Prof Bianca Seminotti 2012/2

Comentrio inicial
Condies fundamentais para a vida: Auto-replicao Capacidade de catlise eficiente e seletiva das reaes qumicas Ex.: sacarose CO2 + H2O Processo altamente exergnico (termodinamicamente favorvel), porm muito lento (cineticamente desfavorvel) CATLISE

Conceito de enzimas

Catalisador biolgico cuja natureza na maioria proteica Existem raras enzimas com natureza ribonucleica, so molculas de RNA com atividade enzimtica, as RIBOZIMAS

Caractersticas gerais das enzimas

Eficincia cataltica > catalisadores sintticos ou inorgnicos A enzima no consumida na reao Aceleram reaes qumicas Atuam em pequenas concentraes Apresentam alto grau de especificidade por seus substratos (substncias que so transformadas) No alteram o equilbrio das reaes Atuam em solues aquosas, em condies brandas de T e pH Por atuarem geralmente em condies amenas, as enzimas minimizam reaes colaterais indesejadas, como: decomposio, isomerizao e rearranjos, responsveis pela formao de produtos indesejados

Importncia das enzimas

Agem em sequncias organizadas, as vias metablicas q Degradao de nutrientes conservao de energia
qumica q Sntese de macromolculas partir de precursores mais simples Enzimas reguladoras: controlam as vias metablicas Deficincias enzimticas: erros inatos do metabolismo Alteraes de atividade enzimtica presentes em doenas Alvo da ao de muitas drogas (medicamentos) Indstria qumica-farmacutica; antibiticos Diagnstico laboratorial, ELISA, PCR

Indstria de alimentos: fermentos, produtos lcteos Agricultura: pesticidas, agrotxicos

Caractersticas Estruturais das Enzimas

vProtenas c/ massa molecular varivel: 12.000 a mais
de 1 milho vA atividade cataltica depende da integridade da conformao protica: vA atividade , geralmente, destruda ou diminuda quando
a enzima desnaturada, dissociada em subunidades (perda das estruturas secundrias, terciria ou quaternria) vA atividade totalmente destruda quando a enzima clivada em seus AA constituintes (perda da estrutura primria)

Estruturas primria, secundria, terciria e quaternria so essenciais para a atividade cataltica

Secundria: Arranjos estveis da sequncia de AA Quaternria: Mais de 1 subunidade

Primria: Sequncia de AA

tridimensional do pep;deo

Terciria: Enovelamento

Caractersticas Estruturais das Enzimas

Algumas enzimas requerem componentes no proteicos para a atividade:
Cofator: um ou mais ons inorgnicos Coenzima: molcula orgnica complexa, geralmente derivada de vitaminas Grupo prosttico Cofator ou coenzimas ligados firmemente molcula enzimtica

Holoenzima: enzima completa e ativa (protena + coenzima e/ou ons metlicos ligados) Apoenzima ou apoprotena: parte protica

Atuam como transportadores transitrios de grupos funcionais

 Estrutura

Enzimtica

RNAs

Protenas
Conjugadas Simples

Ribozimas

Cofator/Coenzima + apoenzima
Holoenzima

Apoenzima

NOMENCLATURA DAS ENZIMAS

Nomenclatura e Classicao das enzimas

Sistema oficial da Unio Internacional de Bioqumica As enzimas so classificadas e denominadas de acordo com a natureza da reao qumica que catalisam. Existem 6 classes, vrias sub-classes e sub-subclasses Cada enzima - no de cdigo (E.C.- Enzyme Comission) com 4 dgitos que caracterizam o tipo de reao

1o dgito - classe 2o dgito - subclasse 3odgito - sub-subclasse 4odgito - indica o substrato

Nomenclatura e Classificao das enzimas

ou a clivagem de ligaes C-O, C-N, C-C, eliminao

Evita ambiguidades IdenIcao da enzima atravs da reao que ela catalisa

ATP + Glicose ADP + Glicose-6-P Nome alternaIvo, trivial ou recomendado: Hexoquinase Nome sistemIco: ATP-glicose fosfotransferase E.C. 2.7.1.1 2. classe: transferases 7. subclasse: fosfotransferase 1. fosfotransferase com grupo hidroxil como aceptor 1. glicose como aceptor

