Domnios proticos

O que so domnios proticos

Domnios proticos uma parte da cadeia polipeptdica que pode de enovelar independentemente para formar uma estrutura compacta e estvel A existncia de domnios permite a construo de protenas a partir de mdulos Diversos domnios possuem uma funo especifica associada

Domnios proticos

Exemplo de um protena (Src) que possui quatro domnios. Dois possuem atividade regulatria (SH2 e SH3) enquanto outros dois so domnios catalticos

Domnios proticos e Estrutura gnica

Existe um vis na evoluo dos genes que faz com que a borda de uma poro significante de domnios coincida com a borda de exons, gerando uma estrutura modular que tem implicaes na evoluo de genes e protenas

Domnios proticos e evoluo de protenas

Dentro de um gene pode ocorrer a duplicao de um segmento contendo um domnio, levando a formao de uma nova protena

Domnios proticos e evoluo de protenas

Protenas diferentes podem ser geradas a partir de domnios de diferentes protenas devido a estrutura modular destes

Domnios proticos e splicing alternativo

Splicing alternativo de um fator de transcrio. Neste caso cada exons corresponderia a um domnio diferente. Produo de duas isoformas diferentes, uma contendo um sitio de ativao e a outra no faz com que haja efeitos opostos em relao a transcrio de genes.

Determinao de domnios
Quando realizamos analises bioinformticas de seqncias proticas identificamos domnios como blocos de motivos estruturais ou de seqncias que so recorrentes em protenas estudadas Estes domnios podem ser determinados por diversas metodologias, e so armazenados em bancos de domnios diferentes. Estes bancos de domnios por sua vez possuem ferramentas de busca que permitem a deteco de domnios em seqncias do interesse do pesquisador

Domnios proticos

Exemplo de um domnio protico da famlia de receptores de TNF Devido a sua funo biolgica existe uma presso evolutiva para a conservao de certos motivos em um mesmo domnio em protenas de diferentes espcies Apesar desta presso evolutiva nem sempre esta conservao segue parmetros muito estritos Conservao percebida atravs de alinhamento mltiplo de seqncias

Hidden Markov Model (HMM)

Este tipo de problema aborda um problema estatstico no qual temos diferentes probabilidade de eventos associados a diferente estados e uma chance de transio associadas a estes estados Um tipo de problema clssico associado seria o sorteio de esferas de diferentes cores em urnas contendo diferente propores destas esferas. A urna da qual seria sorteada a esfera obedeceria a uma chance de transio.

Aplicao de HMMs a alinhamento de domnios

Dentro deste modelo haveria estados diferentes para insero, deleo e identidade. Existiria um estado inicial a partir do qual se iniciariam as comparaes O HMM pode ser considerado uma representao estatstica do alinhamento mltiplo

Aplicao de HMMs a alinhamento de domnios

A partir de um alinhamento mltiplo utilizando seqncias de diversos organismos prvio criado um modelo que representa o domnio estudado Este modelo poder ento ser utilizado para prever a probabilidade de uma determinada protena possuir este domnio

Pfam

Hiden Markov models (HMMs) foram utilizados para a construo dos bancos e para deteco de domnios em seqncias pesquisadas no pfam

Resultado Pfam

Representao grfica de um HMM

Representao grfica de um HMM. Quanto mais fina a coluna contendo o resduo maior a chance desta ser deletada. Colunas em vermelho representam inseres

Resultado Pfam

Smart

Tambm utiliza o HMM- concentrado em mdulos extracelulares e domnios de protenas sinalizadoras

Resultado Smart

Interpro

Possui varias buscas (inclusive do Pfam e Smart) integrados

Resultado interpro

Interpro

CDD

CDD
Utiliza para busca o RPS-Blast (Reverse Position-Specific BLAST), que seria uma espcie de verso reversa do PSI-Blast A diferena neste tipo de busca que uma matriz de posio (position-specific score matrices-PSSM) calculada para cada famlia e quando realizamos a busca nossa seqncias ser comparada com uma seqncia consenso de cada famlia utilizando a sua respectiva matriz. Apesar de utilizar famlias derivadas do Pfam e Smart, o CDD calcula PSSMs para estas famlias e portanto a busca no idntica a realizadas diretamente nestes bancos, que utilizam HMM.

CDD

Alinhamento contra a seqncia consenso do domnio Resduos em vermelho- possuem identidade entre seqncia e consenso

CDD

Resduos em vermelho- Altamente conservado (alto peso no PSSM) Resduos em azul Menor conservao (baixo peso no PSSM) Resduos em cinza e minsculos- No conservados (posies no presentes no PSSM)

DART

Ferramenta para observar a arquitetura de diferentes protenas contendo o mesmo domnio (Pfam e Smart possuem ferramentas parecidas integradas)

Clusters of Orthologous Groups (COG)

Agrupa protenas apenas de genomas descritos Busca por protenas ortologas atravs de metodologia utilizando BLAST e selecionando apenas o melhor alinhamento em cada genoma (BeTs- Best hits) Clusters so gerados a partir de conexes de protenas de diferentes organismos que tem em comum o fato de produzirem o melhor alinhamento uma com as outras do que comparadas com outras protenas do genoma