Modelagem de Sistemas de Gerenciamento de Workows em Redes de Petri para Sequenciamento de DNA

Geise Kelly da Silva Santos, Liliane do Nascimento Vale

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Departamento de Computacao Universidade Federal de Goi s (UFG) a Campus Catal o (CaC) Catal o GO Brazil a a

Abstract. This paper presents the utilization for process of workow applied in DNA sequencing, and modelled using Petri nets. Firstly, do are shows the concepts of Workow and Petri Net, their functions too. The biochemistry activities are mentioned, then DNA computing is specied. Therefore, it is instituted an algorithm for to represent the process of sequencing congruous the settings of Petri net. Finally the model is validates through utilizing the software Process Maker, examining the main results obtained. Resumo. Este artigo apresenta a utilizacao de processos de workow aplicados no sequenciamento de DNA, e modelado usando Rede de Petri. Inicialmente, s o expostos os conceitos de Workow e Rede de Petri, assim como suas funa cionalidades. Tamb m s o descritas as atividades bioqumicas do DNA, e ent o e a a e detalhada a computacao do DNA. Dessa forma, e estabelecido um algoritmo para representar o processo de sequenciamento de acordo com as conguracoes da Rede de Petri. Finalmente, o modelo e validado usando o software Process Maker, discutindo-se os principais resultados obtidos.

1. Introducao
` Bioinform tica e a ci ncia aplicada a utilizacao de ferramentas e t cnicas computacionais a e e ` e fundamentos matem ticos para auxiliar na realizacao de atividades comuns a Biologia a Molecular. Seus principais objetivos se resumem em criar, melhorar, desenvolver e manipular banco de dados para a Biologia Molecular, incluindo ferramentas computacionais para coletar, organizar, validar e analisar dados experimentais. Um dos pontos imprescindveis da Bioinform tica e a representacao do sequencia a mento de DNA para deteccao de inconsist ncias e anomalias, em que a montagem de frag e mentos de DNA e um problema computacional expressivo nessa area [Meidanis 1996]. No contexto abordado, o DNA e uma ta composta por fragmentos e para o sequenciamento deste, atividades simult neas e sequenciais devem ocorrer. Dessa forma, a temos que as caractersticas assumidas pela mol cula abrangem tamb m propriedades e e ` inerentes a processos de workow. J que estes s o uxos de atividades que denem as a a tarefas a serem realizadas e a ordem em que ocorrem [Lemos 2004]. O mapeamento da sequ ncia de DNA envolve alto custo computacional, medidas e alternativas de an lise da ta de DNA devem ser discutidas, quando por exemplo, que esta a e submetida a representacao por meio de processos de workow usando Redes de Petri. Isto favoreceu, por exemplo, no acompanhamento visual do sequenciamento e a deteccao de inconsist ncias que produzem resultados ambguos quando empregadas t cnicas de e e sequenciamento pouco ecientes.

 Dessa forma, e preciso descrever uma modelagem especca para a representacao do sequenciamento de DNA e a rota assumida para tal processo. O uso de Redes de Petri para modelagem e an lise de sistemas de Workow e amplamente discutido. Pois, desde a as caractersticas formais que a Rede de Petri apresenta e aspectos din micos e contnuos a que a mesma assume, oferece condicoes satisfat rios para an lise formal de processos de o a neg cio aplicados ao sequenciamento de DNA. o Neste artigo, ser o apresentados os conceitos de Workow e Redes de Petri, asa sim como a import ncia de cada um para a Bioinform tica, enfatizando os motivos da a a utilizacao destes. Logo ap s, ser abordado o uso de Workow para o sequenciamento o a DNA usando a Rede de Petri. A validacao e obtida usando o software Process Maker.

