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1^ Lezione

05/03/12

Struttura molecolare delle proteine

Le proteine hanno un importanza fondamentale nei sistemi biologici questo perch le proteine le possiamo trovare in tutte le cellule e, all'interno delle cellule in tutti i compartimenti cellulari, quindi hanno un ruolo fondamentale nei processi biologici in particolar modo perch sono gli strumenti molecolari attraverso cui si esprime l'informazione genica contenuta nel DNA. Il gene un piccolo segmento di DNA che contiene le informazioni necessarie per la sintesi di un prodotto biologico funzionale quindi il gene la parte di DNA che porta alla formazione di una molecola biologicamente funzionale e la maggior parte delle molecole identificate dal DNA sono proprio le proteine; quindi tramite le proteine si mette in pratica ci che scritto nel codice genetico. Il DNA, molecola a doppio filamento, che viene trascritto in RNA messaggero molecola singolo filamento e nella RNA sono presenti le triplette di nucleotidi, i codoni, e ciascuno di questi specifica uno specifico aminoacido che andr a formare una proteina. Una cosa fondamentale che ad una determinata struttura proteica corrisponde una specifica funzione. Pu sembrare una cosa banale per anche piccolissimi cambiamenti nella struttura, quasi impercettibili, effettivamente possono modificare totalmente la funzione di una proteina quindi o addirittura ne viene annullata la funzione che verr degradata oppure pu portare alla formazione di proteine non funzionali o dannose per l'organismo il tutto correlato ad una piccola variazione strutturale. Ad esempio sono riportate alcune funzioni delle proteine principali; quelle principali sono proteine strutturali come il collageno e l'elastina che vedremmo come esempio e come modello di proteine proprio per la loro particolare struttura, proteine di trasporto come lemoglobina, proteine di riserva, proteina recettoriale, di difesa, ormonali, proteine enzimatiche. Osservando le strutture di alcune di queste proteine si pu vedere la notevole differenza strutturale quindi guardate ad esempio il collageno quindi le proteine strutturali, l'emoglobina che ha una forma globulare, le proteine recettoriale che sono inserite all'interno della membrana quindi hanno una loro struttura particolare e vedremo che anche la sintesi di queste proteine un meccanismo proprio a parte e poi le immunoglobuline che prendiamo come modello dal punto di vista strutturale e funzionale proprio per questa loro forma caratteristica non sono riportati esempi di proteine enzimatiche ma anchesse hanno una struttura fondamentale, sono proteine globulari e possiedono una specificit per un determinato substrato, specificit che data da una precisa struttura quindi l'enzima pu legare il substrato specifico proprio perch ha quel tipo di struttura e una modifica nel sito attivo dell'enzima pu causare proprio il legame non con il substrato ma con un inibitore o altri substrati.

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Per poter studiare e quindi comprendere al meglio la funzione e il meccanismo funzionale di una proteina dobbiamo conoscerne la struttura e cio struttura primaria, secondaria, terziaria e quaternaria. La struttura primaria la sequenza degli aminoacidi, la struttura secondaria come gli aminoacidi si dispongono nello spazio (-eliche e -foglietti), questi come si organizzano nello spazio a formare la struttura terziaria, l'ultimo livello la struttura quaternaria che non tutte le proteine possiedono ma soltanto le proteine che possiede due o pi subunit quindi ogni subunit raggiunge una struttura terziaria e le subunit si uniscono tra di loro per determinare la struttura quaternaria finale della proteina tra questi livelli ci sono delle sovrastrutture intermedie. I componenti delle proteine sono gli aminoacidi questi sono composti da un gruppo carbossilico e un gruppo amminico, entrambi sono legati ad un atomo di carbonio (carbonio ) il quale si trova al centro della struttura e lega un atomo di idrogeno ed una catena laterale indicata genericamente come R quindi tutti gli aminoacidi hanno questa struttura. A seconda della natura di questa catena laterale avremo diversi tipi di aminoacidi riportati in questa tabella:

Aminoacido non polare sempre riferito alla catena laterale perch ovviamente il gruppo carbossilico e amminico possono avere delle cariche o comunque una polarit. Quelli a cui rivolgere particolare attenzione sono la glicina che l'unico aminoacido che presenta come la catena laterale l'atomo di idrogeno per cui non un centro chirale; l'altro aminoacido particolare la prolina perch l'unico aminoacido che ha la catena laterale legata al gruppo amminico.

