Aminoácidos, Peptídeos e Proteínas

Aminocidos, Peptdeos e Aminocidos Protenas
Prof. Dr. Andr Lus Bacelar Silva Barreiros
Definio
Aminocidos cidos -amino-carboxlicos
Protenas e Peptdeos so polmeros de aminocidos ligados por uma ligao amida

Ligao amida
Aminocidos
20 aminocidos utilizados na biossintese de protenas Alguns g aminocidos encontrados em p protenas so resultado de modificao aps a imcorporao cadeia nucleotdica 300 aminocidos no proticos p
Aminocidos
Numerao da cadeia
Lisina
Arginina g
Aminocidos
Estereoqumica Naturais L
L-gliceraldedo
D-gliceraldedo
L-alanina
D-alanina
Aminocidos
Notao D e L indica configurao no C-
(S)-(-)-alanina ) ( ) alanina L-alanina
(R)-(+)-alanina ) (+) alanina D-alanina
Frmula de projeo de Fischer
Modelo de bola e vareta
(S)-(-)-alanina L-alanina
(R)-(+)-alanina D-alanina
Frmula em Perspectiva
Aminocidos
Cadeia lateral hidrocarboneto aliftico
Gli i Glicina
Alanina Valina
Leucina
Isoleucina
Aminocidos
Cadeia lateral benznica
Fenilalanina Tirosina
Aminocidos
Cadeia lateral lcool
Serina Treonina
Aminocidos
Cadeia lateral cido carboxlico
Aspartato Glutamato
Aminocidos
Cadeia lateral amida
Asparagina Glutamina
Aminocidos
Cadeia lateral heterocclica
Prolina
Histidina Triptofano
Aminocidos
Cadeia lateral amina
Lisina Arginina
Aminocidos
Cadeia lateral com enxofre (tio-compostos)
Cistena
Metionina
Aminocidos - Polaridade
Apolares
Glicina
Alanina
Valina
Leucina
Prolina
Fenilalanina
Triptofano
Metionina
Isoleucina
Polares Neutros
Serina Treonina Asparagina Glutamina
Tirosina
Histidina
Cistena
Polares Carregados
Aspartato Glutamato Lisina Arginina
Aminocidos Modificados
Proteicos por modificao estrutural aps incorporao
5 hid i hi tidi 5-hidroxi-histidina 4-hidroxi-prolina
P Protenas do d colgeno l Protenas da parede celular
6-N-metil-lisina
Mi i Miosina
Protrombina
-carboxi-glutamato
Elastina
Desmosina (4 unidades de Lisina)
Selenocistena
Glutationa (GSH)
2GS + H2O2 2GSH
GSH p peroxidase
+
GSSG + 2H2O 2GSH + NADP+
GSSG + NADPH + H Resumindo:
GSH redutase
H2O2 + NADPH + H+
GSH
2H2O + NADP +
Glutationa Redutase (GR)
Aminocidos no proticos
Exercem outras funes sem constituir protenas

Ex.: Ornitina e Citrulina so intermediarios na biossntese da Arginina
Ornitina
Citrulina
Aminocidos Essenciais
No temos a capacidade de sintetiza-los No sintetizamos em q quantidade suficiente 10 aminocidos essenciais:

Valina, Leucina, Isoleucina, Treonina, Metionina, Lisina, Triptofano, Fenilalanina, Histidina e Arginina
Histidina e Arginina s so essenciais na infncia N Necessitamos i obte-los b l da d dieta di de d protenas diferentes dif
Valina
Cottage
Peixe
Lentilha
Frango
A Amendoim d i
G Gergelim li
Leucina
Protena de soja
Amendoim
Tof
A d Amndoas
F ij Feijo
Isoleucina
Ovos
Frango g
Per
Protena de soja
Algas marinhas
Queijo
Treonina
Cottage g
Carne
Gergelim
Peixe Aves domsticas
Lentilha
Metionina
Gergelim
Protena de soja Aveia
Castanha do Par Castanha-do-Par Germem de trigo
Amendoim
Lisina
Carne
Protena de soja
Ovos
Feijo
Lentilha
Triptofano
Clara de ovos
Bacalhau
Soja
Queijo Parmeso
Fenilalanina
Protena de soja j
Peixe
Amendoim Clara de ovos
Tof
Aminocidos Semi-Essenciais Semi Essenciais

