Semana 1:

Descubrimiento de los Virus

Los cientficos estn buscando virus en los manantiales calientes del Parque Nacional de Yellowstone, y su bsqueda est vindose ampliamente recompensada con nuevos hallazgos intrigantes.

Estos manantiales en los que los cientficos recogen las muestras alcanzan habitualmente temperaturas entre 78 y 90 grados centgrados. Es un entorno difcil para la vida, a menos, desde luego, que seas un termfilo, una forma de vida especialmente evolucionada para sobrevivir a altas temperaturas. Las aguas no slo estn a temperatura doble de la de un agradable bao, sino que adems tienen una acidez considerablemente superior a la del nivel de supervivencia de la mayora de los organismos acuticos. Por lo general estos manantiales tienen un pH entre 2 y 35 (entre el zumo de limn y las bebidas carbonatadas); alguno de ellos llega nada menos que a un pH de 1 (aproximadamente el del cido del estmago). Los cientficos se preguntan cmo funcionan los procesos vitales bajo esas condiciones de acidez y temperatura. A causa de su sencillez como forma de vida celular, los virus pueden ser la mejor oportunidad de obtener informacin relativa a la supervivencia en entornos extremos. Los virus son solamente cido nucleico (ADN o ARN) envuelto bajo una membrana protenica. Parsitos a escala molecular, los virus se apropian de la maquinaria de sus clulas anfitrionas, y la usan para reproducirse. En consecuencia, el nmero de genes codificados en el cido nucleico viral, por lo general entre 5 y 200, es relativamente bajo en comparacin con los miles que son habituales en los organismos celulares. Un genoma viral codifica habitualmente slo las subunidades de su membrana protenica, adems de algunas encimas (molculas que facilitan las reacciones qumicas como la replicacin del cido nucleico). Mark Young, co-director del Thermal Biology Institute en Montana State University, Bozeman, y Ken Stedman, profesor ayudante de Biologa en la Portland State University, presentaron los resultados de los primeros estudios sobre virus termales de Yellowstone en la Segunda Conferencia de Astrobiologa Cientfica de Mountain View, California. Estamos intentando utilizar estos virus como modelos para comprender las adaptaciones bioqumicas a las altas temperaturas, afirma Young.

Ciertos datos aportados por esta nueva investigacin podran ofrecer un indicio de cmo era la vida en los entornos extremos de la temprana historia de la Tierra, o de otros planetas en la actualidad. Tambin podran abrir una ventana hacia la biologa de los anfitriones virales, en este caso un termfilo unicelular llamado Sulfolobus, que establece relaciones biolgicas con organismos ms complejos. Es importante el hecho de que el ADN de estos virus termfilos se puede codificar para fabricar encimas previamente desconocidas que funcionan eficazmente a altas temperaturas, lo cual es una herramienta potencial para los laboratorios de biologia molecular. La misin de estos laboratorios comprende desde la elaboracin de vacunas hasta la explicacin de la evolucin de la vida en la Tierra. Diversidad viral Un elemento clave en los estudios de Young, Stedman y otros es la biodiversidad viral. Los cientficos estn examinando las variaciones en la morfologa (la estructura fsica) y los genomas de los virus de ambientes termales. Como los virus slo tienen un corto nmero de genes, que codifican slo un corto nmero de protenas, sus membranas deben de estar compuestas de slo un limitado nmero de subunidades protenicas. Una vez que estas subunidades son fabricadas por la clula parasitada, se autoensamblan en la membrana viral, tambin conocida como "cpside". Una amplia mayora de los aproximadamente 3.500 virus descritos pertenecen a dos morfologas generales: o tienen forma como de bastn, o son cuasi-esfricos cercanos al icosaedro. Parecido a un baln de ftbol en miniatura, el icosaedro se compone de caras de cinco lados y caras de seis lados (pentmeros y hexmeros). Pero en el entorno de los manantiales de agua caliente, los cientficos han encontrado virus con cpsides diferentes a las descubiertas con anterioridad: algunas tienen las formas tradicionales pero con estructuras infrecuentes, mientras que otras muestran morfologas completamente nuevas. Uno de los hallazgos intrigantes es un exquisito virus icosadrico con prolongaciones similares a propulsores. Young dice que esas estructuras parecidas a propulsores "nunca se haban visto en tipo alguno de virus". Hay 12 de estos propulsores en cada cpside viral, que surgen de 12 pentmeros que cubren los vrtices (esquinas) del icosaedro. Como los pentmeros en los que se alojan, los propulsores tienen una simetra de 5 ejes; las "aristas" que los constituyen son cinco. Las subunidades pentamricas estn rodeadas por tpicos hexmeros virales que carecen de estructuras especiales. Este virus fue aislado al principio por Stedman, y Liang Tang, miembro del grupo de Jack Johnson en el Scripps Research Institute de La Jolla, en California, determin su estructura completa. Conjeturando acerca de estas estructuras propulsoras nicas, los cientficos pensaron en las fases implicadas en la reproduccin viral. En primer lugar,