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Per convenzione quando si parla di proteine o quando vedete una sequenza di aminoacidi della catena proteica viene utilizzato un alfabeto di riconoscimento e quindi ci sono due tipi di codice uno a tre lettere ed uno ad una sola lettera. Sono raggruppati in gruppi non polari, polari non carichi, polari carico positivamente e negativamente. In verde sono gli aminoacidi aromatici. Il livello strutturale pi semplice delle proteine la struttura primaria che non altro che la sequenza degli aminoacidi che sono legati tra loro da legami peptidici. La sequenza degli aminoacidi non significa ovviamente il numero ne il tipo di aminoacidi o meglio non solo quello nel senso che essendo una catena polipeptidica non potete identificare una proteine dicendo che ci sono 40 glicina, 40 lisine; la sequenza primaria indica proprio la sequenza degli aminoacidi questo perch ci sono proteine che hanno lo stesso numero di aminoacidi e lo stesso tipo ma che in ordine diverso hanno una funzione diversa della proteina. Gli aminoacidi sono legati mediante legame peptidico la cui formazione avviene tra la parte carbossilico di un aminoacido che reagisce con il gruppo amminico di un'altro aminoacido; una reazione che porta alla liberazione di una molecola d'acqua ed in particolare abbiamo la perdita di un gruppo ossidrico dal primo aminoacido e la perdita di un atomo di idrogeno dal gruppo amminico del secondo aminoacido e quindi si ha la formazione del legame peptidico. Il legame peptidico un legame covalente quindi forte. In questo caso abbiamo l'unione di due aminoacidi quindi un dipeptide se fossero tre, tripeptide e cos via. I peptidi quindi sono catene di aminoacidi legati tra loro da legame peptidico abbiamo pertanto gli oligopeptidi cio peptidi formato da un numero limitato di aminoacidi mentre quando gli aminoacidi raggiungono un numero elevato allora si parla di proteine quindi l'unica differenza tra peptidi e proteine semplicemente la lunghezza della catena polipeptidica. In questa figura vedete i legami peptidici evidenziato e in rosa sono presenti le catene laterali che sono le uniche parti che differenziano i vari aminoacidi; una cosa importante che per ogni polipeptide possiamo identificare un'estremit ammino-terminale ed un'estremit carbossi-terminale perch il primo amminoacido che si 3

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legher avr un gruppo amminico libero e quindi avremo l'estremit ammino-terminale mentre dall'altra parte l'altro aminoacido avr il gruppo carbossilico libero. Una cosa importante che per convenzione gli aminoacidi sono sempre disposti con l'estremit ammino-terminale a sinistra e l'estremit carbossiterminale a destra. Questo importante perch quando si consultano ad esempio le banche dati geniche, c le sequenza di una proteina, molto importante sapere che il primo aminoacido che noi leggiamo nella sequenza l'aminoacido ammino-terminale; questo perch le estremit hanno delle caratteristiche ben precise quindi se noi andiamo a trovare un determinato dominio o una determinata caratteristica nella proteina importante capire se si trova nella sua estremit ammino-terminale o carbossi-terminale. Il legame peptidico un legame forte ma ha delle caratteristiche particolari perch tramite studi di diffrazione ai raggi X stato osservato che pi corto rispetto ad un singolo legame carbonio azoto ma che pi lungo rispetto al doppio legame carbonio azoto di conseguenza il legame peptidico una via di mezzo infatti stato provato che il legame peptidico una forma di risonanza tra queste due strutture per questo si dice che ha parziale carattere di doppio legame cio non n un legame singolo e n un doppio legame, ma una struttura di risonanza in cui si ha la delocalizzazione degli elettroni in questo punto mostrato dalla linea tratteggiata; questo porta ad una parziale carica negativa che si trova in corrispondenza dell atomo di ossigeno e una parziale carica positiva che si trova nell'atomo di azoto; questa un'altra caratteristica molto importante e cio che il legame peptidico ha una sua polarit. L'altra caratteristica che tutti e sei gli atomi del legame peptidico si trovano sullo stesso piano. Quindi, riassumendo, il legame peptidico complanare, ha una parziale caratteristica di doppio legame e presenta un piccolo dipolo. In base a queste caratteristiche avremo delle diverse propriet delle catene polipeptidi che; in particolar modo queste frecce indicano la libera rotazione dei legami. Due atomi che sono uniti fra di loro da un legame semplice hanno una libera rotazione intorno all'asse di legame quindi nellimmagine ad esempio tra carbonio e azoto ci potrebbe essere una libera rotazione, quando invece, due atomi sono uniti con un doppio legame ne impedita la rotazione quindi questi atomi stanno fermi nella loro posizione. Il legame peptidico ha un parziale carattere di doppio legame, questo fa s che gli atomi non possono ruotare attorno al proprio asse di legame quindi come se fosse, questa propriet, simile a quella del doppio legame; questo comporta che guardando questo dipeptide, al legame peptidico (anche se indicato come singolo legame e sappiamo che non lo ) non permessa la libera rotazione, questa sar possibile nei legami semplici come indicano le frecce e quindi permessa tra il carbonio e il carbonio del gruppo carbonilico impegnato nel legame peptidico e tra l'azoto e il carbonio dell'altro aminoacido. Tale propriet comporta che non c una libera rotazione tra tutti gli atomi quindi potremo disegnare il polipeptide come una serie di piani che possono ruotare tra di loro in corrispondenza del vertice di questi piani rappresentato dal carbonio . Il piano dato da tutti questi atomi che si trovano nello stesso piano e cio: gli atomi implicati nel legame peptidico (carbonio e azoto), i loro ligandi (ossigeno e idrogeno) ed i due carboni . La rotazione 4

