Buscar en MEDLINE con PubMed

(Gua breve de uso)

Autor: Carlos Gonzlez Guitin Biblioteca del Complejo Hospitalario Juan Canalejo de A Corua (Espaa) biblioteca@fisterra.com Actualizacin: febrero/2005. Casitrides, S.L.

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Qu es PubMed? Cmo iniciar una bsqueda? a. Cmo utilizar los operadores booleanos b. Cmo truncar un trmino c. Cmo utilizar los calificadores de campos d. Reglas y sintaxis para la bsqueda Cmo aplicar lmites / "LIMITS"? a. Seleccin de campos b. Tipos de publicacin c. Idiomas d. Edades e. Sexo f. Humano o Animal g. Subsets h. Fechas i. Citas con Abstracts/Resmenes Cmo usar INDEX? Cmo mostrar los documentos? a. Visualizacin de Documentos b. Campos de un registro Medline c. Volcar los documentos en disquete d. Cmo imprimir una bsqueda e. Cmo enviar una bsqueda por e-mail f. Cmo ver los Vnculos/Links g. Cmo ver la estrategia de las bsquedas (Details) h. Cmo guardar la estrategia de bsqueda desde Details Cmo utilizar el Clipboard / Portapapeles? Cmo utilizar el History / Histrico? Cmo acceder a los textos completos? Otras Bases de datos y Recursos en NCBI PubMed Services a. Cmo utilizar el MeSH Database? b. Cmo utilizar el Journal Database? c. Cmo utilizar el Single Citation Matcher? d. Qu es el Bath Citation Matcher? e. Cmo utilizar el Clinical Queries? f. Cmo utilizar My NCBI? g. Cmo utilizar PubMed para Palm? Mapeo Automtico de Trminos Recursos tiles desarrollados a partir de PubMed Glosario PubMed

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1. Qu es PubMed?
El sistema de bsqueda PubMed es un proyecto desarrollado por la National Center for Biotechnology Information (NCBI) en la National Library of Medicine (NLM). Permite el acceso a bases de datos bibliogrficas compiladas por la NLM: MEDLINE, PreMEDLINE (citas enviadas por los editores), Genbak y Complete Genoma. Medline contiene subbases: AIDS, Bioethics, Cancer, Complementary Medicine, Core Clinical Journals, Dental Journals, Nursing Journals, PubMed Central que podemos consultarlas individualmente pulsando la opcin Limits y seleccionando Subsets. MEDLINE es la base de datos ms importante de la NLM abarcando los campos de la medicina, oncologa, enfermera, odontologa, veterinaria, salud pblica y ciencias preclnicas. Actualmente contiene ms de 15 millones de referencias bibliogrficas de artculos de revistas desde el ao 1950, provenientes de 4780 revistas internacionales de ciencias de la salud (datos 2004). PubMed dispone de varias modalidades de bsqueda. En la pantalla de inicio podemos buscar por trminos, frases, autores etc. Los limitadores (Limits), permiten acotar la bsqueda por tipo de documentos, idiomas, edad, etc. La opcin de ndices (Index) visualiza los trminos presentes en los diferentes ndices: descriptor (MeSH), autor, palabra del ttulo o resumen, revista etc. Tambin podemos optar por consultar directamente el descriptor pulsando en el men MeSH Database consultar una revista en Journal Database. Resulta de gran utilidad para las bsquedas de informacin clnica el filtro metodolgico CLINICAL QUERIES, elaborado con una metodologa de MBE, poniendo el nfasis en la terapia, diagnstico, etiologa o pronstico o localizar revisiones sistemticas o metaanlisis. En 1996 se cre PREMEDLINE, una base de datos que suministra datos bsicos y resmenes antes de que se aadan todos los campos en los registros completos y sean incorporados a Medline. Cada da se introducen nuevos registros a Premedline, y cada registro recibe un nmero de identificacin PMID. Una vez que se les incorpore los trminos MeSH y otros datos de la indizacin, se suprimen de Premedline y se incorporan en Medline.

2. Cmo iniciar una bsqueda en PubMed?

Para iniciar la bsqueda en PubMed, introduzca el trmino o frase en el formulario de bsqueda y pulse el botn Go o la tecla enter. Si el trmino est compuesto por ms de una palabra (ej. HIV Seropositivy), PubMed automticamente combina mediante el operador lgico (AND) los trminos introducidos utilizando el sistema de mapeo automtico de trminos (vase al final del documento "Mapeo automtico de trminos"). Por el contrario, si lo que deseamos es buscar una frase, debemos escribirla entre comillas (ej. "rheumatic diseases"). Podemos modificar nuestra estrategia de bsqueda aadiendo o eliminando trminos en el formulario de bsqueda, combinar trminos mediante los operadores lgicos o booleanos (AND, OR, NOT) y truncar trminos.

a. Cmo utilizar los Operadores booleanos? Nos van a permitir combinar (AND), sumar (OR) o excluir (NOT) trminos.

! !