Histidina
Aves domsticas Laticnios
Trigo
Arroz
Aminocidos Semi-Essenciais Semi Essenciais

Arginina
Aves domsticas Porco Laticnios Carne Amendoim
Granola
Abreviaturas Polaridade e Ocorrncia Abreviaturas,
Propriedades cido-Base cido Base

Em pH fisiolgico os aminocidos existem como ons dipolares
impossvel um aminocido existir na forma neutra
Forma neutra
Zwitterion

Curva de titulao
Glicina
Ponto Isoeltrico
pI = pK1 + pK2 2
pH onde carga = 0

Ponto Isoeltrico
Al i Alanina

Comparao com cidos carboxlicos e aminas

Cadeia lateral ionizvel
Hi tidi Histidina
pH = 0
pH = 3
pH = 7
pH = 12
Glutamato

Curva de titulao
Histidina

Curva de titulao
Glutamato

Ponto Isoeltrico
Lisina
Glutamato
Separao de Aminocidos
Eletroforese Separa por pI

pI > pH positivo migra para o ctodo pI < pH negativo migra pro nodo M > migra mais lentamente
Forma de deteco
nindrina
aminocido
produto violeta
Cromatografia em papel Separa por polaridade

Apolares arrastados pela fase mvel Polares retidos pelo papel (polar) CCD usa placa recoberta com fase estacionria
Aminocido menos polar p
Aminocido mais polar Oi Origem
Cromatografia de Troca Inica Separa por afinidade Resina de troca Catinica

Retm positivos
Resina de troca Aninica

Retm negativos
Fase mvel = Tampo
Resina Trocadora de Ctions
Resina Trocadora de nions

CH2N+(CH3)3ClCH2N+(CH3)3ClCH2N+(CH3)3Cl
CH2N+(CH3)3Cl-
CH2N+(CH3)3Cl-
Cromatograma obtido num analisador automtico
Deteco e Quantificao por UV/VIS
Deteco e Quantificao por UV/VIS

Aminocidos aromticos direta UV Outros aminocidos - nindrina
Produto violeta max = 570 nm
Sntese de Aminocidos
Substituio do H- por Br (Hell-Volhard-Zelinski) Reao SN2 com NH3

O 1) Br2, PBr3 2) H2O B Br O RCHCOH NH3 excesso O RCHCO NH3
+ -
RCH2COH
+ NH4 Br
Mecanismo da reao de Hell-Volhard-Zelinski
cido carboxlico
Brometo de acila
Enol
cido -bromocarboxlico
Aminao redutiva de -cetocidos

O R C C OH O NH3 excesso H2/Ni Raney O R CH C O NH3
+ +
+ NH4
Mecanismo
Separao de mistura racmica - Resoluo

Amilocinase do rim de porco
D-aminocido D aminocido + L-aminocido
N-acetil-D-aminocido acetil D aminocido + N-acetil-L-aminocido
L-aminocido
N-acetil-D-aminocido
Peptdeos
Ligao Peptdica (Amida)
Peptdeos
Por conveno o grupo amino livre representado a esquerda e o grupo carboxila livre a direita
Gr o amino terminal Grupo
Ligaes peptidicas Tripeptdeo
Gr o carboxila Grupo carbo ila terminal
Peptdeos
Rotao livre no permitida Carter parcial de dupla

Configurao trans
Carbono
Carbono Trans
Peptdeos
Ligao Dissulfeto
Cistena Cistina
Ci Cistena
Peptdeos
Ligao Dissulfeto - Mecanismo
Peptdeos
Ligao Dissulfeto forma das protenas
Peptdeos
Insulina
Regula o metabolismo da glicose
Ponte dissulfeto intracadeia
Pontes dissulfeto intercadeias
Peptdeos
Encefalinas
Controlam a dor
Tyr-Gly-Gly-Phe-Leu
Leucina-encefalina
T Gl Gl Ph M Tyr-Gly-Gly-Phe-Met
M i i Metionina-encefalina f li
Peptdeos
Bradicinina
Hormnio que inibe inflamao dos tecidos
Arg-Pro-Pro-Gly-Phe-Ser-Pro-Phe-Arg
Bradicinina
Peptdeos
Vasopressina (antidiurtico)
Controla a presso sanginea atravs da reteno de gua nos rins
Cys Tyr Phe Gln Asn Cys Pro Arg Gly NH2 Cys-Tyr-Phe-Gln-Asn-Cys-Pro-Arg-Gly-NH S
Vasopressina
Peptdeos
Ocitocina
Induz a dor do parto e controla a produo de leite
Cys Tyr Ile Gln Asn Cys Pro Leu Gly NH2 Cys-Tyr-Ile-Gln-Asn-Cys-Pro-Leu-Gly-NH S
Ocitocina
Peptdeos
Gramicidina
Antibitico produzido por bactrias D-Phe D-Orn

