Modu Micro Ambien - 07.2013

UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD Escuela de Ciencias Agrcolas, Pecuarias y del Medio Ambiente Microbiologa Ambiental
UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD ESCUELA DE CIENCIAS AGRCOLAS, PECUARIAS Y DEL MEDIO AMBIENTE
358010 - MICROBIOLOGA AMBIENTAL
DIANA GARCA VARGAS. PhD. Plant physiology. (Directora Nacional) RUTH ESPERANZA LPEZ MEDINA (Acreditadora)
BOGOTA 2013
NDICE DE CONTENIDO
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ASPECTOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL Y VERSIONAMIENTO INTRODUCCIN UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE LA MICROBIOLOGA Y METABOLISMO MICROBIANO CAPTULO 1. MUNDO MICROBIANO Leccin 1. Etapas histricas de la microbiologa Leccin 2. Microbiologa Leccin 3. Microorganismos como clulas Leccin 4. Importancia de los microorganismos para el hombre Leccin 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales CAPTULO 2. PERSPECTIVA GENERAL DE LA VIDA MICROBIANA Leccin 6. Estructura celular en procariotas Leccin 7. Estructura celular en eucariotas Leccin 8. Estructura vrica Leccin 9. Morfologa de bacterias Leccin 10. Microscopa ptica y electrnica CAPTULO 3. METABOLISMO MICROBIANO Leccin 11. Reacciones metablicas y conservacin de la energa Leccin 12. Gluclisis Leccin 13. Ciclo del acido ctrico Leccin 14. Fotosntesis en microorganismos Leccin 15. Alternativas catablicas UNIDAD 2. DIVERSIDAD MICROBIANA CAPTULO 4. CRECIMIENTO MICROBIANO Leccin 16. Crecimiento celular y fisin binaria Leccin 17. Curva de crecimiento Leccin 18. Medidas directas del crecimiento microbiano Leccin 19. Factores fsicos en el crecimiento microbiano Leccin 20. Oxgeno y el crecimiento microbiano CAPTULO 5. EUCARIOTA Y PROCARIOTA
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10 11 11 12 14 14 16 16 16 23 27 30 31 35 35 37 40 43 46 47 48 48 50 52 54 56 58 2
Leccin 21. Archeas Leccin 22. Hongos Leccin 23. Hongos mucosos Leccin 24. Protozoos Leccin 25. Algas CAPTULO 6. SISTEMA DE VIDA ANAEROBIO Leccin 26. Respiracin Anaerobia Leccin 27. Reduccin del nitrato y proceso de desnitrificacin Leccin 28. Reduccin de sulfatos Leccin 29. Metanognesis Leccin 30. Acetanognesis UNIDAD 3. ECOLOGA Y MICROBIOLOGA CAPTULO 7. MTODOS PARA ESTUDIAR MICROORGANISMOS Leccin 31. Anlisis de las comunidades microbianas basado en tcnicas de cultivo Leccin 32. Aislamiento de cultivo axnico Leccin 33. Anlisis molecular de las comunidades microbianas Leccin 34. Tcnicas moleculares usadas en la microbiologa y biotecnologa Leccin 35. Medicin de la actividad microbiana en la naturaleza CAPTULO 8. RELACIONES MICROBIANAS, COMUNICACIN CELULAR Y CICLO DE NUTRIENTES Leccin 36. Ecosistemas microbianos Leccin 37. Comunicacin celular Leccin 38. Ciclo del carbono y del oxgeno Leccin 39. Ciclo del nitrgeno Leccin 40. Ciclo del azufre CAPTULO 9. APLICACIONES DE LA MICROBIOLOGA AMBIENTAL Leccin 41. Tratamiento de residuos slidos Leccin 42. Tratamiento de agua potable Leccin 43. Biorremediacin Leccin 44. Biodegradabilidad y efectos ecolgicos Leccin 45. Biorremediacin de petrleo y otros contaminantes BIBLIOGRAFA
58 62 66 67 71 74 74 75 77 79 82 84 85 85 88 90 93 97 98 98 101 104 106 109 111 111 115 118 122 125 130 3
NDICE DE CUADROS
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Cuadro 1. Comparacin de virus y bacterias Cuadro 2. Reacciones de oxido reduccin para obtencin de energa por bacterias Cuadro 3. Rendimiento energtico por la oxidacin una molcula de glucosa Cuadro 4. Comparacin de fotosntesis en clulas eucariotas y procariotas Cuadro 5. Comparacin de caractersticas de filos de algas
59 36 43 45 72
NDICE DE FIGURAS
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Figura 1. Estructuras celulares de una procariota Figura 2. Estructura flagelar en bacterias Figura 3. Pared celular bacteriana Figura 4. Estructura celular eucariota Figura 5. Estructura del retculo endoplasmtico Figura 6. Aparato de golgi Figura 7. Tipos de virus Figura 8. Morfologa de clulas bacterianas Figura 9. Microscopio ptico compuesto Figura 10. Imgenes de Paramecium con microscopa ptica Figura 11. Microscopios electrnicos Figura 12. Microfotografa de Paramecium con microscopa electrnica Figura 13. Oxidacin global de la glucosa Figura 14. Fermentacin para la produccin de etanol y lactato Figura 15. Gluclisis Figura 16. Ciclo de Krebs Figura 17. Cadena transportadora de electrones Figura 18. Fotofosforilacin cclica Figura 19. Fotofosforilacin no cclica Figura 20. Clasificacin nutricional de organismos vivos Figura 21. Fisin binaria Figura 22. Curva de crecimiento microbiano Figura 23. Mtodo de recuento en placa de clulas viables Figura 24. Mtodo de diluciones seriadas para recuento en placa de colonias Figura 25. Efecto de la temperatura en el crecimiento microbiano
17 18 19 23 25 26 29 30 32 33 34 35 38 38 39 41 42 44 45 46 48 50 52 54 55 5
Figura 26. Efecto del oxgeno en el crecimiento microbiano Figura 27. Dominio Archaea Figura 28. Archaeas halfilas y metangenos Figura 29. Microfotografa de Thermoplasma acidophilum Figura 30. Solfulobus archaea Figura 31. Ejemplo de hongo filamentoso Figura 32. Ejemplo de hongo levaduriforme Figura 33. Ciclo de vida del moho del pan Rhizopus stolonifer Figura 34. Ciclo de vida de Basidiomycota y Ascomycota Figura 35. Ciclo de vida de Dictyostelium discoideum Figura 36. Hongos mucilaginosos Figura 37. Conjugacin del protozoo Paramecium Figura 38. Phylum del reino protista Figura 39. Ejemplo de Ciliophora Figura 40. Ejemplo de Phaeophyta Figura 41. Ejemplos de Clorophyta y Rodophyta Figura 42. Ejemplos de Bacillariophyta y Pyrrophyta Figura 43. Ejemplos de respiracin anaerobia Figura 44. Posible transporte de electrones en Pseudomonas stutzeri durante la desnitrificacin Figura 45. Reduccin del sulfato Figura 46. Transporte de electrones en bacterias reductoras de sulfato Figura 47. Proceso de metanognesis a partir de dixido de carbono Figura 48. Produccin de acetato a partir de la va acetil coenzima A Figura 49. Medio de enriquecimiento Figura 50. Columna de Winogradsky Figura 51. Mtodo de siembra por estra o agotamiento Figura 52. Pinzas lser Figura 53. Tinciones fluorescentes de clulas Figura 54. Tincin con anticuerpos fluorescentes y con FISH Figura 55. Reaccin en cadena de la polimerasa
57 59 60 61 61 62 63 65 65 66 67 69 70 69 72 73 73 74 76 77 78 81 82 87 87 89 89 90 91 94 6
Figura 56. Electroforesis de protenas y gel de corrido Figura 57. Ejemplo de micorriza Figura 58. Biopelcula microbiana Figura 59. Modelo de interferencia de mecanismos de QS dependiente de AHL Figura 60. Ciclo de xido reduccin del carbono Figura 61. Ciclo del nitrgeno Figura 62. Ciclo del azufre Figura 63. Ciclo de oxido reduccin del azufre Figura 64. Pila de compost Figura 65. Sistema de fitorremediacin Figura 66. Biorremediacin de petrleo en suelos
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ASPECTOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL Y VERSIONAMIENTO
Este material didctico del mdulo Microbiologa Ambiental fue desarrollado por Carmen Julia Pedroza Padilla, Microbiloga y Magster en Ciencias Biotecnologa. Tiene un perfil profesional investigativo y docente; con desempeo laboral como investigadora en la Corporacin para Investigaciones Biolgicas (CIB) y la Universidad de Santander (UDES), y como docente catedrtica de la Universidad de Antioquia (UdeA). Tambin tuvo formacin acadmica en el Instituto de Investigaciones Marinas y Costeras (INVEMAR). Actualmente se desempea como instructora en el Centro Biotecnolgico del Caribe SENARegional Cesar. Para citar este documento por favor hacerlo de la siguiente manera: Pedroza Padilla, C. (2011). Microbiologa ambiental. Mdulo didctico. Valledupar: Universidad Nacional Abierta y a Distancia UNAD., p.p._ (escribir pginas consultadas por el estudiante). Algunas correcciones de forma del lenguaje espaol fueron realizadas por la Directora Nacional de Curso, Dra. Diana Garca Vargas. Doctora en biologa animal, vegetal y ecologa, lnea de investigacin fisiologa vegetal; magistra en Gestin ambiental para el Desarrollo Sostenible; microbiloga y biloga.
INTRODUCCIN
En los ltimos aos la microbiologa ambiental se ha convertido en una innovadora ciencia biolgica, que adems de estudiar la funcin y diversidad de los microorganismos en sus ambientes naturales y artificiales, se propone como una alternativa fortalecida con la biotecnologa que puede dar solucin a muchos problemas ambientales causados por las actividades humanas (agricultura, minera, industria, deforestacin, urbanizacin, etc.). Gracias al desarrollo de tcnicas moleculares dej de ser una disciplina dedicada exclusivamente a la evolucin, ecologa, fisiologa y taxonoma de los microorganismos y se transform en una ciencia clave para el desarrollo de soluciones limpias y amigables al medio ambiente ante los crecientes problemas de contaminacin en el planeta. Este material didctico se desarroll con el fin de proporcionarle a los futuros profesionales de programas ambientales de la Universidad Nacional Abierta y a Distancia (UNAD) la informacin bsica, conceptual y actual de la microbiologa ambiental as como tambin las diferentes aplicaciones que le permitan a los estudiantes dar posibles soluciones a problemas ambientales usando mecanismos con participacin microbiana. Este mdulo consta de tres unidades, nueve captulos y cuarenta y cinco lecciones y tiene el objetivo que al finalizar el curso el estudiante tenga la capacidad de conceptualizar, diferenciar tipos de microorganismos, mecanismos microbianos naturales en sus procesos biolgicos, mtodos de anlisis microbianos y su aplicabilidad en diferentes reas. En su orden en la primera unidad, el estudiante tendr la informacin sobre la historia de la microbiologa, el impacto de los microorganismos en las actividades humanas, las diferentes estructuras celulares y por ltimo, parte de los procesos metablicos que realizan los microorganismos para sobrevivir. La segunda unidad, se enfoca en el estudio de las condiciones para el crecimiento microbiano, diversidad microbiana y procesos metablicos del sistema de vida anaerobio, claves para el desarrollo de tcnicas y metodologas que ayuden a la comprensin y aplicabilidad de estos procesos en el ambiente. Por ltimo en la tercera y ltima unidad, el estudiante encontrar los elementos y algunos mtodos usados en la ecologa microbiana as como tambin parte de los procedimientos biotecnolgicos empleados actualmente para solucionar problemas ambientales a travs de mecanismos responsables, efectivos, y amigables al medio ambiente donde participan activamente los microorganismos. Bienvenidos todos a conocer sobre la microbiologa ambiental! 9
UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE LA MICROBIOLOGA Y METABOLISMO MICROBIANO
CAPTULO 1. MUNDO MICROBIANO Leccin 1. Etapas histricas de la microbiologa Leccin 2. Microbiologa Leccin 3. Microorganismos como clulas Leccin 4. Importancia de los microorganismos para el hombre Leccin 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales CAPTULO 2. PERSPECTIVA GENERAL DE LA VIDA MICROBIANA Leccin 6. Estructura celular en procariotas Leccin 7. Estructura celular en eucariotas Leccin 8. Estructura celular vrica Leccin 9. Morfologa de bacterias Leccin 10. Microscopa ptica y electrnica CAPTULO 3. METABOLISMO MICROBIANO Leccin 11. Reacciones metablicas y conservacin de energa Leccin 12. Gluclisis Leccin 13. Ciclo del acido ctrico Leccin 14. Fotosntesis en microorganismos Leccin 15. Alternativas catablicas
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UNIDAD 1 PRINCIPIOS DE LA MICROBIOLOGA Y METABOLISMO MICROBIANO
CAPTULO 1. Mundo microbiano
Leccin 1. Etapas histricas de la microbiologa Durante muchos siglos el hombre desconoci la existencia de microorganismos, su ecologa e interacciones con otros seres vivos y mucho menos su relacin con las enfermedades, la mayora de ellas asociadas a castigos divinos individuales o colectivos por causa de pecados, crmenes y delitos. La historia de la microbiologa inici en 1665 cuando Robert Hooke descubri con la ayuda de un microscopio rudimentario la existencia de pequeas celdas en una rodaja de corcho celdillas y la presencia de cuerpos fructferos de mohos en un objeto de cuero. Aunque es posible que el primero en observar bacterias haya sido el reservado comerciante telas y cientfico aficionado, el holands Anton Van Leeuwenhoek quien con microscopios fabricados por l pudo observar pequeos organismos animlculos, obtenidos de heces y raspado de dientes, espermatozoides y microorganismos que hoy conocemos como algas y protozoos; todas sus anotaciones y descubrimientos fueron escritas y enviadas a la Royal Society de Londres la cual tambin recibi varios microscopios fabricados por este cientfico aficionado. La teora de la generacin espontnea era la ms aceptada por la mayora de los cientficos de la poca, muchos crean que sapos podan nacer del suelo hmedo y gusanos de materia en descomposicin. Pero otros, como los italianos Francesco Redi (1668) y Lazzaro Spallanzani (1765) respectivamente, afirmaban que los gusanos aparecan porque eran depositados por moscas y que los caldos nutritivos se contaminaban por accin de microorganismos presentes en el aire. Slo hasta 1861 el cientfico francs Louis Pasteur desaprob la generacin espontnea y demostr a travs de una serie de experimentos empleando matraces que contenan caldo de carne a los que les dobl el cuello en forma de S y posteriormente hirvi, prob que al transcurrir del tiempo en la solucin fra y estril no aparecan microorganismos, mientras que el matraz sin cuello doblado estaba lleno de microorganismos. Con esto demostr que a pesar de tener 11
contacto con el aire el matraz del cuello doblado los microorganismos quedaban atrapados en ste y por lo tanto los microorganismos estn presentes en el aire pero que el aire per se no creaba los microbios. Pasteur tuvo otros descubrimientos como la fermentacin de levaduras, modo en que actan las vacunas, la pasteurizacin, proceso muy empleado actualmente para la esterilizacin o disminucin de carga microbiana en muchos tipos de alimentos y la relacin de microorganismos en la causa de enfermedades (Tortora, Funke y Case, 2007). Aunque en 1796 el fsico ingls Edward Jenner desarroll la primera vacuna contra la viruela y el mdico ingls Joseph Lister en 1860 practic tcnicas aspticas en cirugas para contrarrestar las enfermedades causadas por los microorganismos, slo hasta 1876 el fsico alemn Robert Koch demostr pasos experimentales que relacionaban enfermedades con microorganismos especficos, conocidos como postulados de Koch (Tortora et al. 2007). Desde los aos de observaciones de Hooke y descubrimientos al azar como el de los antibiticos por el escocs Alexander Fleming en 1928, la microbiologa sigue teniendo vertiginosos avances para contrarrestar no slo enfermedades en el hombre si no tambin patgenos en plantas y animales; adems de aprovechar todos aquellos microorganismos benficos los cuales superan nmero en la poblacin microbiana.
NOTA: En los siguientes enlaces encontrar videos sobre historia de la microbiologa: http://www.youtube.com/watch?v=vPGcszfMZjM&feature=related http://www.youtube.com/watch?v=GBIw1qAOBjA&feature=related
Leccin 2. Microbiologa Es la ciencia que trata el estudio de los microorganismos. La palabra microbiologa deriva de las voces griegas mikros, pequeo; bios, vida y logos, estudio, es decir etimolgicamente estudia organismos demasiado pequeos para ser observados a simple vista. Tambin llamados microbios. El objeto de estudio de la microbiologa incluye bacterias, hongos, protozoos y virus, estos ltimos a pesar de no ser entidades celulares definidas pueden afectar a su husped (Llop, Valds-Dapena y Zuazo, 2001; Tortora et al. 2007)
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La microbiologa ambiental es una subdisciplina que estudia la funcin, diversidad de los microorganismos y su papel en la realizacin de procesos tanto en sistemas naturales como artificiales. Esta rea de la microbiologa es especialmente interdisciplinaria (Madsen, 2008). Todos los seres vivos tienen caractersticas estructurales en comn que permite a los taxnomos agruparlos y clasificarlos para poder asignarles un nombre cientfico. La sistemtica o filogenia estudia la clasificacin de las especies considerando su historia evolutiva. La mayor categora taxonmica que divide a los organismos vivos es el Dominio, propuesta por el cientfico estadounidense Carl Woese, existen tres dominios: Eukarya, Bacteria y Archaea. En Eukarya se encuentran los hongos, plantas, animales y protistas. En Bacteria, las procariotas patgenas y no patgenas presentes en aire, suelo y agua, las procariotas fotoauttrofos. Y por ltimo en el dominio Arquea se agrupan todas las clulas procariotas que no tienen peptidoglicano en su pared celular, las cuales en su mayora viven en ambientes extremos o tienen actividades metablicas poco comunes (Tortora et al. 2007). La unidad fundamental de la clasificacin es la especie, son el grupo ms estrechamente relacionado que tiene la capacidad de reproducirse entre si. Las especie pueden agruparse y formar gneros, los gneros relacionados forman una familia y las familias similares un orden y el grupo de rdenes constituyen una clase y las clases relacionadas forman un filo y stos un reino y los reinos relacionados se agrupan en dominios (Tortora et al. 2007). Los virus no estn considerados como seres vivos por lo tanto no se ubican en ninguno de los dominios descritos anteriormente. NOTA: Para mayor informacin: Leer la seccin 1.1 Microbiologa en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
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Leccin 3. Microorganismos como clulas La clula es la unidad estructural y funcional de todos los seres vivos. Existen microorganismos unicelulares, es decir, aquellos que constan de una sola clula como es el caso de las bacterias, levaduras, protozoos y muchas algas; y los multicelulares, que estn constituidos por muchas clulas como la mayora de los hongos. Las clulas como entidades estructurales poseen una membrana celular o plasmtica que las separa del entorno, algunas tambin tienen pared celular, la cual siempre est al exterior de la membrana celular, un citoplasma que es donde se realizan la mayora de las actividades funcionales y un ncleo o nucleoide (procarin), para las que no tienen un ncleo definido que contiene la informacin gentica. La clula es un sistema abierto que intercambia materia y energa con el entorno para realizar todas sus reacciones bioqumicas y fsico-qumicas, es decir, su metabolismo, ste le permite el crecimiento o reproduccin donde a partir de una clula se genera otra clula hija gracias a las actividades de sntesis celular, el movimiento le permite desplazamiento y la comunicacin celular capacidad para interactuar con otras clulas y activar as ciertos genes indispensables en la supervivencia de la especie, todos ellos importantes en la continuidad de la misma (Madigan, Martinko y Parker, 2003).
NOTA: Leer la seccin 1.2 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Leccin 4. Importancia de los microorganismos para el hombre Si le diramos la opcin a un grupo de personas para mencionar una palabra que asocie con microorganismos posiblemente la mayora dira enfermedad, porque desconocen que slo unos pocos respecto a la poblacin son patgenos (producen enfermedades); la mayora de los ellos cumplen un papel fundamental e irremplazable en el ecosistema como veremos en la prxima leccin. Aunque gracias a la aparicin de enfermedades y pestes en tiempos atrs se desarrollaron las primeras teoras de la microbiologa, hoy despus de muchos avances cientficos los microorganismos son utilizados en diferentes reas que benefician al ser humano. Entre ellas tenemos: La industria alimentaria, no slo se han diseado nuevas estrategias para combatir a los microorganismos que contaminan los alimentos y causan enfermedades 14
alimentarias sino que muchos de ellos son bsicos en la produccin de alimentos como los lcteos (quesos, yogur, mantequilla), carnes (carnes maduradas), vegetales enlatados o encurtidos (coles, pepinillos, pimentones, cebollas, zanahorias etc), bebidas alcohlicas (vinos, cerveza, sidra, etc), vinagre, o en la produccin del pan donde se usan cepas microbianas que ayudan al proceso de fermentacin, acidificacin y/o maduracin; e incluso el consumo de hongos como es el caso de los championes que tienen alto valor nutricional. En la industria farmacutica y biotecnolgica los microorganismos son clave para la obtencin a bajo costo y en grandes cantidades de metabolitos (aminocidos, vitaminas, enzimas, antibiticos, compuestos orgnicos, promotores de crecimiento vegetal), produccin de organismos transgnicos y en el desarrollo de tcnicas con DNA recombinante e ingeniera gentica. En la agricultura no slo causan enfermedades en plantas (fitopatgenos) sino que tambin a travs de las interacciones procariota-eucariota o procariota-procariota pueden beneficiar a las plantas gracias a procesos simbiticos que le permiten a stas tomar los nutrientes presentes en el medio con mayor facilidad o el control de plagas gracias al uso de bacterias. Tambin gracias a los microorganismos se han desarrollado a travs de ingeniera gentica plantas transgnicas resistentes a enfermedades y con niveles de produccin elevados respecto a las plantas silvestres (esto todava requiere muchos estudios de efectos secundarios y tiene implicaciones ticas). Con el aumento de la poblacin y el desarrollo tecnolgico tambin se elevan los niveles de contaminacin en fuentes de aguas y suelos, derrames de crudo y compuestos recalcitrantes o metales pesados los cuales son muy difciles de remover y degradar pero gracias a la amplia actividad metablica microbiana muchos microorganismos usan esos compuestos como sustrato ofrecindole al hombre otra aplicacin vital para la conservacin y restauracin del medio ambiente, la biorremediacin. NOTA: Para mayor informacin leer los siguientes artculos: http://bibliotecadigital.ilce.edu.mx/sites/ciencia/volumen1/ciencia2/43/html/sec_8.ht ml http://www.musalit.org/pdf/IN060651_es.pdf
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Leccin 5. Los microorganismos y sus ambientes naturales La ecologa microbiana estudia las relaciones entre el microorganismo y su ambiente natural. Estos organismos viven en ambientes competitivos y en ocasiones extremos (agua de termales) pero gracias a las asociaciones de clulas o individuos se forman conjuntos llamados poblaciones, donde stas a su vez pueden agruparse para establecer comunidades microbianas e interactuar dentro de un lugar determinado llamado nicho. Dentro de un ecosistema se establecen relaciones simbiticas, es decir, las interacciones entre organismos y poblaciones coexistentes donde se puede o no obtener beneficios, por ejemplo, las micorrizas (myco = hongo; rhiza = raz) participan en el desarrollo de las plantas ya que sirven como pelos de las races y absorben nutrientes que a la planta sola le sera dificultoso y luego los libera de forma gradual para que los pueda asimilar, otro ejemplo sera la produccin de vitamina K por bacterias intestinales en los seres humanos. Adems de este tipo de asociaciones gracias a los microorganismos se puede mantener el equilibrio entre lo bitico y abitico, por ejemplo, las bacterias que participan en el ciclo de nitrgeno ayudan a degradar residuos e incorporan el nitrgeno presente del aire en compuestos orgnicos. Tambin participan en los ciclos biogeoqumicos del carbono y azufre.
NOTA: Leer la seccin 1.3 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
CAPTULO 2. Perspectiva general de la vida microbiana
Leccin 6. Estructura celular en procariotas Aunque las clulas eucariotas y procariotas tienen una complejidad que les permite realizar todas las funciones metablicas para su mantenimiento y supervivencia existen caractersticas estructurales que ayudan a diferenciarlas, a continuacin describiremos la composicin estructural y funcional de clulas procariotas, eucariotas y la de los virus.
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Clulas procariotas Son organismos unicelulares que carecen de un ncleo definido, su nombre se deriva del griego pro = antes de; karion = ncleo. El material gentico de estas clulas, al contrario de las eucariotas se encuentra en el citoplasma y no en el ncleo. Este es un grupo muy diverso y con diferencias estructurales que nos permiten su clasificacin. Est conformado por bacterias y archaea, dividas en base a la composicin de la pared celular (figura 1).
Figura 1. Estructuras celulares de una procariota (tomado de Tortora et al. 2007).
Glicoclix
Es una capa gelatinosa de polisacridos y/o polipptidos secretados por las clulas al exterior de la pared celular que est relacionada con la virulencia (capacidad de producir enfermedad), adherencia a superficies, reservas de energa, proteccin a la deshidratacin, lesiones y salida de nutrientes. Cuando la capa est firmemente unida y de manera organizada a la pared celular se le llama cpsula de lo contrario se considera una capa mucilaginosa (Tortora et al. 2007). Flagelos
Son apndices largos y finos que se proyectan hacia el exterior y propulsan a las bacterias permitindoles el movimiento y desplazamiento. El flagelo consta de tres partes: el filamento, que es la parte ms larga y externa compuesto por 17
una protena globular llamada flagelina, el gancho y por ltimo el cuerpo basal que est compuesto por anillos que lo fijan a la pared y membrana celular (figura 2). No todas las bacterias tienen flagelos (tricas), peros las que los tienen pueden adoptar diferentes disposiciones alrededor de la clula. Entonces las bacterias pueden ser monotricas (un solo flagelo polar), lofotricas (dos o ms flagelos en uno o ambos extremos de la clula), anfitricas (un flagelo en cada extremo de la clula) y pertricas (muchos falgelos alrededor de la celula). Los flagelos no pueden verse a simple vista en el microscopio ptico con la ayuda de tinciones o en el microscopio electrnico.
Figura 2. Estructura flagelar en bacterias. (a) Bacterias gramnegativas, (b) bacterias grampositivas (tomado de Tortora et al. 2007).
Fimbrias y pili
Son apndices ms cortos, rectos y finos que los flagelos compuestos por subunidades proteicas de pilina. Las fimbrias pueden estar en los polos o distribuidas en toda la superficie celular y cumple funciones de fijacin, mientras que el pili que es ms largo que las fimbrias y slo se encuentran uno o dos por clula; cumple funciones de transferencia intercelular de ADN en el proceso de conjugacin, tambin es llamado pili sexual.
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Pared celular
Es una estructura compleja y rgida que delimita, da forma y brinda proteccin ante la lisis celular dada la fragilidad de la membrana citoplasmtica y la presin osmtica a la que est sometida por el entorno extracelular, tambin juega un papel importante en la divisin celular y en su propia biosntesis. Est compuesta por peptidoglucano (murena) un heteropolmero constituido por N-acetilmurmico (NAM) y N-acetilglucosamina (NAG), aminocidos de cadena lateral y puentes transversales de aminocidos. Las bacterias se clasifican segn la composicin de la pared celular en grampositivas y gramnegativas (figura 3); las grampositivas adems de una capa gruesa de peptidoglucano tienen elevadas concentraciones de cidos teicoicos mientras que las gramnegativas no, pero stas en cambio estn formadas por una capa ms delgada de peptidoglucano que a su vez est cubierta por una membrana externa de lipopolisacridos (LPS), lipoprotenas, porinas y fosfolpidos (Llop et al. 2001; Madigan et al. 2003; Tortora et al. 2007).
Figura 3. Pared celular bacteriana. Arriba se muestra la estructura de clulas grampositivas y debajo de clulas gramnegativas (tomado de Tortora et al. 2007).
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Existen clulas procariotas que no tienen pared celular o algunas son muy escasas como es el caso del gnero Mycoplasma pero en cambio tienen una membrana plasmtica con esteroles. Las procariotas del dominio archaea no constan de pared celular con peptidoglucano, siendo esta la principal caracterstica de este dominio (Tortora et al 2007). Membrana plasmtica, citoplasmtica o celular
Es una estructura delgada que rodea al citoplasma y acta como una barrera semipermeable y selectiva entre el interior y exterior de la clula controlando as el ingreso y salida de sustancias; tambin gracias a la presencia de diferentes enzimas participa en la degradacin de nutrientes, la generacin de energa (ATP) y fotosntesis. Est compuesta por una bicapa lipdica constituida en su mayora por fosfolpidos y protenas, stas ltimas pueden ser de superficie (perifricas) o transmembranales (integrales) que facilitan la catlisis y transporte de sustancias. Los iones divalentes de calcio y magnesio contribuyen a la estabilidad inica de la membrana celular. A diferencia de las clulas eucariotas y con excepcin de los Mycoplasmas la membrana de las procariotas no contiene esteroles (Tortora et al 2007). Citoplasma
Es la sustancia semifluida (citosol) al interior de la clula donde se encuentra el cromosoma (material gentico), ribosomas y depsitos de reserva o inclusiones. Est constituido es su mayora por agua y otras sustancias (carbohidratos, iones, lpidos, enzimas y compuestos de bajo peso molecular) A diferencia de las clulas eucariotas no tiene citoesqueleto ni flujo citoplasmtico (Llop et al. 2001; Tortora et al 2007). Nucleoide o procarin
Es la zona que contiene el material gentico conformado por un cromosoma (molcula de ADN bicatenario), unido a la membrana celular pero que a diferencia de las clulas eucariotas no est delimitado por una envoltura o membrana nuclear. Muchas bacterias contienen pequeas molculas de ADN circular que no estn unidas al cromosoma bacteriano y que se replican independientemente de ste, llamados plsmidos (muy tiles en la biotecnologa); los cuales le otorgan propiedades especiales como resistencia a antibiticos, tolerancia a sustancias txicas, entre otras (Llop et al. 2001; Madigan et al. 2003; Tortora et al. 2007).
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Ribosomas
Son estructuras celulares que constan de dos subunidades compuestas por acido ribonucleico ribosomal (ARNr o rRNA por siglas en ingls) y protenas, se encuentran por millares en el citoplasma dada su funcin vital en la sntesis de protenas. Cuando se estn agrupados en cadenas se les llama polirribosomas. Los ribosomas procariotas son ms pequeos que los eucariotas y se les conoce como ribosomas 70S. Inclusiones
El citoplasma de las clulas procariotas contiene diversas estructuras de almacenamiento, reserva o depsito de nutrientes llamadas inclusiones, que pueden ser utilizados cuando est expuesta a medios adversos o en condiciones de inanicin. Entre ellas tenemos: Grnulos metacromticos o volutina Son estructuras conformadas por reservas de fosfato inorgnico utilizados para la sntesis de ATP, se les llama as por el color rojo que toman cuando son expuestos a colorantes azules como es el caso del azul de metileno o azul de toluidina. Adems de las bacterias, las algas, hongos o protozoos los pueden tener (Tortora et al. 2007). Grnulos polisacridos Son reservas de almidn y glucgeno que la bacteria almacena cuando crece en un medio pobre en nitrgeno pero rico en carbono; al exponerse al yoduro de potasio el glucgeno toma un color rojo y el almidn azul. Inclusiones lipdicas Son acmulos de poli-beta hidroxibutricos (PHB) que en especies como Bacillus constituyen reservas de carbono y energa durante la esporulacin. Tambin hay bacterias que reservan poli-beta-hidroxialcanoatos (PHA), los cuales hoy son utilizados para fabricar plsticos bacterianos biodegradables y disminuir a la contaminacin ambiental. Se tien con colorantes como el Negro-Sudn.
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Grnulos de azufre Se forman cuando en el medio hay compuestos de azufre reducido para usarlos como reservas de energa. Aparece en las bacterias que utilizan sulfuro de hidrgeno (SH2) como el gnero de Thiobacillus. Carboxisomas Son inclusiones compuestas por una monocapa protenica que contiene la enzima ribulosa-bifosfato carboxilasa; utilizada por las bacterias fotosintticas y nitrificantes. Vacuolas de gas Son vesculas con una monocapa protenica impermeable al agua pero que acumulan gas dependiendo de la concentracin de ste en el exterior. Estas estructuras confieren la flotabilidad ptima que les permite alcanzar luz, oxgeno u otros elementos. Estn presentes en cianobacterias, halobacterias y anoxignicas. Magnetosomas Son partculas cristalinas de hierro magnetita (Fe3O4), sensores del campo magntico terrestre ya que permiten la orientacin de las bacterias magnetotcticas (Aquaspirillum magnetotacticum y Magnetospurillum magnetotacticum); en el campo industrial se desarrollan mtodos para obtener magnetita para la fabricacin de cintas magnticas para audio y datos. Endosporas