Interseccin (AND) - recupera solo aquellas citas que contengan los trminos. Ej.: "rheumatic diseases" AND pregnancy Unin (OR) - recupera citas que contengan los dos trminos, o al menos uno de ellos Ej.: fever OR hyperthermia

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Exclusin (NOT) - excluye las citas que contengan el trmino Ej.: Hypertension NOT pulmonary

Importante: Los operadores booleanos AND, OR, NOT deben escribirse en mayscula, ej. fever OR hyperthermia, o bien FEVER OR HYPERTHERMIA. b. Cmo truncar un trmino? El truncado permite recuperar todos los trminos que poseen la misma raz. Si colocamos un asterisco (*) al final de un trmino de bsqueda, PubMed busca en todas aquellas palabras que tengan la misma cadena de letras como raz. As, si escribimos neurol* se incluye en la bsqueda los trminos neurology; neuroleptic; neurolekin; neurologic etc. PubMed usa las primeras variantes del trmino truncado. No localiza frases, por ejemplo "infection*" incluye "infections", pero no "infection control." Importante: El truncado anula el mapeo automtico de trminos. c. Cmo utilizar los calificadores de campos o tags? Cada campo de un registro bibliogrfico, se identifica mediante una etiqueta de dos o ms letras (calificadores de campo), que podemos aadir a continuacin de cada trmino entre corchetes: ej.: mycobacterium bovis[mh]. Tanto los trminos de bsqueda como los calificadores de campo, no importa si se escriben en mayscula o minscula ni el espacio ej.: cysticercosis [mh] = Cysticercosis[mh] = CYSTICERCOSIS [MH] Tabla con los calificadores de campos o tags Nombre del campo
Affiliation - Direccin All Fields - Todos los campos Author Name - Autores

Abreviatura
[AD, AFFL] [ALL] [AU, AUTH]

Descripcin
Direccin y filiacin institucional del primer autor y nmero de ayuda econmica. Incluye todos los campos de bsqueda de PubMed. Desde el ao 2000 Medline no pone limite al nmero de autores. Hasta 1999 inclua los 25 primeros autores seguido de la abreviatura et al. El formato para buscar un autor es Apellido, seguido de espacio y la/s primeras iniciales sin puntos (ej., Fauci AS). Se pueden omitir las iniciales al buscar. Nmero asignado por la Comisin de Enzimas (E.C.). Nmero para designar una enzima en particular y el listado RN del Chemical Abstracts Service (CAS) Registry Numbers. Contiene la fecha que la cita fue agregada a PubMed, en el formato aaaa/mm/dd [edat], ej., 1998/01/10 [edat]. El nmero de edicin de la revista en la cual el artculo es publicado. La abreviatura del ttulo de la revista, el ttulo completo o el nmero ISSN (ej., J Biol Chem, Journal of Biological Chemistry, 0021-9258). El idioma en el cual el artculo fue publicado. Trmino MeSH que cubre los aspectos ms relevantes de un artculo. El vocabulario controlado de la NLMs (Medical Subject Headings) sobre trminos biomdicos que se usan para describir cada artculo de una revista cientfica en MEDLINE. El nmero de la primera hoja del artculo en la revista en que aparece. Para buscar citas sobre un individuo como tema. Utilice las reglas como para buscar un autor. La fecha en que el artculo fue publicado en el formato aaaa/mm/dd (ej. 1984/10/06). Un ao con solo un mes (ej., 1984/03) mostrar todo lo de ese mes. Las fechas de publicacin no estn estandarizadas entre las publicaciones. Describe el tipo de material que el artculo representa (ej., Review, Clinical Trials, Retracted Publications, Letters).

E.C./RN

[RN, ECNO]

Entrez Date -Fecha de ingreso Issue - Edicin Journal Name - Nombre de la publicacin Language - Idioma MeSH Major Topic - MeSH tpico principal MeSH Terms - Trminos MeSH

[EDAT] [IP, ISSUE] [TA, JOUR]

[LA, LANG] [MAJR] [MH,MESH]

Page - Pgina Personal Name - Nombre personal Publication Date - Fecha de publicacin

[PG, PAGE] [PS] [DP, PDAT]

Publication Type - Tipo de publicacin

[PT, PTYP]

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Subheading - Subencabezado Subset - Subgrupos Substance Name - Nombre de substancia Text Words - Palabras del texto

[SH] [SB] [NM, SUBS] [TW, WORD]

Use subencabezados para calificar en forma ms especfica la bsqueda en trminos MeSH. Permite elegir sobre que subbase de la base de datos Medline queremos buscar: Aids, Bioehics, Cancer. etc. El nombre de una substancia qumica tratada en el artculo (MEDLINE Name of Substance field). Todas las palabras de los campos dl ttulo, resumen, trminos MeSH, subencabezados, nombres de substancias qumicas, nombre de persona como tema y campos de identificacin secundaria. Palabras encontradas en el ttulo de un artculo. El nmero del volumen de la publicacin donde el artculo es publicado. Para buscar el PMID o UI solo ingrese e los o los numeros correspondientes que PubMed los unira automticamente

Title Words - Palabras del ttulo Volume - Volumen PubMed Identifier (PMID) & MEDLINE Unique Identifier (UI)

[TI, TITL] [VI, VOL]

d. Reglas y sintaxis para la bsqueda PubMed procesa los operadores booleanos de izquierda a derecha. Esto se puede cambiar utilizando parntesis ej. Pulmonary tuberculosis AND (drug therapy OR drug resistance). Si deseamos limitar el trmino a un campo especfico, debemos escribir el trmino seguido de la abreviatura del campo entre corchetes (vase tabla de calificadores de campos). Ejemplos de Bsquedas Booleanas:

! ! !

