MICROBIOLOGIE PRATIQUE

Les agents infectieux sont des micro-organismes qui peuvent tre classs grossirement en cinq catgories : Les bactries Les virus Les champignons Les parasites Et aujourdhui les agents transmissibles dits non conventionnels (ATNC) responsables des encphalopathies subaigus spongiformes.

Ces diffrents organismes sont rencontrs avec une frquence variable; le but de ce chapitre n'est pas de dcrire l'ensemble de ces agents de faon exhaustive et fastidieuse mais plutt d'intgrer des lments de microbiologie dans la pratique quotidienne hospitalire, en insistant sur les problmes poss dans le cadre des infections nosocomiales. En effet, l'identification d'un micro-organisme permet de la classer dans telle ou telle famille, sous-familles et d'avoir rapidement une ide sur l'infection dont il est responsable, et sur les mesures prendre, qu'il s'agisse du traitement mdicamenteux ou d'autres mesures d'radication et de prvention

LES BACTERIES

a CLASSIFICATION Les bactries sont des micro-organismes de 2 10 m environ, se multipliant par division cellulaire, habituellement classes selon leur aspect microscopique, savoir leur forme, leur aspect aprs coloration et leur caractres culturaux. Selon la forme : les 2 grandes familles sont les coques ou cocci (staphylocoque, streptocoques, pneumocoque) de forme arrondie bien visible dans le microscope et les bacilles, plutt allongs, en forme de btonnets. Certaines bactries ont une forme incurve ou spirale, par exemple vibrions ou spirochtes Selon laspect color aprs la technique de coloration dite de Gram : les bactries qui captent bien le colorant, deviennent fonces, elles sont dites Gram positif et les bactries qui n'absorbent pas le colorant, qui restent ples, et qui sont dites Gram ngatif. Ces deux caractres permettent dj une premire classification, en 4 familles : famille Cocci Gram positif Cocci Gram ngatif Bacilles Gram positif principaux reprsentants Staphylocoques, Streptocoques, Pneumocoques, Entrocoques Mningocoques , Gonocoques Listeria (dont L. monocytogenes, agent de la listriose), corynbactries (dont Corynebacterium diphteriae, agent de la diphtrie) Escherichia coli (dit colibacille ), Salmonella sp (dont Salmonella typhi, agent de la typhode), Klebsiella sp*, Enterobacter sp, Serratia sp, Citrobacter sp, Pseudomonas (dont le bacille pyocyanique ou P.aeruginosa), les Acinetobacter,

Bacilles Gram ngatif

* labrviation sp pour species signifie espce et est frquemment retrouve dans les rsultats dexamens bactriologiques et les publications

Si lon tient compte des caractres culturaux des bactries, on peut encore affiner cette classification, par exemple sur limportance de loxygne dans le mtabolisme des germes. Arobie ou anarobie ? Pour les bacilles Gram ngatifs on pourra distinguer par exemple : les bacilles Gram ngatifs arobies stricts type Pseudomonas aeruginosa : il ne peut se multiplier quen prsence doxygne en quantit suffisante. les aro-anarobies facultatifs type E.coli qui peuvent se multiplier avec ou sans oxygne

