Metodi di analisi

1. Analisi delle proteine transgeniche

2. Analisi delle sequenze di DNA transgenico:

1) PCR qualitativa
2) Quantitative real time PCR
 OGM Set di primers impiegati Sequenze di DNA Target

Pomodoro kanamicina (kan)

(Mayer R, 1995) 5'-CCACTGACGTAAGGGATGACG-3'
5'-AGGGGAAAGTGAAAACCATC-3'

Flavr SavrTM- poligalatturonasi TN5-1:5'-GGATCTCCTGTCATCT-3'

Tomate antisenso TN5-2:5'-GATCATCCTGATCGAC-3'

Soya beans CPE EPSPS-E35S RRO1:5'-TGGCGCCCATGGCCTGCATG-3'

"Roundup promoter RRO2:5'-CCTTCGCAAGCCCTTCCTCTATA-
ReadyTM" 3'
da Monsanto
(Koppel E. 1997) CPE EPSPS RRO4:5'CCCCAAGTTCCTAAATCTTCAAGT
RRO5: 5'-TGCGGGCCGGCTGCTTGCA

Mais gene Bt- (cryIA(b)) CRYIA1:5'-CGCCCCCGAGTTCACCTT-3'

"Maximizer- CRYIA2:5'-
Mais" from Ciba CTGCTGGGGATGATGTTGTTG-3'
seeds (Studer CRYIA3:5'-CCGCACCCTGAGCAGCAC-3'
E.1997)
CRYIA4:5'-
GGTGGCACGTTGTTGTTCTGA-3'
Mais ZEIN ZEIN1:5'-GCTTGCATTGTTCGCTC-3'
(Studer E. (10KD-Zein) ZEIN2:5'-CGATGGCATGTCAACTCATTA-
1997) 3'
ZEIN3:5'-AGTGCGACCCATATTCCAG-3'
ZEIN4:5'-GACATTGTGGCATCATTT-3'
Kit Allin 1.0 (Promega)
 Nested PCR

GATTGTCTTG AGGGGCATTT CTGACCGCTT AAGTATGTCT

CAGAGAATGC TGAGTTACTG TTCTTCTTTT AGAAGCAGTT
GTACCACCTC GTGCTGTGCG AACAGATGAG GTTTTTATAG
TTTCTATGTC AGAGTCTTCT GGTTTCCCGT TAACTCTGAA
AAGTTGTTTC CCATTATAGG CCTTTGGAGG AGCCTAAGGT
AACGGGTCGA TAGACAGTGA AATAACACTT CTATCACCTT
TTCCTTCCAC CGAGGATGTT TACGGTAGTA ACGCTATTTC
CTTTCCGGTA GCAACTTCTA CGGAGACGGC TGTCACCAGG
GTTTCTACCT GGGGGTGGGT GCTCCTCGTA GCACCTTTTT
CTTCTGCAAG GTTGGTGCAG AAGTTTCGTT CACCTAACTA
CACTATAGAG GTGACTGCAT TCCCTACTGC GTGTTAGGGT
GATAGGAAGC GTTCTGGGAA GGAGATATAT TCCTTCAAGT
AAAGTAAACC TC
Livelli di specificità
Real time PCR
 I BIOSENSORI

segnale

Analita BiorecettoreTrasduttore Componente

elettronica
 Biosensori a base di DNA
Determinazione di sequenze specifiche di DNA

Studio della reazione d’ ibridazione immobilizzando

un oligonucleotide sintetico (sonda) su un supporto fisso

Metodi classici: sonde Biosensori: monitoraggio in

marcate con radioisotopi tempo reale, senza marcature,
(32P) o code fluorescenti con alta selettività
Sensore ottico:
Surface Plasmon Resonance
(SPR)

DNA genomico oligo

230 230

Variazione delle Unità

250 0,05 µM denaturato

200 Oligonucleotidi

di Risonanza
complementare 0,05
µM denaturato
150 130
120 DNA genomico oligo
100 0,05 µM non
denaturato
Oligonucleotidi
50
complementare 0,05
0 µM non denaturato
0
0ligonucleotide non
complementare 0,05
µM
Sensore piezoelettrico

Analisi diretta di DNA genomico

Variazione di frequenza (Hz)

40
35 32 31
30 27
25
20
15 10
10
5 2
1
0

N.glauca GR4 4 µg
N.glauca GR10 4 µg
N.glauca GR4 1 µg
N.glauca wild type 4 µg
oligonucleotide non complementare 1 µM
Uso dei microarrays
OGM-chips per il riconoscimento specifico di diversi eventi
di trasformazione