2013

IBT UNAM Q.F.B. Mnica Garca Montelongo

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EJERCICIO 1.- Numerar los carbonos en la estructura de triple Hlice de Hoogsten, decir si son Watson y Crick o no, y porque.

En Watson y Crick los enlaces entre Timina y Adenina son en los carbonos 4,3 y 6,1 Y en Guanina y Citosina en los carbonos 6,1,2 y 4,3,2 En esta estructura de triple hlice no cumple la complementariedad de bases adems, y desde el momento en que son tres hlices no es Watson y Crick.

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EJERCICIO 2.- RNAs pequeos
ARN pequeos no codificantes Existen diversos ARN pequeos eucariotas con capacidad de silenciar genes. Estos ARN tienen una longitud de aproximadamente 20 a 30 nucletidos y se asocian con miembros de la familia de las protenas Argonauta para ser guiados a su secuencia blanco o complementaria en el ARNm. Conseguir la reduccin de la expresin de estos genes. Al menos tres ARN pequeos son codificados en nuestro genoma: los microARNs, los ARN interferentes pequeos (siARN, del ingls small interfering RNA) endgenos y los ARN asociados a Piwi (piARN, del ingls Piwi-interacting RNA) (Pavn, 2011). MicroARNs Los microARNs son ARN pequeos de aproximadamente 22 nucletidos de longitud, no codificantes para protenas y generados de transcriptos endgenos que pueden formar estructuras en forma de horquilla. Los microARNs conforman una gran familia de genes reguladores postranscripcionales que controlan muchos procesos celulares y del desarrollo en eucariotas, cumpliendo una gran cantidad de funciones. Se estima que el 30% de todos los genes humanos son regulados por mecanismos dependientes de microARNs y que un solo microARN puede regular alrededor de 200 diferentes transcriptos que pueden funcionar en diferentes vas en la clula, as como que un mismo ARNm puede ser regulado por mltiples microARNs. Muchos genes de microARNs humanos estn frecuentemente localizados en sitios frgiles y regiones genmicas asociadas con cncer, por cuanto su alteracin est relacionada con su desarrollo (Pavn, 2011). Biognesis y procesamiento de los microARNs En una gran proporcin los microARNs son generados a partir de un transcripto primario largo, en un proceso secuencial de dos reacciones las cuales son guiadas por Drosha y Dicer, en la llamada va cannica de generacin de microARNs. Sin embargo, actualmente han sido descritos microARNs generados por vas alternas llamadas vas no cannicas, muchos de los microARNs procesados por estas vas no satisfacen la definicin clsica de microARNs (Pavn, 2011). Va cannica de biognesis de microARNs En la va cannica los microARNs son inicialmente transcriptos en el ncleo a partir de precursores largos de ARN llamados microARNs primarios o (pri-microARNs, del ingls primary transcritps). La transcripcin de los genes de microARNs generalmente es mediada por la ARN polimerasa II; sin embargo, un grupo menor de microARNs asociados con repeticiones Alu pueden ser transcriptos por la ARN Polimerasa III. Los (pri-microARNs) generados por la ARN polimerasa II tienen usualmente varias kilobases de longitud y contienen estructuras en forma de horquilla compuesta de un tallo y un bucle (Pavn, 2011).

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Vas no cannicas de generacin de MicroARNs Gracias al avance en las tecnologas de secuenciacin ha sido posible generar gran cantidad de informacin que ha sido analizada, ordenada y procesada obtenindose datos valiosos sobre subclases de microARNs en diversos tipos de clulas de diferentes organismos, muchos de los cuales slo cumplen parcialmente la definicin clsica de microARNs. La mayora de estos anlisis, clasifican los microARNs teniendo en cuenta nicamente, dos criterios: la expresin de un ARN de aproximadamente 22 nucletidos 23 y la presencia de un precursor en forma de horquilla . Actualmente, se ha descrito que la mayora de los mamferos, y la especie H. sapiens, utilizan la va cannica para la generacin de microARNs. Sin embargo, para organismos como Drosophila megaloblaster, Giardia lamblia, Zebrafish y Murine Gamma-herpesvirus 68 se ha descrito la produccin de microARNs por vas no cannicas. Por lo cual, es de esperar que las clulas usen una variedad de transcriptos como fuentes de microARNs y utilicen diferentes mecanismos de generacin. Las vas no cannicas son una prueba de la flexibilidad y habilidad de las clulas para generar estructuras en forma de horquilla como pre-microARNs (Pavn, 2011).