Peptdeos
Aspartame
Adoante sinttico
Asp-Phe-CH3
Peptdeos
Glutationa
Antioxidante
Glu-Cys-Gli S S Glu-Cys-Gli y
GSSG
Gl C Gli Glu-Cys-Gli
GSH
Sntese de Peptdeos
Problemas com a Sntese
Sntese de Peptdeos
Estratgia de Sntese
Protegido
Ativado A ligao g peptdica p p se forma aqu
Sntese de Peptdeos
Proteo do grupo amino terminal (t-BOC)
Gl Glicina Dicarbonado de di-terc-butila
Glicina N-protegida
Sntese de Peptdeos
Ativao do grupo cido (DCC)

Transferncia de H+
Glicina N-protegida Diciclo-hexil-carbodiimida DCC
Protegido Ativado
Sntese de Peptdeos
Sntese - Adio
Alanina
Nova ligao peptdica
diciclo-hexil-uria
Sntese de Peptdeos
Propagao
Repetio da ativao e adio
Dipeptdeo N-protegido
Tripeptdeo N-protegido
Sntese de Peptdeos
Remoo do grupo N-protetor (t-BOC)
Tripeptdeo N-protegido
Ti Tripeptdeo d
Sntese de Peptdeos
Problemas com a metodologia

Rendimento de 80% por etapa

2 80% 3 64% 4 51% 5 41% 6 33% 7 26% 8 21% 9 17%
Aminocidos Rendimento
Mtodo demorado Necessidade de purificar o produto a cada etapa
Sntese de Peptdeos
Sntese automatizada de peptdeos em fase slida

Grupo cido ligado a suporte slido Sntese no sentido inverso (C para N) Fcil remoo de subprodutos Altos rendimentos Rpida
Robert Bruce Merrifield (1921- 2006)
Sntese de Peptdeos
Ligao Resina
A i id N-protegido Aminocido t id
Sntese de Peptdeos
Sada do Grupo Protetor (t-BOC)
Sntese de Peptdeos
Ativao (DCC)
Sntese de Peptdeos
Adio
Sntese de Peptdeos
Sada do Grupo Protetor (t-BOC)
Sntese de Peptdeos
Propagao
Sntese de Peptdeos
Propagao
Sntese de Peptdeos
Recuperao do Produto
Protenas

Polmeros de aminocidos unidos por ligao covalente do tipo amida (ligao peptdica) Exercem as mais diferentes funes
Luciferina
Hemoglobina
Queratina
Peptdeos at 100 resduos de aminocidos ou massa molar M < 10.000 g/mol
Protenas
Dados moleculares de algumas protenas
Protenas
Grupos Prostticos
Grupos qumicos diferentes de aminocidos ligados a cadeia
Protenas - Separao
Extrao quebra das clulas Fracionamento p por solubilidade

p pH Temperatura Adio de Sal (NH4)2SO4 (Efeito salting out) Dialise (tubo com membrana semi-permevel)

Protenas - Separao
Cromatografia em Coluna
Troca-Inica Excluso Bio-Afinidade
Protenas - Separao
Cromatografia por Troca-Inica

Separa por diferena de cargas Fase mvel = tampo Fase estacionria

Resina Catinica Resina Aninica
Mudana na F.M. altera cargas
Protenas - Separao
Cromatografia por Excluso

Separa por Tamanho Fase Estacionria Polmero Poroso Maiores no entram nos poros Separadas Primeiro Menores entram nos poros M Separadas por ultimo
Protenas - Separao
Cromatografia por Bio-Afinidade

Separa por afinidade com F.E. Separa primeiro protenas que no se ligam Ligante forte separa protena de interesse
Protenas - Separao
Eletroforese
Separa pela relao massa/carga Modificao com DSS
Todas com mesma carga = separa por massa
Protenas
Estruturas

Primria Secundria Terciria Quaternria
Protenas Estrutura Primria

Seqncia de Aminocidos Quebra das ligaes Q g dissulfeto Identificao dos aminocidos terminais Quebras seletivas da cadeia

