Ingeniera en Biotecnologa

Tercer cuatrimestre Grupo 2

Biologa celular y molecular Tercer parcial Catedrtico: Alejandra Bautista Ruiz

Material Gentico: Replicacin, Trascripcin, Traduccin y el cdigo gentico.

Garca Alcntara Josu Abraham
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Fecha de entrega: 13 Agosto de 2013

1. Replicacin del ADN

1.1 Introduccin.

La reproduccin es una propiedad fundamental de todos los sistemas vivos. Es un proceso que puede observarse en diferentes niveles: los organismos se duplican por medio de la reproduccin sexual o asexual, las clulas por divisin celular y el material gentico por replicacin del ADN (cido desoxirribonucleico). Se presume que la capacidad de autorreplicacin fue una de las primeras propiedades importantes que aparecieron durante la evolucin de las formas de vida primitiva ms tempranas. Sin la capacidad de propagarse, cualquier molcula biolgica primitiva estaba destinada a desaparecer. Los portadores tempranos de la informacin gentica fueron tal vez las molculas de RNA (cido ribonucleico), capaces de autorreplicarse. A medida que la evolucin progres y las molculas de RNA se remplazaron por molculas de ADN como material gentico, el proceso de la replicacin adquiri complejidad y requiri un gran nmero de componentes auxiliares. En consecuencia, a pesar de que una molcula de ADN contiene la informacin para su propia duplicacin, carece de la capacidad para realizar esta actividad por s misma. Como Richard Lewontin expres, la imagen comn del ADN como molcula autorreplicante se describe de mejor forma como una carta que se autoduplica. La carta necesita una fotocopiadora; el ADN necesita una clula [ 6 ]. 1.2 Replicacin del DNA

La estructura que propusieron Watson y Crick en 1953 para el ADN inclua un mecanismo que sugera su autoduplicacin. Las dos cadenas de la doble hlice se mantienen juntas por medio de puentes de hidrgeno entre las bases. De manera individual, estos puentes de hidrgeno son dbiles y pueden romperse con facilidad. Watson y Crick supusieron que la replicacin ocurra por separacin gradual de las cadenas de la doble hlice, algo muy semejante a la separacin de las dos mitades de

una cremallera. Debido a que las dos cadenas son complementarias la una de la otra, cada cadena contiene la informacin requerida para la construccin de la otra. Una vez que las cadenas se separan, cada una puede actuar como molde para dirigir la sntesis de la cadena complementaria y restaurar el estado de doble cadena [ 6 ]. 1.2.1 Replicacin semiconservadora

El ADN se replica de manera semiconservadora. Cada hebra de ADN forma una hebra complementaria y cada clula hija recibe, por lo tanto, una molcula de ADN que consta de una cadena original y de su complementaria sintetizada de nuevo. En las clulas procariotas hay 1 lugar de origen de replicacin en la que se origina la horquilla de replicacin y que seala el avance de la copia. La horquilla indica que se est haciendo la separacin y la replicacin a la vez. El avance es bidireccional, lo que acorta el tiempo. En el sitio en que empieza la replicacin se organizan las protenas en un complejo llamado replisma. La replicacin del ADN en procariotas sucede a una velocidad de 500 nucletidos por segundo. En las clulas eucariotas el proceso es esencialmente el mismo pero el ADN es mucho ms grande y linear. Hay varios orgenes de replicacin y es bidireccional. El avance es ms lento que en procariotas ya que hay ms protenas asociadas al ADN que hay que soltar. La replicacin del ADN, que ocurre una sola vez en cada generacin celular necesita de muchos "ladrillos", enzimas y una gran cantidad de energa en forma de ATP. La replicacin del ADN en el ser humano se realiza a una velocidad de 50 nucletidos por segundo. Los nucletidos tienen que ser armados y estar disponibles en el ncleo conjuntamente con la energa para unirlos. Una vez que se rompen los puentes de hidrgeno, y ambas hembras se separan dividiendo la molcula por la mitad, se forma una rea conocida como "burbuja de replicacin" en ella se encuentran las "horquillas de replicacin". Por accin de la enzima ADN polimerasa los nuevos nucletidos entran en la horquilla y se enlazan con el nucletido correspondiente de la cadena de origen (A con T, C con G). Los procariotas abren una sola burbuja de replicacin, mientras que en los eucariotas se