Citas que contengan a Perlman como autor, que trate de tuberculosis y publicado en 1999: Tuberculosis, pulmonary [mh] AND perlman [au] AND 1999 [dp] Artculos que traten de la fiebre o hipertermia en la tuberculosis pulmonar: Tuberculosis, pulmonary [mh] AND (hyperthermia OR fever) Artculos de revisiones en ingls que traten sobre la teraputica del asma en nios preescolares: asthma/therapy [mh] AND review [pt] AND child, preschool [mh] AND english [la]

3. Cmo aplicar lmites / "LIMITS"?

Podemos acotar la bsqueda pinchando en la opcin Limits.

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Seleccin de campos. Puede limitarse la bsqueda de un trmino a un campo especfico. Si desplegamos el men, aparece un listado de todas las opciones. Ejemplo: si seleccionamos All Fields ("todos los campos"), localiza el trmino de bsqueda en cualquier parte del registro; Author name, en el campo autor; Journal name, en el de la revista, etc., mientras que si seleccionamos MeSH Terms localizar exclusivamente trminos MeSH en ese campo.

Tipos de Publicacin Puede limitarse la bsqueda segn el tipo de estudio publicado (ej. Clinical Trials or Review articles). El men desplegado contiene un listado: Clinical Trial; Editorial; Letter; MetaAnalysis; Practice Guideline; Randomized Controlled Trial; Review

Idiomas: Para seleccionar un idioma, hay que pulsar en "languages" y seleccionar todos ("All") o alguno de estos: English; French; German; Italian; Japanese; Russian; Spanish. Edades: Para seleccionar un grupo de edad especfico en los estudios humanos, seleccinelo desde el men desplegable: All Infant: nacimiento-23 meses; All Child: 0-18 aos; All Adult:19+ aos; Newborn: nacimiento-1mes ; Infant: 1-23 meses; Preschool Child: 2-5 aos; Child: 6-12 aos; Adolescent: 13-18 aos; Adult:19-44 aos; Middle Aged:45-64 aos; Aged:65+ aos; 80 and over: 80+ aos. Humano o Animal: Permite la seleccin del grupo en estudio. Si no selecciona ninguno, PubMed no establecer lmite por este criterio. Sexo: Puede limitar los estudios humanos por sexo (mujer o varn). Si no se selecciona, no se establecer lmite por gneros. Subsets (Subtemas/Subgrupos): El men de Subsets (Subtemas) permite limitar la bsqueda a algunos de los subtemas contenidos en PubMed. Opciones disponibles: Aids, Bioethics, Cancer, Complementary Medicine, PubRef, Core Clinical Journals, Dental journals, History of Medicine, MEDLINE, Nursing journals, OldMedline, PubMed Central, Space Life Sciences, Toxicology.

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- AIDS: El filtro de bsqueda AIDS localiza referencias sobre Sida. Tambin disponible a travs de AIDSinfo. - Bioethics: Limita la bsqueda a temas de tica, cuidado de salud e investigacin biomdica. Los registros son suministrados por el Bioethics Information Retrieval Project del Kennedy Institute of Ethics at Georgetown University. - Cancer: Limita la bsqueda al campo de la oncologa. Incluye las referencias de la desaparecida base de datos CancerLit del Nacional Cancer Institute. - Core Clinical Journals: es una seleccin de 120 revistas del desaparecido Abridged Index Medicus, su finalidad es limitar la bsqueda a un reducido grupo de revistas relevantes para la practica mdica. - Dental journals: Limitar la bsqueda a aproximadamente 420 ttulos de revistas incluidas en el Index to Dental Literature. - History of Medicine: Restringido a la Historia de la Medicina. - Nursing journals: Limitar la busqueda a unos 330 ttulos de revistas de enfermera incluidas en el International Nursing Index. - OldMedline: Recupera referencias bibliogrficas desde 1959 hasta 1965. - PubMed Central: Coleccin digital de artculos gratuitos a texto completo suministrado por las editoriales. Est promovido por el NIH. - Space Life Sciences: Ciencias del espacio. Elaborado por la NASA. - Toxicology: Toxicologa, efectos farmacolgicos, bioqumicos y fisiolgicos de medicamentos y otras sustancias qumicas. Algunas de estas bases de datos Aids, Bioethics, Toxicology, hasta el ao 2000 haba que consultarlas a travs del desaparecido Grateful Med, o la de Cancer a travs de CancerLit. Actualmente la mayora estn disponibles en Gateway, o en PubMed, mientras que Aidsdrugs y Aidstrials se integraron en AIDSinfo. Si lo deseamos, podemos escribir directamente en el formulario de bsqueda y combinar el trmino de bsqueda con las abreviaturas de cada una de estas subgrupos:

o o o o

Core Clinical Journals/Abridged Index Medicus: jsubsetaim Odontologa: jsubsetd Enfermera: jsubsetn Otras: jsubsete (biotica), jsubseth (administracin), jsubsetim (Index Medicus), jubsetk (consume), jubsetq (historia), jubsets (ciencias del espacio), jubsett (tecnologa sanitaria), jubsetx (Sida/Hiv). Ejemplo: "tuberculosis pulmonary" AND jsubseta, recuperar artculos exclusivamente en las revistas indizadas en el Abriged Index Medicus.

Fechas: PubMed contiene citas desde 1966 hasta la actualidad. Entrez Date es la fecha en que la cita fue incorporada a PubMed. Publication Date es la fecha en que el artculo fue publicado. Usar Entrez Date para limitar la bsqueda desde 30 das a 10 aos. Usar Publication Date segn un rango de fechas que deben ser escritas de la siguiente forma: AAAA/MM/DD; el mes y da son opcionales, ej.: 1999/06/18 1999/11.