1. Oxidorredutases
Desidrogenases Desaturases Hidroxilases Oxidases Oxigenases Redutases

3. Hidrolases
5. Isomerases Epimerases Determinadas mutases Racemases 6. Ligases Carboxilases Sintetases

Esterases Lipases Nucleosidases e NucleoIdases PepIdases Fosfatases Sulfatases 2. Transferases 4. Liases Quinases Aldolases Determinadas mutases Descarboxilases Fosforilases Hidratases Polimerases Sintases Transaldolases e transcetolases Transaminases

Sintetase (ligase) obtm energia para uma nova ligao a parIr da quebra de uma ligao de alta energia Sintase (liase) obtm energia de outras fontes

Como funcionam as enzimas

As enzimas fornecem o ambiente especco onde dada reao energeIcamente mais favorvel A reao ocorre no interior de uma cavidade na enzima chamada de s-o a-vo

Como funcionam as enzimas

qStio ou centro ativo formado por resduos de AA que
contornam este local da enzima; geralmente so resduos de AA que esto distantes na sequncia da estrutura 1 (justificando o tamanho das protenas) qOs grupos substituintes dos resduos dos AA se ligam ao substrato e catalisam a sua transformao qPoucos AA so responsveis pela catlise qO stio ativo promove a aproximao e correta orientao para catlise qFormao do complexo ES: ponto de partida para os tratamentos matemticos que definem o comportamento cintico e das descries tericas dos mecanismo enzimticos

As enzimas afetam a velocidade mas no o equilbrio qumico das reaes

Enzimas

G energia de ativao G variao de energia livre padro: 298K, 1 atm, 1M G variao de energia livre padro nos sistemas biolgicos em pH 7

Alguns princpios explicam o poder cataltico e a especificidade das enzimas

Rearranjos das ligaes covalentes (substrato cadeia lateral dos AA, cofatores e coenzimas) Interaes no covalentes (enzima substrato): pontes de H, interaes hidrofbicas e inicas, que so otimizadas no estado de transio...ENERGIA DE LIGAO ENERGIA DE LIGAO a principal fonte de energia livre usada pelas enzimas para diminuir as energias de ativao das reaes Contribui para a especificidade (habilidade de discriminar entre o seu substrato e uma molcula competidora) e para a catlise

As interaes fracas entre a enzima e o substrato so otimizadas no estado de transio

Como uma enzima usa a energia de ligao para diminuir a energia de ativao de uma reao?

Modelo Chave Fechadura? SIo aIvo complementar ao substrato

Modelo

No

Chave Fechadura? SIo aIvo complementar ao estado de transio OK (Linus Pauling)

As interaes fracas entre a enzima e o substrato so otimizadas no estado de transio

Sem enzima

Enzima complementar ao substrato

Enzima complementar ao estado de transio

Grupos catalticos especficos contribuem para a catlise

q Energia de ligao...interaes fracas
enzima substrato qInteraes covalentes enzima substrato

Catlise cido-base geral Catlise covalente Catlise por ons metlicos

Catlise cido-base geral

qFormao de intermedirios carregados instveis que tendem a
se degradar nos reagentes qEstabilizao atravs da transferncia de prtons para ou de um substrato, facilitando a converso em produto qParticipao de cidos orgnicos fracos (doadores de H+)e bases orgnicas fracas (aceptoras de H+)...cadeias laterais de AA Catlise cido-base especfica: reaes no enzimticas, onde a transferncia de prtons ocorre entre molculas de gua ou outros doadores ou aceptores de prtons fracos (H3O+ e OH-)

Catlise cido-base geral

Resduos de AA presentes no sIo aIvo que parIcipam da catlise cido-base geral

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Princpios de Bioqumica. Lehninger. Michael M. Cox, David L. Nelson. 4 e 5 Eds. Editora Sarvier. Capitulo 6 Bioqumica Mdica Bsica de Marks - Uma Abordagem Clnica. Colleen Smith, Michael Lieberman, Allan D. Marks. 2 Ed. Editora Artmed. Captulo 115 Manual de Bioqumica com Correlaes Clnicas. Thomas M. Devlin. 6 Ed. Editora Blcher. Nutritional Biochemistry. Tom Brody. 2 Ed. Editora Academic Press. Alimentos: a qumica de seus componentes. T.P. Coultate. 3 Ed. Artmed.

http://bcs.whfreeman.com/lehninger5e/content/cat_030/index.html

CinLca EnzimLca

CinLca enzimLca

Determinar a velocidade da reao e como ela alterada por diferentes

condies experimentais permite estudar o mecanismo de uma reao enzimLca.

