Microarranjo

Microarranjo uma tcnica experimental da Biologia Molecular que busca medir os nveis de expresso de transcritos em larga escala, ou seja, medindo muitos em alguns casos, todos transcritos simultaneamente.

Microarranjos de DNA possibilita a avaliao simultnea da expresso de milhares de genes em diferentes tecidos em determinado organismo, em diferentes estgios de desenvolvimento ou condies ambientais. Um DNAchip consiste num arranjo pr-definido de molculas de DNA quimicamente ligadas a uma superfcie slida, usualmente lminas de microscpio revestidas com compostos que conferem carga positiva. Os Microarranjos tambm podem ser preparados em membranas de nylon positivamente carregadas. Esta tecnologia bastante utilizada em experimentos de genoma funcional com diversas espcies animais e vegetais, e tem sido gradativamente incorporado em diversas reas da pesquisa zootcnica, como crescimento e metabolismo, resposta imune a doenas, reproduo e resposta a fatores de estresse no-infecciosos (restrio alimentar, exposio a elementos txicos e outras condies ambientais desfavorveis), bem como melhoramento gentico animal. A principal aplicao desta tecnologia est no estudo de perfis de expresso gnica de todos os genes de determinado genoma. Outra aplicao no mapeamento genmico de genomas relacionados com o genoma de referncia, representado no biochip. No primeiro caso, utiliza-se o mRNA e no

ltimo caso, o DNA genmico. Em estudos de expresso gnica, a maior vantagem que possvel em um nico experimento, mensurar a expresso de milhares de genes simultaneamente. Quando se deseja analisar a expresso de apenas alguns genes, a tcnica de real-time PCR geralmente empregada, que consegue analisar a expresso de at 4 genes simultaneamente. Quando se deseja analisar o perfil da expresso gnica no nvel de genoma, esta tcnica tecnicamente invivel, j que, por exemplo, para um genoma bacteriano de 4 mil genes, seriam necessrios 1000 anlises. Esta tecnologia usa o princpio da complementaridade de bases dos cidos nuclicos. Essencialmente, Microarranjo uma tcnica de hibridizao de cidos nuclicos em grande escala. Tais experimentos, entretanto, so ainda consideravelmente caros. A conduo de ensaios com Microarranjos requer cuidadoso delineamento experimental e anlise esttica dos dados. A alta performance desta tcnica que se pode determinar a expresso diferencial de milhares de genes num nico experimento, onde tem auxiliado pesquisas nas mais diversas reas, como na pesquisa do cncer, onde normalmente se compara a expresso gnica de clulas saudveis e de clulas do tumor, para analisar as diferenas na sua expresso gnica e assim identificar genes que possuem uma funo chave no desenvolvimento do cncer.

Affymetrix
A Affymetrix uma empresa de tecnologia pioneira na anlise gentica, que no final da dcada de 1980 introduziu no mercado pela primeira vez, paralelos testes genticos atravs da comercializao de DNA microarray (microarranjos de DNA). A tecnologia Affymetrix GeneChip , foi inventada em 1980 por uma equipe de cientistas liderados por Stephen PA Fodor, Ph.D. O trabalho, considerado revolucionrio, tinha por teoria uma noo de que as tcnicas de fabricao de semicondutores poderiam ser unidas com os avanos na qumica combinatria para criar enormes quantidades de dados biolgicos em um chip de vidro. Esta teoria se tornou a base da Affymetrix dividindo-a e dando origem a outra empresa, a Affymax, em 1991. A Affymetrix comeou a operar independentemente em 1992, iniciou as vendas comerciais para uso em pesquisa e atualmente vende seus produtos indstria farmacutica, biotecnolgica, indstria de agrotxicos, diagnsticos e companhias de produtos de consumo, bem como acadmicos, governos e outros institutos de pesquisa sem fins lucrativos. Affymetrix tecnologia tem sido usada para a obteno de descobertas, que visam auxiliar as comunidades cientficas e mdicas a investigar

condies, tais como infertilidade, HIV, doena de Parkinson, diabetes, malria, cncer e muitas outras, criando tcnicas que viabilizam a aplicao da tecnologia de semicondutores para a melhora na qualidade de vida.

