Cdigo gentico

Serie de codones en un segmento deARN. Cada codn se compone de tres nucletidos que codifican un aminocidoespecfico.

El cdigo gentico es el conjunto de reglas que define la traduccin de una secuencia de nucletidos en el ARNm a una secuencia de aminocidos en una protena en todos los seres vivos. El cdigo define la relacin entre secuencias de tres nucletidos, llamadas codones, y aminocidos. De ese modo, cada codn se corresponde con un aminocido especfico. La secuencia del material gentico se compone de cuatro bases nitrogenadas distintas, que tienen una funcin equivalente a letras en el cdigo gentico: adenina (A), timina (T), guanina (G) y citosina (C) en el ADN y adenina (A), uracilo (U), guanina (G) y citosina (C) en el ARN. Debido a esto, el nmero de codones posibles es 64, de los cuales 61 codifican aminocidos (siendo adems uno de ellos el codn de inicio, AUG) y los tres restantes son sitios de parada (UAA, llamado ocre; UAG, llamado mbar; UGA, llamado palo). La secuencia de codones determina la secuencia de aminocidos en una protena en concreto, que tendr una estructura y una funcin especficas.
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1 Descubrimiento del cdigo gentico 2 Transferencia de informacin

3 Caractersticas

o o o

3.1 Universalidad 3.2 Especificidad y continuidad 3.3 Degeneracin

3.3.1 Agrupamiento de codones por residuos aminoacdicos, volumen molar e hidropata

4 Usos incorrectos del trmino 5 Tabla del cdigo gentico estndar 6 Aminocidos 21 y 22 7 Excepciones a la universalidad 8 El origen del cdigo gentico 9 Referencias 10 Vase tambin 11 Enlaces externos

Descubrimiento del cdigo gentico[editar editar fuente]

El cdigo gentico.

Cuando James Watson, Francis Crick, Maurice Wilkins y Rosalind Franklin crearon el modelo de la estructura del ADN se comenz a estudiar en profundidad el proceso de traduccin en las protenas. En 1955, Severo Ochoa y Marianne Grunberg-Manago aislaron la enzima polinucletido fosforilasa, capaz de sintetizar ARNm sin necesidad de modelo a partir de cualquier tipo de nucletidos que hubiera en el medio. As, a partir de un medio en el cual tan slo hubiera UDP (urdn difosfato) se sintetizaba un ARNm en el cual nicamente se repeta el cido uridlico, es decir, un poli-U.

George Gamow postul que un cdigo de codones de tres bases deba ser el empleado por las clulas para codificar la secuencia de aminocidos, ya que tres es el mnimo nmero entero que permite, con cuatro bases nitrogenadas distintas, al menos 20 combinaciones (64 para ser exactos). Los codones constan de tres nucletidos fue demostrado por primera vez en el experimento de Crick, Brenner y colaboradores. Marshall Nirenberg y Heinrich J. Matthaei en 1961 en los Institutos Nacionales de Salud descubrieron la primera correspondencia codn-aminocido. Empleando un sistema libre de clulas, tradujeron una secuencia ARN de poli-uracilo (UUU...) y descubrieron que el polipptido que haban sintetizado slo contena fenilalanina. De esto se deduce que el codn UUU especifica el aminocido fenilalanina. Continuando con el trabajo anterior, Nirenberg y Philip Leder fueron capaces de determinar la traduccin de 54 codones, utilizando diversas combinaciones de ARNm, pasadas a travs de un filtro que contiene ribosomas. Los ARNt se unan a tripletes especficos. Posteriormente, Har Gobind Khorana complet el cdigo, y poco despus, Robert W. Holley determin la estructura del ARN de transferencia, la molcula adaptadora que facilita la traduccin. Este trabajo se bas en estudios anteriores de Severo Ochoa, quien recibi el premio Nobel en 1959 por su trabajo en la enzimologa de la sntesis de ARN. En 1968, Khorana, Holley y Nirenberg recibieron el Premio Nobel en Fisiologa o Medicina por su trabajo.