Citas con Abstracts/Resmenes:

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Para la bsqueda exclusiva de artculos que contengan resmenes desde Limits deber seleccionar la opcin only items with abstracts.

4. Cmo usar INDEX?

El Index nos permite acceder a una lista de trminos dentro de un campo especfico ej.: MeSH Terms, Author Name, etc y seleccionar los trminos para elaborar una estrategia de bsqueda utilizando los operadores booleanos o lgicos: AND, OR, NOT. Por ejemplo, para ver los trminos MeSH que comiencen con "duodenal", seleccione MeSH Terms del men desplegable, introduzca el trmino y pulse Index

.
Despus de seleccionar un trmino elija el operador adecuado, AND, OR, NOT que ser incorporado a la bsqueda. Para seleccionar varios trminos, mantenga pulsada la tecla CTRL y seleccione con la flecha. Puede continuar ampliando la estrategia seleccionando otros trminos desde el Index. Una vez finalizado pulse en Go para ver los resultados.

5. Cmo mostrar los documentos?:

a. Visualizacin de Documentos (Display)

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Las citas de PubMed inicialmente se muestran en formato abreviado. Los documentos pueden visualizarse en otros formatos: Summary (default), Brief, Abstract, Citation, MEDLINE, ASN.1, XML, UI List, Link Out, Related Articles, Domain Links.

Summary: Autor, ttulo, referencia bibliogrfica, estado de la cita, idioma (si no es ingls), tipo de publicacin si es review o retracted publication, el texto "No abstract available" y PMID. Tambin puede mostrase mediante los iconos: - Sin resumen: - Con resumen:

- Artculo a texto completo disponible en PubMed Central:

! !

! ! ! !

Brief: Autor y primeras 30 caracteres del ttulo con el PMID. Abstract: Referencia bibliogrfica, enlace con la sede del editor (si est disponible), ttulo, indicacin si el artculo no est en ingls, autores, direccin postal del autor, resumen (si est disponible), tipo de publicacin (excepto Journal Article), PMID, status de la cita. Citation: Referencia bibliogrfica, status de la cita, ttulo, indicacin si el artculo no est en ingls, autores, domicilio del autor, resumen ( si est disponible), tipo de publicacin (excepto Journal Article), PubMed y MEDLINE Unique Identifiers, y Trminos MeSH. ASN.1: Abstract Syntax Notation 1 form, un formato de acceso legible por ordenador. MEDLINE: Cita completa con etiquetas de dos letras que identifican cada campo. Este formato se utiliza para la utilizacin de software de manejo bibliogrfico. Otros formatos: XML; UI List.

Puede seleccionar otros opciones mediante:

! ! !

Cita Individual: pulse el nombre del autor para mostrar el formato de resumen (Abstract). Una vez visualizada, puede seleccionar otro formato de presentacin. Citas seleccionadas: pulse los cuadros a la izquierda de cada cita que desea ver y luego seleccione el formato de visualizacin en Display. Todas las citas: seleccione un formato Display desde el men y podr ver todas las citas en ese formato.

b. Campos de un registro Medline Tag

AB AD AID

Nombre
Abstract Affiliation Article Identifier Resumen

Descripcin
Filiacin Institucional y direccin del primer autor Nmero identificador de los artculos que puede incluir el CPI (controlled publisher identifier) o el DOI (Digital Object Identifier). Nombre de los autores Copyright Referencia que contiene un comentario acerca del artculo Autor corporativo o nombre de grupo con responsabilidad de autora Referencia que contiene un comentario a un artculo Pas de publicacin de una revista Fecha de introduccin del registro (utilizada en los procesos internos de la NLM) Fecha en la que se completaron los datos (utilizada en los procesos internos de la NLM) Fecha de la edicin electrnica Fecha en la que el artculo fue editado Fecha en la que se incorpor en PubMed. Referencia que contiene una errata publicada en un artculo

AU CI CIN CN CON CY DA DCOM DEP DP EDAT EIN

Author Name Copyright Information Comment In Collective Name Comment On Country Date Created Date Completed Date of Electronic Publication Publication Date Entrez Date Erratum In

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GS ID

Gene Symbol Identification Number

Nombre abreviado de genes (usado desde 1991 hasta 1996). Nmero que designa los trabajos financiados por la agencia americana del Servicio Pblico de Salud PHS (Public Health Service). Nmero de un fascculo, parte o suplemento de una revista International Standard Serial Number. Nmero de identificacin unvoco de una revista. Cdigo de identificacin nico compuesto de tres caracteres que adjudica Medline. Nmero de identificacin de revistas en el catlogo de la National Library of Medicine (NLM) Idioma del artculo Fecha de cambio del registro durante le proceso de mantenimiento Descriptores de ciencias de la salud de la NLM Fecha en la que el trmino MeSH fue incorporado a la cita Pginas del artculo

IP IS JC JID LA LR MH MHDA PG PHST PMID PS PST PT RF RIN RN

Issue ISSN Journal Title Code NLM Unique ID Language Last Revision Date MeSH Terms MeSH Date Page Number Publication History Status Date

