Francisco Manuel Cabello Torres 26051732-T Estructura 3. I-tetraplex.

02/06/2013

3.1. Figura: Molcula completa, con un estilo y orientacin para que se vea la disposicin general del esqueleto y las bases, as como la orientacin paralela o antiparalela de sus 4 hebras. Del mismo color, las dos hebras cuyas bases se apareen entre s. Colorea de azul el nucletido 5 de cada hebra, y de rojo el 3.

Preguntas: a) Qu cdigo pdb has usado? 1YBL b) Qu secuencia/s tiene? 5-AACCCC-3 c) Cmo son las dos hebras de un dplex (las dos hebras que forman pb entre s) una respecto a la otra, paralelas antiparalelas? Son paralelas d) Cmo es una hebra cualquiera de un dplex respecto a las dos del otro dplex, paralelas antiparalelas? Antiparalelas

Francisco Manuel Cabello Torres 26051732-T

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3.2. Figura: Muestra un pb (de cara) de modo que se sepa dnde quedan los ptesH (aunque no se vean los enlaces). Si el fichero lo permite, muestra los tomos de H, y los puentes de H. Aunque los puentes de H (o incluso los tomos de H) no se vean, se pueden deducir si hay un dador y un aceptor muy prximos.

Preguntas: a) Permite el fichero mostrar los tomos de H y los puentes de H? Si, los muestra con una linea roja discontinua. b) Cuntos puentes de H se forman entre las dos bases? Se forman dos, entre grupos amina y grupos ceto. c) Qu tomos de cada base forman puentes de H con qu tomos de la otra? (elemento y n). El O2 de una base con el H4 de la otra base y viceversa. 3.3. Figuras: Muestra un nico pb en la/s orientacin/es adecuada/s para ver la conformacin de los dos enlaces glicosdicos y de las dos pentosas. Haz tantas figuras como creas necesario, pero todas del mismo par de bases.

Preguntas: a) Qu conformaciones tienen los dos enlaces glicosdicos? Si son distintas, indcalas en la figura. Conformacin Anti. b) Qu conformaciones tienen las dos pentosas? Si son distintas, indcalas en la figura. Conformacin C3' Endo. 3.4. Figura: Muestra dos pb adyacentes (de cara), para que se vea la relacin entre las 4 hebras.

Francisco Manuel Cabello Torres 26051732-T Estructuras 2A, 2B, 2C: G-quadruplex.

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2.1. Figura: Molcula completa (o slo sus nucletidos de G) con un estilo y orientacin para que se vea la disposicin general del esqueleto y las bases, as como la orientacin paralela o antiparalela de sus 4 hebras. Colorea de azul el nucletido 5 de cada hebra, y de rojo el 3. 3'

5' Preguntas: a) Qu cdigo pdb has usado, y de qu grupo es? 139D, del grupo T. b) A qu especie biolgica corresponde (si reproduce una secuencia natural)? (Nota: puede ser una molcula sinttica pero que reproduzca una secuencia natural). Corresponde a la secuencia telomrica de Tetrahymena c) Cuntas cadenas (oligonucletidos) forman la estructura? Formada por cuatro cadenas. d) Qu secuencia tiene cada cadena (cada oligonucletido)?
T-T-G-G-G-G-T

e) Cuntos cuartetos G (grupos de 4 nucletidos de G unidos por ptesH) tiene la estructura? Se forman cuatro cuartetos superpuestos. f) Qu tipo de cudruplex es, paralelo o antiparalelo? Es un cuadruplex paralelo, ya que todas las hebras son paralelas.

Francisco Manuel Cabello Torres 26051732-T

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2.2. Figura: Muestra un solo cuarteto G (4 nucletidos de G que quedan en un plano), de perfil (bases perpendiculares al papel). No escojas un cuarteto de los extremos.

2.3. Figura: Ese cuarteto G, de cara, de modo que se vea qu tomos pueden formar puentes H, y la conformacin anti o syn de los enlaces glicosdicos. Si el fichero lo permite, muestra los tomos de H, y los puentes de H. Aunque los puentes de H no se vean, se pueden deducir si hay un dador y un aceptor muy prximos.

Preguntas: a) Permite el fichero mostrar los tomos de H y los puentes de H? Si, mostrados en lineas azules discontinuas. b) Cuntos puentes de H se establecen entre una G y otra G adyacente? Se forman dos puentes de H. c) Qu tomos de cada G forman puentes de H con qu tomos de la G adyacente? (elemento y n). Los H1 y H2 de una guanina con el O6 y el N7 de la adyacente. d) Cmo son los enlaces glicosdicos en el cuarteto G que has escogido (todos anti / todos syn / anti-anti-syn-syn / anti-syn-anti-syn)? Indica en la figura cmo es cada uno (si son distintos). Todos Anti.