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permessa dove ci sono le frecce quindi avremo tanti piani che possono ruotare attorno al carbonio e questo deriva tutto dalla caratteristica del legame peptidico. Per la conformazione che pu assumere una catena polipeptidica e come si pu indicare, vengono definiti tre angoli di legame: (psi), (omega), (phi). Questi tre angoli sono quelli che definiscono i tre legami che vanno a trovarsi in sequenza nella catena polipeptidica. Ad esempio l'angolo l'angolo intorno al legame carbonio e carbonio, quindi, vediamo quale la sequenza degli atomi che si trovano nello scheletro del polipeptide e l'angolo definisce l'angolo di legame quindi la rotazione del carbonio e del carbonio C cio il carbonio del gruppo carbonilico. Il successivo legame viene chiamato angolo omega ed l'angolo di rotazione in teoria del legame peptidico quindi omega viene comunque definito ma abbiamo detto che non pu cambiare perch tranne casi eccezionali omega si trova sempre nella stessa posizione che viene definita per convenzione di 180 per comunque viene definito come angolo. Incontriamo dopo langolo che langolo che definisce la rotazione tra l'azoto ed il carbonio quindi quando abbiamo una catena polipeptidica vengono sempre definiti questi tre angoli. Essendo il legame peptidico una legame rigido non sono permesse tutte le conformazioni e quindi le conformazioni permesse vengono rappresentate ed indicate definendo proprio l'ampiezza di questi angoli. Questo un esempio di angolo . Tutti gli angoli che abbiamo visto possono avere un valore teorico compreso tra zero e 180. In questo caso i quattro atomi implicati in questo processo sono lazoto, il carbonio, il carbonio e l'azoto, se gli atomi nella prima figura si trovano in questa posizione l'angolo psi per convenzione definito di 180 quindi quando gli atomi di azoto si trovano nella conformazione pi lontana tra loro, langolo per convenzione indicato come angolo 180. La seconda figura la prima ruotata. Se il carbonio dietro carbonio e lazoto ad esso legato, ruotano verso destra, langolo passa da 180 a -120, -60 fino ad arrivare a zero, se invece gira nell'altro verso, avremo valori positivi quindi +60 e +120 quindi per convenzione langolo 120 ruotando da una parte o dallaltra l'ampiezza sar uguale ma cambia il segno; questo vale anche per tutti gli altri angoli, ogni angolo e ogni legame avr una rotazione diversa. Questi angoli in teoria potrebbero essere assunti tutti ma quello meno probabile sar quello in cui l'angolo sar uguale a 0 perch tra gli atomi di azoto ci sar il massimo di interazione sterica anche perch va considerato che latomo di azoto sar legato al resto della catena peptidica e quindi quasi impossibile trovarlo per viene comunque definito.