PubMed Unique Identifier Nmero de identificacin unvoco asignado a cada registro PubMed Personal Name as Subject Publication Status Publication Type Number of References Retraction In EC/RN Number Personas como materia de un artculo Categora de la publicacin Tipo de artculo Nmero de referencias bibliogrficas en los artculos de revisin Retraccin de un artculo Number assigned by the Nmero asignado por la Enzyme Commission para designar una encima particular o por el Chemical Abstracts Service (CAS) para el Registry Numbers. Artculo retractado Artculo original Artculo corregido y reeditado Cdigo para un conjunto especfico de revistas Fuentes secundarias de identificacin Campo que contiene informacin bibliogrfica Ttulo abreviado Ttulo del artculo Ttulos de artculos en alfabetos no latinos que se encuentran transliterados Nmero unvoco asignado a cada registro Medline Artculo actualizado Artculo en proceso de actualizacin Volumen de la revista

ROF RPF RPI SB S SO TA TI TT UI UIN UOF VI

Retraction Of Republished From Republished In Journal Subset Secondary Source Identifier Source Journal Title Abbreviation Title Words Transliterated / Vernacular Title MEDLINE Unique Identifier Update In Update Of Volume

c. Cmo volcar los resultados de una bsqueda en un disquete?

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Para guardar los resultados de una bsqueda en un disquete, pulse Send to y seleccione File. Pueden volcarse un mximo de 10.000 registros. Para volcar referencias seleccionadas, necesita ir seleccionndolas pulsando el recuadro de la izquierda de cada cita y repetir el anterior proceso. Si lo prefiere, puede guardar la bsqueda desde la barra del men del navegador: pulsar Archivo, seleccionar "Guardar como", abrir la ventana "Guardar en" y seleccionar "Disco de 3 1/2 (A)". En "Nombre de archivo" escribir el nombre que deseemos dar al archivo y en al ventana "Guardar como tipo" seleccionar "Archivo de texto". d. Cmo imprimir una bsqueda? Use la opcin imprimir desde el navegador. Pulse en el men Archivo y seleccione Imprimir. Recomendamos previamente visualizar los documentos en formatos texto (text) para evitar que el texto se imprima cortado. e. Cmo enviar una bsqueda por e-mail? Pulse Send to y seleccione e-mail. Puede Elegirse el tipo de formato en Display. Pulsar Send to. En la siguiente pantalla se mostrar el formato y la opcin Html o Texto. Podemos incluir un texto adicional con el envo. Escribimos el e-mail y pulsamos Mail. La siguiente pantalla es para indicar que el correo se envi a la direccin indicada. f. Cmo ver los Vnculos / Links? Related PubMed Articles Link Las citas en PubMed tienen un vnculo con artculos relacionados (Related Articles) que mostrar una seleccin de artculos que comparten palabras clave con el artculo seleccionado. PubMed compara las palabras del ttulo, resumen y trminos MeSH. Las citas se muestran de mayor a menor concordancia, no respeta un orden cronolgico. Links: Este servicio ofrece vnculos a documentos externos, ya sean libros (Books) o vnculos a proveedores externos (LinkOut): editores, bibliotecas, indicndonos si facilitan el acceso gratuitamente al texto completo, o bien con claves de acceso. g. Cmo ver la estrategia de las bsquedas (Details)? La opcin Details, presente en la visualizacin de resultados, permite ver la estrategia de bsqueda en la forma que fue traducida por el mapeo automtico de trminos. Puede guardar o editar la estrategia. Tambin muestra un mensaje de error si los resultados no son correctos.

h. Cmo guardar la estrategia de bsqueda desde Details? Desde la ventana de detalles, use el botn URL para ver la URL o direccin de Internet que contiene la estrategia de bsqueda y luego gurdela como favorito o bookmark para ser utilizada ms adelante.

6. Cmo utilizar el Clipboard / Portapapeles?

El Clipboard o Portapapeles permite guardar y ver ms adelante, para imprimir, enviar por e-mail o volcar en disquete, las citas seleccionadas de una o varias bsquedas. El nmero mximo de citas que se puede guardar es de 500.

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Para agregar una o varias citas en el portapapeles, pulse en el cuadro a la izquierda de la cita y luego seleccione en Send to la opcin Clipboard.

Una vez agregadas (hasta un mximo de 500 referencias), el numero cambia al color verde. Para recuperar todas las referencias almacenadas en el Portapapeles, debemos pulsar en la barra de men Clipboard. El Clipboard se pierde despus de una hora de inactividad en PubMed.

Las citas en el clipboard se pueden guardar e imprimir de la misma manera que las opciones de bsqueda. Para borrar las citas del clipboard, marque las referencias y a continuacin seleccione en Send to la opcin Clip Remove.

7. Cmo utilizar History / Histrico?

PubMed guardar todas sus estrategias de bsqueda y resultados en History. History solo est disponible despus de haber realizado la primera bsqueda. Nos muestra en orden correlativo todas las bsquedas segn el orden en que se hicieron precedidas del signo #. Para ver los resultados pulse en el nmero de resultados. Puede combinar las bsquedas o agregar trminos a la existente utilizando el signo # antes del nmero de bsqueda ej.: #2 AND #6, #3 AND drug therapy. Una vez revisada la estrategia solo pulse en Go. En History puede guardar hasta 100 bsquedas. Se pierde despus de una hora de inactividad.

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8. Cmo acceder a los textos completos de los artculos?

Una vez visualizado el resumen de un artculo, si aparece un recuadro con el enlace a la editorial, pulsamos el recuadro y nos llevar a la sede de la editorial donde solicitar las claves de suscriptor o el abono mediante tarjeta de crdito del importe para el acceso al texto completo del artculo. En el supuesto de que se encuentre gratuito, lo indica (free), o bien que se encuentra en PubMed Central. Si optamos por realizar la consulta en PubMed Central, accederemos exclusivamente a los textos completos gratuitos.