generan mltiples de ellas. El ADN se replica en toda su longitud por confluencia de las "burbujas". Dado que las cadenas del ADN son antiparalelas, y que la replicacin procede solo en la direccin 5' a 3' en ambas cadenas, numerosos experimentos han mostrado que, una cadena formar una copia continua, mientras que en la otra se formarn una serie de fragmentos cortos conocidos como fragmentos de Okazaki. La cadena que se sintetiza de manera continua se conoce como cadena gua, delantera o adelantada y, la que se sintetiza en fragmentos, cadena atrasada o rezagada. Los fragmentos cortos, recin sintetizados de hebras de ADN se denominan fragmentos Okazaki. Todas las ADN polimerasas conocidas, slo pueden sintetizar ADN en la direccin 5' a 3'. Sin embargo, cuando las hebras se separan, la horquilla de replicacin se desplaza a lo largo de una hebra molde en la posicin 3' a 5' y 5' a 3' en el otro lado del molde. En la primera, la cadena adelantada de ADN es sintetizada continuamente en la direccin 5' a 3'. En la otra, llamada la cadena atrasada, la sntesis de ADN slo ocurre cuando una seccin de una hebra simple de ADN ha sido expuesta y procede en la direccin opuesta a la direccin de la horquilla de replicacin (5' a 3'). Por esta razn es discontinua y la serie de fragmentos Okazaki son unidos de manera covalente por las ligasas formando una hebra continua. Para que la ADN polimerasa trabaje, es necesaria la presencia en el inicio de cada nuevo fragmento, de pequeas unidades de ARN conocidas como cebadores, cuando la polimerasa toca el extremo 5' de un cebador, se activan otras enzimas, que remueven los fragmentos de ARN, colocan nucletidos de ADN en su lugar y una ADN ligasa que los une a la cadena en crecimiento [ 1 ].

2. Transcripcin del material gentico

2.1 Introduccin.

La transcripcin es un proceso en el cual una cadena de ADN provee la informacin para la sntesis de una cadena de RNA. Las enzimas encargadas de la transcripcin en clulas procariotas y eucariotas se denominan polimerasas de RNA dependientes de ADN, o tan slo polimerasas de RNA. Estas enzimas incorporan nucletidos, uno a la vez, dentro de una cadena de RNA cuya secuencia es complementaria de una de las cadenas de ADN, la cual sirve como plantilla o molde. Existen tres clases de ARN; ARN mensajero (mARN), ARN de transferencia (tARN) Y ARN ribosomal (rARN). En general, todos estos ARN son de hebra simple, pero el ARN de transferencia y ARN ribosomal contienen extensas regiones de doble hlice (la cadena de nucletidos se dobla formando una horquilla o loop). Los ARN ms

pequeos son los tARNs, que contienen alrededor de 75 nucletidos, mientras que el ms grande est entre los mARN, que pueden tener ms de 5.000 nucletidos. [ 6 ,7 ] 2.2 Proceso de transcripcin del material gentico.

En un gen, la secuencia de nucletidos a lo largo de una hebra de ADN se transcribe a un ARN mensajero (ARNm) y esta secuencia a su vez se traduce a una protena que un organismo es capaz de sintetizar o "expresar" en uno o varios momentos de su vida, usando la informacin de dicha secuencia. El proceso de transcripcin es desarrollado por una enzima llamada ARN polimerasa, que une ribonucletidos trifosfato, haciendo crecer la cadena que forma en direccin 5'3' (la misma en la que acta la polimerasa durante la replicacin). Para llevar a cabo su funcin esta enzima necesita, adems, un "molde", que siempre es una molcula de ADN monocatenario. La introduccin de los nucletidos en la cadena de ARN creciente se produce de acuerdo con el principio de complementariedad de bases. La ARN polimerasa solo se une al ADN en ciertas regiones especficas, caracterizadas por su secuencia de bases, que reciben el nombre de promotores. El inicio del proceso

requiere, adems de la ARN polimerasa, la participacin de otras protenas que reciben el nombre genrico de factores de transcripcin [ 2,5 ].