2. Trabalhos Relacionados
` Em [Schuster 2008], e descrito aspectos inerentes a computacao do DNA, no que tange ao processamento bioqumico para o sequenciamento do mesmo efetuados atrav s da mo e delagem da Rede de Petri. Neste e apresentado um algoritmo para processos de DNA seguidos de importantes consideracoes, entretanto em [Schuster 2008] n o e manipulado a em especco o processo de sequenciamento de DNA e sim outros processos que comu mente existem s o apresentados. a [Lemos 2004] descreve o modelo de workow para processos da Bioinform tica. a Neste trabalho foram apontados as atividades para o sequenciamento de DNA e as modelagens especcas para cada processo da Bioinform tica. Contudo, a representacao e a a ordem de execucao de tais atividades n o foram questionados. a No trabalho de [Meidanis 1996] sucedeu-se ampla discuss o sobre a montagem a dos fragmentos de DNA usando processos de workow, apresentando os desaos e as estrat gias atualmente utilizadas. Atrav s deste seguimento, foi proposto a utilizacao da e e arquitetura WASA para o processo. Em [Barjis 1999] foi discutido sobre a formalizacao da producao de protenas utilizando a Rede de Petri, no qual foi construdo um modelo de Rede de Petri baseado nos processos da producao de protena e ap s, foi expresso m dulos de programa em o o pseudoc digo com esta formalizacao. Por m, neste trabalho n o e utilizado uxos de o e a trabalho para o seu desenvolvimento, o que facilitaria a validacao e a formalizacao. A tese de [Digiampietri 2007] referiu-se ao emprego de workows cientcos em experimentos de Bioinform tica, construindo, implementando e validando uma infraa estrutura computacional para oferecer suporte a tais atividades. No trabalho de [Barjis 2006] foi mostrado o processo de producao de protena a partir do DNA, o qual foi modelado e analisado na Rede de Petri. Al m disso, s o e a retratados os eventos moleculares e reacoes qumicas que ocorrem durante a execucao.

3. Sistemas de Workows
Workows, tamb m conhecidos como processos, denidos pela Coligacao de Gerene ciamento de Workow (Workow Management Coalition - WfMC) [WfMC ] como a automacao do processo de neg cio, identicando as atividades do processo, regras de o procedimento e controle de dados.

Documentos, informacoes ou tarefas s o passados entre os participantes de acordo a com um conjunto pr denido de regras, para se alcancar ou contribuir para um objetivo e global de um neg cio [Lemos 2004]. Apesar de um workow poder ser manualmente o organizado, na pr tica a maioria dos workows s o organizados dentro de um contexto a a de um sistema de informacao para prover um apoio automatizado aos procedimentos [Lemos 2004]. Um sistema de workow baseia-se na ger ncia do uxo de atividades que existem e por exemplo, em organizacoes. Devido a representacao de rotas (paralelas, sequencias, iterativas e alternativas) e ao controle de recursos, a mesma pode ser aplicada para a an lise dos fragmentos de DNA para deteccao de inconsist ncias e anomalias que ocorrem a e durante o sequenciamento do mesmo.

4. Redes de Petri
O modelo da Rede de Petri foi proposto em 1962 por Carl Adam Petri em sua tese de doutorado para modelar a comunicacao entre m quinas de estado. A Rede de Petri e uma a ferramenta gr ca e matem tica que se adapta bem a um grande n mero de aplicacoes a a u em que nocoes de eventos e de evolucoes simult neas s o importantes [Valette 1997]. A a a conguracao da Rede de Petri e determinada da seguinte forma: Possui lugares (P), transicoes (t) e marcas; Um lugar nunca e diretamente conectado com outro, sempre h interm dio de a e transicoes, ocorrendo da mesma forma com transicoes; Um lugar est ativoquando possui uma cha e uma transicao dispara quando a algum lugar anterior est ativo, ent o este perde a cha e o pr ximo lugar recebe a a o a cha; Este acionamentode transicoes e determinante no comportamento da Rede. A Figura 1 ilustra o exemplo de Rede de Petri para o problema de sequenciamento de DNA proposto a seguir.

