Sei sulla pagina 1di 15

UNIVERSIDAD DEL CAUCA FACULTAD DE CIENCIAS NATURALES, EXACTAS Y DE LA EDUCACIN DEPARTAMENTO DE QUMICA QUMICA ORGNICA AVANZADA PORTILLA O.M.

1. Compuestos orgnicos usados como indicadores bioqumicos FUCSINA

Las paredes celulares de ciertos parsitos y bacterias contienen cidos grasos (cidos miclicos) de cadena larga (50 a 90 tomos de carbono) que les confieren la propiedad de resistir la decoloracin con alcohol-cido, despus de la tincin con colorantes bsicos. La coloracin clsica de ZiehlNeelsen (que incluye Fucsina y azul de metileno) requiere calentamiento para que el colorante Fucsina atraviese la pared bacteriana que contiene ceras. Al suspender el calentamiento y enfriar con agua, provoca una nueva solidificacin de los cidos grasos de modo que el colorante ya no puede salir de las bacterias. Las bacterias que resisten la decoloracin son de color rojo y las que no, se ven de color azul ya que se utiliza azul de metileno como tincin de contraste 2,6-DICLOROFENOL INDOFENOL (DCPIP)

Se trata de un colorante redox, usado en la determinacin de la velocidad de las reacciones lumnicas como la fotosntesis, ya que se trata de un aceptor de electrones, de color azul cuando se encuentra en su estado oxidado e incoloro cuando se reduce. La velocidad de la reaccin fotolumnica de la fotosntesis puede ser cuantificada por sta propiedad dado que una de sus

etapas involucra, la cadena de transporte electrnico que termina con la reduccin del NADP +. Cuando el DCPIP est presente, se reduce por la reaccin lumnica. La cantidad de DCPIP reducida puede ser cuantificada por la absorbancia de la solucin en un espectrofotmetro.

SAFRANINA
Cloruro de 3,7-diamino-2,8-dimetIl-5-fenilfenazinio

Este colorante se utiliza en la Tincin de Gram para proporcionar un color violeta ms intenso a las bacterias Gram+ y tie de rosa a las bacterias G-, en histologa y en citologa. La safranina se usa como lquido de contraste en algunos protocolos de tincin, coloreando el ncleo celular de rojo. Tambin para detectar cartlago, mucina y grnulos de mastocitos. AZUL DE TRIPANO
cido (3Z,3'Z)-3,3'-[(3,3'-dimetilbifenil-4,4'-diil)di(1Z)hidracin-2-il-1-ilideno]bis(5-amino-4-oxo-3,4-dihidronaftaleno-2,7disulfnico

Es un pigmento usado para la determinacin de la viabilidad celular, basado en la exclusin de pigmentos por las clulas vivas, las clulas vivas, no son teidas por este compuesto dado que no

puede atravesar la pared celular, por el contrario las clulas muertas aparecen teidas de color azul.1 2. Compuestos orgnicos usados como medicamentos MERCURIOCROMO

Fue desarrollado para el tratamiento de infecciones internas actualmente es utilizado como antisptico 2 en soluciones del 1 al 2.5%, por su fuerte coloracin es tambin usado como agente en la inspeccin por lquidos penetrantes en superficies de diferente tipo de materiales. 3A, 4-DIHIDRO-3H-INDENO[1,2C]PIRAZOL-2-CARBOXAMIDA (1) 3A, 4-DIHIDRO-3H-INDENO[1,2C]PIRAZOL-CARBOTIOAMIDA (2)

Estos derivados de pirazolina, son ampliamente estudiados debido a su posible uso como agentes antimicrobianos y antivirales3
Julio Coll Morales, Tcnicas de Diagnstico en virologa, Ediciones Das de Santos, Madrid , 1993. Thayer J.S Teaching bio-organometallic chemistry, JACS, Vol.54, No 11, 1977. 3 Mohamed Jawed Ahsan , Jeyabalan Govindasamy , Habibullah Khalilullah, Govind Mohan,James P. Stables, Christophe Pannecouque, Eric De Clercq. POMA analyses as new efficient bioinformatics platform to predict and optimize bioactivity of synthesized 3a,4-dihydro-3H-indeno[1,2-c]pyrazole-2-carboxamide/carbothioamide analogues. Bioorganic & Medicinal Chemistry Letters 22 (2012) 70297035
1 2

