Metabolismo Microbiano

El metabolismo se refiere a la suma de reacciones bioqumicas requeridas para la generacin de energa y el uso de la energa para sintetizar material celular a partir de molculas del medio ambiente. El metabolismo se divide en: Catabolismo. Reacciones de generacin de energa. Anabolismo. Reacciones de sntesis que requieren de energa. Las reacciones catablicas producen energa como ATP, el cual es utilizado en las reacciones anablicas para sintetizar el material celular a partir de nutrientes.

Metabolismo
Catabolismo
Generacin de energa

Anabolismo
Reacciones biosintticas

Fuente de energa

Nutrientes

Precursores intracelulares ATP Intermediarios biosintticos ADP Productos metablicos

Biopolmeros

Estructuras

Enzimas

Sustrato

Productos

Enzima

Complejo Enzima-Sustrato

Enzima

Catalizadores biolgicos de naturaleza proteca. Reducen la energa de activacin de una reaccin qumica. Son especficos para un sustrato.

Grupo prosttico

Son molculas no proteicas (orgnicas o inorgnicas), que se encuentran unidos a la protena y a diferencia de las coenzimas no se disocian despus de que se cataliza la reaccin. Ejemplo: el grupo prosttico con ncleo de Fe de los citocromos.

Cofactores y coenzimas
+

Apoenzima (porcin proteica)

Cofactor o coenzima

Holoenzima (toda la enzima)

Molculas no protecas que pueden ser orgnicas o inorgnicas, se unen a la enzima y dan afinidad al sustrato con la enzima para catalizar la reaccin.

Cofactores
Sustrato Cofactor

Enzima

Algunas enzimas requieren cofactores: Alcohol deshidrogenasa -Zn2+ Ureasa -Ni2+ Nitrogenasa -Mo Purivato cinasa -K+ y Mg2+

Coenzimas
Las coenzimas tienen una unin dbil con la enzima. Coenzimas de oxido-reduccin: NAD, NADP, FAD, FMN. Otras coenzimas: CoA, Vitaminas.
Sustrato oxidado Coenzima reducida Coenzima oxidada

Sustrato reducido

Enzima

NAD NADH

Nicotinamida Adenina Di-nucletido (NAD), es la principal coenzima de xido-reduccin.

Enzimas
Clase
Oxidoreductasa

Tipo de reaccin que cataliza

Oxido-reduccin, donde oxgeno e hidrgeno son ganados o perdidos. Transferencia de grupos funcionales (amino, acetilo, fosfato) Hidrlisis (adicin de agua) Remocin de grupos de tomos sin hidrlisis. Rearreglo de tomos dentro de una molcula. Unin de dos molculas (empleando energa usualmente derivada del rompimiento de ATP.

Ejemplos
Citocromo oxidasa. Lactato deshidrogenasa. Acetato cinasa. Alanina desaminasa. Lipasa. Sucrasa. Oxalato descarboxilasa. Isocitrato liasa. Glucosa fosfato isomerasa. Alanina racemasa. Acetil Co A sintetasa Ligasa.

Transferasa

Hidrolasa Liasa Isomerasa

Ligasa

Actividad enzimtica E + S ES E + P
Una enzima, por s misma, no puede llevar a cabo una reaccin, su funcin es modificar la velocidad de la reaccin. La actividad enzimtica es la cantidad de producto formado por unidad de tiempo. La actividad de una enzima es modificada por factores que afectan a las protenas, por ejemplo: la temperatura.

Modificacin de la actividad enzimtica

El pH que al influir sobre las cargas elctricas, podr alterar la estructura del centro activo y, por lo tanto, tambin influir sobre la actividad enzimtica. La temperatura elevada desnaturaliza las molculas proteicas por lo que los sitios activos se ven modificados. La enzima se satura a cierta concentracin del sustrato.