Son clulas en reposo que se forman intracelularmente por la carencia de nutrientes en ciertas bacterias (Bacillus, Clostridium, Sporosarcina). Estas estructuras pueden vivir en ambientes adversos como calor extremo, falta de nutrientes, radiaciones, desecacin, presencia de agentes qumicos o bactericidas etc. El proceso de formacin de endosporas se conoce como esporulacin o esporognesis e implica la invaginacin de la membrana celular junto con material gentico en una clula vegetativa o progenitora que despus de lisarse libera la endospora y puede permanecer en latencia por millones de aos, hasta que por un estmulo qumico o fsico se desencadena la germinacin (recuperacin del estado vegetativo). Este no es considerado un proceso de reproduccin. 22
NOTA: En este enlace encontrar un video sobre bacterias: http://www.youtube.com/watch?v=PPmZ5Q78Xhk
Leccin 7. Estructura celular en eucariotas Clula eucariota Est conformada por clulas unicelulares y pluricelulares de mayor tamao y complejidad que tienen un ncleo definido; comprende algas, protozoos, plantas y animales. A continuacin se describir de una forma general de las estructuras en las eucariotas (figura 4).
Figura 4. Estructura celular eucariota (tomado de Tortora et al. 2007).
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Flagelos y cilios
Al igual que en las procariotas sirven para la locomocin y desplazamiento, pueden estar recubiertas de citoplasma y membrana plasmtica; estn conformados por microtbulos compuestos de tubulina y didena. Si son largos se les llama flagelos y si son escasos y numerosos cilios. Son frecuentes en protozoos y algas. Pared celular y glicoclix
Son una estructura ms simple que en las clulas procariotas est compuesta por celulosa (en plantas y algunos hongos) y quitina, glucano y manano en la mayora de los hongos. No todas las eucariotas tienen pared, las clulas animales estn desprovistas de ella pero en cambio constan de una cubierta de carbohidratos llamada glicoclix. Membrana celular
Est conformada por una bicapa lipdica, pero a diferencia de las procariotas contiene carbohidratos (actan como receptores), esteroles (colesterol en animales) y ergosterol (en hongos). Citoplasma
Al contrario de las procariotas tiene un citoesqueleto que le da soporte y contribuye al transporte de las sustancias gracias al flujo citoplasmtico, las enzimas no estn disueltas en el citosol sino que estn confinadas en las organelas. Ribosomas
Son estructuras ms grandes y densas que en procariotas, conocidas como 80S, compuestos por ARNr y protenas, se encuentran en el retculo endoplasmtico rugoso y libres en el citoplasma. Los cloroplastos y mitocondrias contienen ribosomas de 70S. Pueden formar polirribosomas y su funcin es la sntesis de protenas para todas las actividades celulares (Tortora et al. 2007). Ncleo
Es el orgnulo ms grande de la clula, con forma esfrica u ovalada rodeado por una doble membrana nuclear con poros nucleares que controlan el 24
intercambio de sustancias (ARNr, ARNmensajero y enzimas) entre el ncleo y el citoplasma. El nucleolo est inmerso en la membrana nuclear y se encarga de sintetizar ARNr. El ncleo contiene el material gentico (ADN y ARN). El ADN est rodeado por protenas llamadas histonas y contiene mltiples cromosomas. Retculo endoplasmtico
Existen dos tipos: el retculo endoplasmtico rugoso que es una red de canales o sacos membranosos (cisternas) que se extiende desde la membrana nuclear y estn recubiertos de ribosomas; su funcin es sintetizar protenas y catalizar las unin entres stas y otros compuestos como carbohidratos o lpidos que luego son secretados a la membrana. El retculo endoplasmtico liso, no tiene ribosomas (de all su nombre) pero tiene enzimas que sintetizan fosfolpidos, grasas, esteroides (estrgenos, tetosterona y colesterol), adems de fagocitar sustancias txicas como el alcohol y drogas (figura 5).
Figura 5. Estructura del retculo endoplasmtico. Se observa el retculo endoplasmtico liso (RE liso) y el retculo endoplasmtico rugoso (RE rugoso) con ribosomas en su interior (tomado de Tortora et al. 2007).
Aparato de golgi
Es una red de canales o cisternas que recibe vesculas (con protenas) que vienen del retculo endoplasmtico rugoso y despus de reacciones enzimticas las protenas sufren modificaciones para generar glicoprotenas, 25
glucolpidos y lipoprotenas las cuales pueden ser secretadas y transportadas hasta la membrana celular (figura 6). Lisosomas
Son estructuras esfricas rodeadas de membrana, formados a partir del aparato de golgi, contienen enzimas capaces de degradar diversas sustancias e incluso bacterias. Vacuolas
Son cavidades derivadas del aparato de golgi rodeadas de una membrana llamada tonoplasto, presentes en su mayora en clulas vegetales. Sus funciones estn relacionadas con almacenamiento de nutrientes, desechos y agua.
Figura 6. Aparato de golgi. Se observan vesculas que llegan desde el RE rugoso (tomado de Tortora et al. 2007).
Mitocondrias
Son organelas esfricas o bastoniformes compuestas por una doble membrana (interna y externa) que forma pliegues llamadas crestas y con un interior semilquido conocido como matriz. Las mitocondrias contienen ADN y ribosomas 70S indispensables para la produccin de enzimas que participan en varias actividades metablicas exclusivas de esta organela. Sus funciones estn relacionadas con la respiracin celular y produccin de ATP. Tambin pueden dividirse para generar nuevas mitocondrias en la misma clula.
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Cloroplastos
Son estructuras grandes de doble membrana que contienen la clorofila necesaria para la fotosntesis. Tambin contienen ADN, ribosomas 70S y enzimas que participan en la sntesis de protenas; adems de poder reproducirse dentro de la misma clula. Los cloroplastos contienen granas, las cuales son agrupaciones de sacos aplanados llamados tilacoides donde se encuentra el pigmento de la clorofila. Estn presentes en algas y plantas. Peroxisomas Son orgnulos pequeos rodeados de membranas con enzimas que oxidan sustancias orgnicas (aminocidos, cidos grasos) y txicas (alcohol, perxido de hidrgeno). La catalasa se encuentra en esta organela. Centrosomas Est formado por material pericentriolar (zona del densa citosol de fibras protenicas) y centriolos (nueve tripletes de microtbulos). Sus funciones estn relacionadas con la divisin celular en la formacin del huso mittico.
NOTA: En este enlace encontrar un video sobre estructura y funcin celular: http://www.youtube.com/watch?v=395B4JZg6I0&feature=related http://www.youtube.com/watch?v=f9TA7-sypXs&feature=related
Leccin 8. Estructura vrica Los virus (del latn virus = veneno) son entidades infecciosas o elementos genticos de ADN o ARN que se replican indispensablemente dentro de una clula husped utilizando su maquinara celular y enzimtica; pero tienen formas extracelulares que facilitan su transmisin entre clulas. Muchos autores no los consideran seres vivos porque sin la clula husped que infectan stos no podran replicarse y por lo tanto no existiran. A diferencia de las clulas eucariotas y procariotas los virus no tienen estructuras celulares (membrana celular, pared celular, citoplasma, ncleo) y pocas o ninguna enzima que le permita realizar actividades metablicas. 27
Los virus son entidades muy pequeas (20 - 1000 nm) que slo pueden observarse con la ayuda de microscopios electrnicos y tienen la capacidad de atravesar filtros bacteriolgicos. Su espectro de clulas husped es amplio (plantas, animales) y los que infectan a bacterias conocidos como bacterifagos. Cuando los virus estn libres de manera extracelular se le conoce como virin, estn compuestos por cidos nucleicos (ADN o ARN pero nunca ambos) y una cubierta o cpside. Los virus no son susceptibles a antibiticos por lo tanto su empleo en enfermedades virales es inocuo es innecesario, slo aumenta la posibilidad de resistencia bacteriana (cuadro 1). Entre las partes vricas estn: Acido nucleico
Est constituido por ADN o RNA y stos pueden ser monocatenario (una cadena o cadena sencilla) o bicatenario (dos cadenas o cadena doble) o dividido en varios segmentos. Por lo general el material gentico viral es mucho ms pequeo que en bacterias (5000 bases 230.000 pared de bases). Los cidos nucleicos tienen la informacin necesaria para sintetizar protenas y enzimas virales indispensables para la replicacin viral. Cpside y envoltura
La cpside es la cubierta protenica que envuelve al material gentico y est constituido por subunidades estructurales proteicas llamados capsmeros, la composicin qumica de stos puede ser de una o varias protenas y vara de acuerdo al virus. La cpside es la que determina la forma del virus. La envoltura es una membrana constituida por lpidos, protenas y carbohidratos, se forma durante la maduracin viral mediante un proceso de gemacin a travs de la membrana celular de la clula husped. Algunos virus tienen prolongaciones por fuera de la envoltura conocidas como peplmeros; usualmente estn conformados por glucoprotenas virales. Tambin tienen protenas no glucosiladas por debajo de la envoltura. Es importante aclarar que el carbohidrato que se aade a las protenas no es de origen viral si no que es aportado por la clula husped mientras que la protena si es codificada por el virus (Llop et al. 2001). Existen virus sin envoltura o virus desnudos, en este tipo de virus la cpside protege al material gentico de la degradacin por parte de nucleadas (DNasa y RNasa). Los virus se clasifican morfolgicamente con base a la simetra o arquitectura de su cpside mediante estudios de microscopa electrnica, crioelectrnica y 28
cristalografa de rayos X. Los principales grupos son: virus helicoidales (virus de la rabia, virus mosaico del tabaco, TMV), virus polidricos (virus del papiloma humano, HPV), virus con envoltura (virus de la gripe, VIH) y virus complejos como el caso de los bacterifagos (Fago T4), ver algunos en la figura 7.
Cuadro 1. Comparacin de virus y bacterias (tomado de Tortora et al. 2007).
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Figura 7. Tipos de virus (tomado de Tortora et al. 2007).
NOTA: En este enlace encontrar un video sobre virus : http://www.youtube.com/watch?v=L9kwsj9h2Hg
Leccin 9. Morfologa de bacterias Las bacterias tienen diversidad de formas y tamaos y se clasifican de acuerdo a su forma en varios grupos (Figura 8):
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Figura 8. Morfologa de clulas bacterianas (tomado de www.oocities.org).
Cocos
Bacterias de forma esfrica, redonda u ovalada. Cuando se dividen pueden agruparse entre si de varias formas: diplococos (cocos en pares), tetracocos (grupos de cuatro), estreptococos (cocos unidos en forma de cadena) y estafilococos (en agrupaciones amplias semejantes a racimos). Bacilos
Bacterias en forma cilndrica o de bastn. Despus de la divisin celular pueden agruparse de diversas formas: diplobacilos (bacilos unidos en pares), estreptobacilos (unidos en cadenas) y cocobacilos (bacilos ovalados). Espirilos
Bacterias en forma helicoidal o de espiral, son relativamente rgidos. Espiroquetas
Bacterias en forma de espiral, sacacorchos o helicoidal pero flexibles. Otras formas menos comunes como las bacterias en forma de estrella, rectangular y triangular.
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NOTA: En este enlace un documento para ampliar esta leccin y las anteriores: http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/MorfologiayEstructuraBacteriana.pdf
Leccin 10. Microscopa ptica y electrnica La gran mayora de los microorganismos no se pueden observar a simple vista y por lo tanto se requiere el uso de un equipo o instrumento muy conocido, el microscopio (micro = pequeo; scopio = observar) el cual permite visualizar objetos de estudios que a simple vista sera imposibles de percibir por el ojo humano. El primer microscopio simple fue diseado por Anton Van Leeuwenhoek e inicialmente tena una sola lente; al transcurrir de los aos muchos investigadores mejoraron las tcnicas hasta llegar a la microscopa moderna. Microscopa ptica (MO)
Se refiere al uso de microscopios que usen luz visible con el fin de visualizar u observar muestras. Existen varios tipos de microscopa ptica: Microscopio ptico compuesto Tiene varias lentes y usan luz visible como fuente de iluminacin. Con sus lentes talladas permite aumentar muchas veces el tamao de la muestra real gracias a los rayos luminosos que vienen de la fuente de luz y pasan por el condensador hasta llegar a la muestra, luego los rayos pasan a travs de la lente del objetivo (lentes de 10X, 40 X y 100X) y puede finalmente observarse la muestra en el ocular (monocular o binocular), mirar la figura 9. Es usado para observar microorganismos vivos o teidos. Microscopio de campo oscuro El condensador tiene un disco que bloquea los rayos de luz directa que llegara a los objetivos, al no tener una luz de fondo directa, la muestra se observa iluminada en los bordes pero con un fondo o campo oscuro; es una tcnica muy usada para observar estructuras muy pequeas como flagelos y espiroquetas por la alta resolucin (capacidad de distinguir entre dos puntos) de este tipo de microscopio. Ver figura 10. 32
Figura 9. Microscopio ptico compuesto. A la izquierda partes y funciones del microscopio. A la derecha trayecto de la luz de abajo hacia arriba hasta el ojo humano.
Microscopio de contraste de fase Con la ayuda de un diafragma anular los rayos de luz de una fuente se reflejan o se difractan en la muestra, mientras que otros rayos la atraviesan, cuando ambos rayos se unen en los oculares se pueden detectar muestras con mayor diferenciacin de estructuras internas de clulas vivas. (Figura 10) Microscopio de fluorescencia Se utilizan en muestras que fluorescen al exponerse a la luz ultravioleta. Algunas clulas lo hacen de forma natural como las que contienen clorofila; en las que no fluorescen naturalmente se puede usar fluorocromos (colorantes fluorescentes que tien las clulas) que absorben la longitud de onda corta (luz U.V) y emiten luz visible, que es de mayor longitud de onda. Con este tipo de microscopio la muestra se observa brillante o fluorescente contra un fondo oscuro (figura 10). Usado para diagnstico de microorganismos, ecologa microbiana o tcnicas de inmunofluorescencia (se tien anticuerpos para reaccionar con antgenos). 33
Figura 10. Imgenes de Paramecium por microscopia ptica (MO). A la izquierda fotografa con microscopio de campo claro, en el centro con MO de campo oscuro y a la derecha con MO de contraste de fase (Tomado de Tortora et al. 2007).
Microscopa electrnica (ME)
El microscopio electrnico se ha convertido en una valiosa herramienta para el estudio detallado de estructuras muy pequeas, virus e incluso molculas que seran imposibles de ver con microscopa ptica. Aunque la finalidad es la misma existen varias diferencias entre ambos microscopios; los microscopios electrnicos no usa una fuente de luz o fotones sino un haz de electrones que viajan en forma ondulatoria en longitudes de onda mucho menores que la luz blanca lo que aumenta notablemente el poder de resolucin. Tambin se diferencia en el uso de lentes electromagnticas para enforcar la luz en la muestra deshidratada en lugar de lentes de vidrio; no se usan portaobjetos de vidrio sino una rejilla de cobre (Tortora et al. 2007). Las imgenes obtenidas son a blanco y negro pero se les puede dar color desde el ordenador. No se puede trabajar con organismos vivos. Hay dos tipos de microscopa electrnica: Microscopio electrnico de transmisin (MET) Un haz o rayo de electrones enfocado por un lente condensador electromagntico se dirige sobre una muestra ultra delgada que es atravesada por los electrones dirigidos hacia lentes electromagnticas del objetivo, ste se encarga de ampliar la imagen y por ltimo enfocarlos en las lentes electromagnticas proyectoras sobre una pantalla que fluoresce cuando recibe el impacto de los electrones (figuras 11 y 12). Se pueden usar sales de metales pesados para teir las muestras (Llop et al. 2001; Tortora et al. 2007). Como desventajas se destaca que los cortes deben ser ultradelgados, fijados y deshidratados en vaco. No genera imgenes tridimensionales. Las microfotografas por ME son a blanco y negro pero son coloreadas desde un ordenador.
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Figura 11. Microscopios electrnicos. A la izquierda microscopio electrnico de transmisin (MET) y a la derecha microscopio electrnico de barrido (MEB) (tomado de Tortora et al. 2007).
Microscopio electrnico de barrido (MEB) Un haz de electrones (haz primario) producido por un can pasa las lentes electromagnticas y la muestra que a su vez libera electrones secundarios de la superficie de sta que pueden ser capturados, detectados y ampliados para producir una imagen tridimensional en una pantalla. A pesar de tener menor resolucin que el MET es muy til para producir imgenes tridimensionales de superficies de clulas o virus (Llop et al. 2001) ver las figuras 11 y 12.
Figura 12. Microfotografas de Paramecium con microscopa electrnica. A la derecha imagen desde un microscopio electrnico de transmisin (MET) y a la derecha desde un microscopio electrnico de barrido (MEB).
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NOTA: En este enlace encontrar un video de microscopa: http://www.youtube.com/watch?v=gA3V7N6E6LA&feature=related http://www.youtube.com/watch?v=gA3V7N6E6LA&feature=related http://www.youtube.com/watch?v=9-qps2KU7WM&feature=related
CAPTULO 3. Metabolismo microbiano
Leccin 11. Reacciones metablicas y conservacin de energa
Para que un organismo pueda cumplir con todas las funciones celulares y crecimiento realiza un conjunto de reacciones y transformaciones bioqumicas que liberan o consumen energa, proceso conocido como metabolismo. Cuando la clula degrada compuestos orgnicos en molculas ms simples y lleva a cabo reacciones qumicas que producen energa (exergnicas) se le conoce como catabolismo o metabolismo degradativo; un ejemplo de sto es la gluclisis donde se degrada el azcar para obtener o liberar energa y otros compuestos. Esta energa liberada se usa en el anabolismo o biosntesis, el cual tiene como finalidad la construccin de macromolculas a partir de molculas simples, ste es un proceso endergnico; por ejemplo la construccin de protenas a partir de sus monmeros (aminocidos). Todas las reacciones catablicas y anablicas estn mediadas por enzimas y ambas se complementan, es decir, para la supervivencia de una clula deben presentarse ambos procesos acoplados. La forma qumica ms usual de energa es la molcula de adenosn-trifosfato (ATP) conocida como la moneda energtica del metabolismo, ste se forma en procesos de fotosntesis o en la degradacin de compuestos orgnicos o inorgnicos. Las reacciones catablicas estn acopladas a liberar o sintetizar ATP mientras que las anablicas lo degradan o consumen. Es importante mencionar que aunque las clulas mantienen el equilibrio metablico para todas sus funciones celulares con el ATP, la mayor proporcin de energa aportada por esa molcula es liberada en forma de calor. Ejemplo, la mayor cantidad de energa en el ser humano es liberada en forma de calor para 36
mantener la temperatura corporal y la restante para las actividades metablicas. Dentro del metabolismo generador de ATP existen dos mecanismos a nivel de membrana para sintetizarlo, la fosforilacin a nivel de sustrato y el transporte de electrones (tambin conocido como fosforilacin oxidativa) y dentro de esos mecanismos hay dos modos para generar ATP: la oxidacin biolgica (fermentacin o respiracin) y la fotosntesis. La fermentacin y la respiracin son dos mecanismos para la conservacin de la energa, la cual establece que la energa no puede crearse ni destruirse, solo se transforma (cuadro 2).
Cuadro 2. Reacciones de oxido reduccin para obtencin de energa por bacterias (tomado de Llop et al. 2001).
Fermentacin Es un proceso catablico generador de ATP a partir de compuestos orgnicos en el que stos sirven como donadores y aceptores de electrones. Aqu no existe un aceptor final de electrones como lo es el O2 en la respiracin. Los microorganismos pueden usar como sustrato en la fermentacin carbohidratos, cidos orgnicos, aminocidos y nucletidos. La fermentacin es un proceso anaerbico que slo puede generar ATP a travs de la fosforilacin a nivel sustrato. Por ejemplo la produccin de cido lctico a partir de glucosa por Streptococcus. Este proceso es propio de microorganismos anaerobios estrictos, facultativos y anaerobios aerotolerantes.
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Respiracin Es un proceso metablico generador de ATP a travs de la fosforilacin oxidativa donde el oxgeno u otro aceptor de electrones pueden actuar como aceptor final de electrones. En la respiracin compuestos orgnicos (en hetertrofos) e inorgnicos (bacterias littrofas) pueden donar y aceptar electrones. La respiracin puede ser aerobia, donde el oxgeno es el aceptor final de electrones y anaerobia, donde el aceptor final de electrones puede ser sulfatos, nitratos y carbonatos (Llop et al 2001) ver cuadro 2. La respiracin aerobia produce mucha ms energa que la fermentacin. La respiracin aerobia consta de tres pasos: formacin de piruvato a partir de sustancias orgnicas, ciclo de Krebs y cadena de transporte de electrones. La respiracin aerobia produce mucha ms energa que la anaerobia. Fotosntesis Esta actividad metablica la veremos ms adelante en la leccin 14.
Leccin 12. Gluclisis
Es un proceso metablico catalizado por enzimas que oxidan una molcula de glucosa en dos molculas de piruvato, produce 2 ATP por fosforilacin a nivel de sustrato y 2 NADH+. Este proceso de degradacin de azcares se da en el citosol de las clulas y el destino de los productos finales vara de acuerdo a las necesidades fisiolgicas del organismo (figura 13). En presencia de oxgeno el piruvato puede pasar al ciclo de Krebs (ciclo del cido ctrico o tricarboxlico) en las mitocontrias, el ATP puede usarse como fuente de energa y el NADH puede pasar a la cadena transportadora de electrones en las mitocondrias para generar ms ATP (figura 13). En ausencia de oxgeno el piruvato puede usarse como sustrato para la fermentacin y producir lactato, etanol y CO2. El NADH se usa en la reduccin del piruvato en la fermentacin (figura 14).
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Figura 13. Oxidacin global de la glucosa (tomado del enlace: http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%2 0-%20Capitulo%208.htm).
Figura 14. Fermentacin para la produccin de etanol y lactato (tomado del enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%20 2/2%20-%20Capitulo%208.htm).
En honor a sus descubridores la gluclisis (figura 15) tambin es conocida como la va de Embden-Meyerhof. La gluclisis se divide en dos etapas, algunos autores la dividen en tres cuando se refieren a la fermentacin del piruvato en ausencia de oxgeno. 39
Figura 15. Gluclisis
En la primera etapa preparatoria no se incluyen reacciones de oxido-reduccin, se invierten dos molculas de ATP pero no se genera energa, al terminar esta fase a partir de una molcula de glucosa se forman dos molculas de gliceraldehido 3-fosfato. Una de ellas obtenida por la catlisis de una aldolasa y la otra para la actividad enzimtica de una triosa fosfato isomerasa. Por lo tanto en lo sucesivo ocurre el mismo proceso degradativo para ambas molculas de gliceraldehido 3-fosfato. La segunda etapa es la fase de oxido reduccin o conversin de energa, en ella por la accin de la gliceraldehido 3-fosfato deshidrogenasa de forman dos equivalentes reductores (NADH + H+) y por la fosfoglicerato quinasa se generan las dos primeras molculas de ATP. Luego por la actividad de la 40
enzima piruvato quinasa sobre el fosfoenolpiruvato se forman los dos ATP restantes y dos piruvatos. En la gluclisis se generan 4 molculas de ATP, pero el valor neto es de 2 ATP dada a inversin de ATP que se hizo en la primera etapa. La etapa fermentativa de la gluclisis en ausencia de oxgeno no genera energa, sino etanol, lactato, acetato o CO2 dependiendo de la enzima que realice la actividad degradativa, aunque estos productos son muy tiles en la industria alimentaria no se tiene claro la importancia de estos metabolitos en los microorganismos que los producen (bacterias, levaduras). La fermentacin que forma el lactato tambin se da en clulas humanas (clulas musculares y eritrocitos).
NOTA: Favor ver el siguiente enlace para profundizar en la leccin: https://www.youtube.com/watch?v=xQccszInm6U
Leccin 13. Ciclo del cido ctrico
Tambin conocido como ciclo de Krebs o ciclo de cidos tricarboxlicos, es una serie de reacciones bioqumicas de oxido reduccin de gran energa que hacen parte de la respiracin de clulas aerobias, en las procariotas este proceso se realiza en el citosol mientras que en la clulas eucariotas en las mitocondrias. En este ciclo el piruvato proveniente de la gluclisis sufre una descarboxilacin por la accin de la enzima piruvato deshidrogenasa para generar aceltil-CoA, NADH y CO2 antes de ingresar al ciclo de Krebs en la mitocondria. All el grupo acetilo se integra con el oxalacetato para formar citrato (un compuesto de 6 carbonos), luego se dan una serie de reacciones qumicas (deshidratacin, hidratacin, descarboxilacin, fosforilacin, oxido-reduccin, etc) donde a partir de una molcula de piruvato se forma: 1 molcula oxalacetato, 2 molculas de CO2, 3 equivalentes reductores de NADH+, 1 FADH y una molcula de GTP (figura 16).
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Cada equivalente reductor de NADH al ingresar a la cadena de fosforilacin oxidativa genera 2.5 3 molculas de ATP; cada FADH produce 1.5 2 molculas de ATP. Ambas cantidades son usadas. Si usamos la primera entonces a partir de una molcula de glucosa en la respiracin aerobia se pueden generar 38 molculas de ATP o 32 ATP en la segunda (cuadro 3).
Figura 16. Ciclo de Krebs o del cido ctrico (tomado del enlace: http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%202/2%2 0-%20Capitulo%208.htm).
En la cadena transportadora de electrones o fosforilacin oxidativa, las molculas transportadoras (flavoprotenas, citocromos, ubiquinona y coenzima 42
Q) producen reacciones de oxido reduccin que liberan energa para generar ATP. En las clulas eucariotas la cadena transportadora se encuentra en la membrana interna mitocondrial mientras que en las procariotas en la membrana celular (figura 17).
Figura 17. Cadena transportadora de electrones en (tomado del enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%20 2/2%20-%20Capitulo%208.htm).
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UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD Escuela de Ciencias Agrcolas, Pecuarias y del Medio Ambiente Microbiologa Ambiental Cuadro 3. Rendimiento energtico por la oxidacin de una molcula de glucosa. Tomado del enlace:(http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%2 02/2%20-%20Capitulo%208.htm).
NOTA: Favor ver este video en el siguiente enlace: https://www.youtube.com/watch?v=OVP54YmShzE
Leccin 14. Fotosntesis en microorganismos La fotosntesis es el proceso de conversin de energa lumnica en energa qumica, donde a partir de sustancias inorgnicas simples (CO2) se pueden obtener compuestos orgnicos de mayor complejidad (azcares) indispensables para la vida de los organismos hetertrofos. La molcula de ATP se produce por transferencia de energa de fotones de luz absorbidos por pigmentos fotosintticos (clorofilas o bacterioclorofilas) donde los electrones se transfieren de tomos de hidrgeno a molculas de azcar. Este proceso es realizados por una diversidad de organismos: plantas, algas, cianobacterias, bacterias sulfurosas verdes y prpuras. En la fotosntesis el CO2 sirve como fuente de carbono y el hidrgeno como aceptor final de electrones, el cual se oxida y forma agua, las bacterias fotosintticas usan compuestos inorgnicos como el hidrgeno o cido sulfrico como aceptor final de electrones. Las plantas, algas y cianobacterias usan el agua como fuente de hidrgeno y liberan el oxgeno: 44
6CO2 + 12H2O + Luz C6H12O6 + 6H2O + 6O2 Las bacterias rojas, sulfurosas y verdes usan el H2S como fuente de hidrgeno y producen grnulos de azufre:
6CO2 + 12H2S C6H12O6 + 6H2O + 12S La fotosntesis se da en dos fases. Fase lumnica (fotofosforilacin) o reacciones dependientes de luz, donde la energa aportada por fotones es absorbida por la clorofila y excita sus electrones, stos al excitarse pasan a una cadena transportadora de electrones donde bombean protones y el ADP se convierte en ATP, cuando la fotofosforilacin es cclica los electrones retornan a la clorofila pero cuando no lo es (no cclica) reducen el NADP en NADPH y los electrones perdidos en este procesos son devueltos a las fotofosforilacin cclica por molculas de agua (figura 18 y 19). En la fase lumnica de forma entonces: oxgeno, ATP y NADPH. En la fase oscura (ciclo de Calvin) o reacciones independientes de luz los electrones derivados de la fase lumnica, NADPH y el ATP son empleados para la reducir el CO2 a azcar.
Figura 18. Fotofosforilacin cclica (tomado de Tortora et al. 2007).
Cuando las plantas, algas y cianobacterias utilizan protones (tomos de hidrgeno) provenientes del agua para reducir el CO2 y producir oxgeno molecular se dice que hay una fotosntesis oxignica, pero existen bacterias (bacterias verdes y prpuras) que no pueden usar el agua para reducir el dixido de carbono y al no generar oxgeno se le conoce como fotosntesis anoxignica. Estas bacterias no utilizan la clorofila a sino bacterioclorofila, un pigmento que absorbe la luz en longitudes de onda superior a la clorofila a; la 45
localizacin de la bacterioclorofila en los microorganismos es variable (en clorosomas, en la superficie, inmersas o en invaginaciones de la membrana celular). El cuadro 4 compara la fotosntesis en procariotas y eucariotas.
Figura 19. Fotofosforilacin no cclica (tomado de Tortora et al. 2007). Cuadro 4. Comparacin de fotosntesis en clulas eucariotas y procariotas (tomado de Tortora et al. 2007).
NOTA: Leer en el siguiente enlace para mayor informacin: http://web.usal.es/~jmcsil/biblioteca/biofisica/unizar/FOTO.htm
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Leccin 15. Alternativas catablicas As como los microorganismos son diversos, de la misma manera su comportamiento nutricional donde las fuentes de carbono y energa varan, la figura 20 sintetiza de forma clara los tipos de nutriciones. Segn la fuente de energa que usen los microorganismos pueden ser fottrofos o quimitrofos. Los fottrofos utilizan la luz como fuente de energa mientras que los otros usan compuestos orgnicos a travs de reacciones de oxido reduccin. Segn la capacidad para producir alimento pueden ser: auttrofos, fabrican su propio alimento y usan el CO2 como fuente de carbono, los hetertrofos requieren una fuente de carbono orgnica. Entonces si combinamos la fuente de energa y carbono los microorganismos se pueden clasificar en otras categoras: fotoauttrofos, fotohetertrofos, quimioauttrofos y quimiohetertrofos.
Figura 20. Clasificacin nutricional de organismos vivos. Se realiza de acuerdo a la fuente de energa y carbono (tomado de Tortora et al. 2007).
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UNIDAD 2. DIVERSIDAD MICROBIANA
CAPTULO 4. CRECIMIENTO MICROBIANO Leccin 16. Crecimiento celular y fisin binaria Leccin 17. Curva de crecimiento microbiano Leccin 18. Medidas directas del crecimiento microbiano Leccin 19. Factores fsicos en el crecimiento microbiano Leccin 20. Oxgeno y el crecimiento microbiano CAPTULO 5. EUCARIOTA Y PROCARIOTA Leccin 21. Archaea Leccin 22. Hongos Leccin 23. Hongos mucosos Leccin 24. Protozoos Leccin 25. Algas CAPTULO 6. SISTEMA DE VIDA ANAEROBIO Leccin 26. Respiracin anaerobia Leccin 27. reduccin del nitrato y proceso de desnitrificacin Leccin 28. Reduccin de sulfatos Leccin 29. Metanognesis Leccin 30. Acetognesis
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UNIDAD 2 DIVERSIDAD MICROBIANA