CIDO SALASPRMICO
cido (3S,5aR,7bR,9aS,12R,13bS,15aR,16R)-3-hidroxi-7b,9a,12,13b,15a,16-hexametilicosahidro-1H-3,5ametanocriseno[2,1-c]oxepin-12-carboxlico

Se trata de un cido triterpnico, que ha sido aislado en Tripterygium Wifordii. Este ha mostrado tener poder inhibitorio en la replicacin del VIH en clulas de linfocito H9. Otros compuestos como los grnulos de Salvia Plebeia, han mostrado tener una actividad antibacterial contra las infecciones del tracto urinario4. TRIPTERFORDINA
(4R,4aS,6aS,8R,9R,11aR,11bR)-8-hidroxi-4,8-dimetildodecahidro-1H-6a,9-metano-4,11b(metanooximetano)ciclohepta[a]naphtalen-14-ona

Al igual que el cido salasprmico muestra poder anti-replicatorio en clulas de linfocito H9 con un EC50 de 1g/mL3.

John Wing Shing Ho, Bioactive Herbal Alkaloids as Anti-Infective Agents, Anti-Infective Agents, 2013, 11, 70-74

ZANAMIVIR
cido (2R,3R,4S)-4-guanidino-3-(prop-1-en-2-ilamino)-2-((1R,2R)-1,2,3-trihidroxipropil)-3,4-dihidro-2H-piran-6-carboxlico

Es un inhibidor de la neuraminidasa (NA), el cpside del virus de la gripe comn de sta forma es capaz de aislar el sitio activo de la protena del virus impidiendo que salga de su clula husped lo que previene su dispersin sin embargo su absorcin intestinal es bastante baja, por lo que se suministra en forma de spray, esto ha llevado a investigar sus prodrogas a partir de su condensacin con aminocidos5. 3. Compuestos orgnicos usados en la inmovilizacin, separacin y precipitacin de enzimas, protenas y cidos nucleicos 1,4-BUTANODIOL-DIGLICIDOXITER (BDE)
1,4-bis(oxiran-2-ilmetoxi)butano

Corresponde a un brazo espaciador para la inmovilizacin de enzimas, es decir, una molcula bifuncional la cual puede enlazarse en un extremo a una superficie, y con el otro extremo enlazarse a la enzima u otra molcula afn. Se usa para fijar enzimas en diferentes soportes que no cuentan con grupos activos, como el vidrio poroso, las dextranas, agarosas, silicatos de aluminio, y xidos metlicos6,7.

Sheeba Varghese Gupta, Deepak Gupta, Jing Sun, Arik Dahan, Yasuhiro Tsume, John Hil nger, Kyung-Dall Lee y Gordon L. Amidon. Enhancing the Intestinal Membrane Permeability of Zanamivir: A Carrier Mediated Prodrug Approach. Mol. Pharmaceutics 2011, 8, 23582367 6 Guadalupe Pensol Alonso, Diseo de herramientas bioqumicas para la ingeniera molecular de derivados inmovilizados de renina y -galactosidasa. Memoria para optar al ttulo de Doctor en Farmacia Universidad Complutense de Madrid. 1996.
5

CIDO TNICO
(2R,3S,4S,5R,6S)-tetrahidro-2H-piran-2,3,4,5,6-pentail pentakis(3,4-dihhidroxi-5-((3,4,5-trihidroxibenzoil)oxi)benzoato)

Este compuesto ha sido ampliamente usado en el curtido del cuero, astringente y antiinflamatorio, sin embargo, es conocida su propiedad de precipitar protenas, pptidos y compuestos nitrogenados. En estudios recientes 8 , muestran que el cido tnico es capaz de precipitar arginina, insulina, protenas, poliaminas, bases nitrogenadas, quitina y quitosano, por lo que puede ser aprovechado para controlar la relacin de nitrgeno en el suelo ya que modula la precipitacin de los compuestos nitrogenados y variados usos analticos que involucren la separacin de estos compuestos.