2.2.1 Transcripcin en procariotas

En procariotas el proceso de transcripcin es relativamente sencillo: solo existe un factor de transcripcin, llamado factor , y una nica ARN polimerasa. El factor se une a una regin del ADN situada cerca de la primera base que se transcribe. Esta zona tiene una secuencia de nucletidos con una elevada proporcin de Adenina y Timina, que se ha conservado a lo largo de la historia evolutiva. Esta regin incluye siempre la secuencia TATA, por lo que se denomina TATA box. Una vez que el factor se ha unido a la TATA box se une a ambos la ARN polimerasa, que cumple dos funciones simultneamente: separa las dos hebras de la molcula de ADN y utiliza una de ellas como molde para crear la molcula de ARN. La direccin de sntesis es la misma que en la replicacin: la cadena de ARN crece en sentido 5' a 3'. La unin de los nucletidos es rpida, entre 30 y 40 nucletidos por segundo, lo que hace que este proceso tenga una tasa de error superior a la replicacin, a lo que hay que unir el hecho de que no existan mecanismos de reparacin de errores. La transcripcin termina cuando la ARN polimerasa alcanza una zona del ADN rica en C+G (en la que la unin entre las dos cadenas es ms fuerte, porque este par de bases establece tres puentes de hidrgeno). Para que la ARN polimerasa se separe del ADN es necesaria la unin de otra protena, el factor de terminacin o factor (rho). Si el resultado de la transcripcin es un ARN mensajero, es utilizado inmediatamente por la clula, incluso antes de que la transcripcin termine. En cambio, si se trata de un ARN ribosmico o de un ARN transferente, debe sufrir un proceso de maduracin antes de que sean funcionales [ 3 ].

2.2.2 Transcripcin en eucariotas

En eucariotas existen dos procesos diferentes de transcripcin: las mitocondrias y los cloroplastos transcriben sus genes del mismo modo que los procariotas, mientras que la transcripcin de los genes del ncleo utilizan un conjunto de protenas ms complejo, adems de incluir ciertas diferencias en el proceso.

Los genes eucariotas tienen tambin una TATA box a la que se unen los factores de iniciacin, que en este caso son varias protenas diferentes. No existe una nica ARN polimerasa, sino tres, que transcriben diferentes tipos de genes: la ARN polimerasa I sirve para transcribir casi todos los ARN ribosmicos, la ARN polimerasa II da lugar a los ARN mensajeros, que luego servirn para la sntesis de protenas, y la ARN polimerasa III permite la transcripcin de todos los ARN transferentes y algunos ARN ribosmicos.

La terminacin del proceso tambin se lleva a cabo mediante la unin de varios factores de terminacin, que ayudan a la separacin de la ARN polimerasa. Mientras que los ARN mensajeros de las clulas procariotas pueden ser utilizados directamente por la clula, los que se producen en el ncleo de las clulas eucariotas necesitan pasar por dos procesos de modificacin qumica antes de ser utilizados: el procesamiento y la maduracin.

El procesamiento consiste en la adicin de diferentes elementos en ambos extremos de la molcula de ARN: en el extremo 5' se aade una "caperuza" (cap) constituida por un derivado de un nucletido, la 7-metil guanosina trifosfato, mientras que en el extremo 3' se aaden aproximadamente unos 200 nucletidos de Adenina. La funcin de ambas modificaciones es la misma: proteger la molcula, impidiendo su degradacin prematura, antes de que pueda cumplir su funcin celular [ 3 ].

3. Traduccin del material gentico y cdigo gentico 3.1 Introduccin

El ltimo paso en la expresin de la informacin gentica es la elaboracin de protenas, las molculas que realizan la prctica totalidad de las funciones celulares. La clula tiene miles de protenas distintas, cada una de las cuales es capaz de llevar a cabo un proceso biolgico (catlisis de una reaccin qumica, reconocimiento de seales, transporte de sustancias...) gracias a que su estructura tridimensional se adapta a dicho proceso y, a su vez, esa adaptacin entre estructura y funcin es posible porque la estructura de cada protena est perfectamente establecida, de modo que cuando se elabora una nueva molcula de esa sustancia existe la seguridad de que va a ser idntica a todas las dems molculas de ese tipo que existen en la clula.

Para que eso sea posible es necesario contar con dos elementos que garanticen el proceso: un sistema que almacene la informacin y la transmita de forma segura y fiable y otro que permita utilizar esa informacin, "leerla", para elaborar la protena concreta. El primer sistema es la replicacin del ADN. El segundo incluye, a su vez, dos pasos: la transcripcin, que transfiere la informacin al ARN, y la traduccin, que es el proceso concreto mediante el cual la clula utiliza la informacin contenida en el ARN mensajero para producir una protena determinada.