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Possiamo sapere quali sono gli angoli che sono maggiormente presenti nelle proteine attraverso questo grafico che mostra quelle che sono le conformazioni permesse all'interno di una catena polipeptidica e quali sono anche le pi comuni. Viene preso in considerazione l'angolo nelle ordinate e l'angolo nelle ascisse, invece non viene preso in considerazione perch quello rigido che non pu modificare la sua ampiezza e quindi 180. Questo grafico riportato per lalanina ma funge da modello anche per tutti gli altri amminoacidi. In questo grafico ci sono delle combinazioni di angoli che si possono trovare in un polipeptide: le zone blu pi scure mostrano le conformazioni che sono favorite e cio quelle in cui favorita una minimo di interazione isterica e sono quelle che avvengono principalmente assunte dalle catene polipeptidiche, scemando con il colore quindi un blu un po' pi chiaro indica le conformazioni che sono permesse, ma meno rispetto a queste, sino ad arrivare al celeste molto chiaro che sono quelle conformazioni al limite il resto, giallo, invece le conformazioni che non sono permesse proprio per il problema delle interazioni steriche. Gli aminoacidi che fanno eccezione sono la glicina e la prolina perch la glicina ha la catena laterale pi piccola e l'ingombro sterico in questo caso minimo e quindi laddove presente una glicina c una grande possibilit di ruotare da parte dei suoi atomi, ovviamente il discorso opposto vale per la prolina perch ovviamente la prolina ha una catena laterale ingombrante che non ha una grossa capacit di movimento perch ciclica legando il gruppo amminico; in questo caso le conformazioni permesse sono solo quelle illustrate da questi puntini. Quindi diciamo che questi sono gli unici aminoacidi che fanno eccezione, per tutti gli altri vale questo grafico.

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Nella struttura secondaria le principali forme sono le -eliche ed i foglietti-. La struttura secondaria come gli aminoacidi si dispongono nello spazio. Per quanto riguarda le alfa eliche il polipeptide come dice il termine stesso si avvolge in modo elicoidale attorno ad un asse che si trova al centro di questa struttura. Ci che stabilizza e tiene unita l'alfa elica sono i legami idrogeno che si formano all'interno della catena tra l'ossigeno del gruppo carbonilico di un aminoacido impegnato nel legame peptidico e il gruppo amminico di un altro aminoacido sempre all'interno della struttura del legame peptidico quindi diciamo che nello stabilizzare le alfa eliche non sono importante le catene laterali ma lo scheletro dellalfa elica tenuto insieme da legami idrogeno degli atomi implicati nei legami peptidici. In particolar modo l'ossigeno di un gruppo carbonilico di un aminoacido lega mediante legami idrogeno il gruppo amminico del quattro aminoacido successivo cio abbiamo un aminoacido, altri due e il quarto si pu legare mediante legame idrogeno mentre le catene laterali sporgono all'esterno di questa struttura. Il filamento beta non si avvolge in maniera elicoidale ma ha una struttura lineare a zigzag. Per formare un foglietto beta sono necessarie due catene polipeptidiche che interagiscono fra di loro e anche in questo caso ci sono i legami idrogeno tra gli atomi implicati nel legame peptidico, anche in questo caso lo scheletro della struttura determinato dagli aminoacidi che formano il legame peptidico e come vedete, la struttura che risulta quella di un foglietto ripiegato proprio per questo si parla di foglietto beta. I legami idrogeno sono i legami tra un elemento elettronegativo e un atomo di idrogeno che a sua volta legato ad un atomo elettronegativo questo perch l'atomo elettronegativo ha una parziale carica negativa - perch attrae verso di s gli elettroni, pu interagire per formare un legame idrogeno con latomo di idrogeno che a sua volta legato ad un atomo elettronegativo questo perch l'atomo elettronegativo attrarr verso di s gli elettroni, quindi, sar - in questo modo l'atomo di idrogeno avr una parziale carica positiva fungendo da contatto tra i due elementi elettronegativi. Altre caratteristiche dell'alfa elica. I residui presenti in un giro delica sono 3,6 e questa la distanza tra gli aminoacidi all'inizio e al termine di un giro delica 5,4 . L'unit di misura lAmstrong che equivale a 0,1 nm quindi quando si parla di distanza tra atomi o molecole utilizzeremo sempre questa che equivale a 10-10 m. Lo scheletro della alfa elica tenuto insieme da legami idrogeno tra gli atomi coinvolti nella formazione del legame peptidico, le catene laterali sporgono verso l'esterno dell'elica per hanno ovviamente una funzione che quella di stabilizzare o meno la struttura dellalfa elica questo significa che se abbiamo una sequenza di aminoacidi, tutte lisine, tutte cariche positivamente, quella struttura non potr formare un alfa elica perch le lisine hanno tutte cariche positive che quindi si respingono tra loro e quindi magari non favoriscono la formazione dell'alfa elica quindi le catene laterali con le loro cariche possono favorire la stabilit e formazione di unalfa elica. In questa figura abbiamo laminoacido 1, 2, 3 e 4; il primo e il quarto aminoacido che si troverebbero in questa posizione ovviamente sono vicini tra loro e possono interagire quindi succede che, in questo caso, un aminoacido carico positivamente l'altro negativamente quindi si attraggono e stabilizzare lalfa elica, al contrario se in questa parte dell'elica abbiamo tutte cariche negative o tutte positive queste si respingono e sfaldano la struttura quindi la natura delle catene laterali fondamentale per stabilizzare lalfa elica. La terza immagine mostra la definizione di alfa elica antipatica. importante sapere che esiste perch molte volte si trova all'interno di proteine o di strutture polipeptidiche e pu influenzarne la funzione. Una 7

