1. Sobre transferncia lateral de genes, responda: a. O que entendemos por transferncia lateral de genes?

A transferencia lateral de genes ou transferncia horizontal de genes, todo processo em que um organismo incorpora material gentico de outro organismo, embora no seja descendente desse organismo. b. Explique a importncia dos mecanismos de transferncia lateral de genes para a evoluo natural das espcies. As clulas no somente recebem material gentico dos seus descendentes atravs da transferncia vertical, mas tambm so capazes de variar ainda mais geneticamente atravs da transferncia lateral. Com isso, ocorre uma maior disseminao de genes de espcies diferentes, aumentando a variabilidade de genes e tambm a sua continuidade em outras espcies. 2. Sobre o processo de transformao: a. Quais so as barreiras ocorrncia do fenmeno de transformao em ambientes naturais? A transformao natural funciona melhor com fragmentos de DNA linear do que com plasmdios circulares, os quais so usados para modificaes genticas. b. Alguns microrganismos, como Neisseria meningitis, possuem mecanismos para a incorporao de DNA estranho que requerem a ocorrncia de sequncias especficas no DNA absorvido para a sua incorporao. Pergunta-se: a existncia desses sistemas aumenta ou diminui a chance desse fenmeno ocorrer? Explique sua resposta. Sendo que, esses sistemas aumentam a ocorrncia de absoro de molculas de DNA, esse sistema aumenta a chance da transferncia ocorrer. Entretanto, a absoro apenas o comeo do processo. A nova fita de DNA tem que ser replicada e herdada, contudo, a replicao vai somente acontecer se o DNA inserido se recombinar com o cromossomo do hospedeiro e esse processo requer homologia entre os DNAs. c. Considerando-se a distribuio aleatria das bases do genoma, qual a chance de uma sequncia de 10pb aparecer aleatoriamente num genoma de 4 Mpb? 3. Pesquise: como a competncia pode ser induzida em bactrias? A falta de nutrientes no meio e o acmulo de produtos especficos excretados, os quais agem via sistema regulatrio, podem estimular a expresso de outros genes requeridos para a competncia. Desde que, os nveis desses fatores competentes sejam dependentes da concentrao das clulas, a competncia somente se desenvolver a altos nveis de densidade. 4. Considerando o mecanismo de conjugao, como o processo de conjugao pode contribuir para a transferncia de genes (que no compe o plasmdeo original) entre microrganismos de espcies diferentes? A conjugao, em suma, a habilidade de se transmitir plasmdeo de uma fita para outra. Uma vez que a conjugao no confinada para membros da mesma espcie, isso provoca uma rota para o fluxo de informao gentica entre diferentes taxonomias. 5. Explique dois mecanismos de transferncia do DNA durante o processo de conjugao. Em E. coli, as clulas doadoras possuem fragmentos conhecidos como pili. O pilus faz contato com receptores na superfcie da clula hospedeira, formando ento um par. O pilus intimida a clula a fazer um contato ntimo e os poros se abrem atravs dos quais o DNA passa do doador para o receptor. Alm desse processo, a transferncia do plasmidio de um doador para um receptor iniciado por uma protena, a qual faz uma quebra da fita nica em um stio especfico do DNA,