El proceso de traduccin, que "concluye" la expresin gentica, resulta de importancia vital para el funcionamiento de los organismos. Cada clula necesita tener, en cada momento, un subconjunto concreto de las protenas que es tericamente capaz de producir, en una cantidad concreta, ni ms ni menos, y cada una de esas protenas debe poseer la secuencia precisa de aminocidos para ser funcional. [ 4 ]

3.2 Relacin traduccin - cdigo gentico

La clula utiliza dos lenguajes diferentes para gestionar su informacin: uno, el de los cidos nucleicos, posee cuatro smbolos distintos combinados para formar "palabras" de tres unidades cada una, por lo que cuenta con un total de 64 elementos diferentes. El nombre que recibe cada uno de esos elementos es distinto en funcin de en qu molcula se encuentren: se denominan codgenos cuando hablamos del ADN, codones si nos referimos al ARN mensajero y sus molculas complementarias en el ARN transferente reciben el nombre de anticodones. El otro lenguaje es el de las protenas, que utiliza veinte "palabras" unitarias, los aminocidos. Existe, por ltimo, una relacin, una "tabla de equivalencias" entre las palabras de los dos idiomas, que recibe el nombre de cdigo gentico. La diferencia en el nmero de elementos entre los dos lenguajes no es demasiado grave; por una parte, tres de los codones no tienen "traduccin" en el lenguaje de las protenas, y reciben el nombre de codones "sin sentido", aunque en realidad juegan un papel fundamental: el de indicar que se ha alcanzado el final del mensaje, por lo que reciben tambin el nombre, mucho ms apropiado, de "codones stop". Por otra parte, puede darse el caso de que varios codones "signifiquen" lo mismo en el lenguaje de las protenas, por lo que se habla de "codones sinnimos".

Hay que destacar que esto no "degrada" el mensaje, porque la informacin necesaria para llevar a cabo los procesos celulares es la que est codificada en las protenas, y la existencia de codones sinnimos no supone ninguna ambigedad. La existencia de codones sinnimos, es decir, de combinaciones diferentes de bases que dan lugar al mismo aminocido, es una de las caractersticas del cdigo gentico. Para referirse a ella se suele decir que el cdigo gentico est degenerado. [ 4 ]

Como todos los procesos bioqumicos, la traduccin necesita un aparataje molecular, es decir, cada uno de los pasos que ocurren durante el proceso global de sntesis de una protena suceden gracias a la intervencin fsica de un grupo de molculas. En este caso, como cabe esperar de un proceso tan complejo, el aparato molecular que interviene tambin lo es, e incluye los precursores de la protena que se va a sintetizar (aminocidos, nucletidos trifosfato para proporcionar energa), un grupo amplio de protenas y diferentes tipos de cidos ribonucleicos, algunos de ellos integrados en un complejo macromolecular de gran tamao que es el que desarrolla la sntesis: el ribosoma. En la sntesis de protenas intervienen los tres tipos de ARN que se encuentran en la clula: el ARN mensajero es el que lleva la informacin gentica a partir de la cual se copiar la protena, el ARN ribosmico, unido a varias protenas, constituye la "maquina" que lleva a cabo fsicamente la sntesis, y el ARN transferente establece la relacin entre la informacin del mensajero y el aminocido que corresponde a cada codn.

En la clula existen 61 tipos de ARNt, todos ellos con una estructura similar (aproximadamente en forma de "L") pero con secuencias de nucletidos distintas. En particular, todos ellos se diferencian en uno de sus "lazos", zonas en las que no se da complementariedad de bases intramolecular. Ese lazo, llamado lazo anticodn, incluye tres nucletidos que van a ser complementarios de los codones del ARN mensajero. En el extremo 3' del ARNt puede unirse un aminocido, que Para que los aminocidos puedan incorporarse a la protena deben estar unidos al ARN transferente que le corresponde. La unin se lleva a cabo por la accin de enzimas llamadas aminoacilARNt transferasas, que son especficas para el aminocido y para el ARNt, y requiere energa que es proporcionada por el ATP. El proceso de traduccin ocurre en el ribosoma, un complejo nucleoprotico formado por ARN ribosmico y protenas. Estructuralmente, consta de dos subunidades que estn separadas cuando el ribosoma est inactivo. Para que se inicie la sntesis de la protena el ARN mensajero

debe unirse a la subunidad pequea, y una vez formado este complejo ambos elementos se unen a la subunidad grande. Cuando el ribosoma est ensamblado se forman en l tres "sitios", en los que se van a producir los diferentes procesos que permiten la formacin de la protena:

El Sitio P es el lugar por donde la protena en formacin permanece unida al ribosoma.

El Sitio A es la parte del ribosoma por donde se incorpora el nuevo aminocido que se va a unir a la protena.

El Sitio E es el lugar por donde el ARNt abandona el ribosoma una vez que ha liberado el aminocido y que ste se ha unido a la cadena creciente.