Luis rolando Daz Alzate, Francisco Javier Arias Vargas. Inmovilizacin de pectinasas y/o celulasas y determinacin de algunos de sus efectos en el jugo de guayaba . Trabajo de grado para optar al ttulo de ingeniero qumico Universidad Nacional de Colombia. 2002. 8 Bartosz Adamczyk, Sylwia Adamczyk, Aino Smolander, Veikko Kitunen. Tannic acid and Norway spruce condensed tannins can precipitate various organic nitrogen compounds . Soil Biology & Biochemistry 43 (2011) 628-637.
7

TINTES DERIVADOS DE ANTRAQUINONA


(Derivados de 1-amino-4-((4-((4-cloro-6-(Fenilamino)-1,3,5-triazin-2-il)amino)-3-sulfonatofenil)amino)-9,10-dioxo-9,10dihidroantraceno-2-sulfonato)

Para la cromatografa de afinidad se necesitan ciertos ligandos que correspondan con las conformaciones especficas de protenas o enzimas que vayan a ser separadas. Los ligandos derivados de antraquinona tienden a ser aninicos, debido a que los cromforos cargados de stos ligandos mimetizan el enlace natural de heterociclos aninicos como el NAD +, NADP+, ATP, Coenzima A, folato, piridoxal fosfato, oligonucletidos y polinucletidos9. Esto hace que permitan ser especficas para la purificacin del la alcohol deshidrogenasa del hgado (ADH) del hgado de caballo y la fosfatasa alcalina de los intestinos de vaca.

PIGMENTOS BIOMIMTICOS BENZAMIDINO-TRIAZINA


2. 1. amino(4-((4-((4,6-dicloro-1,3,5-triazin-2-Il)amino)-2-metilfenill)diazenil)fenil)metani minio 4-((4-((4-((4-(amino(iminio)metil)fenil)diazenil)-3-metilfenil)amino)-6-cloro-1,3,5-triazin-2-il)amino)-N,N,Ntrimetilbenzenaminio

Christopher R. Lowe, Steven J. Burton, Nicolas P. Burton, Wendy K. Alderton, Jennifer M. Pittis and Jeanette A. Thomas. Designer dyes: biomimetic ligands for the purification of pharmaceutical proteins by affinity chromatography. TIBTECH, Vol. 10, 1992.
9

En los extractos pancreticos adems de tripsina y quimiotripsina, se encuentra tambin otra proteasa conocida como calicrena, mientras que la tripsina se adsorbe sobre el tinte monocatinico inmovilizado A, la calicrena no lo hace, por eso para su separacin se hace necesario un ligando que no sea afn ni a la tripsina ni a la quimiotripsina, por tal razn se desarrollan ligandos bicatinicos como B. sta forma inmovilizada enlaza a la calicrena de un extracto pancretico crudo con un rendimiento del 79%, generando un producto 99% libre de actividad contaminante de tripsina10. N-BENCILOXICARBONIL-L-TIROSINA
Bencil (3-(4-hidroxifenil)-1-(1H-imidazol-1-il)-1-oxopropan-2-il)carbamato

Este es un ligando utilizado en la cromatografa de afinidad para la purificacin de IgG (inmunoglobulina G) del plasma humano, ste compuesto se soporta en geles Sepharose CL-4B. El anlisis de las isotermas de enlace para el adsorbente indica una constante de asociacin (Ka) entre este ligando y la IgG de 4.91X106 y una capacidad mxima de adsorcin de 17.3mg IgG/mL de gel. La IgG puede obtenerse co un pureza del 98%11. CIDO DESOXICLICO (DOC)
cido (R)-4-((3R,5R,8R,9S,10S,12S,13R,14S,17R)-3,12-dihidroxi-10,13 dimetilhexadecahidro-1Hciclopenta[a]phenantren-17-il)pentanoico