CAPITULO 4. Crecimiento microbiano
Leccin 16. Crecimiento celular y fisin binaria El crecimiento celular de las bacterias contrario a lo que podemos inferir no est relacionado con el aumento de tamao de las bacterias si no con incremento del nmero de clulas, las cuales incluso pueden ser observadas a simple vista cuando stas se agrupan y forman colonias. Pero para que una bacteria sea capaz de dividirse tiene requerimientos energticos y nutricionales (disponibilidad de nutrientes, condiciones ambientales qumicas y fsicas) que le ayuden a realizar todas las actividades de sntesis que permitirn conformar su estructura fsica, es decir, pared celular, membrana, material gentico, cuerpos de inclusin, etc. La mayora de las bacterias se reproducen asexualmente por fisin binaria (figura 21), donde una clula se divide para producir dos clulas hijas con la misma informacin gentica (con altas tasas de mutaciones) que su progenitora. Durante el crecimiento celular se duplican los componentes que constituyen a la clula (macromolculas, monmeros, sustancias orgnicas) e incluso el ADN donde ste en su origen de replicacin (Ori) inicia la sntesis de una molcula de ADN a partir de una preexistente; permitiendo que la clula hija reciba todo el componente gentico y estructural de manera que pueda realizar todas las funciones metablicas.
Figura 21. Fisin binaria. Tomado del enlace: http://elprofedebiolo.blogspot.com/2010/01/lacelula-procariota.html
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Adems de las bacterias, tambin las levaduras, algas unicelulares, protozoos y archaeas se reproducen por fisin binaria. Para el crecimiento celular se necesitan varias condiciones o requerimientos fsicos (pH, temperatura, presin osmtica) y qumicos (fuentes de carbono, nitrgeno, azufre, fsforo, elementos traza, oxgeno, vitaminas, etc). En esta leccin describiremos los requerimientos qumicos o nutricionales y en las prximas lecciones los fsicos. Fuente de carbono
Es la principal fuente para la obtencin de energa, y composicin de elementos o estructuras celulares. Los organismos fotosintticos (auttrofos) obtienen el carbono a partir del CO2 y lo convierten en glucosa, mientras que los hetertrofos lo obtienen de fuentes orgnicas como carbohidratos, protenas, y lpidos. El carbono constituye casi la mitad de peso seco de una clula. Fuente de nitrgeno
Sirve para la sntesis de protenas, cidos nucleicos (ADN, ARN) y enzimas. Los microorganismos lo pueden asimilar a partir de fuentes inorgnicas o de compuestos que lo contengan como es el caso de las protenas. Unas bacterias utilizan el nitrgeno en la forma reducida proveniente del amonio (NH4+), otras a partir de nitratos (NO3-) o nitritos (NO2-) y las fijadoras de nitrgeno o las simbiticas a parir de nitrgeno molecular o libre (N2). Fuentes de azufre y fsforo
El azufre es til para la sntesis de ciertos aminocidos, coenzimas y vitaminas que contienen este elemento es su composicin estructural (indispensable para la formacin de enlaces disulfuro en protenas). Se puede obtener en la naturaleza partir del in sulfato (SO4-2), sulfuro de hidrgeno (H2S) y aminocidos que lo contengan. El fsforo es un elemento indispensable para la sntesis de ATP, cidos nucleicos y fosfolpidos y se encuentra principalmente en iones de fosfato inorgnico (PO43-).
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Elementos traza y vitaminas
Existen otros elementos que si bien no se requieren en grandes cantidades son importantes para la actividad metablica o composicin celular, donde alguno de ellos acta como cofactores o facilita la produccin, degradacin de ciertos sustratos o sustancias y en la formacin de esporas, entre ellos tenemos al calcio, hierro, cobre, magnesio, manganeso, potasio, zinc, sodio y cloro. Estos ltimos se requieren en grandes cantidades (NaCl) para el crecimiento de bacterias halfilas. NOTA: libro Por favor ver el siguiente enlace las pginas 168 hasta 183 y 188 hasta 208: http://books.google.com.sv/books?id=Nxb3iETuwpIC&printsec=frontcover&dq=intr oducci%C3%B3n+a+la+microbi%C3%B3logia+tortora&hl=es&ei=15w9TuzyHuPX0 QH3v7DDBw&sa=X&oi=book_result&ct=bookthumbnail&resnum=1&ved=0CCsQ6wEwAA#v=onepage&q&f=false
Leccin 17. Curva de crecimiento microbiano Durante el ciclo de crecimiento el comportamiento de las poblaciones bacterianas puede estudiarse mediante el crecimiento de las clulas en funcin del tiempo. Cuando inoculamos bacterias en un medio de cultivo lquido y fresco se dan cuatro fases en las que se puede dividir el crecimiento microbiano (figura 22).
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UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD Escuela de Ciencias Agrcolas, Pecuarias y del Medio Ambiente Microbiologa Ambiental Figura 22. Curva de crecimiento microbiano. Ver detalle en el texto. http://www.facmed.unam.mx/deptos/microbiologia/bacteriologia/generalidades.html) (Tomado
Fase de adaptacin, retraso o latencia
Es un periodo de adaptacin al medio donde las bacterias comienzan a prepararse metablicamente sintetizando enzimas y molculas importantes para la reanimacin del crecimiento. En esta fase la divisin celular es escasa o nula con velocidad de crecimiento Vc = 0. Este periodo puede durar entre 1 hora o varios das dependiendo del microorganismo, las condiciones de crecimiento y la edad del cultivo del que se tom el inculo. Logartmica o exponencial
Es la fase de mximo crecimiento celular y actividad metablica donde las clulas comienzan a dividirse activamente a velocidad constante Vc = constante. En este periodo los microorganismos aprovechan al mximo los nutrientes presentes en el medio de cultivo y cuando se le aportan todas las condiciones ptimas puede generar productos de inters industrial; aunque es la fase de mayor sensibilidad a antimicrobianos. Fase estacionaria
Cuando de agotan los nutrientes, aumentan las toxinas, cambia el pH y disminuye el oxgeno la velocidad de crecimiento comienza a decrecer hasta llegar a cero Vc = 0, ya que el nmero de clulas que se dividen es igual al nmero de clulas que mueren. Fase de declinacin o muerte
En esta fase el nmero de clulas de clulas que se dividen comienzan a disminuir notablemente mientras que aumentan de una forma sostenida las que mueren, Vc = negativa, en esta etapa las clulas pierden casi completamente toda sus actividad metablica y comienzan a lisarse mientras que unas pocas, las ms resistentes pueden sobrevivir con los nutrientes de las que mueren. NOTA: Leer en el siguiente enlace para mayor informacin: http://www.youtube.com/watch?v=-rNT_kkG5vc 52
Leccin 18. Medidas directas del crecimiento microbiano Existen varios mtodos para medir el crecimiento de las poblaciones microbianas: Recuentos en placa o de colonias
Es el mtodo ms usado para medir poblaciones bacterianas, ya que a diferencia de otros permite contabilizar el crecimiento de clulas viables, es decir clulas que pueden dar una descendencia. Su principal desventaja es que requiere mnimo 24 horas para conocer los resultados del recuento y en la industria a veces se requieren resultados ms rpidos. Es muy usado en la microbiologa de alimentos, pero puede ser impreciso cuando se toman muestras naturales, como por ejemplo el suelo; donde no todos los microorganismos a pesar de estar presentes en la misma muestra podrn crecer en el medio de cultivo seleccionado dado a la diferencia de requerimientos nutricionales. Esta tcnica se fundamenta en que cada colonia est compuesta por un solo tipo de bacteria. Los recuentos se informan en unidades formadoras de colonias (UFC). Existen dos mtodos para realizar el recuento en placa: el mtodo de placa vertida o el mtodo de extensin en placa (figura 23). Cuando el nmero de colonias en placa supera el de 300 UFC es recomendable realizar diluciones seriadas para diluir el inculo original y facilitar el conteo.
Figura 23. Mtodos de recuento en placa de clulas viables (tomado de Madigan et al. 2003).
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Mtodo de extensin en placa Se coloca un volumen de inculo no superior a 0.1 ml (100 l) sobre la superficie de un medio de cultivo y se extiende uniformemente por toda la placa con un asa o varilla de vidrio estril hasta que el medio lo absorba por completo, posteriormente se incuba a una temperatura determinada hasta que aparezcan las colonias y as realizar el recuento. Ver figura 23. Mtodo de placa vertida Sobre una placa estril sin medio de cultivo se agrega cierto volumen del inculo (0.1 1.0 ml) al que se aade el medio de cultivo con una temperatura de 45 o 50 C, luego se agita suavemente la placa para mezclar, despus que el agar se solidifica y se incuba las colonias crecern y en la superficie del agar. El principal inconveniente de este mtodo es que ciertos microorganismos sensibles al calor pueden verse daados por la temperatura del agar fundido. Ver figura 23. Mtodo de diluciones seriadas Cuando una muestra contenga muchos microorganismos que superen las 300 UFC se recomienda realizar diluciones seriadas que faciliten el conteo y permita obtener resultados confiables; luego de las diluciones se siembran las placas y se procede a hacer el conteo del nmero de colonias que debe ser multiplicado por el factor de dilucin para obtener las UFC por mililitro de muestra original (figura 24). Filtracin Es un mtodo muy usado en microbiologa de aguas cuando la concentracin de bacterias presentes en la muestra es muy baja. Para la filtracin por membranas 100 ml de agua atraviesan un filtro con poros muy pequeos que no pueden pasar las bacterias, las cuales se quedan en la superficie del filtro, ste se transfiere a una almohadilla con medio de cultivo donde las colonias pueden crecer y con una incubacin previa hacer el recuento. Es una tcnica muy usada para detectar y cuantificar bacterias de contaminacin fecal (coliformes fecales).
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NOTA: Leer las secciones 6.5, 28.1 y 20.3 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall
Figura 24. Mtodo de diluciones seriadas para recuento en placa de colonias (tomado de Tortora et al. 2007).
Recuento microscpico directo
En esta tcnica un volumen definido se coloca en un portaobjetos para luego ser observado al microscopio. El mtodo de recuento de Breed es muy usado en la industria lctea, en ste se colocan 0.01 ml de muestra sobre un portaobjetos con un recuadro de 1 cm2 que se tie con un colorante para luego contar las clulas observadas con el objetivo de 100X, al final el nmero de bacterias contadas se multiplica por 100. Los recuentos microscpicos tambin se realizan usando la cmara de Petroff-Hausser; estos mtodos no requieren tiempo de incubacin (Tortora et al. 2007).
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Entre las principales desventajas del recuento directo tenemos: se pueden contar clulas muertas y vivas, dificulta el conteo de bacterias mviles, se requieren concentraciones de bacterias adecuadas.
Leccin 19. Factores fsicos en el crecimiento microbiano Temperatura
Es uno de los aspectos ms importantes en el crecimiento microbiano porque influencia las reacciones bioqumicas de la clula, donde para muchas enzimas a medida que aumenta la temperatura se incrementan las reacciones catalticas y por tanto el crecimiento se acelera, pero aumenta demasiado las enzimas se desnaturalizan y se inactivan adems de lisarse las membranas; si son muy bajas las membranas se congelan y las actividades metablicas prcticamente se anulan. Los microorganismos pueden crecer a temperaturas mnimas, ptimas y mxima. La temperatura mnima es la ms baja donde puede crecer la especie, por debajo de sta no hay crecimiento. La temperatura ptima es la temperatura donde crece ms rpido y mejor. La temperatura mxima, es la temperatura ms elevada que puede soportar el microorganismo para crecer. Los microorganismos tambin se clasifican de acuerdo al rango de su temperatura ptima (sicrfilos, mesfilas y termfilos) y estn subclasificadas como obligadas o facultativas. Las obligadas deben tener condiciones ambientales especficas y las facultativas son capaces de tolerar condiciones ambientales (figura 25).
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Figura 25. Efecto de la temperatura en el crecimiento microbiano. (Tomado de Madigan et al. 2003).
Sicrfilos Son aquellos microorganismos afines al fro o con temperaturas de crecimiento bajas (0 20 C). Existen sicrfilos estrictos que crecen a 0 C pero con una T ptima de 15C; mientras que los sicrotrofos o sicrofilos facultativos pueden crecer a 0 C pero tienen temperaturas ptimas entre 20 y 30C. Este grupo se encuentran en ocanos, zonas polares y contaminando alimentos refrigerados. Las algas (Chlamydomonas Nivalis) estn dentro de los sicrfilos ms estudiados las cuales crecen en zonas nevadas dando tonalidad roja o verde a la superficie (Madigan et al. 2003). Mesfilos Aquellos microorganismos con afinidad a temperaturas moderadas y con temperatura ptima de crecimiento entre 25 y 40 C. En este grupo encontramos a la mayora de los microorganismos ambientales y patgenos. Termfilos La mayora de las eucariotas estn por fuera de este grupo, son aquellos microorganismos capaces de crecer a temperaturas elevadas y con afinidad por el calor. Tienen temperaturas ptimas entre 50 y 60 C. Los hipertermfilos o termfilos extremos tienen temperaturas ptimas de crecimiento de 80 C o ms, cierto miembros del dominio Archaea hacen parte de este grupo. La mayora se encuentran en compost, aguas termales y fumarolas hidrotermales de volcanes. pH Los microorganismos se clasifican segn su tolerancia al pH en acidfilos, con rangos de pH desde 0 hasta 5.4 (hongos levaduras, ciertas bacterias quimioautotrofas); neutrfilos, con pH ptimo de crecimiento de 6.5 a 7.5 (la mayora de bacterias ambientales y patgenas) y alcalfilos, con pH ptimo de 9 y 10 (microorganismos productores de lipasas, Archaea).
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NOTA: Ver en el siguiente enlace para mayor informacin (desde la pgina 8): http://www.higiene.edu.uy/cefa/2008/FisiologiayMetabolismoBacteriano.pdf
Leccin 20. Oxgeno y el crecimiento microbiano Los microorganismos tienen diferentes exigencias respecto a la concentracin o disponibilidad de oxgeno para cumplir con todas sus funciones metablicas (figura 26). Los microorganismos aerobios producen ms energa a partir del nutriente respecto a los que no usan el oxgeno. Se clasifican en relacin al oxgeno como: Aerobios estrictos
Son aquellos que necesariamente requieren el oxgeno para vivir, su metabolismo es de respiracin aerobia es decir que el oxgeno es el aceptor final de electrones. La enzima catalasa y superxido dismutasa (SOD) permite que contrarreste las formas txicas del oxgeno como es el caso de los radicales libres, anin perxido, radical hidroxilo, etc. Existen aerobios facultativos, los cuales pueden crecer en presencia o ausencia de oxgeno. Anaerobios facultativos
Utilizan el oxgeno cuando est presente pero cuando no hay pueden continuar su crecimiento a travs de la fermentacin o respiracin anaerobia. Aunque su crecimiento es mayor en presencia de oxgeno as como su produccin de energa. Ejemplo, Escherichia coli.
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Figura 26. Efecto del oxgeno en el crecimiento microbiano. (a) Microorganismos aerobios; (b) anaerobios estrictos; (c) anaerobios o aerobios facultativos (c); (d) microaerfilos y (e) anaerobios aerotolerantes. (Tomado de Madigan et al. 2003).
Anaerobios estrictos
No pueden usar el oxgeno molecular (O2) como aceptor de electrones para la produccin de energa ni para su crecimiento. No tienen enzimas para neutralizar las formas txicas del oxgeno y por esto dada su extrema sensibilidad pueden morir cuando este elemento est presente en el medio. Ejemplo, especies de Clostridium. Anaerobios aerotolerantes
Toleran el oxgeno porque tiene una enzima (SOD), que neutraliza las formas txicas del oxgeno pero no lo usan para su crecimiento ni para la obtencin de energa. Los de este grupo fermentan los carbohidratos para formar cido lctico. Ejemplo, los lactobacilos usados en la produccin de quesos, yogures y alimentos fermentados. Microaerfilos
Son aerobios que requieren oxgeno pero no en concentraciones elevadas. Son sensibles a radicales libres y perxidos. Su tipo de respiracin es aerobia. Ejemplo, bacterias de aguas negras, Methanobacterium formicicum. 59
NOTA: Leer la seccin 6.13 oxgeno y crecimiento microbiano en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
CAPITULO 5. Eucariota y procariota
Leccin 21. Archaea Son microorganismos procariotas unicelulares con morfologa similar a las bacterias (cocos, bacilos) y con otras formas diferentes (clulas rectangulares, cuadradas y planas). Una caracterstica importante es que la pared celular no contiene peptidoglucano como las bacterias sino protenas, los lpidos de la membrana celular se unen mediante enlaces ter los cuales le dan una mayor resistencia para sobrevivir en ambientes extremos (salinidad, acidez, alcalinidad), utilizan isoprenoides para sintetizar fosfolpidos de membrana que impidan la fusin de stas a altas temperaturas, en algunas archaeas la membrana celular est constituida por una monocapa lipdica. Su locomocin o desplazamiento se da con la ayuda de flagelo, a diferencia de otras clulas no forman esporas, se reproducen asexualmente y se dividen por fisin binaria, fragmentacin o brotacin. Viven en ambientes extremos como aguas termales, lagos salados, alta presin, bajas temperaturas y en ambientes habituales: ocanos, suelos, humedales. Aunque pueden establecer relaciones simbiticas con otros organismos (comensalismo y mutualismo) todava no se conocen archaeas patgenas humanas. Nutricin Su metabolismo es muy diverso; algunos son fottrofos (usan la luz como fuente de energa) pero no producen oxgeno como las plantas o las cianobacterias, otras archaeas son littrofas (compuestos inorgnicos como fuente de energa y carbono) y tambin pueden tener una nutricin organotrfa (compuestos orgnicos como fuente de energa y carbono). Aunque tambin existen especies que fijan el CO2 (auttrofos). Sus necesidades fisiolgicas de oxgeno varan entre aerobios, anaerobios facultativos o aerobios estrictos. La figura 27 muestra algunas divisiones del dominio Archaea.
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Figura 27. Dominio Archaea. (Tomado del enlace: http://universe-review.ca/F10-multicell.htm).
Algunos grupos fisiolgicos Halfilos extremos
Viven en ambientes de elevada salinidad (incluso cercanos a la saturacin) como lagos salados y salinas. Cuando un ambiente salino se acerca a una concentracin mnima de sales las archaeas comienzan a crecer y forman una tonalidad rojiza producida por carotenoides y otros pigmentos. Algunos gneros crecen en ambientes muy alcalinos (pH de 9 11) pero la mayora, entre ellos el gnero Holobacterium lo hace en medios cidos, pueden ser gramnegativos, inmviles aunque algunas tienes flagelos, tienen una gran proporcin de plsmidos y casi todas son aerobias estrictas. Una caracterstica particular de este grupo frente a otras archaeas es que los ribosomas requieren altas concentraciones de potasio (Madigan et al 2003) (figura 28). Metangenos
Estos microorganismos producen metano como producto de desecho a partir de la respiracin (metanognesis). Son anaerobios estrictos, existen algunos termfilos aunque la mayora son mesfilas. Los sustratos utilizados para la produccin de metanol son diversos (CO2, CO, formato, metlicos y acetotrficos). Su hbitat est en ambientes anxicos (fangos pantanosos, sedimentos de lagos, tracto digestivo de mamferos e insectos, fuentes hidrotermales, etc. En este grupo est el gnero Methanobacterium y Methanococcus (Madigan et al 2003) (figura 28).
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Figura 28. Archaeas halfilas y metangenas. A la izquierda Halococcus archaea y a la derecha Methanobacterium formicicum. Imgenes tomadas de los enlaces: http://www.sciencephoto.com/images/download_lo_res.html?id=662440039 y http://www.lookfordiagnosis.com/mesh_info.php?term=Methanobacterium&lang=2
Thermoplasmatales
Contiene tres gneros que adems de ser termfilos son acidfilos extremos. El gnero Thermoplasma, es aerobio facultativo, crece a pH 2.0, no tienen pared celular pero si flagelos, es quimioorganotrofo; se pueden encontrar en restos orgnicos del carbn. El gnero Ferroplasma, es quimiolittrofo y auttrofo, obtiene la energa a partir del in frrico y usa el CO2, crece a 35 C, tampoco tiene pared celular. Por ltimo el gnero Picrophilus, puede crecer en pH de 0.06, tiene pared celular a pH moderados de 4.0 las clulas se desintegran (Madigan et al 2003) (figura 29).
Figura 29. Microfotografa de Thermoplasma acidophilum. http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Thermoplasma
Tomado
del
enlace:
Hipertermfilos de volcanes terrestres
Pueden vivir a temperaturas de 100 C, en este grupo est el gnero Sulfolobus, que crece en manantiales ricos en azufre y a pH cidos, es quimiolitotrfico aerbico, este microorganismo se adhiere a los cristales de 62
azufre pero tambin puede usar iones de hierro y cobre (Madigan et al 2003) (figura 30).
Figura 30. Solfulobus archaea. Microfotografa http://www.sciencephoto.com/media/13222/enlarge
tomada
del
enlace:
NOTA: Leer el captulo 13 Diversidad procariota Archaea en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall. Leccin 22. Hongos Son microorganismos eucariotas pertenecientes al reino Fungi, pueden ser unicelulares (levaduras) o pluricelulares (setas). Es uno de los grupos ms heterogneos. A diferencia de las plantas la pared celular est compuesta en su mayora por quitina. Su hbitat es muy diverso, pueden estar presentes en la materia orgnica en descomposicin del suelo, en ambientes acuticos (agua dulce o salada), en desiertos, sedimentos marinos, o infectando otros organismos como las plantas y animales (incluido el hombre). No poseen cloroplastos por lo tanto son hetertrofos, incapaces de fabricar su alimento, a diferencia de clulas animales vierten enzimas hidrolticas al medio extracelular para facilitar la absorcin de nutrientes. Su reproduccin puede ser sexual o asexual. De acuerdo a su morfologa macroscpica y microscpica se dividen en hongos filamentosos, levaduriformes y carnosos. Hongos filamentosos (mohos) y carnosos
Estn compuestos por hifas o filamentos que se pueden unir y entrelazar de forma abundante hasta formar el micelio que puede verse a simple vista. Las hifas pueden estar divididas por tabiques llamados septos, con la presencia de 63
un ncleo o tambin pueden ser aseptadas o cenocticas (con muchos ncleos). Tienen pequeos poros que permiten el intercambio. El micelio se clasifica en areo (o reproductivo), ste crece en la superficie del medio de cultivo y contiene las estructuras reproductivas (conidias o esporas) y el micelio vegetativo, que est dentro del medio de cultivo para absorber y obtener los nutrientes (figura 31).
Figura 31. Ejemplos de hongos filamentosos. A la derecha Aspergillus sp. (Tomado del enlace: http://www.emlab.com/s/sampling/env-report-09-2006.html) y a la izquierda cultivo en agar de Aspergillus fumigatus tomado del enlace: http://es.wikipedia.org/wiki/Aspergillus_fumigatus.
Hongos levaduriformes
Son microorganismos unicelulares, de forma ovalada ms grandes que las bacterias, se dividen por gemacin o brotacin (figura 32), su hbitat es generalmente en ambientes con azcares: frutos, cortezas, flores; tambin pueden infectar insectos o animales. Es importante aclarar que no todas son patgenas, por ejemplo, Saccharomyces es muy usada en procesos fermentativos en la industria alimentaria.
Figura 32. Ejemplo de hongo levaduriforme. Microfotografa de Saccharomyces cerevisiae. Tomado de http://www.microbiologyonline.org.uk/about-microbiology/introducing-microbes/fungi
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Reproduccin Los hongos tienen reproduccin sexual y asexual a travs de esporas, las cuales no podemos confundir con las endosporas de las bacterias que son estructuras de resistencia y no reproductiva. Son dos los tipos de esporas (esporas sexuales y conidias o esporas asexuales). Las esporas asexuales (conidias) se desprenden de una hifa, y cuando germinan se convierten en un individuo idntico al parental; mientras que, las esporas sexuales fusionan ncleos e intercambian material gentico de tal manera que la clula hija tendr caractersticas de ambas cepas parentales (Tortora et al. 2007). Nutricin y aplicaciones ambientales Los hongos son hetertrofos (quimioorganotrofos que necesitan compuestos orgnicos como fuente de energa y carbono), crecen en ambientes con pH cidos (alrededor de 4 y 5) y altas concentraciones de azcares porque su requerimiento de carbohidratos es ms alto que el de las bacterias, mientras que el del nitrgeno es menor, los hongos filamentosos son aerobios entretanto las levaduras son anaerobias facultativas, no existen hongos anaerobios estrictos. Los hongos tienen la capacidad de degradar carbohidratos complejos como la lignina y celulosa en sus actividades metablicas, compuestos que se encuentra en grandes cantidades en las plantas, por lo tanto tienen un papel beneficioso en la descomposicin de material vegetal muerto, leoso o de desecho en los bosques. Tambin establecen relaciones simbiticas con las plantas (micorrizas) y le ayudan a la absorcin y asimilacin de minerales que seran muy difciles de captar por la planta individualmente. Los hongos tambin producen sustancias de inters industrial y farmacolgico (etanol, bebidas, antibiticos, etc), adems de utilizarse como fuente de alimentos ya que mucho de ellos son comestibles (championes) y tienen importantes calidades nutricionales de carbohidratos, protenas y vitaminas.
Algunos filos de importancia
Zygomycota
Son hongos filamentosos que crecen en materia orgnica en descomposicin (saprofitos), tambin infectando insectos, tienen hifas cenocticas. Sus esporas 65
sexuales (zigosporas), son grandes y cubiertas por una pared gruesa, se que se producen por meiosis; las esporas asexuales se conocen como esporangiosporas. Entre los hongos ms conocidos tenemos al moho de pan, Rhizopus stonolifer y el Mucor sp. Ver la figura 33. Basidiomycota
Tienen hifas septadas, se encuentran en el suelo o material vegetal, las basidiosporas son sus esporas sexuales que se forman por meiosis, y las conidias sus esporas asexuales. Dentro de este grupo encontramos a las setas u hongos macroscpicos. Ver figura 34. Ascomycota
Es el grupo ms grande, tambin llamados hongos en sacos, crecen en diversos ambientes (suelos, vegetales, cuero, tela, vidrios, madera, etc). Sus esporas asexuales son los conidios y la sexuales las ascosporas. Tambin hay levaduriformes entre ellos Saccharomyces cerevisiae (ampliamente usada en procesos fermentativos), la mayora de los lquenes, muchos actan como micorrizas u hongos endfitos. Ver figura 34.
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UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD Escuela de Ciencias Agrcolas, Pecuarias y del Medio Ambiente Microbiologa Ambiental Figura 33. Ciclo de vida del moho del pan Rhizopus stolonifer. (a) Reproduccin asexual y (b) reproduccin sexual del hongo Rhizopus stolonifer. Tomado del enlace: http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%205/5%2 0-%20Capitulo%2029.htm
Figura 34. Ciclo de vida de Basidiomycota y Ascomycota. A la izquierda y derecha respectivamente.http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccio n%205/5%20-%20Capitulo%2029.htm
NOTA: Leer la seccin 14.9 sobre hongos en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Leccin 23. Hongos mucosos Son organismos eucariotas, que producen esporas y tienen movimientos ameboides, se encuentran en material vegetal en descomposicin, suelo, en ambientes hmedos o acuticos y se alimentan de principalmente de bacterias que ingieren por fagocitosis. Existen dos grupos: Hongos mucosos celulares
Se originan de la germinacin de una espora en condiciones favorables que genera amebas individuales que pueden agregarse gracias a la seal de adenosinmonofosfato cclico (cAMP) para posteriormente formar otro cuerpo fructfero que produzca esporas. Son conocidos como hongos acelulares. 67
Pueden tener reproduccin sexual o asexual. Ejemplo, el gnero Dictyostelium (figura 35).
Figura 35. Ciclo de vida de Dictyostelium discoideum. (Tomado de Kessin, 2000).
Hongos mucosos plasmodiales
Son una masa protoplasmtica multinucleada llamada plasmodio, con movilidad ameboide, tienen microfilamentos debajo de la membrana plasmtica que favorecen el desplazamiento. Pueden tener reproduccin sexual u asexual. Ejemplo el gnero Physarum (figura 36).
Figura 36. Hongos mucilaginosos. A la izquierda imagen de un plasmodio reticulado y a la derecha imagen de cuerpos fructferos. Tomado del enlace:
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UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD Escuela de Ciencias Agrcolas, Pecuarias y del Medio Ambiente Microbiologa Ambiental http://cnho.wordpress.com/2010/05/28/%C2%ABhongos-mucilaginosos%C2%BB %C2%BFreinventando-la-pluricelularidad/
NOTA: Leer la seccin 14.10 sobre hongos mucosos en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall. Leccin 24. Protozoos Son organismos unicelulares eucariotas, sin pared celular, se mueven a travs de flagelos, cilios o seudpodos (pies falsos), son mucho ms grandes que las bacterias, algunos tienen cloroplastos (dinoflagelados y euglenoides), presentes en ambientes acuticos (agua dulce o salada), suelo, rboles, ambientes hmedos, viven como entidades libres o como parsitos. Pueden reproducirse sexual (conjugacin) o asexualmente (fisin). Forman estructuras en medios adversos llamados quistes. Nutricin Son quimiohetertrofos, principalmente aerobios, saprofitos (alimentacin de materia orgnica en descomposicin), los ciliados se nutren por fagocitosis donde el alimento (bacterias, resto de clulas, pequeas clulas eucariotas) entra por una abertura semejante a una boca llamada (citostoma) hacen la digestin en las vacuolas y los desechos salen por un poro anal. Al estadio de alimentacin o crecimiento se le conoce como trofozoito. Al ser depredadores que cazan bacterias, hongos pequeos y algas juegan un papel muy importante en la cadena alimentaria y en el equilibrio de la biomasa y poblaciones de la microbiota. Unos pocos son patgenos humanos pero lo que estn en este grupo tienen una gran repercusin en la salud pblica. Reproduccin Su reproduccin en forma asexual es por fisin o esquizogonia (el ncleo sufre mltiples divisiones para formar varios ncleos que luego son rodeados por citoplasma para formar nuevas clulas hijas). En la reproduccin sexual (conjugacin) de algunos ciliados como el Paramecium como lo muestra la figura 37, dos clulas con ncleos haploides se fusionan donde un ncleo migra hacia el otro y al separarse las dos clulas cada una queda fecundada donde luego de la divisin producirn clulas hijas con ADN recombinante (Tortora et al 2007). 69
Clasificacin Basados en el tipo de locomocin o movimiento podemos clasificarlos en varios grupos: Mastigophora: flagelados
Son protozoos flagelados (uno o ms flagelos) de vida libre, estn presentes en ambientes acuticos y pueden ser patgenos de animales (incluido el hombre). En este grupo encontramos a los euglenoides los cuales tienen cloroplastos que le permiten tener un tipo de nutricin fotoauttrofa, pero cuando no tiene luz disponible puede crecer como un quimioorganotrofo (figura 38). Dentro de los flagelados se encuentran los hemoflagelados (parsitos de la sangre) como el gnero Trypanosoma que son transmitidos por insectos hematfagos. Ciliophora
Poseen filamentos cortos y numerosos (cilios) alrededor de la clula que le permiten el desplazamiento, el ciliado ms conocido es Paramecium (figura 39). Pueden estar presentes en agua dulce o salada adems de infectar animales.
Figura 37. Conjugacin del protozoo Paramecium. http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm
Tomado
del
enlace:
Sarcodina
Se desplazan por medio de proyecciones o extensiones del citoplasma llamadas seudpodos, pueden estar presentes en ambientes acuticos y 70
parasitar animales. En este grupo se encuentra las amebas como Entamoeba histolytica que causa enfermedades como la disentera. (Figura 38) Esporozoos
Son parsitos obligados e inmviles en estado adulto. El ejemplo ms importante es el gnero Plasmodium causante de la malaria (figura 38).
Figura 39. Ejemplo de ciliophora. Paramecium y sus partes. Tomado del enlace: http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm
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Figura 38. Phylum del reino protista. Este reino incluye hongos mucosos, protozoos y algas. En el cuadro se describen algunas caractersticas y ejemplos. (Tomado del enlace: http://cnho.wordpress.com/2010/05/28/%C2%ABhongos-mucilaginosos%C2%BB%C2%BFreinventando-la-pluricelularidad/).
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NOTA: Leer por favor las pginas 8 hasta la 11 del siguiente enlace: http://docencia.udea.edu.co/bacteriologia/MicrobiologiaAmbiental/microbiologia_7. pdf
Leccin 25. Algas
Son organismos eucariotas, unicelulares o pluricelulares, forman agregados, tienen cloroplastos que le permiten realizar procesos de fotosntesis, la mayora son verdes pero pueden presentar coloraciones rojizas o marrones gracias a las xantofilas, viven en ambientes acuticos y en el suelo. Cuentan con varios tipos de clorofila y polmeros de reserva que incluso sirven para su identificacin, existen formas microscpicas y macroscpicas. Las algas multicelulares tienen un cuerpo conocido como tallo. Tienen reproduccin sexual y asexual. La composicin qumica de sus paredes celulares es variable en algunas est formada por celulosa modificada por polisacridos (xilano, peptina, cido algnico, etc), en otras por carbonato de calcio, quitina o silicio (diatomeas). Las paredes celulares tienen poros que le permiten el ingreso de molculas pequeas, iones y sustancias nutritivas para su metabolismo (Madigan et al 2003). Son habitantes cosmopolitas de la tierra, productores de oxgeno, la mayora se encuentran en aguas ocenicas pero es muy comn observarlas en ros, rocas, vegetales, plancton, cortezas, paredes y formando asociaciones simbiticas mutualistas con hongos (lquenes), animales y helechos. Aunque tambin existen algas parsitas. Tienen una gran importancia ecolgica porque fijan el dixido de carbono en molculas orgnicas que puedan ser asimiladas por organismos quimiohetertrofos, convierten el CO2 en carbohidratos y producen oxgeno. Son indicadores de contaminacin y equilibrio ambiental (Tortora et al 2007). La ficologa es la ciencia que estudia las algas. Las figuras 38, 40, 41 y 42 muestran ejemplos de los grupos de algas. Las figuras 40 y 41 fueron tomadas del enlace virtual: http://www.tutorvista.com/content/biology/biology-iii/kingdoms-livingworld/algae.php
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Algunos filos de algas
Cuadro 5. Comparacin de caractersticas de filos de algas.