Transferencia de informacin[editar editar fuente]

El genoma de un organismo se encuentra en el ADN o, en el caso de algunos virus, en el ARN. La porcin de genoma que codifica varias protenas o un ARN se conoce como gen. Esos genes que codifican protenas estn compuestos por unidades de trinucletidos llamadas codones, cada una de los cuales codifica un aminocido. Cada subunidad nucleotdica est formada por un fosfato, una desoxirribosa y una de las cuatro posibles bases nitrogenadas. Las bases purnicas adenina (A) y guanina (G) son ms grandes y tienen dos anillos aromticos. Las bases pirimidnicas citosina (C) y timina (T) son ms pequeas y slo tienen un anillo aromtico. En la configuracin en doble hlice, dos cadenas de ADN estn unidas entre s por puentes de hidrgeno en una asociacin conocida como emparejamiento de bases. Adems, estos puentes siempre se forman entre una adenina de una cadena y una timina de la otra y entre una citosina de una cadena y una guanina de la otra. Esto quiere decir que el nmero de residuos A y T ser el mismo en una doble hlice y lo mismo pasar con el nmero de residuos de G y C. En el ARN, la timina (T) se sustituye por uracilo (U), y la desoxirribosa por una ribosa. Cada gen que codifica una protena se transcribe en una molcula plantilla, que se conoce como ARN mensajero o ARNm. ste, a su vez, se traduce en el ribosoma, en una cadena polipeptdica (formada por aminocidos). En el proceso de traduccin se necesita un ARN de transferencia, o ARNt, especfico para cada aminocido, con dicho aminocido unido a l de forma covalente, guanosina trifosfato como fuente de energa y ciertos factores de traduccin. Los ARNt tienen

anticodones complementarios a los codones del ARNm y se pueden cargar covalentemente en su extremo 3' terminal con aminocidos. Los ARNt individuales se cargan con aminocidos especficos gracias a las enzimas llamadas aminoacil-ARNt sintetasas, que tienen alta especificidad tanto por un aminocido como por un ARNt. Esta alta especificidad es el motivo fundamental del mantenimiento de la fidelidad en la traduccin de protenas. Para un codn de tres nucletidos (un triplete) son posibles 4 = 64 combinaciones diferentes; los 64 codones estn asignados a aminocido o a seales de parada en la traduccin. Si, por ejemplo, tenemos una secuencia de ARN, UUUAAACCC, y la lectura del fragmento empieza en la primera U (convenio 5' a 3'), habra tres codones que seran UUU, AAA y CCC, cada uno de los cuales especifica un aminocido. Esta secuencia de ARN se traducir en una secuencia de tres aminocidos.

Caractersticas[editar editar fuente]

Universalidad[editar editar fuente]
El cdigo gentico es compartido por todos los organismos conocidos, incluyendo virus y organelos, aunque pueden aparecer pequeas diferencias. As, por ejemplo, el codn UUU codifica el aminocido fenilalanina tanto en bacterias como en arqueas y en eucariontes. Este hecho indica que el cdigo gentico ha tenido un origen nico en todos los seres vivos conocidos. Gracias a la gentica molecular, se han distinguido 22 cdigos genticos,1 que se diferencian del llamado cdigo gentico estndar por el significado de uno o ms codones. La mayor diversidad se presenta en las mitocondrias, orgnulos de las clulas eucariotas que se originaron evolutivamente a partir de miembros del dominio Bacteria a travs de un proceso deendosimbiosis. El genoma nuclear de los eucariotas slo suele diferenciarse del cdigo estndar en los codones de iniciacin y terminacin.

Especificidad y continuidad[editar editar fuente]

Ningn codn codifica ms de un aminocido; de no ser as, conllevara problemas considerables para la sntesis de protenas especficas para cada gen. Tampoco presenta solapamiento: los tripletes se hallan dispuesto de manera lineal y continua, de manera que entre ellos no existan comas ni espacios y sin compartir ninguna base nitrogenada. Su lectura se hace en un solo sentido (5' - 3'), desde el codn de iniciacin hasta el codn de parada. Sin embargo, en un mismo ARNm pueden existir varios codones de inicio, lo que conduce a la sntesis de varios polipptidos diferentes a partir del mismo transcrito.