Actividad de la enzima

pH

Actividad de la enzima

Temperatura

Actividad de la enzima

Concentracin del sustrato

A
Sustrato Sitio activo Enzima Sitio alostrico

Inhibidores enzimticos
A) El sustrato se une a la enzima en el sitio activo. B) Un inhibidor competitivo se une a la enzima en el sitio activo, impidiendo la entrada y unin del sustrato. C) Un inhibidor alostrico modifica la afinidad de la enzima por el sustrato, al unirse en un sitio distinto (sitio alostrico)al sitio activo.

B
Sustrato 2 Enzima

Sustrato

Inhibidor competitivo

C
Sustrato

Efector alostrico

Enzima

Regulacin de vas metablicas

Regulacin de una va metablica mediante inhibicin enzimtica por producto final.

Sustrato Enzima 1 Producto final

Intermediario 1 Enzima 2

Intermediario 2 Enzima 3

Inhibicin por retroalimentacin

Intermediario 3 Enzima 4

Producto final

Regulacin de la expresin y sntesis de las enzimas

Nivel transcripcional Procesos de induccin y represin. Atenuacin y procesamiento del ARNm. Nivel traduccional Regulacin de la sntesis de las protenas ribosmicas. Inhibicin de la sntesis de protenas.

ATP

Compuesto de alta energa, se produce por fosforilacin a nivel de sustrato, cadena respiratoria y fotofosforilacin.

Oxidacin-reduccin
Par redox oxidado/reducido Donador de electrones H2 2e- + 2H+ Aceptor de electrones O2 + 2e- O2Formacin de agua 2H+ + O2- H2O Reaccin total H2 + O2 H2O

Microorganismos

Fuente de energa Oxido-reduccin Quimitrofas Compuestos orgnicos Quimiohetertrofos Fuente de carbono

Clasificacin
Luz Fottrofas Fuente de carbono Compuestos orgnicos Fotohetertrofos CO2 Fotoauttrofos

Compuestos orgnicos Quimiohetertrofos CO2

Compuestos inorgnicos Quimiolittrofos Fuente de carbono Compuestos Orgnicos Mixtrofos CO2 Litoauttrofos

Quimiohetertrofos
La clula oxida molculas orgnicas para producir la energa (catabolismo) y luego usa la energa de sintetizar el material celular de estas molculas orgnicas (anabolismo). Todos los hongos y los protozoarios son hetertrofos, muchas bacterias, pero solo algunas aqueobacterias. El metabolismo heterotrfico conduce a dos procesos: fermentacin y respiracin.

Metabolismo central
ATP Glucosa Glucosa 6P NADPH Gluconato 6P ATP Gluconato

Fructosa 6P ATP Fructosa 1,6 biP Gluclisis

Pentosas P ATP

CO2, NADPH

Pentosa Gliceraldehdo P ATP, NADH Fosfoenolpiruvato ATP Piruvato NADPH, CO2 Acetil CoA Entner Doudoroff

Las vas del metabolismo central: Gluclisis (EmbdenMeyerhof-Parnas EMP), de las Pentosas fosfato y EntnerDoudoroff proveen de precursores metablicos para otras vas, son las vas para el metabolismo de carbohidratos y cidos carboxlicos.

Las tres vas convierten por diferentes rutas la glucosa en gliceraldehdo, que es oxidado por la misma reaccin para formar piruvato.

Gluclisis
La va de la gluclisis (Embden-MeyerhofParnas EMP), se encuentra en todos los eucariotes y en muchas especies de bacterias. En la primera etapa hay gasto de 2 molculas de ATP por molcula de glucosa. En la segunda parte se forman 4 molculas de ATP por fosforilacin a nivel de sustrato y 2 de NADH.

Ciclo de las pentosas fosfato

Importancia: Produce los precursores de la ribosa, desoxirribosa en los cidos nucleicos y provee de eritrosa fosfato como precursor de aminocidos aromticos. Se produce en est va, NADPH, la mayor fuente de electrones de la biosntesis y varias de sus reacciones las comparte con el ciclo de Calvn.