Artculo a texto completo disponible en PubMed Central. Si lo que deseamos es recuperar referencias que nos faciliten acceso a textos completos gratuitos, podemos utilizar una de las siguientes estrategias: trmino AND free full text [sb] trmino AND "loattrfree full text" [filter] Ej.: rhinosinusitis AND free full text [sb] melanoma AND "loattrfree full text" [filter]

9. Otras Bases de datos y Recursos en NCBI

Las opciones siguientes se encuentran disponibles encima del formulario de bsqueda:

! ! ! ! ! ! !

Nucleotide: Secuencias de ADN del GenBank. Protein: Secuencias de aminocidos (protenas). Genome: Acceso a citas y grficos del genoma completo y cromosomas. Structure: Estructuras moleculares en 3-D de la Molecular Modeling Database (MMDB). PM. PubMed Central: Archivo digital gratuito de artculos de revistas a texto completo. Taxonomy: Base de datos que contiene los nombres de todos los organismos que se encuentran representados en todas la bases de datos genticas. OMIM. Online Mendelian Inheritance in Man: Base de datos de genes humanos y alteraciones genticas.

10. PUBMED SERVICES

La ventana de la izquierda dispone de las siguientes opciones: MeSH Database Journal Database, Single Citation Matcher, Bath Citation Matcher, Clinical Queries, LinkOut, Cubby.

Cmo utilizar el MeSH Database?

El Medical Subject Headings (Descriptores de Ciencias de la Salud) es un vocabulario controlado de trminos biomdicos que identifican el contenido de cada artculo en la base de datos MEDLINE. El MeSH contiene unos 33000 trminos que son revisados anualmente y reflejan los cambios en la prctica mdica y en la terminologa. La bsqueda en el MeSH Database permite mostrar trminos MeSH en una estructura jerrquica a partir de 15 grandes categoras, seleccionar los trminos MeSH para la bsqueda, limitar los trminos MeSH a un concepto mayor (tema principal). Los descriptores MeSH pueden ser utilizados con subheadings, subencabezamientos que permiten concretar en uno o varios aspectos especficos el trmino. Cuando introducimos un trmino que no es MeSH, el sistema nos indicar que no es un trmino MeSH, o bien mostrar el trmino aceptado, ej. si introducimos Mongolism, mostrar Down syndrome. A continuacin, si pinchamos el trmino, ofrece una descripcin del trmino, seguido de los

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subheadings, la posibilidad de limitarlo al Major Topic (tema principal en el artculo, incluidos los trminos especficos), o bien Do Not Explode this term (no explotar un trmino MeSH a otros ms especficos). Una vez seleccionados los criterios del trmino, para efectuar su bsqueda en PubMed, disponemos de dos opciones: a) podemos pulsar Link (en el margen derecho del trmino MeSH), seleccionamos PuBMed y directamente nos realizar la bsqueda del MeSH seleccionado. b) si deseamos utilizar los operadores booleanos AND, OR, NOT entre varios trminos MeSH, debemos pulsar Sen to y seleccionar el operador. A continuacin escribimos un nuevo trmino repitiendo los anteriores pasos. Los trminos que vayamos seleccionando irn apareciendo en el formulario de bsqueda. Para comenzar la bsqueda pulsar Search PubMed. La opcin de la consulta del MeSH tambin est disponible desde Limits desde donde podemos limitar la bsqueda a la opcin de MeSH (Date, Major Topics, Terms), pero debemos conocer el trmino MeSH aceptado, en caso contrario no lo localizar. Si tenemos problemas para encontrar un trmino en ingls, una buena opcin es consultar el MeSH en espaol de HONselect o los Descriptotes de Ciencias de la Salud (DeSC) de Bireme, que describen el trmino, su estructura jerrquica y su equivalente en ingls. ! Cmo utilizar el Journal Database?

Esta opcin permite buscar las revistas indizadas en Medline por diversos criterios: ttulo, abreviatura del ttulo o el ISSN (International Standard Serial Number) correspondiente. Tambin podemos consultarlas por especialidades, o bien aquellas que permiten acceder al texto completo desde PubMed. Se pueden localizar las publicaciones por el nombre completo, ej., Enfermedades Infecciosas y Microbiologa Clnica; por la abreviatura internacional, ej. Enferm Infecc Microbiol Clin; o tambin por su ISSN 0213-005X. Una vez recuperada una revista, si deseamos que recupera todas las referencias incluidas en PubMed, pulsamos Link y seleccionamos PubMed.

Cmo utilizar el Single Citation Matcher?

El Citation Matcher es un buscador de referencias que parte del nombre de la revista, volumen, edicin, nmero de pgina y ao de publicacin. Debe introducir los datos conocidos de la referencia. PubMed le informar si no encuentra resultados. Es una herramienta muy til para localizar referencias bibliogrficas incompletas, verificar datos o simplemente localizar una referencia.

Qu es el Bath Citation Matcher?

Permite buscar los nmeros que identifican a cada artculo (PubMed IDs) o de varios artculos a la vez, de forma similar al Single Citation Matcher. Requiere datos bibliogrficos (revista, volumen, pgina, etc.) en un formato especfico. El nmero IDs, identificativo de una referencia en PubMed, permite, por ejemplo, enlazarlo a las referencias bibliogrficas de un artculo en formato HTML. Para ejecutarlo debemos realizar los siguientes pasos: 1) Recuperamos la referencia en el Batch Citation Matcher. 2) Copiamos el IDs, lo marcamos y pulsamos en "Edicin" "copiar". 3) Marcamos la referencia donde deseamos vincularlo (tambin suele ponerse a continuacin de la referencia [Medline] [Resumen] y 4) por ltimo seleccionamos la opcin de "insertar hipervnculo" y aceptamos. La palabra o texto seleccionado queda vinculado al nmero del resumen de Medline.

