Abordagens analticas contemporneas baseadas na teoria coalescente para o estudo da origem de populaes de fitopatgenos emergentes no agroecossistema. Paulo C.

Ceresini, Universidade Estadual Paulista UNESP, Campus de Ilha Solteira, 15385-000, Ilha Solteira, SP, Brazil; E-mail: paulo.ceresini@bio.feis.unesp.br Anlises da estrutura gentica de populaes tem uma longa histria na fitopatologia. Ferramentas analticas contemporneas para anlise da estrutura gentico populacional baseadas na teoria coalescente (associdadas ao uso de marcadores genticos seletivamente neutros incluindo os microssatlites e sequncias de DNA) oferecem ferramentas poderosas para diferenciar entre populaes ancestrais e descendentes. Essas ferramentas analticas para a anlise da variao gentica em populaes podem ser usadas, de maneira incomparvel, para inferir sobre a histria evolutiva de espcies ou de populaes de fitopatgenos. Estas ferramentas modernas aqui apresentadas, particularmente baseadas na teoria coalescente, possibilitam testar hipteses contrastantes quanto origem de fitopatgenos emergentes ou re-emergentes. Por exemplo, se mais provvel que uma populao de um fitopatgeno emergente ou re-emergente foi introduzida por um ou mais eventos de migrao ou se trata de uma populao residente que emergiu, via mudana de hospedeiro, devido a mudanas nas prticas agronmicas? Se h suspeitas de mudana recente de hospedeiro, h ainda fluxo gnico continuo com a populao doadora que pode estar gerando variao gentica na populao receptora? Se, associado esta emergncia, h evidncias para expanso do tamanho de populacional, esta expanso antiga ou s teve inicio recentemente? H evidncia para gargalo de garrafa populacional anterior esta expanso, como se espera de um evento de mudana de hospedeiro, com a introduo de um patgeno extico, ou com a introduo de um novo fungicida na agricultura? A recombinao sexual est gerando variao gentica na populao do patgeno com o potencial de gerar prognie mais adaptada ou mais virulenta? As respostas para estas questes podem ter impacto direto sobre o manejo de doenas, tais como a identificao de vias de migrao para mitigar a disperso geogrfica do patgeno, o planejamento de rotaes com baixo risco evolutivo para diminuir a presso de seleo para resistncia associada com o manejo qumico centrado en fungicidas de alto risco, a busca por genes de resistncia em plantas hospedeiras silvestres, e a ateno populaes particulares de fitopatgenos (p.e., que se reproduzem sexualmente, geneticamente variveis, e as que se expandem rapidamente). No geral, estes estudos permitem melhor compreenso de como os patgenos emergem e re-emergem, alm de permitir a adoo de medidas para mitigar ameaas futuras. Idade e origem das linhagens evolutivas de patgenos Um foco importante no estudo de patgenos emergentes a investigao sobre suas origens. Diversas perguntas importantes podem ser respondidas usando-se mtodos coalescentes que datam eventos e permitem estimar a idade de espcies, de populaes e linhagens evolutivas de fitopatgenos. Por exemplo: Um certo patgeno emergente tem origem evolutiva recente (isto , uma nova espcie ou subespcie) ou so novos para um hospedeiro ou num agroecossistema? Um patgeno emergente evoluiu de populaes locais ou trata-se de uma nova introduo? Populaes variveis de fitopatgenos so resultantes de diversificao desde a emergncia ou de mltiplos eventos como migrao e troca de hospedeiros? Uma ferramenta muito usada para responder a estas perguntas o programa de linhas de comando Genetree 1; 2; 3, que possibilita estimar a mxima verossimilhana de genealogias coalescentes a partir de sequncias de dados de loci no recombinantes e que evoluem de acordo com o modelo de stios infinitos de sequencias de DNA 4. Especificamente, muitas simulaes coalescentes, cada uma com uma probabilidade associada, so utilizadas para estimar a topologia com a maior verossimilhana. Esta topologia pode ento ser utilizada para estimar as idades relativas das mutaes e o TMRCA da amostra. O resultado uma genealogia que detalha as relaes evolutivas entre os alelos. Quando existem duas (ou mais populaes) representada, pode-se estimar as taxas de migrao entre as populaes e estimar a populao de origem para cada mutao e do MRCA de cada populao e toda a amostra. O