Phylum Phaeophyta Nombre Algas pardas Pared Celular Celulosa o alginato Morfologa Multicelulares con filamentos o ramificaciones semejantes a plantas Unicelulares y multicelulares, filamentosas con ramificaciones Unicelular y multicelular Unicelulares Pigmentos Clorofilas a c y xantfilas Reserva Carbohidratos (laminaria) Aplicacin/caracterstica El alginato se usa en la industria de alimentos (helados, repostera), neumticos, lociones. viven en ambientes marinos Obtencin de agar y carragenina / algunas algas producen toxinas mortales. Viven en ambientes marinos Forman el verde en estanques. Viven en agua dulce y suelo Algunas pueden causar intoxicaciones por el cido domoico. Presentes en agua dulce y marina Algunas algas producen neurotoxinas, producen la marea roja. Viven en ambientes marinos.
Rhodophyta
Algas rojas
Celulosa
Clorofilas a y d, ficocianina y ficoeritrina Clorofilas a yb Clorofilas a y c, carotenos y xantfila Clorofila a y ce, carotenos y xantinas
Polmeros de glucosa, floridean
Chlorophyta
Algas verdes
Celulosa
Almidn
Bacillariophyta
Diatomeas
Pectina y slice
Lpidos o aceite
Pyrrophyta
Dinoflagelados o plancton
Celulosa
Unicelulares
Almidn
Figura 40. Ejemplos de Phaeophyta.
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Figura 41. Ejemplos de Clorophyta y Rodophyta. A, algas pertenecientes Clorophyta y B pertenecientes a Rodophyta.
Figura 42. Ejemplos de Bacillariophyta y Pyrrophyta. Izquierda, varios tipos de diatomeas. A la derecha Gonyaulax verior (A) una clula viva; (b) tecas en vista dorsal y ventral; (C) un quiste. Tomadas de http://www.flickr.com/photos/52345239@N05/sets/72157625392836753/detail/ http://www.nordicmicroalgae.org/taxon/Gonyaulax
NOTA: Leer por favor el siguiente enlace para mayor informacin: http://docencia.udea.edu.co/bacteriologia/MicrobiologiaAmbiental/microbiologia_7. pdf
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CAPTULO 6. Sistema de vida anaerobio Leccin 26. Respiracin anaerobia Es un proceso de generacin de energa (ATP) a travs de reacciones de oxido reduccin similar a la respiracin aerobia pero se caracteriza porque el aceptor final de electrones no es el oxgeno molecular (O2) sino sustancias inorgnicas como nitratos (NO3-), iones de hierro (Fe3+), sulfatos (SO42-), carbonatos y en algunas o pocas ocasiones compuestos orgnicos (figura 43). En este tipo de respiracin se obtiene menos energa que en la respiracin aerobia pero es vital para la supervivencia y metabolismo de microorganismos anaerobios estrictos, aunque tambin puede presentarse en anaerobios facultativos los cuales en ausencia de oxgeno recurren a esta va.
Figura 43. Ejemplos de respiracin anaerobia. (Tomado de Madigan et al. 2003).
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Al igual que en la respiracin aerobia tambin hay una cadena transportadora de electrones anloga (con citocromos, quinonas, ferrosulfoprotenas y otras protenas transportadoras de electrones), presentes en la membrana celular. Entre los microorganismos que utilizan esta va tenemos: Pseudomonas, Bacillus, Desulfovibrio, Thermoplasma, Methanococcus, etc. La fermentacin y la respiracin anaerobia son dos procesos diferentes, porque aunque la fermentacin es anaerbica en sta no participa una cadena transportadora de electrones y el aceptor final es una sustancia orgnica. Es importante resaltar que los microorganismos que emplean este tipo de respiracin tienen un crecimiento ms lento respecto a los que usan la respiracin aerobia. Metabolismo asimilador y desasimilador Muchos microorganismos usan compuestos inorgnicos como fuentes de nitrgeno, carbono, hierro, azufre, etc donde estos grupos se reducen, pero no podemos confundir la asimilacin con el uso de iones inorgnicos como aceptores finales de electrones. Para esto se emplean dos trminos: asimilacin y desasimilacin. En la asimilacin slo se reducen los compuestos suficientes para cumplir las necesidades nutritivas del microorganismo y formar macromolculas (frecuente en bacterias, hongos, plantas superiores, etc), mientras que, en el metabolismo desasimilador se reduce una cantidad mayor de compuestos orgnicos para ser aceptores de electrones, esto slo ocurre en ciertas procariotas (Madigan et al 2003). NOTA: Leer la seccin 17.13 sobre respiracin anaerobia en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Leccin 27. Reduccin del nitrato y proceso de desnitrificacin El nitrato (NO3-) y el amoniaco (NH3) son fuentes de nitrgeno inorgnico que pueden usarse como aceptores de electrones en la cadena respiratoria anaerobia. Uno de los ms comunes y estudiados es el NO3-, el cual puede ser reducido con la participacin de enzimas (nitrato reductasa, nitrito reductasa, xido ntrico reductasa, y xido nitroso reductasa) todas ellas presentes en la membrana celular, las dos primeras se encuentran inmersas en la membrana mientras que 77
las restantes slo en la superficie. Ellas slo se activan en ausencia de oxgeno y cuando el nitrato est presente antes de expresarse completamente las enzimas. Cuando el aceptor de electrones nitrato es reducido a productos gaseosos que pasan a las atmsfera se le conoce como desnitrificacin. NO3- NO2- NO N2O N2 Cada reaccin es catalizada por las cuatro enzimas descritas arriba en su orden. La nitrato reductasa (que contiene molibdeno) inicia la reduccin del nitrato a nitrito y la nitrito reductasa lo reduce a xido ntrico y as sucesivamente hasta obtener nitrgeno gaseoso. Al ser el nitrato una forma de nitrgeno accesible para las plantas las desnitrificacin es considerada una prdida para la agricultura porque este pasa a la atmsfera como N2. Este proceso puede presentarse cuando los suelos estn anegados y la concentracin de oxgeno disminuye. Pero puede convertirse en un beneficio para le tratamiento de aguas residuales porque la reduccin de nitrato desfavorece el crecimiento de algas. En bacterias como Escherichia coli el nitrato slo se reduce a nitrito mientras que el las bacterias Paracoccus denitrificans y Pseudomonas stutzeri es reducido hasta nitrgeno molecular adems durante el transporte de electrones en la cadena respiratoria anaerobia se genera un fuerza motriz protnica que produce ATP (figura 44).
Figura 44. Posible transporte de electrones en Pseudomonas stutzeri durante la desnitrificacin. Note que hay enzimas inmersas en la membrana celular y periplsmicas. Fp = flavoproteinas, Q= ubiquinona y Cyt= citocromos. (Tomado de Madigan et al. 2003).
Es importante mencionar que la mayora de las procariotas desnitrificantes en presencia de oxgeno realizan respiracin aerobia ya que ella les proporciona ms energa aunque est presente el nitrato (Madigan et al 2003). 78
NOTA: Leer por favor el siguiente artculo para mayor informacin: http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/NOVA6_ARTORIG4.pdf
Leccin 28. Reduccin de sulfatos En los sistemas anaerbicos el sulfato (SO4-), la forma ms oxidada del azufre, se usa como aceptor de electrones para generar energa y reducirlo finalmente a sulfuro (H2S) para luego excretarlo. El sulfuro de hidrgeno es un compuesto importante en procesos biogeoqumicos. El proceso ms favorable energticamente es la respiracin aerbica, pero entre la reduccin de nitrato y sulfato esta ltima es menos favorable. Entre los compuestos donadores de electrones ms usados por las bacterias sulfato reductoras para reducir el sulfato estn el acetato, lactato, piruvato, etanol, fumarato, fosfitos, etc. Para que el sulfato se reduzca a sulfuro deben ocurrir varias etapas. Primero la activacin del sulfato, como el sulfato es una sustancia estable ste debe activarse con ATP por medio de la enzima ATP sulfurilasa la cual une el sulfato a un fosfato del ATP para formar adenosina fosfosulfato (APS), el APS puede reducirse a sulfito (SO3-2 + AMP) por la actividad de la enzima APS reductasa y por ltimo el sulfito se reduce al sulfuro (H2S) por la accin de la sulfito reductasa (figura 45).
Figura 45. Reduccin del sulfato. Esquema de reduccin asimiladora y desasimiladora del sulfato (tomado de Madigan et al. 2003).
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Durante la reduccin del sulfato el transporte de electrones genera una fuerza motriz protnica til para la produccin de ATP por la accin de una enzima APT asa. En este transporte de electrones participan varias protenas periplsmicas (enzima hidrogenasa, citocromo c3, complejo de citocromo Hmc). Primero los electrones donados por el sustrato citoplasmtico son recibidos por la enzima hidrogenasa las cual los transfiere al citocromo c3 y ste a su vez al complejo Hmc el cual finalmente los transporta por la membrana celular hasta el citoplasma donde los recibe la molcula de APS que finalmente puede reducirse por la accin de la sulfato reductasa hasta formar sulfuro. Entonces finalmente, un sulfato reducido a sulfuro genera fuerza motriz protnica que produce una molcula de ATP. Pero cuando el lactato o piruvato es el donador de electrones se genera otra molcula de ATP producida por la oxidacin del piruvato a acetato (Madigan et al 2003) ver figura 46. Este es un proceso tpico en Desulfovibrio desulfuricans.
Figura 46. Transporte de electrones en bacterias reductoras de sulfato. Para mayor detalle leer el texto (tomado de Madigan et al. 2003).
En el metabolismo asimilador del sulfato, es decir el que tiene como finalidad la formacin de compuestos orgnicos de azufre o biosntesis, la enzima APS quinasa aade otro grupo fosfato a la molcula de APS para formar fosfoadenosina fosfosulfato (PAPS) el cual puede continuar sus etapas hasta la formacin de sulfuro.
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Todos los microorganismos reductores de sulfato son anaerobios obligados. El acetato tambin es usado por muchas bacterias como donador de electrones para la reduccin del sulfato. Otras bacterias sulfato reductoras usan compuestos de azufre en estado de oxidacin intermedio para reducir desproporcionadamente compuestos de azufre. Tambin se ha aislado una bacteria auttrofa y anaerobia estricta (Desulfotignum phosphitoxidans) que acopla la reduccin del sulfato a la oxidacin del fosfito (HPO3-) obteniendo como productos fosfatos y sulfuro. Como el fosfito se oxida espontneamente en el aire todava no se conoce el sustrato que usa para obtenerlo pero se asume que puede estar presente en ambientes anaerbicos (Madigan et al 2003).
NOTA: Leer por favor el siguiente artculo para mayor informacin: http://www.youtube.com/watch?v=9kUNmx4JBkA
Leccin 29. Metanognesis Es un proceso que realizan microorganismos conocidos como metangenos (archaeas anaerobias estrictas) que usan el carbono (dixido de carbono) como aceptor final de electrones para producir metano. CO2 + 4 H2 CH4 + 2H2O Coenzimas que participan en la metanognesis Segn Madigan et al. (2003) pueden dividirse en las transportadoras de carbono y en las que suministran electrones en la reacciones de xido reduccin: Coenzima metanofurano (MF)
Transportan la unidad de carbono desde el sustrato inicial que puede ser CO2 hasta el sustrato final CH4. Participa en la primera etapa de la metanognesis. Coenzima metanopterina (MP)
Porta la unidad de carbono en las etapas intermedias de la conversin del dixido de carbono a metano. 81
Coenzima M (CoM)
Participa en la etapa final de la metanognesis, convierte el metilo (CH3) a metano (CH4). Es la coenzima ms pequea de todas. Coenzima F430
Su estructura est formada con un tetrapirrol con nquel, participa en el paso final de la metanognesis como un complejo enzimtico de metilreductasa. A diferencia de las anteriores no porta la unidad de carbono. Coenzima F420
Es un derivado de flavina que participa como donador de electrones en la reduccin del dixido de carbono. Esta coenzima fluoresce a 420 nm y puede se usada para identificar metangenos. Coenzima B (CoB)
Participa al finalizar la metanognesis con el complejo enzimtico de la metilreductasa.
Proceso de metanognesis Aunque la reduccin del dixido de carbono a metano usualmente depende del hidrgeno molecular (H2), otros compuestos (acetato, formiato, monxido de carbono, alcoholes, etc) tambin pueden actuar como donadores de electrones para la reduccin del CO2. En la metanognesis el CO2 es activado por la enzima que contiene metanofurano (MF) y reducido a formilo, luego ste se transfiere a la enzima que tiene metanopterina (MP), aqu se produce una molcula de agua y lo reduce a metileno, posteriormente lo vuelve a reducir a metilo. El grupo metilo es transferido a la enzima CoM para formar metil-CoM y reducirse finalmente a metano por la accin del complejo enzimtico metil reductasa donde participan activamente F430 y CoB. La F430 quita el CH3 del CH3-CoM y forma el complejo Ni2+-CH3 que es reducido por los electrones aportados por el complejo unido por puentes disulfuro CoM-S-S-CoB; para mayor ilustracin ver la figura 47. (Madigan et al 2003). La enzima que contiene F430 genera una fuerza motriz protnica capaz de generar ATP, adems de las reducciones asociadas a la enzima heterodisulfuro reductasa 82
que generan reacciones exergnicas y extrusiones a travs de la membrana celular (Madigan et al 2003). Los microorganismos metangenos (Methanosarcina barkeri, Methanobacterim formicicum, Methanopyurus, etc) pueden encontrarse en materias orgnica en descomposicin, zonas pantanosos, sedimentos, hidrotermales, reservas de petrleo y ambientes anoxignicos con materias orgnica, aunque tambin pueden estar presentes en el trato digestivo de animales.
Figura 47. Proceso de metanognesis a partir de dixido de carbono. El tomo de carbono aparece en amarillo y la fuente de electrones en marrn. Los electrones para la reduccin del CO2 provienen del H2. Para mayor detalle leer el texto. (Tomado de Madigan et al. 2003).
NOTA: Por favor algn artculo de los siguientes: http://www.redalyc.org/BuscadorTextoCompleto.oa?q=metanogenesis
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Leccin 30. Acetognesis La Acetognesis es un proceso que realizan microorganismos conocidos como homoacetgenos (son anaerobios estrictos), que usan el CO2 (compuesto abundante en la naturaleza y ambientes anoxignicos) como aceptor de electrones para la generacin de energa y al hidrgeno (H2) u otras sustancias (azcares, aminocidos, cidos orgnicos, alcoholes, etc) como donadores de electrones para produccin de acetato: 4H2 + H+ + 2HCO3C6H12O6 2 piruvato + 4H CH3COO2 + 4H2O 3CH3COO- + 3H+ 3CH3COO- + H+
Los homoacetgenos convierten el dixido de carbono en acetato a travs de la va acetil-CoA o va Ljungdahl-Wood en honor a sus descubridores (figura 48).
Figura 48. Produccin de acetato a travs de la va acetil coenzima A. (Tomado de Madigan et al. 2003).
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La mayora de homoacetgenos que excretan el acetato como producto del metabolismo energtico son bacterias Gram positivas (Clostridium, Acetobacterium, etc). Va de la acetil-CoA La va de la acetil-Coenzima-A no es un ciclo, sino que reduce el dixido de carbono y produce el acetato por medio de dos vas lineales. En la primera una molcula de CO2 se reduce al grupo metilo que har parte del acetato y en la segunda otra molcula de dixido de carbono se reduce para formar el grupo carbonilo, ambos se ensamblan y forman la coenzima A, precursor del acetato (figura 48). Entonces en mayor detalle, para obtener el acetato participa una enzima que usa como cofactores iones de nquel, zinc e hierro, conocida como la monxido de carbono deshidrogenasa (CO deshidrogenasa), la cual cataliza la formacin de CO que terminar en la posicin carbonilo del acetato (-COO-). El grupo metilo se forma porque una segunda molcula de CO2 se reduce por la coenzima tetrahidrofolato donde sta lo transfiere a una enzima que contiene B12; finalmente por accin de la CO deshidrogenasa se combina el grupo metil y CO, donde el Ni de la enzima interacciona con el grupo metilo y el Fe de la enzima con el CO, adems de la coenzima A para formar acetil coenzima A; en este paso se genera una fuerza motriz protnica que sirve para la sntesis de ATP. Posteriormente el acetil coenzima A se convierte a acetato y se genera otro ATP. Por lo tanto un ATP se forma por la fuerza motriz protnica mientras que el otro por fosforilacin a nivel de sustrato.
NOTA: Por favor leer el siguiente texto: http://www.ingenieroambiental.com/4014/tratamiento545.pdf
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UNIDAD 3. ECOLOGA Y MICROBIOLOGA
CAPTULO 7. METODOS PARA ESTUDIAR MICROORGANISMOS Leccin 31. Anlisis de comunidades microbianas basado en tcnicas de cultivo Leccin 32. Aislamiento de cultivo axnico Leccin 33. Anlisis molecular de comunidades microbianas Leccin 34. Tcnicas moleculares usadas en la microbiologa y biotecnologa Leccin 35. Medicin de la actividad microbiana en la naturaleza CAPTULO 8. RELACIONES MICROBIANAS, COMUNICACIN CELULAR Y CICLO DE NUTRIENTES Leccin 36. Ecosistemas microbianos Leccin 37. Comunicacin celular Leccin 38. Ciclo del carbono y oxgeno Leccin 39. Ciclo del nitrgeno Leccin 40. Ciclo del azufre CAPTULO 9. APLICACIONES DE LA MICROBIOLOGA AMBIENTAL Leccin 41. Tratamiento de residuos slidos Leccin 42. Tratamiento de agua potable Leccin 43. Biorremediacin Leccin 44. Biodegradabilidad y efectos ecolgicos Leccin 45. Biorremediacin de petrleo y otros contaminantes
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UNIDAD 3 ECOLOGA Y MICROBIOLOGA