A medida que la protena va creciendo, el ribosoma avanza a lo largo de la molcula de ARN mensajero. Es muy frecuente que cada molcula de ARN mensajero sea leda sucesivamente por varios ribosomas, de modo que se sintetizan casi simultneamente varias copias de la misma protena.

El conjunto formado por un ARN mensajero y varios ribosomas que lo leen simultneamente se denomina polirribosoma, y puede observarse con frecuencia en micrografas electrnicas. Esta es una estrategia que permite la obtencin de una gran cantidad de una protena antes de que el ARN mensajero sea degradado, lo que ocurre con mucha rapidez [ 4 ].

3.2.1 Fases de la traduccin 1. Iniciacin: Incluye la unin entre el ARN mensajero y el ribosoma, la unin de las dos subunidades y la incorporacin del primer aminocido. 2. Elongacin: Consiste en la incorporacin sucesiva de los aminocidos.

3. Terminacin: Se produce cuando el ribosoma lee un codn de stop. En ese momento, la protena formada abandona el ribosoma y sus subunidades se separan.

1. Iniciacin En procariotas en esta fase intervienen tres protenas llamadas factores de iniciacin (IF 1, 2 y 3) que deben unirse a los otros elementos para que el proceso tenga lugar. Antes de empezar la traduccin las subunidades del ribosoma se encuentran separadas entre s. El primer paso de la traduccin es la unin de la subunidad pequea (30S) del ribosoma con dos de los factores de iniciacin, IF1 e IF3. Este grupo de molculas se une al ARN mensajero en una secuencia especfica, que se localiza antes (ms cerca del extremo 5' de la molcula) del codn de iniciacin.

En los organismos procariotas el primer aminocido que se introduce en la cadena es siempre la metionina, que corresponde al codn AUG (codn de iniciacin), aunque cuando la protena est terminada este aminocido se elimina. La metionina, unida a su ARNt correspondiente, debe unirse al otro factor de iniciacin (IF2) y las tres molculas se asocian al complejo formado por los otros factores de iniciacin, el ARNm y la subunidad pequea del ribosoma.

Finalmente, la subunidad grande se une a todas estas molculas, dejando al ARNt + metionina en el sitio P del ribosoma recin formado, y forzando la salida de los factores de iniciacin. La estructura formada, compuesta por el ribosoma, el ARN mensajero y el ARNt con la metionina en el sitio P recibe el nombre de complejo de iniciacin. El desarrollo de este proceso requiere energa, que es aportada por la hidrlisis de GTP.

2. Elongacin

La elongacin es un proceso que se repite tantas veces como aminocidos tenga la protena (menos el de iniciacin). Globalmente consiste en aadir un aminocido a la cadena que se est formando, y dejar el ARNt junto con la cadena creciente en el sitio P del ribosoma, para permitir la entrada del siguiente aminocido. El proceso se inicia con un ARNt unido qumicamente a un aminocido o a una cadena, y situado en el sitio P. El siguiente ARNt en incorporarse se acerca al sitio A, que est libre; si su brazo anticodn es complementario del codn situado frente al sitio A, y si lleva el aminocido correspondiente en su extremo 3', el ARNt se queda fijado en el ribosoma. La cadena de aminocidos del sitio P se libera de su ARNt y forma un enlace con el nuevo aminocido, con lo que el ARNt "descargado" puede abandonar el ribosoma. Por ltimo, el ribosoma en su conjunto avanza la distancia de un codn sobre el ARN mensajero, dejando en el sitio P al ARNt "cargado" con la cadena de protena creciente. La energa consumida en este proceso es aportada, de nuevo, por el GTP. La elongacin de la protena ocurre desde el extremo N-terminal (primer aminocido que se incorpora) hacia el C-terminal.

3. Terminacin

El proceso de elongacin se produce repetidamente hasta que el sitio A del ribosoma queda situado frente a un codn stop (UGA, UAG o UAA). La clula no posee ningn ARNt con un brazo anticodn complementario de estos codones, por lo que el sitio A queda vaco hasta que se une a l una protena, el factor de liberacin. El grupo carboxilo del ltimo aminocido reacciona con el agua, con lo que la protena, ya completa, se separa del ARNt y abandona el ribosoma. Cuando la protena abandona el ribosoma, ste se descompone en sus partes constituyentes, separndose sus subunidades, que pueden volver a ser utilizadas. El ARN mensajero, por su parte, es degradado y sus nucletidos son reciclados [4,5].

Bibliografa

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