PRIMERA PRACTICA DE PROCESAMIENTO Y VISUALIZACIÓN DE IMÁGENES

MÉDICAS: EL ENTORNO DE PROCESAMIENTO 3DSLICER

1) Carga de imágenes

Mediante “File-> Add Volume”. Aparece un cuadro de dialogo que permite seleccionar el archivo a
abrir. Si es una secuencia de DICOM se selecciona la primera imagen. Los volúmenes se
seleccionan centrados. Se comenzará con el estudio 2.
Notesé que en la parte derecha aparecen los elementos de la cabecera DICOM.

Fig 1. Imagen cargada

Pregunta: Es posible conocer la ventana y umbral sugerido para el estudio desde la información en
el DICOM?
En que dirección se ha realizado el estudio?
Es evidente el uso de reformateo multiplano por parte de la plataforma?
Encuentra algo anormal en el volúmen?

Fig 2. Imagen cargada con valores de ventana y nivel diferentes a los de la Fig 1.
En Slicer las operaciones se encuentran agrupadas en modulos que realizan tareas específicas. Estos
modulos se pueden ver como sistemas que reciben entradas y producen salidas. En la parte superior
izquierda se encuentra el control para navegar entre los diferentes modulos del programa.

a) Manipulación de la ventana y el nivel: La ventana y el nivel, como son un par de

características básicas en las imágenes, se pueden encontrar en el modulo “Volumes”

Cúal es el efecto de manipular la ventana y el nivel?

Cúal es el efecto de manipular el Threshold?
Qué utilidad tienen los presets?, serían útiles en otras modalidades diferentes a tomografía?

También es posible manipular la ventana y el nivel arrastrando el click izquierdo sobre la imagen.

Cuando se arrastra hacia arriba/abajo que parámetro se manipula?

Cuando se arrastra hacia izquierda/derecha que parámetro se manipula?

En el modulo “Volumes”, en la pestaña “info” aparece la información de tamaño de voxel:

0,625x0,625x2,5343. Esto es, tamaño de pixel de 0,625x0,625mm y tamaño de corte 2,5343 mm

2) Procesamiento

a) Filtrado lineal

En el modulo “Filtering”-> “Denoising” → “Median Filtering”

Se solicita el tamaño de vecindad, ya que es un filtro que opera por convolución con mascara, el
volumen de entrada y el de salida. A mayor tamaño de vecindad mayor grado de suavizado pero
mayor costo computacional.

Comparar en una tabla los resultados y los tiempos de ejecución para un par de filtros de 3,3,1 y
3,3,3
Por que las mascaras tienen dimensiones impares?

Fig 3. Imagen procesada por el filtro lineal

b) Filtrado no lineal
En el modulo “Filtering”-> “Denoising” → “Gradient Anisotropic Diffusion”

Recordemos que este modelo de filtrado corresponde a la solución de una ecuación diferencial,
ecuación de difusión, así que se define la constante de difusión, el tiempo durante el cual se iterará
y el tamaño de paso del sistema que resuelve la PDE

Fig 4. Imagen obtenida por procesamiento no lineal

Cúal es el resultado de variar el parámetro de conductancia en el siguiente orden: 1.25 , 1.5 , 2 , 5 ,

7, 10. Presentar mediante una tabla.

3) Segmentación

a) Segmentación manual por umbral : el modo mas sencillo de realizar segmentación

por umbral es mediante el uso del modulo “Segmentation”->“Editor”, dado que la
segmentación genera volúmenes con colores definido por el usuario al iniciar el modulo
se solicita que paleta de colores se usará. Se puede usar la paleta por defecto.

Para utilizar este esquema de segmentación solo se requiere definir un rango de

intensidades que se quiere capturar, para el estudio trabajado el hueso es perfectamente
diferenciable
Abrir en el caso 1 la serie: TOF_3D_multislab_55

Realice una segmentación por umbral de las estructuras de vascularización

b) Segmentación por crecimiento de regiones

Abrir en el caso 1 la serie: T13DSAGISO_72

Abrir el modulo “Segmentation”->“FastMarchingSegmentation”. Este es un modulo que permite
segmentar mediante contornos activos, por lo que es necesario definir ademas del volumen de
entrada y el de salida

• Semillas de entrada: Una semilla (fiducials) es un pequeño marcador que se agrega a la

imagen. En nuestro caso nos permitirá definir el punto de inicio del contorno activo. Para
colocar un fiducial sobre la image se presiona el modo de ubicación de semillas en la parte
superior derecha de la interfaz y se hace click sobre la imagen en el punto que
queramos que sirva de partida. En nuestro caso partiremos de un lugar central en los
ventriculos:

Para colocar las dos semillas es necesario presionar dos veces la opción de ubicación de semillas de
la interfaz. Estas semillas deben de estar relacionadas en la interfaz del modulo de segmentación.

• Definir el volumen estimado de la estructura a segmentar. Es mejor sobre estimar este

volumen.

• El “output label value” es un numero que relaciona un color para el elemento

segmentado

Al presionar “Run Segmentation inicia el proceso de segmentación”, luego del cual el modulo
consulta sobre si el volumen segmentado si es el buscado

Podemos modificar este volumen mediante la interfaz de ajuste del modulo

Como se puede observar el volumen segmentado (7.958) resulto ser mucho menor al volumen dado
como inicial (40)
Que caracteristica debe de tener una región para ser segmentada por una técnica de contornos
activos?

4) Almacenamiento de resultados

Para almacenar los resultados usamos el menú “File” -> “Save”. El archivo Scene es el que
almacena toda la inforamción sobre la disposición de los elementos en un momento dado en el
programa, esto es, que archivos están abiertos, en que posición se encuentran los fiducials, etc. Note
que los volumen aparecen para ser almacenados en formato nrrd, un formato libre. Trate de guardar
los mismos en alguno de los formatos vistos en el
curso