CAPTULO 7. Mtodos para estudiar microorganismos
Leccin 31. Anlisis de comunidades microbianas basado en tcnicas de cultivo En las muestras ambientales es casi imposible encontrar un solo tipo de microorganismo, pero cuando queremos aislar o conocer la microbiota de determinada muestra es muy importante darles las condiciones que reflejen el medio en el que los microorganismos deseados se encuentran, es decir, se debe tener en cuenta la temperatura, humedad, pH, tipo de nutrientes, consistencia adecuada del medio, presencia o ausencia de gases, luz, etc., de tal manera que las condiciones de laboratorio imiten el estado ideal del microorganismo en la naturaleza y limite el crecimiento de aquellas especies que no queremos estudiar. Uno de los mtodos ms usados para aislar microorganismos ambientales son los medios de cultivo, stos pueden ser slidos, semi-slidos o lquidos y deben otorgarle todas las condiciones nutricionales y ambientales para que se de el crecimiento microbiano. Es importante resaltar que no todos los microorganismos pueden cultivarse en el laboratorio, por ejemplo, archaeas presentes en ambientes con temperaturas extremas. En estos casos los conocimientos de la biologa molecular y la biotecnologa han sido clave para poder conocer parte de este tipo de organismos extremfilos. Existen varios tipos de medios de cultivo, entre ellos tenemos: Medios definidos
Son aquellos medios de cultivo a los que se les conoce la composicin qumica y concentracin de todos sus componentes, es decir fuente de carbono, nitrgeno, sales, etc., o sustancias particulares como vitaminas, factores de crecimiento. Estos medios suelen usarse para trabajos experimentales o para cultivar microorganismos quimiohetertrofos o auttrofos. Medios complejos
Son aquellos medios a los que no se les conoce la composicin qumica exacta de sus componentes, como los que contienen extracto de levadura, peptona, 87
extracto de carne, etc. Son muy usados en el laboratorio para microorganismos ambientales y patgenos. Medios selectivos
Contiene sustancias que favorecen el desarrollo y crecimiento de microorganismos deseados pero inhiben el crecimiento de los indeseados. Suele usarse tanto para hongos como para bacterias. Es muy til cuando se parte de inculos con poblaciones microbianas heterogneas o mixtas. Medios diferenciales
Permiten diferenciar microorganismos de acuerdo a sus propiedades y reacciones de crecimiento en el medio. Ejemplo, en el agar sangre se diferencian microorganismos hemolticos y no hemolticos. Tambin se usan para aislar microorganismos dentro de una mezcla. Cultivo de enriquecimiento
Se usa cuando el/los microorganismo (s) deseado est en pequeas cantidades mientras que los indeseados estn presentes en altas proporciones de tal manera que con los sustratos selectivos aportados se promueva el crecimiento de los microorganismos de inters hasta obtener concentraciones detectables. Por ejemplo, si queremos aislar de una muestra de sedimento bacterias que degraden o metabolicen lpidos a travs de lipasas, lo ideal es sembrar el inculo directamente en un medio enriquecimiento lquido que contenga lpidos (como el aceite de oliva) como nica fuente de carbono y energa, de tal manera que slo los microorganismos que tengan estas enzimas puedan crecer en l. Es muy prctico realizar pases sucesivos a medios enriquecidos frescos con el sustrato limitante para asegurar que toda la poblacin que se obtuvo tiene lipasas (figura 49). Pero si en el estudio queremos no slo detectar y aislar cepas lipolticas sino tambin termoflicas lo indicado sera adems de usar aceite de oliva como fuente de carbono y energa usar condiciones de incubacin a altas temperaturas; de esta manera slo lo lipolticos termoflicos podran sobrevivir en estas condiciones. Otro ejemplo de cultivo de enriquecimiento es la columna de Winogradsky, en honor al investigador que la dise. Esta columna es un sistema anaerobio para el enriquecimiento y aislamiento de bacterias fototrficas (rojas y verdes), sulfato reductoras, anaerobias, algas o cianobacterias; la columna de Winogradsky se realiza en un cilindro que contiene material orgnico, lodo y agua de lagos, charchos o acequia; donde los microorganismos se van 88
desarrollando estratificadamente de acuerdo a sus actividades metablicas y requerimientos ambientales (figura 50).
Figura 49. Medio de enriquecimiento. Medio de enriquecimiento FAM + aceite de oliva al 1% (izquierda) para aislar microorganismos lipolticos a partir de muestras de sedimentos (a la derecha). Fuente Carmen Julia Pedroza.
Figura 50. Columna de Winogradsky. Imgenes tomadas del http://biosonia.blogspot.com/2008/12/webquest-la-columna-de-winogradsky.html
enlace:
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NOTA: En el siguiente enlace encontrar mayor informacin: http://www.unavarra.es/genmic/microgral/Tema%2002.%20Cultivo%20de%20microorganismos.pdf
Leccin 32. Aislamiento de cultivo axnico Consiste en la obtencin de colonias puras, es decir, grupo o aglomeracin de microorganismos de la misma especie originados a partir de una espora o clula vegetativa; esta colonias tienes caractersticas distintivas que les permite diferenciarlas de otras. Si consideramos el ejemplo anterior de enriquecimiento de bacterias lipolticas, pero ahora con el objetivo de aislar por aparte cada especie de bacterias (clones), es decir, obtener un cultivo puro, existen varias tcnicas que puede ser muy tiles, entre ellas: diluciones seriadas, siembre en superficie, siembra en profundidad (vistas en la leccin 18), siembra por estras o agotamiento y pinzas pticas de lser. Siembra por estras
Se toma el inculo de un cultivo mixto con un asa y se extiende sobre la superficie del medio de cultivo slido contenido en una caja de petri, luego se hacen estras en forma de zigzag, posteriormente debe esterilizarse el asa con calor, girar la caja e iniciar en la ltima lnea que se sembr para trazar de nuevo la lneas en formar de zigzag, se esteriliza de nuevo el asa y se repite el procedimiento de tal manera que el inculo se va agotando y las colonias que crecern despus del periodo y temperatura de incubacin tendrn una distribucin aislada unas de otras, de tal manera que cada colonia pueda aislarse de nuevo por agotamiento y comprobar por medio de otras tcnicas que el microorganismo est puro (figura 51). Las colonias tienen caractersticas especficas que ayuda a diferenciarlas (color, borde, elevacin, brillo, etc); pero adems de estos detalles es muy importante apoyarse con tinciones y observaciones microscpicas para determinar morfologas o estructuras.
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Figura 51. Mtodo de siembra por estras o agotamiento. (Tomado de Tortora et al. 2007).
Pinzar de lser
En esta tcnica se usa un microscopio ptico invertido, con un lser infrarrojo y un instrumento de micromanipulacin, donde un rayo lser se enfoca sobre una clula (puede ser una bacteria, espora, etc) de forma individual y crea fuerzas de radiacin sobre ella que permite su desplazamiento controlado en cualquier direccin mientras est sometida a la fuerza por el haz del lser. Este experimento se realiza en un tubo capilar donde est contenida la muestra mixta o poblacin, de tal manera que cuando el lser separe la clula o bacteria de inters de la mezcla o cultivo, se corte el capilar y quede completamente aislada del resto. Luego puede transferirse a un cultivo fresco para obtener el cultivo puro o clones (figura 52) (Madigan et al 2003).
Figura 52. Pinzas lser. Tambin conocidas como pinzas pticas lser (tomado de Madigan et al. 2003).
NOTA: Para mayor ilustracin por favor ver este enlace:
http://www.science.oas.org/Simbio/mbio_ind/cap3_mi.pdf 91
Leccin 33. Anlisis molecular de comunidades microbianas Existen varias tcnicas que permiten cuantificar, detectar y conocer los microorganismos presentes en determinado hbitat microbiano, Madigan et al. (2003) expone varias de ellas como se describirn a continuacin: Tincin fluorescente con DAPI Es empleado para teir microorganismos de ambientes opacos, la tincin se realizan con el colorante fluorescente 4,6-diamino-2-fenilindol, el cual se une a los pares de bases adenina: timina (A:T) del ADN (o tambin al ARN) del microorganismo . Las clulas teidas con DAPI muestran una fluorescencia azul brillante que facilita su deteccin y conteo con un microscopio de fluorescencia con luz ultravioleta. Esta es una tincin que es muy especfica porque se une al ADN y no a material inerte pero no discrimina clulas muertas ni microorganismos especficos, de tal manera que permite la cuantificacin total de la poblacin. Se usa para cuantificar microorganismos de muestras clnicas y alimentos (figura 53).
Figura 53. Tinciones fluorescentes de clulas. (A) Tincin con DAPI, los ncleos de las clulas se ve en azul. (B) Tincin de clulas viables, las clulas vivas se observan verdes mientras que las muertas rojas.
Tincin de viables A diferencia de la anterior esta tcnica permite diferenciar y contabilizar clulas vivas y muertas. En este mtodo se usan dos colorantes fluorescentes, verde y rojo, el verde puede penetrar todas las clulas muertas o vivas (viables); mientras que el rojo (yoduro de propidio) slo penetra las clulas cuya membrana est daada, es decir clulas muertas. Por lo tanto las clulas viables al teirse de verde pueden cuantificarse. Esta tcnica puede ser 92
inespecfica con materiales inertes por lo tanto no se recomienda su uso en ambientes naturales si no en cultivos de laboratorio (figura 53). Anticuerpos fluorescentes Esta tincin no se realiza sobre los microorganismos sino en anticuerpos; entre los colorantes tiles para teir anticuerpos est la Rodamina B y el isotiocianato de fluorescencia, los cuales emiten una fluorescencia roja o amarillo verdosa respectivamente. Esta tcnica es muy especfica porque permite la deteccin de anticuerpos unidos a la clula o antgenos de la superficie celular, por la emisin de fluorescencia del colorante que puede ser detectada con un microscopio. Es muy til en estudios de ecologa microbiana porque permite identificar microorganismos en ambientes naturales sin tener que aislarlos o cultivarlos adems de rastrearlos en hbitats complejos. Su desventaja radica en que la preparacin de anticuerpos especficos para microorganismos puede ser larga y laboriosa. Para diagnsticos clnicos es una tcnica muy comn por la mayor disponibilidad comercial (figura 54).
Figura 54. Tincin con anticuerpos fluorescentes y con FISH. A la izquierda identificacin de Yersinia pestis con anticuerpos fluorescentes CDC y a la derecha FISH mltiple para identificar bacterias nitrificantes de aguas residuales. En rojo oxidadotas de amoniaco y en verde oxidadotas de nitritos. (Tomado de Brock et al. 2003)
Protena fluorescente verde Por medio de la tecnologa del DNA recombinante se puede insertar un gen que codifica una protena fluorescente verde (GFP siglas en ingls) en el genoma de una clula, de tal manera que cuando la protena se exprese en la clula pueda observarse la coloracin verde con la ayuda de un microscopio de de luz ultravioleta. Cmo slo las clulas recombinantes pueden emitir el color verde no es adecuada para el estudio de poblaciones naturales (las clulas nativas en ambientes naturales no emiten color) pero si para observar el
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comportamiento in situ de la clula modificada genticamente frente a las cepas nativas. Todas la tcnicas descritas anteriormente requieren el uso de un microscopio para poder observar a los microorganismos, pero no representa una ayuda para estudiar la diversidad gentica en los ambientes naturales porque es muy difcil diferenciar clulas con morfologas o tamao, por lo tanto el uso de tcnicas moleculares permite estudiar la informacin gentica y as dilucidar funciones de genes, interacciones de microorganismos y funciones dentro de un ecosistema. Tinciones genticas Es un mtodo muy til para identificar y cuantificar microorganismos en la naturaleza, se realiza con la ayuda de fragmentos u oligonucletidos de ADN o ARN complementario a una secuencia del gen diana (blanco o de estudio) llamada sonda, donde sta puede teirse con colorantes fluorescentes; esta tcnica se conoce como hibridacin fluorescente in situ (FISH por sus siglas en ingls). Tincin filogentica con FISH
Para esta tcnica se usan colorantes filogenticos, llamados as porque la soda empleada es complementaria a una regin del rRNA 16S (en procariotas) o al rRNA 18S (en eucariotas); se caracteriza porque el colorante penetra la clula directamente hasta llegar al ribosoma donde la sonda hibrida con su secuencia complementaria. Se han diseado sondas filogenticas para especies e incluso dominios de tal manera que se puede estudiar, identificar o rastrear organismos particulares o relacionados. La muestras naturales pueden analizarse con sondas filogenticas mltiples por FISH donde cada sonda tendra un colorante que emita un color diferente, as se puede estudiar un hbitat completo y adems de buscar organismos especficos permite establecer relaciones filogenticas (figura 54). Tincin de cromosomas y transcripcin inversa in situ
La tincin de cromosomas se usa para identificar genes especficos de ambientes naturales, por ejemplo el gen de la nitrogenasa. En este mtodo se pueden usar varios tipos de sonda (oligonucletidos, genes completos, conjunto de genes o incluso genomas completos fragmentados) donde la sonda marcada se unir a la secuencia complementaria del gen o genes de 94
inters y as se conoce que microorganismo presente en la muestra contiene el gen de inters. En la transcripcin inversa in situ (ISRT siglas en ingls) la sonda hibrida con molculas de mRNA, luego se da la transcripcin inversa para originar ADN complementaria (cDNA) que es amplificado por la reaccin en cadena de la polimerasa (PCR siglas en ingls) donde finalmente el ADN amplificado hibrida con una sonda fluorescente. Esta tcnica permite explorar los factores que afectan la expresin gnica y transcripcin de genes especficos. NOTA: Leer la seccin 18.3 y 18.4 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
Leccin 34. Tcnicas moleculares usadas en la Microbiologa y Biotecnologa Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR) La PCR fue desarrollada en 1986 por el cientfico Kary Mullis, es una de las tcnicas ms importantes de la biologa molecular y gracias a ella se han obtenido muchos avances en la biotecnologa (entre ellos secuenciacin y clonacin). Este mtodo amplifica una regin selectiva del ADN, es decir, permite obtener muchas copias de ese fragmento simulando el proceso de replicacin que se da en las clulas naturalmente. La tcnica depende de la capacidad del ADN para desnaturalizarse e hibridar con alineadores o primers que sirven como cebadores para que la enzima Taq polimerasa (una enzima termoestable aislada del microorganismo Termus aquaticus) sintetice una nueva hebra de ADN usando una cadena de ADN como molde. Para realizar la PCR no se necesita conocer la secuencia del ADN a amplificar pero si los bordes que flanquean el ADN de inters, indispensable sto para el diseo de los primers o cebadores (figura 55). La reaccin en cadena de la polimerasa tiene varios componentes que permiten obtener muchas copias de una regin del ADN, todos ellos deben estar presentes en el tubo de reaccin para que tener una amplificacin exitosa. Se realiza en un equipo llamado termociclador. Los componentes son: ADN molde
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Contiene la regin del ADN que se quiere amplificar, se puede usar segmentos de ADN o incluso genomas completos.
Figura 55. Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR). Tomado http://es.wikipedia.org/wiki/Reacci%C3%B3n_en_cadena_de_la_polimerasa.
del
enlace:
Desoxirribonucleosidos-trifosfato (dNTP)
Son los nucletidos que componen el ADN (adenina, timina, guanina y citosina) y los que la enzima DNA polimerasa (taq polimerasa) usar para polimerizar y sintetizar nuevas copias de ADN. Cebadores o iniciadores (primers en ingls)
Son fragmentos u oligonucletidos complementarios a cada cadena del ADN molde, los cuales apuntan entre si en direcciones opuestas. Flanquean la regin a amplificar. Usualmente se usan primers de 17-20 nucletidos (merts). El uso de primers muy pequeos o grandes genera limitantes para la PCR. Iones
Usualmente se usan el in de magnesio divalente (MgCl2) ya que este acta como cofactor de la enzima DNA polimerasa (taq polimerasa) para aumentar su procesividad. Buffer 96
Es una solucin que mantiene el pH adecuado para la actividad de la enzima y amplificacin del ADN. DNA polimerasa
Usualmente se emplea la taq polimerasa, es la enzima que se encarga de unir los dNTPs al ADN molde para sintetizar una nueva cadena de ADN que a su vez servir como molde.
La PCR se desarrolla bsicamente en tres etapas que se repiten aproximadamente 30 veces, llamados ciclos. Estas son: Desnaturalizacin
La molcula de ADN molde se desnaturaliza (separacin de las cadenas) a altas temperaturas (usualmente a 94- 95 C). Ver crculo 1 de la figura 55. Alineacin
La mezcla de reaccin se enfra a 50-60 C para que se de la hibridacin o unin de los cebadores o primers a su secuencia complementaria (alineacin). Crculo 2 de la figura 55. Extensin
De nuevo se aumenta la temperatura (usualmente a 47 C) para que la enzima Taq polimerasa sintetice una nueva cadena de ADN usando los dNTP. Crculo 3 de la figura 55. Luego de la primera extensin o elongacin se vuelve al repetir de nuevo el ciclo de desnaturalizacin de tal manera que la cadenas de DNA nuevas puedan servir como molde para generar nuevo ADN (crculo 4 de la figura 55). Los tres ciclos se repiten aproximadamente 30 veces as que se obtienen millones de fragmentos del ADN que se quera amplificar. Los productos de PCR pueden tener varias finalidades: gel de electroforesis, clonacin o secuenciacin. Todas estas tcnicas son indispensables para el desarrollo de microorganismos recombinantes que tengan caractersticas especiales como degradacin de contaminantes ambientales, transgnicos, resistentes, etc. 97
Electroforesis en gel Permite separar molculas a travs de una matriz porosa (gel de agarosa o poliacrilamida) donde la muestra (cidos nucleicos o protenas) migra por un campo elctrico con base a su carga, forma, masa o tamao. Despus de terminado el corrido las muestras menos pesadas migrarn ms rpido y quedarn en la parte de abajo del gel mientras que las ms grandes en la parte superior. Para conocer el tamao se usan marcadores de peso molecular conocido y programas informticos. Comnmente los fragmentos se pueden observar con tinciones del ADN (bromuro de etidio, con la ayuda de una cmara de luz U.V) o protenas (con colorantes como el azul de Coomassie) (figura 56).
Figura 56. Electroforesis de protenas y gel de corrido. A la izquierda electroforesis en gel de poliacrilamida de protenas (lipasas) y a la derecha corrido electrofortico de producto de PCR. Fuente Carmen Julia Pedroza.
Secuenciacin de ADN Es una tcnica que permite conocer el orden exacto de los nucletidos en una muestra de ADN (ADN genmico, mitocondrial o de cloroplastos, producto de PCR, plsmidos, etc); existen varios mtodos para la secuenciacin, entre ellos el mtodo de terminacin en cadena o el de degradacin qumica. Clonacin La clonacin permite obtener muchas copias de un gen determinado, por ejemplo, se quiere estudiar un producto de PCR ste se puede introducir con la ayuda de enzimas de restriccin a un vector (plsmido o fago) para obtener muchas copias del gen de inters el cual puede tener alguna caracterstica especial (como la produccin de protenas o resistencia). Esta informacin gentica puede llevarse hasta organismos vivos pero son varios los 98
procedimientos que se realizan para lograr transformaciones o expresiones gnicas. NOTA: Leer la seccin 10.14 en el libro: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall. Los fundamentos de tcnicas como Southern aparecen en este enlace: y Northern blot y RFLP
http://seqcore.brcf.med.umich.edu/doc/educ/dnapr/mbglossary/mbgloss.html Leer temas relacionados en los libros de Lodish o Brown (ver la bibliografa del mdulo para mayor detalle).
Leccin 35. Medicin de la actividad microbiana en la naturaleza
En muchos casos se estudia la actividad microbiana in situ para observar la actividad metablica y biodiversidad en el hbitat. Madigan et al. (2003) describen varios mtodos, entre ellos: Radioistopos
Se usan las transformaciones qumicas que sufren los compuestos por la actividad metablica de los microorganismos para evaluar lo que se da en el ambiente, marcando los productos de esas transformaciones con radioistopos, stos son istopos radiactivos. Microelectrodos
Son pequeos electrodos (dispositivos de oro, vidrio y platino) de cristal para medir pH, oxgeno, NO2, CO2, H2, H2S o salinidad. Son muy tiles para cuantificar la actividad de los microorganismos en la naturaleza y se puede usar para estudiar diversos microorganismos en muchos ambientes, zonas intermareales, fuentes termales, suelos, etc. Istopos estables 99
Son istopos que no se destruyen como resultado de la degradacin radiactiva, los ms usados en la ecologa microbiana son los istopos de carbono (12C) y azufre (32S) y los menos abundantes en la naturaleza son el carbono 13 y el azufre 34. Cuando el carbono y el azufre son metabolizados en las actividades celulares las reacciones bioqumicas favorecen al istopo ms liviano es decir al 12 y al 13. De tal manera que cuando el dixido de carbono es usado por un microorganismo fottrofo el carbono celular se enriquece en 12C y se empobrece en 13C, esto se conoce como fraccionamiento isotpico (Madigan et al 2003). NOTA: Leer la seccin 18.6 y 18.7 en: Madigan, M., Martinko, J & Parker, J. (2003). Brock biologa de los microorganismos. (10 Ed). Madrid: Pearson Prentice Hall.
CAPTULO 8. Relaciones microbianas, comunicacin celular y ciclo de nutrientes
Leccin 36. Ecosistemas microbianos Los microorganismos estn presentes en todas partes e interactan constante mente con otros organismos estableciendo incluso relaciones intraespecficas (dentro de la misma especie) o interespecficas (entre diferentes especies), pero no slo la relacin con otros organismos es importante en la ecologa microbiana sino tambin su interaccin con el medio abitico en el que estn contenidos. Dado el tamao microscpico de los microorganismos y su incapacidad para recorrer largas distancias stos han desarrollado la capacidad de establecer su hbitat en muchos ambientes y para facilitar el estudio de ellos los eclogos microbianos han definido como microambiente al lugar del hbitat en el que el microorganismo vive y desarrolla todas sus actividades metablicas; de tal manera que un entorno tan pequeo para nosotros como una matera y tan grande para una bacteria representa millones de microambientes donde pueden desarrollarse microorganismos diferentes gentica y metabolitamente, por ejemplo, los microorganismos aerobios siempre estarn en superficie mientras que los anaerobios en lo ms profundo.
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A continuacin se definirn una serie de trminos importantes en la ecologa microbiana, el orden y algunas definiciones fueron descritas por Llop et al. (2001). Biomasa
Es el conjunto de seres vivos u organismos que viven en un lugar determinado. Biotopo
Es el lugar o sitio donde se encuentra la biomasa, se caracteriza por tener condiciones ambientales uniformes. Biocenosis
Es el conjunto de seres vivos de todas las especies que coexisten en un biotopo. Ecosistema
Es una biocenosis en un biotopo determinado. En el ecosistema hay flujo de materia y energa entre sus componentes. Existen varios tipos de ecosistemas: terrestre, acuticos y areos Biosfera
Es el conjunto de ecosistemas de la tierra. Se puede decir que la biosfera es el ecosistema global del planeta. Hbitat
Es el sitio o ambiente donde vive una especie o poblacin. Debe tener las condiciones adecuadas para que los organismos que la conforman realicen todas sus actividades celulares y reproductivas que permita la supervivencia de la especie. Nicho
Es la funcin que realiza un organismo o poblacin dentro de un ecosistema e incluye a los factores biticos y abiticos con los cuales el organismo se relaciona. No debe confundirse con hbitat. 101
Relaciones entre seres vivos
Neutralismo
Es una relacin en la que dos microorganismos tienen un comportamiento completamente independiente del otro donde ningn organismo afecta al otro; usualmente no hay interaccin directa por separacin fsica o temporal. Se relaciona ms con la baja densidad celular que con la alta densidad celular. Comensalismo
Es una relacin donde un solo microorganismo recibe beneficios de la interaccin, sin que el otro se vea afectado. Por ejemplo, las algas fotosintticas producen el oxgeno que puede ser usado por bacterias u organismos aerobios. Ciertos microorganismos excretan componentes que ayudan al crecimiento de otro. Otros disuelven minerales y liberan nutrientes que pueden ser usados por otros. Amensalismo
Es una relacin opuesta al comensalismo donde una especie es perjudicada mientras que la otra no se afecta. Por ejemplo los antibiticos producidos por hongos matan a las bacterias presentes en el medio. Mutualismo
Implica una relacin entre microorganismos que reciben beneficios mutuos; esta relacin puede ser o no obligada. Ejemplo, los lquenes que estn conformados por hongos y algas donde el alga proporciona nutrientes mientras que el hongo anclaje y proteccin. El sinergismo, simbiosis y protocooperacin hacen parte del mutualismo En el sinergismo la cooperacin de mutuo beneficio no es obligatoria; por ejemplo la degradacin de herbicidas, un microorganismo degrada una parte del herbicida mientras que el otro degrada lo restante. La simbiosis es una relacin estrecha, persistente y obligada. Por ejemplo las micorrizas (figura 57) o los protozoos con las termitas. En la protocooperacin los dos microorganismos o poblaciones se benefician mutuamente pero no son necesarios para la vida de ambos ya que pueden vivir separados. 102
