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Le proteine

Polimeri composto da 20 diversi aminoacidi

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3 ed., John Wiley & Sons, 2004)

PROTEINE come ATTUATORI nella cellula


Trasporto elettronico Trasporto di ioni e molecole Trasporto di macromolecole Azioni catalitiche (enzimi) Respirazione Regolazione Attivita muscolare Risposta immune Ormoni ...

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Un aminoacido della serie L-

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Laminoacido Phe

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Laminoacido Phe

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Curva di titolazione di Gly

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I due enantiomeri del fluoroclorobromometano

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Regola CORN per gli Laminoacidi

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Misura dell attivita ottica

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Il legame peptidico
Gli aminoacidi polimerizzano durante la sintesi delle proteine mediante la formazione di legami peptidici. Il legame peptidico CN si ha quando il gruppo carbossilico di un aminoacido condensa con il gruppo amminico dellaminoacido successivo mediante leliminazione di una molecola dacqua.

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Il tetrapeptide Ala-Tyr-Asp-Gly.

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Il legame peptidico
Il gruppo peptidico ha una struttura rigida e planare, dovuta al parziale (~40 %) carattere di doppio legame del legame peptidico.

O C N H

OC N+ H

Il legame peptidico
Il legame peptidico CN 0.13 pi corto del legame singolo NC e 0.08 pi lungo di un doppio legame C=N. Il legame peptidico, quindi, presenta per il 60 % una natura di legame singolo e per il 40 % una natura di legame doppio.

Vincoli rotazionali in un dipeptide

Le infinite possibili strutture primarie


Per ciascun aminoacido costituente la catena polipeptidica si presentano 20 diverse possibilit di catena laterale (o residui), per cui facile immaginare lenorme numero di diverse catene polipeptidiche che possono essere costituite. Se si considera un dipeptide, si avranno 202 = 400 possibili dipeptidi diversi. Se si considera un tripeptide, si avranno 203 = 8000 possibili tripeptidi diversi. Nel caso delle proteine, una piccola proteina costituita da una singola catena polipeptidica di circa 100 residui, per cui si avranno 20100 = 1.27 10130 possibili catene polipeptidiche diverse! Gli organismi sulla terra sintetizzano un gran numero di proteine, con caratteristiche fisico-chimiche differenti, che derivano dalle diverse propriet dei 20 aminoacidi standard e da come questi si combinano nella catena polipeptidica.

Amino acids
How to classify amino acid side chains What are the structure and properties of amino acid side chains What is the isoelectric point What are post-translational modifications and what they mean.

20 catene laterali diverse per gli aminoacidi: classificazione e caratteristiche


Le 20 diverse catene laterali (gruppo R) che costituiscono gli aminoacidi si differenziano considerevolmente per dimensioni, volume e per le loro caratteristiche fisico chimiche, quali polarit, acidit, basicit, aromaticit, flessibilit conformazionale, reattivit chimica, tendenza a formare legami idrogeno. Queste diverse caratteristiche sono le maggiori responsabili della grande variet di propriet delle proteine. Per convenzione, i nomi degli aminoacidi sono abbreviati con un codice a tre lettere e con uno a una lettera.

Gli aminoacidi sono generalmente classificati a seconda della polarit delle loro catene laterali. Infatti, il ripiegamento della catena polipeptidica nella sua conformazione nativa dovuto principalmente alla tendenza che hanno le catene laterali idrofobiche a sfuggire il contatto con il solvente e le catene laterali idrofiliche ad essere esposte allacqua.

Si possono quindi distinguere 3 gruppi di aminoacidi: - gruppo R non polare - gruppo R polare non carico - gruppo R polare carico

Gruppo R non polare Glicina Gly Alanina Ala Valina Val Leucina Leu Isoleucina Ile Metionina Met Prolina Pro Fenilalanina Phe Triptofano Trp Gruppo R polare carico Lisina Arginina Istidina Acido Aspartico Acido Glutammico

G A V L I M P F W

Gruppo R polare non carico Serina Ser S TreoninaThr T Asparagina Asn N Glutammina Gln Q Tirosina Tyr Y Cisteina Cys C

Lys Arg His Asp Glu

K R H D E

Nomenclatura degli atomi nelle catene laterali degli aminoacidi

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Gruppo R non polare


Glicina E stato il primo aminoacido ad essere identificato nelle proteine idrolizzate, nel 1820. E laminoacido pi semplice, con la catena laterale pi piccola, formata soltanto da un atomo H. La presenza del solo atomo H come catena laterale fa s che: - il C non sia asimmetrico, per cui non si pu distinguere tra forma L e D. La glicina, quindi, lunico aminoacido a non essere otticamente attivo. - la catena polipeptidica in corrispondenza della glicina abbia la massima libert conformazionale.

Gruppo R non polare


Alanina, Valina, Leucina e Isoleucina Presentano catene laterali alifatiche di diverse dimensioni, costituite da gruppi inerti metilene (CH2) e metile (CH3). In particolare, la catena laterale dellisoleucina presenta un secondo centro chirale (atomo di C asimmetrico), per cui in teoria sono possibili 22 = 4 stereoisomeri per lisoleucina. In realt, la catena laterale dellisoleucina isolata nelle proteine e sempre di tipo L.

Gruppo R non polare


Metionina La sua catena laterale presenta un gruppo tioetere (RSR) che ricorda un gruppo n-butile in molte delle sue propriet fisiche quali volume, conformazione, polarit (gli atomi C e S hanno elettronegativit quasi uguale ed S circa delle dimensioni di un gruppo metilene CH2). S e nucleofilo. Puo essere ossidato a solfossido e a solfone. E il punto di attacco per Br-CN, nella frammentazione delle proteine.

