Gobernador de Buenos Aires

En 1860, Mitre fue elegido gobernador de la provincia de Buenos Aires, con el encargo de
terminar el proceso de incorporacin de la provincia en la Nacin. Presion sobre el
presidente Santiago Derqui y obtuvo una modificacin de las clusulas del Pacto de San Jos
de Flores, en junio de 1860, por el que Buenos Aires conservaba el manejo de la Aduana por
un tiempo determinado, pero se comprometa a entregar 1 500 000 pesos mensuales a la
Confederacin. Derqui mantuvo relaciones muy cordiales con el gobernador porteo, e incluso
incorpor dos de los ministros de este incluido el de Hacienda, clave en las circunstancias
que atravesaba su gobierno a su gabinete nacional. Incluso prometi a Mitre permitir a
Buenos Aires la eleccin de sus diputados nacionales de acuerdo a la ley portea, y no de
acuerdo a la Constitucin y la ley nacional. Tambin otorg a Mitre el grado de general de la
Nacin.
En 1861, el presidente Derqui orden la intervencin federal en la provincia de San Juan,
debido al asesinato del gobernador. La intervencin termin con la derrota militar de los
insurrectos y el fusilamiento del gobernador rebelde, Antonino Aberastain. El gobierno y la
prensa de Buenos Aires que haban festejado la muerte del gobernador legal derrocado
exigieron a Derqui el castigo del interventor federal, Juan Sa, y la reposicin de los liberales
en el gobierno sanjuanino. Mitre calific el episodio como "el ltimo estertor de la barbarie y la
violencia."
Las relaciones entre Buenos Aires y el gobierno nacional se cortaron abruptamente, y los
ministros porteos se retiraron del gobierno. El gobierno porteo dej de pagar las
contribuciones que estaba cumpliendo con mucho retraso a que se haba comprometido,
con lo cual pensaba ahogar econmicamente a la Nacin.
No obstante los diputados por la Provincia de Buenos Aires, elegidos por circunscripciones
uninominales, tal como dispona la ley portea, se presentaron a incorporarse al
Congreso. Pero el 13 de abril, los diputados porteos fueron rechazados por no haber sido
elegidos segn la ley nacional. Inmediatamente se retiraron tambin los senadores electos, y
Mitre anunci que no realizara nuevas elecciones.