Figura 57. Ejemplo de micorriza. Relacin simbitica entre hongo y planta. Enlaces:http://www.forestales.net/archivos/forestal/pdfs%2024/ecologia_hongos_2.html y http://greis-micorrizas.blogspot.com/
Competencia
Es una relacin en la que ambos organismos se ven perjudicados donde uno suprime al otro, usualmente compiten nutrientes, territorio, etc. Puede ser intra o interespecfica. Parasitismo
Una especie se beneficia mientras perjudica a otra. Se presente entre especies diferentes. Por ejemplo, virus que infectan a bacterias u hongos que enferman a nemtodos. NOTA: Por favor ver el siguiente video: http://www.youtube.com/watch?v=dn5Q4eBQ2vc
Leccin 37. Comunicacin celular En los ltimos aos se han iniciado investigaciones que permitan conocer los diferentes mecanismos que usan los microorganismos para comunicarse, stos para colonizar o infectar su husped, dependen y usan el sistema de qurum sensing (QS) o sensacin de qurum, descubierto inicialmente en la bacteria 103
marina Vibrio fischeri en 1970, quien lo utiliza para regular la expresin de bioluminiscencia (Nealson et al. 1970). El QS bacteriano es una estrategia de comunicacin clular que permite liberar y detectar pequeas molculas de seal que se acumulan a medida que aumenta la densidad poblacional y as, poder responder de forma individual y colectiva a cambios ambientales, adems de coordinar sincronizadamente la expresin de algunos genes; por ejemplo, aparte de de la regulacin de la bioluminiscencia en V. fisheri y V. harvey, se ha descubierto que este tipo de molculas intervienen en la regulacin de otros procesos biolgicos en muchos organismos, entre ellos, el intercambio gentico en la conjugacin de Enterobacter faecalis, expresin de factores de virulencia y formacin de biopelculas en Pseudomonas aeruginosa, produccin de antibiticos por Streptommyces sp. etc (Oh et al. 2001; Hornby et al. 2001; Dong y Zhang, 2005) Pedroza, 2010. Este mecanismo de regulacin celular es el mismo que coordina la formacin de biopelculas o biofilms, sistemas biolgicos o microlonias de clulas bacterianas que excretan polisacridos en la superficie conde se desarrollan y estn adheridas; las biopelculas forman capas de microorganismos que facilitan la obtencin de nutrientes y proteccin. Pseudomonas aeruginosa es una bacteria gramnegativa que tiene la capacidad de secretar pequeas molculas de seal conocidas como acilhomoserina lactonas (AHL) las cuales favorecen el aumento de la densidad poblacional y por lo tanto la formacin del biofilm. Existen muchos tipos de molculas autoinductores adems de las AHL entre ellas: derivados de cidos grasos, oligopptidos, furanonas, tiolactona cclica (AIP), ster metlico del cido palmtico (PAME), furanosylborato (AI-2), methyl dodecenoic acid (DSF), muchas de ellas vinculadas en la regulacin de la virulencia bacteriana (Dong y Zhang, 2005; Dong et al., 2007); estas seales son producidas por microorganismos ambientales no patgenos, fitopatgenos, patgenos humanos y de animales, es decir estn ampliamente extendidas en los microorganismos. La formacin de biopelculas puede darse en el ser humano, por ejemplo, la placa dental o causando enfermedades de importancia como la fibrosis qustica entre otras; en la medicina representan un problema porque los microorganismos son ms difciles de combatir y desarrollan resistencia ante los tratamientos con antibiticos siendo un problema mayor en pacientes inmunocomprometidos (como aquellos que tienen SIDA). Los fitopatgenos usan este mecanismo para activar la expresin de genes de virulencia y causar enfermedades en plantas como es el caso de la pudricin de la papa por Pectobacteium carotovorum, sto representa millones en la economa agrcola. En la industria las biopelculas reducen el flujo de agua, aceite, petrleo u otras sustancias lquidas que se muevan por tuberas donde los microorganismos crecen y adems de contaminar pueden corroer la superficie y deteriorar las 104
tuberas (figura 58). La calidad del agua potable tambin puede verse muy afectada porque a pesar que muchas de las bacterias que se desarrollan en las tuberas no son patgenas algunas como la Vibrion cholera pueden causar graves enfermedades en la poblacin cuando parte de la biopelcula de microorganismo se desprenden de las tuberas y llegan hasta los consumidores. En las aguas residuales tambin se forman biopelculas o floc.
Figura 58. Biopelcula microbiana. A la izquierda flujo de la corriente de agua a travs de la Biopelcula y a la derecha Biopelcula bacteriana sobre una superficie de acero de un sistema de provisin de agua vista desde MEB. Los valos grandes son diatomeas. (Tomado de Tortora et al. 2007).
Para el control de biofilm se han propuesto investigaciones en nuevos antibiticos pero esta sera una solucin costosa y quiz despus de un tiempo los microorganismos desarrollaran resistencia teniendo al final cepas poderosamente patgenas y multiresistentes. Por eso se han comenzado a dilucidar mecanismos para poder contrarrestar las biopelculas interrumpiendo la comunicacin celular, es decir, no matar a los microorganismos sino impedir que lleguen las rdenes que promuevan la formacin de la biopelcula, por ejemplo hidrolizando los autoinduntores de las AHL con enzimas; este mecanismo es conocido como Quorum quenching (Q-Q) o inhibicin de la comunicacin celular (figura 59).
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UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD Escuela de Ciencias Agrcolas, Pecuarias y del Medio Ambiente Microbiologa Ambiental Figura 59. Modelo de interferencia de mecanismo de QS dependiente de AHL, (tomado de Zhang y Dong (2004).
Leccin 38. Ciclo del carbono y oxgeno
Son una serie de transformaciones qumicas de sustancias que contienen carbono, realizada por macroorganismos y microorganismos el cual se puede dar en dos fases: aerobia y anaerobia (figura 60). El carbono est presente como constituyente de material abitico y en organismos vivos, siendo las rocas y sedimentos marinos los mayores reservorios de carbono; otro gran portador del carbono es el humus, una mezcla compleja de materia orgnica que resulta de los organismos vivos, los mayores contenedores de carbono son las plantas terrestres las cuales a su vez juegan un papel clave en el ciclo del carbono y oxgeno, ambos muy relacionados e indispensables para el equilibro ambiental y la vida aerobia sobre la tierra. El dixido de carbono (CO2) es el medio ms rpido de transferencia del carbono de la tierra presente en un 0.03% (Seonez, 2002) pero en los ltimos aos a aumentado como resultado de las actividades antrpicas segn Madigan et al. (2001) a niveles del 12%. El CO2 es el sustrato indispensable para la fotosntesis, en este primer paso del ciclo del carbono los organismos fotoauttrofos (plantas, cianobacterias, algas y bacterias sulfurosas verdes y prpuras) fijan o integran el CO2 en sustancias orgnicas en presencia de luz solar. De la misma manera los microorganismos quimioauttrofos fijan el dixido de carbono en sustancias orgnicas como producto de sus actividades metablicas para la obtencin de energa pero no requieren la luz solar. El material orgnico, polisacridos o carbohidratos formados en la fotosntesis se usan a su vez como sustrato durante el proceso de respiracin para obtener energa y producir nuevamente CO2, esta es una actividad propia de de fototrficos y quimiohetertrofos como animales, protozoos y algunos microorganismos de tal manera que el CO2 se transfiere de diversas maneras de un organismo a otro en la cadena alimentaria. CO2 + H2O (CH2O) + O2 CH2O + O2 CO2 + 2H2O (luz)
(luz u oscuridad)
El carbono tambin retorna a la atmsfera cuando los organismos mueren y bacterias y hongos descomponedores oxidan los compuestos orgnicos retornando el CO2 al ciclo. Durante esta descomposicin se observan dos estados de oxidacin del carbono (CH4 y CO2) donde el metano lo producen 106
las bacterias metanognicas y el dixido de carbono quimioorganotrofos en los procesos metablicos de fermentacin o respiracin aerobia y anaerobia. En ambientes anaerobios el metano puede ser sintetizado por metangenos usando como sustrato el CO2 y a su vez sirve como alimento para microorganismos metanotrofos que lo oxidan nuevamente a CO2; de tal manera que todo el carbono orgnico se convierte nuevamente en dixido de carbono que retorna a la atmsfera para que inicie el ciclo.
Figura 60. Ciclo de oxido reduccin del carbono. Las flecha amarillas indican oxidaciones y las rojas reducciones. Tomado de Madigan et al. 2003.
El ciclo del carbono es un equilibrio entre la fotosntesis y la respiracin y est estrechamente ligado al ciclo del oxgeno, porque este elemento indispensable para el metabolismo aerobio es producido durante la fotosntesis de microorganismos fotoauttrofos. Con la extensin masiva de las actividades humanas y explotaciones mineras todo el equilibrio ecolgico del ciclo del carbono puede verse gravemente afectado con el uso de combustibles, emisiones de CO2 y deforestacin indiscriminada de bosques que trae como consecuencia menos fotoauttrofos que usen el dixido de carbono y produzcan oxgeno de tal manera que en su conjunto todos llevan a la misma consecuencia negativa: el aumento de CO2 en la atmsfera terrestre que provoca el efecto invernadero y el calentamiento global. 107
NOTA: Por favor leer el artculo del siguiente enlace: http://www.scielo.org.bo/pdf/reb/v41n3/v41n3a06.pdf
Leccin 39. Ciclo del nitrgeno El nitrgeno (N) es un elemento indispensable para la vida celular y las actividades metablicas, hace parte de los componentes de protenas, cidos nucleicos y otras sustancias orgnicas. A continuacin veremos las etapas que sufre este elemento en la naturaleza durante su ciclo (figura 61).
Figura 61. Ciclo del nitrgeno (tomado de Tortora et al. 2007).
Fijacin del nitrgeno
Termodinmicamente el nitrgeno gaseoso o molecular (N2) es el ms estable en la naturaleza pero a pesar que constituye un 79 % del aire que respiramos no podemos asimilarlo directamente en esa forma para que haga parte de nuestros componentes celulares sino que slo unos microorganismos especficos tienen la capacidad de tomarlo y transformarlo. 108
La fijacin del nitrgeno es un proceso que requiere gran cantidad de energa mediante el cual algunas especies de bacterias o cianobacterias fijadoras de nitrgeno convierten el nitrgeno gaseoso en amoniaco (NH3), usando una enzima inestable a la presencia de oxgeno conocida como nitrogenasa. N2 + 8H+ + 8e + 16 ATP 2NH3 + H2 + 16ADP + 16 Pi Los microorganismos fijadores de nitrgeno (N2) pueden ser de vida libre o simbitica. Las bacterias de vida libre fijadoras de nitrgeno estn en altas concentraciones en la rizsfera, entre ellas la bacteria aerobia Azotobacter, este gnero que tiene gran demanda de oxgeno disminuye la difusin de este elemento al interior de la clula puesto que la nitrogenasa es anaerobia. Beijerinckia es otra bacteria aerobia de vida libre fijadora de nitrgeno. Las cianobacterias aerobias fotosintticas tambin fijan el nitrgeno con la ayuda de estructuras especializadas llamadas heteroquistes donde se encuentra contenida la enzima nitrogenasa en condiciones anaerobias. El nitrgeno molecular tambin puede ser fijado a amoniaco por bacterias anaerobias de vida libre como Clostridium pasteurianum y bacterias fototrficas rojas y verdes. Las bacterias simbiticas fijadoras de nitrgeno tienen un papel vital en los cultivos donde especies como Rhizobium, Bradyrhizobium y Frankia establecen relaciones con leguminosas otorgndole el nitrgeno para que las plantas puedan asimilarlo e incorporarlo a protenas, cidos nucleicos y dems necesidades celulares.
Amonificacin
Es la actividad hidroltica de microorganismos descomponedores (bacterias y hongos) que permite degradar protenas (a travs de proteasas) en aminocidos para eliminar el grupo amino presente en los monmeros de las protenas y convertirlos en amoniaco (NH3). Protenas de clulas muertas aminocidos Aminocidos NH3 (descomposicin microbiana)
(Amonificacin microbiana)
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El amoniaco es un gas que en suelos secos se evapora y desaparece pero en ambientes hmedos es soluble y forma iones de amonio (NH4+) el cual puede ser usado por otras bacterias y plantas para sintetizar aminocidos. NH3 + H2O NH4+ OH NH4+ + OH Nitrificacin
Es la oxidacin del amonio a nitrato (NO3-) por bacterias nitrificantes del suelo. Se realiza en dos etapas, en la primera fase especies de Nitrosomonas oxidan el nitrato y lo convierten a nitrito (NO2-). NH4+ NO2Luego en la segunda etapa bacterias de Nitrobacter oxidan el nitrito a nitrato, una fuente de nitrgeno mvil y asimilable para la sntesis de protenas. El amonio es un in que requiere menos energa para hacer parte de la constitucin de las protenas pero al tener una carga positiva es atrapado por las partculas de arcilla con carga negativa, mientras que los iones de nitrato estn libres en el suelo y dispuestos para ser asimilados. NO2- NO3 Desnitrificacin
Como vimos en lecciones anteriores ciertos microorganismos (Pseudomonas, Bacillus) usan el nitrato (NO3-) como aceptor final de electrones en su metabolismo o respiracin anaerobia, stos tienen la capacidad de revertir el proceso de nitrificacin, es decir reducen el nitrato a nitrgeno molecular o gaseoso que se libera a la atmosfera. NO3- NO2- N2O N2 A pesar que para la agricultura no representa un beneficio cuando los campos fertilizados con nitratos son inundados por las lluvias, porque el agua crea ambientes anxicos que favorece la desnitrificacin; sino existiera este proceso biolgico todo el nitrgeno gaseoso de la tierra se habra disuelto en los ocanos dejando sin fuente de N a la vida continental. Las desnitrificacin es un proceso biolgico til para el tratamiento de aguas residuales porque la reduccin del nitrato desfavorece en crecimiento de algas cuando el agua se descarga en otras fuentes de agua y la eutrofizacin.
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NOTA: Por favor leer el siguiente artculo: http://www.elementos.buap.mx/num38/pdf/43.pdf
Leccin 40. Ciclo del azufre Es un proceso donde el azufre (S) sufre una serie de conversiones en su estado de oxidacin, permitindole a ciertos microorganismos obtener energa de sustancias inorgnicas, es similar al del nitrgeno porque tambin pasa por varios estados de oxidacin. La forma ms reducida del azufre es sulfuro de hidrgeno (H2S), una fuente de energa para bacterias anaerobias auttrofas que lo convierten en azufre elemental (S0) o en sulfatos (SO4-2), ver la figura 62. El azufre presente mayoritariamente en los mares est en forma de sulfato inorgnico, en sedimentos y rocas (como el yeso, CaSO4 .2H2O) o en minerales de sulfuro (como la pirita FeS2).
Figura 62. Ciclo del azufre. Tomado del enlace: http://microgaia.blogspot.com/2009/11/microcazadores-segunda-parte.html
El ciclo del azufre se presenta en condiciones aerobias y anaerobias. Primero el sulfuro de hidrgeno (H2S) un gas muy voltil es reducido a sulfato por bacterias reductoras de sulfato (Beggiatoa, Thiobacillus). Las bacterias reductoras usan compuestos con azufre o el azufre elemental como aceptor final de electrones en la cadena transportadora durante el proceso de respiracin anaerobia para la obtencin de ATP. Muchas de estas bacterias 111
viven en ambientes anaerbicos como los lodos, donde el H2S produce el color oscuro y el olor a huevo podrido. H2S S0 SO4-2 La conversin del H2S a SO4-2 est mediada por dos tipos de bacterias. Las quimioauttrofas, generan ATP oxidando los compuestos que contienen azufre para obtener como producto final el sulfato pero tambin un intermediario conocido como azufre elemental. Las bacterias fottrofas realizan las mismas reacciones anaerbicamente e incluso pueden oxidar tambin el azufre elemental. Beggiatoa usa el sulfuro de hidrgeno para reducir el dixido de carbono, mientras que Thiobacillus lo usa como fuente de energa para producir sulfato y cido sulfrico. En condiciones anaerobias y preferiblemente en materia orgnica se produce la misma reaccin pero por bacterias fototrficas rojas y verdes. La forma en la que est presente el sulfuro en la naturaleza depende del pH, es decir, en pH = 7.0 predomina H2S, mientras a pH > 7.0 predominan las formas HS- y S2-. Estas reacciones estn implicadas cuando se vierten al mar lodos, basuras y aguas residuales los cuales aumentan la cantidad de materia orgnica de los sedimentos favoreciendo la contaminacin (Madigan et al. 2001). El sulfato (SO4-2) puede ser utilizado por plantas y bacterias para incorporarlo a los aminocidos o protenas que tienen los puentes disulfuro (asimilacin), luego tras la muerte celular microorganismos descomponedores degradan las protenas y permiten que el azufre se libere como H2S (desasimilacin o desulfurilacin) para volver de nuevo al ciclo (figura 63). Estos procesos pueden darse en condiciones aerobias o anaerobias.
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Figura 63. Ciclo de oxido reduccin del azufre. Flechas amarillas reacciones de oxidacin y rojas de reduccin. DMSO: dimetilsulfxido y DMS: dimetilsulfuro. (Tomado de Madigan et al. 2003).
Luego el sulfato tambin puede reducirse por la accin de bacterias (Desulfovibrio o Desulfobacter) en condiciones anoxignicas a sulfuro de hidrgeno. El azufre elemental se reduce u oxida por Desulfuromonas o archaeas en condiciones anaerobias o se usa como fuente de energa inorgnica por bacterias como Beggiatoa. SO4-2 H2S S0 H2S Todas las reacciones del ciclo del azufre son aprovechadas para el tratamiento de aguas residuales, lodos o incluso cultivos donde a suelos muy alcalinos se les aade azufre de tal manera que las bacterias puedan bajar el pH mediante la oxidacin del azufre que genera cido sulfrico (H2SO4). S + 11/2 O + H2O H2SO4 El azufre elemental tambin es un producto con valor comercial usado como materia prima en la industria qumica para la produccin de H2SO4.
NOTA: Por favor ver el siguiente video: http://www.youtube.com/watch?v=9kUNmx4JBkA
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CAPTULO 9. Aplicaciones de la microbiologa ambiental
Leccin 41. Tratamiento de residuos slidos Como resultado de las actividades antrpicas en distintas reas (industria, agricultura, domstica, etc) se generan una serie de excedentes no tiles conocidos como residuos, los cuales segn el estado de agregacin de la materia o estado predominante pueden dividirse en aguas residuales, emisiones a la atmsfera y residuos slidos. Los residuos slidos pueden tener varios estados de agregacin, es decir, pueden contener gases o lquidos contenidos en ellos (Rodrguez y Crdova, 2006). Segn Campos, (2000) los residuos slidos pueden clasificarse en municipales o urbanos, industriales y peligrosos. Residuos slidos municipales
Su composicin vara de acuerdo a la zona, poca del ao, poblacin, etc. Entre este tipo de residuos podemos encontrar: residuos de construccin y demoliciones, residuos especiales (de calles, jardines, etc), desperdicios (papel, cartn, plstico, vidrio, etc) y residuos orgnicos (provenientes de comida como frutas, verduras, cereales, etc), cenizas y residuos (material sobrante de quema de combustibles). Residuos Industriales
Son aquellos que generan las actividades industriales y pueden incluir las clasificaciones descritas arriba. Residuos peligrosos
Son aquellos que por su naturaleza producen dao a seres humanos, animales o plantas. Este tipo de residuos pueden ser corrosivos, reactivos, txicos o incandescentes. Para minimizar el impacto de este los residuos en el ecosistema y en la salud pblica los desechos slidos son tratados con un conjunto de operaciones fsicas, qumicas, biolgicas o trmicas que tienen como finalidad disminuir o eliminar su potencial peligroso, reutilizar desechos o adaptar sus propiedades fsicas, qumicas o biolgicas a los requerimientos de su disposicin final (Campos, 2000). 114
La disposicin de residuos slidos tiene varias alternativas, entre ellas el relleno sanitario, el compostaje y la incineracin. En este mdulo nos enfocaremos en el proceso de compostaje donde los microorganismos tienen un papel protagnico e indispensable.
Compostaje o compost
Los residuos slidos usualmente se disponen en grandes terrenos donde se forman montaas de basura generando condiciones anaerobias que afectan la biodegradacin de compuestos orgnicos, sin embargo en estas condiciones se pueden desarrollar microorganismos metangenos que producen metano (este compuesto puede utilizarse como fuente de energa para industrias y hogares); los metangenos tambin descomponen el lodo de aguas residuales. Pero, aunque produce ciertos beneficios el objetivo primordial es disminuir la cantidad de residuos slidos, en este sentido y para lograr un mejor manejo la cantidad de compuestos orgnicos pueden disminuir si se separan de la sustancias biodegradables para formar composta o composta (figura 64). Mark Coyne (1999), propone varias definiciones para compostaje: Es una aceleracin de los procesos de mineralizacin de la materia orgnica. Desde un punto de vista prctico es un proceso que convierte los residuos orgnicos en formas adecuadas para aplicaciones al suelo. O una ltima definicin relacionada directamente con la microbiologa donde dice que es un proceso microbiano en el cual el residuo orgnico nocivo se convierte en un compuesto estable similar al humus. El compostaje tiene varias ventajas, entre ellas: Reduce el volumen de los residuos. Disminuye la demanda biolgica de oxgeno (DBO). Mejora las caractersticas fsicas y hace ms fcil el manejo. Reduce los patgenos de humanos, animales y plantas adems de eliminar semillas de malas hiervas Reduce el uso de la tierra para rellenos sanitarios y para la aplicacin superficial de residuos.
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Figura 64. Pila de compost. Formada a partir de residuos municipales (tomado de Tortora et al. 2007).
Para realizar el compostaje primero hay que separar la materia orgnica de la inorgnica y se forman pilas de compostaje para facilitar el proceso biolgico de los organismos presentes en ella. El proceso de compostaje se inicia con quimiohetertrofos mesfilos (bacterias y hongos) que oxidan aerbicamente los residuos y como resultado de este metabolismo aumentan la temperatura en pila, permitiendo entonces el desarrollo de microorganismos termofilicos (actinomicetos); eventualmente la temperatura del compost disminuye de tal manera que se reestablecen los mesfilos (hongos y actinomicetos) para que consuman los sustratos disponibles. La temperatura de una pila puede subir de 76-80 C, este incremento permite la muerte de muchos microorganismos patgenos pero usualmente se trabaja con temperaturas de 60 y 65 C, por sto para prevenir el exceso de calor se emplea la aireacin o el riego. Dentro de las bacterias importantes del compostaje estn, Bacillus stearothermophilus, Clostridium thermocellum, Thermomonospora y Thermoactinomyces. Entre los hongos, Geotrichum, Aspergillus y Mucur. Coyne, (1999) menciona que para un proceso de compostaje ptimo es importante que se tengan las siguientes consideraciones: Tipo y composicin de materia orgnica En este aspecto se considera el tamao de la partcula, hidrofobicidad y tipos de enlaces qumicos. La descomposicin en el compostaje es proporcional al rea de superficie e inversamente proporcional al tamao de la partcula, de tal manera que en partculas ms pequeas se incrementa la tasa de 116
descomposicin; el tamao ptimo est entre 0.65-2.54 cm, porque partculas ms pequeas intervienen con la aireacin y ms grandes no son reactivas. Los compuestos insolubles e hidrofbicos son ms resistentes a la descomposicin que los solubles e hidroflicos. Otros elementos como los metales pesados o txicos tambin pueden afectar el compostaje. Disponibilidad de microorganismos El proceso de compostaje puede beneficiarse si el compost se inocula con una mezcla de microorganismos (bacterias, hongos y actinomicetos mesfilos y termfilos) y con esto se garantiza una mezcla o cantidad representativa. Aireacin La descomposicin de compuestos orgnicos se facilita en condiciones aerobias. La proporcin de carbono, nitrgeno y fsforo La proporcin adecuada de C:N para iniciar el material de compostaje es de 30:1 40:1, aunque tambin se usan proporciones bajas 20:1. Proporciones muy altas pueden inmovilizar el nitrgeno mientras que ms bajas causan una prdida del nitrgeno por volatilizacin. La proporcin recomendada de C:P es de 100:1 a 150:1. Temperatura El proceso de compostaje se da en dos rangos de temperatura, un rango mesfilo desde 10 a 45C y un rango termfilo de 55 60C. La temperatura es un aspecto crtico durante el compostaje ya que ella regula el crecimiento y metabolismo de microorganismos benficos y no benficos. El aumento de temperatura es muy til para matar a microorganismos patgenos, con este fin usualmente se pueden trabajar a 70 C por 2 horas. La temperatura ptima para mantener el equilibrio de la microbiota termoflica es de 60 a 65 C. La aireacin y el riego ayudan a mantener la temperatura ptima. pH El pH ideal es de 6.5 -7.2 para el desarrollo y metabolismo de la mayora de los microorganismos benficos para el compostaje.
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NOTA: Por favor leer los siguientes artculos: http://ojs.uo.edu.cu/index.php/cq/article/viewFile/2648/2178 http://www.scielo.cl/pdf/infotec/v18n6/art10.pdf
Leccin 42. Tratamiento de agua potable