Quebra das ligaes dissulfeto
Ditiotetrol (DTT)
Resduos cidos de cistena
Acetilao Iodo-acetato
Resduos acetilados de cistena

Quebra das ligaes dissulfeto

Estratgias para determinar seqncia de aminocidos

Estratgias para determinar seqncia de aminocidos

Quebra seletiva da cadeia

Hidrlise cida
100C 24 h 6 N HCl aminocidos i id
P t Protena
Asparagina e Glutamina lidas como Aspartato e Glutamato

Aminocido N-terminal (Degradao de Edman)
Isotiocianato de fenila PITC Reagente de Edman

Aminocido N-terminal (Degradao de Edman)
Derivado Tiazolinona
Peptdeo sem aminocido N-terminal terminal original

Aminocido N-terminal (Degradao de Edman) O PHT-aminocido determinado por p cromatografia com uso de padres Degradaes de Edman sucessivas so inviveis em protenas

Aminocido C-terminal (Carboxi-peptidase)

Stio de ataque da carboxi-peptidase
Carboxi peptidase A separa todos menos Arg e Lys Carboxi-peptidase C b Carboxi-peptidase d B especfica f para Arg A e Lys L

Hidrlise Parcial
Quebra aleatria da cadeia com cido diludo Determina grupo N-terminal dos fragmentos (Edman) Determina grupo C-terminal dos fragmentos (Carboxipeptidase) d ) D Determina i composio i de d cada d fragmento f por hidrlise hid li total l Ali h as cadeias Alinha d i procurando d pontos t de d sobreposio b i

Endopeptidases
Hidrolisam ligaes peptdicas especficas Tripsina hidrolisa a ligao no lado C de Arg e Lys

Tripsina Lado C de Arg e Lys
Ala-Lys-Phe-Gly-Asp-Trp-Ser-Arg-Met-Val-Arg-Tyr-Leu-His
Quebra pela Tripsina
Quimotripsina Lado C aromticos Phe, Tyr e Trp
Quebra pela Quimotripsina

Elastase Lado C dos menores Gly e Ala
Quebra pela Elastase
Submaxillarus protease Lado C de Arg
Quebra pela Submaxillarus protease

Staphylococcus aureus V8 protease Lado C Asp e Glu
Quebra pela V8 protease
Pepsina - Lado N aromticos Phe, Tyr e Trp
Quebra pela Pepsina

Nenhuma peptidase quebra ao lado de Pro
Ala-Lys-Pro
Tripsina no quebra
Leu-Phe-Pro
Quimotripsina no quebra
Pro-Phe-Val
Quimotripsina quebra
Brometo de Cianognio (BrCN) quebra Lado C Met
Quebra pelo BrCN

Brometo de Cianognio - Mecanismo

Brometo de Cianognio - Mecanismo

Sequenciador de Protenas Reaes de Edman

Mais de 50 resduos 99% de eficincia Protenas maiores so quebradas antes

MALDI/MS Espectrometria da Massas com dessoro/ionizao a laser com matriz assistida Ionizao por Eletron-Spray (ESI/MS)

Seqnciamento por MS/MS
Protenas Estrutura Secundria

Comformao regular assumida pelo segmento protico

Planaridade regional em torno da ligao peptdica (carter parcial de dupla)
Maior nmero de Ligaes de H Maior separao dos grupos R (impedimento estrico)

Giro livre em torno da ligao N-C () Giro livre em torno da ligao g C1-C () ngulo de 0 proibido em protenas e peptdeos
= = 0
= = 180 ou -180

Conformaes
Hlice Folha Pregueada

Paralela Antiparalela
Curva Espiralada ou Em Lao

Hlice Arranjo mais simples Hlice destra -45 < < -50 e = -60 Gira no sentido horrio descendo 3,6 resduos por giro
Esquerda q
Destra

Hlice Substituintes para fora da hlice minimizam impedimento estrico
Topo
Lateral

Hlice Ligaes de H a cada 4 resduos

Hlice - Estabilizao
Ligaes de H justificam estabilidade Interaes entre grupos R distantes 3 a 4 resduos estabilizam a Hlice favorecendo sua formao
Resduos positivos e negativos atrao e formao do par-inico par inico
Resduos aromticos atrao hidrofbica