 les anaobies stricts : population bactrienne dpourvues de systme respiratoire et produisant leur nergie par fermentation (d'o la production de gaz) Cette distinction garde une certaine importance en pratique clinique. En effet, en particulier pour la culture des bactries anarobies strictes, la prsence dair, mme minime dans le prlvement risque de ngativer ce prlvement, cest pourquoi il faut veiller traiter les prlvements avec particulirement de soin lorsquon suspecte une pathologie anarobie. Par exemple pour le prlvement dun pus, lidal sera de procder un prlvement la seringue dont on aura pris soins de vider lair rsiduel, de protger lembout de la seringue, et de lacheminer rapidement au laboratoire o il pourra tre ensemenc dans les meilleures conditions condition bien sr de prciser ce que lon cherche au biologiste. Enfin certaines bactries ont la particularit, notamment en raison de la qualit biochimique de leur surface de ne pas tre colores par la technique du Gram. Cest pourquoi, il faut toujours bien spcifier au laboratoire ce que lon cherche dans un prlvement : on ne trouve que ce quon cherche bien . Exemple : pour la tuberculose, le microbiologiste effectuera une coloration particulire dite de Ziehl-Neelsen ou une coloration lauramine qui permettra de mettre en vidence le bacille de Koch. Pour la culture le prlvement sera ensemenc sur milieu particulier (Loewenstein-Jensen ou mieux sur milieu liquide, permettant une pousse plus rapide) et les cultures seront conserves 6 semaines. D'autres techniques de laboratoire tudiant notamment les proprits mtaboliques des bactries permettent de les identifier avec plus de prcision (galeries API) Au sein dun mme genre bactrien, les donnes du laboratoire de microbiologie permettent galement de dfinir leur profil de sensibilit aux agents antibiotiques cest lantibiogramme . Celui-ci ne peut-tre obtenu que si la culture du prlvement est positive et ncessite en fonction du prlvement concern un dlai de 48 heures en moyenne. Pour certaines bactries, en particulier les mycobactries, dont la culture est lente, le rsultat prendra parfois plusieurs semaines. Certaines techniques complmentaires d'identification peuvent s'avrer utiles : - typage antignique (srotypage pour le bacille pyocyanique par exemple, srogroupage pour les streptocoques) - ou techniques plus complexes (biologie molculaire et autres techniques dont certaines ont tendance tre abandonnes compte tenu des progrs de la biologie molculaire) a QUELQUES DEFINITIONS Les bactries dites saprophytes En retirant des matires organiques en dcomposition les substances qui leur sont ncessaires, elles peuvent survivre sur ou dans lorganisme sans tre pathognes et constituent une flore dite transitoire. Bactrie et homme ont alors un comportement strictement indpendant l'un de l'autre 3

Les bactries dites commensales : Non pathognes, elles sont prsentes l'tat physiologique et son tributaires de l'homme, elles constituent la flore rsidente de la peau et des muqueuses. A l'occasion de conditions favorables (immunodpression, gestes invasifs) elles peuvent devenir des pathognes opportunistes. Les bactries pathognes obligatoires : Elles seront tout coup responsable dune maladie chez lhomme.

Deux attributs sont ncessaires aux bactries pour qu'elles induisent une maladie infectieuse : qu'elles puissent se multiplier sur ou dans les tissus de l'hte qu'elles puissent rsister aux dfenses de l'hte suffisamment longtemps pour que la population bactrienne devienne assez abondante pour engendrer la maladie. Il faut donc tout pris tre capable de distinguer contamination, colonisation et infection. En effet, si souvent (mais pas toujours) linfection bactrienne relve dun traitement antibiotique par voie gnrale, ce nest absolument pas le cas des contaminations et des colonisations qui sont des phnomnes souvent physiologiques (cas de la flore commensale de la peau, des muqueuses, du tube digestif) et de toute faon asymptomatiques et potentiellement spontanment rversibles lorsquelle est due un germe non habituellement commensal. o Contamination : prsence transitoire de micro-organismes sur des surfaces (corps humain ou objets) sans invasion des tissus ou sans raction physiologique. o Colonisation :prsence de micro-organismes dans un organe ou sur un individu, accompagne de croissance et de multiplication, mais sans manifestation clinique ou immunitaire dtecte au moment de l'isolement microbiologique. En pratique, en fonction du site infectieux prlev et des conditions de prlvement, les renseignements recherchs seront compltement diffrents. Par exemple, un couvillonnage de la peau ou du nez, mettra toujours en vidence une flore commensale habituelle et abondante, la grande diversit des bactries cultives ne permettra pas au bactriologiste dtudier toutes les espces et le rsultat de lexamen stipulera : flore commensale banale, tude non poursuivie . Inutile denvisager un traitement. Par contre un tel prlvement peut tre instructif dans la recherche dune espce prcise, dans un but diagnostique ou pidmiologique. Ainsi en va-t-il de la surveillance des bactries multi-rsistantes. Dans de tels cas, il est important de prciser au laboratoire (voir plus bas). En revanche, dans un site normalement strile comme le sang, la prsence dun germe est en rgle pathologique. 4