un virus debe er capaz de acoplarse al exerior de una clula anfitriona adecuada; luego, en segundo lugar, debe liberar su cido nucleico en el interior de esa clula. "Suponemos que esas estructuras tienen relacin con el acoplamiento de los virus a la clula anfitriona, o con el movimiento del material genrico", dice Young. "La densidad de estas estructuras se prolonga hacia el interior, y eso sugiere que podran tratarse de un portal para los cidos nucleicos". Young aade que las estructuras similares a propulsores tambin podran proporcionar ayuda a los virus recin replicados para salir de la clula anfitriona. Un asunto interesante es si las estructuras son dinmicas o no. Stedman dice que una posibilidad es que las protenas podran cambiar su estructura o su forma. De ser as, las estructuras podran abrirse, como una puerta. O quiz podran servir como pestillos o llaves que abrieran de algn modo una segunda estructura del virus o de la clula anfitriona. Los virus que tienen estructuras propulsoras, como otras interesantes formas virales descubiertas en el parque de Yellowstone, tienen como anfitrin a un organismo llamado Sulfolobus, que es miembro del reino Archaea, que contiene organismos unicelulares presentes en muchos entornos extremos. El Sulfolobus se encuentra all donde hay actividad volcnica, en manantiales calientes situados en lugares tan lejanos como Kamchatka, Italia, Islandia y el parque nacional de Yellowstone. El Sulfolobus, un hipertermfilo (un organismo que prefiere las temperaturas extremadamente altas), es el favorito de los investigadores de virus en fuentes termales a causa de su facilidad para ser cultivado en laboratorio. Stedman explica que "es probablemente el termfilo extremo con el que es ms fcil trabajar, porque se desarrolla en presencia de aire". Aade que muchos otros termfilos extremos se envenenan con el oxgeno. El trabajo de Yellowstone se apoya en los tempranos estudios de Wolfram Zillig, del Instituo de Bioqumica del Instituto Max Planck, en Martinsried, en Alemania, y su grupo de investigacin. Su labor identific numerosos virus en el Sulfolobus. Estos hallazgos eran tan diferentes de los virus descritos con anterioridad que los nuevos virus se situaron en cuatro familias virales nuevas. El hallazgo de cuatro nuevas familias virales viviendo dentro de un organismo unicelular no tena precedentes, dice Young. Antes del estudio de los virus del Sulfolobus, los aproximadamente 4.000 virus descritos se organizaban en unas 75 familias. Se haban aadido pocas familias nuevas durante quiz veinte aos. Incluso las investigaciones sobre los virus encontrados en otros miembros de los Archaea, como las especies que viven en la sal y las productoras de metano, no haban necesitado nuevas familias. En definitiva, Young y Stedman han descubierto diez nuevos virus nunca descritos con anterioridad, alojados en el Sulfolobus de Yellowstone. Entre ellos se incluye el "virus con propulsores" y una partcula similar a un virus con forma de limn con largos apndices a cada extremo. Stedman dice que esta partcula es tan grande (de 5 a 10 veces ms grande que los virus SSV de igual forma, encontrados en el Sulfolobus por el laboratorio Zillig) que puede que no sea en absoluto un virus, sino un nano-microbio que vive en el interior del mucho ms grande Sulfolobus como un simbionte.