Va Entner-Doudoroff
Muchos tipos de bacterias no poseen la enzima fosfofructocinasa-1 y no pueden convertir la glucosa-6P a Fructosa 1,6-bifosfato. Una va alterna es EntnerDuodoroff, en la cual la glucosa 6P es convertida a piruvato y Gliceraldehdo-3-fosfato por la desidratacin poco usual del 6-fosfogluconato para formar 2-ceto-3-desoxi-6-fosfogluconato (KDPG).

Fosforilacin a nivel de sustrato

El sustrato orgnico (donador de e-) pasa por una ruta catablica (ej., la gluclisis), y uno de los intermediarios de esa ruta es oxidado por un coenzima, se origina un intermediario no fosforilado con una gran energa de hidrlisis. El intermediario experimenta enseguida una sustitucin con un fosfato, para dar la correspondiente forma acilfosfato (enlace de alta energa). Este acil-fosfato dona su fosfato de alta energa al ADP, que pasa a ATP.
NAD+ NADH

Compuesto orgnico (reducido)

Intermediario A Pi

Intermediario B Acarreador electrnico Intermediario C ADP

ATP Intermediario D (oxidado) NADH NAD+ Producto final (reducido)

Acido lctico

+2H ATP

cido pirvico

+ cido pirvico -CO2

Fermentacin
Se realiza en condiciones anaerbicas. Emplea como aceptor de electrones a una molcula orgnica. Utiliza el NADH producido en la gluclisis. Se conserva la energa de la fosforilacin a nivel de sustrato (FNS).

Acido -acetolctico -CO2

Streptococcus Lactobacillus Staphylococcus +CO2 Acido oxaloactico +2H Acido mlico -H2O +2H Acido succinico -CO2 Acido propionico Bifidobacterium Propionibacterium

H2 ADP CO2

Acetoina +2H 2,3-butanediol

Shigella cido frmico Acetil-S-CoA

Klebsiella Enterobacter Bacillus

-CoA-SH CO2 H2

+4H -CoA-SH Etanol

E. coli Salmonella

Acido Actico Clostridium

+Acetil S-CoA -CoA-SH

Acetoacetil-S-CoA Acetona +2H Isopropanol -CO2 -CoA-SH -CoA-SH cido Butirico +4H Butiril-S-CoA +4H

Butanol

Etanol
Malta Ceveza (Saccharomyces cerevisiae) Frutas Vino (Saccharomyces ellipsoideus) Desechos de la agricultura combustible (S. cerevisiae)

Fermentaciones tradicionales indgenas de Mxico

Las fermentaciones tradicionales indgenas de Mxico ms conocidas son: pozol, tesgino, tejuino, tepache, tibicos, pulque, tuba, colonche, entre otras.

Tepache Pulque

Pozol Tejuino

Colonche

Acido actico
Etanol Acido actico (Acetobacter aceti)

Madre de vinagre: consorcio formado por una levadura y una bacteria.

Acido lctico
Leche Yogurt y queso (Lactobacillus, Streptococcus) Granos Pan de centeno (Lactobacillus bulgaricus) Col Chucrut o Sauerkraut (Lactobacillus plantarum) Carne Salchichas (Pediococcus)

Otras fermentaciones
cido propinico y CO2. Leche Queso suizo (Propionibacterium freudenreichii) Acetona y butanol (Clostridium acetobutylicum) Glicerol (Saccharomyces cerevisiae) cido ctrico melazas (Aspergillus niger) Metano cido actico (Methanosarcina) cido ascrbico Sorbitol (Acetobacter)

Ciclo del cido ctrico

Ciclo de los cidos tricarboxlicos (TCA) Ciclo de Krebs (CK). El acetil-CoA se forma a partir del piruvato por la piruvato deshidrogenasa y es oxidado a CO2 en el CK. Por Acetil-CoA se forman 2 molculas de NADH, una de NADPH y una de FADH2, adems de un ATP por FNS.

Fosforilacin oxidativa. Respiraciones.