Par-Inico

Hlice - Desestabilizao
Interaes entre grupos R vizinhos desestabilizam a Hlice

Glu e/ou Asp vizinhos = repulso entre cargas negativas Lys e/ou Arg vizinhas = repulso entre cargas positivas V l, Leu Val L e Ile Il volumosos l vizinhos i i h = impedimento i di estrico i
Outros

Pro rigidez do anel impede giro N-C e N no forma ligao de H Gly flexibilidade conformacional forma outras hlices = desestabiliza

Folha Pregueada
Estrutura estendida em zig-zag Ligao de H entre cadeias peptdicas vizinhas As cadeias podem ser:
Paralelas = se estendem na mesma direo Antiparalelas = se estendem em direes opostas

Folha Pregueada - Paralela

Folha Pregueada - Antiparalela

Folha Pregueada - Estabilidade

Grupos R pequenos Gly e Ala favorecem ligao de H
Paralelas
Antiparalelas

Curva - Conecta os diferentes segmentos proticos como as Hlices e as Folhas Pregueadas Conecta tambm folhas pregueadas antiparalelas Em protenas globulares (compactas) 1/3 dos resduos podem ser curvas Envolve 4 resduos de aminocidos e gira 180 Ligao de H entre resduos 1 e 4

Curva - Tipo I
3. Resduo de Pro em cis
Li d Ligao de H entre t 1 1. e 4 4. R Resduos d

Curva - Tipo II
3. Resduo de Gly
Li d Ligao de H entre t 1 1. e 4 4. R Resduos d

Conformao Espiralada ou Em Lao

Ordenada, mas difcil de descrever Hlice - Espiral violeta Folha - Seta Verde Curva - Curva na seta L Lao Cordo C d verde d
Protenas Estrutura Terciria

Estrutura tridimensional de todo o polipeptdeo Interaes fortes dissulfeto Interaes fracas

Ligaes de H Apolares (Van der Waals)
Tipos

Fibrosas Globulares

Tipos de Interao
Ligaes de H Lao
Ligaes de H Hlice
Ligaes de H Folhas
Ligao g de H Curva Ponte dissulfeto Van der Waals
Par-Inico

Fibrosas
Possuem cadeia polipeptdica arranjada em longos filamentos ou folhas Consistem principalmente de um nico tipo de estrutura secundria Funes: suporte, forma, proteo externa Solubilidade: Insolveis em gua

Fibrosas Queratina
Estrutura predominante Hlice 2 Hlices se enrolam em forma de bobina super-hlice esquerda R d Resduos h hidrofbicos d fb Ala Al , Val V l, Leu L , Ile Il , Met M e Phe Ph S Super-hlices hli se ligam li por pontes dissulfeto di lf

Fibrosas Queratina
Hlice
Super-hlice
Clulas Filamentos intermedirios Proto-fibrila Proto-filamento Super-hlice Hlice ce Proto-fibrila
Proto-filamento

Fibrosas Queratina: Pontes dissulfeto do cabelo

Fibrosas - Queratina
Unhas
Cabelo
Garras
Espinhos
Chifres

Fibrosas Colgeno
Estrutura predominante Hlice esquerda 3 Hlices se enrolam em forma de bobina super-hlice destra Resduos: 35% Gly, 11% Ala, 21% Pro e 4-Hyp, HyLys
5-hidroxi-lisina 4-hidroxi-prolina
S Super-hlices hli li ligadas d Lys L -HyLys H L

Fibrosas Colgeno
Hlice esquerda
Lateral
Topo Super-hlice destra

Fibrosas Colgeno
Cabeas Estrias cruzadas
Super-hlice (3 hlices)
Polipeptdeo
Lys
HyLys
Polipeptdeo

Fibrosas Colgeno
Crnea
Tendes
Cartilagem
Hipoderme Matriz Orgnica dos Ossos

Fibrona da Seda

Estrutura p predominante folhas Estrutura antiparalela de empacotamento compacto Resduos predominantes: Gly e Ala Folhas unidas por Ligaes de H e foras de Van der Waals No estira pois estrutura j estendida Flexvel

Fibrona da Seda
Ala
Gly

Fibrona da Seda
Teia de Aranha Bicho da seda
Seda
Aranha tecendo a teia

Globulares
Possuem cadeia polipeptdica dobrada em estrutura esfrica ou globular Consiste de vrios tipos de estruturas secundrias dobradas entre elas num arranjo compacto Funes: enzimas, protenas regulatrias, protenas motoras, imunoglobulinas protenas de transporte imunoglobulinas, transporte, etc. etc Solubilidade: Podem ser Solveis ou Insolveis em gua