Degeneracin[editar editar fuente]

El cdigo gentico tiene redundancia pero no ambigedad (ver tablas de codones). Por ejemplo, aunque los codones GAA y GAG especifican ambos el cido glutmico (redundancia), ninguno especifica otro aminocido (no ambigedad). Los codones que codifican un aminocido pueden

diferir en alguna de sus tres posiciones, por ejemplo, el cido glutmico est codificado por GAA y GAG (difieren en la tercera posicin), el aminocido leucina por los codones UUA, UUG, CUU, CUC, CUA y CUG (difieren en la primera o en la tercera posicin), mientras que la serina est codificada por UCA, UCG, UCC, UCU, AGU, AGC (difieren en la primera, segunda o tercera posicin). De una posicin de un codn se dice que es cuatro veces degenerada si con cualquier nucletido en esta posicin se especifica el mismo aminocido. Por ejemplo, la tercera posicin de los codones de la glicina (GGA, GGG, GGC, GGU) es cuatro veces degenerada, porque todas las sustituciones de nucletidos en este lugar son sinnimos; es decir, no varan el aminocido. Slo la tercera posicin de algunos codones puede ser cuatro veces degenerada. Se dice que una posicin de un codn es dos veces degenerada si slo dos de las cuatro posibles sustituciones de nucletidos especifican el mismo aminocido. Por ejemplo, la tercera posicin de los codones del cido glutmico (GAA, GAG) es doble degenerada. En los lugares dos veces degenerados, los nucletidos equivalentes son siempre dos purinas (A/G) o dos pirimidinas (C/U), as que slo sustituciones transversionales (purina a pirimidina o pirimidina a purina) en dobles degenerados son antnimas. Se dice que una posicin de un codn es no degenerada si una mutacin en esta posicin tiene como resultado la sustitucin de un aminocido. Slo hay un sitio triple degenerado en el que cambiando tres de cuatro nucletidos no hay efecto en el aminocido, mientras que cambiando los cuatro posibles nucletidos aparece una sustitucin del aminocido. Esta es la tercera posicin de un codn de isoleucina: AUU, AUC y AUA, todos codifican isoleucina, pero AUG codifica metionina. En biocomputacin, este sitio se trata a menudo como doble degenerado. Hay tres aminocidos codificados por 6 codones diferentes: serina, leucina, arginina. Slo dos aminocidos se especifican por un nico codn; uno de ellos es la metionina, especificado por AUG, que tambin indica el comienzo de la traduccin; el otro es triptfano, especificado por UGG. Que el cdigo gentico sea degenerado es lo que determina la posibilidad de mutaciones silenciosas. La degeneracin aparece porque el cdigo gentico designa 20 aminocidos y la seal parada. Debido a que hay cuatro bases, los codones en triplete se necesitan para producir al menos 21 cdigos diferentes. Por ejemplo, si hubiera dos bases por codn, entonces slo podran codificarse 16 aminocidos (4=16). Y dado que al menos se necesitan 21 cdigos, 4 da 64 codones posibles, indicando que debe haber degeneracin. Esta propiedad del cdigo gentico lo hacen ms tolerante a los fallos en mutaciones puntuales. Por ejemplo, en teora, los codones cuatro veces degenerados pueden tolerar cualquier mutacin puntual en la tercera posicin, aunque el codn de uso sesgado restringe esto en la prctica en muchos organismos; los dos veces degenerados pueden tolerar una de las tres posibles mutaciones puntuales en la tercera posicin. Debido a que las mutaciones de transicin (purina a purina o pirimidina a pirimidina) son ms probables que las de transversin (purina a pirimidina o viceversa), la equivalencia de purinas o de pirimidinas en los lugares dobles degenerados aade una tolerancia a los fallos complementaria.

Agrupamiento de codones por residuos aminoacdicos, volumen molar e hidropata[editar editar fuente]
Una consecuencia prctica de la redundancia es que algunos errores del cdigo gentico slo causen una mutacin silenciosa o un error que no afectar a la protena porque la hidrofilidad o hidrofobidad se mantiene por una sustitucin equivalente de aminocidos; por ejemplo, un codn de NUN (N =cualquier nucletido) tiende a codificar un aminocido hidrfobo. NCN codifica residuos aminoacdicos que son pequeos en cuanto a tamao y moderados en cuanto a hidropata; NAN codifica un tamao promedio de residuos hidroflicos; UNN codifica residuos que no son hidroflicos.2 3 Estas tendencias pueden ser resultado de una relacin de las aminoacil ARNt sintetasas con los codones heredada un ancestro comn de los seres vivos conocidos. Incluso as, las mutaciones puntuales pueden causar la aparicin de protenas disfuncionales. Por ejemplo, un gen de hemoglobina mutado provoca la enfermedad de clulas falciformes. En la hemoglobina mutante un glutamato hidroflico (Glu) se sustituye por una valina hidrofbica (Val), es decir, GAA o GAG se convierte en GUA o GUG. La sustitucin de glutamato por valina reduce la solubilidad de -globina que provoca que la hemoglobina forme polmeros lineales unidos por interacciones hidrofbicas entre los grupos de valina y causando la deformacin falciforme de los eritrocitos. La enfermedad de las clulas falciformes no est causada generalmente por una mutacin de novo. Ms bien se selecciona en regiones de malaria (de forma parecida a la talasemia), ya que los individuos heterocigotos presentan cierta resistencia ante el parsito malrico Plasmodium (ventaja heterocigtica o heterosis). La relacin entre el ARNm y el ARNt a nivel de la tercera base se puede producir por bases modificadas en la primera base del anticodn del ARNt, y los pares de bases formados se llaman pares de bases wobble (tambaleantes). Las bases modificadas incluyen inosina y los pares de bases que no son del tipo Watson-Crick U-G.