NADH

e-

H+ H+

Respiracin aerobia O2 H2O Respiracin anaerobia NO3NO2ADP + Pi H+ ATP

e-

Respiracin es la obtencin de energa por oxidacin de sustratos reducidos DH2 (orgnicos en quimiorgantrofas, e inorgnicos en quimiolittrofas), pero las coenzimas reducidas (como el NADH) transfieren los electrones a un aceptor final oxidado, no directamente (como en la fermentacin), sino a travs de una cadena transportadora de electrones al final de la cual existe un aceptor exgeno oxidado, que se reduce. Respiracin aerobia: el aceptor final es el O2. Respiracin anaerobia: el aceptor final es distinto del O2 (nitrato, sulfato, etc.).

Transporte de electrones
La transferencia de electrones se da en la direccin de mayor potencial redox positivo, con la liberacin de energa libre. La energa libre se va a traducir en un potencial electroqumico de protones, cuya disipacin a travs de ATP-asas de membrana origina ATP, conocindose este proceso como fosforilacin oxidativa.

Transportadores de electrones
Protenas
NADH deshidrogenasas. Transfieren los e- y los H+. Flavoprotenas. Transfieren los e- y los H+. Protenas de hierro y azufre. Acarreador de electrones. Citocromos. Acarreador de electrones.

No protenas
Quinonas. Transfieren los e- y los H+.

ATPasa

La ATP sintasa es una protena con una de sus fracciones embebida en la membrana y la otra en la cara citoplasmtica:

Complejo cataltico F1 (subunidades 33), responsable de la interconversin de ADP+ Pi y ATP. Complejo F0 (subunidades ab2c12), responsable de la transferencia de protones a travs de la membrana.

Formacin de ATP

El movimiento de protones a travs de F0 dirige la rotacin de las protenas c generando la rotacin, la energa es transmitido a F1 por la rotacin de las subunidades , esto causa una cambio conformacional en que permite la formacin de ATP en cada subunidad. De igual modo la ATPasa es reversible generando fuerza protn motriz.

Respiracin aerobia

Fuera 2 H+ 2eFe-S Fp

Citoplasma NADH + H+

Q 2 H+ 2eCyt b556 Cyt b562

2 H+

3 H+ + O2 Cyt o 2 H+ H2O

ADP + Pi H+ ATPasa H+ ATP

Respiracin anaerobia

Fuera 2 H+ 2eFe-S Fp

Citoplasma NADH + H+

Q 2 H+ 2eCyt b556

2 H+

NO3- + 2 H+ Nitrato reductasa NO2- + H2O ADP + Pi H+ ATPasa H+ ATP

Quimiolittrofos
Microorganismos que usan compuestos inorgnicos como fuente de energa, la mayora son aerobios y producen la energa removiendo los electrones de un sustrato y produciendo ATP por fosforilacin oxidativa, algunos son littrofos facultativos y pueden emplear los compuestos orgnicos como fuente de energa.

Muchos de los littrofos son autotrofos (litoauttrofos), algunos utilizan el CO2 como nica fuente de carbono, como las bacterias metanognicas, las nitrificantes y algunas otras.

Quimiolittrofos
Grupo Bacterias del hidrgeno Bacterias del nitrgeno* Bacterias del nitrgeno* Bacterias del azufre Bacterias del hierro Fuente de energa (reducido) H2 NH3 NO2H2S o S Fe 2+ Producto final (oxidado) H2O NO2NO3SO4= Fe3+ Organismo Alcaligenes, Pseudomonas Nitrosomonas Nitrobacter Thiobacillus, Sulfolobus Gallionella, Thiobacillus

*El proceso de nitrificacin requiere de un consorcio de bacterias para convertir el NH3 a NO3.