El agua es vital para la sostenibilidad en todos los seres vivos y puede constituirse en una fuente de enfermedades para plantas, animales y el hombre; por sto se constituye en un objetivo importante de la salud pblica. En la actualidad para lograr la potabilizacin del agua se han desarrollado varios mtodos o tratamientos microbiolgicos, qumicos y fsicos que eviten al mximo muchas enfermedades. Para determinar la pureza del agua no es prctica la bsqueda de microorganismos patgenos porque si estos estn presentes en pequeas cantidades es posible que no sean detectados en las muestras analizadas. Por este motivo los estudios de microbiologa de aguas estn concentrados en la deteccin de microorganismos indicadores, especialmente de aquellos presentes en grandes cantidades en las heces humanas, de tal manera que puedan sobrevivir del mismo modo que los patgenos y se relacione su deteccin en la muestra con la presencia de patgenos humanos que ponen en riesgo la salud pblica. Los microorganismos indicadores asociados al tracto gastrointestinal son los coliformes. Los coliformes son bacterias gramnegativas, bacilares, no esporuladas, muchas de ellas entricas, aerobias o anaerobias facultativas capaces de fermentar la lactosa con la produccin de gas (CO2) a 35 C. Para evitar la confusin con coliformes no entricas, en las pruebas de potabilizacin del agua se buscan las coliformes fecales. Entre estos microorganismos se destaca uno de los ms estudiados, la bacteria Escherichia coli (bacteria intestinal frecuente) y Klebsiella pneumoniae (patgenos intestinal), entre otras. En general cuando en una muestra se detectan coliformes esto indica que hay contaminacin fecal y por lo tanto no es acta para el consumo humano, de tal manera que el agua requiere un tratamiento para su consumo. Mtodos para la deteccin de coliformes 118
Los mtodos ms usados para detectar la presencia de coliformes fecales en el agua se basa en la capacidad de este tipo de bacterias para fermentar la lactosa. El mtodo de filtracin por membrana (descrito en lecciones anteriores) es un mtodo directo y seguro donde el agua (unos 100 ml de muestra) se hace pasar a travs de un filtro o membrana estril que tienen el tamao de poro indicado para retener bacterias. Luego la membrana se coloca sobre la superficie de un medio de cultivo (eosina-azul de metileno, por las siglas en ingls EMB) que es selectivo para coliformes, terminado el periodo de incubacin se cuentan las colonias y se calculan el nmero de coliformes presentes en el agua. En los sistemas de abastecimiento de agua esta prueba debe ser negativa pero cuando se detectan indica que hubo una falla en el sistema de filtracin, cloracin, o en las tuberas de distribucin (Madigan 2003). En el mtodo del nmero ms probable (NMP, siglas en ingls) se emplean tubos de ensayo con medios de cultivo lquido al que se le aade la muestra de agua. Si despus del tiempo de incubacin del cultivo se observa turbidez indica que hay contaminacin fecal en el agua. Actualmente se han propuesto otros mtodos para detectar la presencia de coliformes o E. coli utilizando medios de cultivo con o-nitrofenil--Dgalactopiranosida (ONPG, siglas en ingls) y 4-metilumbeliferil--D-glucoronida (MUG), estos son mtodos muy tiles porque las bacterias coliformes producen la enzima -galactosidasa capaz de hidrolizar el ONPG y producir un color amarillo que indica la presencia de coliformes en la muestra. La prueba con el MUG se basa en la actividad que tiene la enzima -glucuronidasa de E. coli sobre este sustrato para formar un compuesto fluorescente de color azul cuando se expone a la luz ultravioleta (Tortora et al. 2007). Potabilizacin del agua Por todas las implicaciones que tiene en la salud pblica la calidad del agua, se han desarrollado varias estrategias en los procesos de potabilizacin. El tipo de proceso depende de la fuente de abastecimiento de agua es decir, arroyos montaosos, ros cristalinos, pozos, o ros que reciben residuos municipales o industriales como es el caso del ro Magdalena en Barranquilla. La potabilizacin del agua no busca obtener agua estril sino agua libre de microorganismos patgenos, adems con parmetros fsicos y qumicos establecidos por cada legislacin como aceptables o tolerables.
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Acosta, (2008) propone varias etapas o pasos para el tratamiento de agua, entre ellos estn: Captacin Aunque es preferible elegir una fuente de agua que requiera un mnimo tratamiento, la captacin del agua se escoge de acuerdo a las fuentes disponibles (metericas, superficiales o subterrneas). Sedimentacin Consiste en la precipitacin de partculas slidas o suspendidas por la accin de gravedad despus de un tiempo determinado. La sedimentacin ayuda a reducir la turbiedad, el contenido bacteriano, el color y la produccin de algas (para este fin se usa el sulfato de cobre). Coagulacin y floculacin Consiste en la aglutinacin de partculas no eliminadas en la sedimentacin con la ayuda de sustancias qumicas floculantes (sulfato de potasio, cloruro frrico y sulfato de aluminio o alumbre) que forma agregados conocidos como floc. Durante este proceso se realiza una agitacin lenta por medios mecnicos y adems acidifica el agua. Decantacin Los floc se precipitan en el fondo o base del recipiente decantador eliminando as un gran nmero de virus y bacterias. Alcalinizacin Busca disminuir la acidez (aumentar el pH) lograda en la floculacin, para sto se usa la cal, el carbonato o hidrxido de sodio. Filtracin Consiste en el flujo del agua a travs de lechos constituidos por arena fina o carbn de antracita triturado, de tal manera que muchos microorganismos quedan atrapados en la arena por adsorcin superficial. Este proceso ayuda a disminuir la turbiedad, los microorganismos, quistes u ovoquistes de protozoos. Algunos sistemas tambin usan carbn activado para eliminar sustancias qumicas txicas disueltas. Desinfeccin 120
Consiste en la eliminacin o reduccin de bacterias patgenas. Para este fin existen varios mtodos: entre los fsicos tenemos al calor, la radiacin con luz ultra violeta, ultrafiltrado con membranas; entre los qumicos, la cloracin, el ozono, el permanganato de potasio, el exceso de cal, y la oligodinamia.
NOTA: Por favor leer desde la pgina 55 hasta la 66 en el siguiente enlace: http://books.google.com.sv/books?id=g7YIShBSXsC&printsec=frontcover&dq=saneamiento+ambiental+e+higiene+de+los+alimen tos&hl=es&ei=oFGUTqDsCMy1twfOxZmABw&sa=X&oi=book_result&ct=result&re snum=1&ved=0CCkQ6AEwAA#v=onepage&q&f=false
Leccin 43. Biorremediacin
El desarrollo industrial y las actividades humanas (como las agrcolas, mineras, petroleras, manufactureras, qumicas, etc) han aumentado considerablemente la contaminacin en el planeta poniendo en grave riesgo la vida de muchas especies en los ecosistemas afectados por los contaminantes; con los avances de la biotecnologa microbiana existen nuevos procesos que ayuden a restaurar los ambientes y minimizar en muchos casos los daos causados, uno de ellos es la biorremediacin. En esta leccin nos enfocaremos en las definiciones de los diferentes procesos que hacen parte de este mecanismo de recuperacin ambiental. Biodegradacin En estudios de microbiologa ambiental se propone varias definiciones que profundizan en este proceso: Madsen, (2008), asocia el trmino biodegradacin como un sinnimo del metabolismo microbiano sobre compuestos orgnicos en el que se rompen los enlaces intramoleculares o de carbono en molculas contaminantes orgnicas para simplificarlas y generar compuestos inofensivos al ambiente, este proceso microbiano est gobernado por principios termodinmicos y bioqumicos. Como lo notar Madsen, (2008) no incluye molculas o sustancias inorgnicas como sustrato para los microorganismos, para sto incluye el termino biotransformacin, definindolo como la alteracin de la estructura molecular 121
de una sustancia qumica (puede ser de compuestos orgnicos o inorgnicos) usualmente por la catlisis enzimtica microbiana. Las reacciones incluyen aquellas que aumentan (condensacin) o disminuyen (mineralizacin) el nmero o complejidad de enlaces intramoleculares. Estas reacciones pueden darse de manera intracelular o extracelularmente. Coyne, (1998), considera que la biodegradacin se refiere a el proceso de la biorremediacin en el cual los xenobiticos (compuestos qumicos sintticos que no existen de manera natural, ejemplo, plaguicidas, plsticos, etc) son transformados a sustancias menos txicas, porque el hecho que un compuesto sea biodegradable no significada que los productos de degradacin son menos txicos o indeseables; por sto lo ms deseado es la mineralizacin donde los compuestos txicos u orgnicos contaminantes se descomponen en iones orgnicos y CO2. Como se describi arriba y aunque algunos autores establezcan diferencia en este tipo de terminologa ambos son aceptables por la comunidad cientfica y la seleccin de uno u otro en realidad dependen del rea de estudio del investigador. Biorremediacin La biorremediacin es el proceso de limpieza de ambientes contaminados (Coyne, 1998) o tambin, es el proceso de biodegradacin y biotransformacin controlado o espontneo que busca eliminar o atenuar los contaminantes ambientales a travs de la actividad biolgica en los sitios afectados (Madsen, 2008); de acuerdo al tipo de organismo que realiza la biorremediacin esta puede llamarse: Fitorremediacin
Es la descontaminacin de suelos, agua o aire de sustancias orgnicas o inorgnicas con la actividad biolgica/metablica de plantas (arbreas, arbustivas, herbceas, etc) actuando solas o en simbiosis con algas (ficorremediacin) u hongos (micorremediacin) para almacenar, absorber, reducir movilidad, modificar, degradar o eliminar las sustancias txicas. Entre los elementos contaminantes ms utilizados con este conjunto de tecnologas estn los metales pesados, hidrocarburos, pesticidas y herbicidas (figura 65).
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Figura 65. Sistema de fitorremediacin. Para este sistema se usan 75 hectreas de sauces en Suecia Central: en primer plano planta de tratamiento de aguas residuales, al fondo las albercas para aguas en invierno y campos de sauces regados con efluentes de fangos. Tomado del enlace: http://www.fao.org/docrep/008/a0026s/a0026s11.htm
Remediacin microbiana
Es la limpieza de sitios contaminados utilizando microorganismos que a travs de actividades metablicas degradar, eliminan, acumulan o atenan sustancias orgnicas o inorgnicas. Para este tipo de biorremediacin Gmez, (2004) describe dos enfoques, la bioestimulacin o la bioaumentacin. En la bioestimulacin se emplean microorganismos nativos (es decir, cepas propias del sitio contaminado) a las que se les estimula el crecimiento y actividad metablica con la adicin de nutrientes (como el nitrgeno, fsforo o materia orgnica) o mejora de condiciones ambientales como la circulacin de oxgeno a travs del bioventeo. Este enfoque es muy til porque por un proceso de seleccin natural las cepas nativas ya estn adaptadas a las condiciones ambientales. Pero en algunas situaciones las poblaciones de cepas nativas son escasas o no realizan actividades metablicas que puedan actuar sobre el contaminante, como es el caso de los suelos pobres en nutrientes, desiertos o terrenos muy contaminados; en estas condiciones tambin puede biorremediarse el ambiente contaminado con la bioaumentacin. La bioaumentacin es la inoculacin o adicin de cepas alctonas (forneas) que tengan la capacidad comprobada de degradar el contaminante. Estas pueden ser cepas naturales o modificadas genticamente para tal fin. Este tipo de microorganismos deben tener caractersticas especficas que aseguren la descontaminacin y minimicen 123
el impacto negativo en el ecosistema contaminado, entre ellas tenemos: no puede ser patgeno, estabilidad gentica, crecimiento rpido, alta produccin de enzimas, capacidad de competencia frente a las cepas nativas y no generar sustancias txicas como producto de su metabolismo. En la actualidad es muy comn el uso de bacterias y hongos para degradar compuestos como petrleo y sus derivados, sustancias qumicas (benceno, acetona, teres, alcoholes, etc), xenobiticos (pesticidas, herbicidas, etc); otros compuestos qumicos como el PBC, cromo, pueden ser parcialmente degradados y algunos como el uranio, mercurio o cadmio no pueden ser biodegradados pero si almacenados y concentrados por los microorganismos de tal manera que se puedan aislar fcilmente del ambiente contaminado. Respecto al sitio, la biorremediacin se puede realizar in situ, es decir en el lugar contaminado o ex situ fuera de sitio contaminado. En la biorremediacin in situ, se usan bacterias nativas o forneas que degraden o minimicen el potencial txico del contaminante en el lugar afectado. Cuando se emplean cepas nativas se realiza un tipo de biorremediacin intrinseca o pasiva, porque depende de la capacidad de los microorganismos para responder y metabolizar los contaminantes. Por sto para fomentar y mejorar la capacidad del microorganismo para transformar o biodegradar el contaminante se usan estrategias de ingeniera que ayudan a hacer ms eficiente el proceso de biorremediacin, como el control del flujo de agua, aireacin, modificaciones qumicas y fsicas que influyan en las poblaciones microbianas y en el contaminante. Es importante medir la eficiencia del proceso con el anlisis qumico del agua, aire o suelo contaminado. El lugar contaminado tambin puede ser modificado por excavaciones, manipulaciones hidrolgicas, instalacin de biorreactores o materiales que apresuren la biorremediacin (Madsen, 2008). En la biorremediacin ex situ, el contaminante debe almacenarse y trasladarse del lugar contaminado para ser tratado. Un ejemplo de sto es el sistema de tratamiento de aguas municipales donde se dirigen a travs de una serie de ambientes controlados que estimulan el crecimiento y actividad metablica microbiana sobre los contaminantes en filtros, tanques, digestores o biorreactores, de tal manera que las descargas a los ros, lagos u ocanos tengan los controles fsicos, qumicos y microbiolgicos (Madsen, 2008). NOTA: Por favor leer el siguiente artculo: http://www.scielo.org.mx/pdf/rica/v23n3/v23n3a4.pdf 124
Leccin 44. Biodegradabilidad y efectos ecolgicos La biodegradacin de compuestos contaminantes ha sido posible gracias a la diversidad metablica de plantas y en especial la de microorganismos; pero este proceso de descontaminacin debe hacerse de manera responsable y minimizar en todo lo posible los riesgos. Existen varios aspectos que deben considerarse antes de iniciar un proceso de biorremediacin, Madsen, (2008) propone los siguientes: Caractersticas del contaminante
Estructura molecular, toxicidad, solubilidad, volatilidad y susceptibilidad al ataque microbiano. El sitio contaminado
Geologa, hidrologa, tipo de suelo, clima y presiones econmicas y polticas del propietario o causante de la contaminacin. Microorganismos
Cultivos puros, mezcla de cultivos, cepas nativas o modificadas genticamente, condiciones para su crecimiento y actividad metablica. Suplementos. Seleccin de estrategia
Bioestimulacin, bioaumentacin o ambas. Biorremediacin in situ o ex situ. Procedimientos de ingeniera
Control del flujo de agua, aireacin, sistema de biorreactores, etc. Modificaciones qumicas, fsicas que influyen en la poblacin microbiana y en el contaminante.
Fernndez, (1996) y Gmez, (2004) plantean que tambin se deben considerar varios aspectos que influyen en el proceso de biodegradacin:
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Biodegradabilidad del contaminante
Depende de la estructura molecular, si tiene halogenacin, ramificaciones en sus cadenas moleculares, solubilidad en agua lo cual determina la disponibilidad del contaminante, concentracin y toxicidad. Estos aspectos son importantes porque prcticamente determinan el tiempo del proceso de limpieza en el lugar afectado. Presencia de componente inhibidores
Se deben considerar los inhibidores que puedan afectar el crecimiento de los microorganismos y las actividades enzimticas o metablicas de los mismos. Poblaciones microbianas
Aunque se realice un proceso de bioaumentacin tambin es importante contar con poblaciones microbianas nativas que ayuden el proceso de recuperacin usando los contaminantes como fuentes nutricionales y de energa. Concentracin de nutrientes
Nutrientes inorgnicos entre ellos el nitrgeno y fsforo influyen notablemente en el crecimiento microbiano y esto a su vez favorece una mayor velocidad de biodegradacin y detoxificacin del medio. Para cumplir esta necesidad usualmente se emplean fertilizantes agrcolas. Aceptores finales de electrones
Cantidades suficientes en el medio de aceptores de electrones (oxgeno, nitratos, sulfatos, etc.) garantizan la oxidacin enzimtica del carbono proveniente de los contaminantes. Temperatura
Se debe considerar la temperatura ptima para el crecimiento de los microorganismos presentes en el medio contaminado, de las cepas forneas y la de la actividad enzimtica durante procesos metablicos; de tal manera que la poblacin aumente con rapidez y las enzimas no se desnaturalicen. Temperaturas lejanas a la temperatura ptima afecta el proceso de biorremediacin. pH 126
Al igual que la temperatura afecta el crecimiento de los microorganismos, las enzimas y tambin la solubilidad del fsforo o metales pesados. Usualmente se trabaja en rangos de pH de 6 8. Es importante mencionar que el uso de cepas nativas es una ventaja porque ellas estn adaptadas a las condiciones en las que est presente el contaminante, mientras que las cepas modificadas genticamente deben alcanzar esta adaptacin despus de ser inoculadas en el medio. Concentracin de oxgeno
La biorremediacin se puede dar en condiciones aerobias o anaerobias dependiendo del tipo de microorganismo biorremediador. Pero es importante mencionar que la tasa de biodegradacin en condiciones aerobias es mucho ms eficiente, 50 a 100 veces mayor que la degradacin anaerobia. Recuerde que en lecciones anteriores se estudi que el metabolismo aerbico es ms eficiente y produce ms energa. Humedad
En el caso de los suelos es determinante en la movilidad de los nutrientes. Poca humedad afecta la biodegradacin y demasiada humedad reduce la concentracin de oxgeno y por lo tanto el crecimiento microbiano y las actividades enzimticas sobre del contaminante. Es importante contar con un sistema de drenaje y aireacin. Textura y estructura del suelo
Esta relacionada con el contenido de materia orgnica y las caractersticas fsicas del suelo. Suelos de estructura franca mejoran la degradacin mientras que los arcillosos la dificultan. Para solucionar problemas de humedad, drenaje y propiedades fsicas del suelo se pueden usar materiales como la arena, cscara de arroz o nuez, entre otros.
Respecto a los mtodos qumicos donde se aprovechan las caractersticas fsicas y qumicas de los contaminantes para destruirlos o aislarlos del entorno (procesos costosos y no siempre efectivos), la biorremediacin es una excelente alternativa para recuperar ambientes contaminados. Coyne, (1998) plantea ventajas y desventajas de la biorremediacin. Entre las ventajas estn: los productos finales generalmente no son txicos si ocurre una mineralizacin completa, la actividad biolgica en los sitios contaminados se hace sin muchas perturbaciones, es un proceso expansivo comparado con los mtodos fsicos adems es menos costosa y requiere menos equipos. 127
La biorremediacin tambin tiene desventajas, la mayora de ellas manejables y controladas. En altas concentraciones de contaminantes es necesario estimular el crecimiento de microorganismos biorremediadores, hay limitaciones a los materiales que pueden ser tratados porque algunos son inherentemente recalcitrantes o txicos, el destino de los compuestos xenobiticos depende de las propiedades intrnsecas del contaminante, de las poblaciones microbianas y condiciones ambientales, la biorremediacin puede afectarse es condiciones extremas, est limitada por el tiempo disponible para el tratamiento y por ltimo algunas veces se necesita ms tiempo para biorremediar un sitio contaminado que para tratarlo con mtodo fsicos o qumicos.
NOTA: Por favor leer el siguiente artculo: http://www.revistas.unal.edu.co/index.php/ingeinv/article/viewFile/15211/16006
Leccin 45. Biorremediacin de petrleo y otros contaminantes
Biodegradacin del petrleo El petrleo es un lquido negro viscoso de composicin qumica diversa, mayoritariamente de la familia de los hidrocarburos. Este compuesto de gran utilidad para las actividades humanas, en los ltimos aos se ha convertido en uno de los contaminantes ambientales que impactan gravemente a los ecosistemas; actualmente son frecuentes los vertimientos accidentales en tierra y agua que se extienden rpidamente de manera casi incontrolable como es el caso de los ocanos. Ante esta grave situacin los microorganismos son una herramienta valiosa e indispensable para la descontaminacin de sitios afectados por este combustible (figura 66). La biodegradacin del petrleo, desechos petrolizados y sus derivados ha sido posible gracias a la actividad metablica enzimtica de una diversidad de bacterias, hongos, levaduras, cianobacterias y algas que tienen la capacidad de oxidarlo a CO2. Esta accin de los microorganismos adems de descomponerlo dispersa o desaparece la mancha sobre el sitio contaminado. Es importante mencionar que para este tipo de contaminaciones es comn usar varias estrategias a la vez como la bioestimulacin, bioaumentacin o fitorremediacin. 128
Figura 66. Biorremediacin de petrleo en suelos. Imagen de la izquierda en enero del 2008, imagen central en junio del 2008 e imagen de la derecha en septiembre de 2008. Tomado del siguiente enlace: http://eninteriores.com/2010/05/27/biorremediacion-opcion-contra-derramesde-petroleo/
El petrleo es una fuente orgnica muy rica que puede ser usada como sustrato por muchos microorganismos en condiciones aerobias. Su biodegradacin tiene lugar en la interfase petrleo agua donde ste compuesto est mezclado con el sustrato hmedo que facilita la accin microbiana. Para hacer ms eficiente el proceso de biorremediacin es importante fertilizar la zona afectada con compuestos inorgnicos como el nitrgeno, fsforo y potasio. La eficiencia de la biodegradacin tambin depende de la disponibilidad de oxgeno y de la temperatura. Entre los factores que afectan la biodegradacin del petrleo tenemos: Temperatura
El rango de temperatura puede variar de -2 a 35 C, donde la velocidad de degradacin y volatilidad disminuye a medida que baja la temperatura y se incrementa la viscosidad. Oxgeno
La biodegradacin del petrleo es mayor en condiciones aerobias que anaerbias. En el caso de los vertimientos marinos usualmente no es un limitante pero cuando el petrleo alcanza los sedimentos marinos la biodegradacin disminuye. Cuando la permeabilidad se reduce y se obstruyen los espacios intersticiales de los sedimentos se deben recurrir a 129
tcnicas que ayuden la aireacin como la labranza, rastrillado o arado en forma peridica. Nutrientes
En muchos ambientes contaminados los nutrientes esenciales como el nitrgeno, fsforo, hierro o potasio puede ser deficientes para el proceso degradativo porque sus concentraciones no favorecen el crecimiento y el metabolismo microbiano. En estos casos es usual agregarlos al ambiente, como fertilizantes lquidos y agrcolas, o en forma de liberacin lenta, briquetas, grnulos o con aspersores. Usualmente se usa una proporcin de C:N:P de 120:10:1. Es importante aclarar que la fuente de carbono es el petrleo.
En la naturaleza se pueden encontrar muchos microorganismos degradadores de petrleo y su diversidad y efectividad dependen de la exposicin a este tipo de hidrocarburos adems de la complejidad de los componentes del petrleo, donde los ms complejos demorarn ms en degradarse respecto a los ms simples. Es importante mencionar que hay fracciones de hidrocarburos voltiles que se evaporan rpidamente y no necesitan la participacin de microorganismos, slo los componentes de mayor complejidad son tratados con la remediacin microbiana. La biorremediacin del petrleo como cualquier otro proceso de limpieza tiene sus ventajas y desventajas, entre las ventajas tenemos: Los cambios fsicos que origina sobre el sitio afectado son menores. Si se usa correctamente no produce efectos adversos significativos. Es til para retirar compuestos txicos del petrleo Se usan tecnologa ms simples y menos costosas
Entre las desventajas de la biorremediacin del petrleo estn: Para muchos tipos de vertimientos su efectividad todava es indeterminada. Es un proceso largo. Su implementacin es nica y especfica para cada lugar contaminado. Se requiere informacin sustancial del lugar contaminado y de las caractersticas del vertido.
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NOTA: Por favor leer el siguiente artculo: http://www.unicolmayor.edu.co/invest_nova/NOVA/ARTREVIS1_5.pdf
Biodegradacin de xenobiticos Los xenobiticos son compuestos desarrollados por sntesis qumica por el hombre y no existen en la naturaleza. Como resultado de las actividades industriales, agrcolas y mineras se han desarrollado una gran variedad de estos componentes de difcil degradacin o tratamiento, los cuales son persistentes en los ambientes contaminados (recalcitrantes). Entre ellos estn: insecticidas clorados (DDT, lindano, clordano), insecticidas organofosforados (palatin, malatin), herbicidas, PCB, etc. Entre los procesos ms usados para degradar estos compuestos esta la fotodegradacin por radiaciones solares, los procesos de oxidacin y reduccin qumica y la biorremediacin o biodegradacin microbiana; nos enfocaremos en esta ltima. Aunque no existen en la naturaleza, la estructura de los plaguicidas o xenobiticos puede estar sujeta a la actividad microbiana donde algunas sustancias sirven como fuentes de carbono y energa o como donadores de electrones. La degradacin de estos compuestos puede ser total o incompleta dependiendo de la toxicidad y complejidad del contaminante. Muchos de ellos no llegan hasta los procesos de mineralizacin e incluso se pueden generar sustancias recalcitrantes an ms txicas que las originales. De la misma manera que con otros contaminantes la degradacin depende de factores como temperatura, pH, aireacin, contenido de materia orgnica, biodisponibilidad de oxgeno, solubilidad (muchos son insolubles en agua), entre otros. Muchas bacterias y hongos en la naturaleza tienen la capacidad de degradar xenobiticos, pero con los avances biotecnolgicos la manipulacin gentica de microorganismos se ha convertido en una herramienta clave y muchas veces ms eficiente para biorremediar ambientes contaminados con xenobiticos, petrleo, metales pesados y casi todos los contaminantes. Para el tratamiento de sitios contaminados con metales pesados (plomo, mercurio, selenio, etc) tambin es muy til la fitorremediacin. 131
BIBLIOGRAFA
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134