Mais l encore, lisolement de certaines bactries habituellement commensales de la peau (microcoques, staphylocoques coagulase ngative, certaines corynbactries) peut ne reflter quune souillure lors du prlvement. Cest alors au clinicien en charge du patient, en fonction de ltat de celui-ci, de se prononcer quant au caractre pathogne de ce germe et dinstaurer ou non un traitement. Rappel des flores commensales normales : Flore Flore digestive Flore buccale Flore nasopharynge Flore cutane Principaux rprsentants entrobactries, streptocoques, entrocoques, lactobacilles, anarobies streptocoques, neisseria, anarobies type fusobacterium, veillonella, actinomyces flore buccale + pneumocoques, haemophilus, staphylocoques staphylocoques coagulase ngative, microcoques, sarcine, corynebactries, Propionibacterium lactobacilles, staphylocoques epidermidis, Peptococcus, corynebactries

Flore vaginale

Ceci permet de comprendre lintrt de remplir le plus prcisment possible les demandes dexamen complmentaire.

a CAS DES PRELEVEMENTS DITS PRELEVEMENTS DHYGIENE Les recommandations actuelles stipulent par exemple quil est utile de rechercher lexistence dune colonisation Staphylocoque dor rsistant loxacilline chez des patients risque et dans des services risque, afin de sassurer de prcautions disolement particulires pour ces patients, en renforant au mieux les prcautions standards, limitant ainsi la diffusion dautres patients. Outre les prlvements cliniques justifis par ltat du patient, certains prlvements comme lcouvillonnage nasal et de grandes plaies chroniques si le patient en est porteur, permettent de dpister les patients coloniss. Il est alors logique de ne rechercher dans ces prlvements que le Staphylocoque dor rsistant loxacilline et donc de nensemencer le prlvement que sur un milieu slectif inhibant la culture des autres bactries. Il serait coteux, fastidieux et parfaitement inutile disoler lensemble de la flore nasale du patient. Autre exemple : la recherche de Legionella pneumophila dans les prlvements pulmonaires : l encore, les besoins culturaux de cette bactrie sont trs particuliers, et on ne la trouve que si on la cherche. La recherche de cette bactrie lorsquelle est souhaite doit apparatre clairement sur la demande dexamen.

a LE BON PRELEVEMENT BACTERIOLOGIQUE Cest celui qui permettra le diagnostic tiologique de linfection en cours et donc disoler le ou les micro-organismes en cause. Quelques rgles simples sont rappeler : Au mieux, il sera effectu avant toute administration dantibiotiques (sauf situation telle quun purpura fulminans) ou au dcours d'une "fentre" de l'antibiothrapie (priode de 48 heures sans antibiotique en gnral) Il doit tre clairement identifi Limiter au maximum les risques de contamination du prlvement avec la flore commensale du patient, do lintrt du matriel strile usage unique et dune dsinfection soigneuse de la peau avant hmoculture, des muqueuses avant ECBU Dans cette optique, en dehors de prlvements trs particuliers (comme les prlvements dhygine qui seront ensemencs sur des milieux spciaux dits slectifs), il faut viter de prlever en couvillonnant la peau ou la surface dune cicatrice qui coule car la culture retrouvera alors toute la flore cutane normale et aura peu dintrt. Il sera bien plus utile de prlever laide dune seringue le pus ou les srosits issues de la cicatrice, voire de ponctionner dans la zone suspecte dabcs aprs dsinfection soigneuse de la peau ou encore d'effectuer un prlvement par biopsie ou par chirurgie. En dehors de prlvements qui sont directement ensemencs au moment o ils sont raliss (par exemple les hmocultures), il faudra acheminer le plus rapidement possible les prlvements au laboratoire (< 30 minutes) dans un rcipient hermtiquement clos lui-mme plac dans un sac en plastique clos, certains germes pouvant tre trs fragiles et ncessiter un ensemencement et une mise ltuve dans les plus brefs dlais La demande dexamen doit tre correctement remplie afin dorienter le microbiologiste vers les recherches adaptes. Pour certains prlvements (ECBU, LCR, pus divers) un examen direct immdiat, qui ne sera pas toujours positif, pourra parfois orienter le diagnostic dans lheure qui suit ; pour dautres prlvements il faudra attendre la culture qui prendra en moyenne 48 heures. Rappelons quune antibiothrapie pralable peut ngativer la culture mme si lexamen direct initial tait positif.