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molecola anfipatica presenta generalmente una zona polare al suo interno ed una apolare. Immaginate di dividerla: a sinistra avete tutti gli aminoacidi polari, a destra invece si andranno a distribuire tutti gli aminoacidi apolari quindi esistono delle strutture all'interno delle proteine dove la sequenza aminoacidica si dispone ad alfa elica proprio in modo tale che tutti gli aminoacidi polari siano rivolti ad un lato dellelica e tutti gli aminoacidi apolari dallaltro quindi in questo caso si parla di elica antipatica. Gli aminoacidi hanno la tendenza intrinseca a formare alfa eliche o foglietti beta o altre strutture e anche in questo caso con programmi bioinformatica, lalfa elica pu essere riconosciuta quindi si sa che se gli aminoacidi sono disposti in un certo modo nella struttura primaria hanno la tendenza a formare questo tipo di struttura. Lalfa elica pu avere due tipi di avvolgimento: sinistrorso o destrorso. Per comprendere se unalfa elica destrorsa o sinistrorsa consiste nel far partire lelica dal pollice della mano destra verso lindice e verso lalto, allora lelica destrorsa, se la stessa cosa la fate con la mano sinistra quindi partite dal pollice e andate verso l'indice verso l'alto, l'elica sar sinistrorsa. La maggior parte delle volte lalfa elica di tipo destrorso perch gli aminoacidi possono essere in configurazione R o L, nelle proteine sono L e questo fa s che possono assumere una configurazione destrorsa quindi determinato tutto dalla natura degli L-aminoacidi. Un'altra caratteristica dell'alfa elica il fatto che allalfa elica associato macrodipolo. Il legame peptidico presenta una polarit: l'atomo di ossigeno impegnato nel legame peptidico ha una parziale carica negativa mentre l'atomo di azoto ha una parziale carica positiva questo significa che se c' questa polarit avremo anche un momento dipolare quindi un vettore che sta ad indicare una polarit. Nellalfa elica tutti i legami peptidici sono rivolti in maniera ordinata modo tale che questo vettore sia rivolto verso l'alto (in questo caso) quindi avremo in ogni parte dell'elica il vettore rivolto verso l'alto quindi tutti i dipoli di tutti i legami peptidici hanno la stessa direzione questo fa s che i vettori e momento dipolare avendo stessa direzione, formano considerando l'elica nel totale un macrodipolo. Avremo una parziale carica positiva nella zona ammino-terminale e una parziale carica negativa nella zona carbossi-terminale. Abbiamo descritto l'alfa elica pi comune per esistono altri tipi di eliche che si chiamano ad esempio elica 3-10 e l'elica . Quindi se voi studiate delle proteine potreste trovare delle proteine che non sono ad alfa elica ma che hanno queste altre strutture. L'alfa elica ha degli angoli di legame caratteristici cio gli angoli dei legami peptidici hanno dei valori ben definiti quindi ad esempio l'elica che abbiamo visto adesso phi -57 e psi 47, omega per tutti e tre i casi di 180. Residui per giro sono 3,6 invece nellelica 3-10 ci sono prima di tutto degli angoli differenti perch gli atomi coinvolti nel legame peptidico hanno una posizione diversa che fa altres che nellelica ci siano solamente 3,0 residui per giro che determina che l'elica sia pi stretta e pi lunga invece la cosa opposta si ha per l'elica anch'essa ha degli angoli caratteristici ed i residui per giro sono 4,4 questo vuol dire che l'elica sar pi grossa e pi bassa. Conformazione beta un andamento esteso a zig-zag. Per formare un foglietto beta sono necessarie due catene che interagiscono fra di loro e sono tenute assieme da legami idrogeno degli atomi coinvolti nel legame peptidico. Queste possono essere della stessa proteina quindi la proteina che si ripiega, oppure possono essere due catene polipeptidiche diverse che si incontrano in questi punti si legano e formano la struttura a beta foglietto. Unaltra caratteristica che possono avere possono un andamento parallelo o antiparallelo.