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UNIVERSIDAD NACIONAL ABIERTA Y A DISTANCIA UNAD Escuela de Ciencias Agrcolas, Pecuarias y del Medio Ambiente Microbiologa Ambiental

358010 - MICROBIOLOGA AMBIENTAL

ASPECTOS DE PROPIEDAD INTELECTUAL Y VERSIONAMIENTO

UNIDAD 1. PRINCIPIOS DE LA MICROBIOLOGA Y METABOLISMO MICROBIANO

UNIDAD 1 PRINCIPIOS DE LA MICROBIOLOGA Y METABOLISMO MICROBIANO

CAPTULO 1. Mundo microbiano

CAPTULO 2. Perspectiva general de la vida microbiana

Figura 1. Estructuras celulares de una procariota (tomado de Tortora et al. 2007).

NOTA: En este enlace encontrar un video sobre bacterias: http://www.youtube.com/watch?v=PPmZ5Q78Xhk

Figura 4. Estructura celular eucariota (tomado de Tortora et al. 2007).

Cuadro 1. Comparacin de virus y bacterias (tomado de Tortora et al. 2007).

Figura 7. Tipos de virus (tomado de Tortora et al. 2007).

NOTA: En este enlace encontrar un video sobre virus : http://www.youtube.com/watch?v=L9kwsj9h2Hg

Figura 8. Morfologa de clulas bacterianas (tomado de www.oocities.org).

Bacterias en forma helicoidal o de espiral, son relativamente rgidos. Espiroquetas

Microscopa electrnica (ME)

NOTA: En este enlace encontrar un video de microscopa: http://www.youtube.com/watch?v=gA3V7N6E6LA&feature=related http://www.youtube.com/watch?v=gA3V7N6E6LA&feature=related http://www.youtube.com/watch?v=9-qps2KU7WM&feature=related

CAPTULO 3. Metabolismo microbiano

Leccin 11. Reacciones metablicas y conservacin de energa

Leccin 12. Gluclisis

Figura 15. Gluclisis

NOTA: Favor ver el siguiente enlace para profundizar en la leccin: https://www.youtube.com/watch?v=xQccszInm6U

Leccin 13. Ciclo del cido ctrico

Figura 17. Cadena transportadora de electrones en (tomado del enlace:http://iescarin.educa.aragon.es/estatica/depart/biogeo/varios/BiologiaCurtis/Seccion%20 2/2%20-%20Capitulo%208.htm).

NOTA: Favor ver este video en el siguiente enlace: https://www.youtube.com/watch?v=OVP54YmShzE

Figura 18. Fotofosforilacin cclica (tomado de Tortora et al. 2007).

NOTA: Leer en el siguiente enlace para mayor informacin: http://web.usal.es/~jmcsil/biblioteca/biofisica/unizar/FOTO.htm

UNIDAD 2. DIVERSIDAD MICROBIANA

UNIDAD 2 DIVERSIDAD MICROBIANA

Figura 21. Fisin binaria. Tomado del enlace: http://elprofedebiolo.blogspot.com/2010/01/lacelula-procariota.html

Elementos traza y vitaminas

Fase de adaptacin, retraso o latencia

Recuento microscpico directo

Leccin 19. Factores fsicos en el crecimiento microbiano Temperatura

CAPITULO 5. Eucariota y procariota

Figura 27. Dominio Archaea. (Tomado del enlace: http://universe-review.ca/F10-multicell.htm).

Algunos grupos fisiolgicos Halfilos extremos

Figura 29. Microfotografa de Thermoplasma acidophilum. http://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Thermoplasma

Hipertermfilos de volcanes terrestres

Figura 30. Solfulobus archaea. Microfotografa http://www.sciencephoto.com/media/13222/enlarge

Algunos filos de importancia

Figura 35. Ciclo de vida de Dictyostelium discoideum. (Tomado de Kessin, 2000).

Hongos mucosos plasmodiales

Figura 37. Conjugacin del protozoo Paramecium. http://www.geocities.ws/batxillerat_biologia/reprosex.htm

Leccin 25. Algas

Algunos filos de algas

Cuadro 5. Comparacin de caractersticas de filos de algas.

Polmeros de glucosa, floridean

Figura 40. Ejemplos de Phaeophyta.

Figura 43. Ejemplos de respiracin anaerobia. (Tomado de Madigan et al. 2003).

Participa al finalizar la metanognesis con el complejo enzimtico de la metilreductasa.

NOTA: Por favor algn artculo de los siguientes: http://www.redalyc.org/BuscadorTextoCompleto.oa?q=metanogenesis

NOTA: Por favor leer el siguiente texto: http://www.ingenieroambiental.com/4014/tratamiento545.pdf

UNIDAD 3. ECOLOGA Y MICROBIOLOGA

UNIDAD 3 ECOLOGA Y MICROBIOLOGA

Figura 50. Columna de Winogradsky. Imgenes tomadas del http://biosonia.blogspot.com/2008/12/webquest-la-columna-de-winogradsky.html

NOTA: En el siguiente enlace encontrar mayor informacin: http://www.unavarra.es/genmic/microgral/Tema%2002.%20Cultivo%20de%20microorganismos.pdf

NOTA: Para mayor ilustracin por favor ver este enlace:

Figura 55. Reaccin en cadena de la polimerasa (PCR). Tomado http://es.wikipedia.org/wiki/Reacci%C3%B3n_en_cadena_de_la_polimerasa.

Leccin 35. Medicin de la actividad microbiana en la naturaleza

CAPTULO 8. Relaciones microbianas, comunicacin celular y ciclo de nutrientes

Es el conjunto de seres vivos u organismos que viven en un lugar determinado. Biotopo

Relaciones entre seres vivos