Herramientas bioinformticas: Artemis, Blast y Softberry.

Trabajo Practico Bioinformtica I.

21-10-2013

Introduccin. Antecedentes Generales. La bioinformtica es un campo interdisciplinario de la biologa, el cual, desarrolla mtodos para mejorar el almacenamiento, anlisis, recuperacin y organizacin de los datos biolgicos. Usualmente involucra el uso de herramientas tales como programas y plataformas computacionales con este fin, algunos ejemplos de dichas herramientas son: Artemis, Blast y Softberry, entre otros (Saeys et al, 2007). Antecedentes Especficos. Artemis: es una herramienta bioinformtica que permite la visualizacin de secuencias de ADN y sus caractersticas, puede trabajar con secuencias de todo tamao, incluido genomas (Manual Artemis 1999-2013). Es posible utilizar formatos: GeneBank, EMBL, GFF3 y FASTA. El objetivo principal de este programa es facilitar la comparacin entre 2 o ms secuencias de DNA, puede ser utilizado para identificar y analizar regiones tanto en similitudes como en diferencias (Carver et al 2008).

Blast: Basic Local Alignment Search Tool (Blast), es un programa bioinformtica que compara secuencias nucleotidicas o proteicas con una base de datos y calcula un porcentaje estadstico para el emparejamiento de secuencias. Puede ser utilizado para identificar miembros de una familia de genes.

Softberry (BPROM): es un programa predictor de promotores de bacterias, posee una efectividad de 80% en reconocimiento de promotores de E.coli y su especificidad tambin es del 80%, posee la limitante de no poder analizar un genoma completo.

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Problema cientfico. En el presente informe se pretende dar a conocer las herramientas bioinformticas: Artemis, Blast y Softberry (BPROM), utilizando de ejemplo el genoma de Zymomomas Mobilis.

Objetivos. Objetivo General. El objetivo de esta prctica es la utilizacin de las herramientas bioinformticas para el anlisis del genoma Zymomonas Mobilis.

Objetivos Especficos.
Conocer en profundidad las bases de datos. Utilizar con soltura las herramientas bioinformticas. Desarrollar ejemplos que permitan el uso de estos recursos.

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Materiales y Mtodos. Materiales: Artemis: http://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/ Blast: http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi Softberry (BPROM): http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=bprom&group=programs&subgroup=gfindb Metodologa: Descarga de Artemis: Para descargar Artemis se debe ingresar al link http://www.sanger.ac.uk/resources/software/artemis/, posteriormente se debe apretar el botn Download como se muestra en la imagen:

Luego se selecciona el programa Artemis segn el sistema operativo de su ordenador, por ejemplo Windows.

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Descarga de genoma de Zymomonas Mobilis: Para descargar el genoma de Zymomona Mobilis se debe ingresar al sitio web del NCBI (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/), en la zona inferior izquierda de la pgina se puede encontrar el link NCBI FTP Site,

Para acceder a la base de datos de los genomas debemos hacer click en el link Genome Assembly/Annotation Projects.

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Luego para encontrar el genoma de Zymomonas Mobilis debemos seleccionar la carpeta Bacteria:

Dentro de la carpeta bacteria podremos encontrar la carpeta Zymomonas Mobilis, que es el organismo del cual descargaremos su genoma.

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En la carpeta de Zymomonas Mobilis debemos buscar el archivo de extensin .gbk que es el formato que nos permitir trabajar con Artemis.

Analisis del genoma de Zymomonas Mobilis con Artemis: El primer paso es abrir el archivo de extensin .gbk, para ello debemos abrir el programa Artemis y apretar el botn File y luego el botn open; tambin podemos abrir el archivo gbk si apretamos la combinacin de teclas ctrl+O.

Luego seleccionamos el archivo que deseamos analizar con la extensin .gbk y apretamos abrir.

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Para obtener los datos generales del genoma de Zymomonas Mobilis debemos seleccionar la pestaa View y luego el botn Overview o simplemente apretar la combinacin de teclas ctrl+O.