Es un cido biliar, producto metablico de las bacterias intestinales, es usado como detergente en procesos de precipitacin de protenas.
Y.D. Clonis, N.E. Labrou, V.Ph. Kotsira, C. Mazitsos, S. Melissis, G. Gogolas. Biomimetic dyes as affinity chromatography tools in enzyme purification. Journal of Chromatography A, 891 (2000) 3344 11 Hongqin Feng, Lingyun Jia, Honglin Li y Xicheng Wang. Screening and chromatographic assessing of a novel IgG biomimetic ligand. Biomed. Chromatogr. 20: 11091115 (2006)
10

Principalmente para solubilizar membranas celulares y virales con el objetivo de aislar y caracterizar ciertos antgenos, protenas cromosmicas, antgenos de linfocitos, y varias enzimas enlazadas a membranas12. TRITON X-100
t-octilfenoxipolietoxietanol

Se trata de un surfactante no inico, se usa frecuentemente como un auxiliar de disolucin para protenas integrales en medios acuosos; no obstante debe usarse a la concentracin mnima posible con el objeto de no contaminar la muestra, lo que alterara la determinacin de trazas en espectroscopia de masas de la disolucin resultante, es tambin usado como humectante en medios de cultivo antes de la realizacin de tinciones 13. DODECILSULFATO DE SODIO

Es un surfactante del tipo inico usado en la preparacin de protenas para electroforesis en gel de poliacrilamida (SDS-PAGE). El SDS acta rompiendo enlaces no covalentes en las protenas, desnaturalizndolas, provocando que estas molculas proteicas pierdan su conformacin nativa. Esto ocurre porque el SDS se une a las zonas apolares del polipptido. Adems, la cantidad de SDS unido es similar para muchas protenas: una molcula de SDS por cada dos residuos aminocidos,
Louis F. Qualtiere, Amil G. Anderson, y Paul Meyers. Effects of ionic and nonionic detergents on antigen antibody reactions. The journal of immunology. Vol. 119, No. 5, November 1977 13 MSDS, product information, Triton X-100, Sigma- Aldrich
12

correspondiendo a unos 1,4 g SDS/g protena. Ello proporciona al polipptido una carga negativa que resulta proporcional a la longitud de la cadena (el nmero de aminocidos) y, por tanto, a la masa molecular de la protena. Este aporte de carga negativa es sustancialmente mayor que la carga original de la protena. La repulsin electrosttica creada por la unin del SDS a la protena es uno de las causas de que la protena pierda su conformacin nativa, eliminndose de este modo las diferencias en conformacin de las diferentes protenas que han de ser separadas en el gel14. CHAPS
3-[(3-Colamidopropil)dimetilamonio]-1-propanosulfonato

CHAPS es un detergente zwitterinico usado para solubilizar macromolculas biolgicas tales como protenas. Es usado como un solvente no desnaturalizante en los procesos de purificacin de protenas y es especialmente usado en la purificacin de protenas de membrana, las cuales son muy solubles o insolubles en soluciones acuosas debido a su hidrofobicidad nativa. CHAPS puede ser usado tambin puede usarse junto con detergentes no inicos tales como el Tritn X-100 15 -AMINOFENL-ATP (AC-101) El AP-ATP es inmovilizado sobre un gel de agarosa por la funcin fenilo con el objetivo de usarlo como ligando en cromatografa de afinidad. Los rellenos de ATP-Agarosa pueden enlazar a protenas de enlace del ATP como quinasas, deshidrogenasas, etc. En este caso siendo mimtico a un residuo de tirosina, hace que este material est disponible para las tirosina quinasas (aunque las serina/treonina quinasas tambin podran unirse)16. Para soportarse se utilizan brazos espaciadores consistentes en 10 grupos metilenos.