LES VIRUS Ce sont des micro-organismes de 0,2 0,3 _m, qui pntrent dans l'organisme travers la peau ou les muqueuses. Aprs s'tre multiplis au niveau de la porte d'entre, ils passent dans le sang (virmie), et gagnent des viscres cibles. La manifestation de la maladie peut tre due l'effet cytopathogne direct (toxicit lie la multiplication du virus dans les cellules) ou la rponse immunitaire de l'organisme contre le virus. Pour se multiplier, ils ont besoin du matriel de la cellule qu'ils parasitent, mais la maladie peut souvent tre inapparente alors que la production virale est identique celle d'une maladie avec manifestations cliniques. Que les manifestations cliniques soient prsentes ou non, le risque de contagion existe, les personnes infectes et symptomatiques peuvent en outre tre contagieuses pendant la priode d'incubation et de convalescence. Si les patients atteints peuvent tre source de transmission, le personnel soignant et les visiteurs le sont de mme potentiellement.

a CARACTERISTIQUES DES VIRUS Nu ou envelopp Type Virus nu Caractristiques trs rsistants dans le milieu extrieur transmisson de faon directe mais galement par l'intermdiaire d'objets souills, d'aliments ou de l'eau. inactivs par les aldhydes, l'acide peractique et les halognes plus fragiles transmission arienne, contact cutano-muqueux certains rsistent de nombreux dsinfectants exemples poliovirus, rotavirus, entrovirus

Virus envelopp -

herpes, poxvirus

ADN ou ARN Type Virus ADN Exemples Herpes virus (herpes simplex 1 et 2, cytomegalovirus, Epstein Barr, varicelle-zona), poxvirus (vaccine, variole), adnovirus, papovavirus grippe, rougeole, oreillons, rage, VRS

Virus ARN

MULTIPLICATION DES VIRUS Aprs s'tre attach aux cellules de l'hte et y tre entr (soit par endocytose, soit par fusion de l'enveloppe la membrane cytoplasmique de la cellule), le gnome viral est libr dans la cellule et la rplication virale peut dbuter grce au matriel de rplication cette cellule hte. Une fois les divers constituants du virus synthtiss, il s'assemblent et les nouveaux virus sont librs de la cellule hte qui peut tre lyse. TRANSMISSION DES VIRUS En milieu hospitalier, on peut classer les maladies virales et les problmes qu'elles posent en fonction du mode de transmission des virus : Transmission arienne : o = rhizobiums, grippe, VRS, adnovirus, rougeole, oreillons, rubole, varicelle o due des virus envelopps, ncessitant un contact arien assez troit, transmis par les gouttelettes ou droplet nuclei mises lors de la respiration, de la parole ou de la toux (voir chapitre air) o justifient un isolement respiratoire : chambre seule ou cohorting, port du masque, vaccination du personnel (grippe, rubole) et des patients fragiliss, interdiction des visites des enfants souvent atteints par ce type de pathologie dans les services accueillant des patients immunodprims. En matire de VRS, le taux de contamination dans les services de pdiatrie en priode pidmique peut atteindre 50% des enfants avec des consquences redoutables en terme de mortalit (nouveaux-ns, maladie pulmonaire sous-jacente ou cardiopathies congnitales) La transmission fcale-orale : o = poliovirus, hpatite A, rotavirus, adnovirus o virus nus trs rsistants dans le milieu extrieur. Toute suspicion devra faire l'objet d'un isolement entrique o en ce qui concerne hpatite A et poliovirus, les vaccinations doivent tre jour La transmission par contact cutano-muqueux : o = herpes, varicelle-zona o les personnes porteuses de lsions extriorises doivent tre dispenses de soins aux immunodprims et aux enfants o les patients atteints doivent tre isols et ne doivent pas tre hospitaliss dans des services accueillant des immunodprims Transmission par le sang et les tissus infects, ou les dispositifs souills par le sang : o Hpatite B, hpatite C, VIH, CMV o elles reprsentent un risque pour les patients transfuss, et/ou greffs, les hmodialyss . Ce sont galement les viroses consquences potentielles des accidents d'exposition au sang pour le personnel soignant. L encore, la vaccination lorsqu'elle existe est prconise. 8