Auttrofos
Organismos que utilizan el CO2 como fuente de carbono. El CO2 puede ser incorporado por diversas vas:
Ciclo de Krebs reverso. Bacterias verdes del azufre (Chlorobium) Va del Hidroxipropionato. Bacterias verdes (Chloroflexus) Va Acetil CoA reductiva. Bacterias acetognicas (Clostridium thermoaceticum, Acetobacterium woodii), metanognicas (Methanobacterium thermoautotrophicum) y auttrofas sulfato reductoras (Defulfobacterium autotrophicum) Ciclo de Calvn. Bacterias prpura, cianobacterias, algas, plantas verdes, muchas bacterias quimiolittrofas y algunas arqueobacterias halfilas e hipertermfilas. La fijacin es realizada por la enzima Ribulosa bifosfato carboxilasa (RubisCO) que forma acmulos llamado carboxisomas.

Carboxisomas en Prochlorococcus marinus

Ciclo de Calvin-Benson
Consta de tres fases: Fijacin por la enzima Rubisco. Reduccin a Gliceraldehdo 3fosfato (formacin de compuestos orgnicos). Regeneracin de Ribulosa bifosfato, sustrato para la fijacin.

Fottrofos
Los organismos fottrofos convierten la energa luminosa en energa qumica para formar ATP.
Fotosntesis oxignica. Cianobacterias, algas y plantas Fotosntesis anoxignica. Bacterias prpura, verdes y heliobacterias. Fotofosforilacin no fotosntetica (mediada por el pigmento bacteriorodopsina). Halobacterias (arquea haloflica)

Chloroflexus (bacteria verde no del azufre, Chloroflexaceae), Rhodospirillum (bacteria prpura, Rhodospirillaceae), Chlorobium (bacteria verde del azufre, Chlorobiaceae), Heliobacterium (Gram-positiva, Heliobacteriaceae), y Nostoc (cianobacteria, Nostocaceae).

Fotosntesis
Es la conversin de energa luminosa en energa qumica que puede ser usada para la formacin de material celular a partir de CO2. Es un metabolismo separado en dos componentes metablicos: Catablico (fase luminosa), la energa solar es transformada en energa qumica. Anablico (fase oscura), involucra la fijacin de CO2 como fuente de carbono para el crecimiento celular.

Pigmentos de la fotosntesis
Clorofila (fotosntesis oxignica) Bacterioclorofila (fotosntesis anoxignica)

Pigmentos de la fotosntesis
Ficoeritrobilina y la ficocianobilina como pigmentos capturadores de la luz. Las ficobilinas estn unidas covalentemente a protenas de unin especficas, formando las ficobiliprotenas, que se asocian en complejos ordenados llamados ficobilisomas. Estas son las principales estructuras de captacin de luz en los microorganismos. En estos ensamblajes los pigmentos de ficobilina se unen a protenas especficas que forman pigmentos llamados ficoeritrina (PE), ficocianina (PC) y aloficocianina (AP). La energa de los fotones absorbidos por PE o PC es transmitida por AP a la clorofila a del centro de reaccin mediante un proceso conocido como transferencia de excitones.

Pigmentos de la fotosntesis
Pigmentos accesorios. Carotenoides: carotenos y xantofilas.

Fotofosforilacin acclica

Ocurre en la fotosntesis oxignica. El donador de electrones es el agua y el aceptor final es una coenzima oxidada. Hay produccin de oxgeno.

Fotofosforilacin cclica

Ocurre en la fotosntesis anoxignica. Los donadores de electrones son principalmente: H2S, S, S2O32-. Los electrones son devueltos a la clorofila por medio de transportadores (cadena reversa).

Fotofosforilacin no fotosntetica
La bacteriorrodopsina tiene siete hlices a que comprenden toda la seccin de la membrana. El cromforo retinal todo-trans (prpura) esta unido covalentemente mediante una base de Schiff al grupo -amino de una Lys. Una serie de residuos Asp y Glu, y molculas de agua asociadas aportan la va transmembranal para los protones (flechas rojas).

Reacciones biosintticas
Los intermediarios de las vas del metabolismo central son tambin intermediarios de las vas de degradacin y biosntesis de protenas y lpidos.