E + S

ES

EP

E + P

A concentrao do substrato afeta a velocidade das reaes catalisadas por enzimas

[S] = concentrao de substrato V0 = velocidade inicial (quando a [S] muito maior que a [E] Vmx = velocidade quando o aumento de V0 muito pequeno medida que a [S] aumenta Km = constante de Michaelis-Menten - [S] onde V0 aInge metade da Vmx

Variao do Km entre enzimas e diferentes substratos para a mesma enzima

Inibio EnzimLca

Inibio enzimLca

Inibidores agentes moleculares que interferem a catlise (diminuir ou interromper as reaes enzimIcas)
Ex: Inibires da ciclooxigenase (cido aceIlsaliclico, ibuprofeno, nimesulida) Inibidores de protease (tripsina) provenientes da soja crua (leguminosas)
INIBIDORES

REVERSVEIS

IRREVERSVEIS SUICIDAS MISTOS

COMPETITIVOS

ACOMPETITIVOS

Inibio reversvel compeLLva

O inibidor (I) compete com o substrato pelo sIo aIvo (forma o complexo EI) e no ocorre catlise Compostos com estrutura semelhante ao substrato (idenIcao da poro molecular que se liga enzima) Muitos produtos da reao enzimIca inibem a enzima dessa forma Como a ligao do Inibidor reversvel, adicionar mais Substrato reduz o efeito inibitrio
Km No altera Vmx

lcool desidrogenase intoxicao por metanol

lcool desidrogenase

Metanol Formaldedo

Formaldedo txico para os tecidos Cegueira Tratamento: infuso intravenosa lenta de etanol, que compete com o metanol pela enzima lcool desidrogenase, impedindo a formao de formaldedo, enquanto o metanol eliminado pelo sistema renal

Inibio reversvel acompeLLva

O Inibidor (I) liga-se a um stio na enzima distinto do stio ativo (ligao ao complexo ES) Observado para enzimas com 2 ou mais substratos

Km aparente

Vmx

Inibio reversvel

AcompeLLva

CompeLLva

Inibio reversvel mista

O inibidor liga-se a um stio distinto do stio ativo (ligao enzima livre ou ao complexo ES ) Observado para enzimas com 2 ou mais substratos

Inibio Irreversvel
molcula da enzima, destri ou forma um ligao bastante estvel (covalente) _ inaIvao permanente da enzima Inibidores suicidas So pouco reaIvos at se ligarem ao sIo aIvo; Ao invs de formar o produto, ele gera um composto muito reaIvo que combina irreversivelmente com a enzima
Se combina com um grupo funcional na

Inibio Irreversvel
ORGANOFOSFORADOS (Contaminantes de alimentos) Inibidores irreversveis da aceIlcolinesterase

DIFP

Fatores que alteram a aLvidade enzimLca (velocidade)

A aLvidade enzimLca (velocidade) afetada pelo pH

Pepsina

Hidrlise de ligaes pep;dicas no estmago pH Imo de 1,6

Glicose-6-fosfatase

Hepatcitos, liberao de glicose pH Imo de 7,8

Manuteno de condies como: (1) temperatura, (2) concentrao de substrato, (3) concentrao de enzima

A aLvidade enzimLca (velocidade) afetada pela temperatura T aumento na velocidade das reaes energia vibracional dos substratos T desnaturao protica (perda de estruturas secundria e terciria) T Ima (humanos 40-45C)

A aLvidade enzimLca (velocidade) afetada pela temperatura

Temperatura Ima AIvao trmica
Desnaturao trmica

ENZIMA

TEMPERATURA TIMA (C) 31,6

Pepsina

Urease

Tripsina

25,5 20,8

escolhida uma temperatura pouco abaixo da Ima.

ManLdas constantes as condies de: - pH Lmo - concentrao de substrato - concentrao de enzima

A aLvidade enzimLca (velocidade) afetada pela quanLdade de enzima

escolhida uma quanLdade de enzima da ascendente da curva

ManIdas xas as condies de: - temperatura Ima - pH Imo - [substrato] em excesso

Bibliograa
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Principios de Bioqumica. Lehninger. Michael M. Cox, David L. Nelson. 4 e 5 Eds. Editora Sarvier. Captulo 6 Bioqumica Mdica Bsica de Marks - Uma Abordagem Clnica. Colleen Smith, Michael Lieberman, Allan D. Marks. 2 Ed. Editora Artmed. Captulo 9 Manual de Bioqumica com Correlaes Clnicas. Thomas M. Devlin. 6 Ed. Editora Blcher. Nutritional Biochemistry. Tom Brody. 2 Ed. Editora Academic Press.