Globulares
Percentagem de Estruturas Secundrias pode variar

Globulares Mioglobina
Pequena 16.700g/mol Transporte de O2 nos msculos 1 cadeia peptdica, 153 resduos 1 grupo heme 78% Hlice 0% Folha

Mi l bi Mioglobina



Grupo Heme
H Heme li d a Hys ligado H

Globulares Citocromo C
Pequena 12.400g/mol Cadeia respiratria (mitocndria) 1 cadeia peptdica, 104 resduos 1 grupo heme 39% Hlice 0% Folha
Citocromo C


Globulares Lisozima

Pequena 14.600g/mol Enzima Bactericida (lagrimas e clara de ovo) 1 cadeia p peptdica, p , 129 resduos Pontes dissulfeto 40% Hlice 12% Folha F lh
Lisozima


Globulares Ribonuclease

Pequena 13.700g/mol Secretada pelo Pncreas hidrolise de cidos nuclicos 1 cadeia p peptdica, p , 124 resduos Ligaes de H e interaes Inicas 26% Hlice 35% Folha F lh
Ribonuclease


Estrutura Supersecundria

Sinonmia: Motivos (Temas) ou Dobras Definio: Arranjos particularmente estveis de vrios elementos da estrutura secundria e as conexes entre eles
Maneira como as estruturas secundrias se conectam umas as outras Maneira como as estruturas secundrias se dobram Segmentos que conectam as estruturas secundrias

Estrutura Supersecundria: Loop --

Estrutura Supersecundria: Esquina -

Estrutura Supersecundria: Motivo Todo-

Conexes entre elementos secundrios no podem se cruzar ou formar ns

Estrutura Supersecundria: Conexo Destra entre folhas-

Coneo Esquerda entre folhas- rara ou no se forma

Estrutura Supersecundria: Barril

Estrutura Supersecundria: Folha- Torcida

Estrutura Supersecundria: Barril /
Loop --
Barril /

SCOP Classificao Estrutural das Protenas

http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop Toda Toda / ( e alternados) + ( e isolados)

SCOP Toda

SCOP Toda

SCOP /

SCOP +
Protenas Estrutura Quartenria

Apenas para polipeptdica
protenas
com
mais
de
uma
cadeia
Maneira como as cadeias individuais da protena so arranjadas uma em relao as outras

Protena com muitas subunidades Multmero Protena com p poucas subunidades Oligmero g Caso as unidades se repitam, repitam a cadeia peptdica que se repete denominada protmero

Hemoglobina
Mdia (64.500g/mol) Transporte 4 cadeias peptdicas

2 Protmeros P (141) 2 Protmeros (146)
4 grupos heme
Hemoglobina

Hemoglobina
P t Protmero
Protmero
Tetrmero Dmero
Protmero
Protmero

Protmeros podem estar arranjados em diferentes simetrias Ex. 1: Capsdeo Viral Simetria Icosadrica

Ex. II: Capsdeo do Vrus do mosico do Tabaco Simetria helical RNA

Protena

Limites no Tamanho das Protenas 1 erro a cada 10.000 resduos de aminocidos Cdigos Genticos Muito Grandes Protenas maiores que 100.000g/mol 100 000g/mol tm subunidades (protmeros) idnticas ou diferentes vrias
Vrus tm cdigo gentico pequeno Protenas com vrias i unidades id d repetidas tid
Protenas Determinao Estrutural

Determinar a configurao correta das estruturas tercirias e/ou quaternrias Difrao de Raios-X Ressonncia Magntica nuclear - RMN

Difrao de Raios-X
Tcnica mais utilizada Determina a posio dos tomos e distncia relativa entre eles Anlise computacional nmero muito grande de tomos Necessidade de cristalizar estrutura Perde informaes sobre a dinmica da estrutura em soluo

Difrao de Raios-X
Padres de Difrao de Raios-X
Mapa tridimensional da densidade eletrnica

Difrao de Raios-X
Localizao dos tomos
Estrutura completa da protena

Ressonncia Magntica Nuclear RMN

RMN 1H Informaes sobre os ncleos e suas interaes Uni-dimensionais (1D) muito complexos para analisar