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Nell'immagine sotto abbiamo tre segmenti di polipeptide che interagiscono tra loro: antiparallelo significa che i polipeptidi che interagiscono per formare la conformazione beta hanno un orientamento opposto quindi nel primo avremo un'estremit ammino-terminale laltra carbossi-terminale, nellaltro polipeptide il contrario e cos via invece nel foglietto beta parallelo ovviamente tutte le catene hanno lo stesso orientamento e avranno dalla stessa parte l'estremit ammino-terminale dall'altra carbossi-terminale. Anche in questo caso le catene laterali sporgono verso l'esterno, fuoriescono dallo scheletro ma in posizioni diverse. Anche questa slide semplicemente per farvi vedere quale la struttura beta foglietto pi stabile e cio il foglietto beta antiparallelo infatti come potete vedere ci sono quattro catene polipeptidiche che formano questo foglietto, le catene sono in posizione antiparallela, vedete come i legami idrogeno sono in maniera molto ordinata quindi si trovano pi vicini fra loro in una struttura regolare invece nel caso del foglietto parallelo i legami sono pi lontani e c' una minore stabilit cio c' pi disordine in questo caso rispetto al foglietto antiparallelo, i legami sono pi lontani e questo si traduce in una minore stabilit. Questa immagine e per farvi vedere che riprendendo il grafico che abbiamo visto prima il foglietto antiparallelo e parallelo hanno degli angoli phi e psi caratteristici. All'interno di questa struttura ci sono delle zone che vanno a identificare oltre che tipo di legame anche il tipo di struttura secondaria perch se il foglietto parallelo dato dalle coordinate 119 e +113 all'interno di questa struttura c' un punto ben preciso che indica che questa zona quella favorita per questa struttura. In questo caso serve quando si studiano le proteine quindi vedere se la struttura primaria porta a ipotizzare questo tipo di legame uno pu ipotizzare che all'interno della sua proteine in questo punto ci siano dei foglietti beta paralleli per esempio e questo pu essere importante perch ovviamente da l uno va a dedurre la struttura secondaria della proteina, terziaria e cos via. Un altro elemento di struttura secondaria il ripiegamento beta o beta turn. Il ripiegamento mostra il ripiegamento caratteristico della catena polipeptidica a 180 che coinvolge solamente quattro aminoacidi quindi vediamo il primo aminoacido nel secondo e terzo si ha questo ripiegamento e il quarto aminoacido 9