Cmo utilizar el Clinical Queries?

Es un buscador especializado que tiene incorporados "filtros metodolgicos":

o o o

Search by Clinical Study Category. Find Systematic Reviews. Medical Genetics Searches.

Clinical Study Category: propone cuatro categoras: teraputica (therapy), diagnstico (diagnosis), etiologa (etiology) y pronstico (prognosis). Pone nfasis sobre dos posibilidades:

Sensibilidad (sensitivity), recuperar artculos relevantes y no tan relevantes.

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Especificidad (specificity), es ms precisa pero recupera menos artculos.

Estos filtros se fundamentan en el artculo de Haynes RB, Wilczynski N, McKibbon KA, Walker CJ, Sinclair JC Developing optimal search strategies for detecting clinically sound studies in MEDLINE. J Am Med Inform Assoc 1994 Nov-Dec; 1 (6): 447-58 [Texto completo] Systematic Reviews: localiza los artculos de revisiones sistemticas y meta-anlisis, revisiones de ensayos clnicos, conferencias de consenso, guas de prctica clnica etc. Medical Genetics: recupera registros relacionados con la gentica mdica. Se pueden aplicar diferentes criterios de bsqueda: Diagnosis, Differential Diagnosis

Cmo utilizar My NCBI?

La opcin My NCBI sustituye a Cubby. Para activar esta opcin, debemos registrarnos previamente en Register recuadro parte superior derecha de la pgina. Permite:

My NCBI [Sign In] [Register]

Salvar estrategias de bsqueda. Una vez realizada la bsqueda, pulsar Save Search que se encuentra a continuacin del formulario/barra de bsqueda. Existen dos opciones para la actualizacin de la bsqueda: o podemos optar por recibir las actualizaciones automticas va e-mail, que nos permite establecer fecha de envo, formato, nmero de registros o archivarlas en la propia pgina de PubMed. Para recuperar las actualizaciones, desde el men PubMed Services, seleccionar My NCBI y recuperamos las bsquedas guardadas. Establecer hasta cinco filtros personalizados. Para visualizar los filtros de PubMed, pulsar el icono

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, por defecto aparecen: Clinical Trial. English. Free Full text. Full text. Humans. tems with Abstracts. Publisher in the last 5 years. Review. Esta opcin tambin est disponible desde el men lateral My NCBI Resources, desde la opcin Filters y seleccionando PubMed. Podemos modificar las opciones de este filtro pulsando la pestaa de Browse y establecer filtros personalizados: ! Linkout: permite acceder a filtros externos, incluido la coleccin de revistas de una Biblioteca. Para ver la relacin de Centros que han activado esta opcin, pulsar Libraries. Las opciones de acceso a los textos completos, est disponible en Miscellaneous. ! Links: vnculos a otras bases de datos. ! Properties: filtro por reas de inters: edades, genero, idioma (incluido espaol), tipos de estudio, fecha de publicacin, reas de inters (enfermera, odontologa, historia de la medicina).

Una vez definidos los filtros, en los resultados de cada bsqueda, aparecen las pestaas con los filtros que hayamos activado. Cuando accedemos a PubMed, si ya nos hemos registrado, para activar la opcin de My NCBI, debemos introducir nuestras claves en Sign In (parte superior derecha de la pgina). ! Cmo utilizar PubMed para Palm?

PubMed dispone de un servicio para volcar los resultados de las bsquedas en Palm: o Search MEDLINE/PubMed en http://certif.nlm.nih.gov:8080/nlm/pubmed/index.html o Journal Abstracts en http://certif.nlm.nih.gov:8080/nlm/pubmed/jbrowse.html o ClinicalTrials en http://certif.nlm.nih.gov:8080/nlm/clinicaltrials/index.html La aplicacin est disponible para Palm OS, PocketPC, and Linux personal digital assistants (PDAs).

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11. Mapeo automtico de trminos

El Mapeo de un trmino, enlaza automticamente un trmino o frase que no es trmino MeSH, al trmino MeSH que mejor lo describe. Los trminos no MeSH introducidos son comparados (en este orden) contra los siguientes cuadros de bsqueda: MeSH; revistas; lista de frases e ndice de autores:

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Cuadro de traduccin a MeSH: Contiene los trminos MeSH, subencabezamientos y sinnimos del MeSH. Cuadro de traduccin de revistas: Contiene el nombre completo de la revista, abreviatura y nmero de ISSN. Cuadro de frases: Si no encuentra resultados en el MeSH ni en las revistas, PubMed consulta un listado de frases provenientes del anlisis de los ttulos, resmenes y nombres de los principios activos Indice de autores: Si no localiza los anteriores apartados, PubMed revisa el ndice de autores.

En el supuesto de que PubMed no encuentre resultados, descompone la frase hasta encontrar resultados. Si fueran positivos, combinar los trminos mediante el operador AND y buscar en todos los campos.