 Enfin certains virus trs particuliers comme ceux des fivres hmorragiques, hautement contagieux, sont transmissibles par plusieurs voies, doivent faire l'objet d'une prise en charge dans des centres spcialiss Deux points importants dcoulent du fait que les virus ont besoin de la cellule hte pour se multiplier : Ils ne sont pas tus mais seulement inactivs par les dsinfectants et les antiseptiques, cette inactivation est rversible Les thrapeutiques antivirales ne peuvent agir que lorsqu'il y a production de virus et ont en gnral un certain degr de toxicit cellulaire pour l'hte. Les mesures prventives de transmission prennent l encore toute leur importance Dans tous les cas le renforcement du lavage des mains (et sans doute le recours aux solutions hydro-alcooliques) est de la plus haute importance pour viter ou limiter l'extension des pidmies. LE BON PRELEVEMENT VIROLOGIQUE Les rgles gnrales concernant les modalits du prlvement sont les mmes qu'en bactriologie. Rappelons que pour la recherche directe de virus, l'idal est d'ensemencer immdiatement le prlvement lors de sa ralisation dans un milieu de transport pour virologie et que pour la recherche d'ARN viral , plasma ou srum doivent tre congels dans les 4 heures. En rgle le dlai d'acheminement est de moins de 4 heures faute de quoi le prlvement doit tre maintenu entre 2 et 6 C, voire congel 20 C pour le LCR. En fonction de l'examen pratiquer, les prlvements sanguins devront se faire sur anticoagulants particuliers et il est fondamental de se renseigner auprs du laboratoire pour raliser le prlvement dans des conditions qui le rendront utilisable

a DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE De nombreuses techniques sont maintenant ralisables : La culture virale avec recherche dun effet cytopathogne caractristique sur culture cellulaire, complte par une identification par technique immunologique La dtection d'antignes viraux o technique en gnral simple mais peu sensible et assez coteuse, rserve aux infections o la production de virus est importante, 9

o elle consiste mettre en vidence grce des anticorps spcifiques (en rgle monoclonaux) des antignes viraux et rvler ensuite la formation des complexes antignes-anticorps par raction enzymatique, fluorescence ou autre o les principales applications en sont : la recherche de rotavirus, adenovirus et astrovirus dans les selles la recherche de virus grippal, VRS, virus parainfluenzae, adnovirus, coronavirus dans les scrtions respiratoires des virus herpes 1 et 2 et varicelle-zona dans les lsions cutanomuqueuses, les antignes HBs et HBe (hpatite B) et delta (hpatite D), p24 du VIH, pp65 du CMV dans le sang, herpes, CMV et rage dans les tissus. Les techniques de biologie molculaire o elles permettent, comme les diffrentes formes de la PCR (polymerase chain reaction) et les techniques d'analyse gnomique comme par exemple le squenage ou la RFLP, par amplification des acides nucliques, de mettre en vidence la prsence du virus et de le numrer quantitativement o elles sont actuellement utilises dans le suivi des infections VIH, hpatites B et C. o leur domaine d'application est potentiellement trs vaste, mais elles posent le problme d'une haute technicit, de leur cot et de l'interprtation des rsultats qui peut s'avrer complexe. L'examen au microscope lectronique en particulier pour la recherche d'herpes virus ou de parvovirus B19 en phase aigu, de rotavirus non A, astrovirus, calicivirus dans les selles notamment en cas d'pidmie de gastro-entrite Les srologies o permettent de mettre en vidence la prsence danticorps dirigs contre le micro-organisme en cause (srologie VIH, hpatite B, hpatite A, hpatite C, srologie rubole, CMV, EBV). o la recherche d'anticorps de type IgM et IgG, permet de distinguer les infections rcentes des infections plus anciennes, o le problme de ce type d'examen est le dlai diagnostique, la recherche en phase d'infection aigu pouvant tre ngative, l'analyse d'un second srum prlev 15 jours d'intervalle est souvent ncessaire. o pour la dtermination du statut immunitaire ou l'valuation d'une immunit rsiduelle d'un patient un moment donn, on pourra se contenter d'un titre unique. Il faut se rappeler que la rapidit des rsultats est un lment important dans le cadre de la prvention de la transmission. Ainsi en fonction de la pathologie suspecte et de l'utilisation que l'on doit faire des rsultats, on privilgiera tel ou tel examen.