Agilent Technologies
Agilent uma empresa de medio que trabalha em estreita colaborao com engenheiros, cientistas e pesquisadores ao redor do mundo para satisfazer s comunicaes, a eletrnica, as biocincias e anlises qumicas. Opera duas empresas: eletrnica e bio-medio analtica apoiada pela Agilent Laboratories, o seu grupo de pesquisa central. A conjuntura atual da empresa deriva da, atualmente desmembrada, Hewlett-Packard Company que originou duas empresas separadas. Surgiu em 1999, mas suas razes datam de 1939, quando Bill Hewlett e Dave Packard iniciaram uma empresa que ajudou a moldar o Vale do Silcio e a indstria de tecnologia. Os fundadores so famosos por sua abordagem visionria de gesto (conhecida como HP Way) e pelo seu empenho na criao de produtos que contribuem para os avanos na cincia e tecnologia. Medio Eletrnica A Agilent medio eletrnica fornece padro e instrumentos customizados de medio e sistemas eletrnicos; acompanhamento, gesto e ferramentas de otimizao para redes de comunicaes; ferramentas de design de softwares e servios relacionados que so utilizados na concepo, desenvolvimento, fabricao, instalao, implantao e operao de produtos eletrnicos equipamentos e redes de comunicaes e servios. Os seus mercados para negcios de comunicaes eletrnicas incluem medio e teste de uso geral. Bio-medio Analtica Agilent bio-negcio medio analtica prev a aplicao de solues que incluem instrumentos, softwares, consumveis e servios que permitem aos clientes identificar, quantificar e analisar as propriedades fsicas, biolgicas e qumicas de substncias e produtos. Seus mercados incluem: Companhias Farmacuticas; Empresas de Biotecnologia; Acadmicos; Governos; Laboratrios; Contrato e Organizao de Marketing; Petroqumica; Ambiental e Segurana Alimentar; Microarranjos; Microfludica; Cromatografia lquida e gasosa; Anlise de partculas e Cncer Research. Agilent Laboratories A organizao central de pesquisas cria vantagem competitiva por meio da tecnologia de alto impacto, com um pessoal tcnico de grau avanado que cobre uma gama de medio de campos cientficos e de engenharia, incluindo

biologia, qumica, cincia da computao, cincia dos materiais, microfabricao e microfludica, ptica, fsica, fisiologia e processamentos de sinais.

SELEO DE GENES EM EXPERIMENTOS DE MICROARRANJOS ATRAVS DA INFORMAO MTUA USANDO ENTROPIA DE RENNY
C. T. Araujo*, M. Ribeiro-Alves**, R. T. Peres***, C. E. Pedreira****, F. F. Nobre* * Grupo Engenharia Genmica - PEB/COPPE/UFRJ, Rio de Janeiro, Brasil **CDTS; IOC/FIOCRUZ/MS, Rio de Janeiro, Brasil ***PEE/COPPE/UFRJ, Rio de Janeiro, Brasil
Microarranjos de DNA podem prover importante informao para o diagnstico do cncer atravs do nvel de expresso gnica devido habilidade de medir a quantidade de RNA transcrito para milhares de genes simultaneamente [1]. Os microarranjos tambm podem ser teis na compreenso das variaes moleculares nos processos relacionados s doenas celulares auxiliando no desenvolvimento de ferramentas de diagnsticos e classificao nas pesquisas sobre cncer [2]. A correta identificao dos genes diferencialmente expressos e o desenvolvimento de novas ferramentas de diagnstico trazem grandes benefcios aos pacientes, uma vez que o diagnstico preciso fundamental para o sucesso teraputico. Permite, tambm, elucidar os mecanismos de funcionamento da doena ao nvel molecular, auxiliando no desenvolvimento de novos frmacos de ao especfica, minorando os efeitos colaterais. Este problema pode ento ser visto no contexto de classificao de padres onde as classes, se corretamente identificadas, podem ser uma importante ferramenta no apoio ao diagnstico.

Apenas alguns genes, entre milhares, so relevantes para a discriminao de diferentes classes, dada a grande correlao biolgica entre diversos genes (genes coregulados). Genes co-regulados introduzem rudos anlise dos dados e aumentam a dimenso da matriz de expresso gnica, resultando no aumento da complexidade computacional. Assim, importante que tais genes sejam identificados, mantendo-se apenas os mais informativos. Este processo etapa fundamental no reconhecimento de padres (classificao), sendo denominado como seleo de atributos, ou extrao de atributos. [3]. Em microarranjos esses mtodos so coletivamente conhecidos como mtodos de filtragem de genes [2]. Uma proposta inovadora para a filtragem de genes informativos a utilizao da informao mtua atravs da entropia de Shannon. Esta ferramenta, ainda muito pouco utilizada na rea biolgica [4,5], foi largamente aplicada em engenharia de comunicaes desde a dcada de 60. Uma dificuldade importante desta tcnica est na necessidade de se estimar a funo de densidade de probabilidade. Buscando contornar este problema, Prncipe et al. [6] desenvolveram um mtodo para calcular a informao mtua utilizando a entropia quadrtica de

Renyi, obtendo um estimador de informao mtua baseado diretamente nas observaes. Nesse estudo, propomos a seleo de genes informativos atravs de um algoritmo baseado na informao mtua, o MIFS-U (Mutual Information feature selector under Uniform Information Distribution) [7]. Uma contribuio metodolgica que introduzimos a substituo, neste algoritmo, da entropia de Shannon pela entropia de Renyi. Batizamos o novo algoritmo de MIFSURenyi. O mtodo proposto foi aplicado ao conjunto de dados de leucemia aguda [8] e como classificador, utilizou-se mquina de vetores de suporte (SVM), com mapeamento no-linear obtido pelo emprego de ncleos Gaussianos. Seus parmetros foram estimados por tentativa e erro, uma vez que no existe um mtodo formal para esta seleo.

21 Congresso Brasileiro de Engenharia Biomdica ISBN: 978-85-60064-13-7