Se abrir una ventana con los datos generales del genoma problema como los nmeros de ORF, el nmero de bases del genoma, nmero de genes, etc.

Si deseamos buscar una secuencia, o un gen en el genoma debemos seleccionar la pestaa Goto y luego en el botn Navigator, o simplemente apretar la combinacin de teclas ctrl+G.

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Luego si deseamos buscar en el genoma alguna caracterstica como por ejemplo un gen de resistencia a arsnico seleccionamos: Goto Feature With This Qualifier Value y escribimos ArsR y apretamos el botn Goto.

Si el programa encuentra alguna similitud con la palabra clave podr observarse el resultado en la zona inferior del programa Artemis.

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Luego si deseamos obtener la secuencia de nucletidos de la regin seleccionada, debemos hacer click izquierdo sobre la regin, luego debemos apretar los botones View, Bases y por ultimo Of Selection As FASTA.

Y obtendremos la secuencia en formato FASTA.

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Para obtener el promotor del primer gen del genoma de Zymomonas Mobilis seleccionamos la regin anterior al gen y apretamos el click izquierdo del mouse, luego seleccionamos View, Bases, y Of Selection As FASTA y copiaremos la secuencia obtenida.

Luego ingresamos a la herramienta Softberry: http://linux1.softberry.com/berry.phtml Y seleccionamos OPERON AND GENE FINDING IN BACTERIA, posteriormente seleccionamos BPROM.

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En el cuadro de texto pegamos la secuencia FASTA obtenida desde Artemis y oprimimos el botn PROCESS.

Luego se obtiene la informacin con la regin -35 y -10 del promotor.

Utilizando Blast: Para utilizar la herramienta Blast debemos buscar una secuencia problema como por ejemplo el gen de resistencia a arsnico de E.Coli para ello ingresamos a la pgina del NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) seleccionamos la opcin Gene, escribimos ArsR y apretamos buscar.

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Luego seleccionamos la primera opcin

Luego buscamos y Seleccionamos la opcin PROTEIN

En el siguiente paso seleccionamos la opcin FASTA y copiamos la secuencia aminoacidica.

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Para realizar el Blast entre la secuencia problema y el genoma de Zymomonas Mobilis, ingresamos al sitio web del NCBI seleccionamos Genome y buscamos Zymomonas Mobilis.

Seleccionamos el link BLAST Genome.

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Luego seleccionamos la pestaa blastp pegamos la secuencia obtenida del gen ArsR y apretamos el botn BLAST

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Resultados: Anlisis del promotor del primer gen de Zymomona Mobilis.

Anlisis del gen de resistencia a Arsnico de E.Coli comparado con el genoma de Zymomona Mobilis mediante Blast: No se encontr Match para el operon ArsR de E.coli en el genoma de Z.Mobilis.

Analisis del genoma de Zymomonas Mobilis mediante Artemis: Nmero total de bases: 2021773. Contenido de G+C Total: 46.22% Marcos de lectura abierto: 1695. Nmero de genes: 1797. Total de tRNA: 48.

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Discusin. Al analizar el blast obtenido del genoma de Zymomonas Mobilis, no se encontr un gen de resistencia al arsnico homologo al encontrado en E.coli, sin embargo al buscar ArsR en el genoma de Zymomonas Mobilis mediante el programa Artemis, podemos encontrar un operon ArsR, que le confiere resistencia al arsnico.

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Conclusin. La bioinformtica nos ha permitido avanzar, las herramientas bioinformticas son de gran utilidad al analizar secuencias de DNA, el cual resultara un proceso complejo de otra manera, esto es gracias al avance en la ciencia que ha expandido la informacin disponible y la ha hecho accesible Las herramientas bioinformticas como Artemis, Blast y Softberry se han hecho populares, sin embargo existen una infinidad de herramientas que pretenden facilitar el estudio de la biologa.

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Referencias. 1. Saeys et al - A review of feature selection techniques in bioinformatics 2. The Manual Artemis : ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub4/resources/software/artemis/artemis.pdf 3. Carver et al - Artemis and ACT: viewing, annotating and comparing sequences stored in a relational database

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