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che si trova a 180 rispetto al primo prendere contatti con questo sempre mediante legami idrogeno quindi anche in questo caso questa struttura stabilizzata tra legami idrogeno sempre tra atomi che sono coinvolti nel legame peptidico. Questo tipo di struttura fondamentale perch ovviamente le proteine sono lunghe catene di aminoacidi e quindi c' bisogno soprattutto per le proteine globulari che le proteine si avvolgano su se stesse cosa che non avviene tra alfa eliche e foglietti beta quindi il ripiegamento serve proprio per invertire la marcia della proteina affinch possa formare delle strutture compatte ovviamente questi ripiegamenti sono numerosi. In particolar modo esistono per quanto riguarda i beta turn due tipi di ripiegamenti: tipo uno e tipo due. Lunica differenza sta negli aminoacidi che lo compongono in particolar modo il tipo uno ha in posizione due la prolina mentre il tipo due ha in posizione tre la glicina. Questo cambia la posizione degli atomi che vanno a formare queste strutture quindi gli angoli phi e psi saranno ovviamente diversi e questo visibile anche osservando la figura quindi come gli atomi sono orientati tutti maniera diversa vediamo in tutti comunque il primo aminoacido che prende contatto con il quarto mediante legami idrogeno. Ritroviamo la glicina e la prolina perch la prolina un aminoacido rigido che non consente la rotazione mentre la glicina ha una grande flessibilit per cui determinano dei ripiegamenti diversi ed in particolare quello di tipo uno si ritrova pi frequentemente nelle proteine. Questa slide per farvi vedere come vengono rappresentate le strutture secondarie nelle proteine e quindi abbiamo i foglietti beta e le alfa eliche rappresentate tramite l'elica oppure questa forma cilindrica mentre il foglietto beta pu essere questo rettangolo oppure una freccia. Nel primo riquadro a sinistra vedete una proteina in cui sono disegnate le alfa eliche ed i foglietti beta che sono collegati da linee che possono essere regioni che non hanno una specifica struttura secondaria oppure beta turn, invece nel secondo riquadro abbiamo i cilindri e le frecce e tra una struttura all'altra c' il beta turn ad unire le due strutture. Il terzo livello strutturale rappresenta come gli elementi secondaria vanno a costituire la struttura matura della proteina quindi come si ripiegano per portare la proteina alla propria conformazione nativa. La conformazione nativa quella che fa si che la proteina sia maggiormente stabile e che possa svolgere la propria funzione. Ci sono delle regole che portano alla formazione della struttura nativa; il principio che vi una tendenza naturale della proteina a disporsi in un determinato modo. Ad esempio una proteina solubile avr la tendenza a rivolgere gli aminoacidi polari verso la superficie esterna della sua struttura mentre gli aminoacidi apolari quindi idrofobici vengono spinti all'interno della struttura quindi fuggono dall'acqua essendo idrofobici di conseguenza si racchiudono dentro il core 10

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della proteina mentre gli aminoacidi idrofilici si dispongono verso la superficie nel punto di contatto dove possono interagire con l'acqua. Se parliamo di una proteina di membrana questa si disporr con gli aminoacidi idrofobici presenti all'interno del doppio strato fosfolipidico quindi la membrana formata da fosfolipidi quindi molecole idrofobiche e quindi la proteina rivolger verso questa zona gli aminoacidi idrofobici mentre all'esterno da un lato e dall'altro avremo gli aminoacidi idrofilici. Questa una cosa che sta alla base del ripiegamento quindi ci sono molti processi che coinvolgono il ripiegamento di una proteina ma questo fondamentale perch la tendenza naturale il che ci fa capire che tutto sempre da ricondurre alla struttura primaria della proteina perch la sequenza degli aminoacidi data dalla struttura primaria. Infine vediamo quali sono le interazioni che stabilizzano la struttura terziaria di una proteina. Per la struttura primaria abbiamo il legame peptidico, nella struttura secondaria sono i legami idrogeno, mentre per quanto riguarda la struttura terziaria come anche per la quaternaria le interazioni sono quelle che sono date dalle catene laterali quindi dalle propriet delle catene laterali degli aminoacidi. Quindi interazioni idrofobiche, legami idrogeno, interazioni ioniche e ponti disolfuro; i primi tre legami pi deboli mentre i ponti disolfuro rappresentano l'unico legame covalente che presente all'interno delle proteine. Questo dato dalla presenza di due cisteina che hanno il gruppo SH libero che possono reagire fra loro, si ha l'eliminazione dei due atomi di idrogeno quindi con formazione del ponte disolfuro. Gli altri legami sono interazioni idrofobiche che si possono creare tra aminoacidi che hanno una catena laterale idrofobica, le interazioni ioniche tra aminoacidi carichi negativamente e positivamente quindi si avr unattrazione, se dello stesso segno, una repulsione. Per quanto riguarda le conformazioni tridimensionali delle proteine, queste sono divise in proteine globulari e proteine fibrose. Le prime assumono forme globulari o sferiche e tra queste ad esempio la mioglobina ed emoglobina, le proteine globulari generalmente contengono pi tipi di struttura secondaria e tra queste fanno parte anche gli enzimi. Le proteine fibrose non hanno una forma globulare ma sono disposte in fasci e contengono generalmente un solo tipo di struttura secondaria e come esempio vedremo il collageno perch ha una struttura secondaria caratteristica solo di questa proteina.

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