12. Recursos desarrollados a partir de PubMed

Son recursos desarrollados a partir del PubMed:

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BioMail: en http://berlioz.informatics.sunysb.edu/cgi-bin/biomail/users.pl Infodoctor: en http://www.infodoctor.org/rafabravo/busmedline.html Medportal: en http://www.medportal.com/ MedFetch: en http://www.medfetch.com/ PubGle: en http://www.pubgle.com/buscar.htm SumSearch: en http://sumsearch.uthscsa.edu/cgi-bin/SUMSearch.exe

13. Glosario de trminos PubMed

Campo: Cada una de las unidades de una referencia bibliogrfica en una base de datos bibliogrfica. En PubMed los campos disponibles son autor, ttulo, fuente (nombre de la revista, ao, volumen, pginas), resumen, tipo de publicacin, idioma, etc. Cita bibliogrfica: Representacin bibliogrfica de un artculo, libro, documento electrnico etc; una unidad en una base de datos bibliogrfica. Incluye varios campos, como autor, ttulo, nombre de la publicacin, ao, volumen, edicin y nmero de pginas. Constituye la informacin bsica para localizar un artculo, un libro o cualquier otro documento. Entrez date: Fecha en que una referencia fue introducida en la base de datos. Explotar un trmino: Unir de forma automatizada un trmino MeSH general y los trminos ms especficos asociados con l. Ej. al explotar el trmino fever , localizar Fever of Unknown Origin y Sweating Sickness. Si no explotamos un trmino, se accede al trmino concreto y no a aquellos ms especficos. Indizacin: Referido a los trminos asignados en vocabulario controlado (MeSH). ISSN: (International Standard Serial Number). Nmero nico asignado para representar el ttulo de una revista o publicacin peridica MeSH: (Medical Subject Heading). Es un vocabulario controlado utilizado para adjudicar trminos especficos a las referencias de los artculos. Evitan las dificultades que pueden surgir en el lenguaje natural (sinonmia, polisemia etc.) cuando nos planteamos una bsqueda. Por ejemplo el trmino MeSH

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Aged, incluye todos los posibles sinnimos: aging, older, elderly, senior citizen, geriatric person, etc. que pueden aparecer en el ttulo o resumen. Major Topic Terms: Algunos trminos MeSH son asignados como Major Topic Terms (Tema principal). Representan los conceptos ms importantes en un artculo. Utilizando la opcin Major Topic en el MeSH Database permite eliminar artculos menos relevantes en los resultados de la bsqueda. Mapeo de trminos: El mapeo de un trmino enlaza automticamente un trmino o frase que no es trmino MeSH, al trmino MeSH que mejor lo describe. MEDLINE: MEDLINE es la base de datos bibliogrfica de la National Library of Medicine (NLM) que abarca los campos de la medicina, enfermera, odontologa, veterinaria, salud pblica y ciencias preclnicas o bsicas desde 1966. Contiene diferentes base de datos: Operadores Booleanos o lgicos: (del matemtico George Boole, 1815-1864). Los operadores AND, OR, NOT permiten combinar, sumar o excluir trminos en las bsquedas bibliogrficas. PreMEDLINE: Es la base de datos de la NLM que suministra datos bsicos y resmenes antes de que se incorporen todos los datos en los registros completos y sean incorporados a Medline. Referencia o Cita bibliogrfica: Representacin bibliogrfica de un artculo, libro, documento electrnico etc; una unidad en una base de datos bibliogrfica. Incluye varios campos, como autor, ttulo, nombre de la publicacin, ao, volumen, edicin y nmero de pginas. Constituye la informacin bsica para localizar un artculo, un libro o cualquier otro documento. Revista o publicacin peridica: publicacin regular de artculos cientficos evaluados por pares previo a su publicacin. Subencabezamiento: Trmino utilizado con los trminos MeSH par ayudar a centrar un trmino en un aspecto especfico. Por ejemplo el subencabezado para una enfermedad pueden ser complicaciones, teraputica, diagnstico, etc. Truncamiento: El truncado, mediante el smbolo (*) aadido a la raz de una palabra, permite recuperar todos los trminos que poseen la misma raz. Ej. toxic* buscar toxic, toxicology, toxicologist, etc. En algunos campos, como el del autor, la truncacin es automtica. Al buscar Smith A would tambin buscar en Smith AB, Smith AC, etc. Bibliografa: 1. 2. 3. Jorda M. Las bases de datos de la National Library of Medicina de Estados Unidos. MESH. Disponible en http://www.atheneum.doyma.es/Socios/sala_l/lec09pub.htm Garca Daz F. El proyecto PubMed. Disponible en http://www.atheneum.doyma.es/Socios/sala_l/lec07pub.htm Martn Romero W. El uso de la terminologa mdica. Thesaurus. Medical Subject Headings (I). Disponible en http://www.atheneum.doyma.es/Socios/sala_l/lec13pub.htm

Notas: 1. 2. Esta "Gua breve de uso" no recoge todas las opciones o posibilidades de bsqueda. La "Gua completa" de PubMed est disponible en http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html. En espaol tambin puede consultar el tutorial de la University of Florida, disponible en http://www.sap.org.ar/medline/tutorial/overview.html o el de la unidad de MBE de Univiversidad Catlica de Chile http://escuela.med.puc.cl/recursos/mbe2001/guiadamedline.html Si desea conocer los distribuidores, tutoriales, artculos sobre Medline, no deje de consultar la pgina de Rafa Bravo "Todo lo que usted quera saber sobre MEDLINE en Internet y nunca se atrevi a preguntar" disponible en http://www.infodoctor.org/rafabravo/medline.htm.

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