DIVERSIDAD FILOGENTICA MICROBIANA

Cuntas especies hay en la tierra?

1,5 millones de especies descritas hasta el momento

Vertebrados >50.000

Aves Mamferos Reptiles Anfibios Agnatos Condrioticos Osteicticos Artrpodos Insectos Arcnidos Crustceos Equinodermos 6.000 Moluscos 60.000 A lid Anlidos 12 000 12.000 Platelmintos 12.000 Nematodos 15.000 Cnidarios 9.500 Poriferos 7.000

9500 4400 7000 5000 100 1000 20000 800 000 950 000 800.000-950.000 80.000 40.000

Plantas 280.000

Angiospermas Gimnospermas Briofitos Pterofitos Protozoos Algas Bacterias Arqueas

Hongos Protoctistas Protistas Procariotas 10 000 10.000

240.000 1.000 20.000 12 000 12.000 60.000-70.000 40.000 40.000

PROBLEMAS PARA CONOCER LA DIVERSIDAD MICROBIANA

SOLO SE HAN PODIDO CULTIVAR HASTA AHORA EL 1-3% DE LOS MICROORGANISMOS

QUE ES UNA ESPECIE EN MICROBIOLOGA?

- La morfologa no sirve, especialmente en el caso de los procariotas -La La definicin clsica de que dos organismos pertenecen a una misma especie si estos pueden cruzarse y sus descendientes no son estriles, tampoco sirve. - Para los microorganismos se utilizan tcnicas de hibridacion DNA-DNA. Usualmente dos cepas son consideradas de la misma especie si su DNA hibrida por encima de un 70%. 70% - Tambin se utiliza la comparacin de secuencias del 16S o 18S rRNA, en este caso su similaridad ha de superar el 97%. - Algunas cepas con menos del 70% de hibridacin DNA-DNA muestran una similaridad del 16S o 18S superior al 97%, luego las estimaciones basadas en la comparacin de secuencias de estas subunidades subestiman el nmero de especies segn el primer criterio. - Ahora se sabe que incluso cepas con idntica secuencia de 16S o 18S no tienen por que ser iguales (Ej: Pseudo-nitzschia delicatissima)

R Rhodoseudomonas hodopseudomons palustris

Escherichia Escherichia coli

QUE ES UNA ESPECIE EN MICROBIOLOGA?

- La morfologa no sirve, especialmente en el caso de los procariotas -La definicin clsica de que dos organismos pertenecen a una misma especie si estos pueden cruzarse y sus descendientes no son estriles, tampoco sirve. - Para los microorganismos se utilizan tcnicas de hibridacion DNA-DNA. Usualmente dos cepas son consideradas de la misma especie si su DNA hibrida por encima de un 70%. 70% - Tambin se utiliza la comparacin de secuencias del 16S o 18S rRNA, en este caso su similaridad ha de superar el 97%. - Algunas cepas con menos del 70% de hibridacin DNA-DNA muestran una similaridad del 16S o 18S superior al 97%, luego las estimaciones basadas en la comparacin de secuencias de estas subunidades subestiman el nmero de especies segn el primer criterio. - Ahora se sabe que incluso cepas con idntica secuencia de 16S o 18S no tienen por que ser iguales (Ej: Pseudo-nitzschia delicatissima)

QUE ES UNA ESPECIE EN MICROBIOLOGA?

- La morfologa no sirve, especialmente en el caso de los procariotas -La La definicin clsica de que dos organismos pertenecen a una misma especie si estos pueden cruzarse y sus descendientes no son estriles, tampoco sirve. - Para los microorganismos se utilizan tcnicas de hibridacin DNA-DNA. Usualmente dos cepas son consideradas de la misma especie si su DNA hibrida por encima de un 70%. 70% - Tambin se utiliza la comparacin de secuencias del 16S o 18S rRNA, en este caso su similaridad ha de superar el 97%. - Algunas cepas con menos del 70% de hibridacin DNA-DNA muestran una similaridad del 16S o 18S superior al 97%, luego las estimaciones basadas en la comparacin de secuencias de estas subunidades subestiman el nmero de especies segn el primer criterio. - Ahora se sabe que incluso cepas con idntica secuencia de 16S o 18S no tienen por que ser iguales (Ej: Pseudo-nitzschia delicatissima)

Pseudo nitzschia delicatissima Pseudo-nitzschia

ITS: Internal Transcribed Spacer

SI LAS ESTIMACIONES MAS ALTAS (109 TAXA MICROBIANOS) SON CIERTAS, QUEDA UNA TAREA ENORME POR ABORDAR.