Figura 1. Exemplo de Rede de Petri - Sequenciamento de DNA

Podemos classicar as Redes de Petri (RdP) em: RdP de baixo nvel (ordin ria) a e RdP de alto nvel (Colorida, Objeto, etc.), tendo ambas a mesma conguracao prim ria a citada. As redes ordin rias se caracterizam pelo tipo de suas chas que n o carregam a a informacoes complexas, indicando basicamente o estado da rede. Enquanto que as de alto nvel possuem marcas de tipos particulares, com valores e estados distintos podendo at mesmo representar verdadeiras estruturas de dados. e A modelagem de sistemas de workow e signicativa, pois facilita o desenvolvimento das etapas do projeto e sua posterior an lise e/ou correcao [Vale 2010]. Assim, a a Rede de Petri torna-se uma linguagem totalmente vi vel, j que oferece representacao a a gr ca, f cil compreens o, formalismo matem tico e representacao de aspectos compora a a a tamentais e estruturais sobre o sistema. Atualmente, as Redes de Petri geram importantes modelos para diversos sistemas, pois possuem elementos competentes para descrever partes de um sistema como controle, conitos, compartilhamento, entre outros. Rede de Petri e uma t cnica de modelagem que e permite a representacao de sistemas, utilizando como alicerce uma forte base matem tica a [Maciel P.R.M.; Lins 1996]. Sua utilizacao para moldar o processo de sequenciamento de DNA projetado em Workows deve-se ao fato de possuir sem ntica formal al m da sua natureza gr ca, elas a e a podem representar explicitamente os estados do sistema, al m da capacidade de execucao e e simulacao das atividades.

5. Sequenciamento de DNA
O DNA e formado por duas tas helicoidais antiparalelas (com mesmo sentido mas em direcoes opostas) com lamentos paralelos ligados por pontes de hidrog nio. O DNA e e composto por pequenas mol culas chamadas nucleotdeos, sendo estes a principal fonte e de informacao gen tica. Os nucleotdeos constituem-se de uma base, um acucar e um e fosfato, em que s o diferenciados atrav s das quatro bases existentes: adenina (A), timina a e (T), guanina (G) e citosina (C) [Timmer 2009]. Os nucleotdeos tamb m s o respons veis por combinar tas de DNA, pois suas e a a bases determinam as ligacoes possveis. Assim, base (A) liga-se apenas com base (T); base (G) liga-se apenas com base (C) e vice-versa. Estas caractersticas juntamente com a formacao assumida determina um modelo chamado de Modelo de Watson-Crick. Apli cando estes conceitos, podemos representar sequ ncias de DNA atrav s de cadeias de e e letras representativas das bases, como por exemplo a ta ATAGCCTAGCCATATAGGCA e complemento da ta TATCGGATCGGTATATCCGA [Schuster 2008]. O sequenciamento de DNA e um processo que determina a ordem dos nucleotdeos para a constituicao do c digo gen tico, o qual se encontra na forma de unidades o e chamadas genes. Dessa forma, surge o conceito de computacao de DNA, j que este a processo assume grande potencial devido a alta capacidade de paralelismo, de armazenamento e habilidade para resolver problemas combinat rios. o Nessa perspectiva, e almejado a construcao de um projeto para computar DNA, denindo algoritmos computacionais para este m. Em semelhanca aos procedimentos bioqumicos em laborat rio, a computacao de DNA executa algoritmos para manipulacao o do DNA em uma s rie de processos e eventos, como reducao, incis o, ligacao e replicacao e a

de DNA.

