy
especializado para la identificacin a nivel microscpico de algunos microorganismos
(virus, micoplasmas, viroides, priones). La estructura de un microorganismo puede
cambiar debido a la influencia del medio ambiente, y se requiere de una gran experiencia
para poder diferenciar una especie de otra a nivel microscpico.
La identificacin de patgenos por medio de tinciones o del desarrollo del patgeno en
un medio de cultivo especifico, puede detectar un amplio rango de variantes, no requiere
de equipo muy sofisticado, son pruebas fciles de realizar. Sin embargo presenta las
desventajas de que el tiempo para identificar un microorganismo puede ser muy largo (en
algunos casos hasta de 25 das), adems se requieren un gran nmero de pruebas para
estar seguro de la identificacin del patgeno (una sola prueba no es suficiente en la
mayora de los casos). Por usarse diferentes pruebas, se utilizan una amplia gama de
reactivos, lo cual incrementa el costo de la prueba significativamente. Otros
procedimientos como el cultivo in vitro e inoculacin en ratones son tcnicas costosas y
los patgenos pueden presentar diferencias en infectividad dependiendo del hospedero.
El uso de anticuerpos para la identificacin de microorganismos se ha empleado por ser
una tcnica simple y rpida. Se puede automatizar, y puede ser usada para trabajar con
varias muestras al mismo tiempo. Sin embargo la deteccin no puede ser precisa cuando
existen cantidades mnimas de microorganismos, en el caso de patgenos no
distingue entre infecciones activas y latentes. Adems se carece de anticuerpos y
antgenos para muchos microorganismos y en algunos casos la deteccin no es precisa
por la nula especificidad de algunos anticuerpos. Otras desventajas son que los
anticuerpos tienen un costo muy elevado o bien en algunos casos pueden ofrecer falsos
positivos, como por ejemplo en la primera generacin de pruebas para la deteccin de
VIH, las cuales estaban basadas en preparaciones puras del antgeno viral derivadas del
cultivo del virus, y se obtenan falsos positivos, debido a la presencia de antgenos
celulares residuales los cuales fueron incorporados dentro de partcula viral durante la
maduracin (Reischl, 1996).
Las tcnicas moleculares se basan en el anlisis de los cidos nucleicos extrados de los
microorganismos en forma directa o bien de una muestra conteniendo el microorganismo
en cuestin.