Bidimensionais trazem informaes valiosas sobre a interao entre os H no espao (NOESY) e nas vizinhanas (TOCSY)


Interpretao leva a estrutura Vantagem: Feito em soluo Desvantagem: Mais complexo Informaes complementares a dif difrao de d Raios-X R i X
Protenas Desnaturao
Perda de estrutura terciria suficientemente grande para causar perda de funo No implica perda total da estrutura terciria (protena desdobrada) Renaturao retorno a sua estrutura terdiria e recuperao da atividade perdida
Protenas Desnaturao
Desnaturao
Renaturao
Protenas Desnaturao
Fatores Causadores

Calor afeta as ligaes de H pH altera cargas na protena, causando repulses e quebra de ligaes de H Solventes orgnicos miscveis em gua quebram interaes hidrofbicas Detergentes - quebram interaes hidrofbicas Solutos Ctions e nions precipitao ou efeito salting salting-out out

Referncias
BRUICE, P.Y. Qumica Orgnica. 4a Edio, vol. 2, Pearson/Prentice Hall, 2006, captulo 23. LEHNINGER, A. L.; NELSON, D. L.; COX, M. M. Princpios de Bioqumica, 4. Edio, Editora Sarvier, 2006, captulos 3 e 4. SOLOMONS, T.W.G., FRYHLE, C.B. Qumica Orgnica. 9 Edio, vol. 2, Editora L.T.C., 2009, captulo 24.

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Prof. Dr. Andr Lus Bacelar Silva Barreiros

Aminocidos cidos -amino-carboxlicos

Protenas e Peptdeos so polmeros de aminocidos ligados por uma ligao amida

Notao D e L indica configurao no C-

(S)-(-)-alanina ) ( ) alanina L-alanina

(R)-(+)-alanina ) (+) alanina D-alanina

Frmula de projeo de Fischer

Modelo de bola e vareta

Cadeia lateral hidrocarboneto aliftico

Cadeia lateral benznica

Cadeia lateral lcool

Cadeia lateral cido carboxlico

Cadeia lateral amida

Cadeia lateral heterocclica

Cadeia lateral amina

Cadeia lateral com enxofre (tio-compostos)

Serina Treonina Asparagina Glutamina

Aspartato Glutamato Lisina Arginina

Proteicos por modificao estrutural aps incorporao

5 hid i hi tidi 5-hidroxi-histidina 4-hidroxi-prolina

P Protenas do d colgeno l Protenas da parede celular

Desmosina (4 unidades de Lisina)

2GS + H2O2 2GSH

GSSG + 2H2O 2GSH + NADP+

GSSG + NADPH + H Resumindo:

Glutationa Redutase (GR)

Exercem outras funes sem constituir protenas

Ex.: Ornitina e Citrulina so intermediarios na biossntese da Arginina

No temos a capacidade de sintetiza-los No sintetizamos em q quantidade suficiente 10 aminocidos essenciais:

Peixe Aves domsticas

Protena de soja Aveia

Castanha do Par Castanha-do-Par Germem de trigo

Amendoim Clara de ovos

Aminocidos Semi-Essenciais Semi Essenciais

Aves domsticas Laticnios

Aminocidos Semi-Essenciais Semi Essenciais

Aves domsticas Porco Laticnios Carne Amendoim

Abreviaturas Polaridade e Ocorrncia Abreviaturas,

Propriedades cido-Base cido Base

Em pH fisiolgico os aminocidos existem como ons dipolares

impossvel um aminocido existir na forma neutra

Propriedades cido-Base cido Base

Propriedades cido-Base cido Base

Propriedades cido-Base cido Base

Comparao com cidos carboxlicos e aminas

Propriedades cido-Base cido Base

Cadeia lateral ionizvel

Propriedades cido-Base cido Base

Propriedades cido-Base cido Base

Propriedades cido-Base cido Base

Propriedades cido-Base cido Base

Eletroforese Separa por pI

Cromatografia em papel Separa por polaridade

Aminocido mais polar Oi Origem

Cromatografia de Troca Inica Separa por afinidade Resina de troca Catinica

Resina de troca Aninica

Fase mvel = Tampo

Resina Trocadora de Ctions

Resina Trocadora de nions

Cromatograma obtido num analisador automtico

Deteco e Quantificao por UV/VIS

Deteco e Quantificao por UV/VIS

Aminocidos aromticos direta UV Outros aminocidos - nindrina