6. Modelagem do Processo de sequenciamento de DNA usando Redes de Petri

Nesta secao ser abordado o comportamento do sistema de sequenciamento de DNA a modelado em Redes de Petri, apontando cada processo e atividade realizados durante a execucao deste. J foi mencionado que o comportamento da Rede e determinado pelo a disparo das transicoes, em que estas disparam somente quando lugares pr ximos est o o a ativos fazendo com que novos lugares sejam ativados. Dessa forma, e possvel comparar a ativacao de lugares com tas de DNA, em que cada lugar ativo pode representar um sequ ncia. Al m disso, o algoritmo que descreve o e e a comportamento da Rede de Petri e an logo aos processos necess rios para o sequenciaa mento de DNA. Assim, s o descritos alguns desses processos por meio de funcoes: a Amplica: Dada uma ta N, amplica(N) produz duas c pias de si; o Detecta: Dada uma ta N, detecta(N) retorna verdadeiro se N cont m parcela da e sequ ncia de DNA, caso contr rio retorna falso; e a Funde: Dada as tas N1 e N2, funde(N1; N2) produz uma nova ta N3 formada da uni o das duas tas; a Separa: Dado uma ta N e uma sequ ncia de DNA w composta dos nucleotdeos e conhecidos, separa(+N; w) produz uma nova ta N1 que consiste de todas as tas em N que cont m w como sub ta. Da mesma forma, (-N; w) produz uma nova e ta N1 que consiste de todas tas em N que n o cont m w como sub ta. a e Ent o, e produzido um algoritmo para ilustrar o sequenciamento de DNA a comparado ao comportamento de uma Rede de Petri da Figura 1. O algoritmo inicia com uma ta N0, completamente vazia, sendo equivalente a uma Rede de Petri sem cha. Ele tamb m usa vari veis Booleanas (vari veis que assumem apenas dois valores: e a a verdadeiro ou falso) (b1, b2, b3 ou b4) para representar estados na Rede de Petri e presenca de sequ ncias (s1 a s4) na ta de DNA. Se a vari vel Booleana possui valor e a verdadeiro, ent o a sequ ncia em quest o est presente na ta, e sua aus ncia e indicada a e a a e pelo valor falso.
(1) introduz(N0) = (2) b1 = b2 = b3 = b4 = falso, (3) Marca a Rede de Petri incio //funcao para iniciar a marcacao na Rede (4) (5) (6) (7) (8) (9) //Por exemplo adiciona(s1;N0) adiciona(s3;N0) b1 = verdade b3 = verdade Executa alguma tarefa

(10) fim (11) n = 0 (12) repete (13) (14) intoduz(N1) = se detecta(N0(s1)) ento inicia a

(15) (16) (17) (18) (19) (20) (21) (22) (23) (24) (25) (26) (27) (28) (29) (30) (31) (32) (33) (34) (35)

b1 = falso, b2 = verdade, //adiciona(s2;N1) mais tarde Executa alguma tarefa. fim se detecta((N0(s2) e N0(s3)) ento inicia a b2 = b3 = falso b4 = verdade, //adiciona(s4;N1) mais tarde Executa alguma tarefa. fim se detecta(N0(s4)) ento inicia a b4 = falso b1 = verdade, //adiciona(s1;N1) mais tarde b3 = verdade, //adiciona(s3;N1) mais tarde Executa alguma tarefa. fim se b1 = verdade ento adiciona(s1;N1) a se b2 = verdade ento adiciona(s2;N1) a se b3 = verdade ento adiciona(s3;N1) a se b4 = verdade ento adiciona(s4;N1) a N0 = N1 n = n + 1

(36) at (alguma condicao relativa a n e colocada). e

Como, inicialmente a ta N0 e esvaziada, ent o temos que b1 = b2 = b3 = b4 a = falso. Na linha tr s inicia a marcacao na Rede de Petri, atrav s da chamada da funcao e e Marca a Rede de Petri. Na linha cinco e adicionada a sequ ncia s1 para a ta N0, o e que e equivalente ao adicionamento de uma cha no lugar p1 de uma Rede de Petri. Na linha seis e adicionada s3 na ta N0, o que e equivalente ao adicionamento de uma cha no lugar p3 da Rede. Na linha sete, temos b1 = verdade e na linha oito, b3 = verdade, indicando a presenca das sequ ncias s1 e s3 na ta N0. Como a presenca de alguma cha na Rede e de Petri dispara um evento no sistema, ent o temos a linha nove, referenciando alguma a tarefa externa que pode ser executada. A linha 11 introduz a vari vel n. O algoritmo usa esta vari vel no laco repete - at , a a e onde ela dene um crit rio de sada da aplicacao (linha 36). O laco repete - at estende da e e linha 12 at linha 36, e cont m tr s condicionais se - ent o. Cada condicional se - ent o e e e a a faz duas coisas: primeiro, verica o estado de uma transicao especca e segundo, inclui instrucoes para que ocorram se uma transicao acionar. A linha 13 indroduz uma nova ta - N1. Esta ta e sempre vazia (N1 = ) at que o e laco repete - at inicie uma nova iteracao. Entre as linhas 30 e 33, s o alterados os valores e a de b1 a b4, em que as sequ ncias (s1, s2, s3, ou s4) s o adicionadas para a ta N1. Dessa e a forma, na linha 35 a Rede de Petri foi at um estado de transicao completa. Na linha 36 e e decidido se o laco entra em uma nova iteracao, dependendo do novo valor de n, o qual foi incrementado na linha 35.