siRnA Estas molculas tienen un tamao de 21 a 25 nucletidos y son producidas a partir de precursores de RNA de doble cadena que pueden variar de tamao y origen. Estos precursores son procesados por miembros de la familia de enzimas que degradan RNA, conocidas como la familia de la RNAsa tipo III. En particular, la enzima que degrada los precursores de dsRNA hasta siRNA se conoce como dicer. Los siRNA resultantes son incorporados a un complejo denominado siRISC (RNA-induced silencing complex). Este complejo est compuesto por numerosas protenas celulares. La incorporacin del siRnA al siRISC est acoplada a la separacin de las dos cadenas en cadenas sencillas, slo una de las cuales, conocida como cadena gua, se mantiene asociada al complejo y sirve para identificar el mRnA con la secuencia complementaria. Cuando las molculas de mRnA complementarias son encontradas, la interaccin entre el siRnA y este mRnA desemboca en el corte del mRnA y su posterior degradacin. En plantas, los siRnA pueden ser transportados al ncleo e inhibir la sntesis del mRnA a partir del gen correspondiente, fenmeno que se conoce como silenciamiento transcripcional. Otro fenmeno importante que ocurre en varios organismos, pero no en mamferos, es que los mediadores de la interferencia pueden viajar desde las clulas en que se producen hasta otras clulas del organismo. De esta manera es posible lograr que se silencie la expresin de un gen en el organismo completo, aunque la induccin original haya sido solamente en una parte. En este tipo de organismos, como el gusano C. elegans, el silenciamiento es heredable (Haibin, et al. 2013).

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piRNA
Los piARN, secuencias de 26-28 nucletidos, se llaman as porque interactan con las protenas Piwi. Son importantes para el desarrollo de la lnea germinal tanto de Drosophila, la mosca de la fruta, como de mamferos. Se ha comprobado que los piARN estaran implicados en la espermatognesis de los ratones, donde las secuencias piARN en diferentes estadios de la meiosis no son las mismas. En Drosophila se sabe que funciona restringiendo la actividad de los transposones; sin embargo, en mamferos, contina sin identificarse su funcin especfica (Lpez, et al. 2007).

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EJERCICIO 3.- Qu es un dmero de Timina?
DAO GENTICO INDUCIDO POR LA RADIACIN UV Los daos ocasionados en el DNA por las radiaciones UV pueden producirse por diferentes mecanismos. Pueden suceder por absorcin directa de la energa de los fotones o mediante lesiones indirectas donde los cromforos endgenos transfieren la carga a otras molculas que son las que provocan las modificaciones en el DNA. Las principales lesiones son de origen directo y son dmeros formados en pirimidinas adyacentes: el dmero de pirimidina cissyn ciclobutano (CPD) y el fotoproducto pirimidina (6-4) pirimidona (6-4PP) (Fig. 1a), b)). Los de tipo ciclobutano se forman como resultado del rompimiento de los dobles enlaces C=C de dos bases sucesivas de pirimidinas mientras que los 6-4 PPs, se forma por la ruptura de un doble enlace C=C y un doble enlace C=O en posicin 4 y se produce un enlace covalente entre estas dos bases sucesivas. Tambin se encuentra el fotoproducto Dewar (DewarPP) el cual es un ismero de valencia de 64PP que se forma va fotoisomerizacin frente a longitudes de ondas de 280 a 360 m. El dao ms comn de todos los tipos, es el CPD, quien representa alrededor de las tres cuartas partes de los fotoproductos, siendo ms frecuentes los dmeros de timinas (TT), seguido los de timina-citosina (TC) y por ltimo los de citosinas (CC). Luego se encuentran los 6-4PPs con bases asociadas de TC, CC y TT en orden de mayor a menor frecuencia (Gonzlez et al. 2009). La formacin de dmeros de timina (un tipo comn de dmero de ciclobutilo) despus de irradiacin con luz ultravioleta resulta en un enlace covalente anormal entre bases de timidina adyacentes. El proceso de fotorreactivacin invierte directamente este dao mediante la accin de la enzima fotoliasa, la activacin depende necesariamente de la energa absorbida de la luz azul/UVA (longitud de onda de 300-500Nm) para promover la catlisis.

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Bibliografa
Gonzlez Pumariega, Maribel, Marioly Vernhes Tamayo, y ngel Snchez Lamar. La radiacin ultravioleta. Su efecto daino y consecuencias para la salud humana. Theoria 18, n 2 (2009): 68-90. Haibin, Wei, Zhou Ben , Zhang Fang , y Tu Yanyang . Profiling and Identification of Small rDNA-Derived RNAs and Their Potential Biological Functions. Plos One 2, n 8 (2013). Lpez, Toms, Daniela Silva, Susana Lpez, y Carlos Arias. RnA de interferencia: El silencio de los genes. Biotecnologa IBT UNAM 25 aniversario 14 (2007): 109-118. Pavn Martnez, Vladimir. MicroARNs: una visin molecular. Revista de la Universidad Industrial de Santander. Salud 43, n 3 (2011): 29-31.

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