"Es notable" concluye Young, "que cada vez que buscamos en el Sulfolobus encontramos otro virus que estamos casi seguros de que va a ser todo un nuevo grupo". Con la rpida sucesin de nuevos descubrimientos, los cientficos apenas comienzan a caracterizar los hallazgos. Es de enorme importancia el carcter nico del ADN secuenciado hasta ahora. Young explica que "cuando secuenciamos estos virus en nuestros laboratorios, usamos programas informticos que investigan en todos los bancos pblicos de genes del mundo. Los programas comparan miles de millones de secuencias e intentan alinear nuestra secuencia viral frente a todas las otras secuencias conocidas". Los virus termfilos de Yellowstone tienen genes que coinciden en menos de un 14 por ciento con las secuencias conocidas, "y eso significa que sus genes no estn relacionados con otros genes o protenas conocidos". Dice Young que eso probablemente refleja lo excepcional del entorno bioqumico en el que se han encontrado estos virus. Los virus encontrados en el Sulfolobus son a-lticos: una vez que se han reproducido, se alojan en el interior de las clulas de Sulfolobus y salen al exterior sin destruir a su anfitrin. Su carcter a-ltico les permite permancer en el ambiente celular del Sulfolobus, lo que limita el tiempo que los virus se exponen al entorno cido del exterior. El director del Instituto de Astrobiologa de la Nasa, Baruch Blumberg, dice que "el trabajo de Young es autnticamente pionero. Hasta hoy no ha habido investigacin suficiente sobre los virus en ambientes extremos. Sin embargo, ha habido suficientes estudios como para saber que los virus son extremadamente comunes, en particular los bacterifagos de los Archaea y las bacterias". Los virus dan pistas El Sulfolobus es un organismo importante para su estudio porque se trata de un termfilo extremo, es decir, segn explica Stedman, que crece a temperaturas extremadamente altas. Este Archaea utiliza protenas similares a las de clulas ms complejas, como las clulas humanas, en ciertos procesos bioqumicos importantes relacionados con los cidos nucleicos. Pero las protenas del Sulfolobus son mucho ms sencillas, lo que las hace ms fciles de estudiar y las convierte posiblemente en escalones imprescindibles para comprender a protenas similares en organismos ms complejos. Stedman dice que los virus del Sulfolobus son importantes herramientas para entender la maquinaria de los Archaea termfilos que los alojan. Es de subrayar, dice Stedman, que "se ha determinado la secuencia genmica completa (del Sulfolobus), de modo que conocemos exactamente el ADN que est presente en el organismo. Pero, advierte, "no sabemos lo que hace". En otras palabras, explica Stedman, tienen los planos pero no han estudiado todava la mayor parte de las protenas que codifica. Esto "se puede decir tambin del genoma humano, pero los planos del Sulfolobus con los que tengo que trabajar es 1.000 veces menor que los del genoma humano", dice Stedman. El menor tamao hace de los planos del genoma del Sulfolobus un buen punto de partida; los virus que parasitan al Sulfolobus son potenciales herramientas para estudiar estos planos.