DONDE NOS ENCONTRAMOS?

Filogenia universal
16S/18S rRNA CARL WOESE, 1977

Eucarya
Fungi Animals Plants

Archaea
Halobacteriaceae

Cyanobacteria

Bacteria

LOS EUCARIOTAS
Segn los anlisis de comparacin de secuencias COMO SURGI LAl CLULA gnicas, i l los genes d de eucariotas i t relacionados i d con el l DNA (el cdigo gentico) se parecen a genes de EUCARIOTICA? arqueas, los genes que tienen que ver con la obtencin de energa y el metabolismo en general, se parecen a los genes de bacterias

Autogenous g model The nucleus evolved in an archaeal-like lineage. Mitochondria derive from a bacterial endosymbiont.

The model of Zillig 1991 Eukaryotes derive from a fusion or unspecified symbiosis between one archaeon and one bacterium

Th model The d l of f Lake & Rivera 1994 Gupta & Golding 1996 One bacterium engulfs a crenarchaeote ('eocyte'), a member of the Archaea

Alphaproteobacterium

The model of Sogin 1991 An RNA-based protoeukaryote engulfs an archaeon

The model of Searcy 1992 Eukaryotes derive from a sulphur-based symbiosis between a bacterium that became the mitochondrion and a Thermoplasma-like archaeon

organics

CH4

Hydrogen hypothesis
Martin & Mller 1998

H2S

S0

H
2

CO2

Eukaryotes emerged from a hydrogen-based symbiosis between a fermentative alphaproteobacterium that became the mitochondrion and a methanogenic archaeon (Euryarchaeota)

Serial Endosymbiosis Model

Margulis 1993

organics

CO2 H
2

Syntrophy hypothesis
Moreira & Lpez-Garca Lpez Garca Eukaryotes 1998 emerged from a

A eukaryotic-like cenancestor A nucleus-bearing eukaryotic-like organism would be ancestral. It acquired mitochondria later in evolution.
Alphaproteobacterium

A Thermoplasma-like archaeon established a symbiosis with spirochetes, acquiring motility. Later on, mitochondrial ancestors Alphaproteobacterium becames endosymbionts

CH4

CO2

hydrogen-based symbiosis between a H2-producing myxobacterium and a methanogenic archaeon. Mitochondria derived from methanotrophic alphaproteobacteria

A viral origin The eukaryotic nucleus would be the result of the infection of a protoeukaryotic lineage by a complex virus

DIFFERENT MODELS FOR THE ORIGIN OF EUKARYOTES

Tomados de: Lpez-Garcia et al. al (2006). (2006) Ancient Fossil Record and Early Evolution (ca. 3.8 to 0.5 GA). Earth, Moon, and Planets. Cap 7. Springer.

Filogenia universal
16S/18S rRNA

Eucarya
Fungi Animals Plants

Archaea
Halobacteriaceae

Cyanobacteria

Bacteria

I. Filogenia de los eucariotas

"Corona" eucaritica
Stramenopiles p Fungi Metazoa Plants Mitocondria Ciliates Dinoflagellates Sporozoa Rhodophyta
Slime molds Entamoeba Amoebae Euglenozoa E l Myxomycetes

Trichomonads

Archaea

Diplomonads Microsporidia

Archezoa

Bacteria

18S rRNA
Sogin, 1991

Protistas amitocondriados ancestrales: falso

Genes mitocondriales en el ncleo de protistas amitocondriados Adelynate kinase Cpn60 C 60 Hsp70 Val-tRNA Synthetase TPI Mitocondrias relcticas en eucariotas amitocondriados
Entamoeba histolytica Trachipleistophora hominis

Tovar et al. Mol. Microbiol (1999) Mai et al. Mol. Cell Biol. (1999)

Williams et al. Nature (1999)

I. Filogenia de los eucariotas

"Corona" eucaritica
Stramenopiles p Fungi Metazoa Plants Ciliates Dinoflagellates Sporozoa Rhodophyta
Slime molds Entamoeba Amoebae

Mitocondria

Euglenozoa E l Myxomycetes

Trichomonads

Archaea

Diplomonads Microsporidia

Archezoa

Bacteria

18S rRNA
Sogin, 1991

La filogenia eucaritica emergente

Diplomonads Excavates Retortamonads C Carpediemonas di Parabasalia Euglenozoa, Heterolobosea Malawimonas Oxymonads Trimastix Jacobids