Gruppo R non polare


Prolina Il gruppo alifatico che costituisce la catena laterale della prolina legato covalentemente allatomo N della catena principale, a formare un anello pirrolidinico (caratteristica unica fra i 20 aminoacidi). La struttura ciclica della catena laterale della prolina impone rigidi vincoli conformazionali sulla catena principale (la rotazione intorno al legame NC bloccata a circa -60). Il 10 % delle proline nelle proteine adotta un legame peptidico in conformazione cis. Il G tra le forme cis e trans della Pro e 2 kcal/mol. Lenergia di attivazione per lisomerizzazione cis/trans di Pro e di 13 kcal/mol, contro 20 kcal/mol degli altri aminoacidi.

Gruppo R non polare


Fenilalanina e Triptofano La fenilalanina e il triptofano sono aminoacidi aromatici, in quanto la loro catena laterale contiene un anello aromatico chimicamente paragonabile a quello del benzene. In particolare, la catena laterale del triptofano, costituita da un gruppo indolico, la pi grande e voluminosa di tutti i 20 aminoacidi. La presenza di un anello aromatico conferisce a tali aminoacidi la propriet di assorbire la radiazione elettromagnetica nella banda dellultravioletto e quindi di essere unutile sonda fluorescente per studiare la struttura delle proteine nelle zone ad essi circostanti.

Gruppo R non polare


Fenilalanina e Triptofano Nessuno degli aminoacidi assorbe la luce nella banda del visibile, alcuni aminoacidi assorbono la radiazione nella banda dellultravioletto e tutti assorbono nella banda dellinfrarosso. Solo gli aminoacidi aromatici Phe, Tyr e Trp hanno un significativo assorbimento nellultravioletto al di sopra di = 250 nm. Emettono in fluorescenza tra 282 e 348 nm. I coefficienti di estinzione molare misurati a 280 nm sono (M-1 cm-1): Phe Tyr Trp 195 1420 5600

Gruppo R polare non carico


Serina e Treonina Le catene laterali di serina e treonina presentano un gruppo idrossilico (ROH) di dimensioni diverse. In particolare, anche la catena laterale della treonina presenta un secondo centro chirale (atomo di C asimmetrico). Discorso analogo alla catena laterale dellisoleucina.

Gruppo R polare non carico


Asparagina e Glutammina Asparagina e glutammina sono la forma ammidica rispettivamente di acido aspartico e acido glutammico. Non sono, per, il prodotto dellamidazione dei due acidi, ma ricorrono in natura e sono incorporati direttamente nelle proteine.

Gruppo R polare non carico


Tirosina La catena laterale della tirosina presenta un gruppo fenolico (anello aromaticoOH), responsabile, insieme agli anelli aromatici di Phe e Trp, dellassorbimento nellultravioletto e della fluorescenza delle proteine che contengono questi aminoacidi. Cisteina La catena laterale della cisteina contiene un gruppo tiolo (RSH), estremamente reattivo. Due cisteine che si trovano in posizioni diverse della catena polipeptidica, ma adiacenti nella struttura tridimensionale di una proteina possono essere ossidate e formare un ponte disolfuro.

Ponte disolfuro
Il ponte disolfuro di solito il prodotto finale dellossidazione da parte di O2 atmosferico, secondo il seguente schema di reazione:

Gruppo R polare carico


Lisina, Arginina e Istidina Sono tre aminoacidi basici, carichi positivamente a pH fisiologico. La catena laterale della lisina presenta un gruppo butilammonio, quella dellarginina un gruppo propilguanidinico e quella dellistidina un gruppo imidazolico. ( Lys, pKa = 10.5; Arg, pKa = 12.5)

Gruppo R polare carico


Listidina, in particolare, ha un pKa = 6.3-6.8 e ionizza entro lintervallo di pH fisiologico. A pH = 6.4, il suo gruppo imidazolico carico positivamente solo al 50 %; a pH = 7.4 la catena laterale dellistidina elettrostaticamente carica solo al 10 %, tendendo alla neutralit allestremit basica dellintervallo del pH fisiologico. Conseguenza di tale propriet che le catene laterali dellistidina spesso sono coinvolte nelle reazioni catalitiche degli enzimi che richiedono scambio di ioni H+.

Gruppo R polare carico


Acido aspartico e Acido glutammico Sono due aminoacidi acidi, carichi negativamente sopra pH = 4 (gruppo COO-). Essi differiscono uno dallaltro solo nellavere rispettivamente uno o due gruppi metilene. La piccola differenza in lunghezza della loro catena laterale fa s che abbiano una reattivit chimica sensibilmente diversa. Quando si trovano nel loro stato ionizzato, ci si riferisce ad essi come aspartato e glutammato. (Asp, pKa = 3.9; Glu, pKa = 4.1)

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3 ed., John Wiley & Sons, 2004)

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Titolazione dellaminoacido Gly

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3 ed., John Wiley & Sons, 2004)

Titolazione di un piccolo enzima di circa 110 aminoacidi

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3 ed., John Wiley & Sons, 2004)

Modificazioni post-traduzionali di alcuni aminoacidi

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3 ed., John Wiley & Sons, 2004)

Alcuni derivati degli aminoacidi di interesse metabolico

(D. Voet, J.G. Voet, Biochemistry, 3 ed., John Wiley & Sons, 2004)