10

LES CHAMPIGNONS

Le rle des champignons en pathologie humaine a considrablement volu au cours des dernires dcennies, paralllement la sophistication des techniques mdicales et la prise en charge de patients trs fragiles. En effet, connus pour tre trs rpandus dans la nature comme saprophytes inoffensifs, ils deviennent pathognes lorsque des conditions favorables leur dveloppement apparaissent dans l'organisme hte. Ces champignons dits opportunistes, frquemment responsables de mycoses superficielles plutt bnignes (candidose buccale, vaginale, onyxis) s'avrent redoutables lorsqu'ils sont en cause dans des infections profondes lors d'une pathologie ou d'un traitement immunosuppresseur, en particulier la greffe de moelle ou la transplantation d'organe, ou lors d'antibiothrapies large spectre ou de techniques invasives. Les champignons les plus frquemment rencontrs en pathologie humaine invasive sont Candida sp, Aspergillus sp, Cryptococcus sp et Histoplasma sp. Le milieu de Sabouraud est le milieu de culture habituel des champignons. On distingue les champignons : o levuriformes type Candida, commensal o filamenteux type Aspergillus. Candida albicans et ses frres C.Albicans est spcifiquement infod l'homme (dans le tube digestif) et accessoirement certains animaux, on ne le retrouve pas dans la nature. Les autres espces de Candida sont retrouves dans le tube digestif de l'homme, mais aussi sur la peau saine et galement dans la nature (animaux, crales, produits laitiers) Les candidoses profondes sont favorises par les antibiothrapies large spectre, on les observe plus particulirement chez les patients de ranimation porteurs de cathters en particulier en chirurgie digestive et les transplants d'organe. L'espce la plus frquemment rencontre est Candida albicans, mais l'utilisation de plus en plus large et en prophylaxie d'antifongiques type fluconazole a favoris l'mergence d'autres espce : C.krusei, tropicalis, T.glabrata. L'examen direct et la culture sont des lments importants pour le diagnostic d'infection levure. A l'examen direct, l'existence de levures bourgeonnantes en grand nombre, la prsence et l'abondance des filaments mycliens ont gnralement une signification pathologique, et ceci est toujours le cas lorsqu'on les observe dans un abcs non fistulis, un liquide pleural ou rachidien. 11

Dans le sang, on peut exiger la positivit de 2 hmocultures. Rappelons que la recherche d'un foyer cutan ou ophtalmologique au fond d'il ont une importance capitale en cas de suspicion de candidose systmique. Les Candida sont des levures qui peuvent filamenter, l'absence de filamentation rapide (4 heures) doit faire suspecter une autre espce que Candida albicans. Les Aspergillus Ils sont reprsents par plus de 300 espces et sont ubiquitaires. En particulier, les poussires les vhiculent largement, ils sont transports par les mouvements d'air. Tous les travaux sont sources d'mission de spores aspergillaires et ncessitent des mesures particulires en fonction de leur nature et de la population des patients hospitaliss. Les espces prdominantes sont A.fumigatus, A.flavus et A.niger. Leur spores sont prsentes dans l'air et l'inhalation en est quasi constante. Lorsque le terrain s'y prte (pathologie respiratoire sous-jacente, immunodpression), ils peuvent devenir responsables de pathologie respiratoire, voire d'aspergillose invasive redoutable chez les patients d'hmatologie avec des localisations secondaires notamment crbrales et une mortalit leve en particulier en l'absence de diagnostic prcoce. L'isolement au niveau d'une cavit naturelle ne suffit pas au diagnostic. Aspergillus se prsente sous forme de filaments septs et leur extrmit porte des spores arrondies. Ils peuvent tre mis en vidence l'examen histopathologique. Le srodiagnostic aspergillaire peut permettre de diagnostiquer certains types d'infection aspergillaire mais il est souvent ngatif ou trop tardivement positif chez les immunodprims. La recherche d'une antignmie aspergillaire est actuellement l'examen utilis en pratique chez les greffs de moelle pour permettre un diagnostic prcoce de l'infection.

