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Phylogenetic Tree
DESCRIZIONE ANALISI
Questo enzima fa parte di una via di trasduzione del segnale (via dell'adenila-
to ciclasi), che consente di produrre effetti fisiologici in seguito al legame
di un messaggero con la cellula.
http://www.genenames.org/cgi-bin/hgnc_search.pl
CODICI E TRASCRITTI
La prima fase di verifica dei codici dei trascritti è stata svolta attraverso
il gene-browser http://genomes.ucsc.edu. A partire della sequenza amminoacidica
determinata dalla sequenza dell’mRNA del gene ADCY1 si sono cercati i geni omo-
loghi nella specie H.Sapiens effettuando un BLAT della sequenza della proteina
sull’intero genoma umano. I risultati sono stati i medesimi di quelli proposti
dal gene-browser http://www.genenames.org.
ALLINEAMENTI
Per effettuare gli allineamenti delle strutture dei geni individuati dalla ri-
cerca è stato utilizzato lo strumento “Exalign”. L’algoritmo che è alla base di
Exalign è in grado di individuare allineando due sequenze omologhe la presenza
di esoni divisi da uno o più introni.
NM_021116 195
NM_020546 44 81 70
Gli allineamenti tra la sequenza del trascritto NM_021116 - ADCY1 e quelle dei
trascritti ADCY3/4/7/8 non portano alcuna informazione aggiuntiva all’analisi.
Exalign non mostra alcuna presenza di esoni divisi da introni. Si può tuttavia
notare come siano più conservati gli esoni posti all’inizio e alla fine della
sequenza e non siano conservati quelli in posizione intermedia. Si può ipotiz-
zare che i domini funzionali conservati caratterizzino la proteina codificata,
mentre la parte variabile differisca a seconda dell’ambiente (tessuto) in cui
la proteina è presente.
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L’analisi dei trascritti NM_00116 e NM_018417 non fornisce alcun dato signifi-
cativo. L’allineamento è solo parziale e non rispecchia il trend degli allinea-
menti effettuati con i trascritti precedenti: è possibile escluderli da ogni
altra considerazione.
I risultati che non è possibile rigettare sono dati dagli allineamenti tra i
trascritti NM_021116 vs. NM_183357, NM_021116 vs. 020546 e NM_020546 vs.
183357.
1 1 1 1 ACDY1
1 1 1 ACDY2
1 1 1 1 ACDY5
Si individuano due regioni in cui sono avvenute delle modificazioni dovute al-
l’evoluzione. La prima regione è stata rilevata attraverso l’allineamento tra
il trascritto ADCY1 e il trascritto ADCY2 mentre la seconda è stata rilevata
attraverso l’allineamento tra il trascritto ADCY1 e ADCY5.
Nel trascritto ADCY2 tuttavia è possibile notare come la struttura nella regio-
ne 2 sia simile alla struttura nella regione 2 del trascritto ADCY1. Questo po-
trebbe segnalare la presenza di due introni conservati dall’evoluzione anche
nella regione 2 del trascritto ADCY2, tuttavia Exalign non li rileva a causa
della scarca percentuale di basi allineate.
[“≈” = simile a]
Tutte le considerazioni che sono state descritte per i confronti contro i tra-
scritti ortologhi valgono in modo simile anche per i trascritti paraloghi. Nel
caso sopra descritto il trascritto NM_009622 - ADCY1 in M.Musculus presenta due
introni che separano gli esoni 15-16 e 17-18 in corrispondenza degli esoni 17 e
18 del trascritto ADCY5, mentre il trascritto NM_153534 - ADCY2 in M.Musculus
presenta due introni che separano gli esoni 10-11-12 in corrispondenza del-
l’esone no. 9 del trascritto ADCY1. Le medesime analisi valgono anche per tutti
i trascritti provenienti da R.Norvegicus.
ADCY1 - 2 introni
Ancestor 0
H.Sapiens ADCY2 - 2 introni
ADCY5 - 0 introni
ADCY1 - 2 introni
Ancestor 1
M.Musculus ADCY2 - 2 introni
ADCY5 - 0 introni
ADCY1 - 2 introni
R.Norvegicus ADCY2 - 2 introni
ADCY5 - 0 introni
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