Usos incorrectos del trmino[editar editar fuente]

La expresin "cdigo gentico" se utiliza con frecuencia en los medios de comunicacin como sinnimo de genoma, de genotipo, o de ADN. Frases como Se analiz el cdigo gentico de los restos y coincidi con el de la desaparecida, o se crear una base de datos con el cdigo gentico de todos los ciudadanos son cientficamente incorrectas. Es insensato, por ejemplo, aludir al cdigo gentico de una determinada persona, porque el cdigo gentico es el mismo para todos los individuos. Sin embargo, cada organismo tiene un genotipo propio, aunque es posible que lo comparta con otros si se ha originado por algn mecanismo de multiplicacin asexual.

Tabla del cdigo gentico estndar[editar editar fuente]

El cdigo gentico estndar se refleja en las siguientes tablas. La tabla 1 muestra qu aminocido est codificado por cada uno de los 64 codones. La tabla 2 muestra qu codones especifican cada

uno de los 20 aminocidos que intervienen en la traduccin. Estas tablas se llaman tablas de avance y retroceso respectivamente. Por ejemplo, el codn AAU es el aminocido asparagina, y UGU y UGC representan cistena (en la denominacin estndar por 3 letras, Asn y Cys, respectivamente). Ntese que el codn AUG codifica la metionina pero adems sirve de sitio de iniciacin; el primer AUG en un ARNm es la regin que codifica el sitio donde la traduccin de protenas se inicia. La siguiente tabla inversa indica qu codones codifican cada uno de los aminocidos.

Ala (A)

GCU, GCC, GCA, GCG

Lys (K) AAA, AAG

Arg (R) CGU, CGC, CGA, CGG, AGA, AGG Met (M) AUG

Asn (N) AAU, AAC

Phe (F) UUU, UUC

Asp (D) GAU, GAC

Pro (P) CCU, CCC, CCA, CCG

Cys (C) UGU, UGC

Sec (U) UGA

Gln (Q) CAA, CAG

Ser (S) UCU, UCC, UCA, UCG, AGU, AGC

Glu (E)

GAA, GAG

Thr (T) ACU, ACC, ACA, ACG

Gly (G)

GGU, GGC, GGA, GGG

Trp (W) UGG

His (H)

CAU, CAC

Tyr (Y) UAU, UAC

Ile (I)

AUU, AUC, AUA

Val (V) GUU, GUC, GUA, GUG

Leu (L)

UUA, UUG, CUU, CUC, CUA, CUG

Comienzo AUG

Parada UAG, UGA, UAA

Aminocidos 21 y 22[editar editar fuente]

Existen otros dos aminocidos codificados por el cdigo gentico en algunas circunstancias y en algunos organismos. Son la selenocistena y la pirrolisina.

La selenocistena (Sec, U)4 es un aminocido presente en multitud de enzimas (glutatin peroxidasas, tetraiodotironina 5' deiodinasas, tiorredoxina reductasas, formiato deshidrogenasas, glicina reductasas y algunas hidrogenasas). Est codificado por el codn UGA (que normalmente es de parada) cuando estn presentes en la secuencia los elementos SecIS (secuencia de insercin de la selenocistena). El otro aminocido, la pirrolisina (Pyl, O),5 6 es un aminocido presente en algunas enzimas de arqueas metangenas. Est codificado por el codn UAG (que normalmente es de parada) cuando estn presentes en la secuencia los elementos PylIS (secuencia de insercin de la pirrolisina).