12

LES PARASITES

Ce sont des organismes qui vivent aux dpens dun autre organisme (appel hte) en lui portant prjudice mais sans le dtruire. Ils prlvent ce dont ils ont besoin chez lhte pour leur croissance et leur mtabolisme. Les grandes endmies parasitaires reprsentent la premire cause de mortalit et de morbidit dans le monde (paludisme par exemple) On peut distinguer grossirement deux catgories de parasites : Les ectoparasites ou parasites des tguments de lhte, o reprsents essentiellement par gale, puces, punaises, poux, tiques . Certains sont connus pour vhiculer d'autres maladies infectieuses (tique et maladie de lyme, poux et typhus exanthmatique) o le diagnostic en est habituellement clinique et la contagiosit extrme justifie des mesures disolement des patients atteints et le renforcement des pratiques de lavage de mains jusqu traitement complet. o seuls quelques cas douteux, pour la gale, peuvent justifier la recherche de sarcoptes dans un prlvement cutan. o la transmission se fait le plus souvent par contact direct, mais peut aussi se faire par contact avec des supports (en particulier textiles) ayant t en contact avec un sujet atteint. o la dure de vie en dehors de lhte des ectoparasites les plus frquemment rencontrs est de 2 jours pour les sarcoptes de la gale, 3 jours pour les poux et jusqu' plus de un an pour les puces. Les endoparasites, qui trouvent leur habitat lintrieur de lhte et quon peut classer en fonction de leur voie de pntration : o Soit entrale au cours de la boisson ou de lalimentation (taenia, ascaris, amibes, toxoplasme, o Soit transcutane, souvent par lintermdiaire dun vecteur (vgtal, moustique) qui transporte le parasite dun sujet malade ou dun rservoir un sujet sain qui devient hte. Les protozoaires (parasites unicellulaires) ont pour caractristique davoir dans leur cycle biologique une phase de dissmination dans lenvironnement. Responsables par exemple de la diarrhe des voyageurs ou dinfestation chez le sujet immunocomptent, ils peuvent tre responsables dinfections opportunistes svres chez les immunodprims. On peut citer parmi les infections protozoaires : LES INFECTIONS A PLASMODIUM, o transmis par les piqres de moustique (l'anophle) dont le plus redoutable est P.falciparum responsable de complications potentiellement ltales en particulier les formes neuro-mninges.

13

o le diagnostic doit toujours tre voqu cliniquement devant une fivre au retour d'un pays d'endmie et est confirm par l'examen du frottis sanguin mettant en vidence le parasite. o c'est une urgence thrapeutique. o noter les cas nosocomiaux exceptionnels de paludisme posttransfusionnel. Les atteintes digestives les plus frquentes sont reprsentes par lamibiase (Entamoeba histolytica et E.dispar), LA GIARDIASE, LES CRYPTOSPORIDIOSES, LES CYCLOSPOROSES, LES MICROSPORIDIOSES. o Elles peuvent tre sources dpidmies y compris hospitalire (cryptosporidiose notamment chez les enfants). Le diagnostic est fait habituellement par examen parasitologique des selles. LA TOXOPLASMOSE, infection contracte par lingestion de viande peu cuite ou daliments souills, de diagnostic srologique, Les infections dues aux amibes libres dans leau, le sol et dans tous les lieux o se trouvent des bactries et des dchets organiques, elles peuvent tre responsables de mningo-encphalites et de kratites (ACANTHAMOEBA) chez les porteurs de lentilles cornennes. Enfin la PNEUMOCYSTOSE (PCP) due Pneumocystis carinii, pneumopathie interstitielle des immunodprims en particulier VIH avant l're de la prvention primaire de la PCP puis celle de la trithrapie et des greffs de moelle et d'organe. Le parasite prsent dans l'air est inhal. Chez le sujet sain, il ne cause aucune maladie apparente, mais chez l'immunodprim, il va entraner une pneumopathie interstitelle dont le diagnostic sera fait par l'examen de l'expectoration induite ou du lavage broncho-alvolaire pratiqu au cours d'une fibroscopie bronchique, grce des colorations spcifiques (Giemsa, argentique). D'authentiques cas de pneumocystoses nosocomiales ont t dcrites chez les immunodprims. Au sein des HELMINTHES citons sans chercher tre exhaustif : les nmatodes intestinaux : ascaris, anguillulose, ankylostome, diagnostiqus par l'examen parasitologique des selles (contagiosit possible par les ufs dans les selles) les nmatodes tissulaires : filariose, dracunculose, trichinose (les filaires peuvent tre recherches dans le sang pour certaines la recherche doit tre faite la nuit compte tenu de leur cycle biologique) les trmatodes : shistosomes ou bilharzies (responsables d'atteintes digestives ou urinaires, on retrouve les ufs dans les selles ou les urines), la douve due Fasciola hepatica prsente notamment dans le cresson les cestodes : taenia : T.saginata responsable de symptmes digestifs aspcifiques et T.solium, responsable de la cysticercose dont les kystes peuvent se dvelopper dans la plupart des tissus de l'organisme, Echinococcus granulosus responsable de l'hydatidose en particulier dans les,pays du magreb et E.multilocularis, dissmin par les renards, toujours d'actualit en particulier dans l'est de la France et responsable de la redoutable Echinococcose alvolaire. 14