Blumberg, que gan un premio Nobel por su trabajo sobre el virus de la hepatitis B, comenta que, como investigador de los virus durante muchas dcadas, conoca "el efecto profundo que el virus de la hepatitis ejerce sobre las clulas del hgado. Hemos aprendido mucho sobre las clulas del hgado al comprender cmo trabajaba el virus". Un mtodo usado por Stedman para el estudio del Sulfolobus ha sido la creacin de un vector lanzadera que utiliza el virus SSV1. "Un vector lanzadera es un trozo de ADN que se puede replicar en dos organismos diferentes, en este caso en la bacteria E. coli y el Archaea Sulfolobus, y que puede servir para desplazar o "lanzar" ADN de un organismo a otro. Esto es extremadamente til para el desarrollo de la gentica molecular", explica Stedman. "La importancia del vector lanzadera es triple. Primero, permite a los investigadores introducir genes en el Sulfolobus para estudiar cmo funcionan en la clula", dice Stedman. "En segundo lugar," aade, "permite la depuracin de grandes cantidades de ADN viral desde la E. coli, el caballo de batalla de la moderna biologa molecular." En otras palabras, el vector lanzadera permite a los cientficos producir el ADN de los virus que normalmente crecen en el Archaea Sulfolobus en lugar de en la E. coli. En tercer lugar," concluye Stedman, "proporciona mucha ms flexibilidad en el estudio de los virus, pues se pueden realizar modificaciones del genoma viral en la E. coli en el laboratorio, y luego reintroducirlo en el Sulfolobus." Y qu ms? Young, Stedman y sus colegas planean la bsqueda de formas adicionales de virus en el Sulfolobus y en otros Archaea termfilos en nuevos lugares de Yellowstone. Sus ltimos estudios recientemente terminados han examinado virus procedentes de ocho localizaciones, una mnima fraccin de las aproximadamente 10.000 fuentes termales del parque natural. Stedman ha comenzado a tomar muestras en el parque nacional Lassen, y Young, junto con Zillig y otros, ha comenzado a buscar nuevos virus en los suelos hidrosaturados subyacentes a los lagos con agua geotrmicamente calentada y en pozos de lodo. Estos hbitats son calientes en extremo, a menudo por encima de 100C, y alojan organismos extremadamente termfilos, incluyendo, en los sedimentos anaerbicos ms profundos, a aquellos que viven sin oxgeno.

2)

Nuevos descubrimientos sobre el virus del SIDA

El SIDA sigue siendo uno de los temas prioritarios de la agenda cientfica internacional. En este sentido, el grupo Virus de transmisin hemtica de la Universidad de Granada est encuadrado dentro de la Red de Investigacin en SIDA, en un proyecto coordinado desde Barcelona e integrado por 32 centros nacionales. Est centrado en el desarrollo de un algoritmo que permitir predecir si el portador del virus fue contagiado antes o despus de seis meses. Hoy por hoy, no hay ninguna metodologa similar y, por tanto, esta red permitir hacer una sistematizacin de los nuevos contagios y, as, valorar el patrn epidemiolgico y las vas de transmisin de las personas que se infectan actualmente en nuestro pas. En este sentido, la Universidad de Granada aplica unas tcnicas que comprueban la avidez que tienen los anticuerpos para interactuar con los antgenos del VIH (virus de inmunodeficiencia adquirida que provoca la enfermedad del SIDA), seala la doctora Carmen Bernal Zamora, promotora de estas investigaciones en la UGR . Los anticuerpos que se generan en los primeros meses tras el contagio tienen una afinidad con el virus distinta que los posteriores. Normalmente, un ndice de avidez muy bajo es seal de que los anticuerpos han surgido como consecuencia de una infeccin reciente. Los resultados obtenidos con estos ensayos han sido presentado en el Congreso Internacional de Medicina Interna celebrado recientemente en la Universidad de Granada. Un diagnstico fiable en menos tiempo Otros trabajos que lleva a cabo la doctora Bernal estn relacionados con la disminucin del tiempo de espera para obtener un diagnstico fiable. En la actualidad, a alguien que quiera saber si est infectado por el VIH, se le recomienda que espere 2 meses despus del ltimo contacto de riesgo: una relacin sexual sin proteccin, el uso de una jeringuilla usada anteriormente por otra persona... Sin embargo, actualmente se estn implantando tcnicas que permiten acortar el tiempo para realizar un diagnstico entre cuatro y seis semanas despus de la infeccin. Segn Bernal, sto se ha conseguido gracias a la utilizacin de tcnicas que permiten detectar a la vez los anticuerpos y los antgenos que el organismo crea tras el contacto con el VIH. Estudios con antirretrovirales Igualmente, el doctor Federico Garca Garca trabaja, dentro de la misma red, en resistencia al tratamiento VIH. Los estudios van destinados a comprobar si el virus tiene alguna mutacin en su secuencia y si condiciona que sea resistente a un frmaco en concreto. Con ello, se puede saber si un aumento de la carga viral se debe a un fracaso terapetico para cambiar el tratamiento. Estos estudios sobre antirretrovirales son muy importantes en un momento en que la comunidad cientfica internacional ha reconocido que la sociedad ha generado falsas expectativas acerca de una vacuna que tardar en aparecer, ya que, entre otras

cuestiones, se trata de un virus que tiene entre una de sus principales caractersticas, su gran facilidad para mutar.
3)