SDS, [En lnea], Marzo de 2013,[03 de marzo de 2013], disponible en la web: http://es.wikipedia.org/wiki/Dodecilsulfato_s%C3%B3dico 15 MSDS, product information, CHAPS, Sigma- Aldrich 16 Haystead et al. (1983) Gamma-phosphate-linked ATP-sepharose for the affinity purification of protein kinasesrapid purification to homogeneity of skeletal muscle mitogen-activated protein kinase kinase. Eur.J. Biochem. 214 (2):459.
14

N-LAURILSARCOSINATO DE SODIO
2-(N-metildodecanamido)acetato de sodio

Tambin conocido como sarkosyl, es un surfactante inico usado para inhibir la iniciacin de la transcripcin del DNA, se relaciona estructuralmente a SDS, sin embargo, cuenta con un enlace adicional tipo peptdico (amido), dentro de la cadena principal hidrfoba. Esto brinda rigidez y conduce a una disminucin de su capacidad para insertarse en membranas de bicapas hidrofbicas y de protenas. Esto explica porque es ms suave que el SDS en su capacidad para desnaturalizar y romper la membrana y las estructuras de protenas. Sus usos ms comunes corresponden a la purificacin de los factores sigma de la RNA polimerasa de Escherichia coli por solubilizacin de los cuerpos de inclusin, y la solubilizacin y purificacin de la protena de la tembladera (Scrapie protein) o protena de los priones PrPSc. Al ser ampliamente eficiente para disociar nucleosomas y ribosomas su principal uso ha sido aislar ADN y ARN. Tambin puede desnaturalizar los cidos nucleicos e inhibir ciertas enzimas como desoxirribonucleasas y ribonucleasas que pueden degradar stas molculas17. BROMURO DE CETILTRIMETILAMONIO (CTAB)
Bromuro de N, N, N-trimetilhexadecanamonio

El CTAB es un detergente catinico que tiene la propiedad de precipitar cidos nuclicos y polisacridos cidos en soluciones de baja concentracin inica. Bajo estas condiciones las protenas y los polisacridos neutros permanecen en solucin. En soluciones de alta concentracin
MITRA S. Sample Preparation Techniques in Analytical Chemistry . Copyright 2003 by John Wiley & Sons, Inc. All rights reserved. Pg. 341-342.
17

inica el CTAB forma complejos con las protenas y polisacridos pero no precipita cidos nucleicos. Por esta razn es especialmente til para precipitar ADN genmico de organismos que producen grandes cantidades de polisacridos como las plantas y algunas bacterias Gram negativas (incluyendo algunas cepas de E. coli)18.

3, 3-DIAMINOPLOPILAMINA (DADPA)
N -(3-aminopropil)propano-1,3-diamina
1

Se usa como brazo espaciador para soportar ligandos con funcionalidades carboxilo, sobre geles de agarosa activadas con CNBr, antes de enlazarse al soporte la amina tambin debe ser activada con CNBr. BIOTINA cido 5-((3aS,4S,6aR)-2-oxohexahidro-1H-tieno[3,4-d]imidazol-4-il)pentanoico

Se utiliza en procesos de biotinilacin, que consisten en enlazarla a travs del grupo carboxilo a grupos amino libres, usndose en cromatografa de afinidad con una columna que contiene avidina (tambin estreptavidina o neutravidina), que son sus ligandos naturales. Sin embargo para romper la interaccin entre la biotina y el ligando se hacen necesarias condiciones bastante fuertes (6M de 6GuHCl a pH 1,5) que pueden llevar a desnaturalizar la protena biotinada (o marcada con biotina), por lo que si se hace necesario aislar la protena marcada se prefiere usar iminobiotina, que es mucho ms fcil de liberar (usando un pH alrededor de 4)19,20

18

CTAB, [En lnea], Marzo de 2013,[03 de http://en.wikipedia.org/wiki/Cetyl_trimethylammonium_bromide


19

marzo

de

2013],

disponible

en

la

web:

Hofmann, Klaus; Wood, Sara W.; Brinton, Charles C.; Montibeller, Judith A.; Finn, Frances M. (1980)."Iminobiotin Affinity Columns and Their Application to Retrieval of Streptavidin" . Proceedings of the National Academy of Sciences 77 (8): 46668

DL-DITHIOTHREITOL (DTT)
(2R,3R)-1,4-dimercaptobutano-2,3-diol

Es un agente reductor de puentes S-S- a SH. En esta reaccin el DTT es oxidado a un sulfuro cclico. La reduccin de los sulfuros se completa en minutos a pH 8. Un uso comn del DTT es como agente desprotector del DNA tiolado21. 4. Compuestos orgnicos usados como tampones TRIS
2-amino-2-(hidroximetil)propano-1,3-diol

TRIS y sus sales son usados para la preparacin de buffers en una variedad grande de sistemas biolgicos y bioqumicos ya que su intrvalo til de tamponamiento va de 7 a 9 unidades de pH. Sus

20

Sugawara, Kazuharu; Kamiya, Naoto; Hirabayashi, George; Kuramitz, Hideki " Voltammetric Homogeneous Binding Assay of Biotin without a Separation Step Using Iminobiotin Labeled with an Electroactive Compound". Analytical Sciences 21(8). (2005). 897900 21 Cleland, W. W. "Dithiothreitol, a new protective reagent for SH groups". Biochemistry (1964).: 480482.

usos incluyen el control in vivo e in vitro. Para fluidos corporales y como agente alcalinizante en el tratamiento de acidosis en la sangre22. PIPES
cido 2,2'-(piperazin-1,4-diil)dietanosulfnico

Es un miembro de la serie de los cidos etanosulfnicos, introducido por Good et. al., desarrollado para tener las siguientes propiedades: valores medios de pKa, mxima solubilidad en agua y mnima solubilidad en otros solventes, mnimos efectos salinos, poca variacin en el valor de pKa debido al cambio de temperatura, estabilidad qumica y enzimtica y mnima absorcin en el UV. Ya que su pKa a 37C e cercano al pH fisiolgico es usado en trabajos de cultivos celulares. Tambin se usa en la fijacin de glutaraldehdo en muestras de tejido de plantas y animales para evitar prdida de lpidos o cuando se fijan organelos de hepatocitos de rata con cacodilato tamponado con glutaraldehdo ya que retiene la actividad de la fosfatasa alcalina hasta en un 60%23,24. HEPES
cido 2-(4-(2-hidroxietil)piperazin-1-il)etanosulfnico

Se trata de uno de los mejores tampones multipropsito, a pH fisiolgico la molcula es zwitterinica, siendo un buffer efectivo a pH entre 6.8 y 8.2. Se usa en cultivos de tejido, es el buffer indicado para la deposicin de protenas en la microscopa electrnica porque no afecta los sustratos metlicos. Sin embargo, interfiere en la determinacin de protenas por el mtodo de Folin-Ciocalteu25,26.

22 23

MSDS, product information, TRIS, Sigma- Aldrich MSDS, product information, PIPES, Sigma- Aldrich 24 Yamamoto, K. and Ogawa, K., Histochemistry, 77, 339 (1983) 25 MSDS, product information, HEPES, Sigma- Aldrich 26 Good, N.E., et al., Biochemistry, 5, 467 (1966)

TES
cido 2-((1,3-dihidroxi-2-(hidroximetil)propan-2-il) amino)etanosulfnico

Este compuesto forma un buffer zwitterinico, usado en un rango de pH de 6.5 a 7.9 a 37C. Es usado en estudios de interaccin de proteoglicanos con colgeno del tipo I, y en estudios de interaccin de vesculas de fosfolpidos con poli(L-lisina)27,28.

Pogany, G., et al., The in vitro interaction of proteoglycans with type I collagen is modulated by phosphate. Arch. Biochem. Biophys., 313(1), 102- 111 (1994). 28 MSDS, product information, TES, Sigma- Aldrich
27