De nombreuses parasitoses sont diagnostiques lors du bilan tiologique d'une hyperosinophilie mais cette anomalie de la formule sanguine n'est absolument pas constante au cours de parasitoses.

15

LES AGENTS TRANSMISSIBLES NON CONVENTIONNELS OU PRIONS

(voir chapitre Agents Transmissibles Non Conventionnels ) particules infectieuses qui ne sont ni bactriennes, ni virales, dpourvues d'acide nuclique susceptible de s'accumuler dans les cellules de l'hte (systme nerveux central, organes lymphodes). la cause des infections serait donc une particule protique infectante. Il s'agit d'une protine pathogne isoforme d'une protine physiologique, qui rsiste la protinase K. Cette protine pathologique s'accumulant dans les cellules nerveuses va tre responsable d'une spongiose et d'une mort neuronale. Les maladies prions sont connus depuis longtemps chez l'animal (tremblante du mouton au XVII sicle, encphalopathies spongiforme bovine). Chez l'homme, la maladie de Creutzfeldt-Jakob a t dcrite en 1920, elle peut tre sporadique, familiale ou iatrogne. Le nouveau variant est imput l'origine bovine. Le kuru, li aux pratiques de cannibalisme en nouvelle guine, a t dcrit en 1957. Enfin deux autres maladies familiales sont actuellement dcrites : l'insomnie familiale fatale et le syndrome de Gerstmann-Straussler-Scheinker.

16

EN GUISE DE CONCLUSION

On ne peut terminer ce chapitre de gnralits sur les micro-organismes sans dfinir les termes infection communautaire et infection nosocomiale . Quelque soit le micro-organisme en cause : une infection communautaire est une infection qui a t contracte lextrieur dun tablissement de soins une infection nosocomiale est une infection qui a t contracte au sein dun tablissement de soins, mme si elle sest manifeste aprs la sortie du patient. Cela est particulirement facile concevoir lorsque les infections ont une priode dincubation prolonge, par exemple la varicelle dont la priode dincubation est de 15 jours. Un enfant dveloppant une varicelle deux jours aprs son entre lhpital a une varicelle communautaire. En revanche un enfant hospitalis 5 jours pour appendicectomie et qui dveloppe 12 jours aprs sa sortie une varicelle aura une varicelle certainement acquise pendant son sjour hospitalier et donc dite nosocomiale. Rappelons enfin quen matire dinfections nosocomiales, les bactries responsables sont souvent, mais pas toujours, porteurs d'un profil particulier en terme de sensibilit aux antibiotiques et que l'identification et l'antibiogramme doivent permettre d'ajuster au mieux le spectre antibactrien afin de limiter la slection de germes de plus en plus rsistants.

17