Chromalveolates

Plantae
Plants + green algae R d algae Red l Glaucocystophytes Foraminifers C Cercozoa Radiolaria Centrohelid Heliozoa Apusomonads p

Amoebozoa

"Typical" amoeba Mycetozoan slime moulds Pelobionts + Entamoeba Animals Choanoflagellates Ichtyosporea Fungi (+ Microsporidia) Nucleariid amoeba

Rhizaria

mitochondria

Opisthokonts
Eukaryotes Prokaryotes

Bacteria

Archaea

Existencia de unos pocos super-grupos monofilticos

La filogenia eucaritica emergente

Diplomonads Excavates Retortamonads C Carpediemonas di Parabasalia Euglenozoa, Heterolobosea Malawimonas Oxymonads Trimastix Jacobids

Chromalveolates

Plantae
Plants + green algae R d algae Red l Glaucocystophytes Foraminifers C Cercozoa Radiolaria Centrohelid Heliozoa Apusomonads p

Amoebozoa

"Typical" amoeba Mycetozoan slime moulds Pelobionts + Entamoeba Animals Choanoflagellates Ichtyosporea Fungi (+ Microsporidia) Nucleariid amoeba

Rhizaria

mitochondria

Opisthokonts
Eukaryotes Prokaryotes

Bacteria

Archaea

Existencia de unos pocos super-grupos monofilticos

LA SIMBIOSIS, UNA RELACIN POSITIVA PARA AMBOS IMPLICADOS, PARECE HABER SIDO UNA FUERZA FUNDAMENTAL PARA LA EVOLUCIN DE LOS EUCARIOTAS

La filogenia eucaritica emergente

Agalinis calibris

Amoebozoa

Diplomonads Excavates Retortamonads C Carpediemonas di Parabasalia Chaos carolinense Monosiga brevicolis Euglenozoa, Cannabis sativa Heterolobosea
Tetrahymena sp. Malawimonas

Chromalveolates

Plantae
Plants + green algae R d algae Red l Glaucocystophytes Foraminifers

"Typical" amoeba Mycetozoan slime moulds Pelobionts + Entamoeba

Oxymonads Trimastix Jacobids

Amoebidium parasiticum

Secondary Physarum psittacicum plastid

Cryptomonas sp.

Animals Choanoflagellates Ichtyosporea Fungi (+ Microsporidia) Nucleariid amoeba

Cyanophora paradoxa

Galdieria sp.

Chloroplast

C Cercozoa Radiolaria

Rhizaria

Centrohelid Heliozoa Actinophrys sp. Apusomonads p Entamoeba hystolitica

mitochondria Diatoms
Allomyces sp. zoospore Apusomonas sp.

Opisthokonts
Eukaryotes Prokaryotes

Bacteria
Emiliania huxleyi

Archaea

Nuclearia simplex

Existencia de unos pocos super-grupos monofilticos

Diplomonads Retortamonads Excavates Carpediemonas Parabasalia Euglenozoa, Heterolobosea Malawimonas Oxymonads Trimastix Jacobids

Chromalveolates

Plantae
Plants + green algae Red algae Glaucocystophytes Foraminifers Cercozoa Radiolaria Centrohelid Heliozoa Apusomonads
mitochondria

Amoebozoa
"Typical" amoeba Mycetozoan slime moulds Pelobionts + Entamoeba Animals Choanoflagellates O i th k t Opisthokonts Ichtyosporea Fungi (+ Microsporidia) Nucleariid amoeba

Rhizaria

Eukaryotes Prokaryotes

QU PASA CON LOS PROCARIOTAS?

Archaea
Stechmann & Cavalier-Smith, Curr Biol (2003)

Bacteria

Hot spring

Subsuperficie del suelo 3.5 3 5 x 1030 clulas bacteriana Oceanos 0.25-2.5 x 1030 clulas bacterianas Estimaciones totales: 4-6 x 1030 clulas bacterianas (en conjunto contienen casi tanto C como el que almacenan las plantas y una gran cantidad de N y P, a pesar de su nfimo tamao)

Hipertermfilos Metangenos Halfilos extremos A idfil Acidfilos

Suelos Tundra psicrofilas Marinas psicrofilas

Oxidadores anaerobios del CH4

Parsitos? Vida libre

Ignicoccus

Nanoarchaeum equitans

Simbiontes