Cientficos de los Pases Bajos desvelan la estructura tridimensional de los coronavirus

Gracias a un estudio financiado con fondos comunitarios llevado a cabo por cientficos de los Pases Bajos, se ha descubierto la estructura tridimensional de los coronavirus, patgenos implicados en el sndrome respiratorio agudo grave (SARS) y en el resfriado comn. Los descubrimientos, que se deben a una tcnica de imagen denominada tomografa crioelectrnica, proporcionan datos nuevos y valiosos sobre la naturaleza de este gnero de virus imposibles de obtener hasta ahora por mtodos tradicionales de imagen bidimensional. La investigacin, publicada en la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS), se financi mediante una beca intraeuropea Marie Curie de la UE. Los coronavirus (CoV) estn implicados en la inflamacin del tracto gastrointestinal y las vas respiratorias superiores de aves y otros animales. Se cree que son la causa de distintos tipos de resfriados en humanos, se ha difundido ampliamente que constituyen un factor del SARS y tambin son responsables de una serie de enfermedades en animales de granja. Comprender la estructura del virus resulta clave para descubrir formas de tratamiento contra estos tipos de infeccin. En este estudio, un grupo de cientficos ha examinado el virus de la hepatitis del ratn (MHV), un virus sobre el que existe una amplia bibliografa y que est considerado como un CoV prototipo. La eleccin del MHV para su estudio fue importante, puesto que se producen variaciones en la forma y el tamao de muchos CoV durante los distintos estados de su ciclo de vida. Por el contrario, la forma y el tamao de las partculas del MHV permanecen constantes. Los cientficos emplearon tomografa crioelectrnica procediendo a fijar las partculas mediante congelacin por inmersin. Esto les permiti examinar in situ diversas secciones de cada virus (144 muestras en total) y reconstruir imgenes tridimensionales de los viriones que no haban resultado daados por la radiacin ni por los efectos de la tincin. Uno de los descubrimientos principales del estudio consisti en que las envolturas que rodean las partculas del MHV eran extraordinariamente gruesas; casi doblaban el tamao de una membrana biolgica tpica. Tambin, los contenidos de las partculas del MHV se encuentran extremadamente compactados. Estos y otros factores hacan que el examen del interior de los CoV fuera muy complicado en el pasado. Estudios anteriores observaron los contenidos que haban sido expulsados del interior, los cuales podran haber sido reorganizados en el proceso. Los cientficos determinaron que la forma caracterstica del MHV es esfrica, con una cantidad limitada de puntas (que posibilitan la infeccin). Est cubierto de estras que se atribuyen a la accin de la protena M, la cual desempea una funcin en la definicin de la forma de un virus. Curiosamente, descubrieron que la gruesa envoltura

del MHV posee una capa adicional junto a la doble capa lipdica compuesta por un ncleo de protena plegada de forma intensiva en lugar del esperado ncleo con cpside. Tambin observaron varios puntos de interaccin importantes para la estructura del MHV. En realidad, el interior del MHV tal y como se ha demostrado en este estudio muestra una interesante analoga con los viriones de la gripe A, segn se lee en el estudio. An as, estos virus son diferentes en muchos aspectos. El interior del MHV posee una estructura flexible muy enroscada doblada sobre s misma, concluyen, lo que la hace imposible de reconocer mediante tcnicas de imagen bidimensionales. Los autores confan en que descifrar la estructura del MHV permitir modelizar mejor el genoma vrico, lo que provocar una mejor comprensin de todos los coronavirus.