conhecido como regio de transferncia (oriT). Uma helicase codificada pelo plasmdeo desenrola o DNA e a fita nica cortada transferida para o receptor. 6. Sobre o processo de mobilizao plasmidial, explique: a. Diferencie plasmdeos conjugativos, no-conjugativos, e mobilizveis. Plasmdeos conjugativos so capazes de se transferir de uma clula para a outra sem ajuda, aqueles que no so capazes disso so no-conjugativos. Um plasmdeo conjugativo capaz de promover a transferncia de um segundo plasmideo no conjugativo da mesma clula doadora, nesse caso so mobilizveis. Entretanto, nem todos os no conjugativos so mobilizveis. b. Explique o funcionamento do sistema mob/bom no plasmdeo ColE1. A mobilizao envolve o gene mob e o gene do stio bom (=oriT, a origem da transferncia), onde a mob nuclease faz um corte no DNA. ColE1 tem um gene necessrio para a transferncia de DNA, mas ele no carrega os genes requeridos para a formao do par de acasalamento. A presena de outro plasmdeo conjugativo permite ao doador formar um par de acasalamento com a clula receptora e o ColE1 pode ento usar sua prproa maquinaria para executar a transferncia do DNA. 7. Sobre o uso de plasmdeo F na transferncia gnica, responda: a. Diferencie as estirpes F-, F+, Hfr. As bactrias frequentemente abrigam elementos de DNA que se replicam de maneira autnoma, alguns desses plasmideos como os de fertilidade (fator F-) podem se transferir de uma clula para outra. Assim, uma clula contendo um fator F- (chamada de F+) pode transferir o plasmdeo para uma clula F-. Algumas vezes, o fator F se integra no cromossomo e, como conseqncia, mobiliza a transferencia conjugativa do cromossomo hospedeiro para uma clula F-, uma linhagem contendo esse tipo de fator F integrado chamada linhagem Hfr. b. Como o processo de exciso e integrao do plasmdeo F pode levar incorporao de genes adjacentes ao plasmdeo? A integrao do plasmdeo F ocorre pela recombinao entre uma sequencia no paslmdeo e um stio do cromossomo. Sendo assim, leva incorporao de genes adjacentes ao plasmdeo. 8. Sobre transposons, responda: a. Diferencie seqncias de insero, transposons no-conjugativos, e transposons conjugativos. Sequencias de insero so transposons mais simples que existem, apresentam repeties terminais invertidas e genes para codificao de transponase. b. Mostre com diagramas o processo de insero e exciso de transposons conservativo e replicativo. c. Por que um transposon no inserido no cromossomo no poder ser replicado? 9. Diferencie transduo generalizada e especializada. Qual seria o efeito da deleo do gene para a enzima dam metilase sobre a taxa de ocorrncia de transduo generalizada em E. coli? A transduo generalizada mediada por fagos que, ocasionalmente, incorporam um fragmento de DNA cromossmico durante a maturao do vrus, ao invs de DNA viral. Quando tal partcula de fago infecta uma clula, ela introduz o segmento de DNA cromossmico de seu hospedeiro anterior no local de infeco com o DNA viral. Outro tipo de transduo mediada por fagos a transduo especializada ocorre quando o DNA da clula hospedeira incorporado ao DNA do fago. Entretanto, esse evento pode ocorrer em uma posio incorreta, algum DNA de fago perdido e o DNA bacteriano includo. Desde que a permuta no elimine a poro do genoma do fago necessria propagao, o fago recombinante ainda capaz de se multiplicar. No caso, quando ocorrer uma deleo do gene para a

enzima dam metilase, que faz a metilao de uma determinada sequencia ao longo de todo genoma, a taxa de ocorrncia de transduo generalizada iria diminuir. A taxa de mutaes pode aumentar, ou o DNA no se replicaria mais. 10. A recombinao gnica um processo importante para vrios processos de transferncia gnica entre bactrias. a. Diferencie recombinao homologa e recombinao especfica. Na recombinao homloga requer a presena de uma regio homloga do DNA a qual deve ser altamente similar (no necessariamente idntica). J numa recombinao especfica (ou stio-especfica) um segmento definido do DNA rearranjado. Entretanto, no dependem de regio de homologia ou da ao da RecA. b. Explique o fenmeno do crossing over contextualizando sua importncia para a evoluo de espcies. Durante o pareamento entre cromossomos homlogos, durante a meiose antes da primeira diviso celular, ocorre uma permuta gentica entre os cromossomos. Essa permuta, que um dos resultados da recombinao homloga, chamada de crossing-over. Sendo assim, essa permuta aumenta a variabilidade gentica, pois permite que genes entre cromossomos sejam misturados, consequentemente, fazendo com que as geraes seguintes sejam uma combinao da parental. 11. O que so genes mosaico? Como esses genes contribuem para a resistncia de Streptococcus pneumoniae ao antibitico penicilina? Genes mosaico so formados por mistura entre genes, quando ocorre a transferncia de um gene de uma espcie diferente altera um segmento de genes, fazendo com que ele seja diferente do anterior. Por exemplo, no caso da S. pneumoniae, os genes que codificam protenas alvo da penicilina (pbp) em fitar resistentes a penicilina, mostra que algumas regies so substancialmente diferentes das sequencias correspondentes em fitas sensveis a penicilina. Essas regies so altamente similares com sequencias que tem resistncia natural. A partir disso, se pensa que parte dos genes pbp tem sido trocados por DNA dessas outras espcies.