Universidad de Antofagasta Antofagasta Facultad de Ciencias del Mar y Recursos Biolgicos Bioinformtica I | 2013 | Genoma Humano: Caractersticas, estructura

y organizacin. organismos sino tambin a todos los niveles de vida The Human genome structure and organization(a). La informacin gentica esta codificada en dos genomas tanto nuclear como mitocondrial, ambos reflejan el proceso de evolucin de la especie humana comenzando desde el principio de la vida, por esta razn el genoma humano contiene algunas caractersticas que son comunes para diferentes grupos de organismos y algunas caractersticas que son nicas del Homo sapiens. Con el avance de la tecnologa en el 2003 se logr secuenciar completamente el genoma humano, sin embargo, el nmero exacto de genes codificantes es todava desconocido, con un estimado de 30 a 150 miles de genes, las regiones codificantes representan un porcentaje muy reducido del genoma nuclear, la mayora del genoma est constituido regiones no codificantes y secuencias repetitivas. Usualmente, las primeras son comnmente llamadas ADN basura, sin embargo, la distribucin de genes es muy particular, ya que, se ha descubierto que determinados genes se encuentran insertos en intrones de otros genes. El genoma humano es una entidad dinmica, nuevo elementos funcionales aparecen y algunos viejos se extinguen, similar a la evolucin de especies. Esto confirma que la teora de la evolucin es universal y que aplica no solo a todos los SINEs and LINEs: the art of biting the hand that feeds you (b). Los SINEs y LINEs son fragmentos cortos y largos de elementos retrotransposables intercalados que invaden nuevos sitios genmicos utilizando intermediaros de ARN, los SINEs y los LINEs se encuentran en casi todos los eucariontes, excepto Saccharomyces cerevisiae, juntos conforman al menos el 34% del genoma humano, los SINEs dependen de la transcriptasa reversa y de la funcin endonucleasa de sus compaeros LINEs con la secuenciacin de todos los genomas disponibles, hemos logrado ampliar la informacin de SINEs y LINEs. Los SINEs preferentemente poseen muchas secuencias ricas en GC mientras que los LINEs son lo opuesto, los LINEs son mucho ms propensos a causar mutaciones. En cuanto a la funcionalidad o posible rol de estos fragmentos, dos nuevas ideas particularmente novedosas son que los SINEs podran ayudar a las clulas a sobrevivir el estrs fisiolgico y que la evolucin de SINEs y LINEs fue moldeada por las fuerzas del ARN de interferencia. GC composition of the human genome: In search of isochores (c). La teora del isochore, propuesta hace 3 dcadas atrs,

supone que dada un segmento genmico es posible clasificarlo en una familia isochore. Esta teora describe el genoma de los mamferos como un mosaico de largas y casi homogneas regiones genmicas, que estn caracterizadas por su contenido de guanina y citosina, el genoma humano contiene 5 familias de isochore, L1, L2, H1, H2, H3 con un contenido de GC de <37%, 37-42%, 42-47%, 47-52% y >52%, respectivamente. En esta publicacin, se pone en duda la teora anteriormente mencionada, y por tanto se somete a un riguroso anlisis de bases de las secuencias de genoma humano. Con este fin se adapt un set de 6 atributos que generalmente caracterizan isochore y se corroboraron los datos estadsticamente. Estos isochores estn repartidos de manera aleatoria en el genoma y cubren alrededor del 41% del genoma humano. Se encontr un modelo de familia de 4 isochores putativos con un bajo contenido de GC que no coincide con la literatura. Adems, debido al alto porcentaje de solapamiento, es imposible establecer lmites entre familias basndose en sus propiedades nicamente. Pese a que el modelo de isochore fue muy utilizado en los pasados 30 aos y su importancia histrica es destacable. A la luz de los resultados entregados en esta investigacin esta teora debe ser descartada debido a que la definicin en la cual est basada la teora es demasiado general, adems la definicin est basada en un anlisis del genoma de levadura que no posee isochores, como un control negativo.

Relajando la definicin de los isochores ignoramos entonces las regulaciones en el genoma humano, como la distribucin de composicin de distintos segmentos basados en su largo. The Human genome is composed of viral DNA: Viral homologues of the translated products cause Alzheimers disease and other disorders via autoinmmune and other mechanisms (d). El genoma humano est compuesto de millones de fragmentos contiguos a secuencias de ADN viral. Herpes y otras inserciones virales puntuales, corresponden a los lugares de cerca de 120 genes de susceptibilidad a la enfermedad de Alzheimer y a zonas de alta mutacin. A mayor nmero de coincidencias de genes pertenecientes a un patgeno, ms importante es el gen. Las secuencias de ADN son traducidas a pequeos tramos contiguos de 5-12 aminocidos, idnticos en virus y humanos, y en otros patgenos implicados en la enfermedad de Alzheimer. Uno de ellos C.Neoformans, el cual ha sido relacionado con un raro caso (curable) de demencia expresa el mayor nmero de hits para la produccin de protenas relacionadas con el Alzheimer. Estos segmentos de DNA (vatches), usualmente son anticuerpo contra protenas virales, sin embargo, pueden causar problemas con su contraparte humanos o activando respuestas inmunes, eliminando la clula que contiene sus contrapartes humanas homologas. Esta afirmacin est basada en la presencia de un ataque a la membrana de neuronas de

personas que padecen de Alzheimer y tambin por la habilidad de los antgenos tau para promover la formacin de nudos neurofibrilares y Alzheimer en ratones. La enfermedad del Alzheimer es patognica y como bien hemos dicho causada por patgenos, sin embargo, depende de los genes que crean estas secuencias complementarias. Este escenario es relevante para muchos otros y probablemente para muchos otros desordenes humanos dada la masiva cobertura de los genomas virales, los vatches en el proteoma humano, dictado por polimorfismo y mutacin, podran predecir desde el nacimiento el espectro de patgenos que coinciden con nuestras protenas y cual enfermedad patognica somos propensos a sufrir. Todo esto puede ser prevenible con vacunas, deteccin de patgenos y eliminacin y curacin por inmunosupresores. Human Genome Sequence and e Variation ( ). El contenido del genoma humano se ha vuelto un imprescindible para el emprendimiento de la relacin entre genotipo y fenotipo. La notacin funcional de genes requiere ambos un anlisis comparativo del genoma entre diferentes especies y una validacin experimental. Comunes y raras variabilidades genmicas pueden influenciar fuertemente la funcin del genoma entre individuos, parcialmente determinando la susceptibilidad a enfermedades.

(a) Wojciech Makalowski, The human genome structure and organization. (b) Alan M Weiner, SINEs and LINEs: the art of biting the hand that feeds you. (c) Netta Cohen, Tal Dagan, Lewi Stone, Dan Graur. GC composition of the human genome: In search of isochores (d) C.J. Carter. The Human genome is composed of viral DNA: Viral homologues of the translated products cause Alzheimers disease and other disorders via autoinmmune and other mechanisms. (e) Styliano E. Antonaraki. Human Genome Sequence and Variation. Anexo. Cuntos genomas de parsitos existen secuencias hasta la fecha? Cuntos genes tiene el genoma humano? El genoma humano posee alrededor de entre 20.000 a 25.000 genes. Cuntos genes existen del complejo mayor de histocompatibilidad en humano? En humanos, los 3,6 Mbp) de la regin MHC del cromosoma 6 contiene 140 genes

Referencias.