programa SNAP Workbench oferece uma interface grfica para preparar os arquivos de dados para entrada e anlise no programa GeneTree 2; 5. Migrao O fluxo gnico entre as populaes ou regies uma preocupao central na epidemiologia do patgeno planta. Anlise baseada em coalescente de migrao permite que o teste de modelos de migrao especfica, em vez de estimar grosseiramente taxas de migrao Fst de valores. Para os agentes patognicos emergentes, que pode estar interessado em saber se h evidncias de migrao em curso a partir de populaes de origem ou na identificao da direo de migrao entre as populaes ou regies. Quando se sabe que uma populao de um patgeno emergente teve origem de uma populao especfica, e que estas populaes so divergentes (por deriva gentica ou por outras caractersticas especficas), o modelo de migrao com isolamento gentico implementado pelo programa IM pode ser testado para estimar o tempo desde a divergncia entre populaes e a magnitude da migrao em curso entre essas populaes. Se o objetivo estudar um cenrio de migrao em equilbrio, tais como a migrao entre populaes dentro de uma espcie, e que apresentam pouca ou nenhuma divergncia, o programa MIGRATE 6; 7; 8 a melhor escolha. Tamanho populacional histrico Fitopatgenos emergentes podem ter passado por gargalos populacionais severos durante o processo de emergncia. Populaes com tamanho inicial pequeno de podem ser resultado de introduo numa nova regio ou num novo hospedeiro, ou uma nova linhagem virulenta do patgeno que emergiu de um nico clone ou de evento sexual. Aps o perodo de gargalo, as condies podem se tornar mais favorveis rpida expanso da populao do patgeno. A teoria coalescente pode ser usada para se determinar se houve crescimento exponencial da populacional e qual sua magnitude e tambm para detectar a gargalos populacionais em sequencias de DNA. Mudanas no tamanho da populao podem mudar a taxa de eventos coalescentes. Assim, modificaes no tamanho da populao dos patgenos emergentes podem ser detectada por desvios na distribuio de eventos coalescentes esperados se o tamanho da populao fosse mantido constante ao longo do tempo 9. O programa LAMARC pode ser usado para estimar a taxa de crescimento exponencial da populao (g) do patgeno emergente, na presena de migrao e recombinao, utilizando dados de uma variedade de marcadores genticos 10O programa BEAST tambm pode ser usado para calcular as variaes no tamanho da populao ao longo do tempo usando traados de horizontes obtidos por estimadores Bayeasianos (Bayesian skylines plots) ou BSP 11 Recombinao Uma das primeiras perguntas a respeito de um patgeno emergente se h evidencia de reproduo sexuada em sua populao. A reproduo sexuada pode permitir que fitopatognicos se adaptem rapidamente a novos ambientes pelo embaralhamento da variao gentica, para adaptao local, via recombinao homloga ou introgresso de alelos por hibridizao com espcies residentes. A teoria coalescente pode ser utilizada para estimar as taxas de recombinao em genealogias. No entanto, um desafio especfico para os mtodos coalescentes que, com cada recombinao passada, h um evento de diviso, criando antepassados adicionais que devem ser rastreados ao longo do tempo. Assim, a incorporao de recombinao no modelo coalescente matematicamente e computacionalmente difcil. Foram desenvolvidos vrios mtodos para estimar as taxas de recombinao utilizando o coalescente 4; 12; 13 e o seu desempenho comparativo 12 Entretanto, Perspectivas

A teoria coalescente proporciona uma estrutura para testes de hipteses concorrentes sobre a estrutura gentica de populao e / ou cenrios evolutivos. A aplicao de ferramentas evolutivas baseadas no modelo coalescente fornece novas vises crticas sobre as foras que moldam a estrutura das populaes atuais de fitopatgenos exticos e reemergentes que podem nortear o manejo de epidemias emergentes. A anlise coalescente com base em dados genmicos, de alta densidade de SNPs ou estudos de genmica populacional utilizando dados de sequenciamento proporcionar um outro nvel de anlise evolutiva ainda no disponvel. Bibliografia citada
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