7. Validacao da Rede de Petri usando o software Process Maker

Process Maker e um software para gerenciamento de Workows, [ProcessMaker ]. Ele permite a construcao de processos e a execucao destes, produzindo uxos de tarefas com alocacao din mica. a Nesta abordagem, foi possvel denir um uxo de atividades para o sequen ciamento de DNA a partir da especicacao formal da Rede de Petri. Estas ativi dades foram baseadas no algoritmo apresentado anteriormente, baseando-se nas mesmas conguracoes. Observa-se a grande capacidade de adequacao do workow desenvolvido ao algoritmo e a conformidade deste com a modelagem da Rede de Petri. A Figura 2 e a Figura 3 ilustram o funcionamento do Workow em execucao.

Figura 2. Workow para o sequenciamento de DNA validado no ProcessMaker

Figura 3. Caso do sequenciamento de DNA sendo executado, em que e optado pela continuacao do laco repete - ate ou pelo termino do processo

Percebe-se, ent o, que as Redes de Petri modelam as caractersticas e o compora tamento descrito no algoritmo abordado. A consequente automatizacao usando Process Maker nos mostra a execucao de casos do sequenciamento de DNA e a manipulacao de estados provocados pelo acionamento e execucao de atividades.

8. Conclus o a
Neste trabalho foi demonstrado que o processo de sequenciamento de DNA pode ser representado como processos de workow e a partir disso, a modelagem deste por meio da Rede de Petri. J que esta possui capacidade de representar e preservar de forma efetiva a caractersticas particulares da ta de DNA, como por exemplo, os ciclos (rotas) existentes durante o sequenciamento. Os processos din micos de sistemas biol gicos e moleculares em geral podem a o ser modelados como um sistema din mico discreto [Barjis 2006]. Com isso, utilizando a o conceito de Workows, e realizada a validacao atrav s de um software caracterstico e ` para Processos, o ProcessMaker, conduzindo a formalizacao, modelagem e simulacao da computacao do sequenciamento de DNA. Como trabalhos futuros, ser construdo um motor de workow para a ger ncia de a e v rios processos biol gicos. Pois, em muitos casos o processamento e complexo, assim a o como o controle de tais processos.

Refer ncias e
Barjis, J. B. I. (1999). Formalization of the protein production by means of petri nets. Barjis, I.; Samarrai, W. . A. I. B. J. (2006). Modeling of dna transcription and gene regulation using petri nets. Digiampietri, L. A. (2007). Gerenciamento de Workows Cientcos em Bioinform tica. a PhD thesis, Universidade Estadual de Campinas- Instituto de Computacao. Lemos, M. (2004). Workow para Bioinform tica. PhD thesis, Pontifcia Universidade a Cat lica do Rio de Janeiro. o Maciel P.R.M.; Lins, R.D.; Cunha, P. (1996). Introducao as Redes de Petri e Aplicacoes. ` Meidanis, G. V. M. W. J. (1996). Using workow management in dna sequencing. ProcessMaker. www.processmaker.com. Acessado em: 25 de agosto de 2011. Schuster, A. (2008). Dna algorithms for petri net modeling. Timmer, J. (2009). A brief guide to dna sequencing. http://arstechnica.com/science/guides/2009/09/a-brief-guide-to-dna-sequencing.ars. Acessado em: 30 de agosto de 2011. Vale, L. N.; Silva, N. R. D. M. S. J. S. (2010). Simulation of industrial metabolism using predicate transition petri nets combined with differential equations. Valette, J. C. R. (1997). Redes de Petri. WfMC. Workow management coalition. www.wfmc.org. Acessado em: 30 de agosto de 2011.