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Enzimas reguladoras

Comentrio inicial
Vias metablicas (anablicas e catablicas) tem uma srie de etapas catalisadas por diferentes enzimas Substrato Produto

Enzimas reguladoras: modulam a velocidade da rota em resposta a diversos sinais

Primeira enzima da via Economia de energia

Como so moduladas as Enzimas Reguladoras?

Regulao alostrica

Enzimas alostricas Conceito

q Possuem stios reguladores diferentes do stio cataltico

q A ligao de efetores (+ ou -) alteram a conformao da enzima (ativa e inativa) e consequentemente sua atividade enzimtica
q Os efetores podem ser inibitrios ou estimulatrios, alterando a afinidade da enzima pelo substrato q Ocorre um efeito distncia do modulador, via stio regulador, sobre o stio ativo

Enzimas alostricas Classificao

Enzima homotrpica: substrato = modulador
Efetores homotrpicos
Frequentemente ao positiva

Idia de cooperatividade ( hemoglobina)

Stio cataltico = stio regulatrio

Enzima heterotrpica: modulador substrato

Efetores heterotrpicos
Incluem a inibio por retroalimentao (produto inibe enzima chave da via metablica)

Stios ativos e alostricos

Enzimas alostricas Inibio por retroalimentao

A enzima alostrica frequentemente inibida pelo produto final da via

Quando a concentrao do produto excede o requerimento celular Reduzindo a atividade da enzima alostrica, toda a via tem sua atividade reduzida, desde que seus substratos esto em concentrao reduzida

Regulao por modificao covalente

Enzimas reguladas por modificao covalente

Grupos moduladores que se ligam covalentemente enzima: fosforila, adenila, uridila, metila e grupos adenosina difosfato ribosila Esses grupos so adicionados e removidos da enzima alvo por enzimas separadas

Enzimas reguladas por interao protenaprotena

Protena causa uma alterao conformacional no stio ativo ou bloqueia o stio ativo (impedimento estrico) Podem ativar ou inibir a enzima a qual esto ligadas Ex.: protena quinase A, protena quinase Ca+Calmodulina-dependente

Enzimas reguladas por remoo de fragmento peptdico (Zimognios)

Enzimas reguladas por remoo de segmentos peptdicos (clivagem proteoltica)

Precursor inativo (zimognio ou proprotena ou proenzima) clivado para formar a enzima ativa
Ex: quimotripsinognio, tripsinognio, pr-colgeno, protenas da coagulao sangunea (fibrinognio)

Clivagem especfica, expondo o stio ativo da enzima Mecanismo de ativao irreversvel Inativao ocorre por ligao de protenas inativadoras, que se ligam ao stio ativo das enzimas
Ex.: Inibidor pancretico da tripsina

Enzimas reguladas pela expresso gnica

Enzimas reguladas pela expresso gnica

enzimas no so sintetizadas continuamente pelas clulas Ex: induo de enzimas da via glicoltica por insulina

Algumas

Enzimas reguladoras moduladas por sequestro para compartimento diferente do local sua atuao

da hexoquinase IV (glicoquinase) por sequestro no ncleo celular: o inibidor uma protena nuclear que mantm a hexoquinase IV no ncleo liberando-a para o citosol quando a [glicose] no hepatcito estiver alta

Regulao

Regulao mltipla
Muitas enzimas so reguladas de diferentes formas, alostericamente, covalentemente, ...

Por qu?
Controle da atividade de enzimas importantes, chaves nas vias metablicas Evitando o desperdcio de energia Promovendo a sntese dos produtos necessrios em cada momento celular Manuteno da VIDA

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Princpios de Bioqumica de Lehninger. Michael M. Cox, David L. Nelson. 5 Ed. Editora Artmed. Captulo 6 Bioqumica Mdica Bsica de Marks - Uma Abordagem Clnica. Colleen Smith, Michael Lieberman, Allan D. Marks. 2 Ed. Editora Artmed. Captulo 9 Manual de Bioqumica com Correlaes Clnicas. Thomas M. Devlin. 6 Ed. Editora Blcher. Nutritional Biochemistry. Tom Brody. 2 Ed. Editora Academic Press. Captulo Alimentos: a qumica de seus componentes. T.P. Coultate. 3 Ed. Artmed.

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